MS001268 (gene) Bitter gourd (TR) v1

Overview


Name	MS001268
Type	gene
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	Pentatricopeptide repeat-containing protein
Location	scaffold36: 2774890 .. 2846979 (+)
RNA-Seq Expression	MS001268
Synteny	MS001268

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSpolypeptide

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ATTTGGAACCTGATAATTGATTGTTATGGAAGGTATGGAGATCTGAGCAATGCATTGTTCATCAGGGATCAGATGTTGGCTACCGGTGTGCTACCAAATGTATTTACTTATAATGCGTTGATTCATGCACAAGTTAAAGGAGGGAACATATTTAATGCTTATTCTCTGAAAAAGGATATGCTCTTGTTGGGTCTTTTACCTGACGTCGTTACTTATAATTTATTAGTAAGTGGCGCGTGTAAGCGTGGACAGATTCGTTTTGCCCTTCAATTATACGATGAGATGCTGAGAAAGGGATACGAACCAGATAAGATAACATACACAGAACTAATAAGAGGTCACTGTATGTGTGGTGACATGAAGGAGGCAGAAGATCTATTTATCAAGTTACATAAATCTGGCATGACCCATAATGTATGTTCATATACTGCTTTGCTTTATGGATTTGGAAGGGAATGTTTGTGGGTTGATCTTTATCGTTGTTTGGATCAAATGAGAAGTGATGGATGTAAGCCCAATGTCATTACTTACACAGTTATTGTTAAGTTTCTTTGTGATGATGGGAGGATTGGTGAAGCATTTGAAATCTTGAAATTCATGGAGAGGGAGGGATGTGATCCAGACTTGGTAACTTATAATGTAATAATCCGTGCACTTTGCCTTCACGATAGAGCATACGATGTTGCTGAGCTTTTGCAGGTGATTCATAACAGAGGGTTTTCTCCTGATGCATATACATATTCTGCTTTGTCTGGAGGGATAATGAAAGTAGGAAAGTCACAGATTGCTTACGAGTTATTGTGTTATGTGTTTTCAAAGAACTGTACCGTTGACATTGTTGTATACAATATTTACTTCCATTGCTTGTGTCAAAATAGTAGGTCAAGAGAAGCATTATCACTGTTGAATAGGATGACAGGAGGAGGTATTGTTCCTACTATTGTGTCATATAATACAATTTTAAGGGGCTTTTGTAAATACTATAAAGTTGAATATGCTTTGAAGCTCTTCGAATATTTCGAGTGGCCCAAGAGCGGACCAGACGTAGTTTCATTCAATACTGTTCTCTCTGCCGCATGCAAGCAAGGGGATTTTGTTCTAATTCAGAGGGTTTTGCATTACATGGAATATAGAGGTGTCGAGCCAGATGTAATAAGCTTGACTTGTTTGGTTCATTACTTGTCTACGATGGGGAGATTTTCGGAATCCTTGAGATTATTGGAATTCATG

Protein sequence

IWNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDMLLLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMKEAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM

Homology

[Close]

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr
Match: XP_022131368.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 612.5 bits (1578), Expect = 2.7e-171
Identity = 304/409 (74.33%), Postives = 331/409 (80.93%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++     G L +A F  ++M  +G+ P+    +  +   +K GN+ ++  + + ML
Sbjct: 122 FNILLNGLLSLGFLRDAYFFVEEMTKSGINPSFTFLSKWLKKSLKSGNLVDSIWIFEFML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +    +L K        +  +I   C  G   
Sbjct: 182 RLDHLPTEPTLAMFICLLCKSKMLEEASRFCAALLSKNLTFQAYVFNPIIWALCKSGKSF 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K GMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDG KPNVITYTVIV
Sbjct: 242 LALQLFYMMKKKGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGFKPNVITYTVIV 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL
Sbjct: 362 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           LNRM GGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK
Sbjct: 422 LNRMAGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
           QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM
Sbjct: 482 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr
Match: XP_038884343.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isoform X2 [Benincasa hispida] >XP_038884344.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isoform X2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 535.0 bits (1377), Expect = 5.6e-148
Identity = 260/409 (63.57%), Postives = 311/409 (76.04%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++     G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+   +K G++ ++  + K ML
Sbjct: 69  FNILLNGLMSLGYLRDAYFFAEEMSKSGINPSFTSLSKLLKISMKSGSLVHSIWIFKLML 128

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + V   CK G +  A  L   +L K +      +  ++   C CG   
Sbjct: 129 RLNHLPTEPTLAMFVCMLCKAGMLEEAFSLCAAILSKSFNFQAYVFNPVLWALCKCGKSF 188

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A   F  + K GMTHNVCSYTALLYGFGRE LWV LY CLDQMRSDGCKPNVITYTVI+
Sbjct: 189 IALQFFYMMKKKGMTHNVCSYTALLYGFGRERLWVHLYCCLDQMRSDGCKPNVITYTVII 248

