CcUC06G115520.1 (mRNA) Watermelon (PI 537277) v1

Overview
NameCcUC06G115520.1
TypemRNA
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCicolChr06: 6945139 .. 6950481 (+)
Sequence length204
RNA-Seq ExpressionCcUC06G115520.1
SyntenyCcUC06G115520.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGTGTGATATATATTAATTTTAGAGTCAAATTATACTTTTTGTTTGTTTGGGTCATTTTCCTTAAACATAATTTAACAATGTGATTTGAAGTGGATTGGAAAATTATTATAAATAGATAAAAAAAAAATCAAACTATTTATAAATATAAAAAAATTTTATTGTCTAACAATCGTAGAAGTTTAATTATCGCGGTCTATCATTAACAAGTAGTAAAAATTTTAAATAATTTAACTCATTTACTATATTTAAAAATTGCTCCAAATTGATTTGTAATTTTGTTGATTTGATTAAAAATGGATAAGTAACTTGATGGCATGGTTAACTAAAAGATACTTTCTTTTTTTTGTTACTAATTATTATTGTTATTTGTATAAAAGTGCTTTTATTGGGAAAAGTGCAGTGTTGTTTCAAATCTTTAGCTTTCTTTGCAATTTAGATAAATTATTCGTTCAGGCCCTTTCGCTACCAACTTAAAGCTGTTAAACAATAACACTATCAAAGTTTAAATATTTATGGGAGAATTTTATTTTTTTCTCTTTTTCTATTCTGTATATTTACAGAGGAATTTGTTTTGTTGACTGTATACCTGAGACACAAACTTCTTAACTTTAACATAATAACTCCAAGTTATTAACTCTATCTAATGAATTAAAGACATTTCAATATTTCAACTTTGGGTTTAGTCTTTAATTTTGAGATTTGTATCTATTTGATTATTAAACTTATAAAGTGTTTATTAGATTTTTAAGTATGATTTTATAATTAATAGGTGTTTGAACCATTAATTATGGAAGACGGGTTTCTTATCAAGAAAATTATAAATGAGTATGAAATTGCCACCGGGTGAGTTAATTTTGAAAATTTCAACCATAAGTAATGTGTTTTTTCTTACAAAAAGATTTTTTTATCACTGTTTTGGAATGAGTATTGATTAGGGAAAAGAGTAATTTATGCCCCAAGAAATTGTGGGTTGTCAAATAAATTTTAATCTATCATAAATAAATCAATTTTTTTTTTTGTTAGGATTCCATTTTAGAACCGTTAATGCTTATTTACCACATATATAAATTTTCTTTAATGTAAGAATTAAAAATTATTAAATAGAAATACAAGAATGAAAGGGATAATAGTGGTTTTTACTTCATGAGTGATTTCTGGATCTTCTTTTCTTTATCTATTTTTTCTTTTTACTTATTCATAAAGAATTACATGACAAGCTGCTTAGATAGGATATTTTGAGAGAAGGATGATCTTATTAAGGAGTAGTTTAGAATTAATTTTATTGAAATTAAGTCAAAATAGTTATAAATATAAGGTTAAATTACAAATTTTATGAACTTTGAGGTTTATGTCTGAAAAAATTCAGCCAATCACAAGCTGCCACATCATGGCAATGAAAGTCCATTTTATTAGTTCACGGTCAAGTAGGAATTATTGTATTACCCCTAAATTAAAAATTTGAAGACAAACAAATGGCGAATTTAAAGATGCCACGTGTCTTCAATCTGGCTATCTAATCACAATGATAGGCTTATCGAATTCAACAGTGATTAAGTTTGAACCATCATAAGCTTCTCCAAGTAGCTGAATTAGACTTGAAATTATTAATAGAATCCGGCGAGTAATCTAATCCATTCGGGCCCAAAATTCACCCTAGTTTAAGTCTATAGTGGAAATTTGGGCCAATTAAAATGTTGGGCTAAGACTAAGCTCAATTTATGGGCCCATAAGTAACCTAACCCAAGGCCATGTGAGGCCTCTAAGAAACTCTATAAATAAAGGTCTCCCATAAGTAACCGTGCCTGAATCCATGTGTGAGGTCTCTAAAAAACTCTATAAATAGGTCTTACCCTTCATTTTGAGGGGGTTGGAAGAATGGAAGGCTAAAGCTCTCAAGTTTTGAAGACTGAAGCTATCAAGCAAACCAAGCTCTCAAATGATCTCAATAACTGAAGATTGAAACTATCAAGCTTTGAAGATCGAAGCTTTCAAGCTCTAATGTTGTTATTGTCGCCACGTGCCCGAGACGACGCGGAGCGATCGACTTCCTCGAAAAGGACTAATTTTAAAAGAAAATAAAAAAGAAGTCGCCACCAATCTTTTTTACGGTGTGATTGGACACCGAAGTAAAATAAATAATTTTTAATTAAAAAATAAAAATAGTCTACGAAAACTAGAGTTGAGTTCGGGAGCCATTTGTGTATGGGGAAGATGTTAGCACCCCACAACACCTGTTAAGCAAAACGGTGGTCAATTTATTTTTATCTTCAATTGAAAGTATTCTTTAATTGTTTTAAGAAAATAATGTCTTATTTTACCCCTCATTACTCTAATATTTGAAGTAATGATCCCATAAAATAAGTTGAACAAATTCCGTCAATTTGACTATATTATAATTGAGAAAAAATTCCTCACCACAAGAAAGTGAGAAGTTATTACATTTTCTCAAAATCCATCCTAGGATAGTCTTTAAATAAATGAAGTTTTTATAAAACATTAATTAAATTCATTTTTTTCTTGAGATCAAATCTCGGCTCCCAAAGATGTGATCTCTCACCTTAAGAATTCTAAAAAATCGGACTCCCAAATTTCCTAGATTCCATCTAAAAACAAGTTATTAGAAAAATAGTTGATTAGCAAACCTTTTAAAATCATAGATTAATTCGTGGATGCTAGAAGACATAATAAGTGTAATTTTAAAGAAAAGAAATTCAAATGCTTTAGGAAGAGTCTTGTGAGAAATTTTAAGAAACTTAGATAAATTTAAATTAGAAAGATTTTAAAACTTTGAGAAATTTTGATTTAGAAAGATTTAAAAAAAACTTTGGAGAATTTTAATTAGAAATTAAATAATACTTAATATGAACATTATATAAAAGAAACATAATTAAAGAAGCATCATAATAAATTAAACAAATATAAAAGGGCACAATAAATTTAAAAAAAAAACATATTGGAGATTGATCTTGGATTCCCAAAGAATCGACTCCTCACCTCAAGAATTTTAGAAAATCGGACTCCCAAATTTTCTAAATTCCATCGTCGGAAATTTTAAGGAAAACTCTTTTGAAAACATTTTTTTTTTAAAAAAAAAAGAGAGATTAAAACGTCTTCTTTAGCAAAACTCAAAGGAATTAAATATTAACGATTTGAAAATAAATTTAAAATTATTGAAAATGCTAGAGAGACGGTTCTGAAAAAGGACATTAATCTAAATATATAAAGTTACATTGATAAAATATATAATTCAATAATACATTTAAAGTAATAAATAAATAAGCAATGATATTAACAAATATATGAAATGTTTAATAAAACATATTGAAAATCAATCTCGGACTCCCAAATTTTTTAGAATTTGTCGTCGGAGTTTTTTAGAAAAAATAAATAAAGATTAAGAACATTAGACTAATATCACTTAATTATAACACAACATGAATATATTAGAATAGTGACAAAAGAAAATTCTTAAAAGATAAAATGATTAAATGTGATACTTAAGATAAAGTAAACAAATAAAGAGCAAGAAAAAGGCCAAATAAAGAATATAGAAAGATAAATTCGAGAAAAAAAATAATAATAATAATATTTTTTTTAAAAAAGAAAATAAGTGGCATAACAAGTAGTAAAATAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAGTTAAAGACACGTTGGTGCAGTTACATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAAATAAATAAATGATGCTAAGAATAATAATAATAATACTAGTAAATAAACAAATAACTAATAAAAAAAACAAAAATAGTAACAAATATCTAACACTCTTAACACTTCTTTTTCTCAAGTTACTTGAAGAGGTAGAAAAAGAAGAATTTAAAACAAAGTTGGAAACAAGAACACCAAACTCTTGTTGTAAGTAAGAATGGAGGCTCTAAAGTTTTTAAAGAGGGGATTTTTGGTATAGTTGCTATGTTTTTGTTCTGAAAGAGAAAATGAGGTGGATGGAGGCTCTAAAGAATTTTTGTTGAGAAAGAAGGGATTGGTGTTTGATGAGGGAAAAAAATGTGTAGAGGCTAGAGTTTTTTGAAGAGAAAATGCGAGTTAATGGAAGTAGTGGCTTGGCAGGGTTTTTGGGAGAGAAGAGGGGATAAAGTCTAAACCATTTCCACAATTGCCTATTTTTTTTAGTGGATTTTATTTCAATTTTGAAATTTTGCCAAACTTGGCTTAAGATAACAACCAAAATTAGAATAGAAAATTAAGATAAAAATTAATCTCAAAATAAATTAATTTAAATAAAACCGGATAAAAAGAGGTGGCTACAGTTATTACTGTGTTGGTTGCCGTTATTTTCTTTTATCTTTGGTTTGGTTTGGTTAGCTTTTTATCTTTGACTTTATGCGTGGCTTGTAAAATGGGCTTTTAATGATACATAAACCTTGGCAAAAATAGGAAGGAAAGAGAAAAAAACAGTCATTAAAGCTATAATCATACATTTTTCGTGGGCAAAAAATGAAAATTTTTAAACTTTTTGAAATTTATGACAGTTTTTTTTGTGCACTAATTTATGACAGAAAATAACAGTCATTAAATATAGGAAAACAAAAAAGGCAAAAGACGAAAATTTTCAAATTCTTTTTTATTATTTTGAATTTTTTTCCATTTATGATTAGAATTAATAGTAATTAAAGTAATGATATTTCTTTAAAGTTAATCACCGATCTATGGCTAAAATAAAAAATAATATTTGTTTTTAAAATTTGTAATTGATACATTTTAATCTTCAAATATAATATCTATTTTTAGTTAAAAAGATAAAGGAAAAAGAAAATGATGAAGCCGTAGCCCCACCTCTTCATCTCTTTCCATCTCTCTAAAATATGTGAAAACTCCCATTCTCTATTTAGTCACTTCTTCCTTCACTTCTCCTTCTCTCCGCCAGCTCCTTCCATGCAAAACCCACGTGATTTGGCTCATACCCGTGCGATTTCAACATCTCTCATCAACATTTTTTCCTTTTGGTGAGTTTCGGCTCTAACCCACTTCCATTATTCCCTAACGCCTTAAAATCTGCAGGATTAAGTTCACTTGACACAAACTAGTCAACTTTTTAGTCTTTTCGAGTAAGAGGATTCTTCATCATTCATCATTCAATTCATTGTGTTCTTCTTTTAATGGGTAACATTGCTTCAAATTCCTTTCGTGCTAGATCTAATTGTGTTTAGAATTTTTCATAACACTTTACAGCACTTGTTGTAGATTTTTAGTAGTATCATATCGAACACTTTCTAGTGAAGTTTCAAGCTCTTTTTTATGATTTGTAGATAATAAAGCAATGTTTAGGTGTTTGTAG

