Chy10G174700 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy10G174700
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionCCHC-type domain-containing protein
LocationchrH10: 6849960 .. 6867156 (-)
RNA-Seq ExpressionChy10G174700
SyntenyChy10G174700
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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GGGGGTTGAATTAAAAATTAAGGGGGAAGGGGGGTTGATGAATTAAAACTTGAGGGAGGAGAGAGAGTTTGTATTGAAAGCTTGAAGGAGAGGGAGTTGTATTGAATTAAAAATTTGCTTTGGGTATATGGCAGTTATGATAGCCTTTAGTTCAAACTTGATTGTTGTTTATTTTTAATAGTTTCGTTTTTTAGAACTATTAGAAATTTTTTGTTGATTTCTTATGGCTATCTTGTAGTTATGGTAGCCTATTCTCTTTAGTTCACACTTAGTTTTGAATCTGTTAGTAGTTTTTGGGAGTTTAGGGTTTAGGTATCTTGTAAAGTATGTTGGTAGGGATAGGTAAGTTGTAAAGATTGAAGTTATTTGTGTGGTTTGTTTGTTTTGGCTATCTTGCACTTATGGTAGCCTTTGTAATTTAAACTTAGCTTTTAGGGGGATTAGGCTACTCAAAAGGTCTTGGTTGGGGTCCCAAGTCCAAGTCTTGCAAGAGTTGTGCTAGTAGTTCTTCGACCACTGTTCGTATTCTACAGAGGTCGAACAAGAAAATGCAGTCCTAATTGAGCATTAAGGACACGAGCTTGAAGAAGCTAAATGCATGATTGAAGAGCAGAGAAGGATGTCTGAGCTACAGGCCCAACAAATGGAAGAAAGGAAGAAGATGATTAAAGAAATGACTTGGGCACAGAGAGGACCGTGAGCCACGTATTTTTTAACTTTACCATTTACTTTGCATTATTAGTGATATATATATCTAAATTTAATTTTGTGTCATTGTAGGTATGGACCTGTAGTATTATGGCGTCTACGACCATATTATGTTAATATTTTTTCTATGTACTTTTTTTTTCAAACATTCGAAATTTTTAGACAATGTAACATTTAATTATAATATATTTAAGTTTGATTTGGTATTTTATATAATTATTTAGTAATTTAGTTGTTTAGTTTTAATAATTTTATTCAACTTAAATCGAATTGGAACCAAATAGAATAGTACACGATTGAAAAAGGAATTAAAAAATATATATTCCTAAAATAACTCCTGACGCAGCTTACACATTGGAAAATAGAGGTGTTCTCTGACGCATTTTTGAGCACGTCAGGGAGTCACTATGCGACGTAACATCAAGGGAAGTCTTCTTCTGATGCTTGGAGATACATCAGCAGAGTCCTATGCCCAACCTCACATGTGGACGTCAAGGGTGCGATTTCCCCGACATGATTTGGTCGTTGACAAAATAGGCATTGAAGGACAGGAATTTGTGATGCTATGATCTTTGTGTGGGGTTTTATGTCCTAAAACTCGTAGATAGTAAATATAATTCATTAACCGTTATTTATTAATAAAATATTATTTCAATAAGCGTTATTGATTATATTATTAGCTTTTTCTTAATAACCTAAATCCAATAAACTAACATTCTAAACTGTTTGATGAGTCTTGAACAATATGTAGAGATAGAAGGATAAATGTTTGAGAACAACTTAAAGGGTCTATAGTATAGGGATAAGGTTGGGTACCTTACCTTGGTAACACGATGGATACAGCTCACTTTGTATTTGATACAAACGTAATGATCAAATACGTTCGAGTGGATGACATGCGAGTGAGGGTATCCTATGCATGAGTTTGCATAAGACCAGACCACAATTCTATATGTACTCTTCATGTTACTCATAATAGTACACTACTTGGTTACTCACTTCACTTCACTTCATCTTTAACGGTTGCTCACTCTCTATTCTAAATTCCCTTTTGAACTAGTTGCAGGTTCGTTAGATTTGTTTGTCAAAGATTCTAAGTAATTTTGATACTATTTGGACACTTTTTCAGCAAAGCTCCACGCTCTTTTTGGCAAGTTTCACTTATTAGAGCTCCATTTAGAAGTTGAAGGGAATTTAGGTGGTGTAAATTGGTTCTTTTTACTTATGGGTATACTTTATCTGTAGTCTTGGTTCGAGGTGCTTAAATTTAGGTTTATGATTATGTTAGGTAAGACTATTCATTTTGATTACTTTTTGAGTCTTTGGATAAGGTTTCAAAGTATGTTCTAACCTTTGAGGTTGTGTTTCATAGTTTCATGAGTCTTTCAATTAGTCTAGAAGAGTCTTAAAGAACTTTTAGCCAAGTAGAATTTTACTTGTTGGGTGGTTTGCATATGTGATAGCATGATGCTTGATGTTATTATGAATTCATGATGTGTTCTGATATGGTTAGGCATCCCTAGATGCTCATTGGTTGATTTTAATATGTTTAACATGTTGAAATGTTGTCATGTGACTCAATTGATGTAAGTGTGTTGTGGAGATGTTTGAACGTATGTATGACTGATAACGTGTATAAATACCCATTATTATAACCTCTTTTATTAGAATAATGAGGTCAAAACATATAAGAAGATGATCAAAACACGTAACTTATGTTGTAAATACATAAGTATTTAGAAATACATCTTACATAAGTACTATGCCTGTCTTACGTGATTTCCATGTCTTAACGCACGATGATTAGAAAGGAAGAAACTAGTGAATCGTAGGAGACACCTCGCACAAAGGCTACATGATGGGAACTCGTTTGTCAACTAATTCCTCTAGGCGAAGAGCCACATCATCACGTGAGGATAATACACTAGATGACAAGGACAATAGTTAAAGTTGATGTGACCTCACAAGGTTGAAATCGACACTGACAATCTCAGAAGAACAGAAGTTTCCCACCGAAAGTTGCCTATAAAAAGACTTCATCCCCACCAAGCCAGAGGAGGCCTGTATGGGCCAAGGTCTAGAGAGAAGGGCAGAAAGAAATAACCTTTTTGTCGGCTGCAAAGTGTTTCTTCTTCTTCTCTGGTCATATTATAAGTGAGAGTTTAGAGTCTGAACAGAGAGAAGTTTATCTCTCTGTTCCCCCTAACTTGTATTCTTTCTCATTCTTCTGTCTTCCATCTTTGTGTTCTCTTTGTAATATTTAGACTGTTCATATTGTACCATGGCCGAAGGCCTACAATCTTTATATATATTACATGTTTATACCTTCTCAATTCATCATATCTCTACTTTCCATTAGTCAATGTGTTATTGATAATTTAGGTTGTTGATAAGTTTTGATTGGAAGCTTCGTTTATCAATCATATCGCGTTAGTTGAGCTATTCTCATTTTTTGGCCAGCGTAAGTTGTCAATTACCTGAGAGGGTAACTAGCAAGGACATGGCTAACACGCGCAAGGAGAGCAAGTGTATCCTAAAAGGAGAACAAGTGTTAGCACTAGGCACCGAGTGGTTGTTGCCCTTAATCACGAAGTTTTATACGTTTCATAAATAAACTCTTCTAGATATATCTTACCTAATCACTCTTAGTCATGTGGATCTTGATAGGTGACTATGTGTGGCGTCTAATGACTCTGAGAGGAGCACGCCATAATCATAAGATGGTTGAGTAAGCTATATCGCATCAAGGTTGTCACCTTGCTTAATCATGTTATAATGCATAGACCTTCTTTCGCTCTTTCTCACATACAAGTTAGTTCACATATTCATCTCGCATCCATTCCCACCTCTTTATAGAATCTCTAGGAACATGTAAGTAGTCTTATTTCTAGTGCTTATTCTTTTATATTTTAATTGTTTATTCTTTTATACCGCCTAATTAAGTAGTAGATTCTACAACTAAAATTTGTTATCAATTCCCTGTGTTTGACTCTATATCAAATAAACCTATTGCTTCGCTTATACTTGGGCAAGCAATAGAAAAAGTTGTACTCAACGAGGACTCTGTATTTATGCGATGAAGAGGTACATAGTGAGTAATTTCCATACAATGATCATGACCAATGACTCATCGAATAGACACACTAACAGAGAACCTATCCAGCATACTCAAAGCCCCACACAAACACACAAGCAATGGTTAATATTGAGAATATATTATTGTTTATGTTGTTCTATGCATTAAACATGTTTTAGAGTAGCATCGATGCCCTTGGTTTAGTTAGGGTATGTGTTGTGAGTTTAGAATGAAAAATGCTAACCAAGCAAAACCTACGTTGTTTGTTGTAAGCGGAATCGAGTTTCAAATCATAAGATGACTAACTAATTGCACCAACAAATCAAGCTGAACAAATGTTTGATCACTTTACGAACTGAAAGCTATATCTTGCAAAACAACCATGCAACAAATGCCAAAGTCTCTTCCTCATCACTCATCATGTTACACCCCATTTTGAAGCACCTCTTGTGAAACCCAAAAATTTCTTAAACCTTTGGAACTTGCTAAGATTAGACAAGGACAGGAGAAAATAAAATTTATGAAAAGAGGGTAAAACTTTCTTGGAATTTAAAGGTTGTATAAGCGACAAGGAAGGCTTGATGGGCGGCCAAGGGCTAGGCGATTGAAAGGAAAGCAAGCAAGGCTGCCATGGGCTTTGCATTTAGAGGTTGTCATGCAAAGAAGGCTTGTTAGGCGTTTGGATGGCTAGGCAAGGAAAGGATAGTGGCAAGCGAGGAAGGTTGTCCATTAGAGGTTAGTTGGCCGAGAAAAGGTACATGCGGGGAAGACTTGACACAAAGAAGCGTTGGCTAGGCATTTGCTAGGCGATTAAGAGGTTAGCTAGGTGAGGAAGGCTAGGCATTGAGAGGTTATGTGACCAAGACTATGCGAGAAGGTCAAGGAGGTTAGCTATGCGATTGAGTCAAGTATGTGGCATGTTTTAAGCAATCGGTTAAAGGTAAATCCAGGTGTCTTAATCATGTCATCATGCATTTTGCGACCAAGGAGGATGTGGAGGAGTTGTTGAGGTGTAAACACAAGCTTAAGAGGTGATCTAATCAAGATTAAGTGTCAATTTAATCTCATGGAGGGAACTCTATAATAGGCCAACTTAAGCAATGAAATTCTCACAACTCACTCGTGCAAAATCACTCAAATTGGTCTGAAAAGTTTAAAAAATGAGTCTAGTTTATGAGAGAGAGTTGCAGTTCAATTGGATTCCAGAAGGTTTGCGATTTGATCAAGTTTAGGCAAGGATGTCATTTTCCAGAAGATTATGAGCAAGGTGCACTTCCAGAGGACTATAGGGTTCATTACTTAGAATTATCCTTCGCAAATTTGAGGTATGAAAGTTAAGACAATTTAAAGAAACTTTATAGAAGGAAACTTTTTCAAAAGAGTTATGGAGTTTAAGTTATGATTTTTCAAATTTGGGTCATGATTCTGGAATTAAAACAGTGTTATGGGTAATGGCCTAGAGGCTTGCATGTGTAGGTGAAATGGGCTCGTGTTTTGGGTGTAGACATTATTTTGGCCAAGTTGCACGCACATGACAAAGCCATGATATAACTAAGTGGCAAGGCACACGCTCAGGTTGCGTGCATGACCCTGTCTTAGAGGTTAGCGCTGCATGCACGATGTGTAGGGAGCACCGATATGTGCAAAAAAATGCCATGGGGCACGGGCTAGGCCGCATGGACGAGTGCGGCAACTGTAAACCCAATATTTTCTTGGTCTATTTTATTTTATTTAATATATGTGAAAGGAATAAAAGAAAAATAGAAATTAAGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATAATATATATATATATATATAATATATATATATATATTTATTGGTTTTCATTAAGTAAAGTAAAGACAAAAGAAAAGAAAAAAAGGATGGAGGAAATTCAATCGGTGCAATATTTTTTTATGTTATAAACCCATCCACCGCAAAACTTGTTTCAATTCCTTTCTTCAAAATTTTCTTCACCATTTCTGCACCAAATTTCAGAGAGACTTCAAAGGGAAGAAGGCTGAGAGAGGAAGAAGAAGAAACTCAAGAAGTGTTGGTTCAAGAACACAAGGAGTTTGCAAGATCAATTTCTCTATAGTTCACTATGCACATCTCTGTTTTTTTTATTGAATTCGAGCTACACAAATAGAATTAAGAGGTGAGGTTTAAATTTATGGAAATATAATTCATTTTCAATCAAACTTTATGAAGAAAGCTTGAGCAAATTCTGATGTTCATTGGGTGAATTTTGACAACGAAAACAGGGCAGGTGGTTTTCACCCAAAATCAGGAAGTCTCTGGTTTGTTTTGTATTTCAAGGTGTATCGATGGAGTTAGGATCTCTATTTGGTATGGTCGAAATATTATTCAATTTACTACAACTTTTCTGAAGAAACCGTGAACCAAAAATGACTAAAAATAAGTTAAAATGCAGGGACAAATTAAAGGGGTCGTTGTACGCCCGATTATTGGAGTGGTTCAGTTTCGAGGGATACCTGAGATTATACACAGGGAATCGGATTTGCATGTATTGAGGTAAGTCTTAGAGGACCTCAAAATGAAGATTTGGAAGTAAATAAATCTCATTTTGGTTAAGTAGTGGAAGAGTTATGATCATTTGAATTGTGTGCTGCGAATCTGGAAAATTCTGAGAAATATGTAGAGTATGAATTATTGTTTTTAAGGATAGACTTCTTTAGCAATATCCTTAGTGAGCTATGTCAAGCATAATATTTGAAGATCATAATATTTAGGTTTCTAATACTCGGTTCTGGTTGTTTGACAGGCCAAGAGGAAATAGGTCAGATTTATACATCGGAAAACCAGTCTTAGACTGTGAGTGACCAAAACCAGTTTTGAAAATATTTTTTTTATGTTCTCCTAATTATTAAGTATAATTGACTGATCTACATGTTTATTTGCAATCTTTGAAAATCATTTGAATTCCATGATTATTTTCAAGTATGAGTTTCGAGACTAGATTTCTTAATGAAAATTTATGCTAGCACGTGATTTAACTAAGGTCTGGAAAGTATTTGAACCATTGTGTTTCAAACAAAGCATGAGTTACCAAGTTTTGTTTTAAGAACTACAGCTTTTCACGAACAATCTAAGTAAGCTTGAGCTTTACAAAAGATAAAGATAACAGACGTGTTTTAATGTTTTCGTATGGTTTTTCTATTAACTACATGACAGAGGTGTTGAGCTCGAGGCTATGTGGTACCGTGTGCACACAGGTTAGATTTCGTTGTTGACGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTGCCCTACACAACGTAGATTTGTCAT

