Spg032408 (gene) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview
NameSpg032408
Typegene
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionTy3-gypsy retrotransposon protein
Locationscaffold2: 28826615 .. 28840124 (-)
RNA-Seq ExpressionSpg032408
SyntenySpg032408
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS
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mRNA sequence

ATGAACAACCTGTTTGTGGTCCAACCATCAAACATAAACCCTTCTCGGGCCAGTGAGAGGGTAGGGCCCTTTGTTCAAGACCCGGAGACACCACTTAAGGGAACACTCATCTACTTCCTCAAAAGTCGGGAAGGAGTGAATTCCATCTTGTGTGATTATGTTCCCAGCTCCCCACTCGGTCTTGTCCCCAAAATGGATACCCCCACTCGCATGTCTACTACATGGACGCTTTGGATCAATACGTCTGTATCAAATACAAAGCGGGCCGTATCACATAGTGTTACCAGGATAAGCGGGGAAGATCAAATGGTGGTGTTCTTCGTTGTTGCAAAGCAATCAAGAATCATTCTTGATTTTCAGAGACGTCAACGGAGTGTAACGCTCCCACTTTCAGATCCCAGAGATCAGGCCCTCCGAAGGGATGGTCGCTTCCAGGGCGACACGCGGGCGGATCATAAAAATCGGACGGTGCGACTTAGGGGTGGTGACCGTAGGATACGTTTGTTTGGGTTTTATGCCCTAAAACTCGTAGATAGTGAATCTGTGATTACGGACACTCGTGAAGGATTGACTTACCGGCATAGGTCTACATCCATGGACACAGAAATGTTGTACAGTCCATTAGGTCCCCCTGCTAGCTCGGTAGCCTCGTGGTGGTGTCCGTTGAAGTATTCAGAGTCGTCTACGGAGAATTTGCAAAATTTCGTTGATTTGATCGATGTAAGGGCCCGTGTTTTGGGCGTTTTGTTGCAAATTAGTGTCTGTAAGTTGGTGTCAAAGAATTTTGTATCAATTTGGGTGAAATCGATGCAATTTGAGACCAATATGAATGCAAATCGCCGCTGGAATTGTAATTTTCTGGAAAAGCTAGATGAAGAAATCCCAAAAAACAGAAGCAAATCACGAAACACTAAAAACAAAATCAAGAAAACGGACGAAATTGCATCTGTTAGGGCTCGAACTCAAGGCGTGAGGGGGCTGTTTGCATCAGTTCACCAACCGCTAGGTGACGGATGTTGGCGTTCGACTGGAGCGTGTGTCTTCGGCTTCGAGGGCAGCAGTTCGAGCAACAGTTCACGCAATTGTTTTTTTCCAATTCGCGTGCGCGTGTTTCTGATCGTGGAGCGGCAGTGTGAACGCGTCATCGTGGCGATGGTTAACCGGTTCGCGCGAATGTTGACCCGGTTCACGTGGTCTGGGAAGTTCTTGGGCCGGTTCAAATTTGATTGGATTATTTGTGATGGGGATAAGGCTGAGAACCTTATCCTGGTGACACTATGCGATACGGCCCGCCTTGTATTCGATATTGATGCAATGATCCAAAGCATCCATGTAGGAGATATGCAGATTTGTATGGGTGAGAGTGGCCAGTTCGCCGACTCAATAATCCCACCATTTCAGGGGCAAGACCGAATGGGGGCTGGGAACATAACGAGAATTCCCCTCAAGGCTTCCTCTAGACTCCCCCCAGTCTCCTGCCTCTATAAGTCTCAGAGTCATACCGGTGTAGCCATAGTGGTGGTGTTCGCACTAGTTCCATGGGTGAGAGTGGCCAATACGCCGACTCAATATGCCTTCCTTTTTGGGGACAAGACCGAGTGGGAGGCTGGGGACATGACAACACAAGAAGGAATTCACTCCTTCCCGCTTCTAGGAGAAGTAGATGAGTCTGTGATTACGGACAATCGTGAAGGATTGACCTACCGGCATAGGTCTACATCCATGGACACAGAAATGTTCTACAGTGAGAAGAGTTCAGCTGTGGGTCTTTAG

Coding sequence (CDS)

ATGAACAACCTGTTTGTGGTCCAACCATCAAACATAAACCCTTCTCGGGCCAGTGAGAGGGTAGGGCCCTTTGTTCAAGACCCGGAGACACCACTTAAGGGAACACTCATCTACTTCCTCAAAAGTCGGGAAGGAGTGAATTCCATCTTGTGTGATTATGTTCCCAGCTCCCCACTCGGTCTTGTCCCCAAAATGGATACCCCCACTCGCATGTCTACTACATGGACGCTTTGGATCAATACGTCTGTATCAAATACAAAGCGGGCCGTATCACATAGTGTTACCAGGATAAGCGGGGAAGATCAAATGGTGGTGTTCTTCGTTGTTGCAAAGCAATCAAGAATCATTCTTGATTTTCAGAGACGTCAACGGAGTGTAACGCTCCCACTTTCAGATCCCAGAGATCAGGCCCTCCGAAGGGATGGTCGCTTCCAGGGCGACACGCGGGCGGATCATAAAAATCGGACGGTGCGACTTAGGGGTGGTGACCGTAGGATACGTTTGTTTGGGTTTTATGCCCTAAAACTCGTAGATAGTGAATCTGTGATTACGGACACTCGTGAAGGATTGACTTACCGGCATAGGTCTACATCCATGGACACAGAAATGTTGTACAGTCCATTAGGTCCCCCTGCTAGCTCGGTAGCCTCGTGGTGGTGTCCGTTGAAGTATTCAGAGTCGTCTACGGAGAATTTGCAAAATTTCGTTGATTTGATCGATGTAAGGGCCCGTGTTTTGGGCGTTTTGTTGCAAATTAGTGTCTGTAAGTTGGTGTCAAAGAATTTTGTATCAATTTGGGTGAAATCGATGCAATTTGAGACCAATATGAATGCAAATCGCCGCTGGAATTGTAATTTTCTGGAAAAGCTAGATGAAGAAATCCCAAAAAACAGAAGCAAATCACGAAACACTAAAAACAAAATCAAGAAAACGGACGAAATTGCATCTGTTAGGGCTCGAACTCAAGGCGTGAGGGGGCTGTTTGCATCAGTTCACCAACCGCTAGGTGACGGATGTTGGCGTTCGACTGGAGCGTGTGTCTTCGGCTTCGAGGGCAGCAGTTCGAGCAACAGTTCACGCAATTGTTTTTTTCCAATTCGCGTGCGCGTGTTTCTGATCGTGGAGCGGCAGTGTGAACGCGTCATCGTGGCGATGGTTAACCGGTTCGCGCGAATGTTGACCCGGTTCACGTGGTCTGGGAAGTTCTTGGGCCGGTTCAAATTTGATTGGATTATTTGTGATGGGGATAAGGCTGAGAACCTTATCCTGGTGACACTATGCGATACGGCCCGCCTTGTATTCGATATTGATGCAATGATCCAAAGCATCCATGTAGGAGATATGCAGATTTGTATGGGTGAGAGTGGCCAGTTCGCCGACTCAATAATCCCACCATTTCAGGGGCAAGACCGAATGGGGGCTGGGAACATAACGAGAATTCCCCTCAAGGCTTCCTCTAGACTCCCCCCAGTCTCCTGCCTCTATAAGTCTCAGAGTCATACCGGTGTAGCCATAGTGGTGGTGTTCGCACTAGTTCCATGGGTGAGAGTGGCCAATACGCCGACTCAATATGCCTTCCTTTTTGGGGACAAGACCGAGTGGGAGGCTGGGGACATGACAACACAAGAAGGAATTCACTCCTTCCCGCTTCTAGGAGAAGTAGATGAGTCTGTGATTACGGACAATCGTGAAGGATTGACCTACCGGCATAGGTCTACATCCATGGACACAGAAATGTTCTACAGTGAGAAGAGTTCAGCTGTGGGTCTTTAG

