CmaCh01G018930 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh01G018930
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr01: 12393963 .. 12396267 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh01G018930
SyntenyCmaCh01G018930
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGTTGGCTGAGGTGGTCCTCCACCGACTCTTCGCCTCATAGGTCCGTCCATCTCCACGGTGGTTGCCGCCCCATCCGTCGCCCGCCGAACTGTCACTGTTTGTGTATGTCACAGTGACCTAACTGGGTAGTTACAAAATCCATTCGTATGGTTTGAATATTTGAATCTAGTTCTAACTTTGACCTTATAAATTTAGTTACATGTTTTGGGCTTGGTTGCTTATACTGTTATCAACCAAATGTACAGTGTATCATCCACCTTGTTATTATTATTTTTAAATGAAGAATATTAATAATGTGACATAAATAATAGGAGAGTTTGATAAAATAATTTAAGCATATTGCACCTGTTCATCTCACGCTGTTTTTAATGCATCCACCATTATTTTATATACCTATTCTTCATTGACTGACATAATTATAAAGTTTAATACTTTTATGTCAAATTTTACTAAAATTAAATTTTCTAACTCATATTTATTTTCTATAATAAAAATTAACTTCAAAATAATACTAATTTTAAATTTTATTAAAAATACATATCTAAAATGGGAAATTATTAAAGCTGCCATGTAATTATGACGTCAAACTTTAAAAAAAGGGATTAAAAAAAGCTTAATAGGGAAATCTTTAAGGACGAAGCAGAAGTAACGCTAATTACTTTAATAATTCTCTGGACATTGTTTAATTTTTTTAAATGGATAATTACGGATCGGATAGGAATAAATGATGATAAAACCGGCCAACAGCTCTGCCAATAATAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTAATTATTATTTTCTTTCTCATTATTATACTGTTCATTGCAGTGCGTCGCTTGCTTAGTTGTTACGGAGCTTGGGTATGCAGAATTCCAGAAGAAAAGGCACTCCATCTAGGAAACGACGTCGTTGCCATATCAGTCATCCATATTTTCTTTTTATTTTTTGGTTATTGATATTTATTAATTCTAGCTGGTTTAACGAAATTTTTGAGCTTCTATTTTAATTTTATGGCTAAATTAATAAAAGTAATAATACCTTTAAAAAATTTAAAATACTTTTTAAACTTAAAAATAATTAAAGAATACAATTGTGTCAGTTGAAAATTTTGATATTTTATTTTAAAAATATCCTTAAAACGTTTAAAAATACTTTTAAATTTTTAAAAATTTCTTAATACCTTAAAATTTTAAAAAACTAAAAAAATAAAAAGATATTTAAATCATTTAAAAAAACATGTACTTTTTAATCTTTAACAAATTCATTCTTGAATTTTATCACGTTCTAGAACCTTAATAAACATCCATTTAGTTTTTATTAGTAACAAAAACTTATCAAAACGAAATTTACATTTTTATAATGTAATATTTAAACTTTAAAAAAATCTTAAAAATACCCTTTTAATTTTACCAAAATACCCCCACCGAGGTTCGAAACCCACCGATGAGGAAGATGGCATTTTCGTAAATAGCACGATTTATCCCTCTCAATCCAGTGTCAAGACCGGTCAAACGACCCATCGCCGTGCGTGTTAATATAATAAATCTTGACTTCGTTATATATATATATAAGATAATTGCAAATTCGAATAAATTCGAGCGTTAGGGTTTTTACTTAGCGTCCGCATCCATAGAAATTCCTGGATTCCATCGTCTTAACTCTCTTCTATCAATTCTGTTCACAGGGAAGGTTCTACACAGGGGACGAGCTCGTATCGAATTTGGAAGGTTTGTTCTTTGATTTTGCTCTATGGAAAATTTTGAGATGTTGTATGCGATTCAGGTTGCTAGAATTAGGGTTTCGATTTAGTTGTTATGTGATTGAACTGGGAGAGTGAGGTTCCCGTTGTTGTCATTTTATTCTCGCCTTTTCCGTATTGTCGGCGAGTTTATACATTTTTGGTATCATTTTTGAATACGTGCGTTATTGTTTATCTTCATTCTAGTGTTAACGACATGGATATTTACGCTATTTAAGGATCGGTTTAGTACGTTTCATCGTTCAATTAGTTCTTGGATCGTCACCGAATGTTTTCTTAAGGAGAAAGAAAACTATTTGGTAAGTGGAGTTGAAATGTGATGGTGATTTTATATGGGGTTTTACCTTGATTAAGTTTGAAATAAACTTGCCCCGAGCATAGGATGTATAAAGTTTGAATCTCCATCCACACAGGTTTTTGGACTCAAATTAAAAAGATTTGAAGTTGACTTGCTCGTATTTCTGTACTCATTTACTGAACTTTTAACTGGGCAGGTTCTGGAACATATTGGCATACTGATCAGGGAAAGTACCATGTGTGA

