Sed0006153 (gene) Chayote v1

Overview
NameSed0006153
Typegene
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionnuclear pore complex protein NUP62
LocationLG11: 1800589 .. 1801725 (+)
RNA-Seq ExpressionSed0006153
SyntenySed0006153
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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ATGTCGGGGTTCTCGTTCGAATCTTCGACTTCTCCATTTTCGTCTGCTACTGGTTTCCCTGTTTTATTTTCCTCCTCCTCAAACACTAGCTCCTCTTCCTCTGCATTTTCCAATCAAATCTCCAATCCTGCCCTTTCCGGTCCCTTCTGCTTTGGGTCTTCCTCTTCGTCTGCACCCTTGTTTGCGACTACCCCATTCTCTGGGAGCTCGTCTGCGCCCTTGTTTGAGGCTGCTCCATCTCTCGGGACCTCGGGTTTGCCCTTGTTTGGAGGGGTATCTTCTACAACTACATCTAGTGCACCATTGTTTGGTACTTCTGCTTCCACTGGAAGTCCTGGGTCAACTTTTCTTGTTGCTTCTGCATTTGCTTCAGGCTTTAGTTCTCCCCTTTTTGGCACAGGTTTAACTTTGTTCGGGTCTCATCCCTTAGGTACATCTTTTTCGGGCGTGTTGCCTTCAATCTCCACTTCAAACTTGTTTGTGTCATCTTCATTGTCGGCATCCACTACATTCCAAAAATCTCCTTTTTCGAGTTCTTCCCTGGATTTGAGTTGGTCTTCACCATTTGCGACATCTACTTCTTCTGGGTTTGCATATTCGGCGTCTTCCCAGTCCAAAACTACCAGTCTTACTACTACATCTTCATCTATTACATCAGCTTCAACTAGTTGGTCAAGCTTCTCATTTGGTACACCTGGTTTGTCAGCCTCCCATTCTTCTTTTTGGTTTAGGATTAGCAATGCAGCTTCGATGGGAGAGTCTACTGCTCTGAGCACTACATGTACAAAGTCTACTTCTCTATCGTTTTTTACTTCTGCTGCACCTTTATTCTCTATGGTTACATCCACCAGTGCTTCTACTCCAGCTGGTAACAACAGAACTCAAACATCCTTCTCGTCACCAGCTATTAGTTTGAGTTCTTCAGCTGACACTACCTTACGGATAGCAGCATCTTCTGCTTCATCAGTTGCTTCCTCAAGCGTTTCGAGTTCCTTAACAAGTTTCGGAATTACAAACACGACTTCATCTTCAAGTGAAATTTCTTCCTTATCCTTTCCAACCAAAACATTGTCTTCTGCTTCATCATTGCAAGATACTGCCTCTTTTGGTAAGTTCTCCCCTTCATTTATTTTGTGA

mRNA sequence

ATGTCGGGGTTCTCGTTCGAATCTTCGACTTCTCCATTTTCGTCTGCTACTGGTTTCCCTGTTTTATTTTCCTCCTCCTCAAACACTAGCTCCTCTTCCTCTGCATTTTCCAATCAAATCTCCAATCCTGCCCTTTCCGGTCCCTTCTGCTTTGGGTCTTCCTCTTCGTCTGCACCCTTGTTTGCGACTACCCCATTCTCTGGGAGCTCGTCTGCGCCCTTGTTTGAGGCTGCTCCATCTCTCGGGACCTCGGGTTTGCCCTTGTTTGGAGGGGTATCTTCTACAACTACATCTAGTGCACCATTGTTTGGTACTTCTGCTTCCACTGGAAGTCCTGGGTCAACTTTTCTTGTTGCTTCTGCATTTGCTTCAGGCTTTAGTTCTCCCCTTTTTGGCACAGGTTTAACTTTGTTCGGGTCTCATCCCTTAGGTACATCTTTTTCGGGCGTGTTGCCTTCAATCTCCACTTCAAACTTGTTTGTGTCATCTTCATTGTCGGCATCCACTACATTCCAAAAATCTCCTTTTTCGAGTTCTTCCCTGGATTTGAGTTGGTCTTCACCATTTGCGACATCTACTTCTTCTGGGTTTGCATATTCGGCGTCTTCCCAGTCCAAAACTACCAGTCTTACTACTACATCTTCATCTATTACATCAGCTTCAACTAGTTGGTCAAGCTTCTCATTTGGTACACCTGGTTTGTCAGCCTCCCATTCTTCTTTTTGGTTTAGGATTAGCAATGCAGCTTCGATGGGAGAGTCTACTGCTCTGAGCACTACATGTACAAAGTCTACTTCTCTATCGTTTTTTACTTCTGCTGCACCTTTATTCTCTATGGTTACATCCACCAGTGCTTCTACTCCAGCTGGTAACAACAGAACTCAAACATCCTTCTCGTCACCAGCTATTAGTTTGAGTTCTTCAGCTGACACTACCTTACGGATAGCAGCATCTTCTGCTTCATCAGTTGCTTCCTCAAGCGTTTCGAGTTCCTTAACAAGTTTCGGAATTACAAACACGACTTCATCTTCAAGTGAAATTTCTTCCTTATCCTTTCCAACCAAAACATTGTCTTCTGCTTCATCATTGCAAGATACTGCCTCTTTTGGTAAGTTCTCCCCTTCATTTATTTTGTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCGGGGTTCTCGTTCGAATCTTCGACTTCTCCATTTTCGTCTGCTACTGGTTTCCCTGTTTTATTTTCCTCCTCCTCAAACACTAGCTCCTCTTCCTCTGCATTTTCCAATCAAATCTCCAATCCTGCCCTTTCCGGTCCCTTCTGCTTTGGGTCTTCCTCTTCGTCTGCACCCTTGTTTGCGACTACCCCATTCTCTGGGAGCTCGTCTGCGCCCTTGTTTGAGGCTGCTCCATCTCTCGGGACCTCGGGTTTGCCCTTGTTTGGAGGGGTATCTTCTACAACTACATCTAGTGCACCATTGTTTGGTACTTCTGCTTCCACTGGAAGTCCTGGGTCAACTTTTCTTGTTGCTTCTGCATTTGCTTCAGGCTTTAGTTCTCCCCTTTTTGGCACAGGTTTAACTTTGTTCGGGTCTCATCCCTTAGGTACATCTTTTTCGGGCGTGTTGCCTTCAATCTCCACTTCAAACTTGTTTGTGTCATCTTCATTGTCGGCATCCACTACATTCCAAAAATCTCCTTTTTCGAGTTCTTCCCTGGATTTGAGTTGGTCTTCACCATTTGCGACATCTACTTCTTCTGGGTTTGCATATTCGGCGTCTTCCCAGTCCAAAACTACCAGTCTTACTACTACATCTTCATCTATTACATCAGCTTCAACTAGTTGGTCAAGCTTCTCATTTGGTACACCTGGTTTGTCAGCCTCCCATTCTTCTTTTTGGTTTAGGATTAGCAATGCAGCTTCGATGGGAGAGTCTACTGCTCTGAGCACTACATGTACAAAGTCTACTTCTCTATCGTTTTTTACTTCTGCTGCACCTTTATTCTCTATGGTTACATCCACCAGTGCTTCTACTCCAGCTGGTAACAACAGAACTCAAACATCCTTCTCGTCACCAGCTATTAGTTTGAGTTCTTCAGCTGACACTACCTTACGGATAGCAGCATCTTCTGCTTCATCAGTTGCTTCCTCAAGCGTTTCGAGTTCCTTAACAAGTTTCGGAATTACAAACACGACTTCATCTTCAAGTGAAATTTCTTCCTTATCCTTTCCAACCAAAACATTGTCTTCTGCTTCATCATTGCAAGATACTGCCTCTTTTGGTAAGTTCTCCCCTTCATTTATTTTGTGA

Protein sequence

MSGFSFESSTSPFSSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSAPLFATTPFSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSSPLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTTFQKSPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLTTTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQDTASFGKFSPSFIL
Homology
BLAST of Sed0006153 vs. NCBI nr
Match: XP_038874708.1 (nuclear pore complex protein NUP62 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 254.6 bits (649), Expect = 1.3e-63
Identity = 242/438 (55.25%), Postives = 268/438 (61.19%), Query Frame = 0

