Spg023503 (gene) Sponge gourd (cylindrica) v1

Overview
NameSpg023503
Typegene
OrganismLuffa cylindrica (Sponge gourd (cylindrica) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationscaffold13: 12565111 .. 12570540 (-)
RNA-Seq ExpressionSpg023503
SyntenySpg023503
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
TTAGTACTTAAAGGAACAACCTCTCTACTATCCCAGAATTGGGTAGGAGTGAATTCCGTCTTGCAAGACTATGTCCCCAGCTATCTATCCGATCTTATCCCCAAAATGGATGGCTTGTTGAGTCGGCGATGTCTGGCCACTCTCACCCATGCAGATCATAGGATAATCTCGTATAAACAAGAGTTCATAGTTAGCTCAAGATTAAGATCGAGTTACCTAGGTCATCTTGTGAAATAGTCAGTTTCTACAGTAAATGGCATTATAAAGAGAAAGTGACTTATTTCGCGGTCCAGTCTTATGCAAACTCATTGCATAGGACACCCCCACTCGCATGTCTCCACATGAACAATTTAGGATCTCATCATTTGTACTTAATACAAAGTGGGCCGCGTCCATAGTGTCCCCAGGATAAGGTACCCAACCCTATCCTTATACTATAGACTATTTTGGCTATAAACTTGAACTCGATCCTATGATATGTCCCAACATATAGTTCGAGTATTCATGTTATAGCCAAGGATATTAGTTTATTGGATTTAGGTTAAATATTCGCAACTTACATATTCAATAACATCTTTTACTGAATAACCTCAATAACGTCTTTATTGGAAATAAAATATGTTTAATGATTTACAAACTACGAGTTTATAGGACATTAAACCCAACATATGGTTGTTTTGTGGATGCTATTTTTGCATGACTATGATTTCCTAGGATAGGCTTTCTTGTCAATTTTCAAGATTTTGATGAGTTGTAAGCATGAGTGCCCAAAAAGGGAGACTTTTTAAGCTTTTTCTAAGAGATGTCTTGCATGAGTAGAGTATTTTCCTTGGTTAGAGTATGACTTGAATGCTTAGGAGCGAATTATTAGGTTCATATGCTTGTTGTCACCTCGATAGGTGTAGGGAAGAGCTAAAGAGTTAATTTTTTGAAAATTAGCATGTTTAATCTTGCCTAGGAGGAAAGAAAAGAACATATGCTTATCATGATAATAAAAGAAAAATCATTCTTGCCTTTACTTTTAAGAAAAATTATGCCATGGCTTGTGCACAATATGCAATGTTTAATAATTTTTAGGCAAAAAGAGCTACCCCTGTTGTGAACAGTTAGGCCAACCAAGAGTAAAATTCGGGTTATGGGTCCCTACAATAGGTGTGTGAAAGCTAGTGCCACTTATAAATGCTTGATTTAATTTTCAATTTGAAGCACCTAAGTATGGATGAAAACAAACTAATTTGTTCCATTGACTCATTAGTAAATCCTTAGTGCTAGTGTAGAGGGAAGATGAGTTGAGAGTTTAATAATCCAATCCCGAGCTATTAGAGTCTAATCTAGCTAAGTTAGATCTCGCTTGTGCAAGTTAATTTTGGAAAACTTTTGATTTGTCTCCTTCATTGGGCCTTATGTGCATGTCTCTCGATTGCTTGATTATTGACTTTTAGGCCTTAAGGATTGAGTCATGTTTGTTGCATCCATTCTTCACTGTATGCTTGATTTTTAGTTTGCTCGAGGACTAGCAAAAGCTTAAGTTTGGGGGTGTTTGATAGCGAGCATAGCTAGCTATTTTTCCCTAATTAATTTAGCTAGTCTTTGATAATTAATTGGCCAAATTTATGCATTTTAGTGTTTTATTTGTAGAAAATATATATTGGAGTTAAATTGAGAAATTGGAGTTAATCGGGCGTTCGGGACGTGAAAAAAGGCCAAAGAAACAAAGTTGGATCGAGTTGGAAGTTTATTGAACAAGGGCAAATCGAGGACCAGCATCGAGACCCTAGATCTTGGGTGTCTCGACGCTGCACACTTTCCTTCTCTAATTTGGGCGGCAGCAGACACAGCGTCGAGATGCTGTGTCAATAACGTCTCGACGCTCTCGAAGAATTCCTAAACAGAATGGCGGTATCGCGACGCTGTCGACTTTTTTCCTATAAATACATTACAATTAGGGCTGGCCAAAGGGACTTCTTTGGATGCAATTTTGGCCTAAATTCCGACTAAAAATCTTCTGTGGAAGCTGAAGCAAGTGGAGAGGAGCGGGATTCAAGACTTTGTTCGTGGAGATCGTGACGGGGACGTGCGGTCTCGGCTACTTAGCGTTTAATCTCTTTTCCCTCTTGATTTTAGTTAGTTTTAATGGTTGTTTTAGACTTTTGCTATATCGTAACACATTGTATGAGTAGCTAAGTTTTTAATCTTAGGGATTGATGTAGTCGTTGGGCAATTATGGATTGATTTTATGGATGTTTGTTATGATTTCATTTATGCATAATTTGTTCTTAGTGCTTTCAATTTACCGGCCATGAATTGAATGATGTTTGTGTCTAAGTCTAACTCGGGAGAGAGGATTTAGCTTAGAAATCGTTATGCATGACTAGGATTAATCTTGAGATCGGGAGATAATAGATAATTCTAGAAATCGTTAAAAAGGACTAACCTTAAAGCCTTGCATGTTAATGAATTTAGATAGGGATATTGGGTTCATTGCATGTGAGAGGATTATGTATACTCGGGAGAGGTATGTATGATTGTCGTTTTCCTAGATTTATGTATCATAGCATGTTAATTATCCATTAATTAATCCATAATCTGAATTGGTGAAATCAACTCCCTAAGAATTTTGCCATCAATTGTTTGTCACACTTTTTGCTTTGTGTTATTTTTGCATTCTTTGTTACTAAAGTTTGTTCCCTAAATAAAATCGGATTAGAGTATTTGCGGTAATTAAATTGATTAGAAACCCAATCCAGAGGCCGACATTCGAATTAAAATTCACTATATTATAACTTGGCCCGTACACTTGCGGTAAGCAAATCGCGTAACAGTAGCCCACCAACTTTCAGATTTCAGAGGTCCGCCCCAACAAGCTACAATCAAGAAAGACAATGTTGGAGCAAAACCTAAGAAACCCTATCCATTACAGAGTTCACGCTGTTATCCCATACTCAAGCCCTCCGAAGGGATGGTTACACTATTGGCAACACGCAGGCGGAGTATGAGGTCTCAGAATGTACCAATGGAGGAGACCGTAGGATGTGTTGACACACCTCCTGCTCCCACTTACTATAAACACTCTCTCCGTTCACCTTGGTATTGAATCATACAAACACCTTCTGAATGGAGGTCACTTCCAAGGTGACACGACGCCGAGTATGATTCTCATAGTGTGAACTATCTGGAGATACGTGGGAATAAAAACTTGATATGATACATCTTGTTTTTATATGTTTCCTCCCACTGAGTATTTTAATGATTTAGGGTCTATTTTACTTAGGTAAATTCTGGCTAAATGAATCTATCTAAGTCTATGCCTTATATAAGGTCTTTACACTATTATATAGGTGAATTAAATCCTTTTAATTACCTAGTGGCACATGCATGCTGATAAGACCGTGGCTAATTCAACTCAGGTTCCGGACCAGGCGCCGGGAGAGTTCCCTTATAACCGAAGTCTTATATTGTAACGCCCCAGGTTTTTATAACCTTATTAACCTTACTAACCACAACTTGACAAACTAACCGGGTGCTCTGAAAATTTCGGCAGCATAACGACATACAACAGACTAATCCAAAAATTTTAAACACCTGCTAGAACAAAAACTACACTTCTATACTGTTGGGTTTTATGCCCTAAAACTCGTAGATAGTAAATGTACTTTTGACCGAACATTAATAAAAGTGATGTATTATTCATGTTTGTATTATATCTTGTCTTATTAACCCTAATCCAATAAACTAAACATCCAAGGCTAATAGAATGAGGCTTGAACTAGTATGTAGGGACATACGGGGATCGATGTTCAAGTTTTAGCCTAAAGGGTCTGTAGTATAGGGATAAGGCTGGGTACCTTATCCTAGTGACACTATGGATACGGTCCGCTTTGTATATTGATACAAACGTACTGATCCAACGTGTTCATGTAGTTGACATGCGAGTGGGGGTATCCTGTGCAATGAGTTTGCACAAAGACCGGGCCGTGAAATAGTTAACCACTAACTGTAACACCGTTAGTTAGCTCGGTTTCTATTTCACTAGGATGACCTAGGCAACTTGGCCTTAATCCTGAGTGGATTATGGACTCCTGTCCATGAGGGATTGTCCTTTGATTTGTACGGGTGAGAGTGGCATGCACGCCGACTCAATAAGCCTACCATTTTGGGGACAAGCCTAGTGGAGAGCTGGGAACATAGTCTTATAAGATGGAATTCACTCCTTCCCAGCTTTAGGGTAAGTAGAGGTGTGTTCCCTTAAGTGGTGTCTCCGGGTCTTGAACAATGGGCCCTACCCTCTCTATGGCACGAGAGGGACTTCTGTTTGTTGGTTGGACCTCAAACAGGTTGTTCATTAGAGGAGCACTGGTACTTAAGGATGAAGTGGTAGCCCAGGGGTAAAACGGTAATTTGACCTAGCTGGGGTACGAACACATGTGAAGGGCTAACTTGCTGTTGATGGTCGATATCCGTGGACACAGAAATATATCTGCAGTGAGAAGAGTGCAGCTGTGGTTCTATAGTGGAGTGAACCTCAGTTAACGAATATTGATTAACTTGGTTAATGAGTTTAGCCAATTAATCTCATATTGTTGGAGCTTCTGATCTGTAGGTCCATTAGGTCCCACCGGTAGCTCTATAAGGGCGTTGAGGTAAATTTCTAAGGGTGAATTGAATATTCAAAGGAGTTTGAATATTGAGTTAAATATGAATTTGATTCATATTAAAAACTATAGGTTATAATTAATGCACATATGATGTATATTAATTCTATAGTTAATTTTGAGAGAAATATAATTAAATATGTGATATTTAATTATAAAATTAATTAATTAGTGAATTAATTAATTTGTATTGTTTTAGTTTAATTTAATTAAATTCGATTTAATTGAATTTTATTAAAACAATAGGTTTTGTGGATTTATTATAAAAGGGTTTATATAAATTAAATGTTGATTTAATTAATTAAATTAATTTAATTTTATTATTAAATTAAATTAATTCTACCATCAGTTAAAGTAAGTGATGGAATGATTCATCCACTTACCTAGGGTATACGTGTGAAAGGGAGAGATTATAGGGAGTGGAGGTTTTCATCCGTTGCATAACCACTCCCTCAATTCAATCAGATAATTAATTCAGTTGCAGTCTCTCGCGCTCTCACGTAGGATTCTCTCTCAATCCCAAGAACTCTCTGCAATTCTCTTCCAAAGAATACAAAGAAGATAATACACCAAAACCCTTAGAGATCACGCTCCCACAAGCGCCTAAAGCACATCCTTCAAGAGAATACCGGTGCAACCTTGGTGGTGGTGTTCGTGACGATTTTACAGCGAGATCAAGGACCTCTTGCTGCTGGTTTTGGGCGAAATCCTAGGAGATTTGGCGAAACGGATCAAGAATTTCTACAAAGGTATAGTGTTCTTGATCTTGGATCAATAG

