Moc03g18670 (gene) Bitter gourd (OHB3-1) v2

Overview


Name	Moc03g18670
Type	gene
Organism	Momordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
Description	(-)-germacrene D synthase-like
Location	chr3: 12369051 .. 12384937 (+)
RNA-Seq Expression	Moc03g18670
Synteny	Moc03g18670

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGCGCCTGCACGGGAACCGAAATTCCACGAAGGTCACACTACTCAGTCCCCGATCTAATCTTAAAGGTAAAGCCCGGGTCCCCAGTGGAGTCGCCAAGCTGTCGCAACGTCATCACGACGCGGAGCGGCCGACATCATCCCCTGAAGGGTCTCTTTCGAGATTAGGGTTTGGAGTCGCCACCAATCATCTACGAGCCTGTGTATCGTCGTGGTTGCCGGCCTGGGTGAAGAGGAAGGAAGGTGATGGTAGAGAGAAAGAAGGAAGTGAATTCTTCTCTGTCCGTGTGGGTGTCGGTCAATGCCAAAATGTATCAGAACGAAGATATCGTCGCGAATCTGCTATTGTTCGCGTTGGGATTGCAAAAAGAACGAGTCGCCGGAGACAGCCGTCGGGAGTTGCGGACGTTGCCGGGGCTGAGGCTGTAGCAGCAGGTCGTCGGGGCTACTGTGGATCTGACCGTTCGTCGTGCGCCGCCGCGAGGAGACACTGCAAGAAGCCGGCGCTAACAGATCTTGGTCGTTGCAGTTCGCCGGAGGAGGAGCCGAAACTTCTCTGTTCGTCGTGGGTATCTTCTGTCCGTGCAGCGGGCTTGGAAGAAGTTGTGAAGAAGGCTGCTGTGTGGTCGCCAGAGGTCGCTGGAGTTCATGGTTGGAGGTCTTACCGTTCGCTTGCATCGTCTGAGGTAGTCGTGGGTATGAAGGAGAAAAGGTGTTGGTGGTGGGATATGAAAGGAGAAGAGATGGAGTGGTGGTTATGGAGGAAAAAGATAGTTTTAGAGAGGGAGAGAAGAAGAAAAGATGAGAGTACTTATCGTAGCGGGAGTCTGACATCCGAGCGAGAGGTCAGACCAATTCTATTTATCCTGGCAACTGATACTACATTGCGTAGGGTAACACTAGTTTCTTCAGCATCTTCATTGGAGCTTCTTGGGATTTATTGGAAAGCTGAGCTTCATGTGATGAATTATGCTGGGGGAAGCCCTCTATTGACTGACAAAGAGGATAATGGCCCTCAAATCTTCCATATGTTTTGGCAATATGGTCGACTTGAGTGGAGAATTTCATGCGCCTGCACGGGAACCGAAATTCCACGAAGGTCACACTACTCAGTCTCCGATCTAATCCTAAAAGGTAAAGCCCGGAGCGGCCGACGTCATCCCCTGAAGGGTCTCTTTCGAGATAAGGGTTTGGAGTCACCACCAATCATCTATGAGTGCAGCGGGCTTGGAAGAAGTTGTGAAGAAGTTGTGAAGAAGGTTGCTGTGTGGTTGCCGGAGGTCGCTAGAGTTCATGGTTGGAGGTCTTACCGTTCGCTTGCATCGCCTGAGGTAGTCGTGGGTATGAAGGAGAAAAGGTGCTGGTGGTGGGATATGAAAGGAGAAGAGATGGAGTGGTGGTTATGGAGGAAAAAGACAGTTGTACAGAGGGAGATAAGAAGAAAAGATGAGGGGTTTGTAGTGAGTATTCAAGGGGGAGGCGATTCTCCCTAA

