Spg034717 (gene) Sponge gourd (cylindrica) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AGGACACTAAGCAATTTTATGGGCATCTATTTTATTACAATTTTTATAATAGGTTTGACCATTTTTCAAAACTACCTTCCATATCTGAGGATTTCCAAGTTTTTTTTTTTTTTTCCGAAGTTATTCATAGGCCTACTTTGGGCCGACCCGGATGTAATAGCCCGAAAGCTGTGTGAGCCTTTGAAATGGCTTCGTTCTTAATCATCGCAGCGGAGGTCGTCTTCTTCACAATCCTCTGATTCTCCATTCTCATTTTCCCAATTTTACGTTTTCTTTTTCTTCCTTCTCTTCCTCTGTTCATCCTTGCAAGATATTCTCTCACTTCTTACAACATTCCCTAATTTCAACCTCTGAATTCATCTTCTACCAAAATGCAAGGAGGAGAAGATGTAAACATTGAAGAGTTGGCTTCCAATCTCTCTACCTACAAAGACCAGCTTCAGCAGGTGCTTCTCTCCTCCCTCCTTTCTGCCTATGAATTGCTTTTGTTTTTCGTTAAATTTATTTCATATTGTTTCATTCTTCGGGGTCCTCTTTCTTCTAATTTCTTAAAAGCAAAATTGGGTATCTATGTTATTGTGAACTCATCCTGGGTTTTTCCTGGTAGTCCGTATGTGAATTAGGGTTTTACTCACCAGGTTGGAGGTTCGCTGTACTATGTTGCAGCGAATTCGGAGCAAAACGAAACCTGTATTGGATAATTGCACTAAACCTAGGAAGTTAGAACTTAATCCAGATAAAATACTATAATGGTTTCTTTTAAGGATTCTCCAGTTTAATGAGGTTTTATCTTTCTGGTTGTTTGGATTTTCCTTTTGGATACTTAGAATACTGAAAATCTTGAGCAGGGTTTAAGCAACAGAATGATTTTAAATCTGTGTGTGGAATTCTTGATTATCTATCAGTCACTTCCTTCACACAATTCCATGAATTCTTGGCTTTCTCACGTTGGTTCGTTTTGTGTGTGTGTGTGTTTCGGCACAATAACTTCTTTCTATCCTGATCCAGGTCAGACAGCTGTTAGATGATGATCCTGGCAACTCTGATTACATAGACATGGAAAAGGAGCTTGAAGAGGTAGTTTATTTTTGTCCTCCTAATATGTCCATCCTTCCTTTTGTGAACTCGTCAGATATGTATGGTTTAGTACTCTTTATCTTCCCGCTGAATGTATTTTTAGGTTCATCTTCTGCTGTAGCACTAAGGATCAGAGAACTCTCAGAACTATTATTTTTATTATGTGGGTTACCAGTCCAGTTTGCTTTGTTTCTTTTGTTTGTCTTCCTTCTTCCTTTTAAAGGAAACATGTTCAAATAAGAAAGAGTTATGGCCCCTGTGGAGAATTGTCATTTCCATTTTTGGGAAGAAAAGGTGATGGCGTTGTTTATCTTTCATTTATGTGCTCCGGTGCTCAAATCTCTGGTGCATAAATGATGATTATTGGATATGTGTGAAATTTTGAAACTTCATCAAGATGCACATCACTTCTACCTTGGTTCCCTTGCAGGTGTGCTAATATTCGTGATGGCCAGTCTGCTCTTCCCTGACTTCCTTTCAGATGCTGATCCTGAGATTTAAGTTCTTGTGTTTTTTCTTTTTTTTGGGGCAAATACCTGCTCTTTATGAAATTTACAGATTAAGAGTATATTTTAACAGCAACATTGGACTTGGGCTAAAGTTGCAGTAATGCAGGTCATTGCTTTGACGGAAGAACTTCTTTCAACAGCAAAGCAAAATGAGATTTCTGGATCAAATGTGGAAACTGGTGATGACAGTGAATCAATTAGTTTTCAGCAGGCTAAAGAAAATAAGATGGTAAGTTCACATTTGTCCTTGTTTTGCGCATTACTTTTCTTTGCTGGAAGCAACATAATGTTATAAATGGTTATGGCTTTAGATTTAGTGCACACTGCTTGGACCTTTGTGTGGTTGATTGTGTTTGATGGTATTGTTTTTGTTTTGTGTGCATTCTCGCATGCACAAATGCAAACACATTTGTGTCTGTGTTGTGAAGGCTTTAATATCTTTGCCTTGTTTGGAAGCATCACTCCTAAATGGTTACTGATATGTGTGGTTTTATTCTGATGTGTTGGTTTGATGGTATGTTACTTCATTGTGCATATGTTTGGGTTTGAACTCAATTATTTGCTTCTATGTGAGCTTCTGCTTCAAAGGGATGTATATTTATGGTTTCAATCATGTTAACAATTAGGGGTTCAATTTGTGAATTAGAGGTTCTTTTATATTTGAACTTGTTTGTTTTATATTTACAAGTTGTGGGTTTTTTTCAAAATTAATTTATTGTTTTCCGAATAACCCAATGATGGGCAAATATGATACAATATAAGGAAATTGATCAGGAAAGAAAAATATTAACTAATAATTAAAAACAAATGAAAAGTAATATATAATCTATTTAAATAATACAAATCTACACTTCTCCTCAAGTTGCGTGGCATATAGAATACAACAATTTGATGGCAAGATGGAACATAGTTTAGCTCTACTATGTTATTGTACTTGATGGAAGCTCGGTTTTATATAAAAAACTATGCTATTGTTGATCCCTCCGATATGAAATGTGATCTATCGTATCTCTACGTGCTTTGTTTTGTCATGATGCACAAGACTCTTTGCAATACTAATTGTTGCTTGATTGTCACAAATCAGTTTTTTCAACGACTTCTAAATCCACATTTCTTCACAAATTCCCATAGCAAGGGCTGATTTTTAGCTATGCACGGCTTCTTTCTCCAACGGCTTGTTTTTTCCTTCTCCAAGTAACCCAAACATAGGAACAATATCTAGTTGTAGATTTTCAATTAGTTTATTCTCTAGCCTAATCAACATCCATATAAAGTTCTGCCAGTCTGTTTGATGACTTTTTGAACAACCATCCATAACCTGGAGGGCCTTTTAAGTATTTAAAAATCCTGTTTATAGTCCCAAGATAATGTTTATTTAGACTATTCATATTGGCTACTCATGCTAATATACTAAGAAGCATGGACACTTTAGTTTGACTAGCGTGTCCATGTCCGACACGTGGACACTCTGACACTTGTTGGACAAGTATTAGACATTTGTTAGCAGAACTGATATGTGGCAAACAATAGTAATAGGTTCATATCTAACCCCTATTAAGTATACTAAATAGATGCAATGCTTGGCTTCGCTATCGCTCATGACTTGGTATAGAGTCCGTGTAGTCGTCGGAAGAGTAAAATACATTAAATTCATTTTTTTCAAGCATACATATGCATAAATTTATTGATTTTGAATTTCCTTGTATAAAAACAATATATATTTTAAAAAATGAATATTTGTCCAAACGTGTCCCTGGCCTATATTTTTTTAAAAATGGCGTGTCACTGTGTTCTTCGTGTTGTATCCGTGTCTCATGTTCGTATTCGTGCTTCTTAGCTAATATATAATGCAATGTCTAGCCTAGTATGTGATAGGTAGATTAACTTTTCCAAAAGTTTTTGATGCATGTCAATTGGTGTAACCTCTGCACTCCTGTGTTGGACTAGATTTGGATCTATACATGTTTTGGCAGGCCTACGCCCATGATTTCTTGTTTCCTTTTGCAAGTCTAGAAAAATTTTTGTTGAGTAATGACGATACCAACGTGAATCATCCCACTCCCATTCTTAGAAAGTTTCTCAAACATCCAAGGTCTTTGAATTCAAATTTAGTTGTGAGCATCTTTTCAAATTGTGGCACACCATCTTCTAGGTTACAACTTTCTATAATGGAATTAATCAATCTTCATGTTTGTATGCAATCGAGCCAAGGAAGGGCATCTAACTAGTGAGTGATACCCTTACACTTGACTCTCATGACACAGAATTTTGGGCATGGAAGATTGATGATTATTCAGTTATGTCTTGGTTAATGAACTCTATGATCACCAAGGTTGGAGAAAACTTCTTATAGTTCAAAACAACAAAATAAGTATGGAAAGCTACCTGTAGGAGTTCTTGATATTGAGGCTTGACTGTATGAATTACATTAAGGATATCTCGTTGTCACTCAATATTTCAATCTCCTTAGTTGCTATTGGCAACCATTAGATATGTATGAGACTTAAGAATGGAAACGTGTGGTAGACTTGGCTTTGTACATGAAGATAATTGAATAAAAGAGGATATTAGCTTTGTGTGTGAAGATAATTGAATAAAAGAGGATATCGAGGTTTCTTCTTGGTCTTAACAAGGAGTTAGACAATGTGAGAGGAATAATAACAAGTGCAAAAACCCTTATGCTGCATTATCTAGGGAGGAGACTAGAAAATGACGGATGATAAACTCAGCAACTCCCTTGCTGTAAAAGTTTTTGCCATGTTAACCAACCTGCAGTTTGTCTCAAGATAGTCGATCCAAGAAAGGTAGTTGTCCTTGGTGTGATCATAGTAAGAAACTAGAACATGTTCAAGATACTTGTTGGAAGCTTCATGTTAAATTTCTTGTATATTGTAAAGTTGTTTCCTCATTTTTTCATTAATAATAAGTTGGAGCTCCATTGAGTGTGAAATTTGTCAATTTTCTAAACAGTAAACACACAAGAATATTTATCCTAATGTACCTTACAAATTCTCAAAATCTTTTGCATTGATTTATAGTCATATTTGGGGGTAAAGAATATATAAGGAGCACATTGTACATTTCTAATTAAGGACAAATTTGAAACATCAAATCTTTTTCGGTCCTTCCATTCCATGATTTCCACTCAGTTTGATAGTCAAATTAAATTCTTTCAACAAACAATGTTCAAGACTATTTTAATTCAACTAGTGGTCCATATCTCTTATCTTATAATAACCGGGTGATTTTTGAGGTTATTATTGTTTCCGGGAGCTCTTCCTCTTATTCTTTGGATTTCCATTGCTCTTTGACCGATAGTGAAGCAATGGAGGTCGTAACTCTCCTATCCTTGATCGAGGAGCTTCAGTTTAGGAGAGGGAAGAGGGATATTCTTAGTTGGAGTCTTAA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BLAST of Spg034717 vs. NCBI nr
Match: XP_038876515.1 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 377.5 bits (968), Expect = 2.7e-100 Identity = 285/736 (38.72%), Postives = 293/736 (39.81%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. NCBI nr
Match: XP_004142808.1 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 isoform X1 [Cucumis sativus] >KGN51867.2 hypothetical protein Csa_008126 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 374.0 bits (959), Expect = 2.9e-99 Identity = 281/736 (38.18%), Postives = 293/736 (39.81%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. NCBI nr
Match: XP_022933076.1 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Cucurbita moschata] >XP_022998367.1 survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Cucurbita maxima] >XP_023530530.1 survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >KAG6601669.1 Survival of motor neuron-related-splicing factor 30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 373.2 bits (957), Expect = 5.0e-99 Identity = 282/736 (38.32%), Postives = 293/736 (39.81%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. NCBI nr
Match: XP_022155149.1 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 369.4 bits (947), Expect = 7.3e-98 Identity = 282/736 (38.32%), Postives = 289/736 (39.27%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. NCBI nr
Match: KAG7032438.1 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 357.8 bits (917), Expect = 2.2e-94 Identity = 281/760 (36.97%), Postives = 292/760 (38.42%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P0C2F6 (Putative ribonuclease H protein At1g65750 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g65750 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 58.9 bits (141), Expect = 2.7e-07 Identity = 34/112 (30.36%), Postives = 52/112 (46.43%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7ZV80 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Danio rerio OX=7955 