Carg12713-RA (mRNA) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg12713-RA
TypemRNA
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr07: 7640084 .. 7648317 (-)
Sequence length300
RNA-Seq ExpressionCarg12713-RA
SyntenyCarg12713-RA
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGCTAAGGAATCAGAGGATGAACACCTGGAACTCATGGAGTTCGCTGTGTCAAGCAAGGGTTACCTTCAATCATGTCTCTTTACAAAATCTGGAGTTATTTAAAGGTTCATGTTTCTATTAACTTCCTTTATTGTTTAAATTCATTGACTATCAAGAATGTTCTTCCCCTTGCACGAAGTGACCGAGAATAACTTGTTTACCTTTTTACACGTGATTACTTGTGGCCTTTAATTTAGGTGTTCTATTTGTTTTCGTTCTTTTAGCATTGATTGAGAGTGGAATTTGCGAGATTGTTTTGCTGCCAATTTAAGTTACCTTTTTTGTAGTTATTTGATTTTCTATTTTGAAGTTAACTTACTTGAGAAAATTGACCTGAAGAAACCGTTCAGAAAAATGAATATTTGTGTAGGAAATGATCTATGATATGAATGTTGAACTGCTATGTGTATTTCTAGGCGTGGTAGTTCTTGGCCTTTGGCCTTTTACTCTTGATGAGTTTCTTCAGCTTTTCACGATCACGTAAGTTCTTGTCTTAAAATTTTCTTTATCTGTAACCTGACTTTTGAATCTGCCTTGTGATACTTATCATTTATTGCCCCTACAATGTTTCACTTGATGTGCTCGTTATCCGTTTTGCGTTTTACTCTTGATGTTCTCGTTATTCGTTTGGATCATCTTATATGCCTCGGTCTGCAAGTTGTGTCTAAGTGGGTGCACGACCATGAGGGTACTTGAACTATAAGTAGATGGATGCATTTTTTAGGAAATGAATTATGTACGAAATCGAGGTGGTGTACAATTTTTTTTTTTTATATAGAAAATAGTTCATACAAAGAATGGATGTTCTTTGCATGCTTTCAGTTGACAGGTAATGAATAACTTCTAATTCATTTCATCTGTCTGTTTATTTCCTCGGTCATGGGATACAACTCCAATATCATTGACTGCTGGCTGTGATTTGTTCATGCGGTATGTAACTGGAACATCGGCTTTGGAAAATGAGGATTTCAAGTCTGCTAAGTCTCACCTGATTGAACGTGCAGAAAAGTTCGGAGAGATATCTGGTAAGGTAGAGCTACCATGATGATCATTTGTAATGGCCGAACACCGTGTAATTTTTCAAGGTATTTTGAAGCTAAAACTGGTATTGCATTGCAGGCACGGAGAATTATTGCAATGCTCAGCCAATACTTCATTTTTTATGGTTGTTATGGAAGTTCTGAGATTATTGGGTGAAGTACACGTTGTTGTTCTAGAACATAAACTCCTTTACAGGCACGGAGAATTGTTGGCCATCTGCGAATAATTGAAGGGGTGAGGCTCGTTGGTGGTTATTACTGCTCTTAAAGTTTATCCATGTTTCTTATATGGTTCTTTATTCACCATCAAGCTGTGTTGTTGGCACTCTTTATCAGGCATATGCTTCGGGTTTTGACATATGCATCTGACAGCAACAATTAAATCCTTTAACATGGCCTGAGATACTTAGACAGTTGGCCTTATCAGCAGGGTTTGGTCCGAAACAGGGGAAAGGGGGGAATGCTGAACCCAACATATCATCATGTTGGAAATGAGGTGAAATCCTTTTGCCCGGCTTTTAAGTTTTCATCAAGATTTTCATTCTTGCTTGTGATAGGGAAGATGATGTGAATATACAGTTGAATGCTTTTGCTATTTATGACAGGGGAGATCATGTGAATTTCTTGTTCCTCAGATTTTAATTTCTATTGCTTTCGATTCTGCTTGGGCTGCTTAAATTTTGGACATCAATTTCTGGAAACTGCTCGACATTGAATTGAATTATTGGTACGTCTTTCATTGCTTCTTCAGATTAATGCCCCTTGTTTTATTTTGCTGATTTTTTATTGGGGTATTTTTCTTCTGATATAATGAATGAGAGAATTGCAGAAGTTCATCTCTGTGATATTTTTAATTTCCATGGAATTCCCTTATTTTCTTGCCATTTTTCTTAAACTTAAGAAGGTACATGATTATTGTGAATTTGAAATATTTTTGTTTTAACCTCAACAATATACAAACAGGAGTATATTGGAATGTGCTATAATATATAAATGTTGCTCTCTATCGTTCATGTCTTAGGCTTTTGGAAAATAGCTATTACCAATGTCTAACCTACCTTTTAAATAATGTTGATTGGATTGATACAGAGGAAACTCTTCAAGTCTCCTAGATATGAATTTCCAGTTAGCATTCTGTGTGTATTTTTATTCTCTGGACAAGTTTTTCACATTCAATAGAGATATGATATATCGTGGATAACAATATAAACAATTTCATAAAATATTAATTGGTTAGACGTCGATAATATTGTCTCATGCACTTTGTAGTAAATTGATTTCATTGCATAGAAAAATTATCTAATTTTCTAGATGGAACATATTGTTTTTCCTAACTTATCTAAAATTTTGTAATAGTTTTGTTTGTATTTTGATTACTTGTGATGTTTTAGTTTGGTGATTGTTTCTTTGTATTTTAATATCTAGTGATGTTTGTGGTTTCTTTTTTATATATTTTGATTTTAAATGTTTTGACATTATTTGTTTAAATTTTGATTATTTATGATGCTTCTGCTCGTACAATATTGTTTAGTATTGAATTTGAAGTGTTGTTTGTTTTTTGTTTTTTGTGCTCTGATGACTTCTACTATGAATTCTTTCCTTTGCAATGTGAGTGATTTTTTTTTTTAATTTATTAGTTTGCTACTTTATTTAATACATTTTTTTCATTTAGTTTTAATGGTTTGCTACTTTATTTCATACTTTATCGTGGTTGGTAAAATATTTGTGATGGAATTGTTTGTTTGTGTTTAATTACTTGTGATGTTTTTTCTTGATGATTATTTGTATTTTGATTACTTGTGATGTTTATGGATTCTTTTTATATATTTTGATTTTAAATGTTTAACATAACAATTCTTGTTTGAACTTTGATTGTTTGACATTTCTTGTTTGAATTTAGTTTGTTTGTATTTAATTACTTGTGATATTTTTACTTGATGTTTGTTTGTATTTTGATTTCTTATGATATTTGTGGGTTTTTTTTATATATATATTGATTATTGATTTTGACATTTGTTTGATGTTTGTTTAATTTATTTTGTTTGAGTTTTGATTGTTTGCTGTTGCTATTTTGTTTAATATTCATGCTATGAGTTCTTTAATTTGTAATCTTAGTGGAGTTTCATTAATTCAATGATTTGCTACTTTCTTTGATACTTCATTTTTTTCTTTAATTGTTTTGTTTGTATTTTGATTACTTGTGATATTTTTGCTCGGACATTATTTGTTTGTTTGCATTTTGATTTCTTATGATATTTGTGGTTTTTTTTAATTTTATATATTTTTTGAATTTAAATGTTTGATATTGTTTGTTAAATTTTGATTGAGTATGATGCTTTTGGTCAATAAAGTTTAGTATTATTAAATTTGAAATGTTTTTTTTTTGTTCGTGACCTTTGCTATTAGTTATTTAATGTATAATCTCAGTGAGTTTCATTCTTGGTTATTATTTAATACTTTATTTTTTAAAAAAAATTTATAAATTTATTGTGGTTTATTTTAATATTTATAGATTAATTCTAAATCTTTGTCGTTTGTTTGTATTTTATATTAATTGTGCTTGGTACAGTCTTGTTTAGTATTTTGATATCTTGTGATGTTTATTATGATTCTGCTTGTGACTTTTGTTTGTGAATTCTTTGGTTTAGTGTTTTGATATTTCTATTTTTTTTTTCTAAGTTTTTTTTTCTCTATAAATATCTTGAAAATGGTTTTTGTTTGTTTGGTTATTGATAGTTTCTATCTTTTATTTTTATGATGATCAAGAAAACAATCAACATTTAGTGTGCTTGAAGGGTCTTGGACGAATTGTTACAACTTTGTATAATTTTGTAAATATGATGGTGCTAGGATGTCTTTCATTGTATTGATGTTTTGTTTGCCACATATAGCCTTGTTTGTTCATGTCATATGTTCAACTCGAATCTGTTACTCTTGCTATTAAAAACGGATTTGCAAAGTCACAACCGCCGTAAGAAATTCAAAGATGGACCATCTATATTATCTGTGAGTGCCAACTTTACCCACTACTGAAATCTATGTAGATTATGTTATTCGAAGCTTGCTTAAAATCTCTTTTACCTACTTTGTTGTAAATTTTTAGAGAAAATGGTATTATTTAGTAATTAAATAGTTATAATTATAGTTGACATTTTGTAAATAGCAGTATGCTATAAAATATTTTAGTTCTTTTTAATGGTTAATGTTAGTTCCTCGATATTATGTTAATTTAACTGTGTTCTAATTGCAGGTTATATCCACTGAATATGGACCACCACACAACTCATCACTCGATATTGGTTTAGTGATATCAACATTTTTTTATATTGTTTTTCTATTCGTGATCTTATGTTTATTGTGTTTTTTCTGATTCTTAAAGAGCCCAGGATTTGATACTTCAAGTTTTGTTTGCTTGATCCTAGTTTTCTTTGGTACATTCGAACCTTTGTTTTTGTCTGTATTCTCCAATGTAAATTAGATTATTGCTCCTCTTCTTGTTATACTAATTATTAAGTTTTTGTGGTTTATATACAGAATAGTATCTTGTTTCTACAATACTGAAGAATGATAAGGTAATGATCTTGTCGTGCACTAATCTTTTCAAACAAGTAATTGTTTTATTTAATTATTAAACTTTGATCTTGTGATATTAATTATTAAGCTTGTGTGGTTTATACACAGAATAATATTTTCCCTTAAGGTTCACGTCTTGTTACTACAATACTGAAGGATGATAAGGTAATAATGATCTTGTCGTGCACTAATCTTTTCAAACAAGTGTTTTATTTAATCATTAAACTTTGATCTTTCTTCTTATATTAATTATTAAACTTTTGTGGATTATATACAGAACATTATCTTCCCTTAAGGTTTACGCTTGTTTCTACAACACTGAAGGAAGATAAGGTAATGATCTTGTCGAGCACTAATGTTTTCAAACAAGTGTTTTATTTAATCATTAAACTTAAATCTTTCTTGTTATACTAATTATTAAGCTTTTGTGGTTTATATACAAAAATAATACCCTTAAGATTCACGTCTTGTTTAATAGTTTGTTGTTTCGTGTTTCCTTTTTCCTTCTTTCATTTCATAAATTAGTATTTTGATTCTAAATCTTTGTGATTGTTTGTTTGAATTTTGATTACTTGTGATATAAGTGGTTGTTATCGTCTTTTCTAGTATATTTGTATTTTGATTTTAAATTTTTGTGTTTGTTTGTTTGAATATCGATTTCTTGTGTGCTCATACTTGGTACGTTCTCATTTAATATTGAATTTTTAGTGTTTAATTTTTCTCTCTTGTGACTCTTGTTTCTAAGTTCTTTAATTTATAATTCTAGTTAATTTTTGTGTGTTTTGAATGGGTTCTTTAATTTATAATTCTAGTGAATTTTTGTGTGTTTTGAATGGGTTTTGTGTTTAAATGTATTTTGATTTTAGCTTGTTTCTTTGAAATTTGATTTCTGTGATACTTCCTTTTAGTATTATTATTATTATTTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTTTTTGCTCTTATGACTTTAGTGTGTAATATTTGCGGTATTATTTTTACTATTTGTAGTATGGGATGTAAATTTTTTTTTTTTTCTCTTATGACTTTTGTGTGTGCGTTCTTTATTGTGGTTTATTTTTATATTTGTATATGGATTGTAAATCCTTATGATTGTTTGTGTTTGTTTGAATTTTAATTCTATATGATTCTTTTGTTTGGTATGATCTCGTTTAATATTAAATTTTAAGTGTTTTATTTATGTTTGTGAGTATATTCTGATGGTTTATTCTTTTGAAGGTTGATTACTTATAATATTTGACGTGATTAGTATTTTGGTTCTTTTTGATATTTAAATTTTTGCTTTTGAGATGGTTGTTCTTTAATCTATAAGATAATGATGGATAAGATATACATTTTTTTTTTCTTTTGCATCTTGGTGATTTTTTTATGTAATTTCAATAGAATTTGAGTGGTTTTATGGTTTGCTATTCTTTTTTTTTTTTACTTCATTTTGATATTTATATTTTTATCCTAAATTTTTATAATTGTTCATTTGAATTTTGATTTTATTTAATGTTACATTTTTATTAAGTATTATATTTGATATGGTTTATTGATTTTTGTTTTTTTGTTTTTTAATTTTATTTATATTGATTTGTTTTTTTATTGTATGTGCATGTATTTTTATCAAAGGAATGGTATTTTCTCTTTTTCCTTTTTTTTCTTTAATTTTATAAAAATTTGTTGCACGTTTTGATATTTGTAATTTGCTTGTTTATGATTCTATAATTCTCATTTAATATAGAATTTGAAGTGTTTGTTTTTCTTCTTTCATTTTTCTTTTCGTACATATTTTTTAGTGTTTGATTTGTCCATCATATTTTTGTTTGTTAATTTTTTAATCTATATTTTCAATAGAATTTTTTTATGATATTCTAATATTTTTAATGGTTGATTAAAAAGAAAGTTTGTCCTTCTCATTTCGGCCTACGTGTTCTCTTTACTGAGTCTTCTATCGGCCGAATCCTCTGGAGATTGATAAATACTTGTTTACTATAATATTAAATTTGTTTTATAGTTATTTGAATTTTGATTACGTATGATGGTACGATTTTGTTTTGTAGTACTTCGATATGCTTATTTGTTTTTTTGCTTTTGTTACTTTTGTTTGTGTGTTCTTTGATTTGTGGGTTTCATTTTTTTATAATTTATTTTGGTTGGTTTTTTATTGTATGTGAATTTCGTTAATTGCTAGTTTGTCTTGTCCTTCCCATTTTTTCTTTCGTTTTATAAATTTATTATAGTTTACTTTAATATTTATATTTTTATTTTAATTCTTTGATTTGTGAATTTTGATTGTTGTGATGGTTTTGCTAAGAACAATCTCATTTATTATTGAATTCGAAATATTTTATTTTTTTCTTTCGTTTTTTTTTTCATGTTATTTGTGATATTTATGTATTGGTTATGAATTTTGATTTTAAATCTTTGAAATTGTTTGTTTGGATTTTGATTGTTATTGATTTTTTTGCTCGATACAATTTTGTTTACTAAGAATTTGAAGTATTGTTTGCTTTTTGCCTTTTGTGCTCTTGTGACTTTTGTCTGTAAGTTCTTTAATCGGTAATTTTAGTGGAATTTCATTAATTCAATAGTTCTCTATTCATTAATTCTAAATATGTGATTGTTTGTTTCAATTTCGATCATTTGTGATGTTCTTACTTGATAGGGTCTTGTTTAGTATTTTGATTTCTTATGAAAATTATAGATTATTTTTTATGACTTTTGTCTATGACATTTTTATGTGAGTTTTTATTTTATTTATTATGTATCCTCAAATGAAAACTAGATTATTGTTCTTGCATATATGGAAGGCAACTCAAATGTTGCATCAATAACAAACAATCAAATTTCAGTTATACTAGTTAATAAGTTGTGGTATATATTGATAATACAGGACAGTATCTCATATCTCATCTTTTAGCACTTACGGCTTGTTTGTACAATATTGAAGGAAGAAAAGGCAATGATCCAATCGTGTGCTGATTTTTTCAAAACACATACTGCCTTTTCATTTTATTATTAAACTTTTATTTTCCCTTTTATTTTTCCCATTTTATTATCTCCACTTGTATGAGTTGGAAGATGGTGGGATGCTTTTCAATTACAGTTTGTTCAATTTGTATATTGATTCTACATATGTGTGATTTGTTTGCATTTTGATTACTTATGAATTTTGATTCTAAATCTTTAAAATTGTTTGTTTGAATTTTGATTATTTGTGATGCATCTGCCCGATGCAATTTTGTTTAGTGTTGTTTTTGAAGTATTGTTTGCCTTTTGCTTTATGTGGTCTGCCAAATTTTGTATGTGTTCTTTAATCAGTCATCTCAGTGGAGTTTAATATTCCCTTTTTCTTTATTTTATTAATTTATTGTGATTTGTTTTGATATTTGTATATTGACATTAAATATTTGTGATTGTTTGTTTGCATTTTGGTTACTTGTGATGTTTTTGCTTGATACTGTCCCGTTTAATGTTTTGATTCCTTGTGATGTATTTGCTTGATACTGTCCCATTTAATGTTTTGATTCCTTGTGATGTATATGCTTAAAATTGATTCTTGTCAGATTAGATATTAG

mRNA sequence

ATGGCTAAGGAATCAGAGGATGAACACCTGGAACTCATGGAGTTCGCTGTGTCAAGCAAGGGCGTGGTAGTTCTTGGCCTTTGGCCTTTTACTCTTGATGAGTTTCTTCAGCTTTTCACGATCACGGAAGATGATGTGAATATACAGTTGAATGCTTTTGCTATTTATGACAGGGGAGATCATGTTATATCCACTGAATATGGACCACCACACAACTCATCACTCGATATTGAACATTATCTTCCCTTAAGGTTTACGCTTGTTTCTACAACACTGAAGGAAGATAAGATTAGATATTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGCTAAGGAATCAGAGGATGAACACCTGGAACTCATGGAGTTCGCTGTGTCAAGCAAGGGCGTGGTAGTTCTTGGCCTTTGGCCTTTTACTCTTGATGAGTTTCTTCAGCTTTTCACGATCACGGAAGATGATGTGAATATACAGTTGAATGCTTTTGCTATTTATGACAGGGGAGATCATGTTATATCCACTGAATATGGACCACCACACAACTCATCACTCGATATTGAACATTATCTTCCCTTAAGGTTTACGCTTGTTTCTACAACACTGAAGGAAGATAAGATTAGATATTAG

