Tan0012034.1 (mRNA) Snake gourd v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATTTAAAAAAAAAAGAAAACGAAAATCTCTCTCTGAGAAATGCGAAGCTGACGATTTACAACGGAGACTCGCACCGACGGTACCGAGCTTCATCTTTGATCGAATCAGGTCCCTGATTTCCCCTTTCTGCATCATTTGATTAATCTATTATTTTTATTTTTCAGTTTGATCATTCCCCAAAGCTGTCTAATTGGTCGAAATTCTTTGCTTAGATTTTCTGTATCCTTCTCATTTTGTATGATTTCTGAGTTTTAGCCCCCGGGTTTTTGTGGGTTTTTTTTTCCCTTTAGGATTTCAAATTTGTATGATATGTAATCTCAGATTGGATTGAATTTGTTGCATAGCGTATTGATGTTTTGAGCGATATTGCTATTTGCTCCTCCCGGGATGTCCTTCCTTTTGTTGATGCTGGTTGAATTTACTGTCTACTCTATTTGACGAATTAATTTTAATTCTCACCTTCTTGGAATTATTAGAATAATCATGGAATTGAGTGAGTTTTTGAATGCTTACTATATTGGAGAAATGATACATATACCCAGTAACTTTTACCGTTGTGTTACTTAAATTAATCAAGAGGTTTCCTTCCTTGCTTTTTGTTGATTTGAGAAATTCTCTTTCCATATATGCCCATTTCAACTGATGTCATTTCTGTCAGGTACTGGTTTTTTAGTTTGGAGGGTTGCAACTAATAAATTGATTCAGAAGCTGAGACTATATAGCTAGGCACTTTGTTGTGTTCCATGCTCCGATGATGATGCTGAGTATTAGTGGCAAAGAACAATGCAGCTTCCATTGTGATGATTTTCCTGGAGTTCGATCTTAGTAAAGTTGCTGAAACTAACATCAATGGGTGTCAGCTATATAGCATTTTCTGCAGCATGTACAGTGTTAAGTTTTATCGGTCTCCAGTTATGGACAGAGTTATCGATAGATAAGCTAAGATCAGAAAAGATAATTGGCGAAAATCCTTTTCAGACAGAGAATGCTGGCCGAGTCGTTGATTTGCTCTTAAGTTCCTACATCACTGTAGGACTGCTGGCTAATTTTGCACTTAATGTGTTTGTTCTACTCATACTATTTCTCAAGGTAAGTGTGTTATTTATTTTGGGAGCTCTGTGTTGCAAAGGAAGCATGCAACTACGAACTCTTAATTTTAACGCAGCAATACTACATAATGTCTGCAGTCTGGTTTAGGAAGCATCATCGAACTTATTCTTGTTTTCTTTTTTCCTATGACAAATTATTTCTTTATTTTTTTTTAGCAAGAAACAAAACTTTTCCTTAAATAAATGAAAAGAGACTAATGCTCAAGAAATACAAATTCCACAATGGAGTGCAAAAAAGAACGCAAAATAATAAGAACATAAGCATGCCCCAAAATGGAACTACGAAACCAATTATTTCTTTATTTGAGTGACATGGTTTAACTCTGTAAGTTCTAGAGGAGAAAGCATCAATAAATGTAAAAAAAAGGTCAAGAAAAAGAAATTGAGGGCAAAATATTTGCAAATTCGGACGACATTAATGGGATGAAGATTTTTCTTTTTGATGGGATAAAGATGAAATGGTTCAAAGAGCTGCTAACTGTAGCACACTGACAGTCAGCTAACATTCTGCCTATCAGCTTCCTAACTAACCAATGGCCAACAAGGATTTTAACTACAAACTCAGCTCAATTTTGTAGATTATCCAACTACACTCAATGCATTATGAGAACTAAGCAAAGGAACAGAGATATTTTTCATCAGTTTAGTTTTGGGCTTGTGGTTAGGGGTGTGGTTCTATTGTCTTTCTGGTGGTGGGAGGCAAAAATATTGTTACAGACTTACAGTTAGGCAAGGGTTGTACTAGCTGCTTGGTTAGGCTTTGATTTTCTCAAGGGATTTTAAATACAATGGCCATATTTGATCTTTTTTTTTTGAAGCTCATATTTGTTCTTTTTATTATCAGAGGTTGGCTTTTGATCTAGGTATCTATGATAAAAATGGAAATTTATATTTGATTTTCTTGTTCAAAATTTACCATATGTAGCGTCTACTTAAATGACAGAAGAGAGTTCTTGTCCTTCTATTAAAAGTAGAATTAGTTTAACTTCAACGATTAATACGATATTTTTTTATCATATGAAATAATGTTTATAATTAAATTCAACATTTAAGAAAACGTCATATTTCTTTACACATCTATTGAACTATCCTTTTCCGGGAAAATGGATGTGTAAGGCCCCCTATTATTAAGAAGTATGTTAGAAGGGGCAAAAGAGTATTTGTATCGGGAGAACAAGAGACCACATGGGAATGAGGGCTGACGCGTCTGGTGAGCTTGGGAGTGAGGGTTTTATAGGCTGTCGGGTCTCACGGGGAAGGATATCTTTTTGTAAGACAAGTTTTGTGTAGAGGAGAGAACCAGCCTCTCGGCTAGTTGGAGAATGTTTTTGTGTCTTGTTTCCCCTTTTCTAATGAAATAACCCTCCTTAATATCGGAGAACTCTCGATATTGAAGGAGTTGGGTCCTCATTTCCCTCTCTATTACATTCTTATTGTGTTCTTAATAGAATTGTGAGTGTGTGCCTTGTTAGTAGCCTTACATGATGTTCTTGATTGAACCAAAATTTCTACAGCTTGATGTATAAGTACTGTGATACGGGTGGCACATGGGTTAAGGGGGAGTCTTTATTTTTATