Tan0022641 (gene) Snake gourd v1

Overview


Name	Tan0022641
Type	gene
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Retrotransposon gag protein
Location	LG08: 13108330 .. 13131991 (-)
RNA-Seq Expression	Tan0022641
Synteny	Tan0022641

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon

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mRNA sequence

ATGAGTATGGTCGCGACAAAAGAAGAAAACCAAGGTCTAACTTCTAGTACCCCTCGATATTCAGTCTTCCAAAGACTAAACGTCTCAACTTCGAAGAAAGATCGACCTTTAACATCTATTTTCGATCGCTTAAAAGTAACAAGCAATCGACATGAAAGAAAGATGAAATCCTTAAAGGTAGAACTGTTCGATGAAGTAATCAATGACCAAAAGATTCATAGTCTTGTTCCTTCACGTATGAAAAGGAAGTTCTTTGTTCTCATAAACACAAAGAGCTCCTTGAAATTCAATCAATTCTTCCTGTATAGCCTCTTTAAGTGTTGCATCTTTACTTCGATTTTCAACACGTCTCTTTTGTTGGTACATGGCTGCAAAATAAAAACAAGAGGACCTAATGGACCTACAGATCATGAGCTCCAACGATACGAGATTAATCGGCCAAACTCTTTATACCAGTGCTCCTCTAATGAACAATTTGTTTGTGGTCCTACCAACAAACAGAGTCCCTCTCGGGCCAATGAGAGGGTCGGGCCCTTTGTTCAAGTCCCGGAGACACCACTTAAGGGAACATTCCTCTACTTACCCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGAGTATGGTCGCGACAAAAGAAGAAAACCAAGGTCTAACTTCTAGTACCCCTCGATATTCAGTCTTCCAAAGACTAAACGTCTCAACTTCGAAGAAAGATCGACCTTTAACATCTATTTTCGATCGCTTAAAAGTAACAAGCAATCGACATGAAAGAAAGATGAAATCCTTAAAGGTAGAACTGTTCGATGAAGTAATCAATGACCAAAAGATTCATAGTCTTGTTCCTTCACGTATGAAAAGGAAGTTCTTTGTTCTCATAAACACAAAGAGCTCCTTGAAATTCAATCAATTCTTCCTGTATAGCCTCTTTAAGTGTTGCATCTTTACTTCGATTTTCAACACGTCTCTTTTGTTGGTACATGGCTGCAAAATAAAAACAAGAGGACCTAATGGACCTACAGATCATGAGCTCCAACGATACGAGATTAATCGGCCAAACTCTTTATACCAGTGCTCCTCTAATGAACAATTTGTTTGTGGTCCTACCAACAAACAGAGTCCCTCTCGGGCCAATGAGAGGGTCGGGCCCTTTGTTCAAGTCCCGGAGACACCACTTAAGGGAACATTCCTCTACTTACCCTAG

Protein sequence

MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKVELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFNTSLLLVHGCKIKTRGPNGPTDHELQRYEINRPNSLYQCSSNEQFVCGPTNKQSPSRANERVGPFVQVPETPLKGTFLYLP

Homology

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr
Match: KAA0042866.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 102.8 bits (255), Expect = 3.4e-18
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 70/94 (74.47%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDRLK+T++R +R+MKSLK 
Sbjct: 151 LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKDRPSTSSFDRLKMTNDRQQREMKSLKA 210

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSL 95
           + F E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+ SL
Sbjct: 211 KPFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTEDSL 244

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr
Match: KAA0041771.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 102.4 bits (254), Expect = 4.4e-18
Identity = 61/115 (53.04%), Postives = 79/115 (68.70%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   KEENQ  TS+  R S F+RL++STSKK RPLTS FDRLK+T+++ +R+MK+LK 
Sbjct: 398 LSMATKKEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKHRPLTSAFDRLKMTNDQQQREMKTLKA 457

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           + F E  +D KIHS V SRMKRKF V INT+ SL     F+       IFT++ N
Sbjct: 458 KPFHEENDDDKIHSRVSSRMKRKFSVDINTEDSLTVKPRFI-------IFTNLIN 505

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr
Match: TYK02797.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 102.1 bits (253), Expect = 5.7e-18
Identity = 62/115 (53.91%), Postives = 77/115 (66.96%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDRLK+T++R +R+MKSLK 
Sbjct: 151 LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKDRPSTSSFDRLKMTNDRQQREMKSLKA 210

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           + F E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+ SL     F+       IFT+  N
Sbjct: 211 KPFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTEDSLTVKPRFI-------IFTNPIN 258

