Tan0004654 (gene) Snake gourd v1

Overview
NameTan0004654
Typegene
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionReverse transcriptase
LocationLG03: 9525506 .. 9571142 (+)
RNA-Seq ExpressionTan0004654
SyntenyTan0004654
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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ATGTTTTGGCCTAGCTTACAAAACTATGGGGACAAAGCTGAGTTTTAGGACAACGTTTCATGTTCGGATTGATGGTCCATCGAGAGAGACCATCCGCACCTAGAAGACATGTTGCAAGCGTCGCCCTTCAAGTTAAGGGAAGTTGAGATACACACCTATCACTTATGGAATTTGCTTACAATAACAATTATCATCCGGTTTTGACATGGCACCATTTGAGGCTCTAGATAAAAGACCGTGTAGAACGCTCGTATATTGGAATGAACTAGAAGAACGGAAGCTAATCGGTCCCGAGTTGGGACAAATTACAACGAACAATATTAAGGTAATCGAGAGAGAATCAAGGTAGCACAAGACCGCTGTCGTAAGAGTTATGCGGATAAGCGACGAAAGGACTTAGAATTCCGGATCGGAGATCAAGTTTTCTTGAAGTTATCTCCGTGGAGAGGTGTCCTTCGCTTTGGTAAGAAAGGTAAACTAAGCCCTAGATATATTGGTCCTTATCAAGTAACGGGACAAGTTGGGCGACCCCTCTGAGACTAGACTAGAATTGCAGCAGAACTATCTCGAGTACATGATGTTTTTCATGTGTCCATGTTGAGAAAGTATATTCCAGATCGACACATGTGCTGCTACAAGCACAACCCGATGAGTCAAAAAAGACATGAGTTACGCAGAGAGGATGCAGCCCAAATCCTCGGCGAGAAAATAACAAGTTTTAAGAAACAAGACGATCCCACTGCGTGAAGGTTCGTTGGAGACATCACTGAGTGGAGGAGGCAACCTTGAGAGTTAGAAGACTAAATGAGGAGGAAGTACTGCATTTATTTTCACTAAAGGACTACTAAATTTCGAGGACGAAATTTCTTAAGGAGGTAAGTTGTAAACCCGAGATCTTTCTTTGGAACCTCCTTAATATCAAACAACAAAAGAAAGGAAGAAATGAATGCTTAAAACTTGGTTTTCCTTGTTTTAAAAAGAAAAGTAATGAAGTGAAAGGCAAAAGGAAAACAAGGAAGGAAAAACATAAACCATTTTGGTTTGGTTGTTCTAAGAATAATGAAGGAAAGAAAATGAAAGCTATGGTTATTATATTATGTTATGTTTTAAAAAAGAAACAAAAGAAAACAAGAAAGGAATAGTTTGGTTTGGTTTTTCTTTGAAAACAAAAGCAAAGGAAAGAAAAGTAAAATGAAAAGATAAAGGAAAAGAGAAAAGGAAAAAGAAAAAGAAGAAAAAGACAAAAACAACCTTTTGGGCTATATTAAACCATTTCCAATTAATTTCTAACTCATTTTGTTATCATTTTTCAACCAAGAAAGGGCAGAGCATCGTGGGAGGGGTTTGAGAGAAGAAGAGGGGAGAAAGTTTCTGGTTGAGGTTGAAGAAGAAAGGAGAAGAATCATTCAACTTCCATGGAAATTCTTTAATCAACTCAGACAAGTTCTGCTATTTTGTTCATCTCGAGCTCCACAGAAAGAGGTAAGAGTTGAGATTTTGTTTCGTGCAATTTAACTCATATTGGAACAAATTTCGTGAAGGAAGCTCGAGCAAATTCGGATCTTATGCTACCGATTTGTGAAGAGGAAGACAGATGATAGATTTTGCTGTCAAATCCGGGAAGCCTCTGATGTTTTGGTTGTTCTGATCTGTATACTTGGAGTTAGAAGCTATAATAGGTATGGTTGGAAAGCTTATTGAATTTCCTACAACTTGCATGAAGACATCGTCAATAGAAAATGATTGGAAGATGTTGAAAATATCAGGTCAAGTTTTGGGTTGCAGCAGAAAAATGAATATGGAATAGCAGAAGTTAGTTCCTGGGAAAGACGCTTTCGAGGTATTTCTGAACCAATCTATTGGGAATTTCAATTTCATGCCTTCATATGATTTTTAGAGGATTCAAAAAGGAAGAGTTTGGTATAAAGTTCACCCTGTTTGGCTAAGTGATGAAGAAGTTATGGCTGTCTGAAAACAGGGCAGAAATTCTGAAAATGCTGGAATTTTTGTTGGAGTGTTTTCTTGTAGTTTTAAGGTTAAAAACCATGAGCTCGAGGTTCTAAAACATGGTTTTGGTTTGTTTGGCAGTCCAAGAGGAGATAGGTCGAGTGTACGGGCCAAGGTTCTAGTTCTAACACGGTGAGTGACAAAACGAACCTTGAAAATGGTTTATAGGCTTGTATTATGCTTATGAAATGCAAGGTTTTGCTAAAACGAAATGGTTTCAATGCTTATTGTTTTCCTTGAACACTTGTTTATGAGCATTCATGATTTCTTAGAAATGTTTTAAACTGTTCATGATGAGCTTAAATGTCTTGATGAAATTTATACACGAGCATATGTTTATTGCATTTCCAAGTCTATGGAAATGTTATGACTCGAGCAAGTAAGTATGTTTTAGCAAGTATGTTTTTAAAGATTTCCAGTTTTATGAACAAGCTAAGTAAGCTTGAGTTTTATGAAAAGAAAAGATAAGCAGGCATGTTCAAATGTTTTCATGTGATTTTTGAGATATTGAGCCCGAGGCTTTATGGTACCGTGTGCACACAGTCTTATTCTCGTTGTCGACGCTGAGTGTACTCGTGACAACAGCCACTGCTCGTGAGTCTTTGGCGTGCCCCACTCGACAAAGGCGATGGGAGTCTTTGGGCGGGCCCCACTACATCGTAGAATAAATGTTGGTGTCTTCAAGGCGTGCCTACACAACGTAGATTGTGACATGTTTTAAAAAAGAGTTTATATCATTTACATGCCTTACGAGATATTAACGGTATACTTGCTGGTTTTCATGAAAAGCTATTATGATTACACAGTTACTTTTAACATTTGATTACAGATGCATATGCCCATAGATGGTCAGGTGATATGATTTACGAGTTAATAGCTTTCTTTTAAACTCAAGTCACTCACTAAGCTTCATAGCTCATTCTTTCAGTGTCTTTCCCACTTTTCAAGTAGAGATCGAGCTCCCGGTGCCTGAAAACCTGCCATAGTCTGCTGAAGCTTCAAATGTTTGATATTTTGTACGTGGCTGGTGTTATATAGCAAGTCCATATATTTTGTAAATTCTTTTGAGAGAACTATGTAGTTATAGTCGTATGTGCTTTAGAGGTTGTGGTTGTTTAATTAGTGGTTGGACAGTTTATGGTTCTGATGTTCTTGCTCGTTTTAGTTTCCAAGAGAGACTTAAGAAGAGTTTCTCCTCATGTACGTCTTATAAATGTCCAGTTTCCGCTGTGTTAAGTTTAAAGTGTTCCATATGCGAACATAGTTTGTTTTCGTGTAAAATCACAAGTAGTATTGTTAAGAGGTAACAATGTCTGTTGGCTTCATGCCATCTCCCGGGCTAAGTTAGCAAGTGTTTCTGGAGGGGGTGTGACAAGTTCAGTATTCAAAACACTTTTGACCGAATTTTGTTTTAAAACATACAAGTTATGCTCAAGCGAAGCAGAACACAACACATTTCCATTAGCGGAAATAAATGTTGGGTTTTATGTCCTAAGACTCGTGGTTTTGTAACGTGAATGCATATTCTATTTTGCAATAAAGTTGTTATTGAGATTTATTTAGTAAAGATGTTTTTTAATGAAGTGAATTGTGTATTGTGCAACAATAATCCAATAAAGAACCATTGGCTATAGGATATACAAGTGGATCAAGATCAAGTTATAGCAAGAACGATCTATAGTATTAGGATAGGATTGGGTACCTTATCATGTGGACACTATGGACGCGACCCACTTTGTAGAGTACAAATGATGTGATCCTAAATCGTTCATGTGGAGACATGCGAGTGGGGGCGTCGTATGCAATGAGTTTGCATAAGACTGGACCGCGAAATAGTCACTTAGACTTTATAACTCACTTTACTTTCTTAACTGACTATATTCACACGATGACCTAGGTAACTAGATTTTAATCCTGAGCGTTCTATGAACTCCTTTTTATTCGGATTATCCTTAGATTTGCATGAGTGAGAGTGGTCTGAGATTGCCGACTCAATAAGCCTCACATTTCAGGGATAATTCTGGGTAGATAGCTGGGAACATAGTTCTGCATGATGAAATTTACTCCTACCCGCGTTAGGGATTAGTAGATAGGTTGTTCCCTTAATTGCTGACTTCGGGTCTTGAACAAAGGGCTCACCCCTCTCATTGGCTCGAGAGGGATTCAAATTGCTGGTTGCACCACAAACCAATTGTTCATTAGAGGAACAGTGTGACTCAAGGAACAATAGGTAATTACGGGGGTAAAATGGTAATTTTCACCCAGTTGTAGTTATGAACAACTGGTGAGGGATCGACTTACTAATCATAGTTATATCAAGGGGCCATAAATATATCTACAGTGTGTAGAGTGCAACAACTAGGCTTTAGTGGAGTGTCCTGGTGGTTAACGAATGTTGATTAGCTAGGCTAAAGAGTTTGGCTGGTTAATCTCGTATCGTTGGAGCTCATGATCTGTATGTCCATTAGGTCTTCCTTATTAGCTCTGATACCAATTGAAAGAGTCTAGATTGAGAAAGCGGAAGCAATTTTGGATCTTTAACACTCTAAATTTATCAATTTTGTAAAATAAGATGCATGCATAAAGCTGGAAAAACTGGGAGTTAAGAAACTCACTTTTGAAGATCAAATTCTCTTCACCCGGTGGATGATTTTAAACACGAACACTTCATGGACAACCTTTTTATCTTTGTACTATCCTCAGGCCTTGGAACGGATTGTGGGATCCTAAGTTCAGAGAATTTTGAAGAAAGGACCTCTAAGTTTACAAAACGGGAATTTTTATTATTTTTGTAAAATTCTCTCAAAACACCATTAAATAAAGCTTTCTCAAGCTGCATTTGAGTGACAACTCAAGTGTGATAAGGATGGTTTGAGATGGAGATGGCCATTTTTTGTGAATTTCATGTTGAGAGGGATTGGGCAAGTTTCCAACTTGATTTTCATGGAAATCATGAAAATCCTTCATTTATCATTTTAATTTTAATTAAAAAA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AAAGACTATCGCTACGAGTTTGTTTTCAGCATTCAAAGCTCAGAAGTTATTGAGGAAAGGTTGCACGACGTTTCTTGCACATGTAGTTGAGGTGCAGGAAGAAAAGCTAAAACAAGAAAATGTTCTTGTTGTGAATGAATTTTCTTGTTGTTTTTCTAGCAGATCTATCGGGATTGCCACTTGATAGGGAAGTTGAGTTCACCATTGAACTGTTATCATAAATAACACCTATTTCGCAAGCGTCGTATAGAATGGCTCCAAGTGAGCTCAAGGAGTTGAAAATGCAGTTACAAGAACTAGTTGATAAGGGATACATCGACTTGAGTATCACCCCGGGAGCTCCAAATGTTATTTGTGAAAAGAAAGATGGTATCCGTAGATTATGCATTGATTATAGATAGTTAAACAAAGTCACGATACGTAATAAGTATCCTTTACCCTGAATAGATGACTTGTTTGACCAGTTAAGAGGTGCATCGATGTTTTGTAAGATCAATTTAAGATCAGGATATCATAAGTTAAAGGTCAGAGAATCAGACATTCCTAAGACGTTATTCATAATGAGGTACGAGCATTACGAGTGTTTAGTAATGCCATTCGGTTTAACAAGGTACTAGTAGTTTCCATGGACCTCATGGGCAGGTTTTTCCCCAGTATTTGGATAACTTTGTAATAGTAATTATTGATGATATACTAGTTTATTCGGTTGATAGGAAAGCCCACGAGGAACGCATGAGTATTATTCTACAAACACTACGAGATAAACAGTTGTACGCTAAATTCACCAAAGGTGAGTTTTGATTGAATCAGGTAGTGATTGAGGTAAGTTGTTTCAATAAATGGAGTTGGTATGGGTCCACATAAAGTAAAAGTTATGGTCAACTTAGTGAGACCAGCTAAAGCGACAGAGGCACGTAGTTTCCTAACTTGGCGTGATACTGCAGATGATTTGTTGAGAACTTCTCACGATTAGTATTACCTTTAATTGCTTTAATAAGAAAGAATGCTAAGATTGAATGGTCGATAAGTGTGAATGAGTTTTGAGAGTGAAAAAAAAAAAGATTAGTTACAAACACCTATTCGACACACTTCCTATAACGGAAAAGAGTATGTGGTTTCTTGTGATGCACCAAGGAAAGATTTAGGGTGTGTCTTGATGCAAGAAGGAAAAGTAATAACTTATGCGTTAAGGCAATTGAAAAAGCACGAATGTAATTACCCTACCCATGATCTTGAGTTAGCAAAGCAGCTTATTTTAGCACTCAAGATCCGAAACATTACTTGTTTGGTGAAAGGTGTCACATTTACACGGATCATAAGAGTTTGAAGTATATCTTTGATCAAAGGGAGTTGATTATGAGACAGAGAAGATGGTTAGAATCGATTAAAGATTATGATTGTACCATAGAATACCATCCTGGTAAGGTGAATGTGGTAGCAGATTGCATTGAGCGGGAAGTGAAGACTTCCTAAGGACACCTTGTGTGGTTTTTTCGAGCAACATTTTTTTAAGTACTCTAAGGATTCTAAGGCGGTTGTAATCTGCAGAAAAATTCAGAGGGTCTTTTAGTTTAATTTCGAGATCGTGCCTTCACTCATAATAGAGATTGTGAGAAGACAATCAAAGAATAGTAACTTGCAAAAGATGTTTAGAAAGTCCAAATAGGGCCAAGAAGCAAAATTTAAAATGAGATCGGAGACGGAGCCATAGAGAAACAGGGGAAGACTATGCGCTAGAGTGTTAGTGAGCTTAAGAATGCTATTCTAGAAGAAGCTCACAGCTCAGTTCATTCACGCTATGCATCCGAGAAGCACCAAGATGTGTAAAACCTTGAATGAGACTTATTGGTGACACAGGATGAAGCGGAGATAGTTGATTATGTGATAGATGTTTAATCATCGCCAAGTTAAACCAGATTAGACGAAGCAAAAGGACTCCTTAACCCATTGCTAGTGTCGGAATGGAAATGGGAGCGTATTACTATGGTTTTTTTGTTTAGATTACCACGTACTTCAAATGGACATGATGGTACTTGGGTAATGGTGGATAGACTCACTAAGACAACACGGTTTGTACCGATTACAGCGATGTCTACGCTTAATCAGCTAGCTAAGCTATGCGTCGACAGAATTGTGAGACAATACGGAGTGCCTGTGTCCATAGTTTCAGATAGGGATCCGAGATTTACTTCTAAGTTTTGGCCTAGTTTAAAGAAGGCTATGGGGACAAAGCTGAGTTTTAGTACAGCGCTCCATTCTCGCATGGATGGTCACCGAGAGAGGACCATCCAGACCCTAAAAGACATGTTGAAAGCATGTGTCCTTCAAGTTAAGGGGAGTTGGGATACACACCTATCACTTATGGAATTTGCTTACAATAACAATTATCAGTCTAGTTTTGACATGGCACCATTTGAAGCTCTAGATAAAAGACCGTGTAGAACGCTAGTATATTGAAATGAACTAGAAGAGCGGAAGCTAATCGGTCCTGAGTTGGTGCAAGTTATGACAAACAATAGTAAGATAATCGAGAGAATCAGGAGGGTAGCACAAGACCGTGTAAGAGTTATGCGCATAAGCGACGAAAGGACTTGGAATTCCGGATCGGAGATCAAGTTTTCTTGAAGTTATCTCCGTGGAGAGGTGTCCTTCGTTTTGGTAAGAAAGGTAAACTAAGCCCTAGATATATTGGTCCTTATCAAATAATCCGGACAAGTTGGGCCAGACCCTCTGCTGCACTAGAATTGCCGCGAGAACTATCTTGAGTACATAATGTTTTTCATGTGTTCATGTTGAGAAAGTATATTCCAGATCGACACATGTGCTACAAGCACAACCCGTTGAGTTTGAAAAGACATGAGTTACGCAGAGGATGCAGTTCAAATCCTCGGCAGAAAAAGAACAAGTTTTAAGAAACAAGACGATCCCACTCGTGAAGGTTCGTTGGAGACATCACGGAGTGGAGGAGGCAACCTGAGAGTTAGAAGACTAAATGAGGAGGAAGTATCCAATGATTTTCACCTAAAGACTACTAAATTTCGAGGACGAAATTTCTTAAGGGGAGGTAAGTTGTAAACCCGAGATCTTTCTTTGGAACCTCCTTATTATCAAACAACAAAAAAGAAAGAAGAAATGAATGTTTAAAACTTGGTTTTCCATGTTTTAAAAAGGAAAGAAATGAAGTGAAAGGCAAAAGGAAAACAAGGAAGGAAAGTTTAAACCATTTCGGTTTGGATTGCTTTTAAGACAAAAGAAGAAAAGGAAATGAAACAAATGTTTAATATACTAAGTTTGCTTTGTTTTGCAAAGAAAAAAGATAAGAAATGAAAAGATAAAGGAAGGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAAGGAAAGGTGGATGGTGGATGGTGGGACCCCACCTTGTTTCTTTCTTTTTAAAAGGCTTTCCCCATCGATTTCTCCTCATTTTATGAAGTAAAGGCAAGGGTTTTCGTGGGAGAAGCTTAAAGGAAGAAGAAGAAGGTGGTTTTGGAGCTGGATTTGCGAGAAGAGAGGGAGAGAACTCAAGCAATTGGTATAACAAAGAAGGTAATCACTCTGCCATGTTCTGCTATTTTCTTCATCTCGAGCTCCACAGAAAGAGGTAAGAGCTGGGATTTTGTTTCGTGCAAGATAACTCATATTGGAACAAAATTCGTGAAGGATGCTTGAGCAAATTCGGATCTTAAGCTACTGATTTGTGAAGAGGAAGTCGAATACGTAATTTCTTGTCAAATCCGAGAAGTCTCTGATGTTTTGGTTGTACTAACCTGTAGAATTGGAATCAGAAGCTCTATTAGGTATGGTTGGAAAGCTTATTGCATTTCCTACAACTTTCATGAAGGAATCGTGAATAGAAAATGATTGGAAGATGTTGTAAATAGCAGGTCACATTTCGGGTTGCAGGAAAAATTCGAATCTGGAATAGCAAAAGTTGGTTCCGGGGAAAGAAGCTTTCGAGGTATTTCTGAACCAATCTATTGGGAATTTCAATTTCATGTCTTCATATGAATTTTAGAGGATTCAAAAAGGAAGAGTTTGGTATAAATTTCACCCTGTCTGAATACAGGGCATAAAATCTGTTAAATGCTGGAATTTTTGTTGGAGTGTTTTCTTGTAGTTTTAAAGTTAAAACCATGAGCTCGAGGTTCTAAAACATAGTTTTGGTTTGTTTGACAGGCCAAGAACGAATAGGTCGAGTGTACGGGTCAAGACTCTAGTTCTAACACTGTGAGTGATAAAACGAACTTCAAAAGTGTATATATGCTTGAATTATGTTCAAGAAATGCAAGTTTTGCTAGAATAAAGGTTTTCAATGCATTATGATTTCTTTTGAACACATGTTTATGAGTATTCATGTTTTCCTAGAAATGTTTCAAGTGTTCATTGTGACCCTAAAAGTCTTTATAAAGTTTATACATGAGCATATGTCCAATGGTTGCCAAAACTTATGAAAATGTTATGATTTCAAGCAAGCATGTACTAGCAAGTATGTTTTAAAGATTTCGATTTTATGAACAAAAAGAGAGTAAGCTTGAGTTTTATGAAAGAGAAGATAAGCAGACATGTTCAATGTTTTCATGTGATTTTCTGAGATATTGAGCCCGAGGCTTTATGGTACCGTGTGCACACAGGTCTTATTCTGTTGTCGACGTTGAGTGTACTCCGTGACAACAACGGCCGCTGTCGTGAGTCTTTGGGCGGGCCCCACTCGACAAAGACGATGGGAGTGTTGGGCGGGCCCCACTATCGTAGAATAAACGTTGGTGTCTCAAGCGTGCCTACACAACGTAGATTGTGACATGTTTTAAAAAGAGTTTATATCATTTACATGCCTTACGAGATTTTAACAGAGTCTTGCTTGTTTTCATGAAAAGCTATAATGATTACACGATTACTTTTAACGCTTGATTACAGATGCATATGCTCATAGATGGCCAGGTGATATGATTTACGAGTTAATAGCTTTCTTTTAAACTCAAGTCACTCACCGAGCTTCATAGCTCATTCTTCCAAAGTGTTTTTCCACTTTTCGTGAGAGATCGAGCTCCCCTGTGCACGAGAACTCGCATATAGTCACCAAGCTTCACATGTTTGATATTTTGTACGTGGTTGGTGTGGTTTAGAAAATCCATATGTTTTGTAAATTATTTTGAGAGAACTATGTAGTTATAGTCCTATGTGCTTTAGAGGTTGTGGTTGTTTAATTAGTGGTTTGGACTGTTTGTGGTTCTGATGTTCTTGCTCGTTTTAGTTTCCAAGAGAGACTTAAGAAGAGTTTTTCCTCATGTACGTCTTATAGATGTCCAGTCTCTGCTGTGTTAAGTTTAAAGTGTTCCATATGCGAACATAGTTTGTTTTCAGATAAAGTAGTGTCGGCAGATATTGTTAAGGGGTAACATGTGTCTGCTGGCTTCATGCCGCCTCCTCGCTTAGTTAGCAAGTGGTTCGAGAGGGGTGTGACAACTTGGTATCGTGAGCGATTAGCTCCATGGGAATGAGATAGAGCAAGTCGACTCTAGAAGAAACTCAAAAGTAAATAGCAAGTTATTGAGTTAGTTCAATAGAACTAGCAGAGCATGGTCCAAGTAAGGACAAGAGTAAGTCCAGTCAGGACTAG