mRNA sequence

ATGAGTTGGCTGAGGTGGTCCTCCACCGACTCTTCGCCTCATAGGTCCGTCCATCTCCACGGTGGTTGCCGCCCCATCCGTCGCCCGCCGAACTGTCACTGTTTGTTGCGTCGCTTGCTTAGTTGTTACGGAGCTTGGAAATTCCTGGATTCCATCGTCTTAACTCTCTTCTATCAATTCTGTTCACAGGGAAGGTTCTACACAGGGGACGAGCTCGTATCGAATTTGGAAGGTTCTGGAACATATTGGCATACTGATCAGGGAAAGTACCATGTGTGA

Coding sequence (CDS)

ATGAGTTGGCTGAGGTGGTCCTCCACCGACTCTTCGCCTCATAGGTCCGTCCATCTCCACGGTGGTTGCCGCCCCATCCGTCGCCCGCCGAACTGTCACTGTTTGTTGCGTCGCTTGCTTAGTTGTTACGGAGCTTGGAAATTCCTGGATTCCATCGTCTTAACTCTCTTCTATCAATTCTGTTCACAGGGAAGGTTCTACACAGGGGACGAGCTCGTATCGAATTTGGAAGGTTCTGGAACATATTGGCATACTGATCAGGGAAAGTACCATGTGTGA

Protein sequence

MSWLRWSSTDSSPHRSVHLHGGCRPIRRPPNCHCLLRRLLSCYGAWKFLDSIVLTLFYQFCSQGRFYTGDELVSNLEGSGTYWHTDQGKYHV
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh01G018930 vs. NCBI nr
Match: KAG6608523.1 (hypothetical protein SDJN03_01865, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 138.7 bits (348), Expect = 2.6e-29
Identity = 67/92 (72.83%), Postives = 72/92 (78.26%), Query Frame = 0 

Query: 1  MSWLRWSSTDSSPHRSVHLHGGCRPIRRPPNCHCLLRRLLSCYGAWKFLDSIVLTLFYQF 60
          MSWLRWSSTDSSPHRSVHLHGGCRPIRRPPNCHCL    +   G +  L+S++  LF   
Sbjct: 1  MSWLRWSSTDSSPHRSVHLHGGCRPIRRPPNCHCLSSASIEIRG-FHHLNSLLSILF--- 60

Query: 61 CSQGRFYTGDELVSNLEGSGTYWHTDQGKYHV 93
             GR YTG ELVSNLEGSGTYWHTDQGKYHV
Sbjct: 61 --TGRCYTGYELVSNLEGSGTYWHTDQGKYHV 86

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh01G018930 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G018930 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G018930 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6608523.12.6e-2972.83hypothetical protein SDJN03_01865, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmaCh01G018930 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G018930.1CmaCh01G018930.1mRNA