Clc08G16450.1 (mRNA) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc08G16450.1
TypemRNA
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr08: 26946024 .. 26949657 (+)
Sequence length3464
RNA-Seq ExpressionClc08G16450.1
SyntenyClc08G16450.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CCTATAAAATAGAAAGGAAAGAAATTTAAATAAATATGACAAATTTACTATCATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATGCAATATGTAAAGTTTTTGGTGTTTTGCCATCCATTTTTCTTGTCATTTTTTTTGTGCTTATTTATTTATTTATTTATTATTATTACTATTATTATAATTTATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATCATCTTTTTTTTTAGTTTATTTTTTTTATATTCTTCATTTGACATTTTTCTTAGCCTTTATTTGTCTATTTTATCTTCCAACTATTTGTTTTGTTACTATTTTTGCATATTCATGTTGTATTATAATCAAGTGATATTGGTCTAATGTTCTTAATCTTCGTTTATCATTATTTTTTTTTATAAAAAAAAAAAATCAACAACGGATTCTAGAAATATTTGGGAGTCCGATTTTCTAGATTCTTGAGGTGAGGAAATTGATTCTTTGGGAGTCCGAGATCGATCTCCAATATATATTTTATTAAATTTTATTATGCCCCTCTTATGTTGCTTCATTTATTTTGATGCATATTTAATTATGTTTTTCTCATATAATGTTCATATGAAGTCTTATTTGATTTCTAATTAAAATTTCTCAAAGTTTTTTAGATATTTCCCAATTAAAATTTCTCAAAGTTTTAAAATCCTTCTAATTTAAATTTCTCTAAGTTTTTAAAAGTTTTTCACAAGACTTTTTCTAAATCATTTAAATTTCTTTTCTTTAAATTTACACATTTTGAGTTTTCAAACATTAAAAAATTGATCTATGATTTCAAAAGGTTTTCTAATCCATTCCTTCTCTAATAACTTGTTTTTAAGACCGTTTTTCTAAAAAAATCCTATGATGGAATTTAGGAAATTAAGGACTCCGATTTCCTAGAGTTCTTAAGGTGAGATATCACATCTTTGGGAGTCCGAGATTTGATCTCAAGAAAAAAATGAATTTAATGAATGTTTAAAAAAAAAACTTCATTTATTTAAAGACTATTGTGATGGATTTTGAGAAAATGTAATAATTTATCACTTTCTTGAGATGAAAAATTTTTCCTCAATTATAATATAGTCAAATTGATGGAATTTGTTCCACTTATTTTATGAGATCATTGCTTCAAATATTGGAGTAATGAGGGGTAAAATAAGACATTATTTTCTTTTTAAAAAATTAAACAATACTTTTGATTCAAGATAAAAATAAATTGGTCACCGTTTTGCTTAACGGGTGTAGTGGGGTGCTAACACCTTCCCCATACACAAATGACTCCCGAACTCAACTCTAGTTTTCGTAGACCATTTTTTATTTTTAATTAAAAATTGTTTATTTTACTTCGGTGTCCAATCACACCGTAAAAAAGATTGGTGGCGACTCCTCTTTTTTTTTATTTTTTTATTTTCTTTTAAAATTAACCCTTTTCGAGGATGTCGGCCGCTCCGCGTCGTCTTGGGCACATGGCGACAACTAATAAACATGGACATGCTCTATTTGTAAATAAATTAGCTCATTTTAGTAAATTTAAAAATGGAACATAATTTAACTTCATAAAAGTTTAATCTAATTTATTATATTTTATTTGCATATGACTAATAATTATATCGTTACAAAATAAATATTTTAAAAAACAAAGAGTATGAAAATATTTATAAAAATAGCTATAGCGGAAAAAATTTTTTCTTTTCATTTTTCCCATTTTATTGTGACAACCCAAATCATTAAGATAAATTCTCCTATTAAGTTAATTTAAGTCATTATGCATCAAAAAGAAAATATATATATATAGATAGATAGATAGGTATTTATTTATTTATTTAGATTAAGGAGGAAAGTTTTTAAAATTGGTATTTGTAGTGGTTGGTGAGACTTAGGTGGATTTAAGTAAATTTTTGGAATTGGCAAGTGATAACTTATTTTGGGGCAAATAAAATAAAATAAGTAGATTTGATTGGGTTGAAGTTTTAAATAAAGAAGATTTTTTTTTTATTTTTGGTGAAAAGGGAAAGGTATAGTTAATGATTTAAGGAGGGAAAGTAACTAGGGTTTATTTTAAATCCTCCTCGGTTTGCGTGCAAGTTAAAAAAAAAAAAAGAACTCTCCCCTTTCTCTCTCCCCCTTCCTCCCCGATTTCCTCCGCCGCCGTCGCCTCCTTCTTTTTTTTTCGTTTTCTCTCTCCACCGCCACACTCTCTCCTACCTCTGCCTCCGCCATCTCTCGCTCTCAGTCGCCGCTCACTTTCCCTGAAGTTCACGGCTCAGAATCACGTCTCTCTCTCCCATGATCACGCTCTCACGCTCTTCCACTCTCTCGCTCTCTCGCTCTCCCGCTCTCTCGGACTCTCGCCCTCTCGCTCTCTCGCTCTCGCTCAGAATCTCGCGCTCGGCTACGACTGATTGCTCGCCTGACCGTCAGTCGCCGGACCAACATTCCCTAAGTGAGTATCTCGAACCTGAGTAGGTTAGTAGCGTGCTTCGGTAAATCTTTGGGAATATGAATTAATTGGTAACATCTTGATAGGTGGTCGGCGATTACTTTGGTTCGTAGGATCGGAGGAAACTGCGAGTTTAGCCACGTTCGGGTAAGGACTCTCTCGAATGAACTTTGAGTTTACTTATGACGGGTTAGGCTTGATGAATAACTTAAGTTAAGGGAATTGTATTTCCAGTTTATTTAGGAATTTTGCGAGAGTTGCGGTGTGGTTAGCCTTATAGATCAACCCTCAGGTAAGTGATCTTACTACCTGAACCACCTTCGGGCCATATGTTTAGTTGCCAGTAGATCTCTAAAGCTGCTTATAATATAATATGGTTGCATGAAATTTCCATGACTTAAAGTTGTATGTTCCTGATAGTGTATAAGCTTATGCTATGAGATGTTTATGAACATTACTGTTAATGTATGAATCCATGGAATGGAATGAGTGTGACTTGGTTGATCGTGTATGATGAGTAGTGGTGACTCCCCTACGTTGGTTAGGTGTCCACAGGAGGTTGTGTTCCTTCGGGTTCACTGGAGGTTGTGTTCCTTCGGGATCACTAGAGGATGTGTTCTTTCGGGTTCACTAGAGGTCGTGCTCCTTCGGGTACACTAGAGGTTTGTGTCCTTCGGGATCACTAGAGGTAAGAGTCTCCTTCGGGGCTCACTAGAGGTTTGTGGGCATCCATAACCAACGGTGGAGCGGGTGTAACCATTCCCCTATAGAAGTATGATAGATATGCATGTCTCATGTTCGACGCACTTAATGGACTTAGGTGCCTAGCCCGACTCCGGTAGTGGAGTCACTTACTGAGTAATATAATTACTCATCCTTTCTTCTTATATGTTTTTCAGGTAAAGGAAGGAATGTGTCGGTGAATGACAAGAAGAATCCTTGATGGCATCACGGGACCCATAGTAGCTTCCGCTTAGTCTTGCATTTTTTACTGAAATTTTGTCCAACTGTCTAATTTTATTTTGAGACTCGTCTCCTTAGTTGTTTATGTGGATTTTCATTCATGAAGCTTCTTTTATTGATTTCCTTAGAGGTACCCCGAACCAAAATTTCCTTTTATTTGTTATTGCATTGATTTCTTGAATTAAAACAAGTATAAATTTTTATG

