Chy10G172020 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview


Name	Chy10G172020
Type	gene
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1
Location	chrH10: 182914 .. 207401 (-)
RNA-Seq Expression	Chy10G172020
Synteny	Chy10G172020

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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mRNA sequence

AGAGACTTAATCACATCTTAATATGGTTTCCTTCCTTTAGAGAAAATAGGGGATGAACTCTTCTTCACTTATTATCCTGCAGTTATGATGACTTCATTCTCTATACACGAAACTTCAAAACAAAAAAACTGGTTAAACCACCATCATCGGTATGGGAACATTTTATAAAAGTAGAAGGATGTGATCCTAAATTTCCTAGGGCTGCTTGTAAACACTGTGGGGCTTCATATGCTTGTGATTCCAAAAGAAACATATGTAGATCCATTGGAAGATAATGTTGAAGGAGAGGGAGATTCTGAAAGTAGTTTAATGGCTACATCCTTCACTCAAGAAAATTGTAGAACAATGCTTGCTAGGATGGTTATCTTGGATGAATTGCCATTTAAATTTGTAGGAAGTGAAGGATTTCATCAATTTTGCCATCTCCTGCTAGACTGCAAATATTTAAAGATTTTGCCAAAGAAGATAAAATGTCAACAAAAAATTGTCTTACGATGGATGTTCCAACACGATGGAATTCTACTTTTACTATGTTGGATGGAGCAATTAAGTGTCAAAAGACGTTTGAAAGATTAGAGGAGCACGACCCTAGTTATTTGCCAAAGGATGATATTCCTACTGTTGAAGATTGGGATAATGCAAAAGTGTTTGTAAAGTTCCTAAAAACTTTTTCAGAGGCACGTGCTGCTGTTCATGATAGATTTAAACAAAGCAACAAAACATGTCTTGATGATGCTAAAACAGAGGTGACTCGTTTTCTAGATGAGACTCATATAGAAGATGAATATTTAGACTTGCTAAATTGGTGGAAGGTGAATTCTTCTCGATTTAAGATCATTAGCCAAGTAGCCAGGGACATCTATAGTATTCCTATATTAACTGTGACTTCTGAGTCAGCCTTTAGCACTGGAGGACGGGTGTTAGATTATTTTCGAACACTCATTTGTGCTCAGAATTGGATTCAATCTAAACCTTTGGATGACATGACTGAAGAAATTGATGGGGCTGAAGAAATTGATGAAGTTTGTCATTTTGATCTAGAATTCATAAACATAGGAAAGGAGATGGAAGCTCCATTTGAGAATCTGAATCATGACTCTATGGTATAA

Coding sequence (CDS)

AGAGACTTAATCACATCTTAATATGGTTTCCTTCCTTTAGAGAAAATAGGGGATGAACTCTTCTTCACTTATTATCCTGCAGTTATGATGACTTCATTCTCTATACACGAAACTTCAAAACAAAAAAACTGGTTAAACCACCATCATCGGTATGGGAACATTTTATAAAAGTAGAAGGATGTGATCCTAAATTTCCTAGGGCTGCTTGTAAACACTGTGGGGCTTCATATGCTTGTGATTCCAAAAGAAACATATGTAGATCCATTGGAAGATAATGTTGAAGGAGAGGGAGATTCTGAAAGTAGTTTAATGGCTACATCCTTCACTCAAGAAAATTGTAGAACAATGCTTGCTAGGATGGTTATCTTGGATGAATTGCCATTTAAATTTGTAGGAAGTGAAGGATTTCATCAATTTTGCCATCTCCTGCTAGACTGCAAATATTTAAAGATTTTGCCAAAGAAGATAAAATGTCAACAAAAAATTGTCTTACGATGGATGTTCCAACACGATGGAATTCTACTTTTACTATGTTGGATGGAGCAATTAAGTGTCAAAAGACGTTTGAAAGATTAGAGGAGCACGACCCTAGTTATTTGCCAAAGGATGATATTCCTACTGTTGAAGATTGGGATAATGCAAAAGTGTTTGTAAAGTTCCTAAAAACTTTTTCAGAGGCACGTGCTGCTGTTCATGATAGATTTAAACAAAGCAACAAAACATGTCTTGATGATGCTAAAACAGAGGTGACTCGTTTTCTAGATGAGACTCATATAGAAGATGAATATTTAGACTTGCTAAATTGGTGGAAGGTGAATTCTTCTCGATTTAAGATCATTAGCCAAGTAGCCAGGGACATCTATAGTATTCCTATATTAACTGTGACTTCTGAGTCAGCCTTTAGCACTGGAGGACGGGTGTTAGATTATTTTCGAACACTCATTTGTGCTCAGAATTGGATTCAATCTAAACCTTTGGATGACATGACTGAAGAAATTGATGGGGCTGAAGAAATTGATGAAGTTTGTCATTTTGATCTAGAATTCATAAACATAGGAAAGGAGATGGAAGCTCCATTTGAGAATCTGAATCATGACTCTATGGTATAA

