Cucsat.G12794.T4 (mRNA) Cucumber (B10) v3

Overview
NameCucsat.G12794.T4
TypemRNA
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv B10 (Cucumber (B10) v3)
DescriptionUnknown protein
Locationctg1838: 4429814 .. 4433489 (-)
RNA-Seq ExpressionCucsat.G12794.T4
SyntenyCucsat.G12794.T4
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATAAATTAGTAAAAAGAAGAACGAAACAAACGGAAAAAAGAGAGAGAAAAGGAAAATTCGGAGTTGACAATTTCATCCAATCCCCCGGCGGCGGCGGAGGCTGTAGATTCGTCCCTACGACGTTGGAATTCTCAGCTCGACGGTACGATCAACGAAGAGACCAAATCCGAAATTCCCTCAATCGAAGCTCCGCCATGGTGTTGAACAGTCCTCTTGTTCTTTGGGTCGCCAATATTTCTGCCGATCTCTGTCAATACATTGCTTGTAATCCCGAGCGCTTCAGCAGCCACCATGTTCTTTACCTCATCTTCTGTTTCCCTTTCCGCCATTTCCGCCGTATCTCCCTTTCCATTTTCTCCTCTCTCTGCCTTCCTTCTCTTCTCTCCTCTTCTTCCTCTTCATCCTCCGATTCCAATTCCGATTCCGATACCGACGACCTCGATTCCTACGACTACAATTCTCATTCCGATTGATTTCCTCTACTCTATTCTATTTTACCCTTTTCATCTCTTTCTGGGTTGTAGTATAATGATTGTTTATTCAATTGGATGTTTGATCTCTCTTGTAAAAACTTTATTCTATCTTTATAGTTTATACTAATGAAAACTAGACGCGTGATATTGTAAATTTCTTTGTTTCTCTTTCGTTTAACGTTTTGTTTGACTGGTGAAGCTTAGGGATTGATTGAAAGGATGCATTCCATGTACCTTGGCAGGGTTTTTGTTCTTTGATTATGTTTAATCATTGGTCTGGTTATTGATGTTGTTGATTAATTCTTAGTTTTATTTTTATTATTGTCTCTTAGGAATGAAGAAATTGGATTCTATAAGTAATTTTTGTTGCAGGATTGCTTGGATATGGCTCATCTTGTTTTCTTTTGGTTACGGCTGCTCCAGATTACGTGGAATACATGTACCAAATAGTAATGTTTCTACCTTCTTCTGCCCTTTATACATTACTTGAGATGGGGCTAGTGTTTGATTGATTTAATATGTTGCACTTCTTGCAATTTTTCATCATAAACTCTGGTGGGCATATTTTACCCTATCTTGTACTATGTTTTATATAGTTTCCATGCCACGTGGTTTATCTAGTTTCTTCTTGAGCTGATTTTGATATTAAGTGGAATCTTTGCTTTTGAGGCTCTTATCGAGTTTTTGATCAATGTAGATACAATGCAGGCATCGTTAGTCCCATGTGAAGACCGTAAGCTGGGGTCTTGATTCTATTCAAGTGCTTTCTTTCAAATCTTTGTTGAAATTCCTTTCCAAATCGTGTTCATCACTTTTAATGATCTTAATGGCTTAATCTTTGAAAGTTCATGCATCTTCGTTGGCTTTTGGTGTTAAGTAGTCATGATTTATTTGATATCTACCAAAGAAAAGTCCTTTACTTTCTGTCGAATGTGATTCTAAATCTTGGCTAATTAGTATTTATTTACTTTCCATTTGGTGAGGGAAGTTAATTAATATTTATTTACTTTCCATTTGGTGAGGGAAGTTAATTAGTATTTATTTACTTTCCATTTGGTGAGAGAAGTTTAGTTCAAACTCCTTTTTCAAGTTGATGTTTCTTATTTTATACTTAAAGCTGCAAGCTTCCATCTGAAGAAGAGTGTTCTTTTGGGACTCTCTTATTCTGGTGCTTATTTGGTGTTGTGATTAGACTTAGAGATAAGAGGGCTTTATGGATTAGATTAAGTCAAATTTGGCAAAGGTTGAAGTTTGCTCTCATTTAGGATTAAAAATGTTAAAATGGTCGATTTGTTTCTTCTTTTGCTAATCTGTATTTATTGGGTTTGTTTCTTCTTTTGCTGGTTTGCATCATCATACACGAAACTCTTTTCTGTAAATTCTCCCATTTTCTTTTGTGCACAATTCCCGTGTTGCTTCAAATTTTATTATGAAATAGGTGTTTGTCCCTCTATTTGGTCTTCCCGTTTCTATCTTACTAAGCAGGCATGAGGAACGTAAATGCCAAAAAGCGCCTTCCCCCTTTTTGTTAAAAAGTCTCGGACATGTTAGAAGGTGAAAAGTTTAGTTGATGGAAGCTGTATGCATTGCCTTCATTGATGTCAGACAATTGTATGTACATAAAGAGATTTATACATGCATATTAAAGTTTAATATTGGATACACAATAAAGAAAAATTTAACAAGTCTAGCTTCATGAAATTACAATTAACCATGGCATGATTTAACTCTTCGTTACTCGTATAAATGATCACATGGTCTGAAACTCTATTCTGTCGAAAGCTTGTGGTTAGAGGTTGATATTCAATGTTTGAGGAGGTATTTTTTAATCATCTTTTTCATGACAAAGGAAGGGTACTTTGGCATCTTTTTTTTTCCTCTCACTTTGTTGGGGGTATTAGGCTTGAGAAGAATAGTAGAATCTCTAGGATGTGATTAGGATTAAGTTTAACACATCCATGTAGGCGTTGGCTAATACAATTCTTTTGTAGCTATCATTTTGGTATTATATTATTTTTTATGGGAACCTCTTTCTGTAATTGAGCGTGAAGAGCTTTTTTGTTCAAAGGTTTGTTGTTTCTTGCAGAGGGAAAAAAAAATTCACTGTACCTTCTTCATGGTCGGATATCCGTCCTGTTTTAGTTTTAGCATTTGCTATGTGACTATTACATTATCTATTTGATTGTTTCATCCCTACTTTATGTGCATGTCCTTTTTATATTTTTTTCTCAAGAGCCTGTTCATTTTGACTTACAGCTTGTTGAAGTCGCTTTTCGATTTTACTTGTTATTCTTACCTCACTGCAGCCTGATGGTCGCTCTTGACCTTAACTTAGCTATTCATGGGTTGTGTTAATCTGAAGCCAAATGAACATCACAAAATTGAGTGTTGGGTCCATTCTGCCTTCAGTTGGTCGTTGATGATGGTTAGAGAATTCTGGCAGCAGTACGCTATTGCTTTCAGCTTCTCAGCGTCTAAAGTTGAGCCTGGTTAGCTAAAACAAATCTGCCCTCTTCGGTTGCATATTTTATTTATGTTGTTTACTGTTATATGTAATCTATGATGAAAGTAATTCTCTTCATTTATATACCAGGGTTTTCTTTCTTTCTTTCCTGAACGCTGAAACTCGATTTATAATTAAAGAAATACCAGATCTATGATTAGTAGCAGTTTGTTACTATCTTATTTCAAAAATTGGTGGGTCAGATATTCAGAGTTAATAGTTGAAATGTGTTGTTCCCGCTTATAGGTCTTCTGAGATAGATAATGTTTTGAATTGAATATAGGTTTTGTTTAGCTGTTTGCCACTTGGAGTAGGTGAATGAATTTGGCATATTTATTGAAAAAGACTATAGTAGGTGATGGTTTTCAATGCTTGGGCTTGATGGGAAGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCCCCACATGCTGGAAAAGCTTCTTATTTTCTGCCAACGGTGGAGTCTCCAATTGTGCTGTGTTTAAAGAGCTTCTTACTGAGGTGATGTAAGTGCGTGTAAAGTAGGGAATTGTTTGGAGAGCTGAAATTTTGAGAATGAGAGTAGTGTTAAAAAACGCAAGTAAGAAAAAATTATAATGAAAATGAAATCGTTAAATATGAAAACAATTAGAGAGAAAATTTTGGATTGAAAACTGTTGGAACGAGATCAATTGTGTAGTATAAAAAATCCAACTTATTCTTGAGCCT

