Spg024158 (gene) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview


Name	Spg024158
Type	gene
Organism	Luffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
Description	Gag/pol protein
Location	scaffold4: 18319047 .. 18328641 (+)
RNA-Seq Expression	Spg024158
Synteny	Spg024158

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTCGGAAAGCCCAGTTGCGGCCGCAAATCGGGCGCAAATTTTCTTGAGCACTGCCTTGACACTTCTATCTTCAGCTGGGGCTACATTCCTTATTGGTTTGCGGGCGCATTTCCAATGCATCTTCCACATCTTCAAGACCAGATGCAGGCGCAAAATCTTCAACTTCTACTCTTTTGCTCTACTATCCTTTAATATCCACTTGCGGGCACATTTCCCTTGCAAAGTCCTCTGCACAAAAACATTAACCTTGGATAAATTCTTGCAAAAGTAATCTCTTTTTGTACATATTAAGCATAAATTCTGTACTTCTAAGATTTTCACCATGATTATAAGACTTTTGCTATTTTGACTCGAAAAGATAAGATTTTAAGCACAAAGCCTTTGCTTTCTAAACAATAACCTAGGTTTTTAAGGCTAAATAACACACATAAATGAGTGTTATCAAAATTCCAGGAAGAGACCCGTGCTGGGATGCAGCTGAAGGATTAAAATTCCTTGCAACAAAAGCATATATCAGACCTAACTCGTTGTTAATTGAGTTTCTTTGAAAATACCGATACGTTGGCCAAATTTTCAGAATGATTCTAAAATTAAAACCAGATTAAGCATGCGATTTAAGTTCTAAACTATTTAGGGATAGGAGACTTACATATGAATTCTGAATTCACTACACTATGCTCCAATCCAAATTCCACGTACAGTGAGGTTTCTTCTCCAACGAACACCACCACCAAATTCACCCACTATATCTCAGAGTTCTTGAGATTACCAGCTTGTGGGAGCCACTGTATCTTGAATTTAGGGAAAAAAAATACAGCATGAAGTTGTTGTCTTTTCTTCTTCTTGAAAGAGATGAGAGAGCTTGAGAGAACTTCTACGGAGGAGAGAATTAGAGAGAGTGTGTGTCTTGTCAATTATCACAAAATATAGAACTGCTCTTTTATTTTACTTCCACACGTTGGATGAAGGGAAAAAGGGGAGTTATCATGTAACTTCCCTGATTAATCTTGGCCATTGATAATTATCAATAAGATCTAGACCATTAATCATTATCATATAATAATTAATTATCCAAATAACTATACATTATGGGCCCGTTTGGTAACGTTCTCGTTTCTTGTTTCCGTTTCTTCATTTTTAATAAAGAAAAATAGAATTTCATGACCCTAACACCTATACATTCAATAATAATAAACCTATATTCTTATTTATGTTTGGAAAAAATTGGAAACAAGAACAAAAAAGGAGAAACTAGTTTTAGTTGTTCCCAAAAGTTCTATACGAATTTTGGGAGTGTTTCTAAAAAATGAGAAACAAGAAACATACATAGTTATTAAATGCTTAGATTTCTTAATAAAATTAGAAACAAGAAACAAGAAACGAGAACGTTACCAAACGGGCCCTATATAACTGATTAATTTAATAAAACCAACTTTAATTAAATTATTATAACATATAGTTTTAATTCAATTAAATCATATTCAATTAAATTAATTAGGCCAACCAATTAATTCATAATTAATTGTTCCCTACATTAATTAAATATCATATACTTAATTAATTTTACATTTGAATCATGTTCAAATGTGTCTCTCTCTTTTAACCTATAGTTTTAATGTGCAACAAATGTACATTAATACTAAACTATAGTATTAATTTAATTAAATCATATTGTCAAAAAAAATTAATTAAATCATATTTAATCAAATTAAATTAATTAATTAATTCTTTAATTAAATATCATATATTTAATTAATTTTTCCATTCGAATCATATTCAAATAATTCTCTCATATACTATAGTTTTAATATGAATCTCATTCATATAAAATTTAACCTATAGTATTAATATGAATCTAATTCATATTAAATATTTGAACCCCTTCAAATATTCAATTCTCTCATTAATTAATTTTGAATCACATCCAAAATTAATTTTTATTATAAAGTTTAATTCAATAATTAAACTTATATTATAATGTATCTTCATATATTATATTAATTACATCAAATACAATTAACTAAAATTCCATTAATATTCAAGCCTAATTAATCTCAGGACTCATTACGAGCTAGCAAGTGGACCTAATGGACCTACAGATCAGAAGGTTCAACGATACGAGATTAATTGGCTAAACTGATTAACCAAGTTAATCAACATTCGTTAACTGTGGATCACTCTGACGGAATAGATTGTCGCGATCTCTTGTCAAATAAATTTATAATCCACGATTCCTAAAGCTAACTTGTAGCAGTAGTGGTCGGGGTCGATTACAGGGAACAATCGGTTTATTTCTAAATTCTTTTGTGGTTTTTGAGGTAACCAAAAGGGGGGTTTATTAAAAGATTAAGACATAAAGTAAAGGCGGGAAAATAAATAAAGAAAATTAAATGCAAGGAAAGTAAAGGCAGGGTTAGTTGATCTTACCACGAGGATCACTGTAATCGGGGTTGAACTCGGTGTTAAGTTTGATTAATTTCATTCATCGACAATCAATTGATTTTAATTAACTATCTAAGTCCGGCGTACTCCGGCAACAAACCGAGAGCCATGATCAAACTATCACAAACATGCAAACGCTAAGTTTGATTCTAGTTTAAATTAATTAATATGCCTATTAACTAATCTAAACCGCATTGGGATCTAGCCGAATTAATTCACATGCAACGGGCAACAAACCACAATTACAATTGATTAAATCATTTAGTTCTAGGGACGCATGCGTATAATCATAACATTAACCTATTTGCTACTTAGATTTAGCAAGTAAATTTAGAGAGGGCGCGGTCAAGGTTGTCAATCTTTCCTACCACAATCTAAACTTATAGAAAAAGAACTACAATCACAAAGACAATTAACTAAGTAATGAAGAATGGAAATCTCATAAAATTGAATCAAACTTAAAAACTGAGGTCCCGATTACAATGATCCGAGCTTAGTTGGCCATAGATAAGCACCTCCAAACTCTAGGCTCGATCAATCGACCCATGAACTAAGAAAACTTAAAAGAACTCTAGAAAAGTAAAGAGAAAGGTGGCTACAATATTATATTGAGGGATGATTCTAAACCTACACCAAGACCCTCTATTTATAGTGGTTTTTGGCCTTCAATTCGTGGTCATTTGGTGCTGAATTGGGTCTTCAAACAAGGAAAATTTCGAGCCAAAATAGGAAAAATTCGATTCTGGAAAACTGTCGGGCGTCTCGACGCTGTCCCTTCAATTTTGGAAAATATCTCTCGGATTGCCCTAGCGTCGCGACGTTGTGGGCAAGCGTCGCGACGCTGTAGAGTCTCGACTCTGATGATGGGCGTCTCGACGCTGATGAGGCTCCAGGGGCAAAATGGTCATTTTACGCTCCGATTTCGCTCGTTTTAGCCCCGAATTGCTTCCAAAGCTCCGGTGAGGACCTATAGACATATTATACTCATTTTAAAGCATTTTTCGCAAGGAATTCAACTAAGTTAAGCAAATTGGGAGATTCTAAAGTGTATAACAAATTAGAACGATCACACTCCACTAAAGACCCACAACTGCACTCTTCTCACTGTAGAATATTTCTGTGTCCCCGAATATTGACCATACCGGTAAGTCAATCCTTCACGATTGTTCGTAACGCCAGCTGGGTCAATTTACCATTTTACCCCTGGGTTACCTCTAGATCCTTAAGTACTAGTAATCCCTCTAATGAACAAGCTATCTAAGATCCAACCACTAAACAGAAGTTCCTCTCAGGCCAGGAGAGGACGGCGCACCTTTGTTCAAGACCCGGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAAGAGTGAATTCCATCTTGTAATGTTATGTTCCCAGCCCACACTCGGTCTTACCCCTGAAATGGTAGGCTTATTGAGTTGGCGAACCTACCACTCTCACCCATACAAATCTAAGGACAATCCCTCATGAAAAGGGCTTCATAACATACTTAGGATTCAGATTGAGTTATCTAGGTCATCCTATTAAAATAAAAACTTATCTGGTTAACAACGTTACATCCAGTGGTTACTATTTCGCAGTCCGGTCTTATGCAAACTCATTGCATAGGATACCCCCACTCGCATGTCTCTTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAAGACAAAACGGGTCATATCACATAGTGTCACCAGGATAAGGTACCCAGCCTTACCCCTATACTATAAACCTTTTAGGTTGTTACTTGAACACTGATCTCTGTATGTCCCCACATACTAGTCCAAGACTCTAGAACTCTGTGCAAGTATACACAGTCCGCAGCAAGTAATAAGTATTTATCGAATCCAATGTCTGAATTAGCTTTCACTTTATCTATTTTGTTTAGCTTTTTAATGGTTTCAAAGGTGGTTAAATTGATTGGTTTTTATAGAATGCTGAAACAAAAGAAATGACAGAACAGAAAGTAAACAAATAGGCAGACAGATTAGAAACAGGCGCTGGTCAGGATTTAGTAATTGTTTTAAAAGATGCTCTAGCAATATTATTGATCATGCAAAACTCTTGCAGTCTTATTAGCGGATTCCTCCCGGAACTCCAGATTTTTTAGAATGTGTTTCAACTCCAATGAAGCACTACCGAACAAGCACTAGGCAACTAGCTATCCCTAGCTCAGTCACTGGCGTTCACCAATACACAATGATCTAGTGTGATTAATTGCCACACATTCCCTAAATCATCCCTGAAACTAGAGAATGATATTCATACCGGCTGGCCAGGCGGGCACAAAATATAAATGAGCACAACAAATAATCCAGATGCATCAATCGACATTTATTGCATAGATATTAAACACGACAACTACATGTTTCCTAACCAACGCCTAAAATTACTTAGTTCATAAAGCGCATAGAGACACACATTACAATATAAGTATATGCATCCATAACTACAAAGTAATACAAGAAAATATTAATTCCCTTGATCAGCTTGTAATTGATGGTCTTCTTGTTGGTCTCCAATCTCTCTCCTCTATTCGGCTCCCAAAATGGAAATGAGAAATGATCCCCTTCCAAGAGTGGAATGTTCCTCTCAAGGATGGAATTTCCTTCCCCAAAAAGGAATGAATTTGACTTGGGCGGCTATCTCCTTTTATAGAGTGATATGAGGCTTGAAGTAGGTTGACCTAGACACGTGGATGGCTCTCCCTGCTCCTTTATCCCGAGAATAGCTTAACATAATTCAGTTCATTAAATTGGCTAACGAGCTGTGACGTGGCAGTTTTGCTCCCAACTTTGTTCCAGCACAACTTTTGCTCCCTCAAGTCGCTCAGCAATATATTCTGCACCAAATAACTTCCAAAGCTTCCATTCTTCCAAATGGGTTAAAACATATAATATCTATCTAAAAGCAACCCTATTTAGCACAAAAGACACACGAATCAATATAGAAATAAGGTCTAAATAACTCCCTTTTGGAGAGTTATCAGTGTTCAAGTAACAACCTAAAAGGTCTATAGTACATGGCTAAGGTTGGGTACCTTATCCTGGTAACACTATGAGATACGGTCCGCTTTGTATTCGATACAGACGTATTGATCCAAGGCGACCATGTAGGAGACATGCGAGCGGGGGTATCCTATGCAATGAGTTTGCATAAGACCGGACCACGAAATAGTAAACCACTAGATGTAACACCGTTAACTAGTTAGGTTACTATTTCAATAGGATGACCTAGGTAACTCAGTCTTAATCCTGAGTGTGTCATGAACTCCTTCTCACGAGGGATTATCCTTTGATTAGTATGGGTGAGAGTGGCCTGCACGCCGACTCAATAAGCCTACCTTCTTGGGGACAAGACCGAGTGGGGGCTGGGGACATGACAACACAAGATGGAATTCACTCCTTCCCGCTTCTAGGAGAAGTAGATGAGTGTTCCCTTAAGTGGTGACTTCGGGTCCTTAACAAAGGGATCTCGCCCTCTCACTCCGAAAGGGACTTTCTGTTTACTTGTTGGACCATAAACAGGTTGTTCATTAGAGGAGCACTGGTACTTAAGGAGCCAGAGGTAACACATGGGTAAAACGATAATTTGACCCAGCTGTAGTTACGAACACTCGTGAAGGATTGACTTACCGTTATTGGTCAATATCTATGGACAAATAAACGTTCTACAGTGAGAAGAGTGCAGCTGTGGGTCTTTAGTGGAGTGACCCACAATTAATGAATATTGGTTAACTCGATTAATGAGTTTAGTCCGTTAACCTCATATCATTGGAGCTTCTGATCTTTAGGTCCATTAGGTCCCCCTGCTAGCTCGTAAAGAGTAATTGGAAACAATTTATCTTGAAAGAATTTGAATAGTTCAAATTCAATTTTGGGAATCAAGTCAATTGTATGAGATACAATTAATATAATGTATAGTGATACATTATAATATAAAGTTTAATTTGAGATTAAACTTTATTATATTGAGAGAATAATATATTTTAAAGAGTTCAAATATATCACTAATTAAATATGTGTTAATAAATTAATTAATTGTGAATTAATTAATTATTCAATTAGTCTAATTAAATGTGATTTAATTAAACTATAATAAATGAGAGATATATTAGAATATGATTCTAATATGTAATTAATTAAATATGGTTGATATTTAATTAATTATAAAATTAGTTAATTTTTAATTAATTGATTGTTCAATTTAATTTAGTTAAATCTGATTTAATTAAATTAATAACTATAAATTAATTTTAATGTGAATATGATTCATATTAAAACTATAGGTTATAAGAGAGATGCACATTTGAATATGATTCAAATGTATGATTAATTAAATATGTGATATTTAATTGGTCAAAGAATTAAGGGAAAAATACACTTTTGGTCCCTGAGGTTTGGGTTAAGTAACACTTTAGTCCCTGAGTTTTCAAACTCAACAAAAATACCCCTGAGGTTTGAGATAAGGAGCACTTTGGTCCCTGCCGTCTATTTTTTCTGTTAAATACTAACGGCTGCTGACATGGCACTATTATTTTAATAAAAAAAATATTTTCTTAATTTTTAAATTAAAATAATAATAAATTAATTTTAAAAAAAATATTATTATTTTATTATTTATTTTTATTCTTTCTCCCTCTCTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCAACCAATCTTCATCTTCAACCTTTTTTTCTTCCCTTCTTCTTCAGCAGGTCGCCGGCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTTTCTTCTTCTTCTTTTTCTCATTTTCACACCAATCCATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTAAAAAGCTGGCCGGAAATCGAAAAAGAAGGGGGTCGATTTTCCGGCGAAGGGACCTCCATCCCTTTCTTTCTTCTCCTTTCTTTCTCCTCGTCGGTCTGCCACTCCTCACGCCCAGTTGCCTCACACCCTCATCATCTTTCTCTCTCTCGCAGCCAAAAATCCATGCCTGAAACGAAGGGGAAATCCCCCTCGTTTCAGATCTGGAACGAAACCCAGTTTCGTTTCAGGTCGTTCCCTTCGATTTCAGCGGCGCGTGCGAGGATAAAAGCTTCTTACGGTGGGTCTGGGTTACAAACGAGCAGCGGCGGATTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGACGCCGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTACAAACGAACAGCGGTGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGCTGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTATAAACGAGGAGAGAAGAGTGGCAGTGGGGGAGAGAGAGGAAGGGAGAGAAAGTGCCGGAAAACGATGAGAGAAAAGAAGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCGCCGGTCGCCGATGGTGTGCTGCTGTTGAAGAAGAAGAATAAGATAATGATGAAGGAGAAGAAGAAAGAGAGGGAGAAAGGGTGAAAAAATAATAATAAAATAATAATTTTTTTAAAAAATTAATTTATTATTATTTTAATTTAAAAATTAAGAAAATATTTTTTTTTATTAAAATAATAGTGCCACGTCAGCAGCCGTTAGTATTTAACAGAAAAATAAACGGCAGGGACCAAAGTGCTCCTTATCTCAAACCTCAGGGGTATTTTTGTTGAGTTTGAAAACTCAGGGACCAAAGTGTTACCTAACCCAAACCTCATGGACCAAAAGTGTATTTTTCCCAATAATTAATTAATTATGAATTAGTTAAATTGTTTAGTTTAATTAATTTAATTAAATTCGATTTAATTAAACTTAATTAAAACTATATATTAAGTGAGGGATGTGCATTTAATATGATTTAATGCACATGTAATTAAATATTAGATATTTAATTATATTATTAATTAATTAAATTGTTAGTTAATTAATTAATATATTTAATTAATTAAATTTTATTTAATTAATTATTATATTAATATTATTTTTTCTCTCACTTAAAACACTCACGTTGCAGGGGTCATAAGCTCGCTCTCTCATTCTGCAAAATCTAAGATTCTCTCATGCTCTCATTCTCTCTCAACCACATTACAGAGAGTTTTTTTTTTCTTCTCTGTAAATTCATAATTCCCATTCAAGGAGTCTCACCACTCCGCTCTCAATCTCAGAGAATAGCAGGGTAGCCTCGTGGTGGTGTTTGCCGTTCAAAAATAATCAAGAAGGCGTTCTTGAATTCAGAGTCATCAACGAAGGTATGTTTCTCATCGCTTGATTTTTTGCCAATGTATTGGTATTTTGCATAATGAAATTAATTTACGAACGGTCCAATTGCTTCCGCTTTAACGGAATTGGGAATTCCAATCCTTCAATTGGTATCAGAGCCGATCGTATGCTTAATTTTGTTTTACAAATATTTGCATTGGTTGATTGGTGGGATTAAATTATGCATTGGATGTATGATTGGTTTGATGGTAGATGGTTTGGGTTTTTGGCATTAGAATTTGCAAAAATTTCTTGATTTGATCATGTAAAGACCCGTTGTTTTGGGCATTTTGTTGCAAAGTGCGTCTGTAAGTCCGTGTCAATGTTTTGTGTATAAATTTGGGTGAAAAACGAATGAATTTGGCGCCAAATCGAGGAAGAACGCTGGTGGAATCTTCAATTTCTGGAATACAGAGGGTTGGATGTTCATCATGGATGAATAAAAAAAAATCGAATGAAAACGCGCGCTGGCTAAAAAAAAGGGAATTCGGAAAAGCGTATCCGCTGAGGCTCGAACTCAAGGCGTGAGGGGGTTGTTTTCGTCGGTTCACCAACCAGATCGTGACGCGTGTCGCGGGTGTCAGGCGGGAGTTCGGCTTTGCGTGCGGCAGTTCGAGCTTTGTCGTGCGCGTGTTCATTTTTTTAGTTCGTGGAGCGTTTCTTCAAACGTGGGCTGGTAATTTTTGAATTTCAAATTTCGTTGGGCCGTTGTCGCTCGAACGTGGGCTTCAAATCCGCGTGCAGATCTGTCTTCATGGGCAGCAGTTCGAGCAGTTGCTGAAGCGGTTTCGGGCGTGCGGTTTTCAGACAGTTGCTGTCCGGTTCGTGGGTTGAGGCGCAGTTCAGACCAGTTTGAGGACTTTTGA

