Sed0017380 (gene) Chayote v1

Overview
NameSed0017380
Typegene
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2
LocationLG12: 24230533 .. 24271558 (-)
RNA-Seq ExpressionSed0017380
SyntenySed0017380
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

ATGGACCAGTCTATTCAGAAATCTCAACTGCATTTCTCATCACCTGCGGCTTTTGTCGAAGGCGGAATCCAAGATGCCTGTGACCACAGAAGCTCTCAATGCCCCATGTGTTGGCAACCTATTAGCCTGAAGGATCCAACCAGAAAGTTTAGACTTAATCCAGCTAGAAACTCAACTATATTTCGCCATCCCACTCTTGGCGACTTTGAGTTACAACATTTACCAGCTGGTGCTAGTGATGTTGATCTTGAAGAGCGTATTCTCCAACACCTAGCTGCGGCAGCTGCCATGGGACAAGCTCGCCAAATTGCTAGAAGGGAAGGCCACAGACATCAATCAGGAGTTCATGGTCGTACTCGGTTTTTCGTGTATCCTTCCCATCCTAATTCTTCGTCAACGTCTCCACCTCGTTGTGACGATCAGGAAGGTGAAGCTGACGCAAGAATCATGTTAGCTACTATATCACCACCTCAACCTACAGGAGATGAGTCCCCACAACTCAATGCTTCATTGCATTCAGTGCAAACCGATGATTCTTCTCCTTCAGTACCTCAATCTAGTTCACATTCGTCGAGTCAAATTGGATCTCCTTCGAGAGATAGATACAAAGATTCAATCACAAAGAGCGCGAGAGGCTGGAGGGAGAAGTGGTTCTCTCGCAACACTTCAATATTAGACATTGGCTCTGAAGTTAAAAGAGAGGTTAATGCAGGGATAGCAATAGTATCGCGCATGATGGAAAGTCTTGAAACAAGAGACGCTAGAAAGAGTAGCAGTCCTGAGTCATCCAGTAATATACCAGAGAATGCTGGAAATAATTCATTGAGTGACACAAATAAAGAAGCATTGCATCCAGAATCCAGTTCAAGCTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGACCAGTCTATTCAGAAATCTCAACTGCATTTCTCATCACCTGCGGCTTTTGTCGAAGGCGGAATCCAAGATGCCTGTGACCACAGAAGCTCTCAATGCCCCATGTGTTGGCAACCTATTAGCCTGAAGGATCCAACCAGAAAGTTTAGACTTAATCCAGCTAGAAACTCAACTATATTTCGCCATCCCACTCTTGGCGACTTTGAGTTACAACATTTACCAGCTGGTGCTAGTGATGTTGATCTTGAAGAGCGTATTCTCCAACACCTAGCTGCGGCAGCTGCCATGGGACAAGCTCGCCAAATTGCTAGAAGGGAAGGCCACAGACATCAATCAGGAGTTCATGGTCGTACTCGGTTTTTCGTGTATCCTTCCCATCCTAATTCTTCGTCAACGTCTCCACCTCGTTGTGACGATCAGGAAGGTGAAGCTGACGCAAGAATCATGTTAGCTACTATATCACCACCTCAACCTACAGGAGATGAGTCCCCACAACTCAATGCTTCATTGCATTCAGTGCAAACCGATGATTCTTCTCCTTCAGTACCTCAATCTAGTTCACATTCGTCGAGTCAAATTGGATCTCCTTCGAGAGATAGATACAAAGATTCAATCACAAAGAGCGCGAGAGGCTGGAGGGAGAAGTGGTTCTCTCGCAACACTTCAATATTAGACATTGGCTCTGAAGTTAAAAGAGAGGTTAATGCAGGGATAGCAATAGTATCGCGCATGATGGAAAGTCTTGAAACAAGAGACGCTAGAAAGAGTAGCAGTCCTGAGTCATCCAGTAATATACCAGAGAATGCTGGAAATAATTCATTGAGTGACACAAATAAAGAAGCATTGCATCCAGAATCCAGTTCAAGCTGA

