Lcy13g013700 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview
NameLcy13g013700
Typegene
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationChr13: 23233485 .. 23238201 (-)
RNA-Seq ExpressionLcy13g013700
SyntenyLcy13g013700
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
TCCTTCTCTTCTTTTCTTCACGGCGGCGCCCCCCTCCCCCATCTTTCATCATCTTTCCGATACACCGTCTCCGGTGGCTTCTCTCTCATTTTTCGGTGAGACTGCAGCAACCTACTGCCAGCAACACCTCTAGGATTCATCCGCGAGCCAAACCTTCCCCCACGCGCCACTCGTGCGTGTTTCAGCAAACAATCAACCGTGTTCCTTTTGTTCGGTGAGTTAACTGCCCTTATTTTTATCTTTAAGCCCCTCTCTATCTGGCAGTACATAGTCCCATTTTTGCTTAGCTTCACCACCTTAGCCATCTTCTTCGCCATTCTAAGCGATGCCCCAATATCGCTCGTTGTTCCGGTCATCAACGCCACAACTTTTGCTACCACCGCCGTGTTCAGAATGCTCCTTGGCCTATCGGGTACGTTCTGTTTGGTACTACTCTGATTGGTTTGTGGCGTATGGCTCTACATTAACTAATTCTAATTTGTAATTTGGAGGGCTTAGGTTTTGTGGTTACTTTGTAATTGGTTTGCTTATCATTCTTTCCTTTGTTTAATTGCCGCGATTGTAATTTTCCACATTCTTGAGATGTACCGTAAGTCGCAGTGTTTTGCCCCTACCATGTTCTAACTAAAACTCAACAAAACTATCACTTCCTGAGAGCCTTTGGACCTAGCTGCTACCCTTGTTTGAGATCGTATCAACAACATAAATTTGATTTTCATTTAGAAAAATGCACATTCCTAGGGTAGACGACTACAAGTGTTTGAGCTCTAGTGGGAGAATCTATATGTCACGATATGTTAAATTTAATGAAACAGAGTTTTCCTACTCACGATTATTTCTCAAAGACAGTTTAGCTCCATTGCAAGAAATTCCCATAGTAACAACATCATAGCTGCCTTTATGGACCAGGCTACAAGCCAAGGAACGATTTGAGAGCTCCTCTACCTCTACCTCAATTCTAAGACAATTTCCAAAAAGATACCCAACCCTTCTGACAAACCTCCTATATATATCCCTCATCCTATCATTTTCTAGACATGGCCCTTTCTAACTAACAAAATGTCTCCTCCCTCTCATGGATCCCCCACCCTTCACACGCTTTCAGGCCTGTCATACTTTTGTGCACTAATACTTTGTAGAGCTCCTCAGTTACAAGGCTTACTCAGACAAAGCAAATGGAAAGCAAGTTTTATATGAAACATGTAAGCTATTTTCAAACATAGTGAACGTGTATATCAAACCAAAGACGAACAAGAAAAGGAGAAATGTTCTCTCAAAGAATAACATATAGCATTTTTTAATATTTTTTGATACACAAGTGAGTGTGATATTGTTATTGTTGATACACAACTGAATTAGCTTTTACACATCTTTGTGTTAGCACTGTGGTCTATAACATTCTGGTGGCAATAGCCCATTGGAGCTCTTACGTGCAAGATCTTTACAGTAATCATATATCATGTATTTCTCTCAGACTTCACGAAGCTTGGCCAACTGAGAAGCACTTAGTTGTGCATGAGCTGGAGAAGTCCACTAGTTTGTCGGGGACTTGGTGGCACATTGGCTAATGTTGGACAGTCCATTAAAGTGACAACCTCTTGGCCTAAATTGGTGCAAACTAGTGGTGAATGGTGCTTCGACCCAGTTTGTTTTCACACGACCTCCTTGAGTTGCCCAATCTTCTGCATTCCACAAACTGGTATATATTCTCATACCTTGCTTGTTAGGGAAAGCTATCTTTTGATTCTCGTAGTTCCAGAAAGGCCTAATTGGGGTATCATCAATAGACCATCTGCAATCATCCATATCACATTATCGTTATGTTCTTATTCTTTCATACTCGTTATTTTCTTTTCACTAACAAATTGCTTAGCTTATTGTCCCGCTTGGTTTTGTTGTAATTGAGTTGTTTCTTCCCTTATATTTTCATTTTCCTTTTTGCCTTGGATGCATAGTAGTAATGTGATGTTGTTTGGATAAGATATTAAAATTTTGAGAAAAAAAATCTCATTTTAATTCCAATATCCAGAAGCTCTATCTGGCTTCTTTTCTGGGATTGAAACGGAACGGTTCAAAGATTCAAGTTTGTGAATGCTTTATATAGCTTGCCTTTCCTTGTTAATTATTAGACATTGGTTATTCTAATATTTAATTAGTAAAAGTCCAAATCTAAGAATAGTAAAGTTGAAAAGATCCCTTGTGCACATGATAGAAATTGATTAATTTCTTTTTTATTTTTAATGTATAGTTGACTTCACATATAGACATTTGTAGCAAAAATGTCCCTGTGCACAAATGGTGTAGAAAGAAATCTATAGCCCCCAATATGATGAGCGCGTGGAGCATAATGTAAGTATGAACTATGGTAAGATTCTCAAAATTTCATCTTTTATTGATCTTGAGAGATGACAAATTAATTACATTGTTTTTCAAGATTTGGAGACTGTCTCGCCCAATAGTTATCCATCATAGATGTATATCATCTTTGCTTACTTTGTTTTAAATGTTCTTAAGGTCAAGAGTAAATATTGGTTGGTTGTATGTTTGTATTTACTTCTAAATTTTCATCAATAGAAATTCACCTAGGACTCTAAACTTGAAACACAAGCCCTCCCATACTTCTACATATTGCAGTTGTTGTTAAAGAGTTTCTGGGTGAAAGATGGAGGATTAATAATGTACTTTAGTTGTATAAATATATTGGTGTCTAACACTTGTTTCTCTTTACTCATACTTCTATACATGTTTTTTAAATTCTAACTTTTACACATCCTAAAAGACACTACAACGATTGTTCCCCTCTAGAATTGATATTTTTTATGTTCAAACCTAATTAAAGTTAGGGTTTACAGTTAAGAGACAAGAACACAAATGTTCATTTCTTTCTATTAGTCATTTCTTTGTGTATTCAAATAAGGGAGAAGGGAATTGGGAGAGTGGAAGTACAAGCTATTTTCTTGTATCTGTGTAGCTAAAGTTTCAATTTATTTCATTCTTAGGAGTACAAGTTATTGAACTTGATCATTTTTCGAATTTTCCTTACTAGATACCACGTCATTAACTTTTTTTTAGAGTACCCTCTTAATTAATTTCTTAATTTACTTTCTTAATTCGTCGTGTTATCTCGCATAAGTAACTTTTTTCTCTTAATTTGTTTTCAAAGGTAGACTTATTTTGACCGTACAATGGAAAGCACACAAAAGGGACCCTTCTAACTAGGTATCGATGATTTCTTTAATGTTATAAGATCATTATGAAACTTATTGGATTTATGTGTTCGGTTGTATGTTGATATTGTGCCTTATGTTTAATTATTAACTTGTATGAAGTTATTGTAGCCATAATTAGGTTTAGAAAGCGTTATGCCTCTAGTTTCATTGTTTACTTGGTTGTATGGCTATCCTGCAGTTACGGTAGCCATACAAATCGATGAGTTTGTGTGATTTGAAGTGTGTTTACAATTTGGCAATGACCTTCCATGCTTCAAATGTATGTTCGAGGGGGGGGGGGGGGTATCGGGCGTTAGGCTTGCTTAGGAAGCATTCAAGTTTATTTTGAGATTTTCTTTCAAGTTTTAGGAGATAGGAGTCAAATGGTGATTGTGGATATACACATTAGTTAGACACAATGTGGAAAAGAAAACTTAAGTTTCATTTTCCGATAATTTTCATGCCTTACATTCACTTTGGCAATCTTAGATCTTTCTCTTCAAAATTTAAGTTTCATTGTGTTTTGTTTCTTTGATTCTAGTTGACAGTCCAAAGAGAAGTTCCACCGTAAGTTATCTCTCCTTTCTAGATGATTCTTGTTTCTTGAATATTCCCCTATCAATAACTCACTCATAAGAAAAGTCCTTCCCGCATCAAGCACTAATATAAAAGCTTATGCTAAACCTCCTCATTTCACTTCCATTCTTGTAGTGCCTTTAGCTTTTCTTTTTGCCTCATGGTGATGAATGTGATACCCTTTTAAGTAGTTTCTTATCTTTATTTCAAAATCTTATGTGCTGAGGCTTTGTTTTATTATGCATGAAGGCAAGAGAAAGGTGTTAATGCTCTGAATTTGTGTTATGTTGATTCAAGTTTTGGTGTTAATTCTTTGATAAATACAAATTTCAAATAAAAAAAAACTTGGTAATAGACATATCTTTGATGAAAAATTTTGAGAGGCTCTAGATCACTGCTTATGCGGAAGTTGTCATAAATATTCTTCTTGTTTTGATTTATAACAATTAATGAATGTGTGAGACAAACAAAAAGGTGTTTATACTTTGGGTGTTTCTGGTAATAAATATGTCTTTGCTTGATGTGTATGCTTACAATTTAGATCATTTCATATGCTTAAACTTCCCTAACTGATAGGTAAGCTATAGATTGTTGAAAAATTCTCTTGAGTTTTTGTTTGTTTTTCCTTCCATTGAAATGTTCTCTTGATGCTCACAGGCATGTTGTTCTCTTGTGTTCTTTCTTGTAGCAACTACAGTGATATAGAGCTTATAGATGTGAAGATTAAGGAACTTGAAGAAACAATAGAGATTACTGATTAGTGAAGTCAAGAAGTCATATTGCAACTTATTAATGTATGAACTTTTTCTTGGATTAGTGATAAAAAAATATAATACATACTCTCATGTTAGTTGAAGTTAAGTGTGAAAAATTGTTGTAATGTACAAATTTGATCATATTTAGTTTGTATGTAAAGATTTAACCATATTTGA

mRNA sequence

TCCTTCTCTTCTTTTCTTCACGGCGGCGCCCCCCTCCCCCATCTTTCATCATCTTTCCGATACACCGTCTCCGGTGGCTTCTCTCTCATTTTTCGGTGAGACTGCAGCAACCTACTGCCAGCAACACCTCTAGGATTCATCCGCGAGCCAAACCTTCCCCCACGCGCCACTCGTGCGTGTTTCAGCAAACAATCAACCGTGTTCCTTTTGTTCGGTGAGTTAACTGCCCTTATTTTTATCTTTAAGCCCCTCTCTATCTGGCAGTACATAGTCCCATTTTTGCTTAGCTTCACCACCTTAGCCATCTTCTTCGCCATTCTAAGCGATGCCCCAATATCGCTCGTTGTTCCGGTCATCAACGCCACAACTTTTGCTACCACCGCCGTGTTCAGAATGCTCCTTGGCCTATCGGACTTCACGAAGCTTGGCCAACTGAGAAGCACTTAGTTGTGCATGAGCTGGAGAAGTCCACTAGTTTGTCGGGGACTTGGTGGCACATTGGCTAATGTTGGACAGTCCATTAAAGTGACAACCTCTTGGCCTAAATTGGTGCAAACTAGTGGTGAATGGTGCTTCGACCCAGTTTGTTTTCACACGACCTCCTTGAGTTGCCCAATCTTCTGCATTCCACAAACTGTTGACTTCACATATAGACATTTGTAGCAAAAATGTCCCTGTGCACAAATGGTGTAGAAAGAAATCTATAGCCCCCAATATGATGAGCGCGTGGAGCATAATGTAAGTATGAACTATGGTAGACTTATTTTGACCGTACAATGGAAAGCACACAAAAGGGACCCTTCTAACTAGCAACTACAGTGATATAGAGCTTATAGATGTGAAGATTAAGGAACTTGAAGAAACAATAGAGATTACTGATTAGTGAAGTCAAGAAGTCATATTGCAACTTATTAATGTATGAACTTTTTCTTGGATTAGTGATAAAAAAATATAATACATACTCTCATGTTAGTTGAAGTTAAGTGTGAAAAATTGTTGTAATGTACAAATTTGATCATATTTAGTTTGTATGTAAAGATTTAACCATATTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGAGCTGGAGAAGTCCACTAGTTTGTCGGGGACTTGGTGGCACATTGGCTAATGTTGGACAGTCCATTAAAGTGACAACCTCTTGGCCTAAATTGGTGCAAACTAGTGGTGAATGGTGCTTCGACCCAGTTTGTTTTCACACGACCTCCTTGAGTTGCCCAATCTTCTGCATTCCACAAACTGTTGACTTCACATATAGACATTTGTAG

Protein sequence

MSWRSPLVCRGLGGTLANVGQSIKVTTSWPKLVQTSGEWCFDPVCFHTTSLSCPIFCIPQTVDFTYRHL
Homology
[Close]
BLAST of Lcy13g013700 vs. NCBI nr
Match: KAG6589933.1 (Transmembrane protein 234-like protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 87.4 bits (215), Expect = 5.2e-14
Identity = 37/60 (61.67%), Postives = 42/60 (70.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSWRSPLVCRGLGGTLANVGQSIKVTTSWPKLVQTSGEWCFDPVCFHTTSLSCPIFCIPQ 60
           +SW SP VC GL GTL N G SI VT+SWPK+ +   EWC  P+ FH  SLSCPI CIPQ
Sbjct: 190 ISWGSPPVCWGLSGTLTNAGYSIPVTSSWPKVAKACREWCVGPIGFHAASLSCPIICIPQ 249

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lcy13g013700 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lcy13g013700 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lcy13g013700 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6589933.15.2e-1461.67Transmembrane protein 234-like protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. s... [more]
BLAST of Lcy13g013700 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lcy13g013700.1Lcy13g013700.1mRNA