Moc09g29250 (gene) Bitter gourd (OHB3-1) v2

Overview
NameMoc09g29250
Typegene
OrganismMomordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Locationchr9: 21992632 .. 22008980 (-)
RNA-Seq ExpressionMoc09g29250
SyntenyMoc09g29250
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

ATGGGTTGCCTAGATGAAAAATTGTATAATGTCGATTGCAATGCCTTTGATACTTCAAGGCAATTGTGGGAGGCTTTAGACAAGAAGTATAAGCTGGAATATGCTAGTACTAGGAAATTCCTTGTTGGAAAGTTCTTAGATTACAAAATGGTTGATAACAAGTTGGTAGTTAATCAGTTGGAAAAATTGCAAATTATCGTTAGTGATTTACAAAGTGAAGGATTGGTCATTAATGAACCATTATTCCAAGTTGCTGTTGTGATTGATAAATTGCCTCCTGCTTTGAGAGAATTCAAATGTTATCTCAAACACAAGCGAAAGGAGTTATCCATGGAGAATCTTACTATGGAACTCCACAAAAAATTGAAGCTAATGCACATATTGCTGAATCTTCAAGGTGTCATCCCAAGAAGCAACATTCCAAAACGAAGAATGTCAATCTTGGGCCAAGAAATGACGCTAACAAGCACATTCGTGGAATCTGATTGGCGCATGAAATTCTCCACTCAAGTTGACCATACCGCGCAAGCGTATGGAAGATTTGGGGGCCGCTTCCCTCTAGTTAGTGGGTACGTTGAAGAGCGGGTGGTCAAGCTATTTGTCAAGATCGCGAGGAGTAGGGAAATTTATAGGCTGTGCTTAGCTGCTATACATTTGGATCCTCAGCCATATAAATTGTCCACCAGAGTTCAAGTGTCCTCAGGACTAAGGCCAGAAGACGTGGAGTGGAGAGCCCGATGGATGTCAACCAAACCTATGATGTATAGGTGTGGTGTATTTAAGGAGGGCTGCAGTGGGGAGGAGAGGACGGACAGAACACCCATACAGAAGAATTCACTTCCTTCTTTCTCTCTACCATCATCTTCTCTTCTTCTTCACCCAGGCCGGCGACCCCGACGATACACAGACCGCACACGTCCCCCGGTGATCACAACTTCAGACAACCTGCACCATAGTAGTCCGGCGCAAAACTTCTACAACCGACGCACGGATCACCGACCACCTGACTTCGACCTCGAGTGCTCCTTCACAGTTTTCAGACCCGCGAGCACACCTAGAATTTCCTCACTGCAGTACGTGCGTGAAGTTGTTCCAGAACCTTCCGTAGCTAACCCTAATTCACCGTTGCAGGGCCTGGGCAAAATCGTCGATCGAAAATGGGGGATCACTGGCTGGGCCGTGGGCCGAGCACGGCTCGGGACCGAGCCCCGGGTCGGGGCCGAGCACCGGGTCGGGACTGAGCCCTTCGTGGCTCAGTGGGCTTCCCTCCGGTCGCTTTCCTCGTTCTCTGCCCCGGCGTTAGGTCCTTCTTTGGACCGGCCCGTTATGTCACGGGCCGGTCTTCCCCAATCAGACTTCAACTTCTTGTCTCGTTTCGGGTCGTTTTTGTTCTCCATAACAATGGCCCCCACTCTCAAAACAGAAGACGAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGGTTGCCTAGATGAAAAATTGTATAATGTCGATTGCAATGCCTTTGATACTTCAAGGCAATTGTGGGAGGCTTTAGACAAGAAGTATAAGCTGGAATATGCTAGTACTAGGAAATTCCTTGTTGGAAAGTTCTTAGATTACAAAATGGTTGATAACAAGTTGGTAGTTAATCAGTTGGAAAAATTGCAAATTATCGTTAGTGATTTACAAAGTGAAGGATTGGTCATTAATGAACCATTATTCCAAGTTGCTGTTGTGATTGATAAATTGCCTCCTGCTTTGAGAGAATTCAAATGTTATCTCAAACACAAGCGAAAGGAGTTATCCATGGAGAATCTTACTATGGAACTCCACAAAAAATTGAAGCTAATGCACATATTGCTGAATCTTCAAGGTGTCATCCCAAGAAGCAACATTCCAAAACGAAGAATGTCAATCTTGGGCCAAGAAATGACGCTAACAAGCACATTCGTGGAATCTGATTGGCGCATGAAATTCTCCACTCAAGTTGACCATACCGCGCAAGCGTATGGAAGATTTGGGGGCCGCTTCCCTCTAGTTAGTGGGTACGTTGAAGAGCGGGTGGTCAAGCTATTTGTCAAGATCGCGAGGAGTAGGGAAATTTATAGGCTGTGCTTAGCTGCTATACATTTGGATCCTCAGCCATATAAATTGTCCACCAGAGTTCAAGTGTCCTCAGGACTAAGGCCAGAAGACGTGGAGTGGAGAGCCCGATGGATGTCAACCAAACCTATGATGTATAGGTGTGGTGTATTTAAGGAGGGCTGCAGTGGGGAGGAGAGGACGGACAGAACACCCATACAGAAGAATTCACTTCCTTCTTTCTCTCTACCATCATCTTCTCTTCTTCTTCACCCAGGCCGGCGACCCCGACGATACACAGACCGCACACGTCCCCCGGTGATCACAACTTCAGACAACCTGCACCATAGTAGTCCGGCGCAAAACTTCTACAACCGACGCACGGATCACCGACCACCTGACTTCGACCTCGAGTGCTCCTTCACAGTTTTCAGACCCGCGAGCACACCTAGAATTTCCTCACTGCAGTACGTGCGTGAAGTTGTTCCAGAACCTTCCGTAGCTAACCCTAATTCACCGTTGCAGGGCCTGGGCAAAATCGTCGATCGAAAATGGGGGATCACTGGCTGGGCCGTGGGCCGAGCACGGCTCGGGACCGAGCCCCGGGTCGGGGCCGAGCACCGGGTCGGGACTGAGCCCTTCGTGGCTCAGTGGGCTTCCCTCCGGTCGCTTTCCTCGTTCTCTGCCCCGGCGTTAGGTCCTTCTTTGGACCGGCCCGTTATGTCACGGGCCGGTCTTCCCCAATCAGACTTCAACTTCTTGTCTCGTTTCGGGTCGTTTTTGTTCTCCATAACAATGGCCCCCACTCTCAAAACAGAAGACGAATAA

