Tan0006170 (gene) Snake gourd v1

Overview
NameTan0006170
Typegene
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionPhytocyanin domain-containing protein
LocationLG04: 34024270 .. 34044333 (+)
RNA-Seq ExpressionTan0006170
SyntenyTan0006170
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
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AAAGACAAAGGGTTACACTCACAAGGTACATAAGAAGTGTATGTATCCTGACCGAATAATCGTAACTAAAACCTATAAGAATAAGAGTTGTTCTGGCATTAGGTTTTGGTCAAGAGTGTCTTGATCCAGAGGATGAGTGGTTTTTATTACCCTTCGGTGTCATACATTCTAAACCTTTGGAGTATCATTGCAAATTATAAATGACCTAGGAATCATTTAATAATTAGCTAAAACATGATTGGATTAGACAATTATAGCAAGAAACTTATACATGTTTTTTTTTTTGTAAATTTTCAGCAAAATGTCTAGCTCTATAATTTCCTTATTGGATGCGGAAAAATTAACCGGAGAGAACATAGTGACTTGGAAGACTAGACTCAACATAATCTTGGTTGCACATGATCTTAAGTTCGTTTTCAATGAGGAGTGTCCTTAATTCCCTGCTCAAAACACACCTCAATCTGTTGAGGATGCGTTTAACCGCTGGATCATTGCCAATGAAAAAGCAAAAACCTATATCCTGGCTAGCATACCTAATGTTTTAGCCAGGAGGCTGGAGGGCAATGTCTCAACTTGTGAGATCGTGGATTTTGTGCTAAATTTGTCTAGACAATCGTCCAACCAAATTCGACATGAAGCCTTAAAGTACGTTTACAACGCACACATGGAGGAGGGAACGTCAGTAAGAAAACATGTTCTCAATCTGATGGCTCACTTCAACATAGCGAAATTAAACGGGGCGGTCTTAGATGAGAAAAGTCAGGTATCGTTCATCCTAGAATCTCTTCCAAAGAGTTTTTTGCAATTCCACCGCAATGTAGTGATGAACAACATAGAGTATGATCTAACTTCTCTACTAAATGAGATGCCAAATTATCAGTTTCTTATGGATGATAAGAGACAACAAAATGAAGAGGGAAATTTTGTTTCCCATTCTAAAAGTTCTCAGAAGGGTTCACCCTCTGGAACTAAGTACTGTAGTCATTCTCTTAAACTTAAGAAGATACAGAAGAAAAAGAAAAGGAGCGAATAAAGAGCAATCGTCTGGTAAGAAAAGGTTGTTATTTGATAACATGTATGTAGTTTCAGGGTTTATTAGAAACCTTATTTCTATTTCATGCCTTAGCGAACATTGTACTTCAAATTCTTTTCAATTGAATAAAGTGTTTATTTGTTTGGAAAAGTATTGAACTTTGTGTTGTTCTTCTTGAGAATTATTTGCAATGGTTTAATTCAGTTAAAATAGTTTTAAACACTGAATTATTCAAAATATCAAGTACACGAACTGATTTCTCCTAAAGAAAATGCTCATCTTGGTCGTTTTAGATTGGGTCACATTAACCTCAATAGGATTGAGACATTGGTAAAGAATGGACTTCTAAATGAGTTAGAAGAAAATACTTTACTTGTATGTGAATCTTGCCTAGAAGGCAAAATGACTAAAAGCCCTTTTAGTGGAAAAGGTTACAGAGCCAAAGAACCTCTTGAGCTTATACATTCAGACCTTTGTGGTCCGATGAATGTTAAAGCCAAAGGAGGTTATGAATATTTCATCTCTTTTATAGATGATTATTCTAGATTTGGGCATATTTACCTAATGCATCATAAGTCTGAAGCACTTGAAAAGTTCAAGGAATTCAAGACTGAAGTTGAAAATCAATTAGGGAAAACAATTAAAACCCTTCGATCAGATCGAGGTGGAGAGTACATGGATTTAAAATTCTAGAACTATATGATAGAACATGGAATTACATCCCAACTCTCAGCTCCCGGTACGCCACAACAAAACGGTGTATCGGAAAGGAGAAATAGAACCTTGTTGGACATGGTTCGATCAATTATGAGTTATGCTCATCTCCCTAATTTCTTTTGGGGTTACGCAGTAGAGACTGCAAGATACTTTTTGAATAGTGTGCCATCAAAAAGTGTTTCTGAAACACCTTTTGAACTCTGGAAATGACGTAAAGGTAGTTTATGTCATTTCAGAATTTGGGATTGTTCAACACATGTTCTTGTGACAAATCCAAAGAAGTTGGATTCACGTTCAAAATTGTGTCTATTCGTAGGCTACCAAAAAGAAACAAGAGATGGATTATTCTATGATCCTAAGAAGTATAAGGTATTTGTGTCGACAAATGCCACTTTCTTAGAGGAGGTCCACATAAGGGACCACAAACCAAGAAGTAACGTTTTGTTAAGTTGGTTAGACGGAACAATAGAAAAGGTTGTTAATACAACTAGTACATCAACAAAAGTTGTTGATACAAGCTTGTCTAGTCAAGAGAGTCTATCTCAAGAGTTCAGTATGCCTCGACGTAGTGGGAGGATTATAACACAACCTGACTGTTACATGGGTGTATCTGAAAGCCAAGTTGTTATACAAGATGATGACTTTGAGGATCCATCGACTTATAATCAGCGATGGTTGACAAAGACAAAGACAAATGAATCATAGCCATGGACCAAGAAATGGAGTCTCGACCAAGAAATGGAGTCTCGACCAAGAAATGGAGTCTATGTACTTCAATTCTTTTTGGGATCTTGTAGATAAACCTGATGGGGTAAAACCTATAGGTTATAAGTGGATCTACAAGAGAAAGCGTGGTGTAGATGGAAAGGTGCAAACCTTTAAAGTTAGACTAGTAGTAAAGGGTTATACCCAGGTTGAAGGGGTTGACTATGAGGAAACCTTTTCACCTGATGCTATTGTAAAGTCTATCCGTATCCTACTTGTCATTACCGCATATTATGACTATGAGGTATGGCAAATTGATAGCACACAAAATGTGTTATCCTTAGGCTTAATTATTGCTAGTTTTATGATGATTTCAGGACTTTTACGTGGTTAATCCATTCAATTTCAGGTTAAGAGCTTAAACAGAGCTATTGGAGACAATTTGGATCACTCGGGATCAAAACGAGGCTATTTGGAGCTAAAAGTAATACCATTTGGGAGAGAAAGGATCAATCCAAGCATGATGACCGAGGTGATGGCGTTGCAACGCCATGCTTGCCGCTTTGAGGCGTTGAAGACCACTACCGATAGGCGTTAACGCCGCTAACTGCTTGAGGGAGGCGTTGAAGACCACTACGATAGCGTTGCCGCCGCTGCTGCGTCGCAACGCTATATCGATGGGGCGCACGCGCGAGAAGCGCCGCGAGGCGTTACAACGCGCCTTGCAGCTGCGCCGCAACGCCGATCGATAAGAGAGCGCGCTTAGGGTAGCGGCGTTACCTGTACGCTGTCCCTCGGCGTTACAACGCCATCGATTATTTCCATATCGCGGCCGCCTAGGATACTGACGTTACAGCAACGTCCCCCCTAGCATTACAACGTTGTGCCGATAATGCCTATAAATACAACATGTTGTTTTCATTACAAGGGAGCACAATTTGGTAGAGTTTTGCCTAAATTCAAATACACCTTGTAAGAAGAGAGAAAAGAGTGATTTTGGGAGACAAAGCATTCGTGGAGGTTCGAGATCGAAGACGGGGAGCTCGGAGACGAAGGGACCGACATCGACACCTAAGTTTATTTCTCTTTCTTTCAATTTGTAACAGCGTTCTAAGACGTTTCCTACTTGTTTAGTTTGTTTTTCATGTGATTTAGAGTAGCTAAACATTGTAGTTGGATTTGATTTACTTGTTATGACTTTCTTGTGATGTATTGAAGCATGTTATGTCGTTATTTTTGGCAATTCGTTCTTTACTTTTTAATTTGTTGATTTAAGTGGACTCGAGACATAAAGCTTGAATTAGTGCAAAATTGTCAAAACCCTTGGAAGTCTGGCACGAGAGTGACCTAGAAATCTTAGGGAAACACATAAAGAAGTTGCTTAATGCCATGCATGTTGTAGGTTCATATGGAGACTATGAGTTTATTGCATGTGTGAGGCTCACTAAGAATCGAGAGATTTTCTTGAGTATTTCACTTCTTGTTTATAATTTCATCTCATTGGGTCAATGCATGTGCTAGTTAGGTCTTTAACTTGTAAAATCACTTCTCCCAAATCTATCAATCTGTGTCTCCACATGTTTGTTCGTTTGTTTGTATTTACTTCAACCAACTATCCATGTTATGTTTCTTTAGCTAAAATCGAGAATTAGTACCTTAATAATTAATTAATCTAGAAACCCATTCCCGAGGACGATACTTGGACTCATAAATCACTATACTAAAACTTGACCCGTACACTGCGGTATTGCAATATCAAAAAACTATTATGCAACAAGTTTTTGGCGTCGTTGCCGGGGAAACTGGTGATACACTTAGTTCCAAAGGAGAGATCCACAGGTTAGTGAGGAGGACACTGGTGATACACTTAGTTCCACAGGAGAGATCCAGGTGATAGAGTTAGAGGCTGAGAAGTCTTCTTTTATTGTATCCCCAGAAATTTCCTTTATTTTTTATAACCATTTGTCTTACACTCACGAGTCTTGCTTTGATTTCAGTTCTTTTCTTTTGATAAATAAAAATCCCCAAAATAATTTTTTGACCGGGGCTGAAGAAAAGCAGGATAGCCTTTTGGACTTAGAAGGCTACATCGATTCGAGCAAGAAGGGCCCGAAGAAATATGAGCAATTTTATGTGCCCTGATAAGTCACCGTCTAGCTAAAGACGTTAAAGAAATCGCTTCTTGGAGGCAATCCAAGTTTTTTGTTTTATGTCTTTATTTTATGTCTTTATTTTCTAGTTGTTGGTGTTTTTCTTTTTTTTTATCTAACTTCTTTCTTTTTGTTTCTCCAGGTGTATGCCCAAAGGGAGAGCTGCAGACTTGCACCCTTTTGATCCTGAGATCGAGAGGACCTGTAGAAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAACAGAACCTCAAGAAATGGTTGATCAGGAGCTCATCAATAACCCTAAACCTATAAGGGAGTATTTCCAACCTGTGTTTAATTCTGAGCAGGCTGGAAAAGTCCATGCCCCCATCAATGCTAATAACCTTGAACTGAAAACAGTAGTGATACAAATGGTTAGGGAAGGTGCTTTGAGAGGCTAGCAGCCACGAAAGATCCTAACTCTCATCTTCAAAATTTTTGGAAATC