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr
Match: TYK30263.1 (gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 102.1 bits (253), Expect = 5.7e-18
Identity = 62/115 (53.91%), Postives = 78/115 (67.83%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDR K+T+N+ +R++KSLK 
Sbjct: 91  LSMATKEEENQCPTSTYTRTSAFKRLSISTSKKDRPSTSAFDRPKMTNNQQQREIKSLKA 150

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           +LF E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+SSL     F+       IFT+  N
Sbjct: 151 KLFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTESSLIVKPRFI-------IFTNPIN 198

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr
Match: TYK18884.1 (gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 100.5 bits (249), Expect = 1.7e-17
Identity = 55/94 (58.51%), Postives = 70/94 (74.47%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKK RP TS FDRLK+T+++ +R+MKSLK 
Sbjct: 92  LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKHRPSTSTFDRLKMTNDQQQREMKSLKA 151

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSL 95
           + F E  +D KIHS VPSRMKRK  + INTK SL
Sbjct: 152 KPFHEENDDDKIHSRVPSRMKRKLSIDINTKGSL 185

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TLK0 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold44G003800 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 102.8 bits (255), Expect = 1.6e-18
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 70/94 (74.47%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDRLK+T++R +R+MKSLK 
Sbjct: 151 LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKDRPSTSSFDRLKMTNDRQQREMKSLKA 210

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSL 95
           + F E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+ SL
Sbjct: 211 KPFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTEDSL 244

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TJH2 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold67G001260 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 102.4 bits (254), Expect = 2.1e-18
Identity = 61/115 (53.04%), Postives = 79/115 (68.70%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   KEENQ  TS+  R S F+RL++STSKK RPLTS FDRLK+T+++ +R+MK+LK 
Sbjct: 398 LSMATKKEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKHRPLTSAFDRLKMTNDQQQREMKTLKA 457

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           + F E  +D KIHS V SRMKRKF V INT+ SL     F+       IFT++ N
Sbjct: 458 KPFHEENDDDKIHSRVSSRMKRKFSVDINTEDSLTVKPRFI-------IFTNLIN 505

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BTJ7 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold8715G00010 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 102.1 bits (253), Expect = 2.8e-18
Identity = 62/115 (53.91%), Postives = 77/115 (66.96%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDRLK+T++R +R+MKSLK 
Sbjct: 151 LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKDRPSTSSFDRLKMTNDRQQREMKSLKA 210

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           + F E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+ SL     F+       IFT+  N
Sbjct: 211 KPFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTEDSLTVKPRFI-------IFTNPIN 258

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E2D7 (Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold344G00160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 102.1 bits (253), Expect = 2.8e-18
Identity = 62/115 (53.91%), Postives = 78/115 (67.83%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKKDRP TS FDR K+T+N+ +R++KSLK 
Sbjct: 91  LSMATKEEENQCPTSTYTRTSAFKRLSISTSKKDRPSTSAFDRPKMTNNQQQREIKSLKA 150

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSLKFNQFFLYSLFKCCIFTSIFN 116
           +LF E   D KIHS VPSRMKRK  V INT+SSL     F+       IFT+  N
Sbjct: 151 KLFHEENGDDKIHSRVPSRMKRKLSVDINTESSLIVKPRFI-------IFTNPIN 198

[Close]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3D5Q0 (Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold204G00920 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 100.5 bits (249), Expect = 8.1e-18
Identity = 55/94 (58.51%), Postives = 70/94 (74.47%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMVATKEENQGLTSSTPRYSVFQRLNVSTSKKDRPLTSIFDRLKVTSNRHERKMKSLKV 60
           +SM   +EENQ  TS+  R S F+RL++STSKK RP TS FDRLK+T+++ +R+MKSLK 
Sbjct: 92  LSMATKEEENQCPTSTYARTSAFKRLSISTSKKHRPSTSTFDRLKMTNDQQQREMKSLKA 151

Query: 61  ELFDEVINDQKIHSLVPSRMKRKFFVLINTKSSL 95
           + F E  +D KIHS VPSRMKRK  + INTK SL
Sbjct: 152 KPFHEENDDDKIHSRVPSRMKRKLSIDINTKGSL 185

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Tan0022641 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Tan0022641 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAA0042866.1	3.4e-18	60.64	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0041771.1	4.4e-18	53.04	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK02797.1	5.7e-18	53.91	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK30263.1	5.7e-18	53.91	gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK18884.1	1.7e-17	58.51	gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7TLK0	1.6e-18	60.64	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaf...	[more]
A0A5A7TJH2	2.1e-18	53.04	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaf...	[more]
A0A5D3BTJ7	2.8e-18	53.91	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaf...	[more]
A0A5D3E2D7	2.8e-18	53.91	Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffol...	[more]
A0A5D3D5Q0	8.1e-18	58.51	Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffol...	[more]

BLAST of Tan0022641 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Snake gourd (anguina) v1
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 41..61

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Tan0022641.1	Tan0022641.1	mRNA