Query: 2   SGFSFESSTSPF---SSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSS--- 61
           +GFSF  STS F   SS+T   +  SSSSN +SSSS FSNQ  NPA S    FGSSS   
Sbjct: 24  TGFSF-GSTSAFSFGSSSTPLSLSSSSSSNPTSSSSPFSNQTPNPASSSSSGFGSSSFPS 83

Query: 62  ---------------------SSAPLFATT----------------------------PF 121
                                SSAPLF +                             P 
Sbjct: 84  SASSPFSFSLPLFGSAPSSGTSSAPLFGSASSSGSSPAPSFGPASSSGSSLVPSFGALPS 143

Query: 122 SGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLFG-TSASTGSPGSTFLVASAFASG 181
           SGSSSAPLF A PS G S   LFGGVSS TTSSAPLFG TSAST SPGS    AS  ASG
Sbjct: 144 SGSSSAPLFGATPSAGASAPSLFGGVSSATTSSAPLFGTTSASTASPGSALFGASVAASG 203

Query: 182 FSSPLFGT-------GLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQKSPFS 241
            SS LFGT       G  LFGS P G S      S+STSNLF SSS S ST+ FQ S  S
Sbjct: 204 SSSSLFGTSTTSGSSGSALFGSSPFGAS-----SSLSTSNLFASSSSSTSTSPFQNSFSS 263

Query: 242 SSSLDLSWSSPFA---TSTSSGFAYSASSQSKTTSLTT--TSSSITSASTSWSSFSFGTP 301
           SSS +L+ SS FA   +S+SSGF++S  S SKTTS+TT  +SSS+T+ASTS SSFSFGTP
Sbjct: 264 SSSQNLNSSSLFAASSSSSSSGFSFSTVSLSKTTSITTASSSSSLTTASTSSSSFSFGTP 323

Query: 302 GLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNN 361
             SAS SSF F ISNAAS G S+A STT TK TSLS  +S APLFS VT+TS STPA N+
Sbjct: 324 ASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSSSVAPLFSTVTTTSGSTPAANS 383

Query: 362 RTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSF 371
            TQ SFS PA S SSSA TTL IAASS  S +SS   SS T FG+T+  SSSS I SLS 
Sbjct: 384 TTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSVPSASSSGAVSSFTGFGVTSMASSSSAIGSLSL 443

BLAST of Sed0006153 vs. NCBI nr
Match: XP_023006514.1 (nuclear pore complex protein NUP62 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 247.7 bits (631), Expect = 1.6e-61
Identity = 222/379 (58.58%), Postives = 260/379 (68.60%), Query Frame = 0

Query: 2   SGFSFES--STSPFSSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSS----S 61
           SG SF     ++P S ++  P   ++ ++ SS +  F +  S+ +   P  FG+S    S
Sbjct: 155 SGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPASGSSVAPLFGSAPSSGSSPLP-SFGASPSAGS 214

Query: 62  SSAPLFATTPFSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGS 121
           S  P F     SGSSS+P F AAPS+GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS
Sbjct: 215 SPLPSFGAASSSGSSSSPFFGAAPSVGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGS 274

Query: 122 TFLVASAFASGFSSPLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQK 181
           +   ASA ASG SS       +LFGS+   +S SG L S+STSNLF SSS SASTT FQ 
Sbjct: 275 SIFGASAAASGSSS-------SLFGSNSFASSSSGTLSSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQN 334

Query: 182 SPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGT 241
           S  SSSS +LS SSPFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGT
Sbjct: 335 SFSSSSSQNLSSSSPFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITVASSSSSLTSASTSSSSFSFGT 394

Query: 242 PGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGN 301
           P  SAS SSF F ISNAAS+  S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  
Sbjct: 395 PASSASQSSFGFNISNAASLEGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAAT 454

Query: 302 NRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLS 361
           +  Q SFS PA SLSSSA TTL IAASSA S  SS  +SS T FGIT+T +SSS I SLS
Sbjct: 455 STAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSAPSATSSGAASSFTGFGITSTAASSSAIVSLS 514