Protein sequence

RDLITS*YGFLPLEKIGDELFFTYYPAVMMTSFSIHETSKQKNWLNHHHRYGNIL*K*KDVILNFLGLLVNTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLLLDCKYLKILPKKIKCQQKIVLRWMFQHDGILLLLCWMEQLSVKRRLKD*RSTTLVICQRMIFLLLKIGIMQKCL*SS*KLFQRHVLLFMIDLNKATKHVLMMLKQR*LVF*MRLI*KMNI*TC*IGGR*ILLDLRSLAK*PGTSIVFLY*L*LLSQPLALEDGC*IIFEHSFVLRIGFNLNLWMT*LKKLMGLKKLMKFVILI*NS*T*ERRWKLHLRI*IMTLWYX

Homology

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C2L4 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold287G00130 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 110.5 bits (275), Expect = 1.5e-20
Identity = 53/59 (89.83%), Postives = 54/59 (91.53%), Query Frame = 0


Query: 85  YVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLL 144
           YV+PLEDNVEGEGDSESSLMA SFTQENCR MLARMVILDELPFKFV SEGFHQFC  L
Sbjct: 79  YVNPLEDNVEGEGDSESSLMAASFTQENCRKMLARMVILDELPFKFVESEGFHQFCRAL 137

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E590 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343G001030 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 108.2 bits (269), Expect = 7.3e-20
Identity = 52/59 (88.14%), Postives = 53/59 (89.83%), Query Frame = 0


Query: 85  YVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLL 144
           YV+PLEDNVEGEGDSESS MA SFTQENCR MLARMVILDELPFKFV SEGFHQFC  L
Sbjct: 79  YVNPLEDNVEGEGDSESSSMAASFTQENCRKMLARMVILDELPFKFVESEGFHQFCRAL 137

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SNJ1 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold19G001460 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 107.8 bits (268), Expect = 9.6e-20
Identity = 51/59 (86.44%), Postives = 53/59 (89.83%), Query Frame = 0


Query: 85  YVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLL 144
           YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKFV SEGFHQFC  L
Sbjct: 107 YVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKFVESEGFHQFCRAL 165

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E4G3 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343G001240 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 107.8 bits (268), Expect = 9.6e-20
Identity = 51/59 (86.44%), Postives = 53/59 (89.83%), Query Frame = 0


Query: 85  YVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLL 144
           YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKFV SEGFHQFC  L
Sbjct: 107 YVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKFVESEGFHQFCRAL 165

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: D0UIX2 (Putative transposase OS=Cucumis melo OX=3656 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 107.8 bits (268), Expect = 9.6e-20
Identity = 51/59 (86.44%), Postives = 53/59 (89.83%), Query Frame = 0


Query: 85  YVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKFVGSEGFHQFCHLL 144
           YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKFV SEGFHQFC  L
Sbjct: 79  YVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKFVESEGFHQFCRAL 137

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr
Match: TYK06161.1 (putative transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 112 bits (280), Expect = 4.72e-23
Identity = 55/73 (75.34%), Postives = 58/73 (79.45%), Query Frame = 0