mRNA sequence

CAGGTCGTCACAAAATAAATGGCGATTTTGAGGTTAATCACTGGTCGTCACCAGACGCCGAAGATGGTGAAGGGAAGGCAAGGAGAGAGAGTTAGACTCTACGTAAGGGAAACAATTCTCGGCTACAAGAGAGACAACAAGAGTTCATAAGTGGTTCATCTTGGACAACATGAGGTGTTTCAGCTAACGTTCAAGCGTGCTACTTTTCCCAGCTTCAAGCCACTTTTGTTGAGATTACGACGTAGATGTTTGTTACTGCTGATGGTTTGATAGACAATTTTGGTGACTGGATTGGATTCTACGATGTTTCAATTGTTGAGCTTTCAGAGCATTGTTCCTGTTAAATTGAGAAATGGGATTTGTGTTAAATTGAGAATGTTTCAATAAACTTTATCTTCAACTGTTGCAGAAAAAGGAGTTTCAGCATCAACTAAAGGCTCAACATCGGAACTCAAATCATATGCTCCTCAAGTGGTTGATGGTACACTTGACATGAACGAGGACAAGATTTTTGTTCAAGTTTTTGGACCAAAGAAGCATGGACGTGTTCATGGTTATGGGGTAGGTGTTATACCTTCTGAGTTGTTTGGATCATCTCAAGTCGTCTTAATGAGCCAGAACAACGTCTTCAAGAATTTGAACGACAAAGAAAAGTCGAGGTGTATGCCCAAAGGGAGAGCTGCAGACTTGCACCCTTTTGATCCTGAGATCGAGAGGACCTGTAGAAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAACAGAACCTCAAGAAATGGTTGATCAGGAGCTCATCAATAACCCTAAACCTATAAGGGAGTATTTCCAACCTGTGTTTAATTCTGAGCAGGCTGGAAAAGTCCATGCCCCCATCAATGCTAATAACCTTGAACTGAAAACAGTAGTGATACAAATGGTTAGGGAAGGTGCTTTGAGAGGCTAGCAGCCACGAAAGATCCTAACTCTCATCTTCAAAATTTTTGGAAATC