Protein sequence

MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQLEKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMELHKKLKLMHILLNLQGVIPRSNIPKRRMSILGQEMTLTSTFVESDWRMKFSTQVDHTAQAYGRFGGRFPLVSGYVEERVVKLFVKIARSREIYRLCLAAIHLDPQPYKLSTRVQVSSGLRPEDVEWRARWMSTKPMMYRCGVFKEGCSGEERTDRTPIQKNSLPSFSLPSSSLLLHPGRRPRRYTDRTRPPVITTSDNLHHSSPAQNFYNRRTDHRPPDFDLECSFTVFRPASTPRISSLQYVREVVPEPSVANPNSPLQGLGKIVDRKWGITGWAVGRARLGTEPRVGAEHRVGTEPFVAQWASLRSLSSFSAPALGPSLDRPVMSRAGLPQSDFNFLSRFGSFLFSITMAPTLKTEDE
Homology
[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match: XP_022147763.1 (uncharacterized protein LOC111016620 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 189.9 bits (481), Expect = 5.1e-44
Identity = 97/121 (80.17%), Postives = 108/121 (89.26%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + C+D+ LYNV CNAFDTSRQLWEALDKKYKLE A T+KFLVGKFLDYKMVD KLVVN L
Sbjct: 88  LSCIDDTLYNVYCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEDAGTKKFLVGKFLDYKMVDTKLVVNHL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMELHK 120
           E+LQII+SDLQSEGLVINEP FQV VVI+KL PA REFKCYLKHK+KELS+ENLT++L  
Sbjct: 148 EELQIIISDLQSEGLVINEP-FQVTVVIEKLYPAWREFKCYLKHKQKELSIENLTVKLRI 207

Query: 121 K 122
           K
Sbjct: 208 K 207

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match: XP_022148559.1 (uncharacterized protein LOC111017193 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 181.8 bits (460), Expect = 1.4e-41
Identity = 92/118 (77.97%), Postives = 104/118 (88.14%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + CLD+ L+NV CNAFDTSRQLWEALDKKYKLE A T+KFLV KFLDYK++D KLV+NQL
Sbjct: 88  LSCLDDTLHNVYCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEDAGTKKFLVRKFLDYKLIDTKLVINQL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           E+LQII SDLQSE LVINEP FQ+  VI+KLPPA REFK YLKHKRKELSMENLT++L
Sbjct: 148 EELQIITSDLQSEELVINEP-FQIVAVIEKLPPAWREFKYYLKHKRKELSMENLTVKL 204