mRNA sequence

ATGTTTTGGCCTAGCTTACAAAACTATGGGGACAAAGCTGAAGGTCGTTTGGTTAAGGAAATTCATGTTAGATTTGAAAATTGTTCCATATATAAGTATGTCTATCACGTTGTTTTTGAGGAAGAAGATTTCGAGGTTCTAATGCTTAGTTTTGGTTTGTTTGACTGGCCAAGAGGAAATAGGTCAAGTGTACGGGCCAAGGTTCTAGTAGAGATCGAGCTCCGGGTGCCTGATAACCTGCCACAGTCTGCTGGAAGCTCCACAAGTTTGATATGTTCTACGTGGGTAGAGTTGTATAAAAAGTCTATATGTATATGTCAGCAGGTATTGTTAAGAGGTAACAATGTCTGTTGGCTTCATGCCGTCTCCCGGGCTAAGTTAGCAAGTGGTTTGGGAGGGGTTAGTTCAATAGAACTAGCAGAGCATGGTCCAAGTAAGGACAAGAGTAAGTCCAGTCAGGACTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTTTTGGCCTAGCTTACAAAACTATGGGGACAAAGCTGAAGGTCGTTTGGTTAAGGAAATTCATGTTAGATTTGAAAATTGTTCCATATATAAGTATGTCTATCACGTTGTTTTTGAGGAAGAAGATTTCGAGGTTCTAATGCTTAGTTTTGGTTTGTTTGACTGGCCAAGAGGAAATAGGTCAAGTGTACGGGCCAAGGTTCTAGTAGAGATCGAGCTCCGGGTGCCTGATAACCTGCCACAGTCTGCTGGAAGCTCCACAAGTTTGATATGTTCTACGTGGGTAGAGTTGTATAAAAAGTCTATATGTATATGTCAGCAGGTATTGTTAAGAGGTAACAATGTCTGTTGGCTTCATGCCGTCTCCCGGGCTAAGTTAGCAAGTGGTTTGGGAGGGGTTAGTTCAATAGAACTAGCAGAGCATGGTCCAAGTAAGGACAAGAGTAAGTCCAGTCAGGACTAG

