
Clc09G00200 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCGGAGCTCAGTAAGCTTACACAGTACATCGAGTCCTTCGTCGACGTATCTCGTACTCCGTCTCAACAGGTTATTGCTCCATTCCCATTTCGCTTTTTAACTCTCAATTTCTCAATATTGCATGGCAAACTAGGCGATTATCAAAGCGGGTTCGACTTTCTGAACTCAACCACTGCAAATTAATCTGTTTTTGCATTAATGGCTATCACTTATACCTCAACTCGTTCTCCCCATTTAATTAGTTAGAAACGGAAGTAGAAAGCTCGGAAATCCCGGGAGCTGCACAGTGTGTATGCGAGTGTTTTCGAGAAAACGGTGCAAAAGGGTGCGGTTTGGGAAGTTACTGTTTGACAAAGGCGACAAATGTCGTATACACAGCTGAAATTAGGAAGTTATTTCCAACCAACTACGATATTTGCTTTAAGAGTTAGGTTAGAGATGACAATGATCATTGACTTGGCTTCATTTGGATGTGCATAAATACTCGGTTATTTGCCTGTTTCTTATGCATAAACTTGTGCATGTTCCCGAAATTTTCATTTACAAGGACTTGCATTTGTCTTTTTGGTTTTTCGTAGCTTGCTTTAACTTTGAACCCATGAAACTAGTTGCGAATTATGGTACCAAGATGCAACATCAAAATCAACATCTAACTTGGATAGTTTTGATATGGATAAAATTCAGCAACTTAGATTGGGCATCGAGCAATATGCAACAAACGACAGATATAAAGGTTAAAAAATTACTGAAGAACAGTAAAGCATTGTAGCAGAATATATAGAACAAGACTGTATAACGAAATTAGAATTTTTTTTTAAGGGACAGTTGCAAATATAGCAACCAGATTCAAAGTATTATCATATATAACAACATTTTAAAAATATTGCAAATATAGCAAAGTCTATCAGTGATAAACTTTTGTCACTGATAGACCACCACCAACGATATTGTCTATCACTGATAAACCATAAGAATCTATCAGTGATAGAAGTTTATCAATGATAGACTTTGCTATATTTGTAATTTTTAAAAAATGCTATACACTTGGTTATTATCCCTAAAATTGCTACTCATTATAATTACCAATTTTTTTATTACGTAATATGAAGTTTTTTAAGTAACTATTACAATATATGCAACATAGGTTGGTATGTTTACATATTGATATAAAGGATTCAGAAATTAACATTTAGAGGAGTTGAGGGGAACCTAGTGATGTTTAATCCCTCGTAAAATTCTATGTTTCTCATGGGGCTTCAGTGACAAAGTCTTTTTGTAATTATTCAGTCTCATTTCACTTGATTGGAGTACATTTCTTTAGTGGGGTTCTCTTTTATGAGCTTTATTCTTTTGGTTACTCTGACAATATTTTATTTTTTCTCAATGGAAGTTTGGTTTCTCATAAAGAAAAAGGGTTGTGAAACTAACGACGAGAGATTAAAACATATTCAATAATTTTTAAAAGTCGACAATGGAAAAGTTATCAGATTATGGGAGGAAAATGGAACTAATTCTTTTCCCCTCCCAACGACCTCTTTCCAGGACATGCACAATTTTTAACCAAAATGATCTGGCGATTAGTCCTTGTCGGGATGTAGAAAATTGTTTGGTCATTATAAGAAACCTCTCTTTGATGGAGAGATCGATTTATACTAATCATTTTCTTATGTTCGAGGAATGGATAACTGTTAAGCCTCTTGGTCTTGCTTCAGTCTGAATTTGTACTTCATAGAAGACAGGACAATGTGGTCTTTAGACTCCTTGGCCTCGATTCTTGTAGGACGGTCTTTCTGTCTCACTTCAATTATGCTTGAGGACATTTTCACTGCATTTTGGATGGAAAGTGGCCAGAGAAGATGAAAACCTTACTTTAGGTGTTGTTTGATGGAAGGCCCTTAGACCAATGATAGACACCCAATATTGTTTATTCAGTCTGAATTGATGCTTCTAATTTTATTTATTTATTAAATTATTATTACTTTTTGGCAAAGACAATGTGGCAATTGCTAACCTTATTTTTTTGGGAAGCCTGCATATTACTCATCTGTGTTTCTTTATGCTATGATGTTTCATCTTTGCAACAATGTGCTGATTAGAAACACCATGAAGAACAATGGACTAATGAGAATATATGTGATACTACAGGCCACAAGCTTGGAAGCAATCACCTCCCTTGCGAAGAACAATGATCTAACAATAGAAACTCTGGTATTTTCTGCCTAGCTTCTACTTCCCTTCCACTTTGTTCATGTTTCCTTTAACTCTATGCTGTTTGTTATACTGCCTTAAATTCTTATTTACATGATTTAGGTTAGAGAAATGGGGATGTATTTGACAATTACTGATAACATTATTCGAGGCAGAGGTACTTCTACATAAACTTCTGATTTGTTATATTTTTATTACCATTACGAGTTAATATTGTTATTACCATTACAAATTATTATTATCTGTACTTTCTGTATATTTTACTTGCTTGCTTTAACTTTTGAACAGTGTCTGTGGTTTGATGGTTGGCCATGAATCAGTCTGTACTTTGCAGCTGTGACTCTCCCTCTACGCTGAAAGACTCTAGTTGGCTAAAAGACAAAAGCGATTAAGGAAATTTTTATGTGACACATAACCTATTGGACTCACTAACCCTCACCCACCCCAAATTTTTGGTCCCTCAGAAATCCTCCTGTTTCTTTCTTTCCACATCTTTGGTAAAATAGGCAGTATAGCTATTATCTAGATAGACCTAGCTTTCATAAAATTTATTGCAAAGACTAGCTAAAACACAAGTTACTTTCAGATGTACTGCCTTATTGATGTTTATGGCTTAAAAAGCTGTGTCCGAGCGAACAAATTCTGAATGTTGTCATTGGTGCCTAACACTGAGTTGTCTATTAAATAACATGTCCCTATCTTTTGTTTGTTCTAGTGATGTTAGTTAACCATGTTACTGGGCCTTGCTGTTCACCTTAGTCTGTCGAGATATCTGTTATGCACACACCATCTTTTGTGGTTTGTATGTGCTGTGGGTAGTCAAAATTTTGACACATTGCCTTGCATTTTCAATTTATTTTTCTGCATTTTTGAAAAAGAAACAACAAGCTTGCTATCCTTTTCAGGTATACTTCTTCTTGGGGAACTACTTGCATGTCTTGCATCAAAGCCTCTGGATGGTGCAACAATACACAGCCTCATTGCCTTCTTCACAGAGAGACTGGTGAGTATTCACTTTTAATTTCTTTTTCTCGACACCAATCACCTATCCAAACAGAGGGGCGATGGGTGTTCTCTATTGGTCTTTCTAGATTTTGATTTCCATTCTTTTTTGTTTTCATTTGTCTTTGTTCTATATGTTATTGCCTTTTCTTCTCTTTGTAACTGATTCCTTGTGTTGAAAATAATTCAAGGTTGCTTCCAACTTTGTACTGGGATATTAAATAAACATAGATGTTTCACTCTTTATAATTCTTGTACTATCTATTAGGTTGTAATGATTTTCTTTTAAACACGCACACCCCATATTGCAAGATTGGTCAAACACAAGTTTCATTCTTTATTCTTTTTTGTAAATTCTTTTACATTGTAGCGATTTTCTTTTGGAGTATGGGGCAACATGTTTTTGTTTGAGCTAATAATATGAAAGAAATGCTGGGCCTTTTCAAGAAAAGGAAAGATCTCCTGATGTTCTCATTGATCTTATTTGTTTCTTAGCTATGTCTCTACTTTGTCATACTTATAGTTTAAATTCTCTTATATCCGATTTGAGAAGTTTTCTTTGTTAGTTCATTGTATGGGTTTCTCTCATTTGTTTTTGGTTTTTGATAAAGTATCAAACTATCATAGTTAAAAAATGAAAGAATACAAGTAAAGTAACACTAAGAGGATAATTATTTTTGTAAAAAAGAACAATTTCTTTTGGGATTTGTATCCATTGAACATTTATTCTTTTTCATTATATGAATAATAATGTGTTTCTTGAAAAAAGAAAACCATTACGTAAGTCTACAAAGAAACATGGAATCTAACAAGAGACTAAACATTCCTTGATCTCTCCAACTCTCTAAAGATTCTTTTGAATACTTTTTGCTTTTCAGAAAAGTGCTAATATTTATTAGGATTGGAAATAAAAGTGCTTCTATTTTGTACCTGAGCACAAGCCTTTGAGGGAGGAACTGATTTTTATCATTTAGAAACATTTTTGTCAAAATTAAAAACACTCCCAAATACTTCATATTGTAGATTCATTTTAATACACCAGGATGCAAGTTTCTCTATTCAATGTGATAGATAACTTGATACTTACTATCAGGCAGATTGGAAAGCTTTACGAGGTGCCCTTGTTGGCTGCTTGGCACTGATGAGGAGGAAAACGAATGTTGGGACAATTTCTCAGAGTGATGCAAAGTCTGTTGCCCAGTCTTATTTTCAAAATCTTCAAGTACAGTCCTTGGGACAGCATGATCGAAAGGTGAGTTAACAAACTTATCATGTACATGTAGGGAACTTATGCAGATACTTGCTGGCAAATGTTTTCAAATTTTAATAAGGTTTCTGATATTCTTTTCTTCCGTTTCACTTTGATTTATTTATTTTGACAGCTGAGTTTTGAACTTCTGGTGTGCCTTTTGGAACATTATCCTGATGCAGTTGTTTCACTGGTACTATATTTTCTTGCTTTCTTCCAGCCTTTTAATCCGTGTCTTCTTTCAGGAGTCATGAAAACCACAAGAAGCGATTAAAAAATGTTCCCTTGACCCATTTGCTCAACCCCTTTTTGGGTTACATCACATCTTGATGTCTATATGACGCTTCTCATGTTTCACTGCTTGACCCTTTTTTTGGAGTCAGTATCAATGAATTCCTCACTGATGTCCAGGGTGATGATCTTGTGTATGGAATCTGTGAAGCCATCGATGGGGAAAAAGATCCACACTGCTTAATGCTTACTTTTCACATCGTTGAGCTTGTGGCAAAGCTATTCCCAGATCCAACTGGAA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MAELSKLTQYIESFVDVSRTPSQQVIAPFPFRFLTLNFSILHGKLGDYQSGNGSRKLGNPGSCTVCMRVFSRKRCKRPAYYSSVFLYAMMFHLCNNVLIRNTMKNNGLMRIYVILQATSLEAITSLAKNNDLTIETLVREMGMYLTITDNIIRGRGILLLGELLACLASKPLDGATIHSLIAFFTERLADWKALRGALVGCLALMRRKTNVGTISQSDAKSVAQSYFQNLQVQSLGQHDRKLSFELLVCLLEHYPDAVVSLGDDLVYGICEAIDGEKDPHCLMLTFHIVELVAKLFPDPTGTLASSSSDLFEFLGCYFPIHFTHGKEEDVDVRRNDLSQELMRAFSSTPLFEPFAIPLLLEKLSSSLPLAKIDSLKYLSDCTVKYGADRMKKHSEAIWSSVKEIIFTSIGQPTLSINTESLNSPSFQEKEITTEALRLLQKMVLESNGLFLTLIVNDEDIKDIFNILNIYTCYNDFPLQSRQRLNAVGHILYKSANASVASCDHVFESFFPRLLDFMGISVDQYHNNKISPSRSLNFGALYLCIELLAACRDLIASSDEHTCSVKEKSYCMLQTFSCSIVQLLSSTFSGIVKKDLHDAEFYCAVKGLRNLSTFPEGSSPVSRVIFEDILLEFMSFITVNFKFGSLWDHALKALQHIGSFVDKYHGSVESQSYMHIVVEKIASMFSPHDEALPLMLKLEMAYDIGRTGRSYMLKLVRGIEEAIFFQLSEVYGNSKSVEILLSMLDCYSTKILPWFDETGDFEEVILRFALNIWDQIEKCFTFSTLMNKVLLDATMMALKLSVRSCSKESQNIIIQKAFNVLLTSNFSPLKVALSTTIPIQMEGLQLLQQKDNPLSRDEWILSLFASVIIALRPEIHVPDVRLIMHLLMLSIIRGCVPAAQALGSMINKLSMKSDKVEVSSYVSLEEAIDIIFKTEFRCFHNESTGDGSEMFLTDLCSSIEESSLLQVHAVVGLSWIGKGLLLCGHEKVRDITMVFLQCLVSKSRTDASPLQEFILEKENETNLNFAVMKGAADAFHILMSDSEACLNGKFHAIVRPLYKQRFFSTMMPIFQTLVTKSDTSLSRYMLYQAFTHVISDAPLTAIVSDAKKLIPMLLDGLLTLSVNIINKDVVYSLLLVLSGILMDRNGQEAVTENAHKIVDCLAGLTDFSHMMLVRETAIQCLVAVSELPHARIYPMRRQVLHAISKALDDPKRAVREEAVRCRQAWSVLRHQLHQVFISSGLKAIPLVFLIAGETQQAWQLSTFEVAKSRF Homology
BLAST of Clc09G00200 vs. NCBI nr
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BLAST of Clc09G00200 vs. NCBI nr
Match: XP_008462417.1 (PREDICTED: MMS19 nucleotide excision repair protein homolog isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1991.5 bits (5158), Expect = 0.0e+00 Identity = 1015/1120 (90.62%), Postives = 1073/1120 (95.80%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. NCBI nr
Match: XP_004141784.1 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog isoform X1 [Cucumis sativus] >KGN45580.1 hypothetical protein Csa_016609 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1988.8 bits (5151), Expect = 0.0e+00 Identity = 1020/1123 (90.83%), Postives = 1065/1123 (94.84%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. NCBI nr
Match: XP_008462416.1 (PREDICTED: MMS19 nucleotide excision repair protein homolog isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1984.5 bits (5140), Expect = 0.0e+00 Identity = 1015/1127 (90.06%), Postives = 1073/1127 (95.21%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. NCBI nr
Match: XP_038898521.1 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1962.2 bits (5082), Expect = 0.0e+00 Identity = 1007/1098 (91.71%), Postives = 1050/1098 (95.63%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0WVF8 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=MMS19 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 968.4 bits (2502), Expect = 8.0e-281 Identity = 532/1126 (47.25%), Postives = 744/1126 (66.07%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: E7FBU4 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog OS=Danio rerio OX=7955 GN=mms19 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 210.3 bits (534), Expect = 1.3e-52 Identity = 273/1174 (23.25%), Postives = 482/1174 (41.06%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q6DCF2 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog OS=Xenopus laevis OX=8355 GN=mms19 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 205.3 bits (521), Expect = 4.1e-51 Identity = 279/1171 (23.83%), Postives = 486/1171 (41.