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MS003226 (gene) Bitter gourd (TR) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.GTTCTCAAGGCCTGTACTAAGCTTTCTTGGGTGAATTTGGGATTTGGGATTCATGGGAAGGTTGTGAAGTTTGGGTTTCAATCTAATTCATTTGTGAGGAATACTCTTATTTATTTCCATGCTAATTGTGGCGATTTGGCCACTGCAAGAGCACTTTTCGATGCTTCTGCCAAAAGGGATGTTGTGCCTTGGTCAGCTTTGACGGCAGGCTATGCAAGAAGAGGGGAATTGGATGTTGCACGAATGCTGTTTGATGAAATGCCCGTGAAAGACTTGGTCTCGTGGAATGTGATGATTACAGCATATGCGAAACTCGGAGAGATGGAGAAGGCAAGGAAACTGTTTGATGATGCTCCGCAGAAAGATGTTGTGACTTGGAATGCAATGATTGCAGGATATGTGCTTGCTGGATTGAACAAGCAGGCTTTGGAGATGTTTGATGCAATGATAGATCAGGGACAAAGACCGGATGATGTGACAATGTTGAGTATCTTGTCTGCTTCTGCTGATTTGGGAGATTTGGAAGTTGGAAAGAACATACACCGTTCCATTTTCAACATGTGCTGCGGAGATTTAGGTGTGCTTCTAGGTAATGCACTTATAGACATGTATGCCAAGTGTGGGAGTATTGAGAATGCTCTGGAAGTTTTTAAAGGGATGAGAGACAAAGATACCTCCTCATGGAATTCAATAATAGGAGGATTGGCGTTTCATGGACATGCTGAGAAATCGATAAATCTGTTTCAAGAAATGCTGAGGTTGAAAATGAGGCCAAATGAAATCACTTTTGTTGGCGTGTTGGTTGCTTGTAGTCATGCTGGGAAAGTGCAAGAAGGGCGTATGTATTTTAATCTTATGAGAAACTTGTATAAAATTGAGCCCAACATCAAGCATTACGGATGTATGGTAGACATCTTGGGGCGTGCCGGGCAATTGATTGAAGCATTTGATTTCATAGATACAATGGAGATCAAACCTAATGCCATCATCTGGAGAACACTACTTGGGGCCTGTAGAGTTCATGGAGATGTTGAGTTGGGAAGGCGTGCAAATGAGCAATTACTCGAAATGAGGAAGGATGAGAGCGGGGATTATGTACTCCTATCTAACATATATGCTTCACAAGGTGAGTGGGGTGGTGTCGAGAAAGTGCGAAAGTTGATGGACGAAGGTGGGGTGAAGAAAGAAGCCGGTTGTAGCCTGATCGATGCTGATAACAGCTTTCTAATGAATTTTTTGTTTGATTCAAAGCCAAAGTTTGTAGAAGGCGGCAGTTAATCTTGTATTACGTTAATTTTAGTGCAACAACCACACTGCTGCCTCAAAGTTTTAAAGTGTCCTAGGATCTTTTCCTCTTTGGATATGGCCATAGAAACGAGCTCATGGATCCAGCTGCGGTCAAAGGCTTTGGTACGAACCATGGCTATAGGCTTTCTAAACTGTGTCTGAATCTGGTTATCAAGATCGTATGGAAAGGTCTTCAACTTCTGGTTGTGGAGCACTGGAGCATGAAGCTAAAGCTTTCATGTTTGAAGATTTGTGTGCTCTTTGTGTTGCTATGTTTACATGGAATCCCCAAAATGGGGGTTAGAATGGTTGTTCTTACCCTGATGAAGTACCTTATTTAGAATTGCAGGTTCCATTTACCTGTAAGAAGTGGTCCTGGCTTCTTTTGTTAAGCCTTAATAAATCACAGGAGCTGTTCTCATCAGCTTCATTTTCATGTCTGCTAGATTCTTTTGGACTTATAGATAAAAATTCTGAATGGAAATAGGGCTCTGAAATATCTATGGAGCAGACTTTCCAACGTTCTCTACATGTATTTCCTTCTCTTTTATTCTTGCAGTAATTTTTACTCTTAAATAGGAAATAGTTTTACGTGTGTTGAAAGTCTATCTGCATTCTTGGGCTGGATTAGAGATATAATAGTTTCCATACGGTTTTCGTTACAAACTGAAGTTCAACTGGACATCGACTTGGTAGAAATTACAATGCATAACACACACTGAGAAATTGGACATCTAGTCATATTTTAACACACTCAGATTCATATATCAATTGCAGATAAAAACACACAGATGTAGTTTTTGCATGCTTGCAGGTTGCTGTGATGGTAATCTACTTTCAATGACGACGAGACAGTGCTGCACCCAAAAGGAAGATCATAACCATGAATAGAACAATTCCTGCAAAAGATCCGATCAAAGAGCCTGAGATCCGCTCGCAGAAGGAGTTAAATTGCTGGCAGATAGATAACCAATTGGTCCTGGAATTTCCTTTGTGTGCTAAGTACACAATGGCTGCTGCTGCAGAAGCCCCTGCTGTCAAAAGAGCCATCATTCCCTGTTCACAATCATATGAAGCACATGAGTAAGCGAACTTGGTCGGGTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTCTTAATTACTGCCAAATATTACTTGTATAGATCAAAAAGATGAAGGAAGTACCGCGTCCAAGAAGACCAGCAAAACTCTAGTGCCATGTGCTCTGCTCCTCACGATGTGGAATATAGAAAGAGGAAGAGAAAGAACCAAGTAGCCACTTACAATGGCGTTGGCCACAACAAAGAAGCTGCTCAAGCACCCAAAAGAGGTTAGTAAACTCATGAGGAGTTCAGTTTTTGAAATATAAATCAAGTGCTGGTTATGACATACGTAAACATTGGGAGATCATTATACTCGGCTCTGAACCGAATGAACTGTGTGGAAAATGGAAGCGTCTGGTTTGTGGTTCCCATAGCTATTGCACTTCCTAATGTTCCAACAATGGCAGCCAACCGGAGGATGAGGTCGAGAATCGACAAACCTCGGTTCATCCCTGGTTTCGATTTGGAACTCTTTAGCTCACCCGACTCGCCCACTGCTGCCTTCATCTTTCTTGGAAGGTTTATGTTTTGGCTAACAAGTTTTCAGATGTGGTTTCTTTAGGACTAAATTTTCATGGCTGAGCAGTGTGCACCAAGGAACTATTAATATGCAAAACAGAGGCTAGGCAATGTTGTTTTGGTGAGATTTAGTGGCTGAAAAGCCCCACAAGATAGCATAACAACTCCCCTCCAAAAACAGGGGAAACTTCATGAATAATGTACCTTCAAATTAAAAATTTTCTAAAAGTTTGATACTTTTGAAAATAAGTTTGAAAAGATTGTAGTCTAAGTTCTAAAATATATATATATATATACACACACTTTAAAAGAAGGGTGTTTTTTGAAACCATTGACAAATATATGACAAGTTTTGTCGGGTATAAAATCGTGGGTGCGAAATGCAATTTTCATGCTTACATGAACCGTCACGAAACCAACGCATGTGTAAAAGCATATTTCCGGTACATGTTTACTTAAATAAATCGCATATGTAAAATATGATTTATGCCCGATTTTGTTGTAATCGTAACATAAAGAGCAATTTCACATTAATGCATATTTGATTCCCAATTTATGTAAATCATGTTTCATATCTACAATTTACCTACTCTATTTGTTCCATCATTTTTTAAACCATCCTATTGGAATTTTTTTAAAAAAATGTAAGTAATCAAACATGTTAGGACAGATAAAAACAAATAGAATCCTGTTTTGTTTGTGCAGAATGGTGTATAAAAAGTTCAAATTTTATGATATAGCCATTTAAGGCAGAGTTCAAGGCTACCAAATCCTCTGCCACAACCAAAATGGGAAAGAATTTGGAGTGCAGTCAAGACAGATGTCCTTTGGAGAAGATTTGGTTGGTTAGAAGTTGGTGTGAAGAAACCCAAAATATGAAAGAAAATTGAGGGAAGTTGAGTTGGGTTCAGTATGTAATTTGGCTACAATATCTAAACCATTCCACTTATTCTCCTTTTTGCTAATTCTTTTATTTTCCCTCTAAAACCATAGAATGAAAATTTGGTCCTCCTTTTTGTACTAGTTTTATCTAATCGAAAGAAAAAAGGGATGATAAAAAAACGTTACATCAGATTCATTAACAATAATACTACAGTTTTCAAATAACTATTGATTTTGTTGCTACATTTGTGTAAATTTCTAATTTTGAGATTGATAGTAAAAAATAATAATAATAATAATAATAGTTGAGCTGTAGTAAGAGAATAAGAGTTATACAAACTCGTTTTTTAAGTCCTTGAGATAAAATTCACTCCTTTAAAATCACTCCTAAATTCATGGGTCCCACAATCTTTGTATTATTATTATTTTCTTATTTTCTTATTTTCTTATTTTTATTTTTACTTTTGCAATTAATCTCATTATTGGGAAACTAGAATGAAAAAGTAGATTTTTTAGAAATGTTCGAACCCATAAACTAGGGTTGATATTTTAACCTATTTTTAGTTCAATAAATTATTTATAACTATCTTTAAAAATATTTTACAAGCTCGTGTTTAGCCAAAATGGTCAACCGGAGTTAGTAACGTGATATTTAGAAACATTAAATTGAGAATTTTATGTTATTTTGCATAAATTTGATACTACAGAAAGAGTTGGCCGTACATGTTAATTGCTTATTTTCGATAAAAAATGTAAAAAATGTTATTATTTCAGAAAGGCATCTCATCTCTACGATAATATTAATATCACCTTCAACAATGAAATGTCGCCAATTTTACAGGTCATATCTAAATAAAATCAAATAATAGAATAATAAATTGGAAAATAAGCTAGAGAACCCCATCAGTCACATCCTATAATATATCAAATAAAACTAGTTAGTTTGAAAATAATAATAATAAGAGTGCTTAGCTTAATCAATACCCACAGCACTTTAAGAAGCCTAAGTGGGATGAGCTTACAATTTCAGTTTGAAAACCATATATGTTAATCGGAGCTGCCCAAACATTTCACTACATGCAATGAAATTATAACACATTTTGTATCCATTATAATAATAAAGAGTTACATAAGCAAATAAATTACAAACACTCCCATTGAGCTTGGAATTTCAATACAATGTAATCTAACAATTCTCTACCCACATCCATTT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VLKACTKLSWVNLGFGIHGKVVKFGFQSNSFVRNTLIYFHANCGDLATARALFDASAKRDVVPWSALTAGYARRGELDVARMLFDEMPVKDLVSWNVMITAYAKLGEMEKARKLFDDAPQKDVVTWNAMIAGYVLAGLNKQALEMFDAMIDQGQRPDDVTMLSILSASADLGDLEVGKNIHRSIFNMCCGDLGVLLGNALIDMYAKCGSIENALEVFKGMRDKDTSSWNSIIGGLAFHGHAEKSINLFQEMLRLKMRPNEITFVGVLVACSHAGKVQEGRMYFNLMRNLLCNYMIDNGFEPDQYMKNRILLMHVKCGMMIDACRLFDEMPERNAVSWSTIISGYVDSGNYIEAFRLFIMMWEECSDSGPRTFAIMIRASAGLELIFPGRQLHSCAIKAGVGQDIFVSCALIDMYSKCGSLEDAHCVFDEMPDKTIVGWNSIIAGYALHGYSEEALDLCYEMRDSGIKMDHFTFSIIIRICSRLASVARAKQVHAGLVRNGFGLDVVANTALVDFYSKWGKIDDARHIFDRMSHKNIISWNALIAGYGNHGRGEEAIQMFERMLREGMTPNHVTFLAVLSACSISGLFERGWEIFQSMTTDHKIKPRAMHFACMIELLGREGLLDEAYALIRNAPFKPTANMWAALLRACRVHENLELGKLAAEKLYGMEPDKLSNYIVLLNIYNSSGKLKEAADVVQTLKRKGLRMVPACSWIEVKNQPHSFLSGDKHHAEIEKVVEKVDEIMLKISKLGYVAEQNFLLPDVDEKEEKIQMYHSEKLAIAYGLLSTLKKTPLQIVQSHRICGDCHSTIKLIALITRREIVVRDASRFHHFRDGSCSCGDYW Homology
