Chy10G174690 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy10G174690
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionReverse transcriptase
LocationchrH10: 6847701 .. 6867156 (-)
RNA-Seq ExpressionChy10G174690
SyntenyChy10G174690
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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ATTTGATCAAGTTTAGGCAAGGATGTCATTTTCCAGAAGATTATGAGCAAGGTGCACTTCCAGAGGACTATAGGGTTCATTACTTAGAATTATCCTTCGCAAATTTGAGGTATGAAAGTTAAGACAATTTAAAGAAACTTTATAGAAGGAAACTTTTTCAAAAGAGTTATGGAGTTTAAGTTATGATTTTTCAAATTTGGGTCATGATTCTGGAATTAAAACAGTGTTATGGGTAATGGCCTAGAGGCTTGCATGTGTAGGTGAAATGGGCTCGTGTTTTGGGTGTAGACATTATTTTGGCCAAGTTGCACGCACATGACAAAGCCATGATATAACTAAGTGGCAAGGCACACGCTCAGGTTGCGTGCATGACCCTGTCTTAGAGGTTAGCGCTGCATGCACGATGTGTAGGGAGCACCGATATGTGCAAAAAAATGCCATGGGGCACGGGCTAGGCCGCATGGACGAGTGCGGCAACTGTAAACCCAATATTTTCTTGGTCTATTTTATTTTATTTAATATATGTGAAAGGAATAAAAGAAAAATAGAAATTAAGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATAATATATATATATATATATAATATATATATATATATTTATTGGTTTTCATTAAGTAAAGTAAAGACAAAAGAAAAGAAAAAAAGGATGGAGGAAATTCAATCGGTGCAATATTTTTTTATGTTATAAACCCATCCACCGCAAAACTTGTTTCAATTCCTTTCTTCAAAATTTTCTTCACCATTTCTGCACCAAATTTCAGAGAGACTTCAAAGGGAAGAAGGCTGAGAGAGGAAGAAGAAGAAACTCAAGAAGTGTTGGTTCAAGAACACAAGGAGTTTGCAAGATCAATTTCTCTATAGTTCACTATGCACATCTCTGTTTTTTTTATTGAATTCGAGCTACACAAATAGAATTAAGAGGTGAGGTTTAAATTTATGGAAATATAATTCATTTTCAATCAAACTTTATGAAGAAAGCTTGAGCAAATTCTGATGTTCATTGGGTGAATTTTGACAACGAAAACAGGGCAGGTGGTTTTCACCCAAAATCAGGAAGTCTCTGGTTTGTTTTGTATTTCAAGGTGTATCGATGGAGTTAGGATCTCTATTTGGTATGGTCGAAATATTATTCAATTTACTACAACTTTTCTGAAGAAACCGTGAACCAAAAATGACTAAAAATAAGTTAAAATGCAGGGACAAATTAAAGGGGTCGTTGTACGCCCGATTATTGGAGTGGTTCAGTTTCGAGGGATACCTGAGATTATACACAGGGAATCGGATTTGCATGTATTGAGGTAAGTCTTAGAGGACCTCAAAATGAAGATTTGGAAGTAAATAAATCTCATTTTGGTTAAGTAGTGGAAGAGTTATGATCATTTGAATTGTGTGCTGCGAATCTGGAAAATTCTGAGAAATATGTAGAGTATGAATTATTGTTTTTAAGGATAGACTTCTTTAGCAATATCCTTAGTGAGCTATGTCAAGCATAATATTTGAAGATCATAATATTTAGGTTTCTAATACTCGGTTCTGGTTGTTTGACAGGCCAAGAGGAAATAGGTCAGATTTATACATCGGAAAACCAGTCTTAGACTGTGAGTGACCAAAACCAGTTTTGAAAATATTTTTTTTATGTTCTCCTAATTATTAAGTATAATTGACTGATCTACATGTTTATTTGCAATCTTTGAAAATCATTTGAATTCCATGATTATTTTCAAGTATGAGTTTCGAGACTAGATTTCTTAATGAAAATTTATGCTAGCACGTGATTTAACTAAGGTCTGGAAAGTATTTGAACCATTGTGTTTCAAACAAAGCATGAGTTACCAAGTTTTGTTTTAAGAACTACAGCTTTTCACGAACAATCTAAGTAAGCTTGAGCTTTACAAAAGATAAAGATAACAGACGTGTTTTAATGTTTTCGTATGGTTTTTCTATTAACTACATGACAGAGGTGTTGAGCTCGAGGCTATGTGGTACCGTGTGCACACAGGTTAGATTTCGTTGTTGACGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTGCCCTACACAACGTAGATTTGTCATGTTAGTTAAAATATTTGGTATACTTGATATGCCTTGCTAGATTTCAATGACGTATATATTGAGTATTTGAGGAAGCTATTCTTACTATTATATGTCTATGTTTACAACTAGTATAAACAGATTTATATGTGTAAGCTTTCACGTGCCCTTACCTTTAAATTTCCAGTTTTAAACTGAGTAACTCACTGAGCTTTATAGCTTACCCTTCCAAAATGTTTTACCCACTTTCCAGATAGAGATCGAGTTCCCGGTGCCTGATAAACTGCCTTAGCCTGCTGAAGCTCCGATATCGATTGCCAGTATGTGGTTAGAGTTGTGTATAGAGTCTGTTGTGTTGTGATGTATATGTCTTAGTTTGATTTAGATACTTTACAGTTTGTGTGAGCTTTAGGAGCTGCGATTGTATAAACCTTTGTTCGTTATGTTTTGGTTAAAGTGTCTCCAGGTTTACTCGTGAAATAAATTATTTCTGGGCTGCACTTCATGTATGTATATGATTAGTATAGGATCTGCTGTGTTATGTTGCATGTACAATAGTTTATATACTAGATTAGCAAGTTTATCACGTTAAAGACTTCAGCAGAGTCGACAGATACAGATAGAGAGAAGCATTGTCTATCAGCTTCACGCCATCTTTCGGTCGAAGCTAGCAGGTAGTCTGGGAGGGGGTGTGACAGCAACCCCATTAAGGTTATCACGCGGCAAGGCCCTAGGCTATGCGTGTGCGGCCAGTTCGTACACCATGTCATTGCGCTTCGATGGGCTGTTTTGGGCTGTCTTGTTAATTTTAGGAAATTTAAGGAAAGTTTTGGATATTTTGATATTCAAAGGATTAATTAAGGATTAAATATGAATTTTTTCAGATCAAGGAAGCTTAAGAGCAATCCCAAGACCAAGGCTATATTCAAGTGACAGTGAGTAACACATTGATTTCTAAATGATATTGTTAAAAATGATTTCAAGCTTTACAAACAATAGTTTGTAAAATGTTTTATGAACATATTTCCAGGATATTAATAAGTTATTATTTATGGTAAAATGTCTGTGAACTGTTATTCAAGTTAGACTATGTTTGAATGATTTCATGATCGAGTTCAAGGAATGTTTTTATCCATGCCTGAATATTCCATGAGAACTATTGTATACATGTGGTTAGTTACCCAATGATTGTACAGTCTTCAGAGGAAGAGGTAAATACTGTCCATGGCTATGGAGGACTGTCTTCGAAAAGCTATGCAATTCTTTAAAGTTCCATGTTATGATTGTTTACTAATAAATGTATTTAAGCTTCGGTTTTATACTAAAATGTTTATAAAAACATGTTTCATAAAACTGTTGCTCACTAAGTCTTTCGACTTACTCTTTCAAAATATTTTGCCACTTTCTAGGCACAAATTATGGATCTCTGTACTCTGAACTTACTGCTATTAGGCCAACATAGTTTTTGTTATGCAAGGACATTGTTTAATTTAAAGAAATATTATGATTATTCAAATATTTATAACTTCATGTTTGTTCATTTTCCATGATACGTTTTTTAAAAAAAGATTTCCTATGGGTTGCACTACGGATTCCAAAGTATACCTTAAATGTTTATTTTATTAAAAGACTTCCACTATTAAATGATTTAAAGTGTTCATGTTATGTGTTAGTTGAGGTTGTCCTAGAGGCAAACGACTTTGGCTAACATCATGCCATATCTCTCGACGAGCAAGCATGTGCCTAGGACGGGGTGTGACACCTCCTCACTAAGCCCGAGATGTGGCATGAAGCCAACCAAGATCGTTCTTCTTCTAACGACACCTGTTCATCCTACTTAACCTGTAATTCTTATCTATCTCTTTTTCAAATAAACTTAGATATAAAGTGCAAAAAGAAATGTCTAGACTTGTAAATAATAAATTAAAGTCTTTACAAGAATCTTCAAATTTACCCAACCAATGAACAACATGTTCAATAGACTTATATAAACAAAATTAAGTTCAAAGTCTCAACCAGACAACACTAATACAAAACTCAAAATCACAACTCTTCTACTAGTCTATTATAGACAATGGCAACTAAGTCCTTTACTAGCTTGATGGCAATTTATCGTGCATGCATGGAATGAGCCATAAAATATCTAGTCAAACTTCTAGCAGAGTAGGTGAAGCTTTAACAGGTGTCGGAACCATGATTTTTACCAGTAAGGGAAATAAAACATTGAAAGGATGAGCTATATGTCGGGATTTATGTCCTAAAACTCGTGGATTGTAAATA

