CmaCh06G004980.1 (mRNA) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh06G004980.1
TypemRNA
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr06: 2342651 .. 2348947 (-)
Sequence length345
RNA-Seq ExpressionCmaCh06G004980.1
SyntenyCmaCh06G004980.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATCATTTTCCAGATACTTATGAATTTCCATCTTCCTCTTTAATGAGGTTTCGCACCAATTTATCGATGGAACACAAATTTAGAGCAGCAAATGCTTGGAATGGTGTAATATAAGTGAGCAATTCTCTTGCAGGAATGAAGGCGAGGATCGTTTTGGGGAAGGTTTATAATTACATTCGGTATGATTTGAAGCAAATTGCATTTCCTTCGTCGTTGCCAGATCCTCCGCAGCTTCGAAAGCCTACATAGCATGAACGATTATTGGTAGATTCTTATTCTTTGATGATCTCGTTTTCTTTTGTTGGCTTTGCTGCTGTTTTTATTTCTTCTGCAATTCTTTAGTTAAGGATTGATAAGTTGCAATCAGTGATTGAAAGTTAAAGAGTTAATTGCTAGGAGATCGACTTACGTATAGTTAACTCGATTGCTAATTGAATGTTTGCTTGTTATTTAATTGCTCATTGAAAATTTGATTCTGCAACAAAAAGTCTAAGGATAATAAACACTCGACACTGGAAGACCTTGGTAACCGACCTTTGTGTTATAGTTTGATTCGAATGCTCTAGATTGAAGTGAAATATTCGCCAATTCTTGTTATCAGATATTCGAATGCTCTAATTGATTCTTACTTGAACATGATTTTCAGTGCAATTGTGATTGGTGTGTTTTGTCTACTGATTTCTGGTTCCTGATCAAACAAATCTGTTGATGCGTAAGATAAAATTGCTTCAAGTTCAAATGCCCAATATTGATAAAATTTCCTTAATATCTAATGCTTGTGGAAATAATAGTGATAGGTATTCCCGGTTTTGTAACTCTTGTCAAGCCTTCCTTGCTACCAATGGAAAAAGTTGAAGATGTGTGAACAGAATGGTCATAGATAGCAGTGTTCTAAGAGAAGGTTCTAGTCATTGTTTTGTGGTTAATCTTTGCTCCCCCTGTTTTAAAGTTCGAAACGAGAGAGATTTTCTTGCAACTAGATTATGATATCTATAAATTTATTTCTGTATCCTATTTTAATTAGATTTAACACTCATCTTACGGCTGATGATGTTAATAAGATATCCAACTATAAATTCTCAGGATAGAAGTAGCTGCCAATAACATCACTGATCGAACTATGTTGTGTGGTATTGATTCATTCATTTGACTAAATTCTACTCTTCAGATTAAGCTTGTGGGATTGTGACTTACGCTTGTCTCAAATGATCTCTCCCTTTGTTTTGAAACGCACTTTCACTCTTTGATTTAACTTTACAATAAATATAAGACATGCTTATATTTGGTAATTGGAAATCTTACCATAGTCTCCTATCAGGAGGGAGAAAAGGTTCTAGAATTCTTGATTATGGGATATCGATGTTTTCGACTAGGAGTTCTAGATGATTCCTACTTGTCGATGCTAATCATTTATTATAACAGGAAGTTATTTTCTTACACAAAAGTGAGGTCAAACAAACAAAGGAACAAAAAGGAGCCAAAGTTCAAGTGGAAAATAGAATAGCAAAGGAGACTAGAAGTAATATCACCCGATTATCAGAAATTAAACAGGGGTGTATCTCATAAAAGAAAAGGCTAGAAGTCCAAAATGAGGTGCACAAGTCCTCGTAGATCCTCTTATTCTTCTCGTGCCAAATACTTGCGCATGTTATACAAGCAACTATCAAGCCAAAGAAATATTCCCTTTACCACAAACAGAGGACTCAGAATAACCTGCAACAATCTCTATAGTCTTGATTATGCGTAATGCTTAACTTAAAGTTTACTAGAATCTATTTTATGTTTGTGTCAAAAACAAATAATGCCAAAAAAATATGAATCCAATCCACAATTGTACACCATTGAGGTGAAAGGTGAAAGGAAACAGACCATTAGATAACGTCAATTTCAGTGGTGTCAATTCTCTCCAGAGTCACTCATTAAGCAAAAATCCTTATCTCTTACAGAATGTCTACATTTAAAGCTTAGTATAGAAATAAGAGTTTGGTTTTAAAAAAAGAGTTTCTCAGAACAACTTTCAGCACAATTATTATGCATAATCATTTGAAAAGTTCAACGTGAGAATATGGTTCATTGTATAACTTGAACGCAAGATGGGAAAATTGAGTTTCAATTTTGAGAATTAGACCTGTAATGGAGATTGAAAGTTTGAAACTGAAAACCAATGGTTATCCCTCAGATTGGTTTAACTGAGTTGAGATGCATTGGTGATTAACCTCGATGACGTGTCCTTTTTTTTTTTCTTCTTTTCATTTTAGACTATATTGTGTGTGGTCCGTGATGTATTAAAGTTGAGTTTGTGCATAAAAATTGAGGTCTTATCATGGTCCACCACTCTAATAGGAGAACCGTCGGTTTCTTTAAGTTAATCATGAACTTTAAGTTCCCTTATTCTGTTATCTTTTCTTTATCTCCCACTTGGGTGCATCTTCTGTTGCAATGAAAGTTTTCTCTTCTACTTTCAACCTGGTATTTATTGAATTCAATATTCCTGATAAGATTGCCCATTTTTCCTTTGTTGCAAAAACAAAAATCCAGCTGTGGCTGCAAGAAGAGGAATGGAGACATTAAAACCAACTTTGCAGCGGGTTTATATGACTAGAGCTTCTGCATATAGAGAAGCAATTTTATAGATGGGTATCAAGAAGGTATTCAGCAAGTCATGGAGAAGAAGAAAGTTTCTGATTCTCAATCGGGAAGCGATAAAATCAAATATAAATTTCTGATCCTATTTATGCTTCATGTTTAAAGGATTGGGCAGTTCAGTTTGCAGTTGTAAAAATTGTTTGAGTTGAGATAAAATTTTATCTCCGGAGGTGCTATTTGATATATGTACAGTTTTGAGAATCTCATAATATAAACTACAAACACACAGTCATTAGAAGGATGGCAATTGTCAGTTATTTTAATTTGTAAGGTCTGGTTTACAATTGATCTCAAGTTGGATAAGTTTTCCTCAACGCTTCAGGTGTGAATTGTACATTGCAGCCGGCCCCTACATTCACATTAAGACCACTCAAGCTTTTTAATCATGTCATGAGGTATCTGCATGGTGGATTGAATGTCCGGTACAACCATAACTCTATGATTTGACAAGAAAACGTTGGACGCTGATTTTGCAAATTGAGAAAGAAATGTAGTGGCATAGTTAGGTCATAAGATGCTGTGAAGATGCTCAAAGTACACTTTATTGTGGTTAGATGGAAGGCTGAAAATGACTGGCGTTACAGGGATTGAAGGGCCCATTTAGAATTGGGTCGAGCTTCCAATGTTCGAGCTACCATCTGACTTTTCCAGCGGAGCCGGAATTGTTGAAAACTAATGAGGTACCGATTGTTCCATCTTTTTATGCTCTTCGATTGTAGAAAGAAAGTAATAGTGGGGTTGCTCAATATCGTGTCTACTGTCTAGGTTCATGCTTGGCATTGCTTCTAATATTTTCAAGCACATGGTTCTTGCTTTCAAGTCTTATTTTTATAATAGGTTAAAAGTCCTTTTTTGGATAGAATAACCAGGTGATTTGCCTAAAGATAAATTGACTTCATTTATATGATTTTTTTTTTTTCCTCGAGTCATTTCTGTTAAGAGAATTGATTATGGTAGCATGAGCTTAACATCCTTATTGTCTTGGCTCATCTCAGTGTATAATTTGAAGAGTTTGTTCAAGAAGTATGATAGATCCTGATAAAGAATCGAGCGACTCTTATCTTTATCAACTAATGATTGTTTGGCGTCGTAGTTTCACAGAAACTTATGCAGGCATTGAAACCAATTACCATCGGTGAGTACCGATATCGACTAATTTTGGTGTTGTTGCTTGTTTCTGCTTGAGTCACGAAAGTATTTTTAATGCACTATTGGGTGAAGTTTGCTGGGTCAGAAATATTCAAAAGCAAATCAACTGATTGATGAAAAGATAAGTGGAATGAACCGTGGACGAATTCTCTCTTGCTGTTACTATATATGTACTGTACTTAGTCATGCATAATTGAATTATGCTTGCCAAACATATCCCTTAGTAGGAGTCCTTTCATTCCTTCGATTAGCAATTTCTTCGGTGCCAATGATAGCTTGCACACATATCTGGGGACCCCCTACTTTCAAAGCCACTGATGAAGATTGGAAAATCATCAACCAGGAAGGTCAATGGTTATCTCTCCTGTCTGCACATTTATGGGCCCCGCAAGCAAGATTTCCTAACTCACCTTTTCATCATTCCCACAGGTAATAATACGCTGATTTTCTGTTTAATTCAGCCACTAGTTGATGATATATTTCTTATAATAATTCTGCAAGCTGTACTGAACATTTGCACCACATTTTCGATGTATGTAGACAGGACACGATACCATGCTAATCATCAATGCACTATCTCATTACTTACTTTTCCCCAAAAAGTAAATGATTTTAAATAAAGAAAAGGGCTTATATATACGTTTTGTCTAACCAATTCATAGACACATCACCTTTTTACTGTGCTGTGTTTTCATTTGTCCTATAGGCTACACCACAAATATAGAGATGAAATGTAACAAACAATATGTCAGCATACTATACATTTTATAATCCTGATTGGTACCGTGTTGATTGCTAATGGACTAGTTGGTTTCTTTGAAGTTATATGGATAGCATGTTGAAAAGAAACATATTCTCTGTTTGAAAATATGATAATAAGAACTCCACAATGAAGGTTAAACCAATTACAGTAGAGTGAGATGCAGTGGAACTAAAGTTTTCTTCTTTTTTATATGTTGCTGGAACGTACTTGACCTGAAATCTGATAGGTTTCTTCCTGAAATCAATGGCTGGGGCACTGCATACTTTATCGAAATATAGCCATGGAATAGATAGCCAGGGGAATTTGGACGCTCATTCAGGGTGACTTTGGTCTAGTATTTCAGTGTGTAGTCTTTTCAATTGAACAATACTTCTAAATCATATAACCAAACATAATAGTATTTTTAACCTTTTGTTTTCAATACTTCATCTGTAGCTTC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mRNA sequence

ATGGATCATTTTCCAGATACTTATGAATTTCCATCTTCCTCTTTAATGAGGTTTCGCACCAATTTATCGATGGAACACAAATTTAGAGCAGCAAATGCTTGGAATGGAATGAAGGCGAGGATCGTTTTGGGGAAGACTATATTGTGTGTGGTCCGTGATGTCTGGTTTACAATTGATCTCAAGTTGGATAAGTTTTCCTCAACGCTTCAGGTTAAAAGTCCTTTTTTGGATAGAATAACCAGAAAAGGCATGTTCATCAAACAAAGTTCAATTTGTAGGACAGACTACAAAATAGTGAACTGGTTGAGCTTGTATGTATTGATCCCAGATTGCTACAATGTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGATCATTTTCCAGATACTTATGAATTTCCATCTTCCTCTTTAATGAGGTTTCGCACCAATTTATCGATGGAACACAAATTTAGAGCAGCAAATGCTTGGAATGGAATGAAGGCGAGGATCGTTTTGGGGAAGACTATATTGTGTGTGGTCCGTGATGTCTGGTTTACAATTGATCTCAAGTTGGATAAGTTTTCCTCAACGCTTCAGGTTAAAAGTCCTTTTTTGGATAGAATAACCAGAAAAGGCATGTTCATCAAACAAAGTTCAATTTGTAGGACAGACTACAAAATAGTGAACTGGTTGAGCTTGTATGTATTGATCCCAGATTGCTACAATGTTTGA

Protein sequence

MDHFPDTYEFPSSSLMRFRTNLSMEHKFRAANAWNGMKARIVLGKTILCVVRDVWFTIDLKLDKFSSTLQVKSPFLDRITRKGMFIKQSSICRTDYKIVNWLSLYVLIPDCYNV
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
CmaCh06G004980CmaCh06G004980gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh06G004980.1:exon:1838CmaCh06G004980.1:exon:1838exon
CmaCh06G004980.1:exon:1837CmaCh06G004980.1:exon:1837exon
CmaCh06G004980.1:exon:1836CmaCh06G004980.1:exon:1836exon
CmaCh06G004980.1:exon:1835CmaCh06G004980.1:exon:1835exon
CmaCh06G004980.1:exon:1834CmaCh06G004980.1:exon:1834exon
CmaCh06G004980.1:exon:1833CmaCh06G004980.1:exon:1833exon
CmaCh06G004980.1:exon:1832CmaCh06G004980.1:exon:1832exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_7CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_6CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_5CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_4CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_3CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cds_2CDS
CmaCh06G004980.1:cdsCmaCh06G004980.1:cdsCDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh06G004980.1CmaCh06G004980.1-proteinpolypeptide