Cucsat.G18709.T11 (mRNA) Cucumber (B10) v3
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TCCTCTATTCTATTTACGTAATTAACAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGAAAGAAAAAAGGAAAAAAAAGGAAAAAAAAGGAAAAAAAAGGGAAAAACACTTTTACGTGAACTCTTTCGCACAGTATACGCCGAACGGCGGTCGTTCCTTTCGTCTTCTTCTTCTTCATTTCTAACAGTCTTCACCGCCGGAAAATTCTCTCAACTTCTCCCTTACAGCATGAAGCGCGTCTTCGAAGAAATTTCCGACGAAGAGTGGTCCAATCACTCCTTCAAGCCCTCTCGCGTCTTCACAAAACCACAGACTGAACCTTCGATCCCTCCTCCGATTGAATCTTTCGCATACCGACCCCACCAGCTCTATATTTCCGACGAGAGTAGCGACGATTGTGTCGTAGTCATGGAAAGTTCCAAAAATTATGAGGAAAATTTGGAGGACGAGGATGTCGAGGTTGAGGGAGTGAAATCCACCACGGCAGTGAGTCGTGGCCGTCGGTTTGTGGTTGATGACGAAGATGATGAAAGTGAGAGGGAATTGACTGAGGTTTGTGATGTAAAGTCGACGAGCGAGGAGGAGCTGGAGGAGGGTAGGGAGGATGACGATGATGTCGTCGGTAAGGCTTTGCAGAAGTGTGCAAAATTATCTGCCGAGTTGAAGAGAGAGCTGTACGGCTCTTCGGTTTCTGCCTCTGAACGATATTCAGAAGTGGAGTCTTCTTCCGTTAGGATAGTCACCCAGGTACATCTCAGAGTTCAATCTGAATTGGAGCGCTTTTATTTCCTCAGCATAATTATGGATTGATGTTGAATGGTCTTCTTGCTCGGTTTTGTTTTGTCCCTTAACAGATTTAATAGTTTTTGTTTAATAAGTGGATGCCATAAATCAACATCTAACCCTTTTATGATCCGTTAAATGTGTATATTGTTTGTTCTTTTTGTAAAACGAACCTCACAAGGAGAAATGAAAAAAATGAACAAGAACAAAGCCCGTACAATTGAGCCAAAGACTTTGCAGGATAGAGCTTCAATTGTTGCCATTTTTTTTTTGTTTGGTATGAAATAATTTTATTAATGTTGTGAAATTTACAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAGAGGAGAATCTTCTTAGAGATGACAAGAGGTTTCCAATTTGTTTAAAGGGAAGCATAGGTATAAGACTTAAAGGAAGTTGGCACTGTACACCAGGATATAGCAAGATAAATTACCTGATCATAAGACCTATTGCAAGCATGTTTCTTATAGTAGACAGAATTCTTTTATTTCTTTTCATCTAAAAGGTCCCAAAAGAAAGACATAAAAATGTGCAACCACAACAATGCCTCATCCTTCTTTAGAAGGTGGCCAGAGAGGATGGTGAAGCGAAGGGTCTTCATGTCAATAGGGAGGGTCATCCCTCTTGACGATCTTCAACCTTTTACTCCAATTTTTCTGGTTTGGAGATTAATATGGCGAAGTGCCAACTCTTGGGGTAAATTGTCATTTGAACACAACTTGGGGTAAATTATCATTTGAACAAGGTGGGTAGGTGCGTTGATATGGTTGGATGTGAGGTGGGGTCCTTCCTTTATCTTGTCTTGGTCTTCCCGCTGGTCATAGCTTAAAATGTCTAAAGTCTTGGGATCCTGTGGTGAGTAAGAGTAAGATTTGAAAGAAGTTGGCACTTTGGAAGGGGGTTTTTGTCTCTTGAAAAGAGGCAGGATCCTGATCTAGTATTTCTATGTTTTGAGTTGGATTCCAACCTACTTCCTATCTCTCTTCAGGATTTGGTGTCAGTTTGTAAACTTTAGAGAAGATCAGGAGTGATTTCCTTCAAAATGATGGTGGAGGAGAGGAAAGGGGCACACTTAATAAATTTGTGCTGTCCTCTTTTGAGTTGATCCTTTATCTCTCTTTCTTTTCCTAATTATAAGTGAAGTCCTTGTGCTTTTGTTTCTCGAATTCATGAGAATGGAGTTTTTGAAGGTCTCATGGTGGAAAAAGATAAAATTCACGTCTCAATTTCGCAAGAAACAACTCTTGTGGTTGGATGATCCACTTTTATTCTGCAAGTATAATGAAGCTATGTTGGATATTCTGATCCAAACTATTAGGTTCTTTGAATGGTGCTCCGGACTCAAGGTAAAGGAACAAATCATTCTTCTGTGGTGTTAATGTTGATGATAAATTTATGCTTTCTACCTTCTCCATCTCCAAGCTGAAATGTAAAGCTGAAAAGCTACTGTTTTTGTATTTGGGTTTCACTTTCGGTGAGATATCCAAAGCAACTATCTTTTTCGTGGCTAATTATAGATAAAGTTTATAAAAAGCTAGACAGATGGGGTGGGGGCAGTATATTCGCAGGAGGTTGATTAACTTTGAGTAATGCAGTTTTGGCAAATTTACCTGCCCATTATATGCCAATGTTCCTAATGCCCAGTTTGGTGATCTCAGAAATGGAAAGAACTATTTGCTCATTCTTATGGGAAGTTTAAAAAGGGAGTAAACTGGAACATCTTGTGAATTAGGATTCCACTTCAAAGTCTTTACAGGGTGGAGGTATCGACTTGGGAAACTTGGAAAACAGGAACTTGGCTTTATTAAACATATGGAGTTGGAGATTTATTAGGAAACCTGATGCACTTTGGTGCAAAGTAATAAAGAGCATTCATGGTGTTACTTGTTAGCACCTTTCAGTGACATACATTAGGAAAGTATGGTTTGAGTTTGAGAAGCCCATGTTTTAGGATTTCAAGATTTGGAGTAAATTCTACTATCTAGTTAGGAAATGGGGGGAATATTTACTTGTTGCTTGATGTTCGGAGTCTTGATTCTTCATTCGAACTGCATTTCCCTCAACTATTTGATATAGCTTCATTCCCAAATGGTAATATATTTGATAATTGAGATTTAGAAACTTGTTCAAGTAACTTTCTTTTCCAAAGCAACTAAATGATAAAGAAATTTTAAAATTTACAACAGTTGAGGAGGAGCAATTTGGCTGACAAGCATTAATCTCAATCACCTCTTTTCTATTCTGGGTGATGACCATTGGATTCTTCAAGGAAATTTACTGTTAAGTGCTAACTCCTCATCCAACCACTTGATTACCTCGTCCCCTTTAAGAAAAGGAGATTGATTAGGCTTTGTGGAAATCTAAGAGCCCTGAGCTTATTAATATTTTGGTGTGAATAATTATTTTTGGAATCCTGAATTGTTCTACTACTTTGCAACATAAGCTTCAGGTGCACTAACTTTTGCCTTCTATTTGTACATTATGTATGGTGAACTGTGAAGATTTACAACAAATCTTGGTTGGCCCCATATTATCTTCAATGTCAAATATTACTGTTCAATATAGTCAAGGGGACCCACTCTCCCCTTTCTTATTTCTTCTGGTAAGTGAAGTTTTGAGTTCTTTGATTGCAAGACTACACGAAAAGGGGCTGTATTAAGGATTTTGGGTTGGAAAAGAAAAGGTGTATGTCTCTATTCTCCAATTCGCTGATGACACCTTAATTTTCTGCAAGTTTGATGATGAAAATGCTTGATAATCTTGTGCACCAGAAAATAAATTGGGAAAGATTTGCTGTACGTGGCATTAATGTTGATGATGGGAAACTTCTCTCAGTGGCAGCAAGGCTAAATTGTAAGGTGGAGCACCTTCCACTTGTGTATCTAGGCCTACCCTTGGGTGGCTGTCTGAAGGAGGTGGAGTTTTGGCAACCGGTTATTGATAAATTACAACGCAAGCTGGACAAGTGGAGAAGATACAATCTTTCTCGAGGAGGAAGAGCTACCCTTTGCAAATCAGTTCTCTCTAACCTTCCTATTTATTACATGTCTTCCTCCAGGTAAGGTTTTATCAAAGATAGAACAAGTTCTGAGGAACTTCTTTAAGGAAGGGAACAAAGGTGGAAAAATTAATCATCTCTCTTTGGCTTCTCCGCTTGACATGGCTCTAAAGAAGGCTTTTTGGAGGACGAGAAGTCCTAGACGAGTTAATATTCTGGTATGGATTATAATAGTTGGTCACTTAAATTGCTCCTCGGTCTTACAAAGAAAGTATCCTTCCCATTGTGTGTCTTCAAGTATTTGCGCACTGTGCAAAGGAGAAGAGAAAGACATTCAGCACATCCTCTTTGAGTGCGGTTATGCTCAAAACTGTTGGTTTGCATTATTTTAAATTTTTTGGCATCAGCTGGGTTTTTGGAAAAACAGCCGCGAGCAATGTTTTTCAGATTTTGGTGGGGCCAAAGCTTAAAAAGAATCAATAAATCCTGTGGATTAATGGGATGAAAGCTGTGTTGACTTATTGTGGTTTGAAAGAAACCAGAGGGTCTTCCATGATAAGGAAACTCCTTGGTTACTAGATTTGAAGCAGCTCGATTGAACGCATCCCTTTGGACCTCTCTCTCCGAGGCTTTTGCTGATTATTCAAGTCAAGATATTAGTTTAAACTGAAGTGTTCTCGTTTCCATGAATCGCGGATGATACCTTAGTTTGCTTGGTTTTTCAGTTTTAAGAAAACTTAAAGGTTGAAGAAGTGAAAACTTGAAGGTTGAAGAAGTGAGTGAGTTTCAGATTATTAAGGGGCTTTAGTCACACAGGAAAGAAAGGGTTGTAATCAACCAAAGTTAGTGGTTGTTGGCTCCTATTGGAAATTTTTGAGTTAATTCATTCCTCCGAGTTAAAGCTGTAATAATTCTATGGTATTACAGAAGTCTTAGTCGAAAATCGTTAATCTAATTTGGAAAATGGCTTTTGGTCACTGCTTGTCTTCTTCAATCTGCACTTTTGCTTTGCTGCTAGTGACTCTTCACACAACCTAGTTTTGATTGCTTATTGTCAACTTGTTTGCATCGTTTTCAGAATTTTGTGTTTGGGAAGATCCTAGAGATTTATTTTCGAGCAAGCTTCTCAGCGTAAGACCTCGATGGAGTCGTCAACTTTTAGCCTCCTCGTGGTGTTCCTTCTCCAAGGATCTCGAGTTTGTC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Match: Q9ZUL5 (Protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=ETL1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 862.8 bits (2228), Expect = 1.9e-249 Identity = 411/523 (78.59%), Postives = 472/523 (90.25%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9VL72 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 homolog OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=Etl1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 355.9 bits (912), Expect = 7.7e-97 Identity = 213/506 (42.09%), Postives = 296/506 (58.50%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: E7F1C4 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1B OS=Danio rerio OX=7955 GN=smarcad1b PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 355.1 bits (910), Expect = 1.3e-96 Identity = 210/532 (39.47%), Postives = 316/532 (59.40%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5FWR0 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=smarcad1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 346.7 bits (888), Expect = 4.7e-94 Identity = 198/502 (39.44%), Postives = 301/502 (59.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9H4L7 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCAD1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 338.2 bits (866), Expect = 1.7e-91 Identity = 197/515 (38.25%), Postives = 301/515 (58.45%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. NCBI nr