Protein sequence

MNNLFVVQPSNINPSRASERVGPFVQDPETPLKGTLIYFLKSREGVNSILCDYVPSSPLGLVPKMDTPTRMSTTWTLWINTSVSNTKRAVSHSVTRISGEDQMVVFFVVAKQSRIILDFQRRQRSVTLPLSDPRDQALRRDGRFQGDTRADHKNRTVRLRGGDRRIRLFGFYALKLVDSESVITDTREGLTYRHRSTSMDTEMLYSPLGPPASSVASWWCPLKYSESSTENLQNFVDLIDVRARVLGVLLQISVCKLVSKNFVSIWVKSMQFETNMNANRRWNCNFLEKLDEEIPKNRSKSRNTKNKIKKTDEIASVRARTQGVRGLFASVHQPLGDGCWRSTGACVFGFEGSSSSNSSRNCFFPIRVRVFLIVERQCERVIVAMVNRFARMLTRFTWSGKFLGRFKFDWIICDGDKAENLILVTLCDTARLVFDIDAMIQSIHVGDMQICMGESGQFADSIIPPFQGQDRMGAGNITRIPLKASSRLPPVSCLYKSQSHTGVAIVVVFALVPWVRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLGEVDESVITDNREGLTYRHRSTSMDTEMFYSEKSSAVGL
Homology
[Close]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match: KAA0047518.1 (gag-protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK26487.1 gag-protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 3.3e-08
Identity = 40/75 (53.33%), Postives = 48/75 (64.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNNLFVVQPSNINPSRASERVGPFVQDPETPLKGTLIYFLKSREGVNSILCDYVPSSPLG 60
          +NN F VQP N NPSRA+E+VGP VQD ++ LKGT     +   GVN  L  YVPS PLG
Sbjct: 24 LNNWFKVQPINQNPSRANEKVGPLVQDLDSVLKGTTYLLSQKWVGVNFHLAPYVPSYPLG 83

Query: 61 L---VPK-MDTPTRM 72
          +    PK  D PTR+
Sbjct: 84 IPLGSPKTRDVPTRL 98

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match: KAA0065950.1 (ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK30278.1 ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 8.1e-07
Identity = 29/38 (76.32%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0 

Query: 515 VRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLG 553
           VRVA  PTQYA+ FGDKTEW AG++ TQ+GIHSFPLLG
Sbjct: 97  VRVARLPTQYAYHFGDKTEWGAGNIITQDGIHSFPLLG 134

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match: KAA0043328.1 (gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 1.5e-05
Identity = 26/41 (63.41%), Postives = 33/41 (80.49%), Query Frame = 0 

Query: 514 WVRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLGEV 555
           ++RVA  PTQYA+ F DKTEW AG++ TQ+GIHSFP LG +
Sbjct: 168 YIRVAKLPTQYAYHFEDKTEWGAGNIITQDGIHSFPPLGSI 208

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match: KAA0025994.1 (retrotransposon protein putative ty3-gypsy sub-class [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 1.5e-05
Identity = 30/46 (65.22%), Postives = 34/46 (73.91%), Query Frame = 0 

Query: 507 VVFALVPWVRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLG 553
           VV   +  VRVA  PTQYA+ FGDKTEW AG+  TQ+GIHSFP LG
Sbjct: 215 VVPVEISLVRVARLPTQYAYHFGDKTEWGAGNTITQDGIHSFPPLG 260