mRNA sequence

ATGGTTGCTTTTATTGGGAAAAGTGCAGTGTTTGAACCATTAATTATGGAAGACGGGTTTCTTATCAAGAAAATTATAAATGAGTATGAAATTGCCACCGGTCACTTCTTCCTTCACTTCTCCTTCTCTCCGCCAGCTCCTTCCATGCAAAACCCACGTGATTTGGCTCATACCCATAATAAAGCAATGTTTAGGTGTTTGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGTTGCTTTTATTGGGAAAAGTGCAGTGTTTGAACCATTAATTATGGAAGACGGGTTTCTTATCAAGAAAATTATAAATGAGTATGAAATTGCCACCGGTCACTTCTTCCTTCACTTCTCCTTCTCTCCGCCAGCTCCTTCCATGCAAAACCCACGTGATTTGGCTCATACCCATAATAAAGCAATGTTTAGGTGTTTGTAG

Protein sequence

MVAFIGKSAVFEPLIMEDGFLIKKIINEYEIATGHFFLHFSFSPPAPSMQNPRDLAHTHNKAMFRCL
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
CcUC06G115520CcUC06G115520gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC06G115520.1-exonCcUC06G115520.1-exon-CicolChr06:6945139..6945143exon
CcUC06G115520.1-exonCcUC06G115520.1-exon-CicolChr06:6945519..6945540exon
CcUC06G115520.1-exonCcUC06G115520.1-exon-CicolChr06:6945911..6945984exon
CcUC06G115520.1-exonCcUC06G115520.1-exon-CicolChr06:6950036..6950109exon
CcUC06G115520.1-exonCcUC06G115520.1-exon-CicolChr06:6950453..6950481exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC06G115520.1-cdsCcUC06G115520.1-cds-CicolChr06:6945139..6945143CDS
CcUC06G115520.1-cdsCcUC06G115520.1-cds-CicolChr06:6945519..6945540CDS
CcUC06G115520.1-cdsCcUC06G115520.1-cds-CicolChr06:6945911..6945984CDS
CcUC06G115520.1-cdsCcUC06G115520.1-cds-CicolChr06:6950036..6950109CDS
CcUC06G115520.1-cdsCcUC06G115520.1-cds-CicolChr06:6950453..6950481CDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC06G115520.1CcUC06G115520.1-proteinpolypeptide