CcUC08G153470 (gene) Watermelon (PI 537277) v1

Overview
NameCcUC08G153470
Typegene
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCicolChr08: 21840175 .. 21845341 (+)
RNA-Seq ExpressionCcUC08G153470
SyntenyCcUC08G153470
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GATATCTCGATTCATTTTTTCCAACAGAAATCAAGCAACACGAAACTCCCTCGATCTTCCCTACTCCACGGCTCTCTCACAACTCTCTCCCAAGGTTCTTAGCTCCTTTCTCTCTCCATTTTTTATCTGCCTAGAATTTAATCTAACATTTCTTACTCTCCATTATGCTTTACTGTTTGTCTTGTGAATTACGGTGTATTTGATGGCTTGCTTTATAATTTCTGATGTGAACTCTCCGCAGAGTTAAGAGGGGAAGAGAACGAACATATGTATTTGCTTATTTTTCCTTTTGCTTCCAGTCCTCTCTTCTGCGTTCGCTTTCTTCTCTGTTTTTGTCCAGTATCTGCAACCTCTTCTCTACCGAAAAAGTATTGCATGAGGCGACCTCAGTGTGGCTGCGGGATGCCTCAAATACAGAATAAAAAGTGCCCAGATTCTGACCTCTCAATTATGTATTTGGAAAACACAAAAGTTTCAGAATTTAAGACCAAATCTTCTCTCCAGCGTAAAGCATTTCCTGTTTGGTCAACCTAGGTCAACCCTTTTGGGATTGGCTTGGTGCGAAATTTCAAGTTGGTTAAACAATCAAACCAAAAATTTGGGTTCATTGACTTGGGTCTAGAAAGTACTTCTCCGTCTTTAGGATCCCCTTGTTTGGTTTGTAAGACCATTGAGAAGCTTATGAGGGATTTCTTGTGGGAAGGGGTAGATGAAGGAAAAGGGGCCTACCTTGTGAATTGGGACGTCATTAGGAAGTCTGTGGACACGGGAAGGCTTGAACTTGAGATTATAAGGACTAGTAACAAAGCGCTGTTAGGCGAAATGGCTTTGACATTTCCCTCTTGAGCCTGAACCCTTGGTGGAGGATTATTGTGAGCAAGTATGATTTCACCCCTTTGGGGGGCGGTCAAATGGGATTAAAGGCCCCTCACAGAGATTTGTGGAAGGATATCTTTAGTCTTTGGGGGGAGGGGAGGAAAGGATCAATAGGTGGGGGATAGACCCCCATGCACTAGGTTTCCTTGTCTTTACCATTTATCTTTATCCTCTTCAAGACACTGTTTTGTGATTGAGTTCTTAGTATGGTCTGGGTGCTCCCTCTCTTTTTGATTTGGCTCCCGTTTTCCTTTGTCTGATAGAGAAATGATAGATGTCACAATGCTCCTATCTTTGATTGAAGAGTTTGATTTTAGGATCAGCAGGAAGGATATGTGTATTTGGTGCCCTAACCCTTATAGAGGCTTCTCTTGTAGTTCCTTTTTTCGTTGTTTGATGGACCTTCACCTGATAAGGTTTCTTTTTTTGGTTCTGTTGAATATTAAGATTCCAAAGAATGTTAAGTCCTTTTTCTGGCTGGTTATCCATGGACAAGGCAACACTCTTGATAGGGTCTAGAGAAATTGACCTTCATTGATTGGTCCCTTTTTGTTGTATCCTCTATAAGAAGGCAAAGGAAGACCTTGATCATAGCCTTTGGAGATTGACTTCATGCATTTTATGTGGAGTGATTTTTGTAGGTGTTTGGTTTTTTGTTAGTCCGCCATAGAGATTTGAATGAGATGATTGAGGAATGCCTTCTCCATCTGCCTTTTAAAGAGGAGTCGTTTCTTGTAGCTTTGGGGTGTGTACTTTATTGTAGGACCTTTGGGAAGAGAGGAATAATTGAATATTTAGAGGTTTGGAAAGGGATTCAAGTGATGGTCTCTAGTTGGATTCCATGTTTCTCTTTGGGCTTTGGTGACGAAGGTTTTGTTGTAGCTATTCGATAGGCATTATTTAACACTACTGGAGTCCCTTCCTTCAATGCCCTTCCCTTTTGTCGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCTCCTTGAAACAACTTTTGTTGGTTCAGTATTTTTGTGTGTTATTGATTATTTTTTTTTAATGTTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTCCCTTTTTCCCATATAAAAAAAAAATGGGTTTAGTGGGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAATAAAATTTGTTTTCTCATTTTTTAAAAGAAAAAAGGAAAAAAGGGGAAAAGATTGTGTATCTTTCACTTGTTAATGTATTTCAAATTTTTTGCTGATCTATCAGAATACTAAAGATTTGTAGATCAGAGTGAGCTTTGTGATGGCAACTGAACTGAAGGCAGCTTCTGAGGAAGTGAAAGTTGACCTCTTTGAGGATGATGATGAGTTTGAAGAATTTGAGATTAATGAAGGTTTGACTTGAAACTGTTTGTCTTTTTTATTCCTTCCCTTGTTTGGATTCCTTCACGATTGCCTTTTATTTGCACTCATTTTTCATTTATCAGTGCTTGTGTTGTGCAATTTCTCCTTTGTTTCAGCCAAAAGAATGTGAATGTTATGCAACGGTCTGAAAATCCTGATACTAACTCAATCCTAACTGCTGGCATTCTTCATTTGGATGCCTCATTACTGTTGCACTCATTCTTTTCACAGAGGCCAGTCTCTATCAAAGAAAAAAAAAACATTATTTCGTAGTAAATTCTTGGAATCCAGTGTTTGAAGAAAATAAGGCAGAATGTTTGTAAACTCAATTGCAATAGTAAAAATTAAAAAAAAAAACATATTGATGAGGATAAAGAAAAGTTGGAATAATGCATGGTTTTTAAAAGACCTCAAGTATACTTTATTTGGATGGACCTTTTTCTCTTTAAAATTTAAGCTATTAAAATTCTCTAGAGGTTTGTTTCAAGTTAATGTAAGAACTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTTATTTTATCTAAAAAAAGCTTATAGAATTACTTCTTTTCCAAAAAGGAAAAAAAAGGTTTGTTTGGAGTTAATTTCTTTTGTTACATACATATTCGGGTATTCCTTGTATGCTCAAAAGTGCTTGCAATGGTACATAAGGAAGCTGGTAGAATAGCTTTTGAATGAGTTTATTCAGATTTTGCTTTGATTACTGAAATGGTCTTGAAGTACATTTTTTTTTTCCAATTTATATTCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACGACCATGAAACCACTTCTCTTTGTTCAGTGGAAGTGGGCGCTCTTCGTTATTTTTCAGAAATGGTTACAGTTACTTGATCGTTAAGAAGAGAAGAAAGAATCTTTAGTTTTACATTCAGATCATATGGTTGCTCGATGATGTTGTCAACTGAAACTATGATTTGAAGGTCCTGCTAGTCTTTTATTTCCTTTAAAAAGAAAAACATTTCAGTGACAAGGAAGTTTTGGAGTTTGTTAAATGGAGCATTATAGGTTGTTGGTGTGTCAATACTAAACTCTTGATAGCTTGTTAATTTCACGGATGTGCTTGTATATGTCGTGCCAGCATAACATTGTTAACTTAATGTCTTATGTTCTATACTTTCATTCATCACAATGTGTTATTTGCTAAGTTTTGAAACGAAGTGAAGGATTTGATGAATTACCAGTTAAGGGGGATCTTGTGACTAGAATATATCTCCCAAATGGTGTCATTACATTGTCTGAGAGCTTTTATGCATTTATTATTATTTTTATTTAACTAGGAGTGTGCTTGGGGTGCTTAAGTGCACCTTAACTGATCTCAAAGAACAGCCATCCGATTCTATGACATTATAACACGTTACTGTCAAGAATCTTGTGAGAGTTTGTTCTAAGTGGGTAACCACCCTGAGGTTTTTGAACAAATTCCTCAGTGTCTTTTTACTTTTTCACATGCTCTAGGGCAATATTAGGGCAAGTTATGGTGGTTCTTGTTTGAGACCATATAGAAGTTTAAGTTAGAACTTTGTAATATATATCATATATGTCCTAGTCCTAATCCTAGCAAAATATTGCTGCTAATCAGAGAGTTCAGAGGTCTTTTCCTCCTTTTCAAAGTTATTATGCAACTCTAATTTTCCTCAGATTCTGGGGTAAAGCTTATTACTCTTCTTGTTGTTGGCCTAACATCTTTAAGCCTAATGATATTTTTGTGATCTTTCCTTTTGACTCTCATGGGTGAAATGGATTACAGAGTGGGAAGTCAAGGAAGGCAAAGAAATTTCTCAGCAGTGGGAAGATGACTGGGATGATGATGACGTTAATGATGACTTCTCGTTGCAGCTTAAGAGAGAATTGGAGAACAATGCTGAGAAAAAATGAAGAGACTCTAGACACTTTCTTTTTATCTGCCAACATCTATGTTTTATTTGCGCTGTTTGACCTTCAAGATGGTTTTATTGCTTTCTGTATCTCAAATGGTGTCATTAATATTCATTTAAGATCAGCATATTGAATATCTATGGCCGTTGGCCCAGAAGATAAGGCATTCGGTTAATTTATTGATAGTCCTTGCTTTTACAATTCACTTTCACTTTCAAGTTTTGTCAAATTATTTAAGTTATCGGAAGGATTAGAGTTATAATTGCGTTGTAATTCTATGGTAGTCACCTATTCAAATTTTATGATTTTTCTGTGATTGAGTAATTGTTCCATGACATTAATTAATGTAACAGTAAGTGAAAAAGAAAAGGAAAAAGAAAAATAAGAAGCTTATTGTGTAAATTTAAAAAACAAAAAGCTTTAAAGCTATTGGAAGCA