mRNA sequence

CGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTGCCCTACACAACGTAGATTTGTCAT

Coding sequence (CDS)

CGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTGCCCTACACAACGTAGATTTGTCAT

Protein sequence

R*LYSVTTMLS*VLGGLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKRCCTGCALHNVDLSX
Homology
[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UMS5 (Putative integrase, identical OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold186G001470 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 1.7e-07
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 28/33 (84.85%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKRCCTGCALHNV 49
           G HYDKDDGS GRAPLHRR CKRCCTG + H+V
Sbjct: 141 GSHYDKDDGSVGRAPLHRRACKRCCTGESCHHV 173

[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E0T4 (CCHC-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold120G002610 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 1.7e-07
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 28/33 (84.85%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKRCCTGCALHNV 49
           G HYDKDDGS GRAPLHRR CKRCCTG + H+V
Sbjct: 141 GSHYDKDDGSVGRAPLHRRACKRCCTGESCHHV 173

[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match: TYK29120.1 (hypothetical protein E5676_scaffold120G002610 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 63.9 bits (154), Expect = 4.33e-10
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 28/33 (84.85%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKRCCTGCALHNV 48
           G HYDKDDGS GRAPLHRR CKRCCTG + H+V
Sbjct: 141 GSHYDKDDGSVGRAPLHRRACKRCCTGESCHHV 173

[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match: KAA0056398.1 (putative integrase, identical [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 63.9 bits (154), Expect = 4.33e-10
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 28/33 (84.85%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKRCCTGCALHNV 48
           G HYDKDDGS GRAPLHRR CKRCCTG + H+V
Sbjct: 141 GSHYDKDDGSVGRAPLHRRACKRCCTGESCHHV 173

[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match: TYJ98800.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold1625G00140 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 47.0 bits (110), Expect = 4.17e-04
Identity = 20/24 (83.33%), Postives = 21/24 (87.50%), Query Frame = 0 

Query: 15  GGLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKR 38
           GG HYDKDDG+A RAPLHRRT KR
Sbjct: 142 GGPHYDKDDGNAVRAPLHRRTSKR 165

[Close]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match: KAA0065516.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold638G00090 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 47.0 bits (110), Expect = 4.18e-04
Identity = 20/24 (83.33%), Postives = 21/24 (87.50%), Query Frame = 0 

Query: 15  GGLHYDKDDGSAGRAPLHRRTCKR 38
           GG HYDKDDG+A RAPLHRRT KR
Sbjct: 556 GGPHYDKDDGNAVRAPLHRRTSKR 579

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy10G174700 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy10G174700 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7UMS51.7e-0778.79Putative integrase, identical OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_sc... [more]
A0A5D3E0T41.7e-0778.79CCHC-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5... [more]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
TYK29120.14.33e-1078.79hypothetical protein E5676_scaffold120G002610 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0056398.14.33e-1078.79putative integrase, identical [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYJ98800.14.17e-0483.33uncharacterized protein E5676_scaffold1625G00140 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0065516.14.18e-0483.33uncharacterized protein E6C27_scaffold638G00090 [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Chy10G174700 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy10G174700.1Chy10G174700.1mRNA