Coding sequence (CDS)

ATGAACGAGGACAAGATTTTTGTTCAAGTTTTTGGACCAAAGAAGCATGGACGTGTTCATGGTTATGGGGTAGGTGTTATACCTTCTGAGTTGTTTGGATCATCTCAAGTCGTCTTAATGAGCCAGAACAACGTCTTCAAGAATTTGAACGACAAAGAAAAGTCGAGGTGTATGCCCAAAGGGAGAGCTGCAGACTTGCACCCTTTTGATCCTGAGATCGAGAGGACCTGTAGAAGACTCCTAAGGGAAGGAAGAACAGAACCTCAAGAAATGGTTGATCAGGAGCTCATCAATAACCCTAAACCTATAAGGGAGTATTTCCAACCTGTGTTTAATTCTGAGCAGGCTGGAAAAGTCCATGCCCCCATCAATGCTAATAACCTTGAACTGAAAACAGTAGTGATACAAATGGTTAGGGAAGGTGCTTTGAGAGGCTAG

Protein sequence

MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEKSRCMPKGRAADLHPFDPEIERTCRRLLREGRTEPQEMVDQELINNPKPIREYFQPVFNSEQAGKVHAPINANNLELKTVVIQMVREGALRG
Homology
[Close]
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match: WP_217833153.1 (retrotransposon gag domain-containing protein, partial [Synechococcus sp. PCC 7002])

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 3.6e-09
Identity = 42/88 (47.73%), Postives = 53/88 (60.23%), Query Frame = 0 

Query: 58  MPKGRAADLHPFDPEIERTCRRLLREGRTEPQEMVDQELINNPKPIREYFQPVFNSEQAG 117
           MP+    +L P DPEI+RT RR LR    +  EM ++     PK IR+YFQP   + Q G
Sbjct: 17  MPRDN-TNLLPLDPEIDRTYRRNLRALLNQTTEMAEE----IPKAIRDYFQPTLPASQPG 76

Query: 118 KVHAPINANNLELKTVVIQMVREGALRG 146
            ++ PIN NN ELK  +IQM RE A RG
Sbjct: 77  IMNVPINVNNFELKPGLIQMARELAFRG 99

[Close]
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match: XP_038904040.1 (uncharacterized protein LOC120090445 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 68.6 bits (166), Expect = 5.2e-08
Identity = 32/54 (59.26%), Postives = 40/54 (74.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
           MNED+ FV+VFGP+KHG VHGYGVGV PSELFGSS  +   +    + LN+ E+
Sbjct: 81  MNEDETFVRVFGPEKHGHVHGYGVGVTPSELFGSSSTIRDHE----RRLNESEQ 130

[Close]
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match: KAG7990634.1 (hypothetical protein I3843_02G035100 [Carya illinoinensis])

HSP 1 Score: 63.2 bits (152), Expect = 2.2e-06
Identity = 34/88 (38.64%), Postives = 51/88 (57.95%), Query Frame = 0 

Query: 58  MPKGRAADLHPFDPEIERTCRRLLREGRTEPQEMVDQELINNPKPIREYFQPVFNSEQAG 117
           M + R+ D+ P DPEIERT R  LR  +       D+E++  P+ +++Y +PV N   + 
Sbjct: 1   MRRARSRDIIPVDPEIERTLRS-LRRNKILAMAEEDREVL--PRTLKDYVRPVVNGNYSS 60

Query: 118 KVHAPINANNLELKTVVIQMVREGALRG 146
            +  PINANN ELK  +I MV++    G
Sbjct: 61  IMRQPINANNFELKPALISMVQQAQFSG 85

