Spg032216.1 (mRNA) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview
NameSpg032216.1
TypemRNA
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationscaffold2: 34310627 .. 34317930 (+)
Sequence length888
RNA-Seq ExpressionSpg032216.1
SyntenySpg032216.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATTGGGACTGATTCGTAATTAATTTTGTTTAATATAAAATACCAATACATTGACAACAATCTTAGAACTATTCTAGATTTATATTAAGGCTAAGCATAGAAAAATATTAGATCTAAATCTAATTTATATAGTAACAAATTACTTACTCTCGTTGACGACTCAGATTAAATTCACCAACTGCTTGTGAATTAATCACGAACTACTGCGAACACCACCACTATGGCTACACAGGTATGACTCTGAGAGTTCTAGAGGCAAGAGACTGGTGGGAGTCCAGAGGAAGCCTTGAGGGGAATTCTCTGAGTAGAAGAATGAATGGGATGCCTTTCACCCCACCCCAGGGGTCCTATATATAGTAAAGGCCAAGACCTTTTTCCTGATAGGAAAAAGGAAGACCTTTTCCTAATAGGAAAAAGGAAGACCTTTTCCTAATAGGAAAAAGTCTCTAATTTTAATAAATAATTAATTAATTTCCCAATTAAATATCATATATTTAATCTTAGGGATTTTATTAAAATTAAAATTAATATGAATCCAATTCATATTAAATTTATTTGAACTCTTTCAAATATATTCTTTCCTAATAGGAAAATGTCTCTAATTTTAATAAATAATTAATTAATTCCATAATTAATTAATTACCCAATTAAATATCATATATTTAATCTTAGGGATTTTATTAAAATTAATATGAATCCAATTCATATTAAATTTATTTAAACTCTTTCAAATATTTTCTCTCAAGAATTAATTTTTGAAATTAATTCAAAAATTATATTATAATGTTTCATAAACTTTATATTATCATGCATCAATATACATTATTCGATTCCCCAAATAAATTGAACACTTTTAATTTATAATTTATACTTAATTGCCTTAAGTCTCTTTACGAGCTACTAGTGGGACCTAATGGACCTACAGATCAGAAGCTCCAACGATACGAGACTAATTGGCCAAACTCATTAACCAAGTTAGTCAACATTCGTTAATTGTGGGTCACTCCACTAAAGACCCATAGCTGCACTCTTCTCACTGTAGAATATTTCTGTGTCCACGGATATCGACCAATGCAGTAAGTCAATCCTTCACGTGTGTTCGTAACACCAGCTGGGTCAAATTACCGTTTTACCTCTGGGTTACCTCTGGTTCCTTAAGTACCACTGATTCCTCTAATGAACAAGTTGTTTAGGGTCCAACCACTAAACAGGAGTTCCTCTCGAGCCAGGAGAGGACAGCGCGCCTTTGTTCAAGTCCCTGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAGGAGTGAATTTCATCTTGTACTGTTATGTTCCCAGCCCCCATTCGGTCTTGCCCCTGAAATGGTAGGCTTATTGAGTCGGTGAACTGGCCACTCTCACCCATACAAATCTAAGGACAATCCCTTCTGAAAGGGGTTCATAACAGACTCAGGATTGAGATTGAGTTACCTAGGTCATCCTATTGAAATAGAAACCTAAACTAGTTAACGGCATTACATCTAGTGGTTACTATTTCGCGGTCCAGTCTTATGCAAACTCATTGCATAGGATATCCCCACCCGCATGTCTCCTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAATACAAGGTGGGTCGTATCACATAGTGTCACCAGGATAAGGTACCTAGCCTTATCCCTATACTATAGACCTTTTAGGTTGTTACTTGAACACCGATCCCCGTATGTCCCCACATACTAGTTCAAGTTTCATTTAAACAACCCTGGATCTTAGTTTATTGGATTTAGGGTTTATTAACGCAAACCCGATTATTCAATAACCAAATTACTGAATTACTGAAATAACGCTTTATTGAGATCGATTAATTTGTTTCATTTACTATCTACGAGTTTTAGGGCATAAAACCCAACATACATCACATGCATAATTAAATTAAAACTACCAAAATTGAACGGCATATTTGGCATATCCTAAGAAATTGAAAGCAATTTAAATTACAATAATTTAAATCCAAGACATATCTTGGTCTTCAAATCTTTCCTTTTTGACATTTACAATTGATCTAATCAAAAGTATAAATCTAATGCCAACAAATATGCCTAAATAATCAATTTTGTAAATTAAACCACATATCACATATATGAAATTAAAATACCCACCATTGAACCAATGCTAATTTTAGAGAAACGAAATTAAATCTACGATCAGCTCTGATACCAATTGAAGGATTTGGAATTCCCTAATTCCGGTAAAGCGGAAGTGTAATTGGGACTGATTCGTAGTTAATTTTGTTTATCCAAAAATACCATTACATTGGCAAAAAACATAGAACAAATTCTATACAAACTTAAGGCTAAGCATACAAAAATTATTCGATCTAAATCTAAAGGGGAGAAACAAACATATCGTCGTTTTCGTCTCTGAAATATCAAGAACGTCCTTCTTGATTTTGGACAGAGCGTCAACAATTGGGACACCACCAATTGATCTTCCCCGCTATAACTCTAAGATTAGGAACATAGTTGTGGGACTACCTAATCTTGAATGGGAAAAACTCTAGAGAGAAAATTCTCCCTAGAGTTCTTGAATTGAGAGAATATGAAAGGGAGGCTACAATGACCTTATGGTGGCCATCTGTTGTAATCTCTAAACCCTAGGTTTAGTGTTCTATTTATAGGAGAAAGGCCACGAATAAAATATTCATTTAAAATCAATTATTTCCATAACTGATTTAATCTTTTCCATAATTAATCAATTCCATAACCAATCAATTCTATAATTGATTAATCTTTTCCATAAATGATTGATCACTTCCATAAGTTATTAAATCATTTCCATAAATGATTAATTACTTCCATAAGTGATTAATCATTTTCATAATTGATTAATTTCCAATTAATTAATTCTTTAATTAATTAATCAACAAATAAATATCATATATTTAATTTCTGACCTTCTATTAGTTAATTAATTAATTACCCAATTAAATATTATATATTTAATTTCAGGCCTTCAATTAATTAATTCTATAATATGAATCAAATTCATATTAAAATTTAAACTCCTTCAAATTCTCTTATATCCTATAAATTTAATATGAATCAAACTCATATTAATATTTGAACTTCTTCAAATATTTATTTCTCTCAAAATAATAAAGTTTAATCTCAAATTAGACTTTATATTTTAATGTATCACTATACATCATATTAATTTGTATCTCATACAATTAACTTAATTCCCAATATGAATTTGAACTATTCAAATTCTCTCAAGATATAATTATTCCTAATTACTCTTTACGAGCTAGCAGGGGGTCTAATGGATCTACAGATCAGAAGCTCTAATGATATGAGGTTAACTGATTAAACTCATTAATCAGGTTAACCAATATTCATGAACTGTGGGTTATTTCACTAAAGGCCCGCAACTGAACTCTACTCATTGTAGAACAGTTTTGTATCCACGGATATAAACCTATACCGGTAAGTCAATCCTTCACGAGTGTCCGTAATCACAGCTGGGTCAAATTACCGTTTTACCCTTGTGTTACATCTGTCTCCGTAAGTACCAGCGCTCCTCTAATGAACAACCTGTTTATGGTCCAACCATTAAATAGAAAGTCCCTCTCAGGCCAGTGAGAGGGCAAGAACCCTTTGTTCAAGTCCTGGAGTTACCACTTAAGGGAACACTCATCTACTTCTCCTTGAAGTGGGAAGGAGTGAATTCATTCTTGTGTTGTCATGTCCCCAGCCTCCCACTTGGTCTTGTGCCCAAAAAGGAAGACATATTGAGTCGGCGTATTGGCCACTCTCACCCATGCTAATCAAAGGACAATCCCTCATGAGAAGGAGTTCATGACACACTCAGGATTAAGACTGAGTTACCTAGGTCATCCTATGGAAACAATAACCTGACTAGTTAACAGTGTTATATCTAGTGGTTTACTATTTTATGGTCCGGTCTTGTGCAAACTCATTGCATGGGATACCCCCGCTTGCATGTCTACTACATGGACGCTTTGGATCAATACGTCTGTATCAAATACAAAGCGAGCCATATCTCATAACCAGGATAAGGTACCCAACCTTATCCTTGTACTATAGACCTTTAAAGTTTTTACTTGAACACATCGATCCCCGTATGTCCCCACATACTAGTTCAAGTTACATACAAACAACCTTGGATCTTAGTTTATTGGATTTGGGTCAAATTGTGCAATATTTAACAATAACACTTTATTGTAGAAACTCAATAACACTTTATTGAAACAAGTATACAATTTGTTTACATTCACTATCTACGAGTTTTAGGGCATAAAACCCAACATGTATCAAGGACCACCACTTGGATCTTTTCTACTAATCTCAGACCTTATAACGGATTGTGGGAACCTCTAGTGATAGGAATTGGAGGGATAAGCTTGAGGGTTCAAGCACTTTTGAGAGTTTGAGCTTTGGTTATTCTAGAACCAAATTGGCAGCATTTCAAGTTGAAGTCTCATAATAGTTTCCATCAACTAATCCTATATTTCTAGAGGAAATTCATGCATTCAAAATGCACAAAAGATTGACAGCAATTTGGGATTAATTTGAGCCAGAGGATCATGTGGAACAAGAAGGCTAATCTATAATGATTAGTGACTAAGCACCACCTCCTAAAATTGTGAATTTTTTAACTTCTTTAAATTAAAAAATTTGTAATTTTAATTTGTAATTTATCAACTTCAAAAATCCAGATTTAATTTTCAATTCTAATTTAAAATTAATTTTAATTACAAATTTATAATTAATTACAATATAATTAATCAATAATATTAATTTAATATCAAATATTAATTAATAGTATTCTATCGATCTCGACTCTTCTCTAAACAAGTATTCTCAAACATGAGACACTTTTCAAGTGTTTAATATTTCAATCATATTTAAATACAACCAACCCTCAAATTATAGTTTAATTCGAAATTAAACCAATATGTCGTTAATGTCATATATAATCGACATTTATACCATAATCCGAATTTGAACGTTTCAAACACTCCTATCATATTGTTCCAAGGTTTATTCCTATATGAGCCAGTAGATGGACCTAATGGACCTACAGATCATGGTTTCCAACGATCCGAGAATAACCAGCAAAACTCATTAACCTAGTTATTCGAAATTCGTTAGCTACCGAGACACTCCACAATAGCCCGTAGTTGCACTCCCCTCACTGTATATATATTTCCAACTACCTGATATAACCATAATTAGTAAGTCGACCCTTCACAGGTTGTTTGTAACTCGAGCTGGGTCAAAATTTCGTTTTACCCCTAAAGTCACATTTTGTTCCTTAAGTCCCACTGATCCTCTAATGAATAATTGGTTCATGGTTCTTCCCCCGAATCGAGTCCCTTTCGGGCCAATGAGAAGGTGGAGCCCCTTGTTCAAGACCTGGAGTAAGTACTTAAGGGAACAACCTCTCTATTATCCCTAATATGGGTAGGAGTGAATTTTGTCTCGCAAGACTATGTCCCCAGCTATCTATCCAGTCTCATCTCTAAGATGGTACGTTTATTGAGTTGGCAAACTCGGGCCACTCTCACTCATGCAAATCGAAGGACAATCTTGAATAAACAGGAGTTCATAGTTAGCTCAAGATTAAGATCGAGTTACCTAGGTATCGCATGAGATAGTCAATTTCATCAGTAAACAACGTTATAAAGTGAAAGTGACTTATCTCGCGATTTGGTCGCTATGCAAGCTCATTGCACAGGACGCCCTCACTCACATGTCACTACATGAACGATTCAGGATCACATCATCTGTATTAAATACAAAGTGAGACGCGTCAATAGTGTCCCCAGGATAAGGTACCAATCCCTATCCTTATACTGTAGACTATTTAGGCTATTTACCTGAACTTGATCCAAATTTATGTCGCTTCACAAAGTCCAAGTATTCACAATATAACCAGGGGTTATTTGGTTATTTTAGGCATGAGGAACATATATAATCAATAACGCTTTATTAGTGAACAATCAAGCGTTACATTTACTATCTACGAGTTTTAGGGCACAAAACCCAACAACTATTTCGTGGTTGGATCTTATGCAAACTCATTACATAGGATACCCCCACTCGCATGTCTTCTACATGAACACGTTGAATCACTGTATTTATATCAAATACAAAGCGGGTCGTATCTATAGTGTCACCAGGATAAGGTACCCAACCTTATCCCTATACTATAAACCTTTTAGGTTGTTACTTAAACATTGATCTCCATATGTCCCCACATACAGTTCAAGTTACATACAACAACCTTAGATGTTTAGTTTATTGGATTTAGGGTTAATTAATGCAAAACGAAAAATAACAAATTCAATAACTTGTTATTGATATAAATTAATTTTAATTAAAAAACATCTTATTAAATAATTTCAATAACTCTTTATTGATATAAACTATATTAATTCAATAACACCTTATTGAATAATTTAAATAACTCTTTATTGATATAAACTAATTTGTTACATTTACTATCTACGAGTTTTATGGCATAAAACCCAACAAACATAATATGCATTTTCCAAAGGGTAGGAATAATGAACAGTAGCGTGCAAATTTGATCAACAGAGACCTCAATATTGAAACAAATTATACATGAATAGAGGACACATTCCATGCCCGTGAGGAGAGAAACAAAACACAGTATCTGAATCAACATAGCCCACAAACGAAACACACAGAAGGTAGTTCAGATCGGAGGCCTTAAGCATGCAAAATCATCATTTTCAAATAAAAAAACGTGTGAAACAAACTCCTCATCATCGACCATAAGGAAGAAAAACGAACCTGTTTTGTAAATATACGAACGCACCTACCAAGCTTGACGGTACTGAACCCTTCTCCTACCCAAACTCTTGACTCATTCATCACGCGGTTGTGCTTCTCAGTCTCAAATCACCCACCAAACCAAGAATGAGGTTGTCAAATGGGAGGAAATCACAGCTAGTAAAGTTGAACATCCTAGACGCGGTAAGAGACAAGGCTCGGAGCTTCTCGAGTGGCAAGGGTTTGGGTAAATGGAATCAACGGAATGACAGATCCATGGAAAAGACGGATCCACAGACCTATTGTGGAGAAAAGTTAGATCCATGGAAAATTGGGTTGCGTATGGAGGAAGAGAGTGTTTGGAAGAAGAAACCAGACGAAGACGGTCTAAAACACGAAATAAAGTCGTCGAACTTCAACCATGTCGTTAGGTCGAATGGAAGACGGTCGTCGACGACCATGCGAGAATAG

mRNA sequence

ATGATTGGGACTGATTCATTAAATTCACCAACTGCTTGTGAATTAATCACGAACTACTGCGAACACCACCACTATGGCTACACAGGAGTTCCTCTCGAGCCAGGAGAGGACAGCGCGCCTTTGTTCAAGTCCCTGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAGGAGTGAATTTCATCTTGTACTGTTATGTTCCCAGCCCCCATTCGGTCTTGCCCCTGAAATGGATATCCCCACCCGCATGTCTCCTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAATACAAGGTGGGTCGTATCACATAGTGTCACCAGGATAAGTGGTTTACTATTTTATGGTCCGGTCTTGTGCAAACTCATTGCATGGGATACCCCCGCTTGCATGTCTACTACATGGACGCTTTGGATCAATACGTCTGTATCAAATACAAAGCGAGCCATATCTCATAACCAGGATAAGGATCACATCATCTGTATTAAATACAAAGTGAGACGCGTCAATAGTGTCCCCAGGATAAGTCTCAAATCACCCACCAAACCAAGAATGAGGTTGTCAAATGGGAGGAAATCACAGCTAGTAAAGTTGAACATCCTAGACGCGGTAAGAGACAAGGCTCGGAGCTTCTCGAGTGGCAAGGGTTTGGGTAAATGGAATCAACGGAATGACAGATCCATGGAAAAGACGGATCCACAGACCTATTGTGGAGAAAAGTTAGATCCATGGAAAATTGGGTTGCGTATGGAGGAAGAGAGTGTTTGGAAGAAGAAACCAGACGAAGACGGTCTAAAACACGAAATAAAGTCGTCGAACTTCAACCATGTCGTTAGGTCGAATGGAAGACGGTCGTCGACGACCATGCGAGAATAG

Coding sequence (CDS)

