Tan0001813 (gene) Snake gourd v1

Overview
NameTan0001813
Typegene
OrganismTrichosanthes anguina (Snake gourd v1)
DescriptionUnknown protein
LocationLG01: 104443348 .. 104450151 (+)
RNA-Seq ExpressionTan0001813
SyntenyTan0001813
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGAGGCTATAAACCATTCTAGTGATGAATCTGTTTCCTCTAGGCCTTCTATGGATTTTCGTTTCAACTTCGACGCCATCCAAAATAACCATGAAATTACTTCTGCCAATTCCTCTAATGTAAGTTCCCCCTTTTCATTTTCATTTCTATTTCTGCTTTGAAAATGATCATTTTGGTTTATGGTTTTGGATTAAAGAATTTACCTGAGTTAGGAAAAACAACAAATCAACTCCAACAATCTCAACAGATTTTTACTCCAACACCATCATCAATTGTGGTATATTCGACCTTGGGTATCTACTTCATAATCAAAGCTAAGTTCTAGAAACTAAAGTAAATAGTTTTTCAAATATTTTTTCTTTTTAGAATTTGGCTAAAACATCAAATGTTTTACGCGAAGAATGAAAATCCTAAGCAAACAAACATATATAAATTTTAAAAAACAAAAAATTAGATCTCATTTGACAATCATTTGATTTTTTAATTTTAAAAATTAAACTTAAAAATATACTTTCTTCCTCTGGATTTCTATGTTTTCTTATCTACTTTATATGTATGTTTTTAAAAGCAAGTTAAGTTTTGAAAACCAATTTTTTTTTTTTTAAAATTTGGCTAGAAACTTAAATAGTACCTCAAAAAAGATATAAATCATTGGAGAAAATGAAGAAAAATTGTGAAAAAAACAAGCATAATTTTCAAATCTAAAAACAAAAAAATCTCAAATGATTATCAAACGGAGTCTAAAATAGTTATCAACGAGCTTGTAATTTTTAAAATATTATAAAAAAGTTGGGAGAAAACAAGCATAATCCAAAAGCTTATCTAACAAAGCCAGTCATTTAAATTTTATATCCACTAATTTTCTTTATATTACGGTTATATAAGAATTGGCTGATACTCGAAATAAAATAGAATTTTCATTATAGCGGTTAGAGTTGAGTTCTTGATGCCAGCGGATCTATTATATCTATGTGAGTTTTATGCTTGATAAATTGTTTATTTTATGATTTAATGTGTAACTTGTCTCAATTTGGAATTAATAACTTGTCTCCCTTTTATTTAATTTATCAATTAGATACCTCACCATTAATCTTCAATCCTAACAAACAAAACCCAAAATTTCAAATTCTAAATTCGACACATCATAATAATTAAACATGAATTTAACTTTGAGAATATTTCAATTGATATATACATCTGACCTAATTATTGTATTATTATCAAACCCATGTAAAATAGTAGAACTAATCCATGTTAATCGATTAATTTGGAGTTTATAATGATGATCAGGTGGGATTAGGATTGGGACCAAGGGTACAATATGGAGCAGTTCATTCAGAACAAGATAGCCATCACCAAATCTATCCAAATACTCACCCAAATAATTTAGGCTTGCAAGCTTTTCCCAACTTGGGAATTTGTCTCTCTATGTCAAAATCTTACCTTTTTTCTTTTTTTTTATTCTTGTCAAATCACCAATCACCTCAAAAGTTTAAAATGATAGGTCGTTATGATAAATTTAATTATATCAAAACTACAACGATCCAACAAATAAAAATCAACATTAGTTGGAGAGAAAACGACTTTATAAAAGTTCAAACTTAAGACCTCTTACTCTGATACATGTTAAATCACCAATCAATCAAAAGCGTTATAAGTTAGGTAAATTTAATTTCTCTCCTAATTAATATTAATTTCCATTGATTTGATTTCTTTACAAATTTTCAAACCCATAAAAATGATGCAGCCAATTTAAAGGATTAGACCAAATCCACGTCCAAAAAAAGGGAAATCCATCCCAAAGAGAGAAAACTCTCAAAAGAACCAAATGTTCTATTCAAATATCATTCAAAAAGCTCGCTTACATTTCTCACAAAGGGCTATTTATAGCCTTACAAAGAAAAGACCTAATACAAATTATACTAAAATTAACACTAAACTAATAATAATTAAATTAAACTAATTATCTAATATTTCATCGTACATCAATAAATAAGCTAGAGTATTGGAACATTGATATAATAAATTTTACCACAACTATAAACTTAAGTTTTTGAGTTGATGAGTGATTTAACTATTAATTTTGATTTTTGTATATTGTGTACTGGTTATAAACAAAAATTTCAGATCTCTTAACCTAGGCTCGCCCATGATCCCACATAAACATTACTCCTAACCCTCTGTCTTTTGATCTTAACTGGGTAATTAATTCTTTCTATCAAATCCACATTAATTTGATTTTTGGATTTGATGTCTATTTTGTTTCTAAAATTTTAAAAGTGACACTTTAATTTCTGAAGTTTAAAAAATAATTTTAAATAGTTCATAATTCATTGACTTAAGGAAATGCTAATATGGGCAGTTAGTATGTTGAATACGCTAGAATGATATGGAAAATTGAAATTAAGTTGGCAAAAATATAATATTTTTATATTAATTTTGCTAAATTAGAGTGCGGACGTAGGACACTTTCCTTTCCCTTTCTGTTTTTTTTCTTCTCCCTTCCTTTGAGATAACACCTTACCGCCATTGTCCCCTATACTATCCGATGTTCGTGCTTTCTCTTCCTTTGACCATGAATTCGTTTAGCCCCTCTGTTATTTTCGAGTATACTTGAGAGTGATTAATCACTTTTGTCATGATCCAAATTACTTTTCTTTTAAATATTTATATTTGATAAATGTTAAAATTTATTTTGAAAAATTAAAAAATCACTTAAAATTGATTTTTTAATGATTAGTTGGTAGTTGATTGACCGGAAATTACTCCCAAAATTTGTCCTCATTTCATTCCATTGTACCTTACTTTCTCTCTCCTCTCATAGGTGGTGTCATAGGTCTCACTTTGGATTTTCATTATCTTTTTATATATATAATTGCAATTTCTCCACTTTTGTTGCCACAACTTTCTTTTTACTTTTTAGATTATTTGTTTTCGTCTCTAAAGATGAAAGTAATAATGGATTTTTAAATGATTATTTTGTTAATATAGATCTTATCTTATATGATTGATAATGATAATACTAATAGCTTTTACAAAAATAATGACACATAAGAATTTGACTATTTAATAGAAATTGGATGTAAAATGATTATTTATTATAATTATTCTAGATTAAATGAGATATATGGTTTTTGAATTTTTATTTTGACATTTATTATGCACATTTTTCTTACTTAACATATTAACATATTAACATATTAATCATGCATATAAAAACTTAATAATAAAACAAATAAAAAAAATTAATAAAAATAAATATTTATCATAATTATTTAGTTAAATAATTTCTTAAATATAAAATGCAATTTTTAGTAATTTGATAATTCTAAAATAACTTTTGAAACCAAACATAATTCAAAATCACTTTTAAATGTAGAAAAATCACTTTTTAAAGGTTTGAAACCAAACATCAACGTAATTGTATAAAAATCAATTTTATAAACCAATTATAAACGAATAAATTGTGCTAAAATCACTTTTTTTAAAATCATTTCCAAACATGTCCTTCATTTCGTACATAATAATAAGAATAAACAAATTTTAAACAAAAAGGAAAAAGCCCAACATCTTTTTATTATTATTATTTTTAGTTATACTGGTTGAAAATTCAAACTTTCTCAACGAAAAAGTAAGGGTGGTAAGCAATCTGAAAACAAAATTTTGAAAACAAGGGATTCAATGAAAACAGAGTTGTATTTCATGTTTTCACATATGTTTTTGGTAGCATATTTAGAAATTTGATTCAATTCTAAACAGTTGTTTAAAATGTGTCCTATAACATGTTTATAGATCATGAAATTAGTGGTAGTTGCAAAACTAATTATTAGATTGAATGTAAGTCATTATTAATTAAGTTATGAAATGATTTTGTAAATTTTATAAAATTATCATTTTATAATATAATATTATATAATTTATAATATATTATATTATACATATTTTAATTTAACAAAAGTAACTTGAGTTCATAACATGAGATATTGTATTTATTAAGATGTTTATCTTTGTTTAATATAATTCTGCATTTTAAAATTTTAAATTCAGAATCTAGATACAATAAAAATATAAAAATGTTGTTTTCAGAATTTCTACTATTTGGATCCTAGAATCCGAAAACAGTTTTCGAAAACATATCTGCCAAATACATATTCACTGAATTCAGTGAATCCGAAAACATAAAACAGAATCCGGATTGCATACCAAACAAACCCTAAACGATTGATCATATCTCGAATCTAGAGTTACTTGAAAACTATTTTCATTTCTTTATGCCCTCAAATCTCGCTCCATAGAAACCAGAAAGTTGTTCTTCGTGAAAGTAAGCAAAGGAAAATGTGGTTTCAAGAGGATATAAAATCAAGAAAATTTTTAGTGGTATCGAGTGTCATATACTTTTTTTTATCCCTATTATGGTTTTAAATTTTTTAATATTAGTGGATCTCACATAATTTTTAAAAAGATGTCGATGTGACAAGCATTCAAGGTAAATACTATAAAAAATACTCTATACTATCGTACTACTAGAAATTTTTCCGATCAAATCTAGTTTTTAAGATTTGCTCGCCTTTCTAGATCTGATTGTAATAACTCATTCCTTCTCAATGTGAAAAGAAACTTGTCCATTGTGGAACGCTAAAGTTCATTCCTTTGGAAGCAAAGTGTCGAACAGTGAGCTACGACGACCATGGTAAGGTTGTTGAAGGTGAAGACAAATAAAAATAATCCACGTTCAACATTCCAATTGATCAAAGTTAATATAAAAATAGTATATTTTTTCCAATTAATCTAAAATTGCCCCATCATTCTAGCCGTCTTTTCAACATGTTAACATTTTATTAAGTCAACTAAGGGTCAAATGAATCTAACGACTATTTAGAACTATTTTTCAAATTTAGGACCATATATTCATTAAATTCTAATCTCAGCCACTAAAAAATTTTAGTATTTTGCCCCCTTGATTTTTTTTTAAGATTTAATGTCATTTTTACCATTATTCTAAACGGTGTCGTTTTGTGGACTAAGCAGGCAGCAAGACCAACCCTAAATACAACAACACGGCTGCAGACAATGGCACACTATCACAGTCCCATGCCTTTCAGGTATTCTGATTTTATATTAATTGAAACTTGGACATTAATGGACAAACTCAGGTTTTATTGCAATGTGATCACAAAAATTGAGTTACTTTTGTTTTAACCTTTAATGTTGGTGTTTTTTTTTAAAAAAAAATAATAATTTTTTAAACATTTTTCAAGAATATTTAATAGTGAAGGTTAAAATTAGTTGATAATGAAACTTACGAACTTTCTAAAGTTTAGAAGAGAAAATTTAATTCACCTAAAAAATAAAATCTTGGTTCAATTACAAGGTTAGTTCATGAACTTTGAAGTTTGTGTCTACTTGGTCTCTAAACTATCAAGCATGTCTAATATGTCTCTAAATTTTCAATTTTGTGTCTAATAGATCCTTGGATTTTTAATTTGATTCTAATAGATCCCTATCAAATTCAAAATTTTTAAAAATCAATTGAATTATTAGATATAAATTTGAATTTTATGTTTAATGTAATCGTAAAATTTCAATTTTGTGTCACCCGTGAATTTTAACAAATTCGATAGTCCAAGGATTAAATTTGTAATTTTGAAAGTTTAGGGACTAAATACATACAAACTTCAAAGTTCATGGACTAAATGTGTAATTTAACTGGATTTTTTTTCTAATTTCTGCCATAAATTTCTAAGTTTTGATTTATGTGGTTTAATTCGTCATCTAAACTTCTTGCAACTCTTTTAAGTATCATATCATATAAACTTATCATAGCACAAGACTAATATCAACAATGAAAAGAGTATATTTGAGAAATGTTAGAACATAAAAGATTAAAATTAAATCTTTTTTTTATTACTCTAAAATTAAATCTTTAATTTAAACCATAAGGACTAAACTAAAATAACACTAAAACATTATCGCCTATAACATCTATTTAGTCAAATTTTTATTTATAAGGATAAATTTAATCCCTATAGTCTTATTTAAATTAAATGACAAAATTCTTACTTTTAAAATTATAGAAGGTAAAAGTTTAACTGGACCAAATTTTTAGTTTGACATTAATTAAAATGCTTTTGTTTTTAAATTCATTCTAACATTTTAATTTTGAGTGGAGTTTGTTAGGGTTGCAGTTTCCACCAACACATTTACATTATCATGATGGTCAACAACGCCGCAACGGTCAATCGATATTTTGTTCCACCATATCAAGGACGAGAAATAATTATAAAAATTACCCCGATATGGTGAGATGGTAACTTTTATTCGTTAAAATAGAGATGTATTATTAATTGAATAATGCTCAAGTTATTATTCTTCTTGATCTCATTTACTTGAATCGAGACGATGCTCTAAAGCATTGCGTCGTTATAGAGTCGTCTTGGCCTTCTATATGCATCAAGGTAATGTTTATAAAGTTGGTATTTATAGAGAGTTTAATTAATGGAAATTATTTTGTATGACACAAAACTTATAGGGTGGAAGTGGGAATGGGAGAATGAAGAATCAATCCACTCAAGGTTGGCCTTTAATTAGTATGGGGAAGAATTCATCATATGGCAGGTTGTTCTAAAGAAAACACAAACTAATTCTTTTTTTTTTTTTCATTATAATTAAATTGGTAGTTTCAAATTTCTAATTATAATTAAATTTTCATTATTTTCAGGATTACGAATTCTGTTTATGATATAATGTTTGAAGAAGTTGGTCAACCAATCGATCCTCATCTCCGCCTCTTTGTTCCCCTTTAA