mRNA sequence

ATGTCGGAAAGCCCAGTTGCGGCCGCAAATCGGGCGCAAATTTTCTTGAGCACTGCCTTGACACTTCTATCTTCAGCTGGGGCTACATTCCTTATTGGTTTGCGGGCGCATTTCCAATGCATCTTCCACATCTTCAAGACCAGATGCAGGCGCAAAATCTTCAACTTCTACTCTTTTGCTCTACTATCCTTTAATATCCACTTGCGGGCACATTTCCCTTGCAAAGTCCTCTGCACAAAAACATTAACCTTGGATAAATTCTTGCAAAAGACTCATTACGAGCTAGCAAGTGGACCTAATGGACCTACAGATCAGAAGAGTCTCGACTCTGATGATGGGCGTCTCGACGCTGATGAGGCTCCAGGGGCAAAATGGTCATTTTACGCTCCGATTTCGCTCGTTTTAGCCCCGAATTGCTTCCAAAGCTCCGAAGTTCCTCTCAGGCCAGGAGAGGACGGCGCACCTTTGTTCAAGACCCGGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAAGAGTGAATTCCATCTTGTAATGTTATGTTCCCAGCCCACACTCGGTCTTACCCCTGAAATGGATACCCCCACTCGCATGTCTCTTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAAGACAAAACGGGTCATATCACATAGTGTCACCAGGATAAGGGATTATCCTTTGATTAGTATGGGTGAGAGTGGCCTGCACGCCGACTCAATAAGCCTACCTTCTTGGGGACAAGACCGAGTGGGGGCTGGGGACATGACAACACAAGATGGAATTCACTCCTTCCCGCTTCTAGGAGAAGTAGATGAGTGTTGTTCATTAGAGGAGCACTGGTACTTAAGGAGCCAGAGGTCGTTCCCTTCGATTTCAGCGGCGCGTGCGAGGATAAAAGCTTCTTACGGTGGGTCTGGGTTACAAACGAGCAGCGGCGGATTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGACGCCGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTACAAACGAACAGCGGTGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGCTGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTATAAACGAGGAGAGAAGAGTGGCAGTGGGGGAGAGAGAGGAAGGGAGAGAAAGAGTCTCACCACTCCGCTCTCAATCTCAGAGAATAGCAGGGTAGCCTCGTGGTGGTGTTTGCCGTTCAAAAATAATCAAGAAGGCGTTCTTGAATTCAGAGTCATCAACGAAGATCTGTCTTCATGGGCAGCAGTTCGAGCAGTTGCTGAAGCGGTTTCGGGCGTGCGGTTTTCAGACAGTTGCTGTCCGGTTCGTGGGTTGAGGCGCAGTTCAGACCAGTTTGAGGACTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCGGAAAGCCCAGTTGCGGCCGCAAATCGGGCGCAAATTTTCTTGAGCACTGCCTTGACACTTCTATCTTCAGCTGGGGCTACATTCCTTATTGGTTTGCGGGCGCATTTCCAATGCATCTTCCACATCTTCAAGACCAGATGCAGGCGCAAAATCTTCAACTTCTACTCTTTTGCTCTACTATCCTTTAATATCCACTTGCGGGCACATTTCCCTTGCAAAGTCCTCTGCACAAAAACATTAACCTTGGATAAATTCTTGCAAAAGACTCATTACGAGCTAGCAAGTGGACCTAATGGACCTACAGATCAGAAGAGTCTCGACTCTGATGATGGGCGTCTCGACGCTGATGAGGCTCCAGGGGCAAAATGGTCATTTTACGCTCCGATTTCGCTCGTTTTAGCCCCGAATTGCTTCCAAAGCTCCGAAGTTCCTCTCAGGCCAGGAGAGGACGGCGCACCTTTGTTCAAGACCCGGAATCAGCCCTTAAGGGAACACACATCTACTTACCCCAATAGGGGAAAGAGTGAATTCCATCTTGTAATGTTATGTTCCCAGCCCACACTCGGTCTTACCCCTGAAATGGATACCCCCACTCGCATGTCTCTTACATGGATGCTTTGGATCATTGCATCTGTATCGAAGACAAAACGGGTCATATCACATAGTGTCACCAGGATAAGGGATTATCCTTTGATTAGTATGGGTGAGAGTGGCCTGCACGCCGACTCAATAAGCCTACCTTCTTGGGGACAAGACCGAGTGGGGGCTGGGGACATGACAACACAAGATGGAATTCACTCCTTCCCGCTTCTAGGAGAAGTAGATGAGTGTTGTTCATTAGAGGAGCACTGGTACTTAAGGAGCCAGAGGTCGTTCCCTTCGATTTCAGCGGCGCGTGCGAGGATAAAAGCTTCTTACGGTGGGTCTGGGTTACAAACGAGCAGCGGCGGATTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGACGCCGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTACAAACGAACAGCGGTGGCTCTGGGTTACGTACAAGCAGCGGCGCTGGCGAATCTGAAGCTTCTTACGGCGGGTCTGGGTTATAAACGAGGAGAGAAGAGTGGCAGTGGGGGAGAGAGAGGAAGGGAGAGAAAGAGTCTCACCACTCCGCTCTCAATCTCAGAGAATAGCAGGGTAGCCTCGTGGTGGTGTTTGCCGTTCAAAAATAATCAAGAAGGCGTTCTTGAATTCAGAGTCATCAACGAAGATCTGTCTTCATGGGCAGCAGTTCGAGCAGTTGCTGAAGCGGTTTCGGGCGTGCGGTTTTCAGACAGTTGCTGTCCGGTTCGTGGGTTGAGGCGCAGTTCAGACCAGTTTGAGGACTTTTGA

