Spg007898.1 (mRNA) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview


Name	Spg007898.1
Type	mRNA
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	Unknown protein
Location	scaffold5: 23666855 .. 23683660 (-)
Sequence length	1515
RNA-Seq Expression	Spg007898.1
Synteny	Spg007898.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS

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mRNA sequence

CCTCGCGACACGTTTCCGTCAAGAGCCGTGTTGTTCGAAAAGGTATTCTCAGCAAAAGCAGGCCCTCTTCCGGAGTTTATTGTAAATGTCCTGTGTAGGAATAGAGTGGCAATAGTGAAGAACAGAGGTCCGAACTCTAGTTTCTGGAGATCTGAAGCCCGAGCCAGCGCCCAAGTGAAAAAATCTCTAGAAAGCGCCAAGGCTCTAGAAGCGCTAAATGTGGTCGCAAATCAACAACCTAAAGCGGCAGAAAAAGAAGATGGGGTTGCAAAACAGCCGCAAAGCTCATCTGATCCAGCTCCTCAGCAACAACCTCAAGATAGTATGGCATCTTGCTCAAGAGATTTGTGCTTGCTTAATTTTCGCTTCGCCTCCCTGTGGATTCGATACTCGGAACTCTTCCGTTTTATATTACTTGTGACGACCCGTACGCTTGCGGATTACTCGATAGATAATTTTGAGTTTGATCATGATAACACTGAATCTATTGAGTCTGATCTTGATATTCCTGAATGCATGAAACCAGACAATGTTAATACCTTTGATTCGTGTCCTGATGATGTATATAGCATAGAAATTGACCCAGAGGAACTCGAATCTGTGCATAGTATAGAATCTGACCCTGAAGAGCTTGAATTCTTTAATTCTGATAGTGAGTCATATGATAGCCTAGTCGAATCATTTTTTAATTCTAAGTCTGAGGAATCTTCTGAGCATATAGATATTGAATCTGATGAATGGACTGGCATGATTGATAGGCCATCTTTAGATCCTAGACCAGTTGATATCATAACGCTTGATGACTCTGTTAACAATTGTTTTGAGAATAGAGATCTAGAAAAGAGATTTGATGCTCTTCTGTCACTCTTCCATTCGAAAGAAGTAGAGGAGAAGGGCTTGTCTCGCCTTGAGGTGCAAACTGGGATATGCTATCTGCACCATGTCTATGTGGGCAACATAGATAGTGTGTCCCAGTCGATAATTGAGCTTAGGCTATGTCGGGAGCCGATCACGCTAATTGGTGTTAATTCGGGCCAATTTTGGAGTTTTGGAGCCATCTCGGTGTTTTGGACGCCTCGTACCGCGAAGAAACGAGACAAGACAGAGAAAATAAACAGCAAGGCGTGGATCAGGGACGCCAAGGGGAAGCGTCTCGATGCCAACGTGAAATTTGGCTGGAGAATAAACACTGTTGTAGACCTTTATTCTGAGCCTGATGCATGTGATTCACCGTGCATACTAGTAGAGGCAAGAGCTGAGCATTTTGAAGTAGCTTCGGCTAGTATTATACCATTTTCTGTTCCTCCAATGTTTTATTACAATGATTCACATGATTTAGGCTTAGTAATTCCAATCACTGATCATTCTGTTGCTAAAAGTAAAAGGGTTATGATTAGCAAGTTGAGGTTAATTGAGCGTAGGCTATGTCGGGAGCCGATCACGCTAATTGGTGTTAATTCGGGCCAATTACGGAGTTTTGGAGCCATCTCGGTGTCTTGGATGGCGAGGAGGTGA

Coding sequence (CDS)

