Lsi04G010490.1 (mRNA) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview


Name	Lsi04G010490.1
Type	mRNA
Organism	Lagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Unknown protein
Location	chr04: 12378026 .. 12397964 (+)
Sequence length	444
RNA-Seq Expression	Lsi04G010490.1
Synteny	Lsi04G010490.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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ATTTGAGTGATTCAAATTGCATTGGAACCGTTGTTCCAAGCTTTACACAATGGACACTTTAAAACACTCAAATTGTTAATAAATAAAAACAGGTTTGTTATCATCAAAATATTAATTAATTAATTAATTAAAATTAATTAATTTGATATTAAGGGCCAAAAAGCCAACAACTTGATCTTAATCCTGAGTGAGTTATGAATTTCTGCCTATGAAGACTTGTCCTTTGATTTGCATGAGTGAGAGTGGCCAGTGTTGCTGACTCAATATGTCTATCATTTTGGAGACTTGACCAAATGGGGAAGCTGAGAACGTAATTTCACAAAATGGAATTCACTACTTCCCATATAGGGTAAGTAGATGAATAATTCTCTTAAGTGTTGACTCCGGGACTTGAACTATGGGGTCCCACCTTGCTTGAAAGAGATTTGGTTTATATCCATAGTAGGGTCCCACATTGTAGGACAAATTGTTCATTAAATGATCAATGGTACTTAAAGACACAAAGGTAATATACATGGGTAGAATAGACATTTGACCCAACTGTAATTATGAACAACTCGTGAATGATCGATTTACATGTAATGATTATATTTATGGACACAACTTGTCCTACAATGCATAAAAGTGCAACTATGAGTTTATAGTTAATTAATGAAGGTGTTGATTAATTAATTAAAGAGTTTAATTAATTAATCTGTAGGTCCAAACCAACAAAGATCAAGGTATTGAAAGAATAATTTGTAGTGTTCAAATTAATTAAGGAAAAAATATACTTATTGTATTAGATACAATTAATATAAGTTATAATGTATGAAGGTACCTTTATATATAGTTAATCATGGATATGATTCAAATGAGAACTATATAATATGGAAAAATAAATGTCTTTGAATTTGATTCAAATAATTCATAATTTAATATGGATGATATTGATATTAAAACTATGTAGTAAGAGAAGATGGATGTATTTAAATATGATTCAAATAATTATTCATTTAATATGCATGTGGTTCATATTAATACTATAAGTTAGGAGAGAAATTTACATTTGAATATAGTTTAAATATTTATTTATTTTTACTCAAAAAATATTTATGTATTATAATATATGATATTAAAATAAATTTTTTTTATAATTAGGTTCTAACCTAATTATGTCCTATATATAGGACCATTATAAGAAGAAAGAAATAAGCTTTTTCATTTCTCAGTTCCAGAGAGAAATAAACTTTTTTATTTCTTTTCATATTTCTCAAAATCTCTCAAGTTTTCCCATCTCCCGTTTCCATTTCTCTTTCCTTCCTAAAAGCTCCCACAAACCAATTTTTGCTAAGAGATATAGCAAGGAAGACCTCGTGGAGAAGGACGACACCAACACAAGGACGTTGCGTGAAATGAGCTCTTGCTTCTGTAATTTTTCTTTTATGTTTTTTTTTTAAAATTAAAATCAAAGGTAGACGATAATTCTCTTCTGTTGGGGATTCGATCCCTTCATTAAACATGTTATATATAATGGTTAAAGGAAATAAATAGAGGAAGCGAGAACTTACCTCTCGGTCTCAATTCGTCTCTGGCACCGCATCCATGTTGTCCTCTCGATCTACTTCATTTACTCTTGGCGTTGAAACTCTTGAACAATTTTTTAATAGCAGCCTCTTAGCTTATGTGGAAAACCCTTGGCGTTAGTCCAATTGATCCCCTTTGAAAGCTGACAAAGCATAAATTAAATAGAGTAAAAAAATTTGAGGTTTCATGGCGCTAATGACCAAATGCCCTTGTGCCATTGAGCGCCTAGTAGCACCGCGGTGCTGCGGGCGAAAATCATCAATAGTGTCGTGGAACACTGAGCATAGTGTCATGGAGCACCTTTTTCATCCCTTGTCATGCCCTAGGTCAAACTTTGACCTTTTAGGAGTATTTTTGTCATTTTTAACTCCAATTAGCCCGTTTCGGTCCAAAGCCTCGATTCCTACAAATTAGACCTCAGAAAGCACTATTTGAGTGCTTTTCAAGGGATATATACAAATCAAATCTTTCTTAGTAACAATAGAATTCATTTGAAATCAGTCTAAATCATAGATGTCCAAATATAAATTCTTGGAGTTAAAATACCATTTTGGTCCCTATACTTTGAGAGTTTGTTCAATTTTAGTCTTTATATTTTCAAAGGTCTAATTTTAGTTATTGTACTATCAATAAATCATATATTTAGTCACTTAATTTTTATTAAAACTGGTTAAATAATAATAATAATAATAATAATTTACATGCAACCAAACATGAAAATTTATAGTGAAAAATGCTAATAAAAAATAAAAAGTTTTTGAAAAAGTTAACAATAAACTAGTAGTAGGGACTAAATTTATGTTTGATTAAAAGTATGGAGACTAAAATTAAATCTTTAAGTTAAAATACTATTTTGGTTCTCATATCTTGAATCAATTTTATTGAATATACTTTCAATTATCTAATTTTAGTCTTTATACTTTCAATAAATCTTTAATTTAGTCCACTAAAATTAAGTTTTACCGAAATCAATTAACTAATAATAATAATTTTCTATAATGAAATATAATAACTGAACACGTCTTCAAAATTTATAGTAAAAATGCTAATAGATAACAAAAAAAAAAAAACATTTTTTTTTAAAAAAATGAACAATAAAGTAGTAGTGAGGATTAAATTTAAAATTTATTGAAAGTATAGAAACTAAAATTGGACAATTGGAAGTACAGAAACTAAAATTCAACCAATTTTAAATTATATGGAGTAAAATGATATTTTAACTAGAGCTGAACTTGAACAAATTTTAAAGTATAAGGAACAAAATGAAAATTATTATTTTTAATTTTTTTTTCTTTTGAGAGTTTGTTTATTTTCCCTCCAGTGCCACTAATTTTTTTCAAAGCTCAAGGAATTGAAAGATGGAGAATCTCCTTGAACTCCAGCCTTCGAGTTTCAGTGTAAAACGTATTGTGTTTGTTTGGCCAATACGTTAACCAAATCCAACCTCTGATCTCCCATTCCATGGTTTTCCCTCTCGCTTCTCTCTCAATCTTCCAACAAATTCTCTCTCCATACTCATCTCCCGCGAATATCACCCCTCCCTGTTTGTTGAATGGCCGGAAAGCGCTCGAGTATCGGTCCCGGAACCAAGCTCTAGGGTTTATCAGCGCAAATCTTGATGGTTTCCTCGATGCCACCTCTTTGCCGTCGGAACTGTCGTGGAGGTACCAGTTTAGGATTCCGGTGTTGCCGTACACCAGCTGCTCGAACTTCCATGGCCTCAAGCTTGCAGTTGCGGTCTCTCCGACTGCTAATTTTATGCCTGGGTAAGGGTTTTGGCCTTCGAATCCTGCTTCTAGGGTTTTTTCAGTTCCGACTTCTATTGTAGGGTTGTCTGATGACTTACTTACGGAGACGCTTATTATGTTTGTTTGTAGAGTTGGTGTGAGTTGCAGTGAGATTCGTGATGGGAAGTGCTTTTCGGATCTTCCGACTCCTCGTTTCGACATGAGCGTATCGTTCACGAGTTGGATGATGTTGCACCTGTAAGAATTCGAGGGAGGTACGTTTTAAACTCCATTGTCAATGATACGTGAGAATCTGTAATGTGGATTTACTTTTGGAATCAATTCTGTTCTAGAAAGTGCTTTTTTCATAGTCGTTACTTTTAGGGTGAGAGAGAAGAAGTTTAAACTCAATTGTCAAAGATACGTGAGAATCCTTAACATTGGTTACTTCTAATAGCTTAAGAGATCAGTTTGAAATCGATTTTCAAGAATTTGATGGTATCTTTTGGTACTTTTAGTATGGGTAAGAAAAGAAATTCGTTCTTAGTGGCACAGAAATTAGCTTCGAAGTTCAATATACCTTATGTTGTCAACGTGAACTCTCAGATTAATCCACTTTTCATGAACCTCAGCCTTGTAATTGAACTGCAGAACCCCTTCTAGCTGGTGATAATTTAGAGAGAATTGCAGTCTTTCATCAGTTGAAGGACTGCTTGAGTTCTCAATTTGATCCGTTGCAATGACAGGGCAATACAGTTGAACTTTCCATAACCCATGTGTTGAAAATGAGTAAGAGAACAAAGGTGAGGGTGTTTTGAGGGTGCAGCTGTTGGCCTTGAGCTCCAATATCCAGTTGGTGATTGCAAGGTTTATGGACCTCATCCATTGCTCTTCAAGATTAGACCCCAACAGTTTCATAAGCATCTTTGATGTCTGTCTTGACCAACAATTTGCTAAATGGTATTTGAGATTCGTAAGACAATCCAAACGTAGACCTGTTGGAGCTTCGTAGATGCAAATGAGGAATATGAGGGTAAGAAATGCAAGATTGAAAATTTCTTTAGAGTTGAAAGTAATGTCGAGTTTGAGGAGACTAAAGCTAAAATTCTTTTGTTGGTTTGAGCCATAATGAAGAACATCACGAACACAATTATGCAAGAGACTGGATATGCTTTCTTGGTCATCTCGTAAAATTGAGGATTTGGTGCTGATCTTCAAGGGTTCTGAAGTCCAAAGAGAGATAGGAAGGCTGAAATCTGCAATAACCGATAAAGTAATGGTTGGGGAATGAAGGCTTTTGGCTGCAACAACATCCAGAGAGGAGTTTGTTGAGCTTGAAGAGCATATGGATGTTGAGATGGAAGTTGTTTTCCATTGAGAAAGTGGTGGCAGGTTCTGTATCCAGGAATAAACATCAGGAAAGCTACTAGGAGCCATGGAAACGTGCAGTAGATAGCAAGATTGAACTCTCTTTTCTCTCTGTAAGGACAAATGATGATATTTTCTTTTATATTTATAGACTCTCTTTTCTCTCTGTGAGGACAGAGATTCTAGAGCGTGGAAAAGTCAATTGGGAAAGTGATTATCTAGACCATTGGCATCAAGAAAGAATAGAAAACGGGAAAGAACACGATAAGTTCGGATAG