mRNA sequence

CAGCTTTTCACGAACAATCTAAGTAAGCTTGAGCTTTACAAAAGATAAAGATAACAGACGTGTTTTAATGTTTTCGTATGGTTTTTCTATTAACTACATGACAGAGGTGTTGAGCTCGAGGCTATGTGGTACCGTGTGCACACAGGTTAGATTTCGTTGTTGACGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGAGATCGAGTTCCCGGTGCCTGATAAACTGCCTTAGCCTGCTGAAGCTCCGATATCGATTGCCAGTATGTGGTTAGAGTTCAGAGTCGACAGATACAGATAGAGAGAAGCATTGTCTATCAGCTTCACGCCATCTTTCGGTCGAAGCTAGCAGGCTATATTCAAGTGACACTATATGTCGGGATTTATGTCCTAAAACTCGTGGATTGTAAATA

Coding sequence (CDS)

CAGCTTTTCACGAACAATCTAAGTAAGCTTGAGCTTTACAAAAGATAAAGATAACAGACGTGTTTTAATGTTTTCGTATGGTTTTTCTATTAACTACATGACAGAGGTGTTGAGCTCGAGGCTATGTGGTACCGTGTGCACACAGGTTAGATTTCGTTGTTGACGTTGATTGTACTCAGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCTCCACTACGACAAAGACGATGGGAGTGCTGGACGAGCCCCACTACATCGTAGAACTTGTAAACGTTGTTGTACTGGAGATCGAGTTCCCGGTGCCTGATAAACTGCCTTAGCCTGCTGAAGCTCCGATATCGATTGCCAGTATGTGGTTAGAGTTCAGAGTCGACAGATACAGATAGAGAGAAGCATTGTCTATCAGCTTCACGCCATCTTTCGGTCGAAGCTAGCAGGCTATATTCAAGTGACACTATATGTCGGGATTTATGTCCTAAAACTCGTGGATTGTAAATA

Protein sequence

QLFTNNLSKLELYKR*R*QTCFNVFVWFFY*LHDRGVELEAMWYRVHTG*ISLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS*NL*TLLYWRSSSRCLINCLSLLKLRYRLPVCG*SSESTDTDREKHCLSASRHLSVEASRLYSSDTICRDLCPKTRGL*I
Homology
[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SUV2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold590G00130 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 2.0e-09
Identity = 32/42 (76.19%), Postives = 37/42 (88.10%), Query Frame = 0 

Query: 46 VHTG*ISLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 88
          V+TG +SLLTL VL +NDA+VSAGR PLRQR+WECW SPTTS
Sbjct: 28 VYTGYVSLLTLNVLRDNDAIVSAGRVPLRQRQWECWASPTTS 69

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TDY3 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold2379G00310 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 3.6e-06
Identity = 29/36 (80.56%), Postives = 29/36 (80.56%), Query Frame = 0 