Protein sequence

MFWPSLQNYGDKAEGRLVKEIHVRFENCSIYKYVYHVVFEEEDFEVLMLSFGLFDWPRGNRSSVRAKVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTWVELYKKSICICQQVLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGGVSSIELAEHGPSKDKSKSSQD
Homology
[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match: KAA0054351.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa] >TYK12388.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 1.6e-07
Identity = 47/120 (39.17%), Postives = 59/120 (49.17%), Query Frame = 0 

Query: 56  WPRGNRSSVRAKVL--------------------VEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTW 115
           WPRGNR S++ + L                    VEI+L VPD L  SA SS S   STW
Sbjct: 16  WPRGNRPSLQTEELDKTVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIQLSVPDTLATSAESSGS-NSSTW 75

Query: 116 VELYKKSICI------CQQV----------------LLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           +ELY +S+ +        QV                ++RG+NVCWLHAV RA+ A GLGG
Sbjct: 76  LELYFESVHVEMFCYFTNQVISGLHLVFNVLVRSTGIVRGDNVCWLHAVFRARTAGGLGG 134

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match: KAA0062409.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 2.7e-07
Identity = 50/136 (36.76%), Postives = 67/136 (49.26%), Query Frame = 0 

Query: 58  RGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTWVE 117
           RGNRSS+++                      +VEIEL VPD LP SA SS S   STW+E
Sbjct: 62  RGNRSSLQSGELDTTVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPVPDTLPTSAESSES-NSSTWLE 121

Query: 118 LYKKSICI------CQQV----------------LLRGNNVCWLHAVSRAKLASGL-GGV 151
           LY +S+ +        QV                ++RG++VCWLHAV RAK   G  GGV
Sbjct: 122 LYFESVHVEMFCYFTNQVMSRLHLVFSVLVGSTGIVRGDDVCWLHAVFRAKTVGGPGGGV 181

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match: TYK26572.1 (putative Retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 2.7e-07
Identity = 50/136 (36.76%), Postives = 67/136 (49.26%), Query Frame = 0 

Query: 58  RGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTWVE 117
           RGNRSS+++                      +VEIEL VPD LP SA SS S   STW+E
Sbjct: 62  RGNRSSLQSGELDTTVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPVPDTLPTSAESSES-NSSTWLE 121

Query: 118 LYKKSICI------CQQV----------------LLRGNNVCWLHAVSRAKLASGL-GGV 151
           LY +S+ +        QV                ++RG++VCWLHAV RAK   G  GGV
Sbjct: 122 LYFESVHVEMFCYFTNQVMSRLHLVFSVLVGSTGIVRGDDVCWLHAVFRAKTVGGPGGGV 181

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match: TYK25935.1 (gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 6.1e-07
Identity = 43/118 (36.44%), Postives = 58/118 (49.15%), Query Frame = 0 

Query: 55  DWPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICST 114
           +WPRGNR  ++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST
Sbjct: 301 EWPRGNRPGLQTGELDKIVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPLPDTLPTSAESSGS-NSST 360

Query: 115 WVELYKKSI----------------CICQQ---VLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           W+ELY +S+                 +C +    ++RG++VCWLHA+ RAK A G GG
Sbjct: 361 WLELYFESVHVEMLFYKPSDARAASYVCWEGSAGIVRGDDVCWLHAIFRAKTAGGPGG 417

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match: KAA0040194.1 (gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 6.1e-07
Identity = 43/118 (36.44%), Postives = 58/118 (49.15%), Query Frame = 0 

Query: 55  DWPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICST 114
           +WPRGNR  ++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST
Sbjct: 301 EWPRGNRPGLQTGELDKIVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPLPDTLPTSAESSGS-NSST 360

Query: 115 WVELYKKSI----------------CICQQ---VLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           W+ELY +S+                 +C +    ++RG++VCWLHA+ RAK A G GG
Sbjct: 361 WLELYFESVHVEMLFYKPSDARAASYVCWEGSAGIVRGDDVCWLHAIFRAKTAGGPGG 417

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CMM1 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold302G001700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 7.8e-08
Identity = 47/120 (39.17%), Postives = 59/120 (49.17%), Query Frame = 0 