mRNA sequence

GATATCTCGATTCATTTTTTCCAACAGAAATCAAGCAACACGAAACTCCCTCGATCTTCCCTACTCCACGGCTCTCTCACAACTCTCTCCCAAGAATACTAAAGATTTGTAGATCAGAGTGAGCTTTGTGATGGCAACTGAACTGAAGGCAGCTTCTGAGGAAGTGAAAGTTGACCTCTTTGAGGATGATGATGAGTTTGAAGAATTTGAGATTAATGAAGAGTGGGAAGTCAAGGAAGGCAAAGAAATTTCTCAGCAGTGGGAAGATGACTGGGATGATGATGACGTTAATGATGACTTCTCGTTGCAGCTTAAGAGAGAATTGGAGAACAATGCTGAGAAAAAATGAAGAGACTCTAGACACTTTCTTTTTATCTGCCAACATCTATGTTTTATTTGCGCTGTTTGACCTTCAAGATGGTTTTATTGCTTTCTGTATCTCAAATGGTGTCATTAATATTCATTTAAGATCAGCATATTGAATATCTATGGCCGTTGGCCCAGAAGATAAGGCATTCGGTTAATTTATTGATAGTCCTTGCTTTTACAATTCACTTTCACTTTCAAGTTTTGTCAAATTATTTAAGTTATCGGAAGGATTAGAGTTATAATTGCGTTGTAATTCTATGGTAGTCACCTATTCAAATTTTATGATTTTTCTGTGATTGAGTAATTGTTCCATGACATTAATTAATGTAACAGTAAGTGAAAAAGAAAAGGAAAAAGAAAAATAAGAAGCTTATTGTGTAAATTTAAAAAACAAAAAGCTTTAAAGCTATTGGAAGCA

Coding sequence (CDS)

ATGATGATGAGTTTGAAGAATTTGAGATTAATGAAGAGTGGGAAGTCAAGGAAGGCAAAGAAATTTCTCAGCAGTGGGAAGATGACTGGGATGATGATGACGTTAATGATGACTTCTCGTTGCAGCTTAAGAGAGAATTGGAGAACAATGCTGAGAAAAAATGAAGAGACTCTAGACACTTTCTTTTTATCTGCCAACATCTATGTTTTATTTGCGCTGTTTGACCTTCAAGATGGTTTTATTGCTTTCTGTATCTCAAATGGTGTCATTAATATTCATTTAAGATCAGCATATTGA

Protein sequence

MMMSLKNLRLMKSGKSRKAKKFLSSGKMTGMMMTLMMTSRCSLRENWRTMLRKNEETLDTFFLSANIYVLFALFDLQDGFIAFCISNGVINIHLRSAY
Homology
[Close]
BLAST of CcUC08G153470 vs. NCBI nr
Match: KAG6584228.1 (hypothetical protein SDJN03_20160, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 58.9 bits (141), Expect = 2.8e-05
Identity = 39/68 (57.35%), Postives = 45/68 (66.18%), Query Frame = 0 

Query: 1  MMMSLKNLRLMKSGKS-RKAKKFLSSGKMTGMMMTLMMTSRCSLRENWRTMLRKNEETLD 60
          MMMS K+LRLMK+GKS +K +K  SSGK TGM M  M TS CS  ENWR   R+NE+   
Sbjct: 1  MMMSSKSLRLMKNGKSKKKVRKLHSSGKTTGMTMMSMTTSPCSFGENWRATPRRNEK--- 60

Query: 61 TFFLSANI 68
           F LS  I
Sbjct: 61 IFLLSYQI 65

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CcUC08G153470 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6584228.12.8e-0557.35hypothetical protein SDJN03_20160, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CcUC08G153470 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CcUC08G153470 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CcUC08G153470 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CcUC08G153470.1CcUC08G153470.1mRNA