Spg009004.1 (mRNA) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview
NameSpg009004.1
TypemRNA
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationscaffold8: 17110769 .. 17113894 (-)
Sequence length600
RNA-Seq ExpressionSpg009004.1
SyntenySpg009004.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTCAGCCCTAGGCCTCGCTCAGCGCACGCGCAAGTGATAGCGAGCATAGCTAGCTATTTTTCTCTAATTAATTAAGCTAGTCTTTTACAATTATTTGGCCAAATTTATGCATTTATATGTTTTATTTGTATGAAGTATGTGTTTGAAGCTTAATAGAGAAATTGGAGTCAAATGGAGTTCGCGATTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGCGTCGCGACGCTCTTGGCGAACTTCCAGAATCCGTGACGCTCTTGGCGACCAATTTTTGCCTTATTTAAAGATTGCGATTATGACTGATTGGGGGACTTCTCTTGGACGATTGGGAGCCGTAAAACAGAGAAAAAAAGGGCTTTTGAAGCTGAAACAAGTGGAGGAAAAGCGGGAATCAAATCATTGTTCGTGGGGATCGTAACGGGGACGTGCGGTCTCGGCCTACCTATCGTTTAATTCTCTTTACCCTTTTCTTTTGTAGTTTTTATGGCTTGTTTAGACTTAGTTTATATTGTAATTCGGATTATGTGTAGCTAAGTTTAATTCTTAGGGATTGATGTAGCCGTTGGGCACTTTATGGATTGATTTAATGGTTTTATTGCTATTGATGTCATTTATGCATAATTGTGTTCTTAATGCTTTCAATTTACCGGCCATAAATTGATTGTTGTTTGTGCTTGAATCTAACTCGGGAGAGAGGATTTAGCTTAGAAATCATTATGCATAACTAGGATTTAGCTAGAAATCGGGAGATAATAGTTAATTCTAGAAATCATTAAAAAGGTTAACCTTAATGCCCTGCATGTTTAACGAATTTAGATAGGGATATCGAGTTCATTGCATGTGGGAGAATCATGTATGCTCGGGAGAGAGATATGTGTGATTTTAGTTTCCCAAGATTTATGAATCATAGCATGTCATTAAACCATGAATTAATCCATAATCCCAATTGGTGAAATCAAATCCCTAAGACCGTTGACTCCATTAGATTGTCATACTTTTTCATTGTTTTGTGTTTGATTACATTCATCTTCACTTTGATTTGTTCCCTAAATAAAATTGGACAAGATTATTTTCGGTAATTAGATTTGATTAAAAATCCAATCCAGAGGACGACACTCGATTGCAAAATCACTTTACTATTACTTGACCCGTGCACTTGCGGTAGGAAAATTCCACATCAGCAAGCCACGGTCAGACGTGGTCGGCTACGGTCCAGCTCGCAAGTGCGCGGTCCAGCCGATTTCACGCGGTTTGGCTCCGATCGACTTAGTTCAGTCTTTAACGCTCAGTTTGCACGCGGTTCAGCTTCGTCCTGCTGGTTCGCACGCGTTTCAGCTTCAGTCCACCCAGTTTCATTCTGGGATCACCAATTCGTTGACTGGTCTGTGGTTTCTAACCGGTTCGTTGACTTTTCCAATGGTTTTGGCCCGATTCGGCTGTTTTTTGGGCCGATTCGAGCATTTTTTGGCACGGTTCAGCAAAAGTTCAAGGCTATTATAGGATAATTTTGATAAAATTATTGTAATTTTATATTTTTTTATTATCCTAGGGGCCAATTTACCGGTTTATCTAGTTGTTTATCGCTTCATGGATGTCATTTAGCTAAATCCCACCATAGGTTAAGCATGTATCATGCATATTTATATTATAAGAATTATAATGTATGAAAAATATGTATGATTTAATTTCATGAGTTATTTAATGTAATTGTTATATTAAATATATGAAATTGGAAAAGCATGCAGTATGTCATTACTTTAGTAAATATAAGAGTTACATTTAACTAATGTCATATGTATGCTTAGTATTTTTTTCATCGGATTAATATAATTAGTTATATTATGGATGAACATAATGTAGGGATAAAGCCCTAGCGCAGAGGAAACAATCATCAAACCATACTGTGTTTTCTCAAGATTAAAATACCGTTACAATTTGCAAAGGCATTTTACAGCAGAATAATACATACATAAATCATGCTGTAAAACTAAATAAAACATGCCTTAAAAACATTAGGAAGAATTTAGATCTAATCTAAATTGGACCCTAATGATCCTAGATCAAGAAATACCTACCGTAGATGAAATTCTTGATCTTTTCGCCTAATTCCCTTTGAATTGTGATAAAATCCAGCAGCCTTAGGAACCTTTCTTCGCTGCAAATCTCCCACACGAACACCACCACGAGGATTCACCAATGGACTCTAAAGGATATGATGAGGGAGATTGTGGGATCTCTTTTTCTCTAAGGAATATCATTGAGAGAATGAAAAGAGCTTGGAGTTTTCCTTGGGAGAGTTTTCTGTAAAAAACAAAAGCCACCCGATAGAAAAAATAATGCACACTAAAAAACTCCGTAACTCCCTCCTAAGTAGGCGTGAAGGGGAGTAACCGTAGGTCAAATACCCACACGTTACTTTTAACTGATCAAATATCAGTTATTAAAATTCAATTTAATTAATTAGATAATTAATTAAATTAAATTAAAATAAGTTATTTAATTCATAATTAGATAACCAACTCATTTAAACCATATTTAAATGATTATCCTTCACATAACCTATGGTTTTAATGCAATTTAATTAAATCAAAATTTAATTAAATTAAATTAAAACAAACAATTGATTAATTCATTAATCAATCAATATTATAATTAAACATCATATATTTAATTATAATTCTCTCAAATAAACTATAGTATTGATGTACATCCAATGCACATTAATTATAACCTATAGTTTTAATATGAACCAAATTCATATTTCATTTTAATATTCGAACCCTTTCGAATATTTAATCTTTCCTTAGAAATTAACCTCAAGACCTTATAAGAGTCATTGGTGGGACCTAATGGACCTATAGATCAGAAGCTCCAACGATGTGAGATTAATTGGCTAAACTCATTAACCAAATTAATCAATATTCGTTAACTGTGGTTCACTCCACTATAGAACCACAGCTGCACTCTTCTCACTGCAGATATATTTCTGTGTCCACGGATATCGACCGTCAACAGCAAGTTAGCCCTTCACGTGTGTTCGTACCCCAGCTAGGTCAAATTACCGTTTTACCCCTGGGCTACCTCTTGGTCCTTAAGTACCAGTGCTCCTCTAATGAACAACCTGTTTGA

