CcUC06G117520 (gene) Watermelon (PI 537277) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGATCAGGTTGTTGGAATTGGGGAAATTTCCTTCTCTAAGTGACTGCATTCTTGCAACTTGGCAACTCACTAAAATTATGTAGAGTTTTTAATTTTATATTTTAAAAATAAGCTTTCTTTTATATATTTATCTATTTCTCACCTAATCAAATTTATTTTCTATTTTTACGATTTGGATGCATCAATATTTTAAAAATTAATCTATAACAAACTAAACTTATCATTCTAAACAATTATATAAAAGTTTAAATTACAAACAAAAGTTGATTATAAGCCTATTTTAGTTATTATATATAAAATTAGATGTTTTTGTCTTTATTTACCAAACTATAAAATTAGATGGACATATATATAGATGTCCAAGAATTAAGGATGTCTGGGAATATAAAGCATGAGAATAAGATTGTAAGAATGACTCTGTTTGGTTGTGCATGAGAATGTTATCATAATTTTATGGGAACAAATTATCTTTGTATTTAATTTGTAAAATTAATCATGGACACCTCTATAAATTTTTGATAGATTAATTGATAACAATAAATTCAATCCAAAGTTTTAAACAAAATTAATTATTTAACCATCAAATAATAATATTAATTACAAGTATTTGTAAAATTAGTAATTTACAATTAAAGTTACTTGATTACATAATTTGATGTATCAATTTGATGAACTTATATAATTATTAATTAATAAAACAATCAAAATTAGTTTGAAAAACAAATATAACATTTTGTGATTAAAAATTAAATAATTACAATTAATTAATAATAAAATAATTATAATTATTACAAAATAATCTCATAAAATATTAATCATAGTGATAATTAATTAGCTACGTACATGATCAATTAATGAATTGATAGTATTAAAACATCAAATTATTTATAGGTTATTGAAAAAATAAGTGTATATATATGATTAATTAATTAATTAATTACAATTTTTTAAATTATAAATGTAATATTCATATTTAAATGAATTTTAATAATATACAAAATAAAAAAATAAACTCATGTATTAAAGGAGGAGAGAGGGTGAAGATAAAAAAACTCACACTTTTGGATGGTATCTTCATGGTATAAAGAATGCATATGAATAACTTATTCGCATACCTAAAGTTGGGAATGTGTATCCATTACCTATTCTCATCCTTATTCCCGTCTCCTCCATCTAAACAACCCCTAAGGGTAGAAATAGTTCGGTTCGGTTCGGCTGGTGGTCAAACCAAACTGACCCAAATAAAAAAATTTTAAAATTTTTACATGTGAAACCAAATCGAACTAATTTGCGATTTTTAAAAATGTGTGTATATATATATACATATTTTTAATTAAAAATGGTTTAGTTCGGTTAAGTTTTAAACGATTTGGTTTTGAATTCAATTTTGCCTTTTGTTAAGATATAAAAATATATAAATTAAAAATGGTTCGATTCGGTTTCAAATTCAATTTTGTAAATGAAAATCGAACCGAACCAAATAATTTGGTTTTATACTTTCTTCAAAACCGGACTAAACCACATTTCTCGGTTTCACTCAGTTTTCGGTTCGGTACGATTTTTGCTTTTTGAATAAAATAATTATGAAGTGTGATTTTGAAATTAATTTTAATAGTGATGAAAAAGTTGCTAAATGACCCTAGTCAAGTTCGAATAAAATTACCAAAATGAACTTGTAGACATGAAAAAACCCATTTCCCTCTTGCTCCCGATGACGATCAATTATCGCTCTGTCTCTTATTATCAGGTAAAAAACCTATTAATCCTTGTTCATCGGGTCTCATCGAACATCCACCACAAAGCCAAAATGGGTCTTATCTTTCTCACTCTTGCTAAGAAATGGAACGAAGGAGAGTTGTCGATTTTTGCCTAGATTTGGGTATGAAATAAAGGAGGGTTGTTGATTTCGGCCAGATCAGAGGAGGATCGTCAATTTTGGCTAGATCTTGCGAGGGAATGGAACGGAGGATGGTCGTCAAAACTATGGAACGGAGGTTGTGCTTGATCGTCAAGTAAAAGGGCGGAAATTTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAATCGCATTAGAACCAGAGAATAAAAGAAAATCATATCGGATAAAAAGAAAAGAGTAAAAGAAAGGTCAAATTTTGTAACTTTAATAGTTCATAATTTCAGCACAAAGATTATTTGACACTTTAAAAAAATCGGGTCATTTGTGATTTTGGACTTCTAAAATAGGCGTGCTATGAAATTTCCCGAAATTCAATGGAGAGTCAAAATTAAGTTGAAGAGTTAAAATAATTCTATCAAAAATAAAATGCAATTACGATTACGAAGTTGGATTGATTGCGGTGCGGTTTACCGCTGAAATATCAGAACTATTTTTTTTTTTCTCTCTAAGAGAAAGGCAACGCCAATTCATCGCCATTTCCCATCAGACAAGCAATCCGAAAGAACACGGATCAATAGGCGGAAGGAAGAATCCAATCCCCCGATTTGCTGCAAGGATTTCGATACGGATCCAAGAATTTGCCATCATCAATGGCGGGCCTATCTCTCAAGTGTGGGGATTGTGGCGCACTGTTGAGATCCGTAGAAGAAGCTCAACAACATGCCGAACTCACTTCTCACTCCAACTTCTCCGAGTCCACCGAAGCTGTGCTTAATCTTGTCTGCACTGCTTGCGGCAAGCCCTGCCGATCCAAGACGGTATCAATTCCAAGCCACTTTCTTCAGATTTTGGTCTCCAATTCACTTCCGTGCTCTTCCAGAATTCGTAGCTGTATTTACTAGGACGACGCCTTTTGAATTTGCTTTTGTGATGTTTGGTTCTGTAGGAAAGTGATTTGCACACGAAAAGGACTGGCCATACCGAGTTTGCTGATAAGACTTTGGAGGCTGCAAAACCAATAAGTTTGGAGGCCCCAAAGGTAGATGCGGAATCAGAAGATGGTGGGGATGCAAGTGCTAGCAAGTCTGAAGGTATAGAACAATTCTCGTCATGATCGATTCTTTAAATTTCCAACCATCAATGAAAAGTGTGTTTCGTGTTAAAGAAAAAACACAGTTGTAGAAATGAACCCGGGTTTTGACAAGATAGTTTATAATTAAGGTTGAATGATAAAGAATTGTGGCTGTCTGATGGGTATCCATTTTGACAATGCTAGTTGTGGAGTCTCTTAGTTGCACTATCTCCAAATTTTTGGTTCATGTCAAATAAAGGACAGTGAAATCCATTATCATCTTTCAATGCTTTGTCCACCGGCAGCTCAGAAGTTAACTTCTTTTCTTGTTTGGTGGTTATCCTTTCAAAGACAAAGCTAAGTCCCTGATGTGGGATATAGGCTATTTAAGTTATTAGGTTATGTTAAATGGATTTATTCTACAATATTTACTAGTAGGCAAGAATCCTTCCTGCCATTCTTGGACCCAAGAAAGGTCTATACCAAGATAACGTGAAAACACCCTGAAGGTTTGGTTAATCAAAGAAACTGAATATAACCTACTTACCGCCATTATTTATAGGTTGGCGCTCACCTATAATTACAAAATATTACGTACAAAATTATCCTTTGACAACTAACATAGTTAACAAAATCAAGCTAAGAACTTACACGCCTTACAGCTTACAGTTTTTGGTGCATTTCATTTGATTACTTCTTATATACAAAGAAGAAACCTTTGTTTGCACCACCATCTCCCTCTCTTCACTGTATATCTCTTAAACTCATTATCTCTAGACCTTGTACGTTCAAGTCACACATCATCATGTATGAAAAATGTCCATGAAGCCATCCTCTTACCTACAATGGTCTATCATTGACAAGTAATCTAGATTAGAAAAGATTAGTGTTATGCCAGGGAGATTGGTATGAAAGGTCATTAATGCAATCTAAACTTTCAAGCTACATTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTATTTGGTCACTGGTGCATTTTTCCACTTGAGTAAACATTTAACATAACTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTATCCAGAAATGGTTGTGCCAGAGGTAAACAAGAATATTTTAGAGGAACTTGAAGCTATGGGCTTTCCAACAGCACGAGCAACCCGTGCACTTTTTTATTCTGGTGAGTTGTTTGTAAAGTCAGAATGCAAGTCTCTTTTATTTTGAGTTCAAACGGTTGCAATATTATTTCTTCATCGCTTGAGTATTAATAGTCAACTTATTGGAACTCTCTATTCAAACTGGTATTCGTGTTCACAACTTCACAAATGTGAGAGCAGTAGAATATGGTTAAATTTAATTCTTATCTTTTAGTTTAAGCATCTTTTTCCATTGCTCATTTAATTGAAAGTACTGGGGTAGGCTCTTCAAACTATTCCGATTCTCTTGGGTGATAGCAGAGACAGCAGGGCAACATTTAAGAGTAACTTTAATGCAACCAAAACAATAAAAAGAGGGGCTAAGGATCTATGGAATAATGCTATTAAGCCTTGCTCTGTGGCCTATGGATTTAATGGGCCCAATGTCTTATTTCATGCCCAAACTCTCTATTCAAACTAGTATATGTGGCTAAATATCACGACTCTTGTTGGAGTGTTTATGACCCCCCCTTTTTAACATTCTTTCAACAAGTGATTCAGTTTGGAGTAGCTTTAAATACTATGGCTTGCCAGTTAAGTCTTTTGTATCCATGTAATGGGAGCGCTAAAGCAATTTGCCACTTCTTTTCCATGTTAATATAAACTCTTTTGTTATATTTCTCTTATGCTCAGCCGTTGGATCCTTTATTGTAATTCATCTTTTGTTCTGGCTCCTGTTGAGTTGGGCTATATTTTTTTGGAT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MDQCGDCGALLRSVEEAQQHAELTSHSNFSESTEAVLNLVCTACGKPCRSKTESDLHTKRTGHTEFADKTLEAAKPISLEAPKVDAESEDGGDASASKSEEMVVPEVNKNILEELEAMGFPTARATRALFYSGNASLEAAVNWVVEHENDPEIDQMPLVPKDAKVEAPKPALTPEQLKAKQQELRYNKERIRIGKELLEAKRIEEENERKRILALRKAEKEEEKRARDKIRQKLEEDKAERRRRLGLPPEDPSTAKPAAPVVEEKKISLPVRPASKAEQMRECLRSLKSNHKEDDAKVKRAFQTLLTYVGNVVKNPDEEKFRKIRLSNQTFQSMLLRWNGIGRTRMKVLHVLFKPRLAFFSSMPSSSSPQISSLETHFIDLIHASNSTHSLRQIHGQLYRCNIFSSSRVVTQFISSCSSLNSVDYAVSIFQRFELKNSFLFNALIRGLAENSRFESSISYFVLMLKWKISPDRLTFPFVLKSAAALSNGGVGRALHCGILKFGLEFDSFVRVSLVDMYVKVEDLGSALKVFGESPESVKTGSVLIWNVLINGYCRVGNLVKATELFESMPKKDTGSWNSLINGFMRKGDLGQAKELFEKMPGKNVVSWTTMVNGYSQNGDPEKALETFFCMLEEGVRPNDYTIVSALSACAKVGALDAGLRIHNYLSGNGFKLNLIIGTALVDMYAKCGNIESAREVFHETKEKGLLIWSVMIWGCAIHGHFKKALQYFEWMKSTGTKPDGVVFLAVLTACSHSGQINNGLKFFDSMRRDYLIEPSMKHYTLVVDMLGRAGRLDEALKFILGMPINPDFVVWGALFCACRTHKNIEMAELASKKLLQLKPKHPGSYVFLSNAYAAVGRWEDAERVRVSMRDRGAQKDPGWSFIEVDDKLHRFVAGDNTHNRAVEIYSKLDEISAGAREKGYTKDIECVLHNIEEEEKEEALGYHSEKLALAFGLVSTGPGTTVRIVKNLRVCVDCHSFMKHASKMSQREIILRDMKRFHHFNDGLNNHNRNGTELQAESTMAVMALSVLAAVFVFIFLHLFESLFLKPKRLRSKLLKQGIDGPSPSFLLGNLPEIKNIRALKSHALTTTEGNDSIAHGWPSNLLPHLEHWRNRYGNFFSSFHLLNPLIREIGLSTTLNLGKPAHLSKDCGPLLGLGILASSGPIWVHQRKTIAPELYLDRVKLNSKRLTEISLNLEDITSLMVESVKSMIKSWETIVENDGGQSELNVDSYFRTLSADVISKACFGSNYYEGKEIFRKIRGLQVVTSKENIGIPGFKYLPTKNNREIWKLEKEIESMVLEVVKERIKQCSKEKDLLHIILEGAKCLDEEGNSLKISGDKFIVDNCKNIYFAGHETTAITASWCFDVISNTPRLASSCSF Homology
BLAST of CcUC06G117520 vs. NCBI nr
Match: XP_038876300.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1249.2 bits (3231), Expect = 0.0e+00 Identity = 616/660 (93.33%), Postives = 642/660 (97.27%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. NCBI nr
Match: XP_004139010.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 [Cucumis sativus] >KGN61483.1 hypothetical protein Csa_006509 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1247.6 bits (3227), Expect = 0.0e+00 Identity = 610/672 (90.77%), Postives = 639/672 (95.09%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. NCBI nr
Match: XP_023513771.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1217.6 bits (3149), Expect = 0.0e+00 Identity = 595/672 (88.54%), Postives = 633/672 (94.20%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. NCBI nr
Match: XP_008457226.1 (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 [Cucumis melo] >KAA0033318.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK21588.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1216.1 bits (3145), Expect = 0.0e+00 Identity = 595/672 (88.54%), Postives = 631/672 (93.90%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. NCBI nr
Match: XP_023000600.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1214.1 bits (3140), Expect = 0.0e+00 Identity = 594/672 (88.39%), Postives = 632/672 (94.05%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9MAT2 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H64 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 721.5 bits (1861), Expect = 1.8e-206 Identity = 358/663 (54.00%), Postives = 470/663 (70.89%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LN01 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H12 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 487.3 bits (1253), Expect = 5.9e-136 Identity = 269/722 (37.26%), Postives = 400/722 (55.40%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O82380 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H33 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 484.2 bits (1245), Expect = 5.0e-135 Identity = 265/725 (36.55%), Postives = 402/725 (55.45%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FG16 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06540 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H88 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 478.4 bits (1230), Expect = 2.7e-133 Identity = 249/633 (39.34%), Postives = 376/633 (59.40%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LTV8 