mRNA sequence

TTAGTACTTAAAGGAACAACCTCTCTACTATCCCAGAATTGGGTAGGAGTGAATTCCGTCTTGCAAGACTATGTCCCCAGCTATCTATCCGATCTTATCCCCAAAATGGATGGCTTGTTGAGTCGGCGATGTCTGGCCACTCTCACCCATGCAGATCATAGGATAATCTCGTATAAACAAGAGTTCATACTGAAGCAAGTGGAGAGGAGCGGGATTCAAGACTTTGTTCGTGGAGATCGTGACGGGGACATAGGGATATTGGGTTCATTGCATGTGAGAGGATTATGTATACTCGGGAGAGTAGCCCACCAACTTTCAGATTTCAGAGGTCCGCCCCAACAAGCTACAATCAAGAAAGACAATGTTGGAGCAAAACCTAAGAAACCCTATCCATTACAGAGTTCACGCTGTTATCCCATACTCAAGCCCTCCGAAGGGATGGTTACACTATTGGCAACACGCAGGCGGAGTATGAGGTCTCAGAATGTACCAATGGAGGAGACCGTAGGATGTGTTGACACACCTCCTGCTCCCACTTACTATAAACACTCTCTCCGTTCACCTTGGTTCCGGACCAGGCGCCGGGAGAGTTCCCTTATAACCGAAGTCTTATATTGTAACGCCCCAGGTCCATTAGGTCCCACCGGTAGCTCTATAAGGGCGTTGAGCGAGATCAAGGACCTCTTGCTGCTGGTTTTGGGCGAAATCCTAGGAGATTTGGCGAAACGGATCAAGAATTTCTACAAAGGTATAGTGTTCTTGATCTTGGATCAATAG

