Clc03G14170.1 (mRNA) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc03G14170.1
TypemRNA
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr03: 25397867 .. 25411490 (+)
Sequence length767
RNA-Seq ExpressionClc03G14170.1
SyntenyClc03G14170.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GAAAAAAAAAACTCTCTCCCTCTTCAATTCTCTCTTCTTCCTCAAAAAAATTTCTCCCTTGCCAAAATTCAAAGAGAGCCCACACCTCCTATTTGATTCTTCCAAGAGAATAGAGGTTTCTATTGTGGTGGTGTCCCCAAAGAAGAAAAGTTCTTCTTGTGTTCTCATTGGAGTCTATCATCGGTTCGTGACTTGGAAAAGGAGTTTCCCACAATGAAAATGGTCCTCAAAGGTACAATTCTTCTATCCTTAATTATTCTAAAAAGAATGCTTATATTTAGTTGTTTGTCCTTGTTCTATGTTCTTTGTATTTTGGTTTTCTAAAACAAATTTAATGGCACAAGGCGATCATTTGATTCTGCGGAGAATTTGATTCCTTCACTTACCTTAGCCACAAATCATGTCCAATGATCTTCTCATGGCAAAGACTACAAAAAGATGAAAGAACATCTAAAATCAACTGTTGTAGATAGATAGAGGATGAAAAGAAAAAATACTAGTAGCCATTCGCCTAAAAGGGTCACCCGAATCAAAAGTTATACTCTAATTACCGAATGGTAGTTTTTATAATTGCACGAGAGCGCGCGACACTACAACAAAAAAATGCATAATTTATATTTTTGTGTTGTGACGAGGTCCTTTAAGGGCATTTGGTATTTTTTGCTTCCATTTGACCTAATTGCTCTGTTTGGACTCCGAATTGGTCTATTTTAGCTTAATTTTCTTTCTAATGCTCGATTCTACCTCCGACACATTAAATAGCATAACGATCCCTAGTTATGTTGAGCGAAATAGCACCTTTCAGGTGCTTTAGCTATTGAGAATATTGGTAGCATCTAAAATGTGTCATGTTATTGAGCTTAACTTGGGTTCATTGTGCGGTTTAATGTGTTTAAATAATGATTTTATAGCTATCGAACATTGGAGAGGTAGATTTGAGCATTTAGATGAAAACCGAGCTGAAATAGAACATTAACGAAGCGTCTAGGTCAAAGTGGCTGCAAAATTACGATTCTACTCCTCAAAGACCTAGCATTGTGGCGCTGAAGACATAAGCATCACAAAGAAGTAGTGACACGGTGCCAGTTGAAATATGGAAAGAATGGTTGCGAAAGAAAATCCATGGAACCGTGGCGCTGCCCTATGGTGCTGTAGTGCCAGCACATATATGGAAAGAGGTATGGATTTGGAAAGTGCTCAGTGCTGCAGTGTTCACTAGACTTCTATAAATATGTTCTTTTCATTTAGGCTTTTTGTTTGGGGGGTTGGTGTAGGATTCTGAAAGCTCTAAGCTCGATTTTGGTTTCTTCTAGCCAGAATCCATGAGGTAGATGGGATCGAATCCTGCAGCGAAAGCGTATCTTCGCTTTTCTTTTTATTTGGGAAGATAAAAAGTTACAAAAAAAACTAAAAAAAAGAAAGAGAAAATTCAAAATCACATATTGTACAAAATATGTTAATCACTAAAATTAAGGTTTAGAGGAATTACTTTTGAAGTTGGTTCTTCAAATAGATCCAAGTTTTGAATCATTTTCAAATTCTCCATCTTCTTCTACATTAAGAATGCCTCCAAAAGGTTTTCCCTATTATGTTTATTGTTGAAAGAACTAGATTTGTGGGAATCGTTTTTTAAAGAGTAAAAGGGAATTGAGATTGGGATAGGAGAAAAGAAACCTTATGTTAGATCAAAATTTAGAGAGATCTTGTATCGTGTTACATGACAGCCTATTAGAATTAAATGTAGGACCGTCTATAACTTGGAAAATTGTCCAAAATAATTCTTTTTAGTTTTTACATTACAGAAATAGCATACTTTTGAAAAGCTCGTTTAAAGAGTTTTCTCGAGCCATATCACCTTACTAAATTATACTTACATTTAGCTCTTTTCTCAATAACAAAGCTTCGGACCTCACAGAACTATCCAATTTTATTGAGGAAGCCAATGATTTAGCTGCTAAGAGGAACATTAGTGGTTTTTTCCACCCCAAGAGGCAAAAATAATATGGCCCATGCTTTGGTAGGACAATCATGTGAAGATAATTCCAACTAAATGTGCAACCACTCTTTCCCCACTTGGTTGAAAAACTTGAATGCTTATGATGATGTGAGTTATTTAATTTCAATTGATAGGGAATCATCTCTTATGGGGTACGTATACGTTTTCACTTGAGAAATTGAGCATTTGAAGTTCAAATATTGGAAGAAAGTTTTTTGCTTTTAAAGAACGAGTTAAATACGAGTTTGTATTATTTGATGTCTTACTTCTTCAAGAATAATTCTCAACAGTGAAGAAACCAACCTGTGAGAATGAATGACCTTGACTAAAACTTACAAATTTGATTCAACTACCTCTACGACCAAGTTAGTTTATTCAATCTAATAATCATGACGGAGACATGTGAAATTATCAAGATCTTCAATTTTGTCTTCAAAATTTCTTATTTAACAATTTTTTTATTTTAGTTTTGAATTTTTATATTTTCTATATATTATTTGAAATTTAAAATTTAAATTTATTACTTATAATTATAGAATATTTTGTCTTCGTATTTTAAAATTTGCAATATGTATATTTATACGTTAGTTTAATTTTAAATACACCTGGAAGTATTTAAAATTTTGCAATGTAATCATTTTGTTCACTACTTTTAAAAAACCAGAAAACAAAAATCACAATATGACTTTAATTTTGATAGGTGGAAAACAAAAACAGAATATAGAAAACAAAATAGTTTCCAAACCGCCATAATTTTTAAAAATTAGCTATTTTATATCTATTACAACAAATAAAATAATTACTTCAAAAACGAAATAAAAATAATTGAATTTCCCTTTATTATTATTTTCTTTCTAAACCTGTTTTCAAAAACCAGGTTTGGGGGAACCAGGTTTCAACTTTCAATTGATAAATTACTTCAGTTTTTTTTTTCTTTTTTTATTTAAGAACTAAAACATAACAATTTTTATTTTCTAATTTTAAACAAGCAAAACATAATTTATCTAATAACTATTTTTGAGTCTTTTTTAAATTAGGGAGATGAAGATACACCGTATAGAGAGAGATATTTGGAGACGTGAAAATAAAAAAAAAAAATTAAAGATATAGGGAGATAAATATTTTAAAGATAAAAATTAACCATAGTAGATGCAGACATGAGACAAAAATTAGAGATTGCTAACATTTTTAGTCTTTCTAAAAATATTGATTTGAAAATAGACTGAAAAGTTGAAGGAAAAGAAATAAATTTAAGAGAGAAAAAGTTAAACCTAACAAAAGTCCCAAAATATATGTTAGAAATGTTGGGAATATGAAAAGTCCATGTTTGGTTAAATAAGACGATGGTCATAAGTATATTAGCAAAGAGAACTATCTTTATACTGGTGTAAGAATTTAGAGAGCCCGCTTTTAAAGAGAAAAGTTAGAGATGTGTTTATTACAAACATAATTCAATTGGAAGACGAATGTATTAATTAATAACTATGAGGTCTGTATTTCAAATCTCTTATGCTTAATTATACTTCAAAAAAAATTAGAGAGATTAATTTATGGTAAAACATGTAAGTTTGGAAAACTATTCTTGTAAGTATTTTCCTTCTTATTTTGTTTTATGTTTTCAGATTCATTAAGTTTAGTAAATATGCTTTTGGTAGGCAGTCTGAATTCTATTTTAGAAAATTATTTTGTGATTCTATGATTCAAATATTACAAATTCAAAAGACAACATTTTTATGTTTTTCTATGTAACCAATTTTGAATTTAAAATTTTAAAATGTAGAAATATATTAGAAAAGATAAAAATGACAACAAAGTATAGTATTTTATGCTATAAACTTGATTAATTTTGTTAAATTAAAATGTATCCTATAATATAATAGTATAAATTATATGATATTCCAAAATAATAGTTATATAAATTTTTTAGTTCATAAAATTAATTACTAATAGTTTATATTCAACCTAATTGTCAGTGGGTAATTATAATTAGTTTTGCGATTTATAAATATATTATCAAACATAATTTGAAAAATTGTTTAAATTGGAATTTAACTCCAGAATCTACTATCAAACACATTTATGAAAACATAAAATACAACTTTGTTTTCATTGAATCTTTGGTTTTCAAAAATAGACCCTAAACTTTCGATTTGGTTATTTTAGTCCCTCCATTTTTTTAAAAAAAATACATTTAAAGGACCCCTCTTCCTATTTTCTACATTTTAAAATAATTTTTTCATTATTATAAAAGATGTTTTCAAATATAACAAAATGAACCAACTTATTTACAAATATAATAAAATGTCACAGTTTATCAGTGATAGACCATGATAGACACAAATAATCTACTATTATCTATCACTATCTATTAGCGATAGACACTAATAGATGTCTATATATTTGTAACAGTTTTGTCCAACTAAACAATTAACTCTATTACAAATAGATATTTAAATTAAAAAATGAAAAATATTTTTCTCTCACTTTCCATCCTCTCTCCCGTCTCTTTTCCCCCTCCTCCGTGAGTATCTTCACCAACTTTCCGTTCTTTTTCAAATGGGGTTCCAAGATTTCGTCTTTTTGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTCTCTCTCCCTTTCAATGACATGAGAATGTGGATAGACTGGTCCATTTTTGTCCATCGATTCATCATTTTTCAACTGGGTTTCCACGTGTATTTCCCTTTTAGGTAGTGATGTGGACTCACAACCCACTACAAAGGATCTGGGCAAGTGGTGTTTTCTTTAACTCGTCGTAGAGTTGACAATTTTTGGTGGAGTACTTTATTGGTTGGTTCATGAGGTAATTTTGCAGTGAAGTTGTGGAAGGTGAGATCAATTGTAGAAATTTTTGGATCAAATCTAGCATGATTATGCCCAAAAGTTTGTATTTTGAGTGGGTATGAAGAGTGTGTTTGGTTTAACTTTTTAAGTGTTTAATTTTAAAAATAATTCATTTTGAAAAAAATTGAATGTTTGATGACTACC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GGGAGTGTTGAGCCTTGCTCCACCCTAACTAAGGTGGTTTTCGACGTTGAGTGCGTAGAAGCGTTGCTCCGCCTCAACTAAGGGAAAAGTTTAAAAAAAAACTAAATTGATATTGACAAACTCCTTGGAAAACACTCATGTATGATTTGAGATTTGATTTATGAGAATAATGGATTTTATGGAAAGTATGTTTAAATTGAACAAAATGTTAAACTCTTACTTATTCGTTATATGTAACATGCCTGTTTTCAATGAATACTCATTTTACAAAGATTTGTCACTCGGCCTTATGTTTTCAAATGTTTTCCTTTCCTCCCCCCAGGTAGCAAGGACATTCCCGGTGCTTAGCCTACTTCAGCTCACCCTGCCTAAGTCTCGAGTTCTCAAAATTCAGTCAAGTCTGAGAGTTGTACGTTGTATATGATTTATGTAGATGGCATGTAGACCATGTAGTTTTGAGTGGGGATTGCAGTGGAATTTTGTACATTGTGTGATGGATATGGAACTGAAATTATGCTATGTAATAAAAGTGTACTCTATACAGGGAACCATATAATGCTAGATGCATGTGTAGTATGTCTGAGTTCTATGTATGTATATGAGTAGAATGTATGCAGAGATAGGAAAGTGAGATGGGACAATATGCGTCACAAGAGGGGTGATGTTTATTGTCTTCACATTCCCTTTCAGGTTAGGTGGGTAATCTGGGAGGGGGTGTGACACTTTATAACCTTTAACACCCAGAGGATATCCTATGAAAACACAAGCTACAGCTCGAGGATCAAACTTGGAACGATTGGAGGTCAAAGTAGAGACAAAACAAAGACATCCAAAGGTGCGCAAGAGGGAATAGTCAGCATCAAAATTGTGTAGCTTATAATAAGGAGTCTTCCTGTCACACCCTACTTTTAAAAACTGATGCGTTGAAGAGCCTATAAAGAAAAAATGCGTTGAAGAGCATATAAAGAAAAGAAGTAAAAGACCATGTTGGACGCATGGTCAGGACTAAGGTAACGCATGGTAAGGGTGGACGCATGGATGTAACCCGAGAGCTTGAAGGGAAAGAAGTGAAACGCATAGGAGGTAATTATGAAGAAGTCGGACGTATGAGTAGGGATTAAAGTTGAATAGTGATGCGTTGAAAGGAAATCTAAAAGAAGGATAAAATTCACAAGGTAGAATTGAGGAAAAAGGCTATAATAATTTAAGGGTAAAACACTTAGCCTGATGTTTATTACTCAAGAGAAGGGTTTGTAGTTAAGATATGGATATAAGGAAAGAAGTGAGGGACGCATACCAATTTATCATCAGAGAAATATTTTAGTACAAGGAAAAGGTTAAATGAATAACCTTGGATTACAAGCACAAGAACGCATAGAGGGATAATCAAGGAAATCCTCAAGGATAGGGGAAAGATTATGGACGCAAGATAGTATGCGATTCAGGCAGACGCATGGTATTATGCAGTAAGGTACAAACGCATAGTAGAGTGCTTTTGAGACATTGACGCCTAATAGTATGCGGTGGAGAAATGAGTTCAAATGTAGTTTGGTGGAGAGTAAGAGAAGTAAGTAATGAAGCTAAAATCTTAAAAGAAATTCAATGAACGTATAGGGGCGTTATGTTGAATGAATAGTTTGTATATTGGAATATGTTGGACCAATAAGCTTATAAAGGCTAGGTGGCTTCATATAGACTTGACACCTTATAAGTGGGAAGTGTTAGAAGGTATGTTAAGTGTTTCATGCAAGGTGACGCTTGGATTAATACATGGTTAGTTAAGCATGCAGCGTGACATGTGGCAAACAAGTGGCAAAAAGAGAGGGGAAGTGGGATGGCAATCCCTCTATAAATAGGACTTTGAGGGAAAATGAGCGACTGATGATTCTGAAGTGAGAATTCTTGGGAGAAAGGGGAGAAGAAGGCAGAAAGGAGGAATCCTTGTGTCCGTAGTAGAAGTCTACGGCCAAGAGAAGATATTCTTGACAACTTAGCCATTTGGTGTTAAAGAAGTTGTCTTGCGTCGAAGGGGGGTCAGCCTTGCGTTTAAGACGAACTCAACGTTCAAGGTGAACGCCGCGTTCAAAGATAGGCTCTACGTTCAAGTTGAACCTTGCGTCCAAAAGAGGTCGACGCATCCAAAAGAGAAGTAAGAAGAGTAAGGCTGCACCTTGCGTTAGTCATCAACTTTGCATTCAATGGCAGGGTTGCGTTCAACCGAGCTAACAGAGGAAAATCAGCCTTGCGTTCCAGAGTTAGAACGCTGCGTCCAAGAAGCTCGGGAAAGAGGAAATAGCGGGAAGAAAGAGGAACTATTCTTGAGCAAGTATATTGTGAGTAACACCTACGTTCTTTTCAAAATATAAATGAGTTCTCTATAGTTAATATCGTTGGTTTAATGAATATGATTTCATGAGTTTTTAATGAATGGTGCATGCGTCTTATTTGAAAGCATTTGAATATGCTGGTTATTTGTTATAAGCTTGTAAACGCATGGAGATTGATAATATGTGATTTCATGATTTTACTGAAAAACATGGTGTTTGATGTTATTTGATTTCATGAAAGATGTGAAAATAAACTTGTTTGAAAGGCATGCTGTGTGTTATTAAAACTTTGAAATTGAGTTTAGCATGCTGGTTGATATTACATTTGGAAACGGTTAACTATGAGTTCAAGATATGATGTTTCTAAAACATATTGTGTTTTATAAAACTTTGAAAAGGCACCTGAGGCTCAGGGACTTGGAGAAGGCCAAAGGGTAGCTGGGATATAGAAAAATGCACCAAATGCTGAGGGATTCGTAGAAGGCAAATAGTAGCCTGGATATGGAAATGGGACCCCAATGCTGGGACTTGGAGAAGGCATTGTGGGCGACTCGGATTACAATACTTATGTGCACATAGAGGAATATACGACGCTAATGTGTTGAGATTACTCCGCACAGCTAGGAAAAAATCGATGTTGAGAAGCGTAGAGCATTGCTCTGCCTCAACTAGGGAAAAATGATTTTTAAATGAATGAGATTATTGAGAATCTACTCTAAAACAGATATGCATGAGTTAACAATGGTTTTTTAGCATATTATAATAGATTTGAATTGTTATGTTTTGTGGGAAATTGAAATGTTTATATTATGACTAGTGTTACAACTAAAGTAAGATGTTTTCAAAACCGTTACTCACTAAGCTGTTAGCTCACCCTTTTTATATGTTTTCCATTTTTCAGGTAGCATGACAGTTCCCGTTGCCGATCGAAGTCGAGGTTTGTCAAGAGTTAATGGTATTATCGTCCTAGGAAGGGTAGATATGAGTAGAAGGTGAATGTGACAGTGGGATTTGAGACAGGGAAGTCGATGACTGCTGTCCTCACACACCATCTCGGGCTACAAAAGAATAGTTCGGGGTGGGGTGTGACACTTCCAATTAAGAATGGGAGAAGGTGTTCTGTTTATGAGGAAAGTAGTCGTCAAAAGACATTCTCCCCAAAACTGAGTGGGAACTCTAGACTGAAACATGAGAGCACGGGAAACATTCAAGAGGTGTTGGTGTTTTCTTTAGATACCTAATTTTTTTTATGGTTGTTCAACACATGAAAACTGATGAATGACTCCTTTAGAGAGAA

mRNA sequence

GAAAAAAAAAACTCTCTCCCTCTTCAATTCTCTCTTCTTCCTCAAAAAAATTTCTCCCTTGCCAAAATTCAAAGAGAGCCCACACCTCCTATTTGATTCTTCCAAGAGAATAGAGGTTTCTATTGTGGTGGTGTCCCCAAAGAAGAAAAGTTCTTCTTGTGTTCTCATTGGAGTCTATCATCGGTTCGTGACTTGGAAAAGGAGTTTCCCACAATGAAAATGGTCCTCAAAGGTAGTGATGTGGACTCACAACCCACTACAAAGGATCTGGGCAAGTGGTGTTTTCTTTAACTCGTCGTAGAGTTGACAATTTTTGGTGGAGTACTTTATTGGTTGGTTCATGAGGTAATTTTGCAGTGAAGTTGTGGAAGGTAGCATGACAGTTCCCGTTGCCGATCGAAGTCGAGGTTTGTCAAGAGTTAATGGTATTATCGTCCTAGGAAGGGTAGATATGAGTAGAAGGTGAATGTGACAGTGGGATTTGAGACAGGGAAGTCGATGACTGCTGTCCTCACACACCATCTCGGGCTACAAAAGAATAGTTCGGGGTGGGGTGTGACACTTCCAATTAAGAATGGGAGAAGGTGTTCTGTTTATGAGGAAAGTAGTCGTCAAAAGACATTCTCCCCAAAACTGAGTGGGAACTCTAGACTGAAACATGAGAGCACGGGAAACATTCAAGAGGTGTTGGTGTTTTCTTTAGATACCTAATTTTTTTTATGGTTGTTCAACACATGAAAACTGATGAATGACTCCTTTAGAGAGAA

Coding sequence (CDS)

ATGACTGCTGTCCTCACACACCATCTCGGGCTACAAAAGAATAGTTCGGGGTGGGGTGTGACACTTCCAATTAAGAATGGGAGAAGGTGTTCTGTTTATGAGGAAAGTAGTCGTCAAAAGACATTCTCCCCAAAACTGAGTGGGAACTCTAGACTGAAACATGAGAGCACGGGAAACATTCAAGAGGTGTTGGTGTTTTCTTTAGATACCTAA

Protein sequence

MTAVLTHHLGLQKNSSGWGVTLPIKNGRRCSVYEESSRQKTFSPKLSGNSRLKHESTGNIQEVLVFSLDT
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc03G14170.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc03G14170.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc03G14170.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc03G14170.1 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170Clc03G14170gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170.1-exonClc03G14170.1-exon-ClcChr03:25397867..25398098exon
Clc03G14170.1-exonClc03G14170.1-exon-ClcChr03:25402569..25402707exon
Clc03G14170.1-exonClc03G14170.1-exon-ClcChr03:25411095..25411490exon


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170.1-five_prime_utrClc03G14170.1-five_prime_utr-ClcChr03:25397867..25398098five_prime_UTR
Clc03G14170.1-five_prime_utrClc03G14170.1-five_prime_utr-ClcChr03:25402569..25402707five_prime_UTR
Clc03G14170.1-five_prime_utrClc03G14170.1-five_prime_utr-ClcChr03:25411095..25411221five_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170.1-cdsClc03G14170.1-cds-ClcChr03:25411222..25411434CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170.1-three_prime_utrClc03G14170.1-three_prime_utr-ClcChr03:25411435..25411490three_prime_UTR


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Clc03G14170.1Clc03G14170.1-proteinpolypeptide