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match: KAA0056736.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold486G00080 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK21030.1 hypothetical protein E5676_scaffold778G00250 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 1.5e-05
Identity = 29/50 (58.00%), Postives = 36/50 (72.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNNLFVVQPSNINPSRASERVGPFVQDPETPLKGTLIYFLKSREGVNSIL 51
          +NN F VQP N+NPSRA+E+VGP VQD +  LKGT     + R GVNS+L
Sbjct: 37 LNNWFKVQPINLNPSRANEKVGPLVQDLDLVLKGTTYLLSQKRVGVNSVL 86

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DRY2 (Gag-protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold313G00550 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 1.6e-08
Identity = 40/75 (53.33%), Postives = 48/75 (64.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNNLFVVQPSNINPSRASERVGPFVQDPETPLKGTLIYFLKSREGVNSILCDYVPSSPLG 60
          +NN F VQP N NPSRA+E+VGP VQD ++ LKGT     +   GVN  L  YVPS PLG
Sbjct: 24 LNNWFKVQPINQNPSRANEKVGPLVQDLDSVLKGTTYLLSQKWVGVNFHLAPYVPSYPLG 83

Query: 61 L---VPK-MDTPTRM 72
          +    PK  D PTR+
Sbjct: 84 IPLGSPKTRDVPTRL 98

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VFG5 (Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold344G00390 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 3.9e-07
Identity = 29/38 (76.32%), Postives = 33/38 (86.84%), Query Frame = 0 

Query: 515 VRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLG 553
           VRVA  PTQYA+ FGDKTEW AG++ TQ+GIHSFPLLG
Sbjct: 97  VRVARLPTQYAYHFGDKTEWGAGNIITQDGIHSFPLLG 134

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DC35 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold778G00250 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 7.4e-06
Identity = 29/50 (58.00%), Postives = 36/50 (72.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNNLFVVQPSNINPSRASERVGPFVQDPETPLKGTLIYFLKSREGVNSIL 51
          +NN F VQP N+NPSRA+E+VGP VQD +  LKGT     + R GVNS+L
Sbjct: 37 LNNWFKVQPINLNPSRANEKVGPLVQDLDLVLKGTTYLLSQKRVGVNSVL 86

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SJY0 (Retrotransposon protein putative ty3-gypsy sub-class OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold34G003160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 7.4e-06
Identity = 30/46 (65.22%), Postives = 34/46 (73.91%), Query Frame = 0 

Query: 507 VVFALVPWVRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLG 553
           VV   +  VRVA  PTQYA+ FGDKTEW AG+  TQ+GIHSFP LG
Sbjct: 215 VVPVEISLVRVARLPTQYAYHFGDKTEWGAGNTITQDGIHSFPPLG 260

[Close]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TKJ4 (Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold110G002390 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 7.4e-06
Identity = 26/41 (63.41%), Postives = 33/41 (80.49%), Query Frame = 0 

Query: 514 WVRVANTPTQYAFLFGDKTEWEAGDMTTQEGIHSFPLLGEV 555
           ++RVA  PTQYA+ F DKTEW AG++ TQ+GIHSFP LG +
Sbjct: 168 YIRVAKLPTQYAYHFEDKTEWGAGNIITQDGIHSFPPLGSI 208

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0047518.13.3e-0853.33gag-protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK26487.1 gag-protease pol... [more]
KAA0065950.18.1e-0776.32ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK30278.1 ty1-cop... [more]
KAA0043328.11.5e-0563.41gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0025994.11.5e-0565.22retrotransposon protein putative ty3-gypsy sub-class [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0056736.11.5e-0558.00hypothetical protein E6C27_scaffold486G00080 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK2103... [more]
BLAST of Spg032408 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3DRY21.6e-0853.33Gag-protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffol... [more]
A0A5A7VFG53.9e-0776.32Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E567... [more]
A0A5D3DC357.4e-0658.00Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
A0A5A7SJY07.4e-0665.22Retrotransposon protein putative ty3-gypsy sub-class OS=Cucumis melo var. makuwa... [more]
A0A5A7TKJ47.4e-0663.41Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold110G0023... [more]
BLAST of Spg032408 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Spg032408.1Spg032408.1mRNA