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match: XP_022156727.1 (uncharacterized protein LOC111023572 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 175.6 bits (444), Expect = 1.0e-39
Identity = 92/118 (77.97%), Postives = 101/118 (85.59%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + CLD  L NV CNAFDTSRQLW+ LDKKYKLE   T+KFLVGKFLDYKMV+ KLVVNQL
Sbjct: 88  LNCLDGTLNNVYCNAFDTSRQLWDELDKKYKLEDTGTKKFLVGKFLDYKMVNTKLVVNQL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           E+LQII SDLQSEGLVINE LFQVA VI+ LP   REFKCYLKHKRK+LSMENLT++L
Sbjct: 148 EELQIITSDLQSEGLVINE-LFQVAAVIEILPHVWREFKCYLKHKRKKLSMENLTVKL 204

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match: XP_010544457.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104817078 [Tarenaya hassleriana])

HSP 1 Score: 135.2 bits (339), Expect = 1.5e-27
Identity = 69/115 (60.00%), Postives = 92/115 (80.00%), Query Frame = 0 

Query: 4   LDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQLEKL 63
           LD+ LYNV C A  TSR+LWEAL+KKYK E A  +KF+  KFL++KMVDNKLV  Q+++L
Sbjct: 92  LDDSLYNVFCTA-STSRELWEALEKKYKTEDAGMKKFIAAKFLEFKMVDNKLVSTQVQEL 151

Query: 64  QIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           Q+IV +L +EG++INE  FQVA  I+KLPP+ ++FK YLKHKRKE+S+E+L + L
Sbjct: 152 QVIVQNLLAEGMMINE-AFQVAAFIEKLPPSWKDFKNYLKHKRKEMSLEDLIVHL 204

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match: XP_009798319.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104244566 [Nicotiana sylvestris])

HSP 1 Score: 133.7 bits (335), Expect = 4.3e-27
Identity = 66/118 (55.93%), Postives = 94/118 (79.66%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           +  L++ LYNV  +A +TS++LW+AL+KKYK+E A  +KF+V KFLDYKM+DNK V  Q+
Sbjct: 94  LSALEDDLYNV-YSALNTSKELWDALEKKYKIEDAFLKKFMVAKFLDYKMIDNKTVGTQV 153

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           ++LQ+I  D  +EG+V+NE +FQVA +I+KLPP+ R+FK YLKHKRKE+ +ENL + L
Sbjct: 154 QELQLIFHDFIAEGMVVNE-VFQVAAMIEKLPPSWRDFKNYLKHKRKEMKLENLVIRL 209

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1D271 (uncharacterized protein LOC111016620 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111016620 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 189.9 bits (481), Expect = 2.5e-44
Identity = 97/121 (80.17%), Postives = 108/121 (89.26%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + C+D+ LYNV CNAFDTSRQLWEALDKKYKLE A T+KFLVGKFLDYKMVD KLVVN L
Sbjct: 88  LSCIDDTLYNVYCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEDAGTKKFLVGKFLDYKMVDTKLVVNHL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMELHK 120
           E+LQII+SDLQSEGLVINEP FQV VVI+KL PA REFKCYLKHK+KELS+ENLT++L  
Sbjct: 148 EELQIIISDLQSEGLVINEP-FQVTVVIEKLYPAWREFKCYLKHKQKELSIENLTVKLRI 207

Query: 121 K 122
           K
Sbjct: 208 K 207

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1D4C8 (uncharacterized protein LOC111017193 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111017193 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 181.8 bits (460), Expect = 6.7e-42
Identity = 92/118 (77.97%), Postives = 104/118 (88.14%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + CLD+ L+NV CNAFDTSRQLWEALDKKYKLE A T+KFLV KFLDYK++D KLV+NQL
Sbjct: 88  LSCLDDTLHNVYCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEDAGTKKFLVRKFLDYKLIDTKLVINQL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           E+LQII SDLQSE LVINEP FQ+  VI+KLPPA REFK YLKHKRKELSMENLT++L
Sbjct: 148 EELQIITSDLQSEELVINEP-FQIVAVIEKLPPAWREFKYYLKHKRKELSMENLTVKL 204

