Cucsat.G15646 (gene) Cucumber (B10) v3

Overview


Name	Cucsat.G15646
Type	gene
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv B10 (Cucumber (B10) v3)
Description	RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein
Location	ctg2009: 4541202 .. 4564373 (+)
RNA-Seq Expression	Cucsat.G15646
Synteny	Cucsat.G15646

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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Coding sequence (CDS)

ATGGTTAAGCTTCAACAAGCTAGTAAGAAGCCAGATGTCAACAACAATCAACTGCTTAAGCATGAAAATTCAAAAGTGAACATTGTGAATTGCCTTGTTGAAAAGTGTAAAAATGAAGTTCATGAGATGATGATGCCTTTGGAAGCACTTTTTAAAGATATTTTTGAAGCAGGATATGTTAGTTATGAATATTTAGACTCCAATATAAGATATGAAGAGTATGATGAAAGCAAACATTGTATATTCCATCAAGGAGTTATAGGTCACGTTGTCCAACAATGCTGCAAATTTAGATCCAAAGTACAACCTATGGATTCAAAGATACTTATAGTACAGAGGACAAGGAAAAGATGA

Protein sequence

MVKLQQASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLDSNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQPMDSKILIVQRTRKR

Homology

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr
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HSP 1 Score: 158 bits (400), Expect = 1.92e-44
Identity = 78/108 (72.22%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           +S+KP+VN N    HEN+KVN+V+ LVEKCKNEVHE+MMP+E LF+ +FEAGYVS +YLD
Sbjct: 232 SSEKPNVNENPRPNHENTKVNVVDRLVEKCKNEVHEIMMPMEELFRGLFEAGYVSQKYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NI+YE YDES+HCIFHQGV+GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 292 PNIKYEGYDESRHCIFHQGVVGHVVQQCKKFRSKVQQLMDSKILTVYR 339

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr
Match: KAA0058347.1 (RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK22494.1 RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 154 bits (388), Expect = 8.10e-44
Identity = 79/108 (73.15%), Postives = 88/108 (81.48%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L   EN KVN V+  VEK KNEVHE+MMP+EALF+D+FEAGYVS EYLD
Sbjct: 73  SGEKPNVNENPLHNPENPKVNDVDSFVEKYKNEVHEIMMPMEALFEDLFEAGYVSQEYLD 132

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYEEYDESKHCIFHQGV GHV QQC KF+SKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 133 PNIRYEEYDESKHCIFHQGVAGHVAQQCQKFKSKVQQLMDSKILTVYR 180

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr
Match: KAA0060421.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold22G002400 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 162 bits (411), Expect = 1.23e-43
Identity = 81/108 (75.00%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L  HEN KVN V+ LVEKCKNEVHE++MP+EALF+D+FEAGYVS+EYLD
Sbjct: 489 SGEKPNVNENPLPNHENPKVNAVDSLVEKCKNEVHEIVMPMEALFEDLFEAGYVSHEYLD 548

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYE YDES+HCIFHQGV GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 549 PNIRYEGYDESRHCIFHQGVAGHVVQQCQKFRSKVQQLMDSKILTVYR 596

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr
Match: XP_016902319.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC107991629 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 157 bits (398), Expect = 2.51e-43
Identity = 77/104 (74.04%), Postives = 90/104 (86.54%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           +S+KP+VN N    HEN+KVN+V+ LVEKCKNEVHE+MMP+E LFK +FEAGYVS +YLD
Sbjct: 232 SSEKPNVNENPRPNHENTKVNVVDRLVEKCKNEVHEIMMPMEELFKGLFEAGYVSQKYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKIL 109
            NI+YE YDES+HCIFHQGV+GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL
Sbjct: 292 PNIKYEGYDESRHCIFHQGVVGHVVQQCKKFRSKVQQLMDSKIL 335

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr
Match: KAA0066096.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold21G00870 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 161 bits (407), Expect = 4.19e-43
Identity = 80/108 (74.07%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L  HEN KVN+V+ LVEKCKNEVHE++MP+EALF+ +FEAGYVS+EYLD
Sbjct: 232 SGEKPNVNENPLPDHENPKVNVVDSLVEKCKNEVHEIVMPMEALFEGLFEAGYVSHEYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYE YDES+HCIFHQGV GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 292 PNIRYEGYDESRHCIFHQGVAGHVVQQCQKFRSKVQQLMDSKILTVYR 339

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TGY2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold334G00060 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 158 bits (400), Expect = 9.27e-45
Identity = 78/108 (72.22%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           +S+KP+VN N    HEN+KVN+V+ LVEKCKNEVHE+MMP+E LF+ +FEAGYVS +YLD
Sbjct: 232 SSEKPNVNENPRPNHENTKVNVVDRLVEKCKNEVHEIMMPMEELFRGLFEAGYVSQKYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NI+YE YDES+HCIFHQGV+GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 292 PNIKYEGYDESRHCIFHQGVVGHVVQQCKKFRSKVQQLMDSKILTVYR 339