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTATTATTTTGGAAAGATATATGAGTTGGAAGCAAGCTTTGAGTGTACATTTCCTTAGGGTGGTATTCAACAAAGATTTTGTGGTTTTTTTGGGAGGGGGTTTTCTCTACCCTCGACTCTTAGGCTGTTCTTTTATTCCTCTGTTTAATCTATTGCCTTCTGTTTCTTATAAAAAAAACCAAAGATTTTGTGGTTTTTGATTATTTGGATAGAGAGTGTAAGGTCTTGGAAGATTATTTTATTTTTATCGAAAATAAACCGAGAAATTCCCATTAAGATTGTGTAAAGATCAAGAAAAGAATGTACAAGATTCGAGAACCATGACATGGTTCTCCAATTAGTCAACAAAACTAAAAAAGAATGCTTATAACAAGATCTAGACTTAAGAGCGTACATAGCCATAGGCATTCTTCATTGGAGAAGGTACAACCATAAAACCCAACCACTCTCAACGGACCATAATTTGAGCTTGTGTGCAAGAAGGTTGAAGTAAAAAAAAAATTCGAACGGGGACAACTTGAATGAACGGTGTTGGACCCAAGTAATACCAAATTAGTCAAATAGGAGAAACCAAAGGCTGACAACAATTGGACAAGAAACAAAGTTTTTTTTGGGTAAGAAACCAAACTTTCATTGAGAAATATGAAAGAAAATATTACAAGGACATATAAAAAACAAGCTCAACCAAAAGGAAGTCCCAAAAGCTATACAAAGGGACTCTAGTCCAACAAAATTAAACCAAGATCATAATTACAAAAAGGCTTAGTAGTATCTAATCGCTTGAAATCTGTTTTGCCTTCGACAATAGCAGAAAACCAGCTTGCTTTTGTGGCTAACCGACAAATTCTTGATGCGTCCCTTTTGGCAAATGAACTAATTGATGACTGGAGTGTCCGAAATCTTAAAGGAGTAGTTGTAAAACTCGACCTTGAGAAGGCTTTTGACACAGTTGATTGGGACTTTTTAGATGCAGTGTTGGAGGCTAAGGGCTTTGGGGTTACTTGGAGAAAGTGGATTCTGGGTGATATTTGAGTGTTAATTACTCTATCATTATTAATGGACGACCCCGTGGAAGATTATTCCATCTCGTGGCTTACGACAAGGTGACCCATTATCTCCATTTCTCTTTATTTTGGTGTCTGATTGTTTGAGCCGTCTATTGGACTTTGGTGCTAGATCTGGCAGTATATCTTCTCATACTATTGCTAGCTCATCCTTTGCCTTAACTCATTTACAATTTGCGGATGATACTCTACTTTTTCAACTTCCAGAGCCATTACGCTTTTGCAACGTCTCTATGAACTCATTAAGATTTTGAGAGGGCTTCGGTTTAAAGGTTAACTTGGCAAAGAGTGAGATGATTGGTATACATATTGACCAACCCGAGATGGATAGTTTACTGACGATTTTCGGTTGTAAACAGGGGTTTTGGCCAAACACTTATTTGGGTTTGCCTTTGGGAGGTAATCCTCGATCGGTTTCTTTTTGGCAACCTATAATAGAGAGGTTGAAACAGAAACTTCATAACTGGAAATATGCTTTGATTTCCAAGGGTGGGAGACATACCCTTATTCAAAGCCACCCTTTCTAGTATGCCTACCTATTACATGTCTCTTTTTAAACTTCCTCGAGAATAATTTCTTTGTTAAATAAAATTATTCGTGATTTCTTCCGGGGGAGGAGCTAAAGGTGATGGTGGAATGCATAATGTGAATTGGGCAAGCTGCTCACTTCCTAAACTAATGGGTGGTCTCAAGGATTGGTAACTTTGCACATCGGAACACAGCTCTATTGGCTAAGTGGACTTGGAGATTCATGAACGAACCTGATTCCTTATGGCGAAATTTTATTGTAGCTAAATATTATGGTCCTTCGACTATAGTTGAATGGCCCGCACTCATTACGAATGCCAAGCATAAATCACCATGGAGATCCATTTGTCTTCTGCGTGATTTGGTGCTTCGACGTTCTATTCGACGCATAGGGAATGGATGTACCACAGTTTTCTGGACAGATCATTGGCTTAGCTGTGGGCCTATTGCTCATGCTTTTCCAAGACTTTTTAGACTGGCTTTGAACTCTGATTTGACTGTGGCTGATATGTGGAACTTGACGGACTTGGCTTGGGATTTGCATCTTCGGCGTAACTTGACAGATCTAGAAATTGATGAGTGGGCTTCCTTATCTCATTTATTATCTAATGTTCGATTTTCACATAGAATTGACTCTTGGGTATGGTCTTTAGAGCCCTCTGGTTTGTTCTCTGTGAGAT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MGVSYIAFSAACTVLSFIGLQLWTELSIDKLRSEKIIGENPFQTENAGRVVDLLLSSYITVGLLANFALNVFVLLILFLKTIFFVELYSSESRKLVERLVNYVIYKGTFLPLVIPPTKYHAALWSIWLAVLCSLKMFQALARDRLERLNASPSATSWTYFRVYSVLLLVLFVDLSGIRFCLMIYRTLGLSLFLLLLFEPLSIAFETLQAILVHGFQFLDIWLHHSAGNCSNCQISKFFNMTIAGSLWELKGSLIRNLGFFLDMATLLMALGHYVHIWRLHGMTFNLVDAVLFLNIRALLSAIIKRIRSFMKLMKALGALHAALPDATTEELQAYNDECAICREPMAKAKKLNCNHLFHLACLRSWLDQGLNEYYSCPTCRKPLFVGRQENDVNHRAGETFSDEQLARQISAGLNRQNATIPTLPAGIFPNQTQNPVEGSPWRSTSLDPSWLHDWASQGVDGAGPSNAARSVGLGRVQMMMRHLASVGETYAQTSIEDSAWGLWPLNPSQVAGGSQVPRSVVGRHPGSMGGLNMNVPRASNDNLANILAMAETVREVLPHVPDELIFQDLQRTNSVTVTVNNLLLQM Homology