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRIGEAF  LK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCLHD+AYD AE+LQVIH+RGFS
Sbjct: 249 KFLCDDGRIGEAFYFLKLMEGEGCDPDLVTYNIIIRALCLHDKAYDAAEILQVIHHRGFS 308

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PDAYTY+AL+GGIMKVGKS IAYELLC VFS+NCTVD+VVYNIY HCLCQN+RSREALSL
Sbjct: 309 PDAYTYTALAGGIMKVGKSDIAYELLCNVFSRNCTVDVVVYNIYLHCLCQNTRSREALSL 368

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  M  GGI PT VSYNT+LRGFC+ +K+E+ALKL E FEW +SGPDV+SFNTVLSAACK
Sbjct: 369 LKSMKEGGIAPTTVSYNTVLRGFCRDHKLEHALKLLECFEWLESGPDVISFNTVLSAACK 428

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            G+ VLI+RVLH ME+RGVEPDVISLTCLV YLSTMGR+SE L+LLE+M
Sbjct: 429 LGNLVLIRRVLHCMEFRGVEPDVISLTCLVQYLSTMGRYSECLKLLEYM 477

[Close]

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr
Match: XP_038884341.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038884342.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isoform X1 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 535.0 bits (1377), Expect = 5.6e-148
Identity = 260/409 (63.57%), Postives = 311/409 (76.04%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++     G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+   +K G++ ++  + K ML
Sbjct: 122 FNILLNGLMSLGYLRDAYFFAEEMSKSGINPSFTSLSKLLKISMKSGSLVHSIWIFKLML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + V   CK G +  A  L   +L K +      +  ++   C CG   
Sbjct: 182 RLNHLPTEPTLAMFVCMLCKAGMLEEAFSLCAAILSKSFNFQAYVFNPVLWALCKCGKSF 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A   F  + K GMTHNVCSYTALLYGFGRE LWV LY CLDQMRSDGCKPNVITYTVI+
Sbjct: 242 IALQFFYMMKKKGMTHNVCSYTALLYGFGRERLWVHLYCCLDQMRSDGCKPNVITYTVII 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRIGEAF  LK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCLHD+AYD AE+LQVIH+RGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIGEAFYFLKLMEGEGCDPDLVTYNIIIRALCLHDKAYDAAEILQVIHHRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PDAYTY+AL+GGIMKVGKS IAYELLC VFS+NCTVD+VVYNIY HCLCQN+RSREALSL
Sbjct: 362 PDAYTYTALAGGIMKVGKSDIAYELLCNVFSRNCTVDVVVYNIYLHCLCQNTRSREALSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  M  GGI PT VSYNT+LRGFC+ +K+E+ALKL E FEW +SGPDV+SFNTVLSAACK
Sbjct: 422 LKSMKEGGIAPTTVSYNTVLRGFCRDHKLEHALKLLECFEWLESGPDVISFNTVLSAACK 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            G+ VLI+RVLH ME+RGVEPDVISLTCLV YLSTMGR+SE L+LLE+M
Sbjct: 482 LGNLVLIRRVLHCMEFRGVEPDVISLTCLVQYLSTMGRYSECLKLLEYM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr
Match: XP_023522455.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62914, mitochondrial-like isoform X3 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023522456.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62914, mitochondrial-like isoform X3 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 520.4 bits (1339), Expect = 1.4e-143
Identity = 251/409 (61.37%), Postives = 313/409 (76.53%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++ +   G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+ + +K GN+ ++  + K ML
Sbjct: 69  FNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSGNLVDSIWIFKFML 128

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +   +++ K        +  ++   C CG+  
Sbjct: 129 RLDHLPTEPTVAMFICMLCKARMLEEAYRFCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGNSS 188

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFGRECLWVDLY  LDQMRSDGCKPNV+TYTVI+
Sbjct: 189 LALQLFYMMKKNGIAHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYSFLDQMRSDGCKPNVVTYTVII 248

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCL+DRA DV ELLQ+IH+RGFS
Sbjct: 249 KFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLVTYNIIIRALCLYDRACDVVELLQLIHHRGFS 308

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  VF++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SL
Sbjct: 309 PDPYTYAALAGGIMKVGKTEIAYELLRKVFTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSL 368

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAAC+
Sbjct: 369 LKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEIQHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACE 428

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            GD VLIQRVL YME RGVEPDV SLTCLV YLST+GR+SE  RLL++M
Sbjct: 429 LGDLVLIQRVLQYMECRGVEPDVRSLTCLVRYLSTVGRYSECWRLLDYM 477

[Close]