Query: 52  SLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 88
           SL TL VL NNDA VSAGR PLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 202 SLSTLSVLRNNDAAVSAGRVPLRQRRWECRTGPTTS 237

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BTP3 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold374G00020 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.2 bits (147), Expect = 4.6e-06
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 31/35 (88.57%), Query Frame = 0 

Query: 53  LLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 88
           L TL VLS+NDAVVSAG+APLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 103 LSTLSVLSDNDAVVSAGQAPLRQRRWECRTGPTTS 137

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T7M6 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold277G002250 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.2 bits (147), Expect = 4.6e-06
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 31/35 (88.57%), Query Frame = 0 

Query: 53  LLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 88
           L TL VLS+NDAVVSAG+APLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 103 LSTLSVLSDNDAVVSAGQAPLRQRRWECRTGPTTS 137

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DUS7 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold244G00290 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.2 bits (147), Expect = 4.6e-06
Identity = 29/36 (80.56%), Postives = 29/36 (80.56%), Query Frame = 0 

Query: 52  SLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 88
           SL TL VL NNDA VSAGR PLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 261 SLSTLSVLRNNDAAVSAGRIPLRQRRWECRTGPTTS 296

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match: KAA0033241.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold845G00350 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK20418.1 hypothetical protein E5676_scaffold590G00130 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 1.84e-13
Identity = 32/42 (76.19%), Postives = 37/42 (88.10%), Query Frame = 0 

Query: 46 VHTG*ISLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 87
          V+TG +SLLTL VL +NDA+VSAGR PLRQR+WECW SPTTS
Sbjct: 28 VYTGYVSLLTLNVLRDNDAIVSAGRVPLRQRQWECWASPTTS 69

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match: KAA0040296.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold2379G00310 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 6.51e-08
Identity = 29/36 (80.56%), Postives = 29/36 (80.56%), Query Frame = 0 

Query: 52  SLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 87
           SL TL VL NNDA VSAGR PLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 202 SLSTLSVLRNNDAAVSAGRVPLRQRRWECRTGPTTS 237

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match: TYK27262.1 (hypothetical protein E5676_scaffold244G00290 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 61.2 bits (147), Expect = 1.40e-07
Identity = 29/36 (80.56%), Postives = 29/36 (80.56%), Query Frame = 0 

Query: 52  SLLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 87
           SL TL VL NNDA VSAGR PLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 261 SLSTLSVLRNNDAAVSAGRIPLRQRRWECRTGPTTS 296

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match: TYK03091.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.74e-07
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 31/35 (88.57%), Query Frame = 0 

Query: 53  LLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 87
           L TL VLS+NDAVVSAG+APLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 103 LSTLSVLSDNDAVVSAGQAPLRQRRWECRTGPTTS 137

[Close]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match: KAA0037581.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.74e-07
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 31/35 (88.57%), Query Frame = 0 

Query: 53  LLTLIVLSNNDAVVSAGRAPLRQRRWECWTSPTTS 87
           L TL VLS+NDAVVSAG+APLRQRRWEC T PTTS
Sbjct: 103 LSTLSVLSDNDAVVSAGQAPLRQRRWECRTGPTTS 137

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy10G174690 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy10G174690 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7SUV22.0e-0976.19Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
A0A5A7TDY33.6e-0680.56Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
A0A5D3BTP34.6e-0682.86Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold37... [more]
A0A5A7T7M64.6e-0682.86Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold27... [more]
A0A5D3DUS74.6e-0680.56Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0033241.11.84e-1376.19hypothetical protein E6C27_scaffold845G00350 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK2041... [more]
KAA0040296.16.51e-0880.56hypothetical protein E6C27_scaffold2379G00310 [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK27262.11.40e-0780.56hypothetical protein E5676_scaffold244G00290 [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK03091.11.74e-0782.86reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0037581.11.74e-0782.86reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Chy10G174690 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy10G174690.1Chy10G174690.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0015074 DNA integration
biological_process GO:0090305 nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis
biological_process GO:0006508 proteolysis
biological_process GO:0006278 RNA-dependent DNA biosynthetic process
molecular_function GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity
molecular_function GO:0004519 endonuclease activity
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity
molecular_function GO:0008270 zinc ion binding