Protein sequence

MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACDHRSSQCPMCWQPISLKDPTRKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLPAGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSPPRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIGSPSRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKREVNAGIAIVSRMMESLETRDARKSSSPESSSNIPENAGNNSLSDTNKEALHPESSSS
Homology
[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match: XP_022961102.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 384.8 bits (987), Expect = 6.6e-103
Identity = 227/380 (59.74%), Postives = 252/380 (66.32%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 6   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 65

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 66  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 125

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 126 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 185

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 186 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 245

Query: 241 SPSRD--------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSRNTS 291
           SPSRD                                RYKDSITKS +GWREK FSRNTS
Sbjct: 246 SPSRDSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSRNTS 305

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match: XP_022961100.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X1 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 1.5e-102
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 6   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 65

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 66  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 125

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 126 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 185

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 186 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 245

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 246 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 305

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match: XP_022961101.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 1.5e-102
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 5   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 64

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 65  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 124

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 125 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 184

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 185 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 244

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 245 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 304

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match: XP_022961103.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 [Cucurbita moschata] >XP_022961104.1 E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 [Cucurbita moschata] >XP_022961105.1 E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 1.5e-102
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 1   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 60

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 61  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 121 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 180

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 181 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 240

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 241 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 300

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match: XP_038878821.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 381.7 bits (979), Expect = 5.6e-102
Identity = 228/384 (59.38%), Postives = 255/384 (66.41%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS++H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 5   MDET-KKSEVHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 64

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 65  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEAVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 124

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMGQAR  +RREGHR++SG+HGR +F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 125 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGQARHSSRREGHRNRSGIHGRPQFLVFSSHPNSSSTSP 184

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGEA  RIM+A+ISPP P G+ESPQLNAS+  VQTD SSPS PQS S S+SQ+G
Sbjct: 185 PPVDNREGEAAPRIMVASISPPPPAGEESPQLNASVSPVQTDHSSPSAPQSGSASASQLG 244

Query: 241 SP-------------SRD-----------------------RYKDSITKSARGWREKWFS 291
           SP             S+D                       RYKDSITKS RGW+EK+FS
Sbjct: 245 SPPSERRSSGQPVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAISMRYKDSITKSTRGWKEKFFS 304

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZT42 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RHF2A PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 224.6 bits (571), Expect = 1.5e-57
Identity = 157/351 (44.73%), Postives = 193/351 (54.99%), Query Frame = 0 

Query: 8   SQLHFSSPAAFVEGGIQDACD----------------------------------HRSSQ 67
           S+ H +S AAFVEGGIQDACD                                   RSSQ
Sbjct: 10  SEGHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLESFCESDPSTLTSCKHEYHLQCILEWCQRSSQ 69

Query: 68  CPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLPAGASDVD 127
           CPMCWQ ISLKDPT           R FR NP RN+TIFRHPTLGDFELQHLP G  + +
Sbjct: 70  CPMCWQSISLKDPTSQELLEAVEQERNFRFNPTRNATIFRHPTLGDFELQHLPVGVDNAE 129

Query: 128 LEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP----PRC 187
           +EERI+QHLAAAAAMG+AR   RREGHR +S   G  +F V+ S PN+SS  P    P  
Sbjct: 130 IEERIIQHLAAAAAMGRARHGVRREGHRSRSSSQGHQQFMVFSSQPNASSPPPHPPMPSS 189

Query: 188 DDQEGEADARIML-----------ATISPP--------QPTGDESPQ--LNASLHSVQTD 247
             Q  E+D    L           +   PP         P+  +S    LN S  S Q D
Sbjct: 190 PSQRDESDTVSNLPHNALGEGSHQSNTQPPTSSHPRQVSPSASDSNSRPLNQSSPSEQ-D 249