mRNA sequence

CCTATAAAATAGAAAGGAAAGAAATTTAAATAAATATGACAAATTTACTATCATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATGCAATATGTAAAGTTTTTGGTGTTTTGCCATCCATTTTTCTTGTCATTTTTTTTGTGCTTATTTATTTATTTATTTATTATTATTACTATTATTATAATTTATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATCATCTTTTTTTTTAGTTTATTTTTTTTATATTCTTCATTTGACATTTTTCTTAGCCTTTATTTGTCTATTTTATCTTCCAACTATTTGTTTTGTTACTATTTTTGCATATTCATGTTGTATTATAATCAAGTGATATTGGTCTAATGTTCTTAATCTTCGTTTATCATTATTTTTTTTTATAAAAAAAAAAAATCAACAACGGATTCTAGAAATATTTGGGAGTCCGATTTTCTAGATTCTTGAGGTGAGGAAATTGATTCTTTGGGAGTCCGAGATCGATCTCCAATATATATTTTATTAAATTTTATTATGCCCCTCTTATGTTGCTTCATTTATTTTGATGCATATTTAATTATGTTTTTCTCATATAATGTTCATATGAAGTCTTATTTGATTTCTAATTAAAATTTCTCAAAGTTTTTTAGATATTTCCCAATTAAAATTTCTCAAAGTTTTAAAATCCTTCTAATTTAAATTTCTCTAAGTTTTTAAAAGTTTTTCACAAGACTTTTTCTAAATCATTTAAATTTCTTTTCTTTAAATTTACACATTTTGAGTTTTCAAACATTAAAAAATTGATCTATGATTTCAAAAGGTTTTCTAATCCATTCCTTCTCTAATAACTTGTTTTTAAGACCGTTTTTCTAAAAAAATCCTATGATGGAATTTAGGAAATTAAGGACTCCGATTTCCTAGAGTTCTTAAGGTGAGATATCACATCTTTGGGAGTCCGAGATTTGATCTCAAGAAAAAAATGAATTTAATGAATGTTTAAAAAAAAAACTTCATTTATTTAAAGACTATTGTGATGGATTTTGAGAAAATGTAATAATTTATCACTTTCTTGAGATGAAAAATTTTTCCTCAATTATAATATAGTCAAATTGATGGAATTTGTTCCACTTATTTTATGAGATCATTGCTTCAAATATTGGAGTAATGAGGGGTAAAATAAGACATTATTTTCTTTTTAAAAAATTAAACAATACTTTTGATTCAAGATAAAAATAAATTGGTCACCGTTTTGCTTAACGGGTGTAGTGGGGTGCTAACACCTTCCCCATACACAAATGACTCCCGAACTCAACTCTAGTTTTCGTAGACCATTTTTTATTTTTAATTAAAAATTGTTTATTTTACTTCGGTGTCCAATCACACCGTAAAAAAGATTGGTGGCGACTCCTCTTTTTTTTTATTTTTTTATTTTCTTTTAAAATTAACCCTTTTCGAGGATGTCGGCCGCTCCGCGTCGTCTTGGGCACATGGCGACAACTAATAAACATGGACATGCTCTATTTGTAAATAAATTAGCTCATTTTAGTAAATTTAAAAATGGAACATAATTTAACTTCATAAAAGTTTAATCTAATTTATTATATTTTATTTGCATATGACTAATAATTATATCGTTACAAAATAAATATTTTAAAAAACAAAGAGTATGAAAATATTTATAAAAATAGCTATAGCGGAAAAAATTTTTTCTTTTCATTTTTCCCATTTTATTGTGACAACCCAAATCATTAAGATAAATTCTCCTATTAAGTTAATTTAAGTCATTATGCATCAAAAAGAAAATATATATATATAGATAGATAGATAGGTATTTATTTATTTATTTAGATTAAGGAGGAAAGTTTTTAAAATTGGTATTTGTAGTGGTTGGTGAGACTTAGGTGGATTTAAGTAAATTTTTGGAATTGGCAAGTGATAACTTATTTTGGGGCAAATAAAATAAAATAAGTAGATTTGATTGGGTTGAAGTTTTAAATAAAGAAGATTTTTTTTTTATTTTTGGTGAAAAGGGAAAGGTATAGTTAATGATTTAAGGAGGGAAAGTAACTAGGGTTTATTTTAAATCCTCCTCGGTTTGCGTGCAAGTTAAAAAAAAAAAAAGAACTCTCCCCTTTCTCTCTCCCCCTTCCTCCCCGATTTCCTCCGCCGCCGTCGCCTCCTTCTTTTTTTTTCGTTTTCTCTCTCCACCGCCACACTCTCTCCTACCTCTGCCTCCGCCATCTCTCGCTCTCAGTCGCCGCTCACTTTCCCTGAAGTTCACGGCTCAGAATCACGTCTCTCTCTCCCATGATCACGCTCTCACGCTCTTCCACTCTCTCGCTCTCTCGCTCTCCCGCTCTCTCGGACTCTCGCCCTCTCGCTCTCTCGCTCTCGCTCAGAATCTCGCGCTCGGCTACGACTGATTGCTCGCCTGACCGTCAGTCGCCGGACCAACATTCCCTAAGTGGTCGGCGATTACTTTGGTTCGTAGGATCGGAGGAAACTGCGAGTTTAGCCACGTTCGGTTTATTTAGGAATTTTGCGAGAGTTGCGGTGTGGTTAGCCTTATAGATCAACCCTCAGGTAAGTGATCTTACTACCTGAACCACCTTCGGGCCATATGTTTAGTTGCCAGTAGATCTCTAAAGCTGCTTATAATATAATATGGTTGCATGAAATTTCCATGACTTAAAGTTGTATGTTCCTGATAGTGTATAAGCTTATGCTATGAGATGTTTATGAACATTACTGTTAATGTATGAATCCATGGAATGGAATGAGTGTGACTTGGTTGATCGTGTATGATGAGTAGTGGTGACTCCCCTACGTTGGTTAGGTGTCCACAGGAGGTTGTGTTCCTTCGGGTTCACTGGAGGTTGTGTTCCTTCGGGATCACTAGAGGATGTGTTCTTTCGGGTTCACTAGAGGTCGTGCTCCTTCGGGTACACTAGAGGTTTGTGTCCTTCGGGATCACTAGAGGTAAGAGTCTCCTTCGGGGCTCACTAGAGGTTTGTGGGCATCCATAACCAACGGTGGAGCGGGTGTAACCATTCCCCTATAGAAGTATGATAGATATGCATGTCTCATGTTCGACGCACTTAATGGACTTAGGTGCCTAGCCCGACTCCGGTAGTGGAGTCACTTACTGAGTAATATAATTACTCATCCTTTCTTCTTATATGTTTTTCAGGTAAAGGAAGGAATGTGTCGGTGAATGACAAGAAGAATCCTTGATGGCATCACGGGACCCATAGTAGCTTCCGCTTAGTCTTGCATTTTTTACTGAAATTTTGTCCAACTGTCTAATTTTATTTTGAGACTCGTCTCCTTAGTTGTTTATGTGGATTTTCATTCATGAAGCTTCTTTTATTGATTTCCTTAGAGGTACCCCGAACCAAAATTTCCTTTTATTTGTTATTGCATTGATTTCTTGAATTAAAACAAGTATAAATTTTTATG