Query: 56  WPRGNRSSVRAKVL--------------------VEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTW 115
           WPRGNR S++ + L                    VEI+L VPD L  SA SS S   STW
Sbjct: 16  WPRGNRPSLQTEELDKTVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIQLSVPDTLATSAESSGS-NSSTW 75

Query: 116 VELYKKSICI------CQQV----------------LLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           +ELY +S+ +        QV                ++RG+NVCWLHAV RA+ A GLGG
Sbjct: 76  LELYFESVHVEMFCYFTNQVISGLHLVFNVLVRSTGIVRGDNVCWLHAVFRARTAGGLGG 134

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T9P7 (Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold1164G00060 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 3.0e-07
Identity = 43/118 (36.44%), Postives = 58/118 (49.15%), Query Frame = 0 

Query: 55  DWPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICST 114
           +WPRGNR  ++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST
Sbjct: 301 EWPRGNRPGLQTGELDKIVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPLPDTLPTSAESSGS-NSST 360

Query: 115 WVELYKKSI----------------CICQQ---VLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           W+ELY +S+                 +C +    ++RG++VCWLHA+ RAK A G GG
Sbjct: 361 WLELYFESVHVEMLFYKPSDARAASYVCWEGSAGIVRGDDVCWLHAIFRAKTAGGPGG 417

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DR18 (Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold190G00320 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 3.0e-07
Identity = 43/118 (36.44%), Postives = 58/118 (49.15%), Query Frame = 0 

Query: 55  DWPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICST 114
           +WPRGNR  ++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST
Sbjct: 301 EWPRGNRPGLQTGELDKIVIFPLSTLSVLRDNDAVVEIELPLPDTLPTSAESSGS-NSST 360

Query: 115 WVELYKKSI----------------CICQQ---VLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           W+ELY +S+                 +C +    ++RG++VCWLHA+ RAK A G GG
Sbjct: 361 WLELYFESVHVEMLFYKPSDARAASYVCWEGSAGIVRGDDVCWLHAIFRAKTAGGPGG 417

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TKT0 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold67G004880 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 3.9e-07
Identity = 42/101 (41.58%), Postives = 54/101 (53.47%), Query Frame = 0 

Query: 56  WPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTW 115
           WPRGNR S++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST 
Sbjct: 122 WPRGNRPSLQTGELDKTVIFSLSTLSVLRDNDTVVEIELPMPDTLPTSAESSES-NSSTL 181

Query: 116 VELYKKSICI---CQQVLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           +ELY +S+ +       ++RG++VCWLHAV RAK   G GG
Sbjct: 182 LELYFESVHVEMFGSVGIIRGDDVCWLHAVFRAKTTGGPGG 221

[Close]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3D150 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold306G002770 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 3.9e-07
Identity = 42/101 (41.58%), Postives = 54/101 (53.47%), Query Frame = 0 

Query: 56  WPRGNRSSVRA--------------------KVLVEIELRVPDNLPQSAGSSTSLICSTW 115
           WPRGNR S++                       +VEIEL +PD LP SA SS S   ST 
Sbjct: 122 WPRGNRPSLQTGELDKTVIFSLSTLSVLRDNDTVVEIELPMPDTLPTSAESSES-NSSTL 181

Query: 116 VELYKKSICI---CQQVLLRGNNVCWLHAVSRAKLASGLGG 134
           +ELY +S+ +       ++RG++VCWLHAV RAK   G GG
Sbjct: 182 LELYFESVHVEMFGSVGIIRGDDVCWLHAVFRAKTTGGPGG 221

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Tan0004654 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Tan0004654 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0054351.11.6e-0739.17reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa] >TYK12388.1 reverse transcripta... [more]
KAA0062409.12.7e-0736.76reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK26572.12.7e-0736.76putative Retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK25935.16.1e-0736.44gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0040194.16.1e-0736.44gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3CMM17.8e-0839.17Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold30... [more]
A0A5A7T9P73.0e-0736.44Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold1164G000... [more]
A0A5D3DR183.0e-0736.44Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold190G0032... [more]
A0A5A7TKT03.9e-0741.58Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold67... [more]
A0A5D3D1503.9e-0741.58Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold30... [more]
BLAST of Tan0004654 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Tan0004654.1Tan0004654.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0090304 nucleic acid metabolic process
molecular_function GO:0016787 hydrolase activity
molecular_function GO:0016740 transferase activity