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr
Match: XP_023522453.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64583, mitochondrial-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 520.4 bits (1339), Expect = 1.4e-143
Identity = 251/409 (61.37%), Postives = 313/409 (76.53%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++ +   G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+ + +K GN+ ++  + K ML
Sbjct: 122 FNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSGNLVDSIWIFKFML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +   +++ K        +  ++   C CG+  
Sbjct: 182 RLDHLPTEPTVAMFICMLCKARMLEEAYRFCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGNSS 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFGRECLWVDLY  LDQMRSDGCKPNV+TYTVI+
Sbjct: 242 LALQLFYMMKKNGIAHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYSFLDQMRSDGCKPNVVTYTVII 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCL+DRA DV ELLQ+IH+RGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLVTYNIIIRALCLYDRACDVVELLQLIHHRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  VF++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SL
Sbjct: 362 PDPYTYAALAGGIMKVGKTEIAYELLRKVFTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAAC+
Sbjct: 422 LKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEIQHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACE 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            GD VLIQRVL YME RGVEPDV SLTCLV YLST+GR+SE  RLL++M
Sbjct: 482 LGDLVLIQRVLQYMECRGVEPDVRSLTCLVRYLSTVGRYSECWRLLDYM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q3EDF8 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g09900 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 232.6 bits (592), Expect = 7.7e-60
Identity = 124/406 (30.54%), Postives = 211/406 (51.97%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++I  Y + G+++NAL + D+M    V P+V TYN ++ +    G +  A  +   ML
Sbjct: 175 YNVMISGYCKAGEINNALSVLDRM---SVSPDVVTYNTILRSLCDSGKLKQAMEVLDRML 234

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
                PDV+TY +L+   C+   +  A++L DEM  +G  PD +TY  L+ G C  G + 
Sbjct: 235 QRDCYPDVITYTILIEATCRDSGVGHAMKLLDEMRDRGCTPDVVTYNVLVNGICKEGRLD 294

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
           EA      +  SG   NV ++  +L        W+D  + L  M   G  P+V+T+ +++
Sbjct: 295 EAIKFLNDMPSSGCQPNVITHNIILRSMCSTGRWMDAEKLLADMLRKGFSPSVVTFNILI 354

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
            FLC  G +G A +IL+ M + GC P+ ++YN ++   C   +     E L+ + +RG  
Sbjct: 355 NFLCRKGLLGRAIDILEKMPQHGCQPNSLSYNPLLHGFCKEKKMDRAIEYLERMVSRGCY 414

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD  TY+ +   + K GK + A E+L  + SK C+  ++ YN     L +  ++ +A+ L
Sbjct: 415 PDIVTYNTMLTALCKDGKVEDAVEILNQLSSKGCSPVLITYNTVIDGLAKAGKTGKAIKL 474

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L+ M    + P  ++Y++++ G  +  KV+ A+K F  FE     P+ V+FN+++   CK
Sbjct: 475 LDEMRAKDLKPDTITYSSLVGGLSREGKVDEAIKFFHEFERMGIRPNAVTFNSIMLGLCK 534

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLL 408
                     L +M  RG +P+  S T L+  L+  G   E+L LL
Sbjct: 535 SRQTDRAIDFLVFMINRGCKPNETSYTILIEGLAYEGMAKEALELL 577

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FLL3 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g41170, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At5g41170 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 227.3 bits (578), Expect = 3.3e-58
Identity = 115/406 (28.33%), Postives = 206/406 (50.74%), Query Frame = 0


Query: 3   NLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDMLL 62
           NL+++C+ +      A     +M+  G  P++ T+ +LI+    G  +  A S+   M+ 
Sbjct: 111 NLLMNCFCQSSQPYLASSFLGKMMKLGFEPDIVTFTSLINGFCLGNRMEEAMSMVNQMVE 170

Query: 63  LGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMKE 122
           +G+ PDVV Y  ++   CK G + +AL L+D+M   G  PD + YT L+ G C  G  ++
Sbjct: 171 MGIKPDVVMYTTIIDSLCKNGHVNYALSLFDQMENYGIRPDVVMYTSLVNGLCNSGRWRD 230

Query: 123 AEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVK 182
           A+ L   + K  +  +V ++ AL+  F +E  ++D     ++M      PN+ TYT ++ 
Sbjct: 231 ADSLLRGMTKRKIKPDVITFNALIDAFVKEGKFLDAEELYNEMIRMSIAPNIFTYTSLIN 290

Query: 183 FLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSP 242
             C +G + EA ++   ME +GC PD+V Y  +I   C   +  D  ++   +  +G + 
Sbjct: 291 GFCMEGCVDEARQMFYLMETKGCFPDVVAYTSLINGFCKCKKVDDAMKIFYEMSQKGLTG 350

Query: 243 DAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLL 302
           +  TY+ L  G  +VGK  +A E+  ++ S+    +I  YN+  HCLC N + ++AL + 
Sbjct: 351 NTITYTTLIQGFGQVGKPNVAQEVFSHMVSRGVPPNIRTYNVLLHCLCYNGKVKKALMIF 410

Query: 303 NRMTG---GGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAA 362
             M      G+ P I +YN +L G C   K+E AL +FE     +    ++++  ++   
Sbjct: 411 EDMQKREMDGVAPNIWTYNVLLHGLCYNGKLEKALMVFEDMRKREMDIGIITYTIIIQGM 470

Query: 363 CKQGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLR 406
           CK G       +   +  +GV+P+V++ T ++      G F E L+
Sbjct: 471 CKAGKVKNAVNLFCSLPSKGVKPNVVTYTTMI-----SGLFREGLK 511