Query: 362 FPTKTLSSASSLQDTASFG 371
            PTK+L++ASS Q  ASFG
Sbjct: 515 LPTKSLTAASSSQAPASFG 524

BLAST of Sed0006153 vs. NCBI nr
Match: XP_022959229.1 (nuclear pore complex protein NUP62 isoform X2 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 244.2 bits (622), Expect = 1.8e-60
Identity = 215/365 (58.90%), Postives = 245/365 (67.12%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSA----PLFATTPFSGS 73
           +S T F  LF S+ ++ SS             S    FGS+ SS     P F   P +GS
Sbjct: 154 ASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGS 213

Query: 74  SSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSS 133
           SS+P F AAPS GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS+   AS  ASG SS
Sbjct: 214 SSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSS 273

Query: 134 PLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQKSPFSSSSLDLSWSS 193
                  +LFGS+P  +S      S+STSNLF SSS SASTT FQ S  SSSS +LS SS
Sbjct: 274 -------SLFGSNPFASS-----SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSS 333

Query: 194 PFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRI 253
           PFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGTP  SAS SSF F I
Sbjct: 334 PFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSI 393

Query: 254 SNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISL 313
           SNAAS G S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  +  Q SFS PA SL
Sbjct: 394 SNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSL 453

Query: 314 SSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQD 371
           SSSA TTL IAASS  S  SS  +SS T FG+T+T +SSS I SLS PTK+L++ASS Q 
Sbjct: 454 SSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA 505

BLAST of Sed0006153 vs. NCBI nr
Match: XP_022959228.1 (nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 244.2 bits (622), Expect = 1.8e-60
Identity = 215/365 (58.90%), Postives = 245/365 (67.12%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSA----PLFATTPFSGS 73
           +S T F  LF S+ ++ SS             S    FGS+ SS     P F   P +GS
Sbjct: 154 ASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGS 213

Query: 74  SSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSS 133
           SS+P F AAPS GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS+   AS  ASG SS
Sbjct: 214 SSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSS 273

Query: 134 PLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQKSPFSSSSLDLSWSS 193
                  +LFGS+P  +S      S+STSNLF SSS SASTT FQ S  SSSS +LS SS
Sbjct: 274 -------SLFGSNPFASS-----SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSS 333

Query: 194 PFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRI 253
           PFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGTP  SAS SSF F I
Sbjct: 334 PFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSI 393

Query: 254 SNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISL 313
           SNAAS G S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  +  Q SFS PA SL
Sbjct: 394 SNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSL 453

Query: 314 SSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQD 371
           SSSA TTL IAASS  S  SS  +SS T FG+T+T +SSS I SLS PTK+L++ASS Q 
Sbjct: 454 SSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA 505

BLAST of Sed0006153 vs. NCBI nr
Match: XP_008459731.1 (PREDICTED: nuclear pore complex protein NUP62 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 243.8 bits (621), Expect = 2.4e-60
Identity = 216/387 (55.81%), Postives = 250/387 (64.60%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVL-FSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSAPLFATTPFSGS--- 73
           SS+TGF    F +SS++++SS+      S+   S    FG+ SS AP F   P SGS   
Sbjct: 120 SSSTGFNSFGFGASSSSANSSAPLFGAASSSGTSSASLFGAGSSPAPSFGAAPSSGSSVA 179

Query: 74  ------------SSAPLFEAAPSLGTSGLP-LFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTF 133
                       SSAPLF AAPS G S  P LFGG SS TTSSAPLFGT+AS  S GS  
Sbjct: 180 PSFGALSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTAASAASSGSAL 239

Query: 134 LVASAFASGFSSPLFG--------TGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSAS 193
             ASA ASG  + LFG        TG  LFGS P G S SG   S+STSNLF SS   +S
Sbjct: 240 FGASAPASGSGASLFGTSAPSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTSSSVSTSNLFASS--LSS 299

Query: 194 TTFQKSPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT-----TTSSSITSASTS 253
           + FQ S  SSSS +L+ SSPFA S  SGF++  S+ SKTTS+T     ++SSS+T ASTS
Sbjct: 300 SPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFAAS-PSGFSFPTSTLSKTTSITNVPSSSSSSSLTLASTS 359

Query: 254 WSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTST 313
            SSFSFGTP  S+S SSF F I+NAAS G S+A STT TK TSLS   S APLFS VT+T
Sbjct: 360 SSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTT 419

Query: 314 SASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSS 371
           SASTPA ++ TQ SFS PA S SSSA TTL IAASSA S ASS   SS T FG+T++ SS
Sbjct: 420 SASTPAASSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGTVSSFTGFGVTSSASS 479

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8L7F7 (Nuclear pore complex protein NUP62 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=NUP62 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 55.1 bits (131), Expect = 2.0e-06
Identity = 142/401 (35.41%), Postives = 196/401 (48.88%), Query Frame = 0

Query: 8   SSTSPFSSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPAL--SGPFCFGSSSSSAPLFATTP 67
           SS +P SS  GF V  S+SS  + SSS F    S+ A   S PF    +S S PLF ++P
Sbjct: 132 SSAAPGSSPFGF-VTSSASSTATPSSSLFGAPASSAATPSSSPFGAAPASGSTPLFGSSP 191

Query: 68  FSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASG 127
                   LF A  S   S   LFG  SS  TS++PLFG  +S      +F VAS+ A G
Sbjct: 192 -------SLFSAPSSASASNSSLFGASSSAATSTSPLFGAPSSATGATPSFSVASS-APG 251

Query: 128 FSSPLFG-TGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSI-----------------STSNLFVSSSLSA 187
            SS +FG TG +   S  + +S SG  PSI                 ST +LF SSS S 
Sbjct: 252 SSSSIFGATGSS--PSFSVASSASGSSPSIFGATGSSPFFGSSSSAGSTPSLFASSS-SG 311

Query: 188 STTFQKSPF------SSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLTTTSSSITSAS 247
           +TT   SPF      SSS+ + S +S    S S+GF++  S+ S TTS TT S+   +AS
Sbjct: 312 ATTSSPSPFGVSTFNSSSTSNTSNASASPFSASTGFSFLKSTASSTTSSTTPSAPPQTAS 371

Query: 248 TSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGEST-----ALSTTCTKSTSLSFFTSAA-- 307
           +S SSFSFGT    +++S F     ++A+   ST     +++TT T S+S    TSA   
Sbjct: 372 SS-SSFSFGT----SANSGFNLSTGSSAAPASSTSGAVFSIATTTTTSSSTPAATSAPAS 431

Query: 308 ---------PLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVAS 367
                    P F + +S + +TPA +  T   FS+    L+SS   T    + +  +V  
Sbjct: 432 SAPASTMAFPSFGVTSSATNTTPASSAAT---FSTTGFGLASSTPATGSTNSFTGFAVPK 491

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q75JC9 (Uncharacterized protein DDB_G0271670 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=DDB_G0271670 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 50.1 bits (118), Expect = 6.6e-05
Identity = 111/331 (33.53%), Postives = 193/331 (58.31%), Query Frame = 0

Query: 21  VLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSAPLFATTPFSGSSSAPLFEAAPS 80
           +L +SSS++SSSSS+ S+  S+ + S      SSSSS+   +++  S SSS+    ++ S
Sbjct: 62  ILDTSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS 121

Query: 81  LGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSSPLFGTGLTLFGS 140
             +S        SS+++SS+    +S+S+ S  S+   +S+ +S  SS            
Sbjct: 122 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS------------ 181

Query: 141 HPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTTFQKSPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYS 200
               +S S    S S+S+   SSS S+S++   S  SSSS   S SS  ++S+SS  + S
Sbjct: 182 ----SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS 241

Query: 201 ASSQSKTTSLTTTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTT 260
           +SS S ++S +++SSS +S+S+S SS S  +   S+S SS     S+++S   S++ S++
Sbjct: 242 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS-----SSSSSSSSSSSSSSS 301

Query: 261 CTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSA 320
            + S+S S  +S++   S  +S+S+S+ + ++ + +S SS + S SSS+ ++   ++SS+
Sbjct: 302 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS 361

Query: 321 SSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLS 352
           SS +SSS SSS +S   ++++SSSS  SS S
Sbjct: 362 SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS 371

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1L2D4 (nuclear pore complex protein NUP62 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111499220 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 247.7 bits (631), Expect = 7.9e-62
Identity = 222/379 (58.58%), Postives = 260/379 (68.60%), Query Frame = 0

Query: 2   SGFSFES--STSPFSSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSS----S 61
           SG SF     ++P S ++  P   ++ ++ SS +  F +  S+ +   P  FG+S    S
Sbjct: 155 SGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPASGSSVAPLFGSAPSSGSSPLP-SFGASPSAGS 214

