CcUC10G196840.1 (mRNA) Watermelon (PI 537277) v1

Overview
NameCcUC10G196840.1
TypemRNA
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCicolChr10: 23305692 .. 23316531 (-)
Sequence length444
RNA-Seq ExpressionCcUC10G196840.1
SyntenyCcUC10G196840.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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ACGAGTTTTAGGACATAAAACACAATCTATAGACCGTGATAGACTTCTATCACTTGAGCGATAGACTTCTATACTCAAGCGATAGAAGTCTAGAAATCTACTGCAGTCTACCGCTAATATACAGTAAAATTTTTATATATTTATAAATAATTTATATATTTCTTATCGATAATAATTATTCAAATTAATATTTATAAAGCTTAATTTAAATCTTATACAATACAAAAGAAAGTATGTCATACCAAAATGTGAAACGTAAGTTTGGTATGTCATTTATTTATTAGGTAAAATAATAAAGTTCTATAGTAATGATCGTTTTTCAACAAGGTTGAGAGTTTCAATTATTGCACCCATAAAACAATTCAACATGTTGGTTTAACGTGAAATATTTAATTAATTCAAGCTATAAAATATTCAACTTTGCTTGTGATTAATCACTAAAATTACCATTTTAGTCTTCCTAAGTTTAAAAATGAAAGCAAGTATTTGTATTTATATAAATCAATCTTTAACATTATTTAAAGTTAATCACCAACTTATTTAACATAGATTCTTGGAGTACTTACGACACATTTCTCTTTAACCCAAGTTGAGGTTAAGAATTTTTTTGAAATCTTTGTAGTTTTTGCTCAAAAACCTTTGAATATTGTTAAGAATCGTATAAAAATCTTCAATAACACTATAATGACATCAAAAATTTCTGGAGGACATAGTAGATTATAAAATTATTTAGATTTAGTCAATTGAGAGATGTTTTGAAAGGGTTTAAAACACTCTTTTGAGATTGGAAGTTAAAGTTTCGAGAGGACCCTAGAAGAAGAAGAAGAATATAACCCGTGA

mRNA sequence

ATGTCAATTAGTTATGATGAATATTTTGCCAGTGCGATGATAGTCATCAACTACATTGAAAGTAAAAATACAAAAACGAAACAGAAAAAGGCAAATGAAGACATAAATAGAGGAGGGGCATCTAAAAAAAAAAAAAGAATCCAAAAAGGTGCCTTTTTCCAAACTGGAAAATTTAAATTTGAAAAAGAAGCGCACATACCAATACTCAAAAGAAAAGATTGTAAAATAATAAAGTTCTATAGTAATGATCGTTTTTCAACAAGGTTGAGAGTTTCAATTATTGCACCCATAAAACAATTCAACATGTTGATTCTTGGAGTACTTACGACACATTTCTCTTTAACCCAAGTTGAGGTTAAGAATTTTTTTGAAATCTTTGTAGTTTTTGCTCAAAAACCTTTGAATATTGTTAAGAATCAAGAAGAAGAAGAATATAACCCGTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCAATTAGTTATGATGAATATTTTGCCAGTGCGATGATAGTCATCAACTACATTGAAAGTAAAAATACAAAAACGAAACAGAAAAAGGCAAATGAAGACATAAATAGAGGAGGGGCATCTAAAAAAAAAAAAAGAATCCAAAAAGGTGCCTTTTTCCAAACTGGAAAATTTAAATTTGAAAAAGAAGCGCACATACCAATACTCAAAAGAAAAGATTGTAAAATAATAAAGTTCTATAGTAATGATCGTTTTTCAACAAGGTTGAGAGTTTCAATTATTGCACCCATAAAACAATTCAACATGTTGATTCTTGGAGTACTTACGACACATTTCTCTTTAACCCAAGTTGAGGTTAAGAATTTTTTTGAAATCTTTGTAGTTTTTGCTCAAAAACCTTTGAATATTGTTAAGAATCAAGAAGAAGAAGAATATAACCCGTGA

Protein sequence

MSISYDEYFASAMIVINYIESKNTKTKQKKANEDINRGGASKKKKRIQKGAFFQTGKFKFEKEAHIPILKRKDCKIIKFYSNDRFSTRLRVSIIAPIKQFNMLILGVLTTHFSLTQVEVKNFFEIFVVFAQKPLNIVKNQEEEEYNP
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
CcUC10G196840CcUC10G196840gene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23305692..23305717exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23305874..23305982exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23306159..23306247exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23313181..23313236exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23315276..23315398exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23315562..23315594exon
CcUC10G196840.1-exonCcUC10G196840.1-exon-CicolChr10:23316524..23316531exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23305692..23305717CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23305874..23305982CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23306159..23306247CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23313181..23313236CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23315276..23315398CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23315562..23315594CDS
CcUC10G196840.1-cdsCcUC10G196840.1-cds-CicolChr10:23316524..23316531CDS


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CcUC10G196840.1CcUC10G196840.1-proteinpolypeptide