mRNA sequence

ATGTCAGCCCTAGGCCTCGCTCAGCGCACGCGCAACCGTAAAACAGAGAAAAAAAGGGCTTTTGAAGCTGAAACAAGTGGAGGAAAAGCGGGAATCAAATCATTGTTCGTGGGGATCGTAACGGGGACAGGACGACACTCGATTGCAAAATCACTTTACTATTACTTGACCCGTGCACTTGCGGTAGGAAAATTCCACATCAGCAAGCCACGGTCAGACGTGGTCGGCTACGGTCCAGCTCGCAAGTGCGCGGTCCAGCCGATTTCACGCGGTTTGGCTCCGATCGACTTAGTTCAGTCTTTAACGCTCAGTTTGCACGCGGTTCAGCTTCGTCCTGCTGGTTCGCACGCGTTTCAGCTTCAGTCCACCCAGTTTCATTCTGGGATCACCAATTCGTTGACTGGTCTGTGGTTTCTAACCGAACCACAGCTGCACTCTTCTCACTGCAGATATATTTCTGTGTCCACGGATATCGACCGTCAACAGCAAGTTAGCCCTTCACGTGTGTTCGTACCCCAGCTAGGTCAAATTACCGTTTTACCCCTGGGCTACCTCTTGGTCCTTAAGTACCAGTGCTCCTCTAATGAACAACCTGTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCAGCCCTAGGCCTCGCTCAGCGCACGCGCAACCGTAAAACAGAGAAAAAAAGGGCTTTTGAAGCTGAAACAAGTGGAGGAAAAGCGGGAATCAAATCATTGTTCGTGGGGATCGTAACGGGGACAGGACGACACTCGATTGCAAAATCACTTTACTATTACTTGACCCGTGCACTTGCGGTAGGAAAATTCCACATCAGCAAGCCACGGTCAGACGTGGTCGGCTACGGTCCAGCTCGCAAGTGCGCGGTCCAGCCGATTTCACGCGGTTTGGCTCCGATCGACTTAGTTCAGTCTTTAACGCTCAGTTTGCACGCGGTTCAGCTTCGTCCTGCTGGTTCGCACGCGTTTCAGCTTCAGTCCACCCAGTTTCATTCTGGGATCACCAATTCGTTGACTGGTCTGTGGTTTCTAACCGAACCACAGCTGCACTCTTCTCACTGCAGATATATTTCTGTGTCCACGGATATCGACCGTCAACAGCAAGTTAGCCCTTCACGTGTGTTCGTACCCCAGCTAGGTCAAATTACCGTTTTACCCCTGGGCTACCTCTTGGTCCTTAAGTACCAGTGCTCCTCTAATGAACAACCTGTTTGA

Protein sequence

MSALGLAQRTRNRKTEKKRAFEAETSGGKAGIKSLFVGIVTGTGRHSIAKSLYYYLTRALAVGKFHISKPRSDVVGYGPARKCAVQPISRGLAPIDLVQSLTLSLHAVQLRPAGSHAFQLQSTQFHSGITNSLTGLWFLTEPQLHSSHCRYISVSTDIDRQQQVSPSRVFVPQLGQITVLPLGYLLVLKYQCSSNEQPV
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (cylindrica) v1
Date Performed: 2022-08-01
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..22

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spg009004Spg009004gene


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spg009004.1-cdsSpg009004.1-cds-scaffold8:17110769..17110947CDS
Spg009004.1-cdsSpg009004.1-cds-scaffold8:17112499..17112791CDS
Spg009004.1-cdsSpg009004.1-cds-scaffold8:17113473..17113565CDS
Spg009004.1-cdsSpg009004.1-cds-scaffold8:17113860..17113894CDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spg009004.1Spg009004.1-proteinpolypeptide