Cucsat.G15360.T8 (mRNA) Cucumber (B10) v3
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.GCCATCGTAACCCGCCATTTTTTCCACCACTTGCACTTTTGGGGCTCTCATCCACCGTCGGCGATCGCCCAGTTTTTTATTTCGTCTTTCACCTTTTGGGCCTCACATCCGCCGGACGATCCACTTCCGTCACCTTCTTCTTCGCCTCACTCTGCATTTCCTCATTGTCTCCGAGTTTGATCACTAGGTACAGCTTTCGCACTTCTTGTTGTCTCCATTTATCCCTCATCCAACTCGCAAGAACTTCAAAATGGCGATGTCATAACTAAAAGCGGCAATATTTTTGGTCATTATATTGTTTAATCAGCATTCGCTATCTTTCATTCTTACTTGCAATTGCATAGGAAAATTTTAAGAAGTTTTGTTGTGTTTTAGGGCATCGATCCTTGGGCATCCGTGTGAAGTATCGAGGAAGAAAACATGCGAGAAGAGTAACGGCCCTGTCACTTACTTATTACATCTCCTTTACGTATTATATTTAGTGTTTAACTCCATTTACGTATGCTGCAGTCTAGGCAATTCAGGCGACGGTCTCAAATTTGGTGGTAAATGTCCTAAAATGAATTGGTTGGAACACTCCAAAGCACATAAAGATTTCTCATGCCAAAAGAAGTTTCTATGCTCGAATTTTCTTTTCTGTTTACCAGAACAAAAGCCTTCTACTACAGGATCAACTGACACTGGGTATCTAGCCCATTAATTGGCTTAAATTTCGTATATCCTTATCGAACTGCTCATACCCTTTGCCTTATTTTCATCAAGCAATGATAATTCATCGTTCGTTTTCTTTTCCCTTCTGCACTAAGTTTCCCAGTTAATTGGTACTTACTGGTCTTCGAGATTGCTTATTTTCCCTGCTGTTTGAATGCATACCATGGCAAGAGATCTGACTTTTCGAATTTCTTACTGACTTTAATTATTTTCTCAATCAATGTCTCAGACCCATATTTTATTTTTAACTATGTACTATGTATTGAATGACATAATTAAAGCTATTTTATTGATTAAACGTTGGCTAGAAAGACAATAGGGTTATTAACCTTAAAGCAAGTGACAAAAGAAATAAAAAGGCTATATTCCTCATGATTGCCTCTCTCTCCAGTCTTCCTCCCTTTTTCTGTTTGGTAGCCTCATTGGCTACCATCATGCCTCGGCTCCTCTCCTGAGCTATTTACAGTCTTTTGATCTTTAATTTTGTTTCTTTTGGATTTGGATAGTAGACCTTATAACTTTAGACCTTTCCAGGTAACTGTAGGAAGGATCTATTGAAGTTTATAGTAAATTAGAGGAAACCATACCAAAAGCGGGAAAGACATAGTTTCTCATGATTTATTAGTTTTTTCTTTTCTTGTGTTTAGGAATTTGGCCTGTCAGATGCAGAATCTTCAAAGAATACAAAGATCACAAGTTGAAAAGGTGAAATCACAACTTCATTTAAAAAGAAAAGTAAATGAAAAGAATGGTTAATTGCAACTAAAAATAATTTGTGGCAAGCTGGGAGTGTGACATGGTCATATTTTTTGGTTTGGAGGCCTTTTTGTTGGTTGCCTCCTGTTTTGTGGGCTCTTTCTTTGAATGTCCTTGTATTCTTTTGTTTTTCTCAATGAAAGTTCAGTTGATAAAAAAAAAAGAGAGAGGAATGATTTGATGTCAATCTTATCTATTTCTACCTTAGTTAATAGTGTATACATAATGTGGGAAGGTAGGAAAAGCAGTAGGTTATTTCATCGATTATGGTATAATTATTTACAAGCAGGGAACATTGTCTTTATATGTAGCATTAACCATTAGTCCTAACAATCAACCAATACTAAGAATATATGTACACATACAAATATATATTATGTATATGATATGAAGAAAAGATAAGTTTATTTCTTCTTGTTATTTTGTATAGAGTTTCATTTCTCAGTTTAAAGAGGGGAGGGAATACATACAAGCAAAAACTGAAAAACAAAAATAAAGCAAAAATTAAGGAAGCATATTTAGAGAGAAGGAAATACTAGACAAGGAAAAAACAAATGATATTAATGGGAGAATATTTTCTTATTTTCAACACTCCCCTTCAAGCTAGATTGCATATGTTGATTAAATCCAATTTGGTCTTCAATGTATGAAAAACGTTCTGGAATAGAACTTTGGTGAGTATGTTAGCAATTTGCATCTTGGTAGGCATATAGTTAAGTTTGTAGAAACTTTTAAGAGGTGTCTATTTTGTGTTTCAGCAATCCCATTTTGTTTGGGAGTATCTGGGCATGTATGTAAGTGAACAATACCTTTTTGTTTAGAAATGTTTCTAAAGACATGTTAAAGTAATCCCTAGCATTATTAGAGTGAAGAATTTGGATTGTGTTGAAGAGATTGAGTATTGTGGCATACAAAATTGAAATATGACAATAAACTTATATTTTTCTTTCATTAAAAACACCCAAGTACTGGTCAGTCTAGTATGACTATTAATGAAGGAAACAAACCATTAAGCGCTTGTTAGGTTTTTAACTCTACTTGCACCCCAAACATCACTATGCATCTTAGAAAAAGGATTAGAGAGTTTGTAGTTGCTTATCAAATATGAAGATTGAGTTTTCTTAGCCACATGCCTCACGTTGAAGAACCTGTGAACTCTTACTAAATATCTGGAAACATGAGTTTCAAATACAAAATATTGGGATGATCTAAACGAGTATGCCACAATATTATTCTACTATCACAATTGTCTTTAAATATTTGTTCATACCTAACTTCTTAACTTGGCACTTAGGAATATTCAGGACATAGGCCTGAGGATTCTTTAGCATTGTCAATTGTCGTGTACTAATTCAATCCTGAAAAGTACGATTGTGTGAGTGAAATGTTATTGCAGTGAAAATTTTAACTAGTGTAAGTTTGCTTACGGATGAAATATTACTTATAAGGTTTGGGACATGCTGACATTTTCTAAGATGAGATCTTTAGAGATAAAGACATTGCTAGTTCTCACTATTTTAGAGTAAGTCTCATCAATAGTTCTCACCTCACATGAGGTTGGTCAGTACAATCAACCTAATTCGTTAGAAGAGAGACATCACCTGTCATATGATCTAATACTCCATAATCAACAATCCAAATACTAAAATTGGTAGTTGCATTAAGAGACAAAAAGATGTACCTGATTGAGCCATTGATGCTACACTTGCTTCAGATGGCTTTTGCGTAAGTTTGGGTTGTACAAAAAGTTTTTGAAGTAAATACATTATTTTCTGAAGTAACATTACCTTTTGATGATGTACTTGGTTGATATGCTCTACCTTGTTTGTCTCCAGTTCCTTTGTTTGACTTCCAATCTGGAGGTTAACCATGAATATCCCAGCGACTTTTTTGTTGTATCCTGATTTTTGCAATGATCACTCCATGACCTAGGGTTTCATTGTTGGTTCTCATTTCCATTGTAGTTCTGATGTGAATTATCATGGTTATCATGAGTATTTATATCTGGAGTATTTACCGCATTACCGTGCTTTTGACTAAGGAGGCAAATCCACCTGATTCAAAATTTCTTATTTCTCACATCGTGAGTTTTTTTTCCTGCTTCTTTCTATTCTCACTTCTGCAAAAATCTTCTCTAGTTTTAGATAAGGGTTTGATATCGTAACACGGTAGCTCCATGAATGGACACTTCAATTTGTGAAGGTATCTTTGTATGCCACTAACATTGCTAAAGTAAAAATAAATCGTTATGACAATTCTATTTCTTGTTAATTCTTATCTAACTGTACTCTTTTTCTTGTATGAGAGTGAAAATTGGAGTTGTATACGTCCAGCGCAACTCTTGGAATACTCATTTTGAGTCAGAATAAATTTATTTCTTGTGTTTCCTGGCAGGCCTGGAATGCTCTTTCAAATTTCCAGATATCTTGTAGACACTATGCCAAACCTGGAAACACTAGACAAGTTAAGGATGTTTTTTCTGACCATCCTGCTGATACCGGAAGAATTACATCAAATAGTTTGTCTGATGCCAACGCTAGTTCTCACCATAAGAAAGTACATAGAAATTTTAGTGAATACAGTGTTGATACAACTAAACCTTCAAGTTTCGGATCAAATCTTTCCGCATCAAGTAATATTCAAGTTATGGAGGGCCAAAATGATGTAGATGGGAATAATATGGCCAGACTGCGGACGATCAATAATTCTCATTTCCAGAGGGTGGATGGCTCAGTCATTTTTGCAACTAACCAGAAAAACATATGTTCCTCTTTTTTGGAGGATGAGGATGACAAGATAATAGAGGTAATCTCGATCCACATTTATGATCTTTTATTTATTATAAAGCAAATTTAGACTCATTTTGTTTTATGGGATGACTTATAGCTATATTTCTCTGGGCAAATTTCCACATTTATCTGTAATCTGAAACAACCTTTTATTTCTGAAATCAGCTCAATTCTAATCTCTATTGTATAGAAAATAACGAACAGTTAGTTTATGGGTCGGGTAATACACACACACACATACAGTTTTGTCCGGTGAATCCGATTTGAAATTTCATGAATTGGGTACTCTTGGTTACAGAATATTGACGTGGACCAAATTGTTGAACAATACCAATCACAATCAGCCTGCACACCTCAACCTTCAGTTTCTAAGCTTCCACCAATTACTCCAATAATTGAGAAAGATAATGTTGCCAGACAAGAGGAATCTAATTATCCAGATGAGTTGTGCACTAATTGCAGTCATGGTTTCAAGGTGTCGAACATTGTATTATATCTTTATCCAATGTTCTATCTGCTATTATATTTTGTTCAGCAATTCATTGTTACCAACTTATGTTACAGATAGAACTATGCCCAGAAGCTTCAAGCCATTTGCAGGAGTTGAAAGATAGACTAATCTCTATATCAAATGACCTGCTTGATAATGTTAATAACCTGAGCCCAGTGCAGATCGATAAGCTTCGGCAAGAAAGGTTTGCTATCCAGTATCCAATCCAATTTATAAATAGGAGTTTA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MREDLGNSGDGLKFGGKCPKMNWLEHSKAHKDFSCQKKFLCSNFLFCLPEQKPSTTGSTDTGNLACQMQNLQRIQRSQVEKAWNALSNFQISCRHYAKPGNTRQVKDVFSDHPADTGRITSNSLSDANASSHHKKVHRNFSEYSVDTTKPSSFGSNLSASSNIQVMEGQNDVDGNNMARLRTINNSHFQRVDGSVIFATNQKNICSSFLEDEDDKIIENIDVDQIVEQYQSQSACTPQPSVSKLPPITPIIEKDNVARQEESNYPDELCTNCSHGFKIELCPEASSHLQELKDRLISISNDLLDNVNNLSPVQIDKLRQERVHLNKQIQLLERHISLDAVNEERRRSHLFATTVTPKTFHFETPPGVEFRTDAKLNTSYVHQDFEPRRIEPWNSMGSSYVDERFGMSSGPVEREPYIPKVIDVNYIEGSNDKKWSSRNFSWTKELEANNKKVFGNHSFRPNQREVINATMSGYDVFVLMPTGGGKSLTYQLPALICPGVTLVISPLVSLIQDQIMHLIQANISAAYLSANMEWSEQQEIFRDLSSDCSKYKLLYVTPEKVAKSDVLLRHLESLNARHLLARIVIDEAHCVSQWGHDFRPDYQVYPQKLLICLSHYLKQA Homology
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8L840 (ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RECQL4A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 530.0 bits (1364), Expect = 3.5e-149 Identity = 307/593 (51.77%), Postives = 393/593 (66.27%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FT70 (ATP-dependent DNA helicase Q-like 4B OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RECQL4B PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 451.8 bits (1161), Expect = 1.2e-125 Identity = 283/600 (47.17%), Postives = 369/600 (61.50%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O88700 (Bloom syndrome protein homolog OS=Mus musculus OX=10090 GN=Blm PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 180.3 bits (456), Expect = 6.9e-44 Identity = 98/169 (57.99%), Postives = 114/169 (67.46%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P54132 (Bloom syndrome protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=BLM PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 178.7 bits (452), Expect = 2.0e-43 Identity = 96/171 (56.14%), Postives = 116/171 (67.84%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9DEY9 (Bloom syndrome protein homolog OS=Xenopus laevis OX=8355 GN=blm PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 178.3 bits (451), Expect = 2.6e-43 Identity = 97/177 (54.80%), Postives = 115/177 (64.97%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. NCBI nr
Match: XP_011651280.1 (ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1208 bits (3126), Expect = 0.0 Identity = 602/602 (100.00%), Postives = 602/602 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. NCBI nr
Match: XP_008456059.1 (PREDICTED: ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1145 bits (2962), Expect = 0.0 Identity = 572/602 (95.02%), Postives = 583/602 (96.84%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. NCBI nr
Match: XP_008456057.1 (PREDICTED: ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1145 bits (2962), Expect = 0.0 Identity = 572/602 (95.02%), Postives = 583/602 (96.84%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. NCBI nr
Match: KGN57610.2 (hypothetical protein Csa_009478 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1073 bits (2776), Expect = 0.0 Identity = 540/540 (100.00%), Postives = 540/540 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. NCBI nr
Match: XP_031739099.1 (ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1063 bits (2749), Expect = 0.0 Identity = 535/535 (100.00%), Postives = 535/535 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0L762 (DNA helicase OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G221760 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1165 bits (3015), Expect = 0.0 Identity = 582/582 (100.00%), Postives = 582/582 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C1X6 (DNA helicase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103496104 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1145 bits (2962), Expect = 0.0 Identity = 572/602 (95.02%), Postives = 583/602 (96.84%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C3L3 (DNA helicase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103496104 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1145 bits (2962), Expect = 0.0 Identity = 572/602 (95.02%), Postives = 583/602 (96.84%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1E469 (DNA helicase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111430623 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1040 bits (2688), Expect = 0.0 Identity = 522/602 (86.71%), Postives = 554/602 (92.03%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G15360.T8 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JBZ8 (DNA helicase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111483078 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1035 bits (2675), Expect = 0.0 Identity = 521/602 (86.54%), Postives = 550/602 (91.36%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (B10) v3
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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