Query: 62  SSAPLFATTPFSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGS 121
           S  P F     SGSSS+P F AAPS+GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS
Sbjct: 215 SPLPSFGAASSSGSSSSPFFGAAPSVGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGS 274

Query: 122 TFLVASAFASGFSSPLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQK 181
           +   ASA ASG SS       +LFGS+   +S SG L S+STSNLF SSS SASTT FQ 
Sbjct: 275 SIFGASAAASGSSS-------SLFGSNSFASSSSGTLSSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQN 334

Query: 182 SPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGT 241
           S  SSSS +LS SSPFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGT
Sbjct: 335 SFSSSSSQNLSSSSPFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITVASSSSSLTSASTSSSSFSFGT 394

Query: 242 PGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGN 301
           P  SAS SSF F ISNAAS+  S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  
Sbjct: 395 PASSASQSSFGFNISNAASLEGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAAT 454

Query: 302 NRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLS 361
           +  Q SFS PA SLSSSA TTL IAASSA S  SS  +SS T FGIT+T +SSS I SLS
Sbjct: 455 STAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSAPSATSSGAASSFTGFGITSTAASSSAIVSLS 514

Query: 362 FPTKTLSSASSLQDTASFG 371
            PTK+L++ASS Q  ASFG
Sbjct: 515 LPTKSLTAASSSQAPASFG 524

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H7F5 (nuclear pore complex protein NUP62 isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111460276 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 244.2 bits (622), Expect = 8.7e-61
Identity = 215/365 (58.90%), Postives = 245/365 (67.12%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSA----PLFATTPFSGS 73
           +S T F  LF S+ ++ SS             S    FGS+ SS     P F   P +GS
Sbjct: 154 ASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGS 213

Query: 74  SSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSS 133
           SS+P F AAPS GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS+   AS  ASG SS
Sbjct: 214 SSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSS 273

Query: 134 PLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQKSPFSSSSLDLSWSS 193
                  +LFGS+P  +S      S+STSNLF SSS SASTT FQ S  SSSS +LS SS
Sbjct: 274 -------SLFGSNPFASS-----SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSS 333

Query: 194 PFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRI 253
           PFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGTP  SAS SSF F I
Sbjct: 334 PFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSI 393

Query: 254 SNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISL 313
           SNAAS G S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  +  Q SFS PA SL
Sbjct: 394 SNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSL 453

Query: 314 SSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQD 371
           SSSA TTL IAASS  S  SS  +SS T FG+T+T +SSS I SLS PTK+L++ASS Q 
Sbjct: 454 SSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA 505

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H5C8 (nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111460276 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 244.2 bits (622), Expect = 8.7e-61
Identity = 215/365 (58.90%), Postives = 245/365 (67.12%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSA----PLFATTPFSGS 73
           +S T F  LF S+ ++ SS             S    FGS+ SS     P F   P +GS
Sbjct: 154 ASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGS 213

Query: 74  SSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSS-TTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSS 133
           SS+P F AAPS GTS   LFGGVSS  TTSSAPLFGTSA T SPGS+   AS  ASG SS
Sbjct: 214 SSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSS 273

Query: 134 PLFGTGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSASTT-FQKSPFSSSSLDLSWSS 193
                  +LFGS+P  +S      S+STSNLF SSS SASTT FQ S  SSSS +LS SS
Sbjct: 274 -------SLFGSNPFASS-----SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSS 333

Query: 194 PFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT--TTSSSITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRI 253
           PFA S SSGF++S +S SKTTS+T  ++SSS+TSASTS SSFSFGTP  SAS SSF F I
Sbjct: 334 PFAAS-SSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSI 393

Query: 254 SNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISL 313
           SNAAS G S+A  TT  K TSLSF TS APLFS VT+TSASTPA  +  Q SFS PA SL
Sbjct: 394 SNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSL 453

Query: 314 SSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQD 371
           SSSA TTL IAASS  S  SS  +SS T FG+T+T +SSS I SLS PTK+L++ASS Q 
Sbjct: 454 SSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA 505

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CAD4 (nuclear pore complex protein NUP62 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103498773 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 243.8 bits (621), Expect = 1.1e-60
Identity = 216/387 (55.81%), Postives = 250/387 (64.60%), Query Frame = 0