CCTCGCGACACGTTTCCGTCAAGAGCCGTGTTGTTCGAAAAGGTATTCTCAGCAAAAGCAGGCCCTCTTCCGGAGTTTATTGTAAATGTCCTGTGTAGGAATAGAGTGGCAATAGTGAAGAACAGAGGTCCGAACTCTAGTTTCTGGAGATCTGAAGCCCGAGCCAGCGCCCAAGTGAAAAAATCTCTAGAAAGCGCCAAGGCTCTAGAAGCGCTAAATGTGGTCGCAAATCAACAACCTAAAGCGGCAGAAAAAGAAGATGGGGTTGCAAAACAGCCGCAAAGCTCATCTGATCCAGCTCCTCAGCAACAACCTCAAGATAGTATGGCATCTTGCTCAAGAGATTTGTGCTTGCTTAATTTTCGCTTCGCCTCCCTGTGGATTCGATACTCGGAACTCTTCCGTTTTATATTACTTGTGACGACCCGTACGCTTGCGGATTACTCGATAGATAATTTTGAGTTTGATCATGATAACACTGAATCTATTGAGTCTGATCTTGATATTCCTGAATGCATGAAACCAGACAATGTTAATACCTTTGATTCGTGTCCTGATGATGTATATAGCATAGAAATTGACCCAGAGGAACTCGAATCTGTGCATAGTATAGAATCTGACCCTGAAGAGCTTGAATTCTTTAATTCTGATAGTGAGTCATATGATAGCCTAGTCGAATCATTTTTTAATTCTAAGTCTGAGGAATCTTCTGAGCATATAGATATTGAATCTGATGAATGGACTGGCATGATTGATAGGCCATCTTTAGATCCTAGACCAGTTGATATCATAACGCTTGATGACTCTGTTAACAATTGTTTTGAGAATAGAGATCTAGAAAAGAGATTTGATGCTCTTCTGTCACTCTTCCATTCGAAAGAAGTAGAGGAGAAGGGCTTGTCTCGCCTTGAGGTGCAAACTGGGATATGCTATCTGCACCATGTCTATGTGGGCAACATAGATAGTGTGTCCCAGTCGATAATTGAGCTTAGGCTATGTCGGGAGCCGATCACGCTAATTGGTGTTAATTCGGGCCAATTTTGGAGTTTTGGAGCCATCTCGGTGTTTTGGACGCCTCGTACCGCGAAGAAACGAGACAAGACAGAGAAAATAAACAGCAAGGCGTGGATCAGGGACGCCAAGGGGAAGCGTCTCGATGCCAACGTGAAATTTGGCTGGAGAATAAACACTGTTGTAGACCTTTATTCTGAGCCTGATGCATGTGATTCACCGTGCATACTAGTAGAGGCAAGAGCTGAGCATTTTGAAGTAGCTTCGGCTAGTATTATACCATTTTCTGTTCCTCCAATGTTTTATTACAATGATTCACATGATTTAGGCTTAGTAATTCCAATCACTGATCATTCTGTTGCTAAAAGTAAAAGGGTTATGATTAGCAAGTTGAGGTTAATTGAGCGTAGGCTATGTCGGGAGCCGATCACGCTAATTGGTGTTAATTCGGGCCAATTACGGAGTTTTGGAGCCATCTCGGTGTCTTGGATGGCGAGGAGGTGA

Protein sequence

PRDTFPSRAVLFEKVFSAKAGPLPEFIVNVLCRNRVAIVKNRGPNSSFWRSEARASAQVKKSLESAKALEALNVVANQQPKAAEKEDGVAKQPQSSSDPAPQQQPQDSMASCSRDLCLLNFRFASLWIRYSELFRFILLVTTRTLADYSIDNFEFDHDNTESIESDLDIPECMKPDNVNTFDSCPDDVYSIEIDPEELESVHSIESDPEELEFFNSDSESYDSLVESFFNSKSEESSEHIDIESDEWTGMIDRPSLDPRPVDIITLDDSVNNCFENRDLEKRFDALLSLFHSKEVEEKGLSRLEVQTGICYLHHVYVGNIDSVSQSIIELRLCREPITLIGVNSGQFWSFGAISVFWTPRTAKKRDKTEKINSKAWIRDAKGKRLDANVKFGWRINTVVDLYSEPDACDSPCILVEARAEHFEVASASIIPFSVPPMFYYNDSHDLGLVIPITDHSVAKSKRVMISKLRLIERRLCREPITLIGVNSGQLRSFGAISVSWMARR

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spg007898.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spg007898.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spg007898.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spg007898.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (cylindrica) v1
Date Performed: 2022-08-01


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 80..108
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 90..108

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Spg007898	Spg007898	gene

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23666855..23666963	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23668572..23668773	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23670751..23670767	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23670904..23671016	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23671088..23671184	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23672750..23672814	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23673465..23673521	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23677572..23677988	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23680751..23680855	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23682728..23682891	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23683241..23683311	CDS
Spg007898.1-cds	Spg007898.1-cds-scaffold5:23683563..23683660	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spg007898.1	Spg007898.1-protein	polypeptide