Query: 248 DSSPSVPQSSSHSSSQIGSPSRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKREVNA 289
            + PS  QS S S     +    RYK+SI+K+ R W+++ FSRNTS+ D+GSEVKREV+A
Sbjct: 250 RAGPSELQSFSESLKSRLNAVSTRYKESISKNTRNWKDRLFSRNTSMADLGSEVKREVSA 309

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q4TU14 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF1A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RHF1A PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 1.3e-08
Identity = 77/280 (27.50%), Postives = 119/280 (42.50%), Query Frame = 0 

Query: 30  RSSQCPMCWQPISLKDP--------TRKFRLNPARN----STIFRHPTLGDFELQHLPAG 89
           RS +CP+CWQ   L+DP          K RL   RN    S I  H +  DF  +   + 
Sbjct: 79  RSKECPICWQLFVLRDPASQELLAAVEKERLLKTRNISSSSPISIHHSHDDFHSEEEESQ 138

Query: 90  ASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPS----------- 149
            S  D  E+ L+HL  AA   +   + RR+G    S V       ++P+           
Sbjct: 139 FSSFD--EQFLRHLTEAA--HRRCLLRRRDGQISSSLVSSSDPTTIHPTDLVNLYRLSAI 198

Query: 150 ----HPNSSSTSPPRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPS 209
               H NS+    P                +++P   +G  S   +++  S  +   SPS
Sbjct: 199 SHVEHQNSNPCPSP---------------GSMTPSPVSGHSSIPADSNNGSRISPGPSPS 258

Query: 210 VPQSSSHSSSQIGSP---------SRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKR 269
               S  S      P         +  +YK+SI+KS +G +EK  +RN S+ ++   V+R
Sbjct: 259 RSSQSPKSPEASSLPEAIKSKLAAASAKYKESISKSKQGLKEKLLARNNSVKELSKGVQR 318

Query: 270 EVNAGIAIVSRMMESLETRDARKSSSPESSSNIPENAGNN 274
           E+NAGIA V+RM+E ++    R   S   S++    +G N
Sbjct: 319 EMNAGIAGVARMIERMDFSSKRFGGSAHVSTSTATASGFN 339

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H987 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111461712 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 384.8 bits (987), Expect = 3.2e-103
Identity = 227/380 (59.74%), Postives = 252/380 (66.32%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 6   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 65

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 66  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 125

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 126 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 185

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 186 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 245

Query: 241 SPSRD--------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSRNTS 291
           SPSRD                                RYKDSITKS +GWREK FSRNTS
Sbjct: 246 SPSRDSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSRNTS 305

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HD02 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111461712 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 7.1e-103
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 1   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 60

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 61  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 121 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 180

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 181 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 240

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 241 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 300

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H9E6 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111461712 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 7.1e-103
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 5   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 64

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 65  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 124

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 125 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 184

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 185 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 244

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 245 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 304

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HB23 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111461712 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 383.6 bits (984), Expect = 7.1e-103
Identity = 227/383 (59.27%), Postives = 252/383 (65.80%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 6   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 65

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 66  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEGVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 125

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGA+D DLEERILQHLAAAAAMG+AR  ARREGHR++SGVHGR++F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 126 AGANDADLEERILQHLAAAAAMGRARHGARREGHRNRSGVHGRSQFLVFSSHPNSSSTSP 185

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  D++EGE   RIM+A +SPP P G+ESPQLN S+  +QTD SSPSVPQSS HSSSQ+G
Sbjct: 186 PHGDNREGETAPRIMVAAVSPPPPAGEESPQLNTSVSPIQTDQSSPSVPQSSLHSSSQLG 245

Query: 241 SPSRD-----------------------------------RYKDSITKSARGWREKWFSR 291
           SPSRD                                   RYKDSITKS +GWREK FSR
Sbjct: 246 SPSRDRSSSQSVPNSQDRAGPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTKGWREKLFSR 305