Protein sequence

MSESPVAAANRAQIFLSTALTLLSSAGATFLIGLRAHFQCIFHIFKTRCRRKIFNFYSFALLSFNIHLRAHFPCKVLCTKTLTLDKFLQKTHYELASGPNGPTDQKSLDSDDGRLDADEAPGAKWSFYAPISLVLAPNCFQSSEVPLRPGEDGAPLFKTRNQPLREHTSTYPNRGKSEFHLVMLCSQPTLGLTPEMDTPTRMSLTWMLWIIASVSKTKRVISHSVTRIRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGEVDECCSLEEHWYLRSQRSFPSISAARARIKASYGGSGLQTSSGGLGYVQAAAALGYVQAATPANLKLLTAGLGYKRTAVALGYVQAAALANLKLLTAGLGYKRGEKSGSGGERGRERKSLTTPLSISENSRVASWWCLPFKNNQEGVLEFRVINEDLSSWAAVRAVAEAVSGVRFSDSCCPVRGLRRSSDQFEDF

Homology

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr
Match: TYK08698.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.4e-06
Identity = 33/47 (70.21%), Postives = 33/47 (70.21%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLG 275
           IRD PLI  GESG  ADSI L  WGQDRVG     TQDGIHSFP LG
Sbjct: 308 IRDCPLICTGESGQIADSIWLSFWGQDRVGRWKHITQDGIHSFPPLG 354

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr
Match: KAA0049822.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.4e-06
Identity = 33/47 (70.21%), Postives = 33/47 (70.21%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLG 275
           IRD PLI  GESG  ADSI L  WGQDRVG     TQDGIHSFP LG
Sbjct: 308 IRDCPLICTGESGQIADSIWLSFWGQDRVGRWKHITQDGIHSFPPLG 354

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr
Match: TYK30754.1 (gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 60.8 bits (146), Expect = 3.5e-05
Identity = 26/49 (53.06%), Postives = 36/49 (73.47%), Query Frame = 0


Query: 231 YPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGEVDEC 280
           Y + ++G+SG  ADSI L  W + + G G++ TQDGIHSFP LG+VD+C
Sbjct: 219 YEICTLGKSGQIADSICLSFWDKTKWGVGNIITQDGIHSFPPLGQVDKC 267