mRNA sequence

ATGGAGGCTATAAACCATTCTAGTGATGAATCTGTTTCCTCTAGGCCTTCTATGGATTTTCGTTTCAACTTCGACGCCATCCAAAATAACCATGAAATTACTTCTGCCAATTCCTCTAATAAACTTGTCCATTGTGGAACGCTAAAGTTCATTCCTTTGGAAGCAAAGTGTCGAACAGTGAGCTACGACGACCATGGTAAGGTTGTTGAAGGCAGCAAGACCAACCCTAAATACAACAACACGGCTGCAGACAATGGCACACTATCACAGTCCCATGCCTTTCAGTTTCCACCAACACATTTACATTATCATGATGGTCAACAACGCCGCAACGGTCAATCGATATTTTGTTCCACCATATCAAGGACGAGAAATAATTATAAAAATTACCCCGATATGGTGAGATGGATTACGAATTCTGTTTATGATATAATGTTTGAAGAAGTTGGTCAACCAATCGATCCTCATCTCCGCCTCTTTGTTCCCCTTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGAGGCTATAAACCATTCTAGTGATGAATCTGTTTCCTCTAGGCCTTCTATGGATTTTCGTTTCAACTTCGACGCCATCCAAAATAACCATGAAATTACTTCTGCCAATTCCTCTAATAAACTTGTCCATTGTGGAACGCTAAAGTTCATTCCTTTGGAAGCAAAGTGTCGAACAGTGAGCTACGACGACCATGGTAAGGTTGTTGAAGGCAGCAAGACCAACCCTAAATACAACAACACGGCTGCAGACAATGGCACACTATCACAGTCCCATGCCTTTCAGTTTCCACCAACACATTTACATTATCATGATGGTCAACAACGCCGCAACGGTCAATCGATATTTTGTTCCACCATATCAAGGACGAGAAATAATTATAAAAATTACCCCGATATGGTGAGATGGATTACGAATTCTGTTTATGATATAATGTTTGAAGAAGTTGGTCAACCAATCGATCCTCATCTCCGCCTCTTTGTTCCCCTTTAA