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BP10 (E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103491963 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 379.8 bits (974), Expect = 1.0e-101
Identity = 229/384 (59.64%), Postives = 254/384 (66.15%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDQSIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD-------------------------------- 60
           MD++ +KS+ H +S AAFVEGGIQDACD                                
Sbjct: 1   MDET-KKSEAHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLENFCDSDPSTMTSCKHEFHLQCVLE 60

Query: 61  --HRSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120
              RSSQCPMCWQPISLKDPT           R FRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP
Sbjct: 61  WCQRSSQCPMCWQPISLKDPTSQELLEAVEQERSFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLP 120

Query: 121 AGASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP 180
           AGASD DLEERILQHLAAAAAMGQAR  ARRE HR++SG+HGR +F V+ SHPNSSSTSP
Sbjct: 121 AGASDADLEERILQHLAAAAAMGQARHSARRESHRNRSGIHGRPQFLVFSSHPNSSSTSP 180

Query: 181 PRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIG 240
           P  DD+EGEA  RIM+A+ISPP P G+E+PQ NAS+  VQTD SSPS PQSSS S+SQ+G
Sbjct: 181 PPGDDREGEAAPRIMVASISPPSPAGEEAPQSNASVSPVQTDQSSPSAPQSSSASASQLG 240

Query: 241 SP-------------SRD-----------------------RYKDSITKSARGWREKWFS 291
           SP             S+D                       RYKDSITKS RGWREK FS
Sbjct: 241 SPPSERRSSSQPVPNSQDRAEPSELQSFSDSLKSRFNAMSMRYKDSITKSTRGWREKLFS 300

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. TAIR 10
Match: AT5G22000.2 (RING-H2 group F2A )

HSP 1 Score: 224.9 bits (572), Expect = 8.1e-59
Identity = 158/355 (44.51%), Postives = 194/355 (54.65%), Query Frame = 0 

Query: 4   SIQKSQLHFSSPAAFVEGGIQDACD----------------------------------H 63
           S   S+ H +S AAFVEGGIQDACD                                   
Sbjct: 6   STTTSEGHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLESFCESDPSTLTSCKHEYHLQCILEWCQ 65

Query: 64  RSSQCPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLPAGA 123
           RSSQCPMCWQ ISLKDPT           R FR NP RN+TIFRHPTLGDFELQHLP G 
Sbjct: 66  RSSQCPMCWQSISLKDPTSQELLEAVEQERNFRFNPTRNATIFRHPTLGDFELQHLPVGV 125

Query: 124 SDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP--- 183
            + ++EERI+QHLAAAAAMG+AR   RREGHR +S   G  +F V+ S PN+SS  P   
Sbjct: 126 DNAEIEERIIQHLAAAAAMGRARHGVRREGHRSRSSSQGHQQFMVFSSQPNASSPPPHPP 185

Query: 184 -PRCDDQEGEADARIML-----------ATISPP--------QPTGDESPQ--LNASLHS 243
            P    Q  E+D    L           +   PP         P+  +S    LN S  S
Sbjct: 186 MPSSPSQRDESDTVSNLPHNALGEGSHQSNTQPPTSSHPRQVSPSASDSNSRPLNQSSPS 245

Query: 244 VQTDDSSPSVPQSSSHSSSQIGSPSRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKR 289
            Q D + PS  QS S S     +    RYK+SI+K+ R W+++ FSRNTS+ D+GSEVKR
Sbjct: 246 EQ-DRAGPSELQSFSESLKSRLNAVSTRYKESISKNTRNWKDRLFSRNTSMADLGSEVKR 305

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. TAIR 10
Match: AT5G22000.1 (RING-H2 group F2A )

HSP 1 Score: 224.6 bits (571), Expect = 1.1e-58
Identity = 157/351 (44.73%), Postives = 193/351 (54.99%), Query Frame = 0 

