Tan0000418 (gene) Snake gourd v1

Overview


Name	Tan0000418
Type	gene
Organism	Trichosanthes anguina (Snake gourd v1)
Description	Gag/pol protein
Location	LG01: 34021359 .. 34052513 (+)
RNA-Seq Expression	Tan0000418
Synteny	Tan0000418

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

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Protein sequence

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Homology

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[Close]

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Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECPP 273
           LLA  KL GDNYGT KSN+NTILV+DD RFVLTEECPP
Sbjct: 8   LLASEKLNGDNYGTWKSNINTILVIDDLRFVLTEECPP 45

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. NCBI nr
Match: XP_022158791.1 (uncharacterized protein LOC111025258 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 3.9e-07
Identity = 31/38 (81.58%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECPP 273
           LLA +KL GDNYG  KSNLNTILV+DD RFVLTEECPP
Sbjct: 8   LLASDKLNGDNYGIWKSNLNTILVIDDLRFVLTEECPP 45

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. NCBI nr
Match: XP_022158568.1 (uncharacterized protein LOC111025021 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 3.9e-07
Identity = 31/38 (81.58%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECPP 273
           LLA +KL GDNYG  KSNLNTILV+DD RFVLTEECPP
Sbjct: 14  LLASDKLNGDNYGIWKSNLNTILVIDDLRFVLTEECPP 51

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. NCBI nr
Match: KAA0035445.1 (putative polyprotein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK31078.1 putative polyprotein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 5.1e-07
Identity = 31/37 (83.78%), Postives = 32/37 (86.49%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECP 272
           LLAF KL GDNY T KSNLNTILV+DD RFVLTEECP
Sbjct: 8   LLAFEKLNGDNYATWKSNLNTILVVDDLRFVLTEECP 44

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1E205 (uncharacterized protein LOC111025258 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025258 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 1.9e-07
Identity = 31/38 (81.58%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECPP 273
           LLA +KL GDNYG  KSNLNTILV+DD RFVLTEECPP
Sbjct: 8   LLASDKLNGDNYGIWKSNLNTILVIDDLRFVLTEECPP 45

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DWG6 (uncharacterized protein LOC111025021 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025021 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 1.9e-07
Identity = 31/38 (81.58%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECPP 273
           LLA +KL GDNYG  KSNLNTILV+DD RFVLTEECPP
Sbjct: 14  LLASDKLNGDNYGIWKSNLNTILVIDDLRFVLTEECPP 51

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T1X5 (Putative polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold455G003520 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 2.5e-07
Identity = 31/37 (83.78%), Postives = 32/37 (86.49%), Query Frame = 0


Query: 235 LLAFNKLGGDNYGTRKSNLNTILVLDDPRFVLTEECP 272
           LLAF KL GDNY T KSNLNTILV+DD RFVLTEECP
Sbjct: 8   LLAFEKLNGDNYATWKSNLNTILVVDDLRFVLTEECP 44

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DFQ7 (uncharacterized protein LOC111020396 isoform X3 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020396 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 4.2e-07
Identity = 29/56 (51.79%), Postives = 45/56 (80.36%), Query Frame = 0


Query: 63  SLCCQLKSSSNSSVSLLSNNCNLVSVCLDTTNYVLWRYQISPLLKSHKLFKYADGS 119
           SLC  +++  NS + LLSN CNL+S+ LD+TN++LW++Q++ +LK+HKLF + DGS
Sbjct: 3   SLC--IENDLNSPIFLLSNICNLISIRLDSTNFILWKFQLTAILKAHKLFSFIDGS 56

[Close]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DIP4 (uncharacterized protein LOC111020396 isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020396 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 4.2e-07
Identity = 29/56 (51.79%), Postives = 45/56 (80.36%), Query Frame = 0


Query: 63  SLCCQLKSSSNSSVSLLSNNCNLVSVCLDTTNYVLWRYQISPLLKSHKLFKYADGS 119
           SLC  +++  NS + LLSN CNL+S+ LD+TN++LW++Q++ +LK+HKLF + DGS
Sbjct: 3   SLC--IENDLNSPIFLLSNICNLISIRLDSTNFILWKFQLTAILKAHKLFSFIDGS 56

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Tan0000418 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Tan0000418 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_038876370.1	1.0e-07	84.21	uncharacterized protein LOC120068812, partial [Benincasa hispida]	[more]
XP_038904195.1	1.7e-07	81.58	uncharacterized protein LOC120090541 [Benincasa hispida]	[more]
XP_022158791.1	3.9e-07	81.58	uncharacterized protein LOC111025258 [Momordica charantia]	[more]
XP_022158568.1	3.9e-07	81.58	uncharacterized protein LOC111025021 [Momordica charantia]	[more]
KAA0035445.1	5.1e-07	83.78	putative polyprotein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK31078.1 putative polyprotein...	[more]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1E205	1.9e-07	81.58	uncharacterized protein LOC111025258 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025...	[more]
A0A6J1DWG6	1.9e-07	81.58	uncharacterized protein LOC111025021 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025...	[more]
A0A5A7T1X5	2.5e-07	83.78	Putative polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold455...	[more]
A0A6J1DFQ7	4.2e-07	51.79	uncharacterized protein LOC111020396 isoform X3 OS=Momordica charantia OX=3673 G...	[more]
A0A6J1DIP4	4.2e-07	51.79	uncharacterized protein LOC111020396 isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 G...	[more]

BLAST of Tan0000418 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Snake gourd (anguina) v1
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 180..199

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Tan0000418.1	Tan0000418.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0015074	DNA integration
cellular_component	GO:0016021	integral component of membrane
molecular_function	GO:0003676	nucleic acid binding