Query: 14  SSATGFPVL-FSSSSNTSSSSSAFSNQISNPALSGPFCFGSSSSSAPLFATTPFSGS--- 73
           SS+TGF    F +SS++++SS+      S+   S    FG+ SS AP F   P SGS   
Sbjct: 120 SSSTGFNSFGFGASSSSANSSAPLFGAASSSGTSSASLFGAGSSPAPSFGAAPSSGSSVA 179

Query: 74  ------------SSAPLFEAAPSLGTSGLP-LFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTF 133
                       SSAPLF AAPS G S  P LFGG SS TTSSAPLFGT+AS  S GS  
Sbjct: 180 PSFGALSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTAASAASSGSAL 239

Query: 134 LVASAFASGFSSPLFG--------TGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSISTSNLFVSSSLSAS 193
             ASA ASG  + LFG        TG  LFGS P G S SG   S+STSNLF SS   +S
Sbjct: 240 FGASAPASGSGASLFGTSAPSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTSSSVSTSNLFASS--LSS 299

Query: 194 TTFQKSPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLT-----TTSSSITSASTS 253
           + FQ S  SSSS +L+ SSPFA S  SGF++  S+ SKTTS+T     ++SSS+T ASTS
Sbjct: 300 SPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFAAS-PSGFSFPTSTLSKTTSITNVPSSSSSSSLTLASTS 359

Query: 254 WSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFTSAAPLFSMVTST 313
            SSFSFGTP  S+S SSF F I+NAAS G S+A STT TK TSLS   S APLFS VT+T
Sbjct: 360 SSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTT 419

Query: 314 SASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSSLTSFGITNTTSS 371
           SASTPA ++ TQ SFS PA S SSSA TTL IAASSA S ASS   SS T FG+T++ SS
Sbjct: 420 SASTPAASSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGTVSSFTGFGVTSSASS 479

BLAST of Sed0006153 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DSI7 (nuclear pore complex protein NUP62 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111023501 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 224.2 bits (570), Expect = 9.4e-55
Identity = 198/339 (58.41%), Postives = 223/339 (65.78%), Query Frame = 0

Query: 44  ALSGPFCFGSSSSSAPLFATTPFSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLF 103
           AL+     GS   +AP  ++   +GSSS  LF AAPS G S   LFGGVSS T+SS PLF
Sbjct: 4   ALAAGSSSGSVFGAAPSGSSASSAGSSSFSLFGAAPSAGASAPSLFGGVSSATSSSTPLF 63

Query: 104 GTSASTGSPGSTFLVASAFASGFSSPLFGT-------GLTLFGSHPLGT-SFSGVLPSIS 163
           G+SA T +PGS    AS  ASG    LFGT       G  LFG+ PL T SF       S
Sbjct: 64  GSSAPTATPGSALPGASVAASG---SLFGTASSSGSAGSALFGA-PLSTNSFGSNTFGTS 123

Query: 164 TSNLFVSSSLSAST-TFQKSPFSSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLTTTS 223
           +S LF SS  SAST +FQ S  SSSS  LS SSPFA S+SSGF++  +S SKTT+  T S
Sbjct: 124 SSGLFASSISSASTSSFQNSFSSSSSQSLSSSSPFAASSSSGFSFPTTSLSKTTNSVTAS 183

Query: 224 SS---ITSASTSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGESTALSTTCTKSTSLSFFT 283
           SS   +TSASTS SSFSFGTP  SAS SSF F  SNAAS   S A  TT TK TSLSF T
Sbjct: 184 SSSSPLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSFSNAASTAASAAPGTTATKPTSLSFST 243

Query: 284 SAAPLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVASSSVSSS 343
           S APLFS VT+TSASTP  ++ TQ SFS PA SLSSSA TT+  AASS  S ASS  +SS
Sbjct: 244 SVAPLFSTVTTTSASTPVASSTTQPSFSVPAFSLSSSAATTISTAASSTPSAASSGAASS 303

Query: 344 LTSFGITNTTSSSSEISSLSFPTKTLSSASSLQDTASFG 371
            T FG+TNT SSSS I SLS PTKTL++ASS Q  ASFG
Sbjct: 304 FTGFGVTNTASSSSPIVSLSLPTKTLTAASSSQPPASFG 338

