Clc09G17460 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc09G17460
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr09: 28630154 .. 28633898 (+)
RNA-Seq ExpressionClc09G17460
SyntenyClc09G17460
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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ATGTGTCGAACGCCAGTTTTGTCGCATCGTGCAACGTATTTATATATCGTCACAGATTTTGCGACGAAAAACTCGATCGTCAGATACAGGTGCGACGAAATACAAATGCGTCGCGAATGTTGAGACGATTTGAAATCATTGCTAATATTTCGTCTCTAAAAACCAGATTTCTTGTAGTGTATATATCAATAGTAGATCAATTGTATTCAATTGTATCAAATGTATCAAATGTCTATCAACAGTATATTAAGTAGGTATCAATGTATCAAGTGTCTATCAATAGTATATTAAGTGTGTATCAACAATGTATATATCAGGCGTACATCGAGGGTATCAAGTGTTTTAGGTGTATCAAGTGTATCATGTGAGTTAAGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTATTTTTGCAAAAGTAATAACTTTCGGCTATGTGCCTAATTTTTTTAACTTATTTTGTCCAATTTGCAAGAACACCTAAAATATATCTATTGATTAATATACGAAATACAGAGTATCTAATAAACATACCAAAATATAAAGTATAACATACCAAAATATAAAGTATGTTAGATGTATACTACTGATACATGAACAAGCATAAAATCGTAATAATAAAAAAAGTTAGGATCAGGTTTAAACTTTTGCTATATTTACAATTTTAGAAAATTATTGCTATGTTTGCAAATATCATTATGTATTTTTGTAACCCAATGCAATTTCTCAAAATCTTATCCTCATTGGTGTATTAAATTAACATGTATATCAGAATTATATCTTAGGTTTTGGGGATGAATAGAAGTTGTTGGGCTTGCAAGATCCCGACTGCTGAGGCTTCGATCGGTGTTAGTGAATCTCAATGAGTTTTGGGAGGCTCAGGCACCTGTTGCGTCCCCTGCTCCTTTTATTGATGTGATCCAGTCGGTTGCTGGAGTTTCTCGGTCTGGTTGTTGCCACCGTGTGGGGATTTCAAGCTCAACATCCATGCATCGAAGAGAATGGGAATGGGAGTAATGATTAGAGAGTCCAACAGATTGGTGGTTTTGGCTGCGTCTAAGTGCATTCCAAATGGAGTTCAGGGGTGGGAGGCGGAAGCTTTAGCCCTCTTGTTCGGTTTGAAGGCTGTACATCGGCTGGAAGTTCCAAATCTCTTGGTCAAGCTTCGGTCAACTTCATTTATCCGGTCACTGCACCTAAGATCAATCCGGGTGAAAAGACTATATTGTGCCCAAGTTTTGTTAACTGATGACTACCCAACAAACTCCAACATGTAAGCATTGGTCGGCCATGATTTTCTCATGTCTTGTTCATCGATTGGCCAAATACAAAGTCGAGTATGTACGCATTGATCGCCGATGCTTTTCATGTTCATTGTACTGATGCTCCTGGATTGACTTGTTTCCTGAAACTTCATGAAGCAAAATACCGGCAACATGTGGGCCGTGGAGTTGCAGACGGTACATGGTCATGCTATTCGTGACATCTCATTTAACAACAGATTCTTCATGGGTCTGGCTATGTTGTACGCTTCTTTCTGTTAAAAAGGGTTGGATTTTAATACATTTATTATTATTAAAAAGACAACCTGTAATCGGAAGAAAGATATATCAAATTTTTTAAAATTCAAATTGGAGAAAAATTAGTTAACATATGGGATTTCAATTTCTCAACCTATACTTTATCTGAAAATATTGAGGACAATTTTGGAAACTTGGTGAGGGCATTATTGTATTAAAAGAAAGTAAGAGCACATGCAATAGAGGTTGTTTCTTATAATTCTTGTTAATTTTCAATTTTGCCAATCATTCATACAGAACCTAAAACTTTGTAACTGTGACCCTCAAATTTTAAGGTAATTTTTGTCTTTTATTATTTGAGTGATAATCTATTTGAATTATTGGGTTAAGATAATTATATTTTATTATTATTGGAAAAAGTTTGATTTAATTCAGTTTTAATTTAATTTGTAAAAATTTAATTGAAATTGAGAAATTTGGAACTTGGTTGTAATTTGGAGATATTTTTCGAGGAATTGATTTATTTTAAGGAAATTTAAAAACGAAAAGGAAAAATAATTATATATAGGATATTATTAAAAATCGAAAAACTGTTTGAAAATAATTATAAACATTGCAAAATTTTCCTTTTTCGATAGACTGTGACAGACCAATATAAACATTTATTATTTCTCCGGATAATTATTTGAATTTATCATGATTTAGCATAGATAGAAATTGAAATTTTGCTATATTAATAAATAGTTATTTTATTTTTATTTATAATAATTTTACTATATATATCTTCGCGTCCAAGAGAAAAAAAAAATTTCTTTTCATCTTCTTCTTTTGGCAGCTCTCCCTCACTCGTCGGTCCAGTCAACCCTCGAACGCCGACCGCTGCCACCAGCCATCATACGTCATCACTCCGCCAAAGATCGCACCGTCAACCGCGAAGCACCCATCACTGTCGACCAGAGGTTGCAGCTGTCATTCGCACAAAACTTCAGATCAGCGGGTTGTCGCGTCGTCAGCGCTATGAATAGGCTCGAGCGTTCATTCGCCTCGCCGCCGCCATTTTGCTCATCCCGTCATTCATGCACCACTATCTCAAGTCATTCGTTAGTCACCTACGCAAGGTTTTCTCACCCTTGATTACTCTCTCTGTCTCCAACTCTCTCTCCTAACTCTTGCAGTGTAGGTCTGCCGCCAGTCTGCTTGTGTTTTCGCCCAACCACCCACGGTCAGTGCCATCACTAGTCGCCGTCCGCCGCCCACGCACATCGCCAACAACATCTTCGTTGTCTGTACTACTGCTGGGATCTTCATTGGATGTTTTTTTTGGGTGAGATTTTAGGGGCTTTGATTGGTCTTCCTTGAACAAATCTTAAATGCCCGTTGAACGTTGATTCAAGTTTATGTTGCCCAAAGTATTTGACCGTTGGATTCAACTTTTTGGAGGAATTGTAGGGGTGAAGCAAGCTGACCAGCACATTTAAAGGTTGTCTTTAGCAAGATTTTGGTAAGTATTTGTGATTTTAGTGTCGTTCAAGATGTCAAGATGCTATAAATCAAGTTTCTAATCCTTATTTATGGTTTATGTTTAGGTTGGGTCCTCGATTTAAGTTTGAAGTATTTTTGGATCAAGCCACAGTTTGGGTAAGTTAGTCGGAGACTATGAAATAAATTTGGTTAATTGGAATTAGACCCCAAAAGGTTTAATTTAATTTTTGGGATCAAGTCTTAGGATTTGATTCTAAGGCTGTGAAGTTACATAAGGGTGGTTGAATTGAAATATAAATTTATATGCAGGTTCTAAATCGGGTTTTTGGTGAAGATTGGTTTGCTTGAACTTATTGTTCTGACTTAATTTGAGGTAAGTAATCTGGATGAAATTGAGAAGTATGAAATGATTAAAACTGTTTTATGAGCTTGATGATACTAGCATGTGATTGGTATGATTATGTGTTTGATTTTGAGACATGTACTATGATTTATGATGTGAATTTACTATGAGCACGTTATATCTTGAGACAAAAGTGACGGTTTACCCTTCTAACACTACTATGTTACAGGTAGCCTACGAGTTTTCTACTATTTTACTGGAAGCCTATGGGTTTCCTACTATGTTCCTGGAAATTGATGGATTTCATACTATGTTATCGAGTGCCGATGGCTGCCCAATCATGTTTGTGAGGCTTCTGCACAAGTTTTCATGTTTTCATGTTCAAGATTTTTGGTCTTCCTTTTGA