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FMF6 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At5g64320 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 226.5 bits (576), Expect = 5.5e-58
Identity = 124/440 (28.18%), Postives = 217/440 (49.32%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           + +++  +    ++ +AL +   M   G +PN   Y  LIH+  K   +  A  L ++M 
Sbjct: 220 FGVVMKAFCAVNEIDSALSLLRDMTKHGCVPNSVIYQTLIHSLSKCNRVNEALQLLEEMF 279

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
           L+G +PD  T+N ++ G CK  +I  A ++ + ML +G+ PD ITY  L+ G C  G + 
Sbjct: 280 LMGCVPDAETFNDVILGLCKFDRINEAAKMVNRMLIRGFAPDDITYGYLMNGLCKIGRVD 339

Query: 122 EAEDLFIKLHKS--------------------------------GMTHNVCSYTALLYGF 181
            A+DLF ++ K                                 G+  +VC+Y +L+YG+
Sbjct: 340 AAKDLFYRIPKPEIVIFNTLIHGFVTHGRLDDAKAVLSDMVTSYGIVPDVCTYNSLIYGY 399

Query: 182 GRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDL 241
            +E L       L  MR+ GCKPNV +YT++V   C  G+I EA+ +L  M  +G  P+ 
Sbjct: 400 WKEGLVGLALEVLHDMRNKGCKPNVYSYTILVDGFCKLGKIDEAYNVLNEMSADGLKPNT 459

Query: 242 VTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCY 301
           V +N +I A C   R  +  E+ + +  +G  PD YT+++L  G+ +V + + A  LL  
Sbjct: 460 VGFNCLISAFCKEHRIPEAVEIFREMPRKGCKPDVYTFNSLISGLCEVDEIKHALWLLRD 519

Query: 302 VFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYK 361
           + S+    + V YN   +   +    +EA  L+N M   G     ++YN++++G C+  +
Sbjct: 520 MISEGVVANTVTYNTLINAFLRRGEIKEARKLVNEMVFQGSPLDEITYNSLIKGLCRAGE 579

Query: 362 VEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQGDFVLIQRVLHY---MEYRGVEPDVIS 407
           V+ A  LFE        P  +S N +++  C+ G   +++  + +   M  RG  PD+++
Sbjct: 580 VDKARSLFEKMLRDGHAPSNISCNILINGLCRSG---MVEEAVEFQKEMVLRGSTPDIVT 639

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LFF1 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=MEE40 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 216.9 bits (551), Expect = 4.4e-55
Identity = 118/404 (29.21%), Postives = 199/404 (49.26%), Query Frame = 0


Query: 5   IIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDMLLL- 64
           ++  Y   GDL  AL IR+QM+  G   +  + N ++H   K G + +A +  ++M    
Sbjct: 230 VMQGYIEEGDLDGALRIREQMVEFGCSWSNVSVNVIVHGFCKEGRVEDALNFIQEMSNQD 289

Query: 65  GLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMKEA 124
           G  PD  T+N LV+G CK G ++ A+++ D ML++GY+PD  TY  +I G C  G++KEA
Sbjct: 290 GFFPDQYTFNTLVNGLCKAGHVKHAIEIMDVMLQEGYDPDVYTYNSVISGLCKLGEVKEA 349

Query: 125 EDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKF 184
            ++                                   LDQM +  C PN +TY  ++  
Sbjct: 350 VEV-----------------------------------LDQMITRDCSPNTVTYNTLIST 409

Query: 185 LCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPD 244
           LC + ++ EA E+ + +  +G  PD+ T+N +I+ LCL        EL + + ++G  PD
Sbjct: 410 LCKENQVEEATELARVLTSKGILPDVCTFNSLIQGLCLTRNHRVAMELFEEMRSKGCEPD 469

Query: 245 AYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLN 304
            +TY+ L   +   GK   A  +L  +    C   ++ YN      C+ +++REA  + +
Sbjct: 470 EFTYNMLIDSLCSKGKLDEALNMLKQMELSGCARSVITYNTLIDGFCKANKTREAEEIFD 529

Query: 305 RMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQG 364
            M   G+    V+YNT++ G CK  +VE A +L +        PD  ++N++L+  C+ G
Sbjct: 530 EMEVHGVSRNSVTYNTLIDGLCKSRRVEDAAQLMDQMIMEGQKPDKYTYNSLLTHFCRGG 589

Query: 365 DFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLL 408
           D      ++  M   G EPD+++   L+  L   GR   + +LL
Sbjct: 590 DIKKAADIVQAMTSNGCEPDIVTYGTLISGLCKAGRVEVASKLL 598

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SI78 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g62720 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 213.8 bits (543), Expect = 3.7e-54
Identity = 119/381 (31.23%), Postives = 192/381 (50.39%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++I+C  R      AL +  +M+  G  P+V T ++LI+   +G  +F+A  L   M 
Sbjct: 107 YNIVINCLCRCSRFVIALSVVGKMMKFGYEPDVVTVSSLINGFCQGNRVFDAIDLVSKME 166