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr
Match: KAA0034955.1 (gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK21310.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 59.7 bits (143), Expect = 7.8e-05
Identity = 29/49 (59.18%), Postives = 33/49 (67.35%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGEV 277
           IRD PLI   ESG  ADSI L  W +   GAG++ TQDGIHSFP LG +
Sbjct: 477 IRDCPLICTSESGQIADSICLSFWDKTEWGAGNIITQDGIHSFPPLGSI 525

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr
Match: KAA0062047.1 (Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 57.0 bits (136), Expect = 5.1e-04
Identity = 27/48 (56.25%), Postives = 32/48 (66.67%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGE 276
           +RD PLI MGESG   DS  L  W +   GAG++ TQD IHSFP +GE
Sbjct: 202 VRDCPLICMGESGQITDSTCLSFWDKTEWGAGNIITQDEIHSFPPVGE 249

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U202 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold1591G00150 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 1.2e-06
Identity = 33/47 (70.21%), Postives = 33/47 (70.21%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLG 275
           IRD PLI  GESG  ADSI L  WGQDRVG     TQDGIHSFP LG
Sbjct: 308 IRDCPLICTGESGQIADSIWLSFWGQDRVGRWKHITQDGIHSFPPLG 354

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CBX3 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold118G00530 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 1.2e-06
Identity = 33/47 (70.21%), Postives = 33/47 (70.21%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLG 275
           IRD PLI  GESG  ADSI L  WGQDRVG     TQDGIHSFP LG
Sbjct: 308 IRDCPLICTGESGQIADSIWLSFWGQDRVGRWKHITQDGIHSFPPLG 354

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E4C4 (Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343G00950 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.8 bits (146), Expect = 1.7e-05
Identity = 26/49 (53.06%), Postives = 36/49 (73.47%), Query Frame = 0


Query: 231 YPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGEVDEC 280
           Y + ++G+SG  ADSI L  W + + G G++ TQDGIHSFP LG+VD+C
Sbjct: 219 YEICTLGKSGQIADSICLSFWDKTKWGVGNIITQDGIHSFPPLGQVDKC 267

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T0G5 (Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1199G00190 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 59.7 bits (143), Expect = 3.8e-05
Identity = 29/49 (59.18%), Postives = 33/49 (67.35%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGEV 277
           IRD PLI   ESG  ADSI L  W +   GAG++ TQDGIHSFP LG +
Sbjct: 477 IRDCPLICTSESGQIADSICLSFWDKTEWGAGNIITQDGIHSFPPLGSI 525

[Close]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V524 (Retrotransposable element Tf2 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold89G003870 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 57.0 bits (136), Expect = 2.5e-04
Identity = 27/48 (56.25%), Postives = 32/48 (66.67%), Query Frame = 0


Query: 228 IRDYPLISMGESGLHADSISLPSWGQDRVGAGDMTTQDGIHSFPLLGE 276
           +RD PLI MGESG   DS  L  W +   GAG++ TQD IHSFP +GE
Sbjct: 202 VRDCPLICMGESGQITDSTCLSFWDKTEWGAGNIITQDEIHSFPPVGE 249

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
TYK08698.1	2.4e-06	70.21	reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0049822.1	2.4e-06	70.21	reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK30754.1	3.5e-05	53.06	gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0034955.1	7.8e-05	59.18	gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK21310.1 gag/pol protein [Cucumis ...	[more]
KAA0062047.1	5.1e-04	56.25	Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]

BLAST of Spg024158 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7U202	1.2e-06	70.21	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold15...	[more]
A0A5D3CBX3	1.2e-06	70.21	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold11...	[more]
A0A5D3E4C4	1.7e-05	53.06	Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold343G0095...	[more]
A0A5A7T0G5	3.8e-05	59.18	Gag/pol protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1199G001...	[more]
A0A5A7V524	2.5e-04	56.25	Retrotransposable element Tf2 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_sc...	[more]

BLAST of Spg024158 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (cylindrica) v1
Date Performed: 2022-08-01


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 379..398

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spg024158.1	Spg024158.1	mRNA