Query: 8   SQLHFSSPAAFVEGGIQDACD----------------------------------HRSSQ 67
           S+ H +S AAFVEGGIQDACD                                   RSSQ
Sbjct: 10  SEGHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLESFCESDPSTLTSCKHEYHLQCILEWCQRSSQ 69

Query: 68  CPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLPAGASDVD 127
           CPMCWQ ISLKDPT           R FR NP RN+TIFRHPTLGDFELQHLP G  + +
Sbjct: 70  CPMCWQSISLKDPTSQELLEAVEQERNFRFNPTRNATIFRHPTLGDFELQHLPVGVDNAE 129

Query: 128 LEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP----PRC 187
           +EERI+QHLAAAAAMG+AR   RREGHR +S   G  +F V+ S PN+SS  P    P  
Sbjct: 130 IEERIIQHLAAAAAMGRARHGVRREGHRSRSSSQGHQQFMVFSSQPNASSPPPHPPMPSS 189

Query: 188 DDQEGEADARIML-----------ATISPP--------QPTGDESPQ--LNASLHSVQTD 247
             Q  E+D    L           +   PP         P+  +S    LN S  S Q D
Sbjct: 190 PSQRDESDTVSNLPHNALGEGSHQSNTQPPTSSHPRQVSPSASDSNSRPLNQSSPSEQ-D 249

Query: 248 DSSPSVPQSSSHSSSQIGSPSRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKREVNA 289
            + PS  QS S S     +    RYK+SI+K+ R W+++ FSRNTS+ D+GSEVKREV+A
Sbjct: 250 RAGPSELQSFSESLKSRLNAVSTRYKESISKNTRNWKDRLFSRNTSMADLGSEVKREVSA 309

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. TAIR 10
Match: AT5G22000.3 (RING-H2 group F2A )

HSP 1 Score: 224.6 bits (571), Expect = 1.1e-58
Identity = 157/351 (44.73%), Postives = 193/351 (54.99%), Query Frame = 0 

Query: 8   SQLHFSSPAAFVEGGIQDACD----------------------------------HRSSQ 67
           S+ H +S AAFVEGGIQDACD                                   RSSQ
Sbjct: 10  SEGHLTSAAAFVEGGIQDACDDACSICLESFCESDPSTLTSCKHEYHLQCILEWCQRSSQ 69

Query: 68  CPMCWQPISLKDPT-----------RKFRLNPARNSTIFRHPTLGDFELQHLPAGASDVD 127
           CPMCWQ ISLKDPT           R FR NP RN+TIFRHPTLGDFELQHLP G  + +
Sbjct: 70  CPMCWQSISLKDPTSQELLEAVEQERNFRFNPTRNATIFRHPTLGDFELQHLPVGVDNAE 129

Query: 128 LEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPSHPNSSSTSP----PRC 187
           +EERI+QHLAAAAAMG+AR   RREGHR +S   G  +F V+ S PN+SS  P    P  
Sbjct: 130 IEERIIQHLAAAAAMGRARHGVRREGHRSRSSSQGHQQFMVFSSQPNASSPPPHPPMPSS 189

Query: 188 DDQEGEADARIML-----------ATISPP--------QPTGDESPQ--LNASLHSVQTD 247
             Q  E+D    L           +   PP         P+  +S    LN S  S Q D
Sbjct: 190 PSQRDESDTVSNLPHNALGEGSHQSNTQPPTSSHPRQVSPSASDSNSRPLNQSSPSEQ-D 249

Query: 248 DSSPSVPQSSSHSSSQIGSPSRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKREVNA 289
            + PS  QS S S     +    RYK+SI+K+ R W+++ FSRNTS+ D+GSEVKREV+A
Sbjct: 250 RAGPSELQSFSESLKSRLNAVSTRYKESISKNTRNWKDRLFSRNTSMADLGSEVKREVSA 309

[Close]
BLAST of Sed0017380 vs. TAIR 10
Match: AT4G14220.1 (RING-H2 group F1A )