Protein sequence

MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSNKLVHCGTLKFIPLEAKCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFPPTHLHYHDGQQRRNGQSIFCSTISRTRNNYKNYPDMVRWITNSVYDIMFEEVGQPIDPHLRLFVPL
Homology
BLAST of Tan0001813 vs. NCBI nr
Match: XP_022937227.1 (uncharacterized protein LOC111443578 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 9.0e-09
Identity = 68/232 (29.31%), Postives = 91/232 (39.22%), Query Frame = 0

Query: 1   MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSN-------------------- 60
           MEA NH++DESVSS P +DF+ NF    +NH+ TSANSSN                    
Sbjct: 1   MEAQNHATDESVSSGPCVDFQLNFKNNPSNHDTTSANSSNVGLGLELGLGAAHSDQDSYH 60

Query: 61  -----------------------KLVHCGTLKF----------------------IPLEA 120
                                   +   GT                         +P   
Sbjct: 61  QAYQNSNPGLGNFSPLQDLSLSLNMRSTGTSPHRINITHVYQNWVRRQQAHSHNPMPFRL 120

Query: 121 KCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFPPTHLHYHDGQ----QRRN 164
           + RT SY D        +   + ++ A  + T+ +S + Q   T L+   G     + +N
Sbjct: 121 QSRTNSYHDDRPEAPKPRKRARDDDAALTHCTIRESSSSQ---TSLYTKGGTGKFGRMKN 180

BLAST of Tan0001813 vs. NCBI nr
Match: XP_022975919.1 (uncharacterized protein LOC111476478 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 70.9 bits (172), Expect = 1.2e-08
Identity = 69/233 (29.61%), Postives = 87/233 (37.34%), Query Frame = 0

Query: 1   MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSN-------------------- 60
           MEA NH++DESVSS P +DF+ NF     NH+ TSANSSN                    
Sbjct: 1   MEAQNHATDESVSSGPCVDFQLNFKNNPTNHDTTSANSSNVGLGLELGLGAAHSDQDSYH 60

Query: 61  ---KLVHCGTLKFIPLEAKCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFP 120
              +  + G   F PL+    T++    G           Y N         Q+H+    
Sbjct: 61  QAYQNSNPGLGNFSPLQDLSLTLNMRSTGTSPHSVNITNVYQNWV----RRQQAHSHNPM 120

Query: 121 PTHLH-----YHDGQ------------------------------------------QRR 164
           P  L      YHD +                                          + +
Sbjct: 121 PFRLQSGMNSYHDDRPEAPKLRKRARDDDAALTHCTVRESLSSQTSLYTKGGTGKFGRMK 180

BLAST of Tan0001813 vs. NCBI nr
Match: KAG6591749.1 (hypothetical protein SDJN03_14095, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 70.5 bits (171), Expect = 1.5e-08
Identity = 69/228 (30.26%), Postives = 86/228 (37.72%), Query Frame = 0