Coding sequence (CDS)

ATGTTCTTTACCTCATCTTCTGTTTCCCTTTCCGCCATTTCCGCCGTATCTCCCTTTCCATTTTCTCCTCTCTCTGCCTTCCTTCTCTTCTCTCCTCTTCTTCCTCTTCATCCTCCGATTCCAATTCCGATTCCGATACCGACGACCTCGATTCCTACGACTACAATTCTCATTCCGATTGATTTCCTCTACTCTATTCTATTTTACCCTTTTCATCTCTTTCTGGGTTGTAGTATAATGATTGTTTATTCAATTGGATGTTTGATCTCTCTTGTAAAAACTTTATTCTATCTTTATAGTTTATACTAA

Protein sequence

MFFTSSSVSLSAISAVSPFPFSPLSAFLLFSPLLPLHPPIPIPIPIPTTSIPTTTILIPIDFLYSILFYPFHLFLGCSIMIVYSIGCLISLVKTLFYLYSLY
Homology
[Close]
BLAST of Cucsat.G12794.T4 vs. NCBI nr
Match: KAE8651275.1 (hypothetical protein Csa_002005 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 184 bits (467), Expect = 2.99e-58
Identity = 102/102 (100.00%), Postives = 102/102 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MFFTSSSVSLSAISAVSPFPFSPLSAFLLFSPLLPLHPPIPIPIPIPTTSIPTTTILIPI 60
           MFFTSSSVSLSAISAVSPFPFSPLSAFLLFSPLLPLHPPIPIPIPIPTTSIPTTTILIPI
Sbjct: 1   MFFTSSSVSLSAISAVSPFPFSPLSAFLLFSPLLPLHPPIPIPIPIPTTSIPTTTILIPI 60

Query: 61  DFLYSILFYPFHLFLGCSIMIVYSIGCLISLVKTLFYLYSLY 102
           DFLYSILFYPFHLFLGCSIMIVYSIGCLISLVKTLFYLYSLY
Sbjct: 61  DFLYSILFYPFHLFLGCSIMIVYSIGCLISLVKTLFYLYSLY 102

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cucsat.G12794.T4 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cucsat.G12794.T4 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8651275.12.99e-58100.00hypothetical protein Csa_002005 [Cucumis sativus][more]
BLAST of Cucsat.G12794.T4 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Cucsat.G12794Cucsat.G12794gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cucsat.G12794.T4.E1Cucsat.G12794.T4.E1exon
Cucsat.G12794.T4.E2Cucsat.G12794.T4.E2exon
Cucsat.G12794.T4.E3Cucsat.G12794.T4.E3exon
Cucsat.G12794.T4.E4Cucsat.G12794.T4.E4exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cucsat.G12794.T4.C1Cucsat.G12794.T4.C1CDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cucsat.G12794.T4Cucsat.G12794.T4-proteinpolypeptide