Query: 71  NTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKF 130
            T  L   +   + YV+PLEDNVEGEGDSESSLMA SFTQENCR MLARMVILDELPFKF
Sbjct: 65  GTTNLKRHLEKCKMYVNPLEDNVEGEGDSESSLMAASFTQENCRKMLARMVILDELPFKF 124

Query: 131 VGSEGFHQFCHLL 143
           V SEGFHQFC  L
Sbjct: 125 VESEGFHQFCRAL 137

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr
Match: TYK30776.1 (putative transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 109 bits (273), Expect = 1.41e-22
Identity = 53/73 (72.60%), Postives = 57/73 (78.08%), Query Frame = 0


Query: 71  NTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKF 130
            T  L   +   + YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKF
Sbjct: 93  GTTNLKRHLEKCKMYVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKF 152

Query: 131 VGSEGFHQFCHLL 143
           V SEGFHQFC  L
Sbjct: 153 VESEGFHQFCRAL 165

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr
Match: TYK30761.1 (putative transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 110 bits (274), Expect = 2.91e-22
Identity = 54/73 (73.97%), Postives = 57/73 (78.08%), Query Frame = 0


Query: 71  NTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKF 130
            T  L   +   + YV+PLEDNVEGEGDSESS MA SFTQENCR MLARMVILDELPFKF
Sbjct: 65  GTTNLKRHLEKCKMYVNPLEDNVEGEGDSESSSMAASFTQENCRKMLARMVILDELPFKF 124

Query: 131 VGSEGFHQFCHLL 143
           V SEGFHQFC  L
Sbjct: 125 VESEGFHQFCRAL 137

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr
Match: KAA0026183.1 (putative transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 109 bits (273), Expect = 4.30e-22
Identity = 53/73 (72.60%), Postives = 57/73 (78.08%), Query Frame = 0


Query: 71  NTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKF 130
            T  L   +   + YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKF
Sbjct: 93  GTTNLKRHLEKCKMYVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKF 152

Query: 131 VGSEGFHQFCHLL 143
           V SEGFHQFC  L
Sbjct: 153 VESEGFHQFCRAL 165

[Close]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr
Match: ACX85638.1 (putative transposase [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 109 bits (273), Expect = 4.99e-22
Identity = 53/73 (72.60%), Postives = 57/73 (78.08%), Query Frame = 0


Query: 71  NTVGLHMLVIPKETYVDPLEDNVEGEGDSESSLMATSFTQENCRTMLARMVILDELPFKF 130
            T  L   +   + YV+PLEDNVEGEGDSES+LM  SFTQENCR MLARMVILDELPFKF
Sbjct: 65  GTTNLKRHLEKCKMYVNPLEDNVEGEGDSESNLMTASFTQENCRKMLARMVILDELPFKF 124

Query: 131 VGSEGFHQFCHLL 143
           V SEGFHQFC  L
Sbjct: 125 VESEGFHQFCRAL 137

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Chy10G172020 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Chy10G172020 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5D3C2L4	1.5e-20	89.83	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold287...	[more]
A0A5D3E590	7.3e-20	88.14	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343...	[more]
A0A5A7SNJ1	9.6e-20	86.44	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold19G...	[more]
A0A5D3E4G3	9.6e-20	86.44	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343...	[more]
D0UIX2	9.6e-20	86.44	Putative transposase OS=Cucumis melo OX=3656 PE=4 SV=1	[more]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
TYK06161.1	4.72e-23	75.34	putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK30776.1	1.41e-22	72.60	putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK30761.1	2.91e-22	73.97	putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0026183.1	4.30e-22	72.60	putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
ACX85638.1	4.99e-22	72.60	putative transposase [Cucumis melo]	[more]

BLAST of Chy10G172020 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (hystrix) v1
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	SUPERFAMILY	140996	Hermes dimerisation domain	coord: 103..151

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Chy10G172020.1	Chy10G172020.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0009791	post-embryonic development
cellular_component	GO:0005634	nucleus
molecular_function	GO:0003677	DNA binding
molecular_function	GO:0046872	metal ion binding
molecular_function	GO:0046983	protein dimerization activity