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            +G  PDVV YN ++ G+CK G +  A++L+D M R G   D +TY  L+ G C  G   
Sbjct: 167 EMGFRPDVVIYNTIIDGSCKIGLVNDAVELFDRMERDGVRADAVTYNSLVAGLCCSGRWS 226

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
           +A  L   +    +  NV ++TA++  F +E  + +  +  ++M      P+V TY  ++
Sbjct: 227 DAARLMRDMVMRDIVPNVITFTAVIDVFVKEGKFSEAMKLYEEMTRRCVDPDVFTYNSLI 286

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
             LC  GR+ EA ++L  M  +GC PD+VTYN +I   C   R  +  +L + +  RG  
Sbjct: 287 NGLCMHGRVDEAKQMLDLMVTKGCLPDVVTYNTLINGFCKSKRVDEGTKLFREMAQRGLV 346

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
            D  TY+ +  G  + G+   A E+   + S+    +I  Y+I  + LC N R  +AL L
Sbjct: 347 GDTITYNTIIQGYFQAGRPDAAQEIFSRMDSR---PNIRTYSILLYGLCMNWRVEKALVL 406

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
              M    I   I +YN ++ G CK   VE A  LF         PDVVS+ T++S  C+
Sbjct: 407 FENMQKSEIELDITTYNIVIHGMCKIGNVEDAWDLFRSLSCKGLKPDVVSYTTMISGFCR 466

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEP 383
           +  +     +   M+  G+ P
Sbjct: 467 KRQWDKSDLLYRKMQEDGLLP 484

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1BT58 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111004610 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 612.5 bits (1578), Expect = 1.3e-171
Identity = 304/409 (74.33%), Postives = 331/409 (80.93%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++     G L +A F  ++M  +G+ P+    +  +   +K GN+ ++  + + ML
Sbjct: 122 FNILLNGLLSLGFLRDAYFFVEEMTKSGINPSFTFLSKWLKKSLKSGNLVDSIWIFEFML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +    +L K        +  +I   C  G   
Sbjct: 182 RLDHLPTEPTLAMFICLLCKSKMLEEASRFCAALLSKNLTFQAYVFNPIIWALCKSGKSF 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K GMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDG KPNVITYTVIV
Sbjct: 242 LALQLFYMMKKKGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGFKPNVITYTVIV 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL
Sbjct: 362 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           LNRM GGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK
Sbjct: 422 LNRMAGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
           QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM
Sbjct: 482 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KPX6 (pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111496160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 520.0 bits (1338), Expect = 9.0e-144
Identity = 252/409 (61.61%), Postives = 311/409 (76.04%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++ +   G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+ + +K GN+ ++  + K ML
Sbjct: 122 FNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSGNLVDSIWIFKFML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +   +++ K        +  ++   C CG   
Sbjct: 182 RLDHLPTEPTVAMFICMLCKARMLEEAYRFCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGKSS 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFGRECLWVDLY  LDQMRSDGCKPNV+TYTVI+
Sbjct: 242 LALQLFYMMKKNGIAHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYSFLDQMRSDGCKPNVVTYTVII 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCL+DRA DV ELLQ+IH RGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLVTYNIIIRALCLYDRACDVLELLQLIHRRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  VF++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SL
Sbjct: 362 PDPYTYAALAGGIMKVGKTKIAYELLRKVFTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAACK
Sbjct: 422 LKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEIQHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACK 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            GD VLIQRVL YME +GVEPDV SLTCLV YLST+GR+SE  RLLE+M
Sbjct: 482 LGDLVLIQRVLQYMECKGVEPDVRSLTCLVRYLSTVGRYSECWRLLEYM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GI38 (putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111454134 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 516.9 bits (1330), Expect = 7.6e-143
Identity = 249/409 (60.88%), Postives = 310/409 (75.79%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++++ +   G L +A F  ++M  +G+ P+  + + L+ + +K GN+ ++  + K ML
Sbjct: 122 FNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSGNVVDSIWIFKFML 181

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            L  LP   T  + +   CK   +  A +   +++ K        +  ++   C CG+  
Sbjct: 182 RLDHLPTEPTVAMFICMLCKARMLEEAYRFCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGNSS 241

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
            A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFGRECLWVDLY  L QMRSDGCKPNV+TYTVI+
Sbjct: 242 LALQLFYMMKKNGIPHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYSFLHQMRSDGCKPNVVTYTVII 301

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
           KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLVTYN+IIRALCL+DR  DV ELLQ++H RGFS
Sbjct: 302 KFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLVTYNIIIRALCLYDRTCDVVELLQLVHRRGFS 361

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  VF++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SL
Sbjct: 362 PDPYTYAALAGGIMKVGKTEIAYELLRKVFTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSL 421

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAACK
Sbjct: 422 LKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEIQHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACK 481

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLLEFM 411
            GD VLIQRVL YME +GVEPDV SLTCLV YLST+GR+SE  RLLE+M
Sbjct: 482 LGDLVLIQRVLQYMECKGVEPDVRSLTCLVRYLSTVGRYSECWRLLEYM 530