mRNA sequence

ATGTGTCGAACGCCAGTTTTGTCGCATCGTGCAACGTATTTATATATCGTCACAGATTTTGCGACGAAAAACTCGATCGTCAGATACAGATCCCGACTGCTGAGGCTTCGATCGGTGTTAGTGAATCTCAATGAGTTTTGGGAGGCTCAGGCACCTGTTGCGTCCCCTGCTCCTTTTATTGATGTGATCCAGTCGGTTGCTGGAGTTTCTCGAGAGTCCAACAGATTGGTGGTTTTGGCTGCGTCTAAGTGCATTCCAAATGGAGTTCAGGGGTGGGAGGCGGAAGCTTTAGCCCTCTTGTTCGGTTTGAAGGCTGTACATCGGCTGGAAGTTCCAAATCTCTTGGTCAAGCTTCGGTCAACTTCATTTATCCGGTCACTGCACCTAAGATCAATCCGGTCGAGTATGTACGCATTGATCGCCGATGCTTTTCATGTTCATTGTACTGATGCTCCTGGATTGACTTGTTTCCTGAAACTTCATGAAGCAAAATACCGGCAACATGTGGGCCGTGGAGTTGCAGACGCTCTCCCTCACTCGTCGGTCCAGTCAACCCTCGAACGCCGACCGCTGCCACCAGCCATCATACGTCATCACTCCGCCAAAGATCGCACCGTCAACCGCGAAGCACCCATCACTGTCGACCAGAGGTTGCAGCTGTCATTCGCACAAAACTTCAGATCAGCGGGTTGTCGCGTCGTCAGCGCTATGAATAGGCTCGAGCGTTCATTCGCCTCGCCGCCGCCATTTTGCTCATCCCGTCATTCATGCACCACTATCTCAAGTCATTCGTTAGTCACCTACGCAAGTCTGCTTGTGTTTTCGCCCAACCACCCACGGTCAGTGCCATCACTAGTCGCCGTCCGCCGCCCACGCACATCGCCAACAACATCTTCGTTGTCTGTACTACTGCTGGGATCTTCATTGGATGTTTTTTTTGGGTTGGGTCCTCGATTTAAGTTTGAAGTATTTTTGGATCAAGCCACAGTTTGGGTAGCCTACGAGTTTTCTACTATTTTACTGGAAGCCTATGGGTTTCCTACTATGTTCCTGGAAATTGATGGATTTCATACTATGTTATCGAGTGCCGATGGCTGCCCAATCATGTTTGTGAGGCTTCTGCACAAGTTTTCATGTTTTCATGTTCAAGATTTTTGGTCTTCCTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTGTCGAACGCCAGTTTTGTCGCATCGTGCAACGTATTTATATATCGTCACAGATTTTGCGACGAAAAACTCGATCGTCAGATACAGATCCCGACTGCTGAGGCTTCGATCGGTGTTAGTGAATCTCAATGAGTTTTGGGAGGCTCAGGCACCTGTTGCGTCCCCTGCTCCTTTTATTGATGTGATCCAGTCGGTTGCTGGAGTTTCTCGAGAGTCCAACAGATTGGTGGTTTTGGCTGCGTCTAAGTGCATTCCAAATGGAGTTCAGGGGTGGGAGGCGGAAGCTTTAGCCCTCTTGTTCGGTTTGAAGGCTGTACATCGGCTGGAAGTTCCAAATCTCTTGGTCAAGCTTCGGTCAACTTCATTTATCCGGTCACTGCACCTAAGATCAATCCGGTCGAGTATGTACGCATTGATCGCCGATGCTTTTCATGTTCATTGTACTGATGCTCCTGGATTGACTTGTTTCCTGAAACTTCATGAAGCAAAATACCGGCAACATGTGGGCCGTGGAGTTGCAGACGCTCTCCCTCACTCGTCGGTCCAGTCAACCCTCGAACGCCGACCGCTGCCACCAGCCATCATACGTCATCACTCCGCCAAAGATCGCACCGTCAACCGCGAAGCACCCATCACTGTCGACCAGAGGTTGCAGCTGTCATTCGCACAAAACTTCAGATCAGCGGGTTGTCGCGTCGTCAGCGCTATGAATAGGCTCGAGCGTTCATTCGCCTCGCCGCCGCCATTTTGCTCATCCCGTCATTCATGCACCACTATCTCAAGTCATTCGTTAGTCACCTACGCAAGTCTGCTTGTGTTTTCGCCCAACCACCCACGGTCAGTGCCATCACTAGTCGCCGTCCGCCGCCCACGCACATCGCCAACAACATCTTCGTTGTCTGTACTACTGCTGGGATCTTCATTGGATGTTTTTTTTGGGTTGGGTCCTCGATTTAAGTTTGAAGTATTTTTGGATCAAGCCACAGTTTGGGTAGCCTACGAGTTTTCTACTATTTTACTGGAAGCCTATGGGTTTCCTACTATGTTCCTGGAAATTGATGGATTTCATACTATGTTATCGAGTGCCGATGGCTGCCCAATCATGTTTGTGAGGCTTCTGCACAAGTTTTCATGTTTTCATGTTCAAGATTTTTGGTCTTCCTTTTGA

Protein sequence

MCRTPVLSHRATYLYIVTDFATKNSIVRYRSRLLRLRSVLVNLNEFWEAQAPVASPAPFIDVIQSVAGVSRESNRLVVLAASKCIPNGVQGWEAEALALLFGLKAVHRLEVPNLLVKLRSTSFIRSLHLRSIRSSMYALIADAFHVHCTDAPGLTCFLKLHEAKYRQHVGRGVADALPHSSVQSTLERRPLPPAIIRHHSAKDRTVNREAPITVDQRLQLSFAQNFRSAGCRVVSAMNRLERSFASPPPFCSSRHSCTTISSHSLVTYASLLVFSPNHPRSVPSLVAVRRPRTSPTTSSLSVLLLGSSLDVFFGLGPRFKFEVFLDQATVWVAYEFSTILLEAYGFPTMFLEIDGFHTMLSSADGCPIMFVRLLHKFSCFHVQDFWSSF
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc09G17460 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc09G17460 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc09G17460 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc09G17460 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR002156Ribonuclease H domainPFAMPF13456RVT_3coord: 65..143
e-value: 1.0E-5
score: 25.3

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc09G17460.1Clc09G17460.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity