ClCG06G010110.1 (mRNA) Watermelon (Charleston Gray) v2.5

Overview


Name	ClCG06G010110.1
Type	mRNA
Organism	Citrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
Description	Reverse transcriptase domain-containing protein
Location	CG_Chr06: 21024157 .. 21044942 (-)
Sequence length	426
RNA-Seq Expression	ClCG06G010110.1
Synteny	ClCG06G010110.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGGATGAAAAAGTGGGTGTTTATTTGGCTAATTATCCAAGGCGAAGGAAGTGACACAATGGGTCATTTCAAGAGTGAATGCTTTAACATTTGGCTAAGTGTCCAGTCTAAGGATATGACCCAATAGGTCAAATTGATGTTTCCGAGATGTAGACATAAAATATGAAACATGTAAACGAAAGAACAACCTTTAGAAGTTAGTGCAAGTGCCCACTGTCAACAAGTAATGAATGATAGGAAGGTTGCAAAGTATCATACCCAAGGGAACTGATGTAACAAATTTTCTATCAATGAACTAGACTTCATCAAGAATGCAACTGAATCTAGTTTGAGAGACAGTTGTGTTTGAATAAAAGATAATGAAATATAGAAGGGACTCAAATATGTGCATACTCTTTGGTTAGATAATGTCATCTTTCATTCAATTTCAACTTTGACTTAAACTTAAGCATGGTGAATCAGATTCAATACCTATTTGACCTTCTATGAATTATTCTGGGAATTCTAAGCCATTAACCTATATGTCTATTGTTAATGAGAACTTAAGATAAATAGAAAAACAATCCAGAGTCTTAAAGGAGCATTTGGCATGCATGTTTGGAATCAAAATACTGGGAATCAAATGCTAGGGGCATATTTGAGGGGGTTCTGAAGCCTAAGAATCATAAATGCATGTGTTTATAGTGCAAGGTTTAGAAGCCTGGGTTTCTCTCCCGTGTTTGGAGTGTAGGTTACTTTTGCTTGAGTTTGCCTAATGTGTATTTTTTTTTCCTTGTTTTCTAGTAGTTGTTTTGTGAATGGTATGACCTTTAGTGTACCATCAATCAATCTCTATGATAATTTTGAATGAAACATTTAATCTATTCATTTTGAAATGAAATTTAAATTAACTATATCTTTTGTACTCCTAAATTAATTCTTTTGCTCTATTAATTTTCATGACAATAATGTAGGAATGATAACAATTTAGTTATTTTATAACAAATTTCGTTTTTTGTGAAGTAATGAAACTATGAAATTTAGTTTTATAAGTAATTCATAAGAAATTTAGTTTTGTTTTAAATTTCTAATTTACCTTTTTCTTCGATAACAAATTGAGCTTTTAATAACAAAGTAGGAAAGTTTAAAATTTGGTTTACTAAAAGATGCCTAGCAAATTTAGTTTTGCTTTAGACTCCTAATTTAGTTGAATCGTCGGAATGAAATCAGGATTATTGGAAATTGGATTCCTTAGGATTATGATGTTTTGTGTGTAGAGTTCGGTTTGTTTGGATTGCAGAAATAAGTTGGGTTTGATTGTTTTTTTAAGGGGTCTTTTCAAATATAGAAGAAAATGAAACTATTTACTGGAATAGAAAAAAAAAATAGGACACTTTTTGCTTCATTTTTATTAAAAATTCTCAATCTACCTTCGTCATTTAAACTTCTCACGTGAAATCCATTACTTCATCGTTTAATTGGCATCCTCTTCTTCATTGGCTTCTTTGTCTTTATCGATCAGTGTTTTAGGTCCACTTCTTCTTTTTTTCCTCATTGTTGGCCGCTTCTTCCTCCTCATCGTCGACCATTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCACTGGCCGATTCTTCGTTTTTCTTCTTCATCTCCATCGTCGGCCGATTCTTCTTTTTTCTTCTTCTTCTCCTTTGCCAGCAAATTATTCGAGAGTGAGAAAGATAAGAGTGATTGTGAGTGAGGAAAGGAAGCGAGAGGGAGAGCGATAAGAGCGAAAGAAAATATCAACAAACACTATCACTGTGATATACACTAATAAAGTACTATCTATCATTGTGTATCCTACTATTTATCATTAATAATATAACAAGCAAGCAATAACATCTAACATCTAACATTATGAATTGAAATTTAAAAAAAGAAAGACTACAACAGAGTTTTCTTTATTGGGTTAGAGAGTGATAGACTTCTAGCACTGTCTATGTCTATCCCTGATAGACAGTGATAGATTTCTATTATTGTCTATCACTGATAAACAATGATAGACTACTATAATTGTCTATCCATGATAGATAGTTATAGACTTCTATCATTGTCTATCCCTTATAGACAGCGATAGATTACTATCTATCACTATCTATTAGGGATCATTGTCTATCCTTGATAGATAGTGATAGACTTCTATCATTGTCTATCCCTGATAGACAGTGATATACTATTATCTATCACTGTCTATCAAGGATAGACAGTGATAGGCTTTTATCTATCAATGCCAATCCTCATTTTTATTCCACAATTGATAAGATTTAAAGACATGGAATATCAAACATAGTTTTTTTAGCTTATCATTGTGATAAAGAATGATAGACTAATATCTATCACCGTCTATCCCTAATAGATAGCGAGAGCAAGAGTGAGGAAAAGAGCGAGATTAAGAGCGAGAGAGCAAGAGTGTGAGAGAGAGCAAGAAAGATAAAAGTGACTGAGAGTGAGGAAAGGAAGCGAGAACGAGAGAGAGCGGTACGAGCGAAACTTCGACGCAACCAACTCTCTCGCTCTCACTTTTTCTTTCCGTTTTTCTTCAGCGCGTGGTTAATTAAATCAGGTACAAATCGGCCCAATTTTTTGGTTTTTTTTTCCGGCTATGGGTTCTTTTGGAATTTCATATAGATGGTCTTCTCGAACCAGCCTAACCTTGTTCAAGTCCTCCACAGGGGCTTGTGATCCATTGGGTAAATTTTTTTATTTGTATAAATAGTTTCATTTTTTTCTATTTATGATAATTTTTCTTTTTTTAATTATTATTTTAGACTGTTTTTGTATATTCGTTTTCTCCTTCATATTACTTAAGTTATTAATATTATTTAACATCTAATTTCATGAACTTTTAGTTTGGAAAAGAACTGTTTTCTCCTCCCACCCGCCTCTTAACATCTTCAACCCCTTGTCTTATGATAAAATTCAATTGGACATAACTTAAACTACCTTGGAAAAATGGTGAGAGGAAAACATTATAACTTAAAAATGCTGATCTTAGAATTAATAACTTAAAATAAAATATCTATTTTTCAAAAGGTTGATGCCTTTTATTTTATTTTATTTATTTATTATTATTACTATTTTTTTTAAAGGAATGTCGATGTGATGTTTTTCATGATGGCCGATGTAACGGCAGAGGTGGCCATGGCGAAAGTGGAGAGGAAAATAGATCTCCTAATGAAGGCTGTTGAGGAGCAAGATCACGAGATTGCTGCCTTGAAAGATCAGATGTAGACTTGAGAAACTGCTGAGTCGAGCCAAACTGCTGCCGCCAAGGAAAATGACAAAGGAAAAACTCAGTTGCAGGAAGTTCATGTGCAACAATCCACATCTATTGCCTCTCTGTCAGTCCAACAACTACAAAACATGATCACCAATTCTATCAGAGCCTAGTATGGAGGGCCATCACAAACTACTTTCATGTACTCCAAGCCATATACCAAAAGGATCGACAACCTCAGAATGCCTGTTGGGTATCAGCCTCCAAAGTTCCAACAGTTCGACGGAAANCTAGTATGGAGGGCCATCACAAACTACTTTCATGTACTCCAAGCCATATACCAAAAGGATCGACAACCTCAGAATGCCTGTTGAGTATCAGCCTCCAAAGTTCCAACAGTTCGACGGAAAGGACAACTGATGCGCACTTTGAGTGTTAACCGCAAGTGTACGGGTCAAGTTATAATATAAGACGGTTAAGTCCGAATATCGTTCCACTGGAGATCCAATTGGGAAGGTTTAAGTTGCTTAGCTATTCTAGAGTTGAATAAATTTTATTTGAGGATTGAAATTGAATATTATAAGTTATGGAAAATACAAATCAAATAAGGAAAGTATTAAAGTGAGAAACCAAAGAGTCAAAGAGAGTTCTAGGGTAATGAATCCTTGTTTATTTCATCATGCAATATTATAGATTTCATGGATTTTATTGTAATTCATATGCCTAAGTCTAGAAACTTAATTCCAAGTTATTTTCTCTAAAAAACAACCCTTTCTCATGCAACTCGATTGATTATTAATCTCTTAAAACCAATACAAAATTACATGGCATTAAAAATAGTCTTTAGCAACTTTTATTGTCAACCTAACTACTCTCGTGATAGATTAACAACAATTCATTGTTATAGATCAAGTTAAACATACAATCTCTCAATCATATATCTAACCTAACATGTGAGGATGGCCAATCCACAAGAGTTAAACACAATAATAATGAAAAGCATAATCATTTCAACAAAACCATGAAAGTCTAAAAGATCAACATAAATTCATAAACAAATCATCAAAACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCCCAACCTCGATAACACGCACATGCGCCTCTTGTTGCATGTCCATAGCCTTTTCAGATGAAGACTTATTACTGGGATCCAAACCGCATAACAGGCCATTGTTCGTTTTAGGGTATATACGAGAACAAAGAGTCAGCCGAATTCTCATTGATGATGGATCCACTGTCAATATAATGCCTAAATTGACTATGAAGCAGTTAGGCGTTTCGATGGAGGAACTTTTGAACAAAAAACTAGTAATCCAAGGCTTTAACGAAGAACAGTCAACGAGCCATTGGCATGATATGGTTGGAACTTACGATCGGTGACTTAAAGTGTCACACCCCCTCCCAGGGTCCCTCTTAACCCAGGAGAAAGTGTGATGATAGCAGACACCGACCCTCTTATGGCATCCATTGCCAATCTTAATCCTTGACCATCACCTAATAAGCAGATTTACAATAATTGAACAACACATCTAAACCAAGGTTAAGTTATCAAACAAACAACCATGCTACCTCTCAAAATATACGATTACATTAGTTTCTCAACAACTCTCTTAACCCTTTATATGTACAACACATGATTAAGTTCAAATATTTACAATTCACAATATACTAAACACTCCTGATGGGCTCAGACGAGTTTCTGTGTAGGCTAAGCACCTCAGACTCGCTCGCTACCTGGAAAACAGAAAAAAACAAGGAAAAGCATGAGCTAGGTTGCCTAGTGAGTGACTAGTTTTGTAAAACTTCCTTTAGCTCGAAAACTAATCATAGTGTAAACATTTTAACACATTGTGTATAAAACATCGGTTCAAATCATGTATGTTTGTTTTAGAAAAAGATACACAGAAAACCAGTTTACTTCAAAAATCTTTTCCTTAGTTTAGGCGGAGCGGAGCTCAACGCTACTCAACGTCAAAATATCCTTAGTTGGGGCAGAGTAATCTCAACACACCCAACGTCGAAAATCCTTAGCTGTGTGGAGTAATCTCAACACATCAGCGTAAAAAATCCTTAGCTGTGTGGAGTAATCTCAACACATCAGCGTCTATCATCTCTCTATGTGTATATAGGAATTATAATCCGGGCTGCCCATATGCCTTGTCACCGTACTTCAGCATTGGGGTCCCATAATAAACCTTCACCAAGTGCGTCGACATTGGGGGCTATCAATCAACCCAGATGCCTTCTCTTGGTTCCTCGGTATAGCAAATCCGGGCTGCCCATATGCCTTCTGACCGTACTTCAACGTTGGGGTCCCATTTTCACAAACATTTTTCAAAAACATATGGCATTATATAAATTCACGAGTTTTTAACATTTCAAATCTTCACAAATCTATTTACAAGCTTTATTGTTTTCCATAAAATCATATATTAACAAACAACATGCTTGTCATAAAGCTCATTAAGCAACCGGCATGCCTCAAATAATTTTCAATATAAAATAGATAATATGCACGTTAAAACTCGTGAAAGCATAATGACATGATCATGTTTCAACATAATCTTTCAACCATGAAACTTTGTTTAAGTTGAACACATTTTAAATACAAGTTTCACTCACAACTTGCCCTGGGCCTTTAGCGGGTTATACACCTTTCCTAGCTCTTCTCGGCCTGTAATAATACATTTCCCTTCATTAGATTTTCTTAACATTTCTTTTAACATGACCAATAAGCTTTACATATTTACACTTAATCAATGGTTCACCACCGAGACCAAGTCGATCAAAGTAATCAATAATGAACAAGACTTAAGCAACTAGCGACACTAACTAGCGAAACTGAGCTGCAAATGCAACCATACCAGCGATACCATGAACTAGCGAGACCAGTGAGACTTATTTAATCACTGAGACTAGCGATACCCAGTGAGAGTTGTGAGACGCAAAACCTCCAACGATACTAGTGACACCCGTCTCGCTGCTCACGCTCAAACTTTCAGTGTCGTTGCGTTTTCAGCGATACTAGTCTCCCATAGTTTCTGCTTTCTGTCTATTAGAAATCATATCTCCAGCCTGAATTAGGACTTCTTCCCTTCTACAAACTTGTAAAAAAATGTGTTTTCTAGCCTACCTCAAAATTTCAGAGCTTAACTTCTCTTTGTTCGACAGATATTCTCAAATTACTTCGCACTGCTCCAAATCACTCAAAAAATTCGTATTAGTCACTTCCACCTAAACTTTAACATGTTTCTCTTCAAATTCAGCTCAATCATCCTTTATAAGAGTTGTTAAGAATTGAATTAGCTTACTGACCTCAAATTTTCAGTCCTAAACTCGATCTCCACAGCTCGCTATCCTCCAAATACTAGATCTTGCTCAGGTTGCGCGACAACAACCAGACCTTCTGTTCCAGCTTCAATTACACCACGAAACCGACCAGAATTCTACACGACTTTGCCTTAGACACCTTATTCTACCTCTCTTTGCTGCTCAGCTGAGAAATGGAATCGGTTAAAGCTTTTGAATATGCATAAAATGATCAGAAACTCAGCTTTACACATTTAAATGAGCTGCCGACTTACTTCCACTTTCACTTTTATTTTGTTTTATTTTCCAATAAACAAAGTAACCCCTTCACCAAACAAATGCAACCCCCTTTGGCAAACTTGAACACTGGCTTGGACGCATAGCACCATTCGTCTGTCCCATAGGCTCTCTTGAGTCCGTGCTTCTCCAACGCAACCCCCTACTATCATCAACCAACGCATGGCCACTTGTCCAACTGCTTCAACAAACGCGTAGCACCAACCATCACCCATGCTCAAACTCTTAGACGCATGCCTCAACAAGCCAATGCATCAATTCTCATGCTTGGGCTCGGCTACCCAAGGTCTTCACCTATTTTCCAATCATGACCCATGCTCACTCTCATGGACTCATACCTCAACCCAGCCAACGCATAGCCACTTAAGCCAAAGGCTCTTGGCCATCTTTTTCTTAATCACCCGCCTACTTTACTTGCCATCTTCCAAAGATAAGAGTAGGGCTTACATAAAGGCCAACACTTTGTTTCATATTATAGACTCAAGGACAACTTATAAGTTGTTGCTAGGGCATCCTTGGATTCATGGAAATGGAGTGATAACATCAACATTGCATAAGTGCTTCAAGTTTTATCAAGAAGACATTAAGAAGGTTGAAGCATACTCTAATCCATTCTCAAAAGTCGAGTCTCACTTTGCAGACGCAAAGTTTTACCTTAAGAATGATAACATCAATCAGGTGACAGAGATTCCTTTAATAAAAAGCGAGGATAAATCCCAGTCAAAGTCACAGACAGATGCAAGAAAGGAACCTAGTGAAGGGATGGCTGCCTTTTACTCTCAAAAGGATGAGGCATCCACCAACTTTGCAAAGCCTAAAACTTTGAAAAATGAAAAAGTTACAAGTTCTTTAGTCTTATGTTATGTCCCTTTGTCAAGACGTAAGAAGAGAGAGTCTCCATTTGTAGAGTGCTCGAAGGGCTTGAAGGTTGGCGATATTGAAATCCTAAAAGAAAGTTTCGTTATGCTGCTTACTAGTATCGCAAAGCAAGAAGTTCAAGAACCAAGAGTGGACCAGACAAAAGTGAATTTGCCCGAGAGATGGACAAAGAATGGCTTCGGCCTAAGTGCTTATAAACTATTGGCAAAGGCGGGCTACAACTTCATGACCCACACTAAGTTCGAGAGCCTGAAAATTTATGAGCAACCTGAGCTTTCTCTGTCCCAGAAAAGCTGCTATAGGAGGGGTATGCTATACCTCCTTCGAGCAAAAGGACTTGGATATAAGCCTCCCGAGCCAGTTTGCATAACCAGAAAGGGGAAGGAAAAAGTGGTTGACAGTAACCATATAACGGACGAGGAGGTCGATGATTCGAAAGAAAAAGAAAGCAATGGTCAAAGAACCTCAGTCTTTGATCAAATTAGACCGCCTATCGCACGTGTTTTGGTCTTTGAAAGGCTACGTATGATGGCAGTGGAAGAAGAAAACCAGCCCCTAATGCCCAGCCTCGATCGACGCTCAGTTTTTTGAAGGCTGACTATGACCCTTGAAGGAGAAGAGAGCATCCAGTATTCCCTAGTGATAGCTTGACCTTCAGCCTTTGAAAGATTAAGTGTGACCACGAAGAAGAGTGACAGAATACCTTGCGGGTCAACCGTTGATCGCCTTAAGTGTGTAAGTGTTGAGAAGCACTCTAGTGAAAATGCATCTTGCAACATGAAAGCTGAAGAGGAAAGTGTCGCTAGTGCAACCGTAAAAAGCAAGGGGCCGATATCCCAAGCATCAATTTGGCGCCCCGTTAGGCACGAGGATGCCGAAAACCATTTAAAGGAGGAGCTGCCTCATGAGACAAAAGGTGAGGGAGAAATTCGTAGTGTTGTCCCTTTAGGAATGAAGAGAAAGATTTTCGTTACCCTCGATTCAAGCAAAAGCTCATTAAAGGTAAAGAGACGTGATGTCATCTTTACTAATCTTAAAGACGAAAGCTCAGAATAGGCAGAAGGTGAAACTTCATGTCACCAAATCACCATCATCGAAGAATTAG

mRNA sequence

ATGGATGAAAAAGTGGCCTTTGAAAGATTAAGTGTGACCACGAAGAAGAGTGACAGAATACCTTGCGGGTCAACCGTTGATCGCCTTAAGTGTGTAAGTGTTGAGAAGCACTCTAGTGAAAATGCATCTTGCAACATGAAAGCTGAAGAGGAAAGTGTCGCTAGTGCAACCGTAAAAAGCAAGGGGCCGATATCCCAAGCATCAATTTGGCGCCCCGTTAGGCACGAGGATGCCGAAAACCATTTAAAGGAGGAGCTGCCTCATGAGACAAAAGGTGAGGGAGAAATTCGTAGTGTTGTCCCTTTAGGAATGAAGAGAAAGATTTTCGTTACCCTCGATTCAAGCAAAAGCTCATTAAAGACGAAAGCTCAGAATAGGCAGAAGGTGAAACTTCATGTCACCAAATCACCATCATCGAAGAATTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGATGAAAAAGTGGCCTTTGAAAGATTAAGTGTGACCACGAAGAAGAGTGACAGAATACCTTGCGGGTCAACCGTTGATCGCCTTAAGTGTGTAAGTGTTGAGAAGCACTCTAGTGAAAATGCATCTTGCAACATGAAAGCTGAAGAGGAAAGTGTCGCTAGTGCAACCGTAAAAAGCAAGGGGCCGATATCCCAAGCATCAATTTGGCGCCCCGTTAGGCACGAGGATGCCGAAAACCATTTAAAGGAGGAGCTGCCTCATGAGACAAAAGGTGAGGGAGAAATTCGTAGTGTTGTCCCTTTAGGAATGAAGAGAAAGATTTTCGTTACCCTCGATTCAAGCAAAAGCTCATTAAAGACGAAAGCTCAGAATAGGCAGAAGGTGAAACTTCATGTCACCAAATCACCATCATCGAAGAATTAG

Protein sequence

MDEKVAFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPISQASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTKAQNRQKVKLHVTKSPSSKN

Homology

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr
Match: XP_031735972.1 (uncharacterized protein LOC116401693 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 75.9 bits (185), Expect = 3.2e-10
Identity = 47/117 (40.17%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6    AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
            AFERL V+ KK+ + P     + L     +K S +N   N+            K K P+S
Sbjct: 1179 AFERLGVSKKKNVQAPRAPIFNHLG----DKGSHDNIDSNI----------DTKKKEPMS 1238

Query: 66   QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
            +  +WR ++H D EN+  ++ P ETK  GEI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 1239 RVKVWRRIKHTDVENYRSKKFPCETKENGEIHSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 1281

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr
Match: XP_031737045.1 (uncharacterized protein LOC116402134 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 7.1e-10
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AFERL V+ KK+ + P     + L     +K S +N   N+            K K P+S
Sbjct: 554 AFERLGVSKKKNVQAPRAPIFNHLG----DKGSHDNIDSNI----------DTKKKEPMS 613

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
           +  +WR ++H D +N+  ++ P ETK  GEI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 614 RVKVWRRIKHTDVDNYRSKKFPCETKENGEIHSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 656

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr
Match: XP_031739134.1 (uncharacterized protein LOC116402863 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 7.1e-10
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6    AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
            AFERL V+ KK+ + P     + L     +K S +N   N+            K K P+S
Sbjct: 1179 AFERLGVSKKKNVQAPRAPIFNHLG----DKGSHDNIDSNI----------DTKKKEPMS 1238

Query: 66   QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
            +  +WR ++H D +N+  ++ P ETK  GEI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 1239 RVKVWRRIKHTDVDNYRSKKFPCETKENGEIHSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 1281

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr
Match: XP_031742032.1 (uncharacterized protein LOC116404025 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 7.1e-10
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6    AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
            AFERL V+ KK+ + P     + L     +K S +N   N+            K K P+S
Sbjct: 1179 AFERLGVSKKKNVQAPRAPIFNHLG----DKGSHDNIDSNI----------DTKKKEPMS 1238

Query: 66   QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
            +  +WR ++H D +N+  ++ P ETK  GEI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 1239 RVKVWRRIKHTDVDNYRSKKFPCETKENGEIHSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 1281

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr
Match: XP_031737372.1 (uncharacterized protein LOC116402244 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 7.1e-10
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AFERL V+ KK+ + P     + L     +K S +N   N+            K K P+S
Sbjct: 554 AFERLGVSKKKNVQAPRAPIFNHLG----DKGSHDNIDSNI----------DTKKKEPMS 613

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
           +  +WR ++H D +N+  ++ P ETK  GEI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 614 RVKVWRRIKHTDVDNYRSKKFPCETKENGEIHSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 656

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BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T485 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold918G00010 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 73.9 bits (180), Expect = 5.8e-10
Identity = 47/117 (40.17%), Postives = 68/117 (58.12%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AF+RLS+T KK+ + P  S ++ L    +  H   ++S + K +E +            S
Sbjct: 749 AFKRLSITKKKNAQTPRASIINHLGDGGL--HVQTDSSIDTKKKEST------------S 808

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
           + S+W  ++H D E+H  +E P E KGE EIRS VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 809 RVSVWHRIKHIDVESHHGKEFPCEVKGEREIRSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 851

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BV77 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold968G00270 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 73.9 bits (180), Expect = 5.8e-10
Identity = 47/117 (40.17%), Postives = 68/117 (58.12%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AF+RLS+T KK+ + P  S ++ L    +  H   ++S + K +E +            S
Sbjct: 661 AFKRLSITKKKNAQTPRASIINHLGDGGL--HVQTDSSIDTKKKEST------------S 720

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
           + S+W  ++H D E+H  +E P E KGE EIRS VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 721 RVSVWHRIKHIDVESHHGKEFPCEVKGEREIRSNVPSRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 763

[Close]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SPV8 (Ribonuclease H OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold9G00010 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 70.9 bits (172), Expect = 4.9e-09
Identity = 45/116 (38.79%), Postives = 67/116 (57.76%), Query Frame = 0