GN=smndc1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 51.2 bits (121), Expect = 5.7e-05 Identity = 26/50 (52.00%), Postives = 35/50 (70.00%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q3T045 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Bos taurus OX=9913 GN=SMNDC1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 1.7e-04 Identity = 26/60 (43.33%), Postives = 40/60 (66.67%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O75940 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMNDC1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 1.7e-04 Identity = 26/60 (43.33%), Postives = 40/60 (66.67%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8BGT7 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Smndc1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 1.7e-04 Identity = 26/60 (43.33%), Postives = 40/60 (66.67%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1K7R2 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111493029 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 373.2 bits (957), Expect = 2.4e-99 Identity = 282/736 (38.32%), Postives = 293/736 (39.81%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EY48 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111439780 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 373.2 bits (957), Expect = 2.4e-99 Identity = 282/736 (38.32%), Postives = 293/736 (39.81%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DPE2 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111022290 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 369.4 bits (947), Expect = 3.5e-98 Identity = 282/736 (38.32%), Postives = 289/736 (39.27%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6A1VBR9 (Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 OS=Morella rubra OX=262757 GN=CJ030_MR7G007720 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 349.4 bits (895), Expect = 3.8e-92 Identity = 270/736 (36.68%), Postives = 321/736 (43.61%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CE07 (survival of motor neuron-related-splicing factor 30 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499374 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 311.2 bits (796), Expect = 1.1e-80 Identity = 213/501 (42.51%), Postives = 230/501 (45.91%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. TAIR 10
Match: AT2G02570.1 (nucleic acid binding;RNA binding ) HSP 1 Score: 226.1 bits (575), Expect = 9.2e-59 Identity = 205/734 (27.93%), Postives = 252/734 (34.33%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. TAIR 10
Match: AT2G02570.2 (nucleic acid binding;RNA binding ) HSP 1 Score: 226.1 bits (575), Expect = 9.2e-59 Identity = 205/734 (27.93%), Postives = 252/734 (34.33%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. TAIR 10
Match: AT2G02570.4 (nucleic acid binding;RNA binding ) HSP 1 Score: 226.1 bits (575), Expect = 9.2e-59 Identity = 205/734 (27.93%), Postives = 252/734 (34.33%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. TAIR 10
Match: AT2G02570.3 (nucleic acid binding;RNA binding ) HSP 1 Score: 199.9 bits (507), Expect = 7.1e-51 Identity = 195/734 (26.57%), Postives = 242/734 (32.97%), Query Frame = 0
BLAST of Spg034717 vs. TAIR 10
Match: AT2G02650.1 (Ribonuclease H-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 67.8 bits (164), Expect = 4.2e-11 Identity = 41/149 (27.52%), Postives = 69/149 (46.31%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (cylindrica) v1
Date Performed: 2022-08-01 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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