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KNF9 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64583, mitochondrial-like isoform X2 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111496160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 511.5 bits (1316), Expect = 3.2e-141
Identity = 259/440 (58.86%), Postives = 307/440 (69.77%), Query Frame = 0


Query: 9   YGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIF--NAYSLKKDMLLLGLL 68
           Y   GDL  AL   + M      P+++ YNAL H  +  GN+       +   M   G  
Sbjct: 57  YAASGDLPEALETLNFMKNVAGKPSIYDYNALFHRYLSSGNVSLEQLVQVYIGMKNFGPS 116

Query: 69  PDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGH------------ 128
           P+  T+N+L++G    G +R A    +EM + G  P   + ++L++              
Sbjct: 117 PNRTTFNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSARMLEEAYR 176

Query: 129 ------------------------CMCGDMKEAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFG 188
                                   C CG    A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFG
Sbjct: 177 FCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGKSSLALQLFYMMKKNGIAHNVCSYTALLYGFG 236

Query: 189 RECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLV 248
           RECLWVDLY  LDQMRSDGCKPNV+TYTVI+KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLV
Sbjct: 237 RECLWVDLYSFLDQMRSDGCKPNVVTYTVIIKFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLV 296

Query: 249 TYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYV 308
           TYN+IIRALCL+DRA DV ELLQ+IH RGFSPD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  V
Sbjct: 297 TYNIIIRALCLYDRACDVLELLQLIHRRGFSPDPYTYAALAGGIMKVGKTKIAYELLRKV 356

Query: 309 FSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKV 368
           F++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SLL  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++
Sbjct: 357 FTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSLLKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEI 416

Query: 369 EYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCL 411
           ++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAACK GD VLIQRVL YME +GVEPDV SLTCL
Sbjct: 417 QHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACKLGDLVLIQRVLQYMECKGVEPDVRSLTCL 476

[Close]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GI66 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111454134 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 508.4 bits (1308), Expect = 2.7e-140
Identity = 257/440 (58.41%), Postives = 306/440 (69.55%), Query Frame = 0


Query: 9   YGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIF--NAYSLKKDMLLLGLL 68
           Y   GDL  AL   + M      P+V+ YNAL H  +  GN+       +   M   G  
Sbjct: 57  YAASGDLPEALETLNFMKNVAGKPSVYDYNALFHRYLSSGNVSLEQLVQVYIGMKNFGPS 116

Query: 69  PDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGH------------ 128
           P+  T+N+L++G    G +R A    +EM + G  P   + ++L++              
Sbjct: 117 PNRTTFNILLNGFLSLGYLRDAYFFAEEMTKSGMNPSFTSLSKLLKSSMKSARMLEEAYR 176

Query: 129 ------------------------CMCGDMKEAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFG 188
                                   C CG+   A  LF  + K+G+ HNVCSYTALLYGFG
Sbjct: 177 FCAKLISKNLNFQAYVFNPVLWALCKCGNSSLALQLFYMMKKNGIPHNVCSYTALLYGFG 236

Query: 189 RECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLV 248
           RECLWVDLY  L QMRSDGCKPNV+TYTVI+KFLCDDGRI EAFEILK ME EGCDPDLV
Sbjct: 237 RECLWVDLYSFLHQMRSDGCKPNVVTYTVIIKFLCDDGRIVEAFEILKSMEIEGCDPDLV 296

Query: 249 TYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYV 308
           TYN+IIRALCL+DR  DV ELLQ++H RGFSPD YTY+AL+GGIMKVGK++IAYELL  V
Sbjct: 297 TYNIIIRALCLYDRTCDVVELLQLVHRRGFSPDPYTYAALAGGIMKVGKTEIAYELLRKV 356

Query: 309 FSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKV 368
           F++NCTVD+VVYNIYFHCLC+N+RSREA SLL  MT GGIVPT VSYNT+LRGFC+  ++
Sbjct: 357 FTRNCTVDVVVYNIYFHCLCRNNRSREAFSLLKSMTKGGIVPTTVSYNTVLRGFCRDNEI 416

Query: 369 EYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCL 411
           ++ALKL E FEWP+SGPDVVSFNTVLSAACK GD VLIQRVL YME +GVEPDV SLTCL
Sbjct: 417 QHALKLLECFEWPESGPDVVSFNTVLSAACKLGDLVLIQRVLQYMECKGVEPDVRSLTCL 476

[Close]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10
Match: AT1G09900.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein )

HSP 1 Score: 232.6 bits (592), Expect = 5.5e-61
Identity = 124/406 (30.54%), Postives = 211/406 (51.97%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++I  Y + G+++NAL + D+M    V P+V TYN ++ +    G +  A  +   ML
Sbjct: 175 YNVMISGYCKAGEINNALSVLDRM---SVSPDVVTYNTILRSLCDSGKLKQAMEVLDRML 234