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 9.1e-10
Identity = 77/280 (27.50%), Postives = 119/280 (42.50%), Query Frame = 0 

Query: 30  RSSQCPMCWQPISLKDP--------TRKFRLNPARN----STIFRHPTLGDFELQHLPAG 89
           RS +CP+CWQ   L+DP          K RL   RN    S I  H +  DF  +   + 
Sbjct: 79  RSKECPICWQLFVLRDPASQELLAAVEKERLLKTRNISSSSPISIHHSHDDFHSEEEESQ 138

Query: 90  ASDVDLEERILQHLAAAAAMGQARQIARREGHRHQSGVHGRTRFFVYPS----------- 149
            S  D  E+ L+HL  AA   +   + RR+G    S V       ++P+           
Sbjct: 139 FSSFD--EQFLRHLTEAA--HRRCLLRRRDGQISSSLVSSSDPTTIHPTDLVNLYRLSAI 198

Query: 150 ----HPNSSSTSPPRCDDQEGEADARIMLATISPPQPTGDESPQLNASLHSVQTDDSSPS 209
               H NS+    P                +++P   +G  S   +++  S  +   SPS
Sbjct: 199 SHVEHQNSNPCPSP---------------GSMTPSPVSGHSSIPADSNNGSRISPGPSPS 258

Query: 210 VPQSSSHSSSQIGSP---------SRDRYKDSITKSARGWREKWFSRNTSILDIGSEVKR 269
               S  S      P         +  +YK+SI+KS +G +EK  +RN S+ ++   V+R
Sbjct: 259 RSSQSPKSPEASSLPEAIKSKLAAASAKYKESISKSKQGLKEKLLARNNSVKELSKGVQR 318

Query: 270 EVNAGIAIVSRMMESLETRDARKSSSPESSSNIPENAGNN 274
           E+NAGIA V+RM+E ++    R   S   S++    +G N
Sbjct: 319 EMNAGIAGVARMIERMDFSSKRFGGSAHVSTSTATASGFN 339

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Sed0017380 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022961102.16.6e-10359.74E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 [Cucurbita moschata][more]
XP_022961100.11.5e-10259.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X1 [Cucurbita moschata][more]
XP_022961101.11.5e-10259.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 [Cucurbita moschata][more]
XP_022961103.11.5e-10259.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 [Cucurbita moschata] >XP_02296... [more]
XP_038878821.15.6e-10259.38E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 [Benincasa hispida][more]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
Q9ZT421.5e-5744.73E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RHF2A PE=2 ... [more]
Q4TU141.3e-0827.50E3 ubiquitin-protein ligase RHF1A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RHF1A PE=1 ... [more]
BLAST of Sed0017380 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1H9873.2e-10359.74E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 OS=Cucurbita moschata OX=3662 ... [more]
A0A6J1HD027.1e-10359.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X4 OS=Cucurbita moschata OX=3662 ... [more]
A0A6J1H9E67.1e-10359.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 ... [more]
A0A6J1HB237.1e-10359.27E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 ... [more]
A0A1S3BP101.0e-10159.64E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A-like isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC... [more]
BLAST of Sed0017380 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT5G22000.28.1e-5944.51RING-H2 group F2A [more]
AT5G22000.11.1e-5844.73RING-H2 group F2A [more]
AT5G22000.31.1e-5844.73RING-H2 group F2A [more]
AT4G14220.19.1e-1027.50RING-H2 group F1A [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Chayote (edule) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 157..200
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 105..142
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 248..290
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 124..138
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 258..290
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 154..204
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR46463:SF27E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RHF2Acoord: 29..276
coord: 6..28
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR46463ZINC FINGER, RING/FYVE/PHD-TYPEcoord: 6..28
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR46463ZINC FINGER, RING/FYVE/PHD-TYPEcoord: 29..276

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Sed0017380.1Sed0017380.1mRNA