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UUD5 (RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold19523G00420 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 154 bits (388), Expect = 3.92e-44
Identity = 79/108 (73.15%), Postives = 88/108 (81.48%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L   EN KVN V+  VEK KNEVHE+MMP+EALF+D+FEAGYVS EYLD
Sbjct: 73  SGEKPNVNENPLHNPENPKVNDVDSFVEKYKNEVHEIMMPMEALFEDLFEAGYVSQEYLD 132

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYEEYDESKHCIFHQGV GHV QQC KF+SKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 133 PNIRYEEYDESKHCIFHQGVAGHVAQQCQKFKSKVQQLMDSKILTVYR 180

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V3W7 (Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold22G002400 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 162 bits (411), Expect = 5.96e-44
Identity = 81/108 (75.00%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L  HEN KVN V+ LVEKCKNEVHE++MP+EALF+D+FEAGYVS+EYLD
Sbjct: 489 SGEKPNVNENPLPNHENPKVNAVDSLVEKCKNEVHEIVMPMEALFEDLFEAGYVSHEYLD 548

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYE YDES+HCIFHQGV GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 549 PNIRYEGYDESRHCIFHQGVAGHVVQQCQKFRSKVQQLMDSKILTVYR 596

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E260 (uncharacterized protein LOC107991629 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC107991629 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 157 bits (398), Expect = 1.22e-43
Identity = 77/104 (74.04%), Postives = 90/104 (86.54%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           +S+KP+VN N    HEN+KVN+V+ LVEKCKNEVHE+MMP+E LFK +FEAGYVS +YLD
Sbjct: 232 SSEKPNVNENPRPNHENTKVNVVDRLVEKCKNEVHEIMMPMEELFKGLFEAGYVSQKYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKIL 109
            NI+YE YDES+HCIFHQGV+GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL
Sbjct: 292 PNIKYEGYDESRHCIFHQGVVGHVVQQCKKFRSKVQQLMDSKIL 335

[Close]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VIB2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold21G00870 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 161 bits (407), Expect = 2.03e-43
Identity = 80/108 (74.07%), Postives = 92/108 (85.19%), Query Frame = 0


Query: 7   ASKKPDVNNNQLLKHENSKVNIVNCLVEKCKNEVHEMMMPLEALFKDIFEAGYVSYEYLD 66
           + +KP+VN N L  HEN KVN+V+ LVEKCKNEVHE++MP+EALF+ +FEAGYVS+EYLD
Sbjct: 232 SGEKPNVNENPLPDHENPKVNVVDSLVEKCKNEVHEIVMPMEALFEGLFEAGYVSHEYLD 291

Query: 67  SNIRYEEYDESKHCIFHQGVIGHVVQQCCKFRSKVQP-MDSKILIVQR 113
            NIRYE YDES+HCIFHQGV GHVVQQC KFRSKVQ  MDSKIL V R
Sbjct: 292 PNIRYEGYDESRHCIFHQGVAGHVVQQCQKFRSKVQQLMDSKILTVYR 339

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Cucsat.G15646 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Cucsat.G15646 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAA0042503.1	1.92e-44	72.22	uncharacterized protein E6C27_scaffold246G00570 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK2...	[more]
KAA0058347.1	8.10e-44	73.15	RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein...	[more]
KAA0060421.1	1.23e-43	75.00	uncharacterized protein E6C27_scaffold22G002400 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
XP_016902319.1	2.51e-43	74.04	PREDICTED: uncharacterized protein LOC107991629 [Cucumis melo]	[more]
KAA0066096.1	4.19e-43	74.07	uncharacterized protein E6C27_scaffold21G00870 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]

BLAST of Cucsat.G15646 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7TGY2	9.27e-45	72.22	Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold...	[more]
A0A5A7UUD5	3.92e-44	73.15	RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase), Ribonuclease H-like protein...	[more]
A0A5A7V3W7	5.96e-44	75.00	Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 ...	[more]
A0A1S4E260	1.22e-43	74.04	uncharacterized protein LOC107991629 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC107991629 PE=...	[more]
A0A5A7VIB2	2.03e-43	74.07	Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold...	[more]

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Cucsat.G15646.T1	Cucsat.G15646.T1	mRNA
Cucsat.G15646.T2	Cucsat.G15646.T2	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0015074	DNA integration
biological_process	GO:0006310	DNA recombination
biological_process	GO:0006278	RNA-dependent DNA biosynthetic process
biological_process	GO:0090502	RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic
cellular_component	GO:0030430	host cell cytoplasm
cellular_component	GO:0005634	nucleus
molecular_function	GO:0003887	DNA-directed DNA polymerase activity
molecular_function	GO:0003723	RNA binding
molecular_function	GO:0003964	RNA-directed DNA polymerase activity
molecular_function	GO:0004523	RNA-DNA hybrid ribonuclease activity