mRNA sequence

ATGACTGCGCTCGAGTATCGGTCCCGGAACCAAGCTCTAGGGTTTATCAGCGCAAATCTTGATGGTTTCCTCGATGCCACCTCTTTGCCGTCGGAACTGTCGTGGAGGTACCAGTTTAGGATTCCGGTGTTGCCGTACACCAGCTGCTCGAACTTCCATGGCCTCAAGCTTGCAGTTGCGGTCTCTCCGACTGCTAATTTTATGCCTGGAGTTGGTGTGAGTTGCAGTGAGATTCGTGATGGGAAGTGCTTTTCGGATCTTCCGACTCCTCGTTTCGACATGAGCGTATCGTTCACGAGTTGGATGATGTTGCACCTACTCTCTTTTCTCTCTGTGAGGACAGAGATTCTAGAGCGTGGAAAAGTCAATTGGGAAAGTGATTATCTAGACCATTGGCATCAAGAAAGAATAGAAAACGGGAAAGAACACGATAAGTTCGGATAG

Coding sequence (CDS)

ATGACTGCGCTCGAGTATCGGTCCCGGAACCAAGCTCTAGGGTTTATCAGCGCAAATCTTGATGGTTTCCTCGATGCCACCTCTTTGCCGTCGGAACTGTCGTGGAGGTACCAGTTTAGGATTCCGGTGTTGCCGTACACCAGCTGCTCGAACTTCCATGGCCTCAAGCTTGCAGTTGCGGTCTCTCCGACTGCTAATTTTATGCCTGGAGTTGGTGTGAGTTGCAGTGAGATTCGTGATGGGAAGTGCTTTTCGGATCTTCCGACTCCTCGTTTCGACATGAGCGTATCGTTCACGAGTTGGATGATGTTGCACCTACTCTCTTTTCTCTCTGTGAGGACAGAGATTCTAGAGCGTGGAAAAGTCAATTGGGAAAGTGATTATCTAGACCATTGGCATCAAGAAAGAATAGAAAACGGGAAAGAACACGATAAGTTCGGATAG

Protein sequence

MTALEYRSRNQALGFISANLDGFLDATSLPSELSWRYQFRIPVLPYTSCSNFHGLKLAVAVSPTANFMPGVGVSCSEIRDGKCFSDLPTPRFDMSVSFTSWMMLHLLSFLSVRTEILERGKVNWESDYLDHWHQERIENGKEHDKFG

