Sed0000466 (gene) Chayote v1

Overview
NameSed0000466
Typegene
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionUnknown protein
LocationLG06: 4948806 .. 4951974 (+)
RNA-Seq ExpressionSed0000466
SyntenySed0000466
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CTTCTTTTCGGACTTTAAGAACTGTATTGATTCTAAAACCCTAAAACTCTCAAAGATCATTTTATTCACTTCTCTCGTTCATCGCTTCCCGATTGCTTATTTCTCCGGTCACTCTCCGTCGTGTTCTATCAATGCCCGATTCGATTCCGAATTCTTGAAGGTAATATCTCTGATTTTGTTCGTTTGATTTGATTTTTTCTTCTTTTTCTCCCTATTTATGGTTTTGTTTGATTTTGATGGGAACGTTTAGATGACAAATTGGTGATAGACGCTGTACCAAAGAACACATTTCCTCACATTCGCATTGCATTATTCAGAATCTCACCATTGTTGAATTGGTATGTACTTTCTCCCCTCATTTCTTCAATCTTTCCCTAGATTCTTGCATTTTTCAGTTTCTGTTTAATTGTATGAAGACTCTACGATTTTGTGTTCGGTATTCTAGTTTCAGCAATTGGTGTTTGTTTCGCCTTTTCTGTAATGCGGAAGCTTAAATTGTAGCGTTGGTGTTCTTAATTTCTTGAACTTGTGCATTCACTGCGGAAAAAGATTTAATGTTCTAATTGACTGCATGTTTGAGGATCTTATCTCTTTGATTGCTCCTTTTGGATTTGTTGTTCGTAATTAGCTTGAACTGTCTATTGTAAAATGGTGCAGAATCGAATCGGATGATTTGAGTTTGTTAATTGCGTGGTTGTATTTCTATATCATCAAGATTTGTGCGGATTTTCATCTATGGAATGTGTTGTTAGATCGTGGTGAAGAGAGGACGGATACCAATTCCTTTTTTGAAATTTTCTCATTAGTTTTCGGGTTCGTTTCGAGGAAAAAGCAGCGTCTATCTCCTTCCGCGCTGTTCTTTCCCGTCTTTCTTTGTATATTTTACTTAATTCTTTGGTACAAGAATTTTTCAGGTTCGCCTCAGCCCACGAGTAGCAAGAATTTTTCCCCTAGGCTTCCCGTTGATGATGATGGAAAATTAGTGGAAGATATGCATCCTCTAATCCATCTTCCCCAGAAAATGCTGAAACCTTTAGCTCTCAAATATGTCATCCAAAAAATCTCAATCGACTATGCCAAATGCTCTTTCAATGTCAAGTTTTAGGACCAAACCCTTCTTATGTCTTCTATCCCATTCATCAATAAGTTCATTTGCAATGAGGATCACATCAAGAATTTGTCTGTTACTCACAAAAGCAGATTGATAATGGGTAATAGTGTATGGTAGAACAAATTTAAGTCTTTCAGGGAGCACTCTAGCAATCACCTTGTAGATGCAAGTGGTTAAACTAATTGGCCTGTTTTGCTTCTTTTGGGGATAAGACAGATATAAGTTTCATTTAAGACTAGCATTAATCTTACTGTTTTCAAAAACATCATTGTACACAGTCAGAATATCTTTCTTAAGAGTGTTCCGTGTTTTTTTAAAAAATTATGCCGTGAACCCATCTGGCCTTGGTGTCTTGTTGGTACCCAATTCATTAACTGCTCTCAGGATCTCTGCTTCTATAAAAGGTGTCTCAAGTGGATTGCTTTGTTGATTAGAAATGGGATCTCATTCCTCAAGAATTGGAAAGGGGGCTCTCTTCTGGTTCTTAGTGTAAAGTTTCTTGTAGAAGGAAATAAATTAATTCTCGATATCATGGTTAGTGACCAAGCTGATGCCTTGTTGAGAAATAACTTCCATTATCGTACTCCTTTTTCTATTGGCAACAACACATCTATGAAAGAAGCTAGTGTTCTCCTTGCCAAGAGCAAGCCAATGTGCTTCACTTCTTTGAATCCATATGAATTCTTCCCTAGCTAATGTAAATGAGAAAGAAGCTACTGTTTTTTGCATCATTTGGTATTGCATTTTTTGGACTATACTTTATATTGTATTGTTCGCATTCTCATCCAGATTTAGATTAGGAAAGATTAGAAATTTGAATGAAACTTTATTGAATACGGTTTGATATAATTACATTTACTTTTGTAGGTAGTTTTTCATGGCAACGATCTTAGCATGTATTTTTCTTGAGGAAAAGGTCATCCTTCACCTAAAGAATGTGCTCGGTTGTTTGCTGGGGGTTTCAGATATATGTGAATGTAGATTTCAACCGGACAAATTATATCTCATTGTTTACCAATTTGAGTCTCAACCTTCTATCCATGTCCAATTACCTGCGATCTTTTTCAAGGAACATTATTTTTGTAATCAAACAACTTGTGGGCATTTTAATATGTTAAAATTATTCTGCAGTCTCATAGACCAAAAAACACCCATTTCTTTGCTTTTGGAACGATATGAAAATTCATCTTATTTGAGATTCGATCATGTGTTTGGTAAGTGATTATTATTATTATTATTATTTTTTGAGTTTTCATTTAATGTAATTTCTAAAATTATTAGTTATTTTCCACTACTTTCAGGCAGGACTACATTGTTCACGGAAGTTCCAATTCCTGCGCATGTAGACTTGGAAGCGAATTCGAATATCAACTCATTTGTTAGCATACATCCTAAAAAGTTCCGAGATATTTTGCTCCTACTCGGTCATGAGCTTGCTGTGGAAACAATTTCAAATGGTAAAATCCTAAACCCTAAACATTGTAACCTTGTTAGAAAGATTTGTGCTCACCATCTCATTTACAGTTCGGCTCACCATCACTCACGATTCAGTCACGTTCTCGACTCCCATAAATGAGTATACGATTGCTAATGAGGTAAGATCCGGAGTGTTTGTTTGAAATTAATGTTCCAAATTTCAAATTTGATAGCTTCTTTTAATCAAATGCTATTATTTATCTTATGCAGCCAGAATCTCTCACTGTATTCGGCGTGCAGACCAATGAAGTAAGGACATTGATACTAGATTTACAGCTCCGGAGGTTTCATGCTTTAGTGACCACTAATGATGGTCCTATGGTAAACATAGTAAATGGAAGTACCACTTGCAAGAAAGGTCGGATTGTTATGTCCTTTCTCAATGGGGTTGTAATTTCCACTCATCCTCCGTTGCCTTGAACATAGGAATGCTTTGCTCTTACATGGGAGTATTTTTTTGTAAGTTCCATTTAGACCTATTGCATGTTCTTTGTTTTTCTTTGAAATGCATTTGAAAGTCTCATGGGCACAAGTCTTTGTAATTATTTTATACAATGACTTCATTTTTGTTACTCTAAAAAC