BLAST of Sed0006153 vs. TAIR 10
Match: AT2G45000.1 (structural constituent of nuclear pore )

HSP 1 Score: 55.1 bits (131), Expect = 1.4e-07
Identity = 142/401 (35.41%), Postives = 196/401 (48.88%), Query Frame = 0

Query: 8   SSTSPFSSATGFPVLFSSSSNTSSSSSAFSNQISNPAL--SGPFCFGSSSSSAPLFATTP 67
           SS +P SS  GF V  S+SS  + SSS F    S+ A   S PF    +S S PLF ++P
Sbjct: 132 SSAAPGSSPFGF-VTSSASSTATPSSSLFGAPASSAATPSSSPFGAAPASGSTPLFGSSP 191

Query: 68  FSGSSSAPLFEAAPSLGTSGLPLFGGVSSTTTSSAPLFGTSASTGSPGSTFLVASAFASG 127
                   LF A  S   S   LFG  SS  TS++PLFG  +S      +F VAS+ A G
Sbjct: 192 -------SLFSAPSSASASNSSLFGASSSAATSTSPLFGAPSSATGATPSFSVASS-APG 251

Query: 128 FSSPLFG-TGLTLFGSHPLGTSFSGVLPSI-----------------STSNLFVSSSLSA 187
            SS +FG TG +   S  + +S SG  PSI                 ST +LF SSS S 
Sbjct: 252 SSSSIFGATGSS--PSFSVASSASGSSPSIFGATGSSPFFGSSSSAGSTPSLFASSS-SG 311

Query: 188 STTFQKSPF------SSSSLDLSWSSPFATSTSSGFAYSASSQSKTTSLTTTSSSITSAS 247
           +TT   SPF      SSS+ + S +S    S S+GF++  S+ S TTS TT S+   +AS
Sbjct: 312 ATTSSPSPFGVSTFNSSSTSNTSNASASPFSASTGFSFLKSTASSTTSSTTPSAPPQTAS 371

Query: 248 TSWSSFSFGTPGLSASHSSFWFRISNAASMGEST-----ALSTTCTKSTSLSFFTSAA-- 307
           +S SSFSFGT    +++S F     ++A+   ST     +++TT T S+S    TSA   
Sbjct: 372 SS-SSFSFGT----SANSGFNLSTGSSAAPASSTSGAVFSIATTTTTSSSTPAATSAPAS 431

Query: 308 ---------PLFSMVTSTSASTPAGNNRTQTSFSSPAISLSSSADTTLRIAASSASSVAS 367
                    P F + +S + +TPA +  T   FS+    L+SS   T    + +  +V  
Sbjct: 432 SAPASTMAFPSFGVTSSATNTTPASSAAT---FSTTGFGLASSTPATGSTNSFTGFAVPK 491

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_038874708.11.3e-6355.25nuclear pore complex protein NUP62 [Benincasa hispida][more]
XP_023006514.11.6e-6158.58nuclear pore complex protein NUP62 [Cucurbita maxima][more]
XP_022959229.11.8e-6058.90nuclear pore complex protein NUP62 isoform X2 [Cucurbita moschata][more]
XP_022959228.11.8e-6058.90nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1 [Cucurbita moschata][more]
XP_008459731.12.4e-6055.81PREDICTED: nuclear pore complex protein NUP62 [Cucumis melo][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Q8L7F72.0e-0635.41Nuclear pore complex protein NUP62 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=NUP62 PE=1... [more]
Q75JC96.6e-0533.53Uncharacterized protein DDB_G0271670 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=DDB... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1L2D47.9e-6258.58nuclear pore complex protein NUP62 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111499220 P... [more]
A0A6J1H7F58.7e-6158.90nuclear pore complex protein NUP62 isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=L... [more]
A0A6J1H5C88.7e-6158.90nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=L... [more]
A0A1S3CAD41.1e-6055.81nuclear pore complex protein NUP62 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103498773 PE=3 ... [more]
A0A6J1DSI79.4e-5558.41nuclear pore complex protein NUP62 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC11102350... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
AT2G45000.11.4e-0735.41structural constituent of nuclear pore [more]
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Sed0006153.1Sed0006153.1mRNA