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
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BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8W4Q5 (E3 ubiquitin protein ligase RIN3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RIN3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 742.7 bits (1916), Expect = 3.3e-213 Identity = 379/584 (64.90%), Postives = 464/584 (79.45%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9R049 (E3 ubiquitin-protein ligase AMFR OS=Mus musculus OX=10090 GN=Amfr PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 144.8 bits (364), Expect = 3.0e-33 Identity = 139/535 (25.98%), Postives = 214/535 (40.00%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9UKV5 (E3 ubiquitin-protein ligase AMFR OS=Homo sapiens OX=9606 GN=AMFR PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 142.1 bits (357), Expect = 2.0e-32 Identity = 137/535 (25.61%), Postives = 212/535 (39.63%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5Z880 (ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=HRD1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 1.5e-16 Identity = 91/338 (26.92%), Postives = 152/338 (44.97%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022957821.1 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita moschata] >XP_022957822.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita moschata] >XP_022957823.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1098.2 bits (2839), Expect = 0.0e+00 Identity = 558/584 (95.55%), Postives = 569/584 (97.43%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. NCBI nr
Match: XP_023533476.1 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023533477.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023533478.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1097.8 bits (2838), Expect = 0.0e+00 Identity = 557/584 (95.38%), Postives = 569/584 (97.43%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022995635.1 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita maxima] >XP_022995636.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita maxima] >XP_022995637.1 E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1094.0 bits (2828), Expect = 0.0e+00 Identity = 555/584 (95.03%), Postives = 569/584 (97.43%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. NCBI nr