mRNA sequence

CTTCTTTTCGGACTTTAAGAACTGTATTGATTCTAAAACCCTAAAACTCTCAAAGATCATTTTATTCACTTCTCTCGTTCATCGCTTCCCGATTGCTTATTTCTCCGGTCACTCTCCGTCGTGTTCTATCAATGCCCGATTCGATTCCGAATTCTTGAAGATGACAAATTGGTGATAGACGCTGTACCAAAGAACACATTTCCTCACATTCGCATTGCATTATTCAGAATCTCACCATTGTTGAATTGGTAGTTTTTCATGGCAACGATCTTAGCATGTATTTTTCTTGAGGAAAAGGTCATCCTTCACCTAAAGAATGTGCTCGGTTGTTTGCTGGGGGTTTCAGATATATGTGAATGTAGATTTCAACCGGACAAATTATATCTCATTGTTTACCAATTTGAGTCTCAACCTTCTATCCATGTCCAATTACCTGCGATCTTTTTCAAGGAACATTATTTTTGTAATCAAACAACTTGTGGGCATTTTAATATGTTAAAATTATTCTGCAGTCTCATAGACCAAAAAACACCCATTTCTTTGCTTTTGGAACGATATGAAAATTCATCTTATTTGAGATTCGATCATGTGTTTGGCAGGACTACATTGTTCACGGAAGTTCCAATTCCTGCGCATGTAGACTTGGAAGCGAATTCGAATATCAACTCATTTGTTAGCATACATCCTAAAAAGTTCCGAGATATTTTGCTCCTACTCGGTCATGAGCTTGCTGTGGAAACAATTTCAAATGTTCGGCTCACCATCACTCACGATTCAGTCACGTTCTCGACTCCCATAAATGAGTATACGATTGCTAATGAGCCAGAATCTCTCACTGTATTCGGCGTGCAGACCAATGAAGTAAGGACATTGATACTAGATTTACAGCTCCGGAGGTTTCATGCTTTAGTGACCACTAATGATGGTCCTATGGTAAACATAGTAAATGGAAGTACCACTTGCAAGAAAGGTCGGATTGTTATGTCCTTTCTCAATGGGGTTGTAATTTCCACTCATCCTCCGTTGCCTTGAACATAGGAATGCTTTGCTCTTACATGGGAGTATTTTTTTGTAAGTTCCATTTAGACCTATTGCATGTTCTTTGTTTTTCTTTGAAATGCATTTGAAAGTCTCATGGGCACAAGTCTTTGTAATTATTTTATACAATGACTTCATTTTTGTTACTCTAAAAAC

Coding sequence (CDS)

ATGGCAACGATCTTAGCATGTATTTTTCTTGAGGAAAAGGTCATCCTTCACCTAAAGAATGTGCTCGGTTGTTTGCTGGGGGTTTCAGATATATGTGAATGTAGATTTCAACCGGACAAATTATATCTCATTGTTTACCAATTTGAGTCTCAACCTTCTATCCATGTCCAATTACCTGCGATCTTTTTCAAGGAACATTATTTTTGTAATCAAACAACTTGTGGGCATTTTAATATGTTAAAATTATTCTGCAGTCTCATAGACCAAAAAACACCCATTTCTTTGCTTTTGGAACGATATGAAAATTCATCTTATTTGAGATTCGATCATGTGTTTGGCAGGACTACATTGTTCACGGAAGTTCCAATTCCTGCGCATGTAGACTTGGAAGCGAATTCGAATATCAACTCATTTGTTAGCATACATCCTAAAAAGTTCCGAGATATTTTGCTCCTACTCGGTCATGAGCTTGCTGTGGAAACAATTTCAAATGTTCGGCTCACCATCACTCACGATTCAGTCACGTTCTCGACTCCCATAAATGAGTATACGATTGCTAATGAGCCAGAATCTCTCACTGTATTCGGCGTGCAGACCAATGAAGTAAGGACATTGATACTAGATTTACAGCTCCGGAGGTTTCATGCTTTAGTGACCACTAATGATGGTCCTATGGTAAACATAGTAAATGGAAGTACCACTTGCAAGAAAGGTCGGATTGTTATGTCCTTTCTCAATGGGGTTGTAATTTCCACTCATCCTCCGTTGCCTTGA

Protein sequence

MATILACIFLEEKVILHLKNVLGCLLGVSDICECRFQPDKLYLIVYQFESQPSIHVQLPAIFFKEHYFCNQTTCGHFNMLKLFCSLIDQKTPISLLLERYENSSYLRFDHVFGRTTLFTEVPIPAHVDLEANSNINSFVSIHPKKFRDILLLLGHELAVETISNVRLTITHDSVTFSTPINEYTIANEPESLTVFGVQTNEVRTLILDLQLRRFHALVTTNDGPMVNIVNGSTTCKKGRIVMSFLNGVVISTHPPLP
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Chayote (edule) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableGENE3D3.70.10.10coord: 11..211
e-value: 9.1E-6
score: 27.1
IPR006573Neuralized homology repeat (NHR) domainPROSITEPS51065NHRcoord: 211..257
score: 9.294677

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Sed0000466.1Sed0000466.1mRNA