Homology

[Close]

BLAST of Lsi04G010490.1 vs. NCBI nr
Match: KAG7030640.1 (hypothetical protein SDJN02_04677, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 191.0 bits (484), Expect = 7.1e-45
Identity = 100/140 (71.43%), Postives = 111/140 (79.29%), Query Frame = 0


Query: 3   ALEYRSRNQALGFISANLDGFLDATSLPSELSWRYQFRIPVLPYTSCSNFHGLKLAVAVS 62
           ALEYRSRNQALGFISA+ DGFL+ATSLPSELSWRYQFRIP    T CSNFHG KLAV VS
Sbjct: 12  ALEYRSRNQALGFISASFDGFLEATSLPSELSWRYQFRIP----TDCSNFHGFKLAVTVS 71

Query: 63  PTANFMPGVGVSCSEIRDGKCFSDLPTPRFDMSVSFTSWMMLHLL--SFLSVRTEILERG 122
           PTAN  PGVGVSC EIRDGK FSD PTPRFD S+SFTS MMLHLL   +   + + LERG
Sbjct: 72  PTANLRPGVGVSCKEIRDGKYFSDPPTPRFDKSMSFTSGMMLHLLFDEWNFSKAKFLERG 131

Query: 123 KVNWESDYL-DHWHQERIEN 140
           KVNW+SD L     +E+++N
Sbjct: 132 KVNWKSDPLASRKKREKVKN 147

[Close]

BLAST of Lsi04G010490.1 vs. NCBI nr
Match: KAG6600899.1 (hypothetical protein SDJN03_06132, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 125.2 bits (313), Expect = 4.8e-25
Identity = 58/74 (78.38%), Postives = 62/74 (83.78%), Query Frame = 0


Query: 33  LSWRYQFRIPVLPYTSCSNFHGLKLAVAVSPTANFMPGVGVSCSEIRDGKCFSDLPTPRF 92
           LSWRYQ RIPVLP+TSC NFHG KLAV++S +ANF P VGVSCSEIRDGKC  D PT R 
Sbjct: 45  LSWRYQLRIPVLPWTSCWNFHGFKLAVSISSSANFRPRVGVSCSEIRDGKCLLDRPTLRL 104

Query: 93  DMSVSFTSWMMLHL 107
           D SVSFTSWMMLHL
Sbjct: 105 DSSVSFTSWMMLHL 118

[Close]

BLAST of Lsi04G010490.1 vs. NCBI nr
Match: KAG7031533.1 (hypothetical protein SDJN02_05574, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 58.9 bits (141), Expect = 4.2e-05
Identity = 25/40 (62.50%), Postives = 30/40 (75.00%), Query Frame = 0


Query: 37 YQFRIPVLPYTSCSNFHGLKLAVAVSPTANFMPGVGVSCS 77
          YQ R+  LP+T+CSNFHG KL + VSPTAN  PG GV+ S
Sbjct: 6  YQLRVAALPWTNCSNFHGFKLTITVSPTANLRPGNGVADS 45

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lsi04G010490.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lsi04G010490.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lsi04G010490.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG7030640.1	7.1e-45	71.43	hypothetical protein SDJN02_04677, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro...	[more]
KAG6600899.1	4.8e-25	78.38	hypothetical protein SDJN03_06132, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori...	[more]
KAG7031533.1	4.2e-05	62.50	hypothetical protein SDJN02_05574, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro...	[more]

BLAST of Lsi04G010490.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi04G010490	Lsi04G010490	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi04G010490.1.exon.1	Lsi04G010490.1.exon.1	exon
Lsi04G010490.1.exon.2	Lsi04G010490.1.exon.2	exon
Lsi04G010490.1.exon.3	Lsi04G010490.1.exon.3	exon
Lsi04G010490.1.exon.4	Lsi04G010490.1.exon.4	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi04G010490.1.CDS.1	Lsi04G010490.1.CDS.1	CDS
Lsi04G010490.1.CDS.2	Lsi04G010490.1.CDS.2	CDS
Lsi04G010490.1.CDS.3	Lsi04G010490.1.CDS.3	CDS
Lsi04G010490.1.CDS.4	Lsi04G010490.1.CDS.4	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi04G010490.1	Lsi04G010490.1-protein	polypeptide