CaUC06G117320 (gene) Watermelon (USVL246-FR2) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AGACGCATTTCAGCAAAACACAAGAAACCAGGTGTCCTTTGCAATTAATCCACACTTTAGGGTTTCAAAAACCTTCAACTTCCATTGCTTTCGAGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTACTACTACTCCTCGATTTCGTAGTTCAAAATCCCTCGCTTTACTTCTATCGCACTGAGAATTTTGAACTTCGAAATTTTAGGGCTTCTTTCTTCTCCCCTTATCCGTCGCCTCATTTCCTTTTTTTGCAACCTGGCCCTTGATTTTCTTTCTTTTATTTGGATCCATTCATGGACGCTCGAGATTCATCTTCGTCGCCCGCCCCGAATCGAGATGGGTCCTCGTCGGCCGTTGAGGATGACGGTGCTCTATCCATCACCGCCGCTCTCGCTAAGGAGGCTGCATCGCTTTTCCAATCGGGCAAGTATGCTGGGTGTGTAGAAGTCTTGAACCAGCTGTTGCAGAAGAAAGAAGACGATCCTAAGGTTTGATTTTTCTTCTACCATAATCTAATTTTGTTTCTTTGTTTTTCTTTTTGTTCAGTGTTAAAGCTTGCTGTAGAGTTGATTTAATCTATTCTACGATTTCGTTAATTCTTTGTGTATATGTGCAGATGCGGTTTAGTCTTTTGAATTGGGGGGCTTTCCACTTTAGCGAATGTCGAGATTTGAATTATTTGAGGATAATATACTAGAACTATGTGCAATTTCAGTGTATAGTTTGACTACGCCTAGGTTATTCTGAGAGGAAATGCAAATGGGTGACGATTTTCAGTGAATGTTATCATTTTCCTTGGGTTTTATGATAATTTACAGGAATTTAGGCTGGGATGGTAGTATTTCTGTTCGTACATTATTTCATTTTTGTTTATCACTGGTTAATTTGAATGTTAATCCTTCTAGTCACAGAATTGTTACCTAAACCTCTGATGTGAAGGTGACGCCAATAGAATTTCCCTAGCAACTGATGGCTTGGAAAATATTTGGGGTTTCAGCCGCTTAACTAACAAGCATCGGTGATCAACTCCACTAAGGCTCCATAATCATTTAAGGAAGACGGGTTTTACAAAATACCGCATTTTGTTCTCTGCCTGTACTCGTTCCCATCCCCAGATTCAGTACTTTCAATTTCCCGAGCTTTTCATTTTTGAAGTATGAGAAATCCAGAGTGGAGAAAAAAACAATGTAATAATGACCCTGCCAAGTGCAAATGACAATGAGAAATTTGTTGTTTTTGTTAGTCTGTCCAGTCTTCATTCAGTATAACTGTGTTCAGATTTCACATTGTTGGCAAAAAGAGTGTTGAGTGGCTTGGAATCTGGTTGGCGTTAGTTATATTCCACATCTATCTTACTAACTCCTGTTCTTTGCTCTTAAGCAAAGTTCAATTGGTAATTGATGATTGATATAAAATAACATTGCCATGAAATTAAATCAACTTCACGAGACAGATAATATTATGTGGAAGTGTTACATGCATTCTCCAACAATCCTGCTGTCCTCAACTCCTGAGCAGTTTATGTACTTTACCTGGATCTGTTTAACTTCTTTACGAGAAAGACTGAATCCTTTTTCTTTTATTAATTTTGGTAATAGCTCACTCTACAACTTTGGCCTGTTCCATAATTATAGGTAATCAATGGTTCCATATTTAAAGAGTGGCTTTGGATTTGAGAATGAATTATGATAAGTGTTATGGCGACTCTTTTATTATTGTTTTTGTTGGGCTGTGGGGAAGGTTTGGGAGGGGTTTGCGGAGATTCCTCTTCCATACTTACTTTTGAGTTGTATAACCACATTAAATTTAGGCAACAATATCTTTAGTTTTCAATATTTAGTCAATTGGCACTATTACCAGTATTTTGTTTTAGGTTTTTAACTTGACATATTCTGATGAAGCGTCTCTTGATTAACATTCACTTTGGATTCTTGGCGAACGGTGATTTTCTATGTTTATATTGACTTCGATCCAATCTTTAGGACTGCATCTTTTATAAGGAGCTTAATGGTATCCCGGTGTTACTGGTTTGTTGTTACTAAACAAGTTAGTTACATTGGGTTTGGCTGCCTATGTACTTTAATTTTGATGCTTCATTTGGCACTTCATTAAAAAAAGAATGTATATCTGCCAGCACTTCATTTATAGATGCCTTTCTCAGGTGCTTCATAATATTGCTATTGCTGAATACTTGAGGGATGGTTGTTCCAATCCAAAGAAGTTGCTTGAAGTATTAAACAATGTCAAGGTATGCCCTTAGCCCCAATGTAATGCACCTGTTAACTGCCACAATAAAATTATGTTCCTGGTAATATTTTATTATTTTCCTTCCTTTTGGAAGAGTTGTTTGTTTATCATCTCAATTCATTGCCTAGCTTAATTGAACATTGAAGTTTTAACTTTTAAAGTTATCTTTTAAATTCTTATAAAAAAGTTATCTTTTAAATCATAGATTTGGCATAAGTCTTATTGTACATTATTCATATTTTTGGATGTCGTGTTCAAATGCAATAAAAATTTCATTATTGTTATTTTTTTTATACGAAAAGGGAGAGTTATATTAAACTCAAAAGTGACAAAACAAACTGACAGCCTAAGGGGATCAATCAAAATTTCATTATTAAATATATGATATTACAAACCTTTTCTTTATATTAAGGAGTTTCTTTTTGTTTATTGCATCTAAAATCTAGTTTAGTGGAGATCTTAATAAGCTTGTCATGTTTTATAATGAACTAAAATTTGAGGATTTGAACTTACATAATTAATAATTGAAGAACTCAACTTTGGGTGAAACTTTGTGATTTTTGTTTAATAACAGACTTGACTTGGAGGGGTAAAATGTAGTTTTCTTTGATTTATTTGATCATTCTTTAAAGAACGTAATTTGGAGACTTGATGTGAGGAGGAAGTGGGTAACATTATAACAGTTGTATGCTGGCATGACACCTTTGTGTGGTACACTAGTCGGGATGCATGCATTGAAGTGTTTAGTAAATTGAATATAGGACGATGGTTTTAGTGGTTTTTGAGATAAGGGCTGGATTTTGTGGCAAGCTAGTTTCTTGTTGGCCACCCTTTGTGGCCTTTTGGATTGAAAAGAGCAATAGAATATTTTTGGAATTTGGAGAGATTGGGGGAGGAGGTTTAGTCACTTTCTTTGTTTTTTGCTTCTATTTGAGTGTTGGTTGTCAAGGATTTTTGTAACTACCCATTAGGTCGTGTCAGTTTGGATTGGAGCCTCCTTTTTGTATAGTTGTAGGGCTCCTTTTGGTGGATTGTAGTTATATATGCTCCTTTGTTTGTCCTTTTCTATTTTTTCATCTTTCTCGATGAAAGATTGCTTTCTTGTAATAAAGAAATAGTTTGAGGTTTTTTTTGCTAAAAGAAGAGTATGGAATGAGCATATTCTTTTCTTTTCCTTTTAATAAATAAAAAAGAAAAAAGCCTTCCCTGAGCTATATGAATAGTTGTGAATGAGAACACATTTAATTTGTTTCCTTTATGTTTGCAATTGGTTGAAAATGATTTAGTTTAATTAGGGTTGGCTTGGCCTTTATAAATTGACCCTTTATTGTACCAAAGGCAGCAACTTGGAGGGATTAGTTGAACAATAGAAAAAAGATCTCAGCATGAACCCCTCGGAGTAGTTCCCGGTGCAAAGATCCCTCCTCGGAAAAACAGAGAAATCCATAAGTAAAGATAAGAGGGCCATAAGACTTGTCTTTCTCCGGTTGGATATTAGTTGGTAGATACCAAGATGGAGATAAGAAGAGGAATCACTGTAGGAGGAAAAGATGTAAGGCACCAAGGAGGAAAGGTGATATAAGATAGGGAATAAAGAAGAGAGAGACCTATTTCCCAATCATTTGTTCTCCCAAAAGTAAGTATTATCTCATCCCCCATCACACGTTGAATAAAAAGAGAGAAGTAGAAATAGCTTTCCACAAGTGTCTAGAAGTGCCTTTCAAACCTCCATTTAAAATCCACTCAAAAGGGTGAGAATTGTATTTACTCAGAATAACCTTGTCCGAAGGGTGAGGTTCTCGAGGGAAACTTGATAGCCACTAAGCCAAAAATGCTTCGTAGCAAATCCTAAGGTTAACAATGCCTAATCCTCTAAGCTCCATTGGCTAGGACACCACACTCCTGGGAAGACCCGGGAGAAGAAGGACTAATCCCAATGGGAGAAGAAGGAATAATCCCAGTTGTGCACCCCTAGGCTTGCCACTAACAAGAATTATCTAGTAAAACTATACAATGCACACAAAAAGTGAAGACTCTACGTCTAGTAAAATTGGAAATGGTAATGGAGCTAGAGATAAATGTCCTATCGTCTTAGTTGGAAATAATTTTCCAGACCTTTTGTAATGTCACATAATAAGGTGGAATATGTTGAGGAAATTTTGGAGGGCAACAAAAATGAGTGGAAAATATTCTTGAGATGAAACATCATAAAGGTGGAATGGATTGAAGAAGAAATCTGAAGCTCTGAATGGAGTTTATCTTCATTCATCTCAACGAGAGGGAAGATAAAACTTAAAAGGTTGTGGTTATTGCATTCTTCGTATACATTTTTTGAACTACAAAGTCAACTCTAAACTAAAAGCTCTCTTGCAGAGGAAGACTTGGATATTTTCTTTGGAGATGTGAGTTTGCGAGGACCGTTTGGGATTCCTTCGACTAGACATTTGACTTCTTGTTATCTTTTGATAGAGATACTAGTGATATGATGAGAGAGTTCCTCTTGCAATCCTCTTTTTGTGAAAAAGATCAGTTTTTATGGCTTGTGGGGATGTGCGCTATCTTGTGGGTTCTTTGGGGAGAGAGGAATAATAGAGTGTTTAGAGGTCTAGAGAGTCAAGTGATGTTTGGTTTCTGGTTAGATTTCATGTTTGTACGTGGCCACGTGGGTCTCCATTTAAAAGATCTTTAGTAACTATTCTGTAGATACTATTTTGCACAATTGGATCCCTTTCCTTAAGTATCCTTTTGAGGGCTTG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BLAST of CaUC06G117320 vs. NCBI nr
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BLAST of CaUC06G117320 vs. NCBI nr
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BLAST of CaUC06G117320 vs. NCBI nr
Match: XP_004150203.1 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 [Cucumis sativus] >KAE8652995.1 hypothetical protein Csa_023506 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1494.9 bits (3869), Expect = 0.0e+00 Identity = 801/870 (92.07%), Postives = 825/870 (94.83%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. NCBI nr
Match: XP_022144890.1 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 1448.3 bits (3748), Expect = 0.0e+00 Identity = 771/871 (88.52%), Postives = 808/871 (92.77%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. NCBI nr
Match: XP_022987604.1 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10-like [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1390.6 bits (3598), Expect = 0.0e+00 Identity = 744/858 (86.71%), Postives = 779/858 (90.79%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy Swiss-Prot