Query: 1   MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSN-------------------- 60
           MEA NH++DESVSS P +DF+ NF    +NH+ TSANSSN                    
Sbjct: 1   MEAQNHATDESVSSGPCVDFQLNFKNNPSNHDTTSANSSNVGLGLELGLGAAHSDQDSYH 60

Query: 61  ---KLVHCGTLKFIPLEAKCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFP 120
              +  + G   F PL     +++    G           Y N         Q+H+    
Sbjct: 61  QAYQNSNPGLGNFSPLRDLSLSLNMRSTGTSPHRINITHVYQNWV----RRQQAHSHNPM 120

Query: 121 PTHLH-----YHDGQQRR-------------------------------------NGQSI 164
           P  L      YHD +Q R                                     N  + 
Sbjct: 121 PFRLQSRKNSYHDDRQPRKRARDDDAALTHCTIRESSSQTSLYTKGGTGKFGRMKNQSAH 180

BLAST of Tan0001813 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FAJ6 (uncharacterized protein LOC111443578 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111443578 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 4.4e-09
Identity = 68/232 (29.31%), Postives = 91/232 (39.22%), Query Frame = 0

Query: 1   MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSN-------------------- 60
           MEA NH++DESVSS P +DF+ NF    +NH+ TSANSSN                    
Sbjct: 1   MEAQNHATDESVSSGPCVDFQLNFKNNPSNHDTTSANSSNVGLGLELGLGAAHSDQDSYH 60

Query: 61  -----------------------KLVHCGTLKF----------------------IPLEA 120
                                   +   GT                         +P   
Sbjct: 61  QAYQNSNPGLGNFSPLQDLSLSLNMRSTGTSPHRINITHVYQNWVRRQQAHSHNPMPFRL 120

Query: 121 KCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFPPTHLHYHDGQ----QRRN 164
           + RT SY D        +   + ++ A  + T+ +S + Q   T L+   G     + +N
Sbjct: 121 QSRTNSYHDDRPEAPKPRKRARDDDAALTHCTIRESSSSQ---TSLYTKGGTGKFGRMKN 180

BLAST of Tan0001813 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IM01 (uncharacterized protein LOC111476478 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476478 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 70.9 bits (172), Expect = 5.7e-09
Identity = 69/233 (29.61%), Postives = 87/233 (37.34%), Query Frame = 0

Query: 1   MEAINHSSDESVSSRPSMDFRFNFDAIQNNHEITSANSSN-------------------- 60
           MEA NH++DESVSS P +DF+ NF     NH+ TSANSSN                    
Sbjct: 1   MEAQNHATDESVSSGPCVDFQLNFKNNPTNHDTTSANSSNVGLGLELGLGAAHSDQDSYH 60

Query: 61  ---KLVHCGTLKFIPLEAKCRTVSYDDHGKVVEGSKTNPKYNNTAADNGTLSQSHAFQFP 120
              +  + G   F PL+    T++    G           Y N         Q+H+    
Sbjct: 61  QAYQNSNPGLGNFSPLQDLSLTLNMRSTGTSPHSVNITNVYQNWV----RRQQAHSHNPM 120

Query: 121 PTHLH-----YHDGQ------------------------------------------QRR 164
           P  L      YHD +                                          + +
Sbjct: 121 PFRLQSGMNSYHDDRPEAPKLRKRARDDDAALTHCTVRESLSSQTSLYTKGGTGKFGRMK 180

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022937227.19.0e-0929.31uncharacterized protein LOC111443578 [Cucurbita moschata][more]
XP_022975919.11.2e-0829.61uncharacterized protein LOC111476478 [Cucurbita maxima][more]
KAG6591749.11.5e-0830.26hypothetical protein SDJN03_14095, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1FAJ64.4e-0929.31uncharacterized protein LOC111443578 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC1114435... [more]
A0A6J1IM015.7e-0929.61uncharacterized protein LOC111476478 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476478... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Tan0001813.1Tan0001813.1mRNA