BLAST of MS003226 vs. NCBI nr
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BLAST of MS003226 vs. NCBI nr
Match: XP_004148701.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_031740897.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1047.3 bits (2707), Expect = 6.8e-302 Identity = 499/553 (90.24%), Postives = 526/553 (95.12%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. NCBI nr
Match: XP_038890388.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038890389.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038890390.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1045.4 bits (2702), Expect = 2.6e-301 Identity = 499/553 (90.24%), Postives = 526/553 (95.12%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. NCBI nr
Match: XP_038890391.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1045.4 bits (2702), Expect = 2.6e-301 Identity = 499/553 (90.24%), Postives = 526/553 (95.12%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. NCBI nr
Match: KAA0039490.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK15245.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1037.3 bits (2681), Expect = 7.1e-299 Identity = 493/553 (89.15%), Postives = 525/553 (94.94%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FK33 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H58 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 772.7 bits (1994), Expect = 4.3e-222 Identity = 359/554 (64.80%), Postives = 446/554 (80.51%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SY02 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H24 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 533.5 bits (1373), Expect = 4.3e-150 Identity = 287/809 (35.48%), Postives = 446/809 (55.13%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9S7F4 (Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H36 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 530.0 bits (1364), Expect = 4.8e-149 Identity = 283/775 (36.52%), Postives = 447/775 (57.68%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9M1V3 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H83 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 521.2 bits (1341), Expect = 2.2e-146 Identity = 273/885 (30.85%), Postives = 481/885 (54.35%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZUW3 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H60 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 