Query: 1   MDEKVAFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKS 60
           +D + AFERLS+T KK+ + P    ++RL    +  H   ++S + K +E +        
Sbjct: 123 LDRRSAFERLSITKKKNAQTPRAPIINRLGDEGL--HVQTDSSIDTKKKEST-------- 182

Query: 61  KGPISQASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSK 117
               S+ S+WR +RH + E+   +E P E KGE EIRS VP  MKRK FVTL++S+
Sbjct: 183 ----SRVSVWRRIRHINVESRHGKEFPCEEKGEREIRSKVPSRMKRKTFVTLNTSQ 224

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BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DB95 (RNase H domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold284G00330 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 70.5 bits (171), Expect = 6.5e-09
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AFERLS+T KK+ + P    ++RL    +  H   ++S + K +E +            S
Sbjct: 113 AFERLSITKKKNAQTPRAPNINRLGDGGL--HVQTDSSIDTKKKEST------------S 172

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
             S+W  ++H D E+   +E P E KGE EI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 173 SMSVWHRIKHIDIESRHGKEFPCEVKGEREIHSNVPFRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 215

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BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SPY4 (RNase H domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold43053G00550 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 70.5 bits (171), Expect = 6.5e-09
Identity = 46/117 (39.32%), Postives = 65/117 (55.56%), Query Frame = 0


Query: 6   AFERLSVTTKKSDRIPCGSTVDRLKCVSVEKHSSENASCNMKAEEESVASATVKSKGPIS 65
           AFERLS+T KK+ + P    ++RL    +  H   ++S + K +E +            S
Sbjct: 76  AFERLSITKKKNAQTPRAPNINRLGDGGL--HVQTDSSIDTKKKEST------------S 135

Query: 66  QASIWRPVRHEDAENHLKEELPHETKGEGEIRSVVPLGMKRKIFVTLDSSKSSLKTK 123
             S+W  ++H D E+   +E P E KGE EI S VP  MKRK FVTL++S+ SLK K
Sbjct: 136 SMSVWHRIKHIDIESRHGKEFPCEVKGEREIHSNVPFRMKRKTFVTLNTSQGSLKVK 178

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_031735972.1	3.2e-10	40.17	uncharacterized protein LOC116401693 [Cucumis sativus]	[more]
XP_031737045.1	7.1e-10	39.32	uncharacterized protein LOC116402134 [Cucumis sativus]	[more]
XP_031739134.1	7.1e-10	39.32	uncharacterized protein LOC116402863 [Cucumis sativus]	[more]
XP_031742032.1	7.1e-10	39.32	uncharacterized protein LOC116404025 [Cucumis sativus]	[more]
XP_031737372.1	7.1e-10	39.32	uncharacterized protein LOC116402244 [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7T485	5.8e-10	40.17	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold91...	[more]
A0A5D3BV77	5.8e-10	40.17	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold96...	[more]
A0A5A7SPV8	4.9e-09	38.79	Ribonuclease H OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold9G00010 P...	[more]
A0A5D3DB95	6.5e-09	39.32	RNase H domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E567...	[more]
A0A5A7SPY4	6.5e-09	39.32	RNase H domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C2...	[more]

BLAST of ClCG06G010110.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (Charleston Gray) v2.5
Date Performed: 2022-01-31


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 116..141

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
ClCG06G010110	ClCG06G010110	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
ClCG06G010110.1-exon	ClCG06G010110.1-exon-CG_Chr06:21024157..21024222	exon
ClCG06G010110.1-exon	ClCG06G010110.1-exon-CG_Chr06:21024260..21024603	exon
ClCG06G010110.1-exon	ClCG06G010110.1-exon-CG_Chr06:21044927..21044942	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
ClCG06G010110.1-cds	ClCG06G010110.1-cds-CG_Chr06:21024157..21024222	CDS
ClCG06G010110.1-cds	ClCG06G010110.1-cds-CG_Chr06:21024260..21024603	CDS
ClCG06G010110.1-cds	ClCG06G010110.1-cds-CG_Chr06:21044927..21044942	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
ClCG06G010110.1	ClCG06G010110.1-protein	polypeptide