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
                PDV+TY +L+   C+   +  A++L DEM  +G  PD +TY  L+ G C  G + 
Sbjct: 235 QRDCYPDVITYTILIEATCRDSGVGHAMKLLDEMRDRGCTPDVVTYNVLVNGICKEGRLD 294

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
           EA      +  SG   NV ++  +L        W+D  + L  M   G  P+V+T+ +++
Sbjct: 295 EAIKFLNDMPSSGCQPNVITHNIILRSMCSTGRWMDAEKLLADMLRKGFSPSVVTFNILI 354

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
            FLC  G +G A +IL+ M + GC P+ ++YN ++   C   +     E L+ + +RG  
Sbjct: 355 NFLCRKGLLGRAIDILEKMPQHGCQPNSLSYNPLLHGFCKEKKMDRAIEYLERMVSRGCY 414

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
           PD  TY+ +   + K GK + A E+L  + SK C+  ++ YN     L +  ++ +A+ L
Sbjct: 415 PDIVTYNTMLTALCKDGKVEDAVEILNQLSSKGCSPVLITYNTVIDGLAKAGKTGKAIKL 474

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
           L+ M    + P  ++Y++++ G  +  KV+ A+K F  FE     P+ V+FN+++   CK
Sbjct: 475 LDEMRAKDLKPDTITYSSLVGGLSREGKVDEAIKFFHEFERMGIRPNAVTFNSIMLGLCK 534

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLL 408
                     L +M  RG +P+  S T L+  L+  G   E+L LL
Sbjct: 535 SRQTDRAIDFLVFMINRGCKPNETSYTILIEGLAYEGMAKEALELL 577

[Close]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10
Match: AT5G41170.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein )

HSP 1 Score: 227.3 bits (578), Expect = 2.3e-59
Identity = 115/406 (28.33%), Postives = 206/406 (50.74%), Query Frame = 0


Query: 3   NLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDMLL 62
           NL+++C+ +      A     +M+  G  P++ T+ +LI+    G  +  A S+   M+ 
Sbjct: 111 NLLMNCFCQSSQPYLASSFLGKMMKLGFEPDIVTFTSLINGFCLGNRMEEAMSMVNQMVE 170

Query: 63  LGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMKE 122
           +G+ PDVV Y  ++   CK G + +AL L+D+M   G  PD + YT L+ G C  G  ++
Sbjct: 171 MGIKPDVVMYTTIIDSLCKNGHVNYALSLFDQMENYGIRPDVVMYTSLVNGLCNSGRWRD 230

Query: 123 AEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVK 182
           A+ L   + K  +  +V ++ AL+  F +E  ++D     ++M      PN+ TYT ++ 
Sbjct: 231 ADSLLRGMTKRKIKPDVITFNALIDAFVKEGKFLDAEELYNEMIRMSIAPNIFTYTSLIN 290

Query: 183 FLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSP 242
             C +G + EA ++   ME +GC PD+V Y  +I   C   +  D  ++   +  +G + 
Sbjct: 291 GFCMEGCVDEARQMFYLMETKGCFPDVVAYTSLINGFCKCKKVDDAMKIFYEMSQKGLTG 350

Query: 243 DAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLL 302
           +  TY+ L  G  +VGK  +A E+  ++ S+    +I  YN+  HCLC N + ++AL + 
Sbjct: 351 NTITYTTLIQGFGQVGKPNVAQEVFSHMVSRGVPPNIRTYNVLLHCLCYNGKVKKALMIF 410

Query: 303 NRMTG---GGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAA 362
             M      G+ P I +YN +L G C   K+E AL +FE     +    ++++  ++   
Sbjct: 411 EDMQKREMDGVAPNIWTYNVLLHGLCYNGKLEKALMVFEDMRKREMDIGIITYTIIIQGM 470

Query: 363 CKQGDFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLR 406
           CK G       +   +  +GV+P+V++ T ++      G F E L+
Sbjct: 471 CKAGKVKNAVNLFCSLPSKGVKPNVVTYTTMI-----SGLFREGLK 511

[Close]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10
Match: AT5G64320.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein )

HSP 1 Score: 226.5 bits (576), Expect = 3.9e-59
Identity = 124/440 (28.18%), Postives = 217/440 (49.32%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           + +++  +    ++ +AL +   M   G +PN   Y  LIH+  K   +  A  L ++M 
Sbjct: 220 FGVVMKAFCAVNEIDSALSLLRDMTKHGCVPNSVIYQTLIHSLSKCNRVNEALQLLEEMF 279

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
           L+G +PD  T+N ++ G CK  +I  A ++ + ML +G+ PD ITY  L+ G C  G + 
Sbjct: 280 LMGCVPDAETFNDVILGLCKFDRINEAAKMVNRMLIRGFAPDDITYGYLMNGLCKIGRVD 339

Query: 122 EAEDLFIKLHKS--------------------------------GMTHNVCSYTALLYGF 181
            A+DLF ++ K                                 G+  +VC+Y +L+YG+
Sbjct: 340 AAKDLFYRIPKPEIVIFNTLIHGFVTHGRLDDAKAVLSDMVTSYGIVPDVCTYNSLIYGY 399