Match: XP_004140399.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 [Cucumis sativus] >XP_031741288.1 protein CHROMATIN REMODELING 19-like [Cucumis sativus] >KAE8648070.1 hypothetical protein Csa_018841 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1043 bits (2698), Expect = 0.0 Identity = 523/523 (100.00%), Postives = 523/523 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. NCBI nr
Match: KAA0067170.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK26018.1 protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1023 bits (2645), Expect = 0.0 Identity = 512/523 (97.90%), Postives = 518/523 (99.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. NCBI nr
Match: XP_008460215.1 (PREDICTED: protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1023 bits (2645), Expect = 0.0 Identity = 512/523 (97.90%), Postives = 518/523 (99.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. NCBI nr
Match: XP_038877194.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1010 bits (2611), Expect = 0.0 Identity = 504/523 (96.37%), Postives = 515/523 (98.47%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. NCBI nr
Match: XP_038877196.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1010 bits (2611), Expect = 0.0 Identity = 504/523 (96.37%), Postives = 515/523 (98.47%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KSU2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G272400 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1043 bits (2698), Expect = 0.0 Identity = 523/523 (100.00%), Postives = 523/523 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DR37 (Protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1567G00230 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1023 bits (2645), Expect = 0.0 Identity = 512/523 (97.90%), Postives = 518/523 (99.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CC04 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499098 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1023 bits (2645), Expect = 0.0 Identity = 512/523 (97.90%), Postives = 518/523 (99.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FXC0 (protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111447914 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 991 bits (2563), Expect = 0.0 Identity = 494/523 (94.46%), Postives = 507/523 (96.94%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G18709.T11 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JU99 (protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111487952 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 989 bits (2556), Expect = 0.0 Identity = 493/523 (94.26%), Postives = 506/523 (96.75%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (B10) v3
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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