Coding sequence (CDS)

TTAGTACTTAAAGGAACAACCTCTCTACTATCCCAGAATTGGGTAGGAGTGAATTCCGTCTTGCAAGACTATGTCCCCAGCTATCTATCCGATCTTATCCCCAAAATGGATGGCTTGTTGAGTCGGCGATGTCTGGCCACTCTCACCCATGCAGATCATAGGATAATCTCGTATAAACAAGAGTTCATACTGAAGCAAGTGGAGAGGAGCGGGATTCAAGACTTTGTTCGTGGAGATCGTGACGGGGACATAGGGATATTGGGTTCATTGCATGTGAGAGGATTATGTATACTCGGGAGAGTAGCCCACCAACTTTCAGATTTCAGAGGTCCGCCCCAACAAGCTACAATCAAGAAAGACAATGTTGGAGCAAAACCTAAGAAACCCTATCCATTACAGAGTTCACGCTGTTATCCCATACTCAAGCCCTCCGAAGGGATGGTTACACTATTGGCAACACGCAGGCGGAGTATGAGGTCTCAGAATGTACCAATGGAGGAGACCGTAGGATGTGTTGACACACCTCCTGCTCCCACTTACTATAAACACTCTCTCCGTTCACCTTGGTTCCGGACCAGGCGCCGGGAGAGTTCCCTTATAACCGAAGTCTTATATTGTAACGCCCCAGGTCCATTAGGTCCCACCGGTAGCTCTATAAGGGCGTTGAGCGAGATCAAGGACCTCTTGCTGCTGGTTTTGGGCGAAATCCTAGGAGATTTGGCGAAACGGATCAAGAATTTCTACAAAGGTATAGTGTTCTTGATCTTGGATCAATAG

Protein sequence

LVLKGTTSLLSQNWVGVNSVLQDYVPSYLSDLIPKMDGLLSRRCLATLTHADHRIISYKQEFILKQVERSGIQDFVRGDRDGDIGILGSLHVRGLCILGRVAHQLSDFRGPPQQATIKKDNVGAKPKKPYPLQSSRCYPILKPSEGMVTLLATRRRSMRSQNVPMEETVGCVDTPPAPTYYKHSLRSPWFRTRRRESSLITEVLYCNAPGPLGPTGSSIRALSEIKDLLLLVLGEILGDLAKRIKNFYKGIVFLILDQ
Homology
[Close]
BLAST of Spg023503 vs. NCBI nr
Match: KAA0047869.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold133G001380 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 56.6 bits (135), Expect = 3.6e-04
Identity = 35/69 (50.72%), Postives = 44/69 (63.77%), Query Frame = 0 

Query: 2   VLKGTTSLLSQNWVGVNSVLQDYVPSYLSDLIPKMDGLLSRRCLATLTHADHRIISYKQE 61
           VLKGTT LLSQ WVGVNSVL     +  S L PK + L  R+ +A  T+ D RI+S +Q+
Sbjct: 67  VLKGTTYLLSQKWVGVNSVLHPMSLAIHSVLSPKWEALGQRQKVAR-TYEDLRILSNEQK 126

Query: 62  FILKQVERS 71
           FI+    RS
Sbjct: 127 FIVSSGLRS 134

[Close]
BLAST of Spg023503 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U348 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold133G001380 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 56.6 bits (135), Expect = 1.8e-04
Identity = 35/69 (50.72%), Postives = 44/69 (63.77%), Query Frame = 0 

Query: 2   VLKGTTSLLSQNWVGVNSVLQDYVPSYLSDLIPKMDGLLSRRCLATLTHADHRIISYKQE 61
           VLKGTT LLSQ WVGVNSVL     +  S L PK + L  R+ +A  T+ D RI+S +Q+
Sbjct: 67  VLKGTTYLLSQKWVGVNSVLHPMSLAIHSVLSPKWEALGQRQKVAR-TYEDLRILSNEQK 126

Query: 62  FILKQVERS 71
           FI+    RS
Sbjct: 127 FIVSSGLRS 134

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spg023503 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0047869.13.6e-0450.72hypothetical protein E6C27_scaffold133G001380 [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Spg023503 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Spg023503 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7U3481.8e-0450.72Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
BLAST of Spg023503 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Spg023503.1Spg023503.1mRNA