[Close]
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match: XP_008457059.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103496828 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 63.2 bits (152), Expect = 2.2e-06
Identity = 31/54 (57.41%), Postives = 40/54 (74.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
           MN+D IFVQ+FGP+KH  V GYGVGVI SELFGSS  V    +++ + LN+ +K
Sbjct: 136 MNDDDIFVQIFGPEKHRHVRGYGVGVIHSELFGSSSKV----HDLERRLNESKK 185

[Close]
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match: KAA0049895.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold13G00470 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK07633.1 uncharacterized protein E5676_scaffold105G00340 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 6.4e-06
Identity = 29/38 (76.32%), Postives = 30/38 (78.95%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVV 39
          MNED IFVQVFGP+KHG V GYGVGV P ELF SS  V
Sbjct: 60 MNEDDIFVQVFGPEKHGCVRGYGVGVTPYELFRSSSKV 97

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BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C480 (uncharacterized protein LOC103496828 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103496828 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 63.2 bits (152), Expect = 1.1e-06
Identity = 31/54 (57.41%), Postives = 40/54 (74.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
           MN+D IFVQ+FGP+KH  V GYGVGVI SELFGSS  V    +++ + LN+ +K
Sbjct: 136 MNDDDIFVQIFGPEKHRHVRGYGVGVIHSELFGSSSKV----HDLERRLNESKK 185

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BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U8E9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold105G00340 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 3.1e-06
Identity = 29/38 (76.32%), Postives = 30/38 (78.95%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVV 39
          MNED IFVQVFGP+KHG V GYGVGV P ELF SS  V
Sbjct: 60 MNEDDIFVQVFGPEKHGCVRGYGVGVTPYELFRSSSKV 97

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BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2N9IEM4 (Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS52159 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.2 bits (147), Expect = 4.0e-06
Identity = 27/54 (50.00%), Postives = 36/54 (66.67%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
          M ED++FV+VFGP+ HGRV GYG GV P+EL+GSS   ++      K   +K K
Sbjct: 17 MTEDEMFVEVFGPEHHGRVRGYGDGVTPTELWGSSSFSILDLQRQLKESEEKRK 70

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BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2N9GAI3 (Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS24123 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.8 bits (146), Expect = 5.3e-06
Identity = 27/54 (50.00%), Postives = 36/54 (66.67%), Query Frame = 0 

Query: 1   MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
           M ED++FV+VFGP+ HGRV GYG GV P+EL+GSS   ++      K   +K K
Sbjct: 117 MTEDEMFVEVFGPEHHGRVRGYGDGVTPTELWGSSSSSILDLQRQLKESEEKRK 170

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BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BP34 (Bromodomain-containing factor 1-like isoform X2 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold451G00930 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.1 bits (144), Expect = 9.0e-06
Identity = 30/54 (55.56%), Postives = 39/54 (72.22%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNEDKIFVQVFGPKKHGRVHGYGVGVIPSELFGSSQVVLMSQNNVFKNLNDKEK 55
          MN+D IFVQ+ GP+KH  V GYGVGVI SELFGSS  V    +++ + LN+ +K
Sbjct: 38 MNDDDIFVQICGPEKHRHVRGYGVGVIHSELFGSSSKV----HDLERRLNESKK 87

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Tan0006170 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Tan0006170 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
WP_217833153.13.6e-0947.73retrotransposon gag domain-containing protein, partial [Synechococcus sp. PCC 70... [more]
XP_038904040.15.2e-0859.26uncharacterized protein LOC120090445 [Benincasa hispida][more]
KAG7990634.12.2e-0638.64hypothetical protein I3843_02G035100 [Carya illinoinensis][more]
XP_008457059.12.2e-0657.41PREDICTED: uncharacterized protein LOC103496828 [Cucumis melo][more]
KAA0049895.16.4e-0676.32uncharacterized protein E6C27_scaffold13G00470 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK07... [more]
BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A1S3C4801.1e-0657.41uncharacterized protein LOC103496828 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103496828 PE=... [more]
A0A5A7U8E93.1e-0676.32Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
A0A2N9IEM44.0e-0650.00Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS52159 PE=4 SV=1[more]
A0A2N9GAI35.3e-0650.00Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS24123 PE=4 SV=1[more]
A0A5D3BP349.0e-0655.56Bromodomain-containing factor 1-like isoform X2 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1... [more]
BLAST of Tan0006170 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Tan0006170.1Tan0006170.1mRNA