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BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5XIA4 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Cnot10 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 204.5 bits (519), Expect = 4.8e-51 Identity = 224/862 (25.99%), Postives = 364/862 (42.23%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9H9A5 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CNOT10 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 197.2 bits (500), Expect = 7.6e-49 Identity = 222/861 (25.78%), Postives = 359/861 (41.70%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5ZIW2 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Gallus gallus OX=9031 GN=CNOT10 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 196.4 bits (498), Expect = 1.3e-48 Identity = 227/889 (25.53%), Postives = 372/889 (41.84%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: A4IFB6 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Bos taurus OX=9913 GN=CNOT10 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 194.9 bits (494), Expect = 3.8e-48 Identity = 225/861 (26.13%), Postives = 357/861 (41.46%), Query Frame = 0
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Match: A0A5A7U7H5 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold675G001450 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1500.3 bits (3883), Expect = 0.0e+00 Identity = 803/870 (92.30%), Postives = 826/870 (94.94%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B976 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103487419 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1500.3 bits (3883), Expect = 0.0e+00 Identity = 803/870 (92.30%), Postives = 826/870 (94.94%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CSW9 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111014460 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1448.3 bits (3748), Expect = 0.0e+00 Identity = 771/871 (88.52%), Postives = 808/871 (92.77%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JJC2 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111485113 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1390.6 bits (3598), Expect = 0.0e+00 Identity = 744/858 (86.71%), Postives = 779/858 (90.79%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H971 (CCR4-NOT transcription complex subunit 10-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111461648 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1381.7 bits (3575), Expect = 0.0e+00 Identity = 741/859 (86.26%), Postives = 780/859 (90.80%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC06G117320 vs. TAIR 10
Match: AT5G35430.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 683.7 bits (1763), Expect = 1.9e-196 Identity = 419/870 (48.16%), Postives = 564/870 (64.83%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL246-FR2) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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