ATGATTGGGACTGATTCATTAAATTCACCAACTGCTTGTGAATTAATCACGAACTACTGCGAACACCACCACTATGGCTACACAGGAGTTCCTCTCGAGCCAGGAGAGGACAGCGCGCCTTTGTTCAAGTCCCTGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAGGAGTGAATTTCATCTTGTACTGTTATGTTCCCAGCCCCCATTCGGTCTTGCCCCTGAAATGGATATCCCCACCCGCATGTCTCCTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAATACAAGGTGGGTCGTATCACATAGTGTCACCAGGATAAGTGGTTTACTATTTTATGGTCCGGTCTTGTGCAAACTCATTGCATGGGATACCCCCGCTTGCATGTCTACTACATGGACGCTTTGGATCAATACGTCTGTATCAAATACAAAGCGAGCCATATCTCATAACCAGGATAAGGATCACATCATCTGTATTAAATACAAAGTGAGACGCGTCAATAGTGTCCCCAGGATAAGTCTCAAATCACCCACCAAACCAAGAATGAGGTTGTCAAATGGGAGGAAATCACAGCTAGTAAAGTTGAACATCCTAGACGCGGTAAGAGACAAGGCTCGGAGCTTCTCGAGTGGCAAGGGTTTGGGTAAATGGAATCAACGGAATGACAGATCCATGGAAAAGACGGATCCACAGACCTATTGTGGAGAAAAGTTAGATCCATGGAAAATTGGGTTGCGTATGGAGGAAGAGAGTGTTTGGAAGAAGAAACCAGACGAAGACGGTCTAAAACACGAAATAAAGTCGTCGAACTTCAACCATGTCGTTAGGTCGAATGGAAGACGGTCGTCGACGACCATGCGAGAATAG

Protein sequence

MIGTDSLNSPTACELITNYCEHHHYGYTGVPLEPGEDSAPLFKSLNQPLREHTSTYPNRGRSEFHLVLLCSQPPFGLAPEMDIPTRMSPTWMLWIIASVSNTRWVVSHSVTRISGLLFYGPVLCKLIAWDTPACMSTTWTLWINTSVSNTKRAISHNQDKDHIICIKYKVRRVNSVPRISLKSPTKPRMRLSNGRKSQLVKLNILDAVRDKARSFSSGKGLGKWNQRNDRSMEKTDPQTYCGEKLDPWKIGLRMEEESVWKKKPDEDGLKHEIKSSNFNHVVRSNGRRSSTTMRE
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (cylindrica) v1
Date Performed: 2022-08-01
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 261..277
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 261..295
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 278..295
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 218..240
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 226..240

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spg032216Spg032216gene


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34310627..34310643CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34310793..34310860CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34311840..34311997CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34312202..34312299CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34314579..34314717CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34316437..34316495CDS
Spg032216.1-cdsSpg032216.1-cds-scaffold2:34317582..34317930CDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spg032216.1Spg032216.1-proteinpolypeptide