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: E1BP36 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog OS=Bos taurus OX=9913 GN=MMS19 PE=2 SV=3) HSP 1 Score: 198.7 bits (504), Expect = 3.8e-49 Identity = 266/1142 (23.29%), Postives = 467/1142 (40.89%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0V9L1 (MMS19 nucleotide excision repair protein homolog OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=mms19 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 198.7 bits (504), Expect = 3.8e-49 Identity = 263/1156 (22.75%), Postives = 472/1156 (40.83%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CGY0 (MMS19 nucleotide excision repair protein OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500778 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1991.5 bits (5158), Expect = 0.0e+00 Identity = 1015/1120 (90.62%), Postives = 1073/1120 (95.80%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K7A1 (MMS19 nucleotide excision repair protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G452350 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1988.8 bits (5151), Expect = 0.0e+00 Identity = 1020/1123 (90.83%), Postives = 1065/1123 (94.84%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CIF3 (MMS19 nucleotide excision repair protein OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500778 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1984.5 bits (5140), Expect = 0.0e+00 Identity = 1015/1127 (90.06%), Postives = 1073/1127 (95.21%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CGZ1 (MMS19 nucleotide excision repair protein OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500778 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1947.2 bits (5043), Expect = 0.0e+00 Identity = 993/1102 (90.11%), Postives = 1051/1102 (95.37%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GPG0 (MMS19 nucleotide excision repair protein OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111455939 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1889.0 bits (4892), Expect = 0.0e+00 Identity = 988/1227 (80.52%), Postives = 1050/1227 (85.57%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G00200 vs. TAIR 10
Match: AT5G48120.1 (ARM repeat superfamily protein ) HSP 1 Score: 968.4 bits (2502), Expect = 5.7e-282 Identity = 532/1126 (47.25%), Postives = 744/1126 (66.07%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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