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H43 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 476.1 bits (1224), Expect = 1.4e-132 Identity = 243/670 (36.27%), Postives = 387/670 (57.76%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LI86 (DYW_deaminase domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G139850 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1247.6 bits (3227), Expect = 0.0e+00 Identity = 610/672 (90.77%), Postives = 639/672 (95.09%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SRY4 (Pentatricopeptide repeat-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold275G00910 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1216.1 bits (3145), Expect = 0.0e+00 Identity = 595/672 (88.54%), Postives = 631/672 (93.90%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C6B0 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103496955 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1216.1 bits (3145), Expect = 0.0e+00 Identity = 595/672 (88.54%), Postives = 631/672 (93.90%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KIT8 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111494840 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1214.1 bits (3140), Expect = 0.0e+00 Identity = 594/672 (88.39%), Postives = 632/672 (94.05%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HJP9 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g04840 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111464188 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1213.4 bits (3138), Expect = 0.0e+00 Identity = 597/674 (88.58%), Postives = 633/674 (93.92%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. TAIR 10
Match: AT1G04840.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 721.5 bits (1861), Expect = 1.3e-207 Identity = 358/663 (54.00%), Postives = 470/663 (70.89%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. TAIR 10
Match: AT1G04850.1 (ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein ) HSP 1 Score: 492.7 bits (1267), Expect = 9.9e-139 Identity = 274/397 (69.02%), Postives = 313/397 (78.84%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. TAIR 10
Match: AT1G08070.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 487.3 bits (1253), Expect = 4.2e-137 Identity = 269/722 (37.26%), Postives = 400/722 (55.40%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. TAIR 10
Match: AT2G29760.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 484.2 bits (1245), Expect = 3.5e-136 Identity = 265/725 (36.55%), Postives = 402/725 (55.45%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC06G117520 vs. TAIR 10
Match: AT5G06540.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 478.4 bits (1230), Expect = 1.9e-134 Identity = 249/633 (39.34%), Postives = 376/633 (59.40%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (PI 537277) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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