Coding sequence (CDS)

ATGATCACGCTCTCACGCTCTTCCACTCTCTCGCTCTCTCGCTCTCCCGCTCTCTCGGACTCTCGCCCTCTCGCTCTCTCGCTCTCGCTCAGAATCTCGCGCTCGGCTACGACTGATTGCTCGCCTGACCGTCAGTCGCCGGACCAACATTCCCTAAGTGGTCGGCGATTACTTTGGTTCGTAGGATCGGAGGAAACTGCGAGTTTAGCCACGTTCGGTTTATTTAGGAATTTTGCGAGAGTTGCGGTGTGGTTAGCCTTATAG

Protein sequence

MITLSRSSTLSLSRSPALSDSRPLALSLSLRISRSATTDCSPDRQSPDQHSLSGRRLLWFVGSEETASLATFGLFRNFARVAVWLAL
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc08G16450.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc08G16450.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc08G16450.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc08G16450.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..22

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450Clc08G16450gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450.1-exonClc08G16450.1-exon-ClcChr08:26946024..26948492exon
Clc08G16450.1-exonClc08G16450.1-exon-ClcChr08:26948576..26948636exon
Clc08G16450.1-exonClc08G16450.1-exon-ClcChr08:26948724..26949657exon


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450.1-five_prime_utrClc08G16450.1-five_prime_utr-ClcChr08:26946024..26948335five_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450.1-cdsClc08G16450.1-cds-ClcChr08:26948336..26948492CDS
Clc08G16450.1-cdsClc08G16450.1-cds-ClcChr08:26948576..26948636CDS
Clc08G16450.1-cdsClc08G16450.1-cds-ClcChr08:26948724..26948769CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450.1-three_prime_utrClc08G16450.1-three_prime_utr-ClcChr08:26948770..26949657three_prime_UTR


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc08G16450.1Clc08G16450.1-proteinpolypeptide