517.7 bits (1332), Expect = 2.5e-145 Identity = 283/839 (33.73%), Postives = 467/839 (55.66%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1BWH3 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111006324 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1135.9 bits (2937), Expect = 0.0e+00 Identity = 549/552 (99.46%), Postives = 550/552 (99.64%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KXD9 (DYW_deaminase domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G636580 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1047.3 bits (2707), Expect = 3.3e-302 Identity = 499/553 (90.24%), Postives = 526/553 (95.12%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T8C6 (Pentatricopeptide repeat-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold892G00190 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1037.3 bits (2681), Expect = 3.4e-299 Identity = 493/553 (89.15%), Postives = 525/553 (94.94%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C9W7 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103498490 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1036.2 bits (2678), Expect = 7.6e-299 Identity = 492/553 (88.97%), Postives = 525/553 (94.94%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JGW0 (pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111486894 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1022.3 bits (2642), Expect = 1.1e-294 Identity = 506/661 (76.55%), Postives = 554/661 (83.81%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. TAIR 10
Match: AT5G50390.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein ) HSP 1 Score: 772.7 bits (1994), Expect = 3.0e-223 Identity = 359/554 (64.80%), Postives = 446/554 (80.51%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. TAIR 10
Match: AT4G02750.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 533.5 bits (1373), Expect = 3.1e-151 Identity = 287/809 (35.48%), Postives = 446/809 (55.13%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. TAIR 10
Match: AT3G02010.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 530.0 bits (1364), Expect = 3.4e-150 Identity = 283/775 (36.52%), Postives = 447/775 (57.68%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. TAIR 10
Match: AT2G27610.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 517.7 bits (1332), Expect = 1.8e-146 Identity = 283/839 (33.73%), Postives = 467/839 (55.66%), Query Frame = 0
BLAST of MS003226 vs. TAIR 10
Match: AT5G09950.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 514.2 bits (1323), Expect = 1.9e-145 Identity = 292/896 (32.59%), Postives = 482/896 (53.79%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bitter gourd (TR) v1
Date Performed: 2021-10-25 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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