Match: XP_038888614.1 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1089.3 bits (2816), Expect = 0.0e+00 Identity = 554/584 (94.86%), Postives = 567/584 (97.09%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022156809.1 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 1078.2 bits (2787), Expect = 0.0e+00 Identity = 548/584 (93.84%), Postives = 563/584 (96.40%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H0A8 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111459248 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1098.2 bits (2839), Expect = 0.0e+00 Identity = 558/584 (95.55%), Postives = 569/584 (97.43%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1K4H8 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111491111 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1094.0 bits (2828), Expect = 0.0e+00 Identity = 555/584 (95.03%), Postives = 569/584 (97.43%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DUP7 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111023642 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1078.2 bits (2787), Expect = 0.0e+00 Identity = 548/584 (93.84%), Postives = 563/584 (96.40%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BMI6 (E3 ubiquitin protein ligase RIN2-like isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103491275 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1070.1 bits (2766), Expect = 3.3e-309 Identity = 546/584 (93.49%), Postives = 559/584 (95.72%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KG75 (RING-type domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G408180 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1042.0 bits (2693), Expect = 9.7e-301 Identity = 530/571 (92.82%), Postives = 546/571 (95.62%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. TAIR 10
Match: AT4G25230.1 (RPM1 interacting protein 2 ) HSP 1 Score: 756.1 bits (1951), Expect = 2.0e-218 Identity = 388/584 (66.44%), Postives = 467/584 (79.97%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. TAIR 10
Match: AT4G25230.2 (RPM1 interacting protein 2 ) HSP 1 Score: 756.1 bits (1951), Expect = 2.0e-218 Identity = 388/584 (66.44%), Postives = 467/584 (79.97%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. TAIR 10
Match: AT5G51450.1 (RPM1 interacting protein 3 ) HSP 1 Score: 742.7 bits (1916), Expect = 2.3e-214 Identity = 379/584 (64.90%), Postives = 464/584 (79.45%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. TAIR 10
Match: AT5G51450.2 (RPM1 interacting protein 3 ) HSP 1 Score: 731.5 bits (1887), Expect = 5.4e-211 Identity = 379/602 (62.96%), Postives = 464/602 (77.08%), Query Frame = 0
BLAST of Tan0012034.1 vs. TAIR 10
Match: AT3G16090.1 (RING/U-box superfamily protein ) HSP 1 Score: 88.2 bits (217), Expect = 2.4e-17 Identity = 98/345 (28.41%), Postives = 152/345 (44.06%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Snake gourd (anguina) v1
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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