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DSQ3 (uncharacterized protein LOC111023572 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111023572 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 175.6 bits (444), Expect = 4.8e-40
Identity = 92/118 (77.97%), Postives = 101/118 (85.59%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           + CLD  L NV CNAFDTSRQLW+ LDKKYKLE   T+KFLVGKFLDYKMV+ KLVVNQL
Sbjct: 88  LNCLDGTLNNVYCNAFDTSRQLWDELDKKYKLEDTGTKKFLVGKFLDYKMVNTKLVVNQL 147

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           E+LQII SDLQSEGLVINE LFQVA VI+ LP   REFKCYLKHKRK+LSMENLT++L
Sbjct: 148 EELQIITSDLQSEGLVINE-LFQVAAVIEILPHVWREFKCYLKHKRKKLSMENLTVKL 204

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1U7YGF8 (uncharacterized protein LOC104244566 OS=Nicotiana sylvestris OX=4096 GN=LOC104244566 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 133.7 bits (335), Expect = 2.1e-27
Identity = 66/118 (55.93%), Postives = 94/118 (79.66%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           +  L++ LYNV  +A +TS++LW+AL+KKYK+E A  +KF+V KFLDYKM+DNK V  Q+
Sbjct: 94  LSALEDDLYNV-YSALNTSKELWDALEKKYKIEDAFLKKFMVAKFLDYKMIDNKTVGTQV 153

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           ++LQ+I  D  +EG+V+NE +FQVA +I+KLPP+ R+FK YLKHKRKE+ +ENL + L
Sbjct: 154 QELQLIFHDFIAEGMVVNE-VFQVAAMIEKLPPSWRDFKNYLKHKRKEMKLENLVIRL 209

[Close]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6P6UTU4 (uncharacterized protein LOC113714139 OS=Coffea arabica OX=13443 GN=LOC113714139 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 133.3 bits (334), Expect = 2.7e-27
Identity = 65/118 (55.08%), Postives = 94/118 (79.66%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGCLDEKLYNVDCNAFDTSRQLWEALDKKYKLEYASTRKFLVGKFLDYKMVDNKLVVNQL 60
           M CL + LYNV      T++ LWE+LD+KYK+E A  +KF+VGKFLDYKMVD+K V++Q+
Sbjct: 105 MNCLHDSLYNV-YQIHKTAKALWESLDRKYKIEDAGAKKFVVGKFLDYKMVDSKTVISQV 164

Query: 61  EKLQIIVSDLQSEGLVINEPLFQVAVVIDKLPPALREFKCYLKHKRKELSMENLTMEL 119
           +++QII+ ++ +EG++++E  FQVA VI+KLPP  ++FK YLKHKRKE+SME+L + L
Sbjct: 165 QEIQIILHEILAEGMILSE-TFQVAAVIEKLPPGWKDFKNYLKHKRKEMSMEDLIVRL 220

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022147763.15.1e-4480.17uncharacterized protein LOC111016620 [Momordica charantia][more]
XP_022148559.11.4e-4177.97uncharacterized protein LOC111017193 [Momordica charantia][more]
XP_022156727.11.0e-3977.97uncharacterized protein LOC111023572 [Momordica charantia][more]
XP_010544457.11.5e-2760.00PREDICTED: uncharacterized protein LOC104817078 [Tarenaya hassleriana][more]
XP_009798319.14.3e-2755.93PREDICTED: uncharacterized protein LOC104244566 [Nicotiana sylvestris][more]
BLAST of Moc09g29250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1D2712.5e-4480.17uncharacterized protein LOC111016620 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111016... [more]
A0A6J1D4C86.7e-4277.97uncharacterized protein LOC111017193 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111017... [more]
A0A6J1DSQ34.8e-4077.97uncharacterized protein LOC111023572 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111023... [more]
A0A1U7YGF82.1e-2755.93uncharacterized protein LOC104244566 OS=Nicotiana sylvestris OX=4096 GN=LOC10424... [more]
A0A6P6UTU42.7e-2755.08uncharacterized protein LOC113714139 OS=Coffea arabica OX=13443 GN=LOC113714139 ... [more]
BLAST of Moc09g29250 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bitter gourd (OHB3-1) v2
Date Performed: 2022-08-01
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableCOILSCoilCoilcoord: 475..477
NoneNo IPR availablePFAMPF14223Retrotran_gag_2coord: 15..120
e-value: 5.4E-11
score: 42.4
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 294..329
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 306..327
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR47592PBF68 PROTEINcoord: 7..119
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR47592:SF14GAG-POL POLYPROTEIN-LIKE PROTEINcoord: 7..119

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Moc09g29250.1Moc09g29250.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0015074 DNA integration
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0008270 zinc ion binding