Protein sequence

MAKESEDEHLELMEFAVSSKGVVVLGLWPFTLDEFLQLFTITEDDVNIQLNAFAIYDRGDHVISTEYGPPHNSSLDIEHYLPLRFTLVSTTLKEDKIRY
Homology
[Close]
BLAST of Carg12713-RA vs. NCBI nr
Match: KAG7027594.1 (hypothetical protein SDJN02_11608, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 203.0 bits (515), Expect = 1.2e-48
Identity = 99/99 (100.00%), Postives = 99/99 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MAKESEDEHLELMEFAVSSKGVVVLGLWPFTLDEFLQLFTITEDDVNIQLNAFAIYDRGD 60
           MAKESEDEHLELMEFAVSSKGVVVLGLWPFTLDEFLQLFTITEDDVNIQLNAFAIYDRGD
Sbjct: 1   MAKESEDEHLELMEFAVSSKGVVVLGLWPFTLDEFLQLFTITEDDVNIQLNAFAIYDRGD 60

Query: 61  HVISTEYGPPHNSSLDIEHYLPLRFTLVSTTLKEDKIRY 100
           HVISTEYGPPHNSSLDIEHYLPLRFTLVSTTLKEDKIRY
Sbjct: 61  HVISTEYGPPHNSSLDIEHYLPLRFTLVSTTLKEDKIRY 99

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg12713-RA vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7027594.11.2e-48100.00hypothetical protein SDJN02_11608, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Carg12713-RA vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg12713-RA vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg12713-RA vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Carg12713Carg12713gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Carg12713-RA:1Carg12713-RA:1exon
Carg12713-RA:2Carg12713-RA:2exon
Carg12713-RA:3Carg12713-RA:3exon
Carg12713-RA:4Carg12713-RA:4exon
Carg12713-RA:5Carg12713-RA:5exon
Carg12713-RA:6Carg12713-RA:6exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cds_6CDS
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cds_5CDS
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cds_4CDS
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cds_3CDS
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cds_2CDS
Carg12713-RA:cdsCarg12713-RA:cdsCDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Carg12713-RACarg12713-RA-proteinpolypeptide