Protein sequence

MRLHGNRNSTKVTLLSPRSNLKGKARVPSGVAKLSQRHHDAERPTSSPEGSLSRLGFGVATNHLRACVSSWLPAWVKRKEGDGREKEGSEFFSVRVGVGQCQNVSERRYRRESAIVRVGIAKRTSRRRQPSGVADVAGAEAVAAGRRGYCGSDRSSCAAARRHCKKPALTDLGRCSSPEEEPKLLCSSWVSSVRAAGLEEVVKKAAVWSPEVAGVHGWRSYRSLASSEVVVGMKEKRCWWWDMKGEEMEWWLWRKKIVLERERRRKDESTYRSGSLTSEREVRPILFILATDTTLRRVTLVSSASSLELLGIYWKAELHVMNYAGGSPLLTDKEDNGPQIFHMFWQYGRLEWRISCACTGTEIPRRSHYSVSDLILKGKARSGRRHPLKGLFRDKGLESPPIIYECSGLGRSCEEVVKKVAVWLPEVARVHGWRSYRSLASPEVVVGMKEKRCWWWDMKGEEMEWWLWRKKTVVQREIRRKDEGFVVSIQGGGDSP

Homology

[Close]

BLAST of Moc03g18670 vs. NCBI nr
Match: XP_022144020.1 ((-)-germacrene D synthase-like [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 6.8e-07
Identity = 53/170 (31.18%), Postives = 69/170 (40.59%), Query Frame = 0


Query: 278 SEREVRPI-LFILATDTTLRRVTLVSSASSLELLGIYWKAELHVMNYAGGSPLLTDKEDN 337
           SE  V P+ + IL ++ +   + +       EL+G+ WKAEL VMNYAGGSPLLTDKE+ 
Sbjct: 62  SEHAVVPLWIRILGSNESSLTLVVSDYYDCQELVGLSWKAELPVMNYAGGSPLLTDKEEG 121

Query: 338 GPQIFHMFWQYGRLEWRISCACTGTEIPRRSHYSVSDLILKGKARSGRRHPLKGLFRDKG 397
           G                              ++  ++L                      
Sbjct: 122 G------------------------------YHGAANL---------------------- 162

Query: 398 LESPPIIYECSGLGRSCEEVVKK--VAVWLPEVARVHGWRSYRSLASPEV 445
                            EE V+K     W PEVA V GWRSYRSLASPE+
Sbjct: 182 -----------------EEAVEKAVTTAWSPEVAGVRGWRSYRSLASPEL 162

[Close]

BLAST of Moc03g18670 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CQG9 ((-)-germacrene D synthase-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111013811 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 3.3e-07
Identity = 53/170 (31.18%), Postives = 69/170 (40.59%), Query Frame = 0


Query: 278 SEREVRPI-LFILATDTTLRRVTLVSSASSLELLGIYWKAELHVMNYAGGSPLLTDKEDN 337
           SE  V P+ + IL ++ +   + +       EL+G+ WKAEL VMNYAGGSPLLTDKE+ 
Sbjct: 62  SEHAVVPLWIRILGSNESSLTLVVSDYYDCQELVGLSWKAELPVMNYAGGSPLLTDKEEG 121

Query: 338 GPQIFHMFWQYGRLEWRISCACTGTEIPRRSHYSVSDLILKGKARSGRRHPLKGLFRDKG 397
           G                              ++  ++L                      
Sbjct: 122 G------------------------------YHGAANL---------------------- 162

Query: 398 LESPPIIYECSGLGRSCEEVVKK--VAVWLPEVARVHGWRSYRSLASPEV 445
                            EE V+K     W PEVA V GWRSYRSLASPE+
Sbjct: 182 -----------------EEAVEKAVTTAWSPEVAGVRGWRSYRSLASPEL 162

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Moc03g18670 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_022144020.1	6.8e-07	31.18	(-)-germacrene D synthase-like [Momordica charantia]	[more]

BLAST of Moc03g18670 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Moc03g18670 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1CQG9	3.3e-07	31.18	(-)-germacrene D synthase-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111013811 PE...	[more]

BLAST of Moc03g18670 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Bitter gourd (OHB3-1) v2
Date Performed: 2022-08-01

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 18..54

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Moc03g18670.1	Moc03g18670.1	mRNA