Query: 182 GRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDL 241
            +E L       L  MR+ GCKPNV +YT++V   C  G+I EA+ +L  M  +G  P+ 
Sbjct: 400 WKEGLVGLALEVLHDMRNKGCKPNVYSYTILVDGFCKLGKIDEAYNVLNEMSADGLKPNT 459

Query: 242 VTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCY 301
           V +N +I A C   R  +  E+ + +  +G  PD YT+++L  G+ +V + + A  LL  
Sbjct: 460 VGFNCLISAFCKEHRIPEAVEIFREMPRKGCKPDVYTFNSLISGLCEVDEIKHALWLLRD 519

Query: 302 VFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYK 361
           + S+    + V YN   +   +    +EA  L+N M   G     ++YN++++G C+  +
Sbjct: 520 MISEGVVANTVTYNTLINAFLRRGEIKEARKLVNEMVFQGSPLDEITYNSLIKGLCRAGE 579

Query: 362 VEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQGDFVLIQRVLHY---MEYRGVEPDVIS 407
           V+ A  LFE        P  +S N +++  C+ G   +++  + +   M  RG  PD+++
Sbjct: 580 VDKARSLFEKMLRDGHAPSNISCNILINGLCRSG---MVEEAVEFQKEMVLRGSTPDIVT 639

[Close]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10
Match: AT3G53700.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein )

HSP 1 Score: 216.9 bits (551), Expect = 3.1e-56
Identity = 118/404 (29.21%), Postives = 199/404 (49.26%), Query Frame = 0


Query: 5   IIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDMLLL- 64
           ++  Y   GDL  AL IR+QM+  G   +  + N ++H   K G + +A +  ++M    
Sbjct: 230 VMQGYIEEGDLDGALRIREQMVEFGCSWSNVSVNVIVHGFCKEGRVEDALNFIQEMSNQD 289

Query: 65  GLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMKEA 124
           G  PD  T+N LV+G CK G ++ A+++ D ML++GY+PD  TY  +I G C  G++KEA
Sbjct: 290 GFFPDQYTFNTLVNGLCKAGHVKHAIEIMDVMLQEGYDPDVYTYNSVISGLCKLGEVKEA 349

Query: 125 EDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIVKF 184
            ++                                   LDQM +  C PN +TY  ++  
Sbjct: 350 VEV-----------------------------------LDQMITRDCSPNTVTYNTLIST 409

Query: 185 LCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFSPD 244
           LC + ++ EA E+ + +  +G  PD+ T+N +I+ LCL        EL + + ++G  PD
Sbjct: 410 LCKENQVEEATELARVLTSKGILPDVCTFNSLIQGLCLTRNHRVAMELFEEMRSKGCEPD 469

Query: 245 AYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSLLN 304
            +TY+ L   +   GK   A  +L  +    C   ++ YN      C+ +++REA  + +
Sbjct: 470 EFTYNMLIDSLCSKGKLDEALNMLKQMELSGCARSVITYNTLIDGFCKANKTREAEEIFD 529

Query: 305 RMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACKQG 364
            M   G+    V+YNT++ G CK  +VE A +L +        PD  ++N++L+  C+ G
Sbjct: 530 EMEVHGVSRNSVTYNTLIDGLCKSRRVEDAAQLMDQMIMEGQKPDKYTYNSLLTHFCRGG 589

Query: 365 DFVLIQRVLHYMEYRGVEPDVISLTCLVHYLSTMGRFSESLRLL 408
           D      ++  M   G EPD+++   L+  L   GR   + +LL
Sbjct: 590 DIKKAADIVQAMTSNGCEPDIVTYGTLISGLCKAGRVEVASKLL 598

[Close]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10
Match: AT1G62720.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein )

HSP 1 Score: 213.8 bits (543), Expect = 2.6e-55
Identity = 119/381 (31.23%), Postives = 192/381 (50.39%), Query Frame = 0


Query: 2   WNLIIDCYGRYGDLSNALFIRDQMLATGVLPNVFTYNALIHAQVKGGNIFNAYSLKKDML 61
           +N++I+C  R      AL +  +M+  G  P+V T ++LI+   +G  +F+A  L   M 
Sbjct: 107 YNIVINCLCRCSRFVIALSVVGKMMKFGYEPDVVTVSSLINGFCQGNRVFDAIDLVSKME 166

Query: 62  LLGLLPDVVTYNLLVSGACKRGQIRFALQLYDEMLRKGYEPDKITYTELIRGHCMCGDMK 121
            +G  PDVV YN ++ G+CK G +  A++L+D M R G   D +TY  L+ G C  G   
Sbjct: 167 EMGFRPDVVIYNTIIDGSCKIGLVNDAVELFDRMERDGVRADAVTYNSLVAGLCCSGRWS 226

Query: 122 EAEDLFIKLHKSGMTHNVCSYTALLYGFGRECLWVDLYRCLDQMRSDGCKPNVITYTVIV 181
           +A  L   +    +  NV ++TA++  F +E  + +  +  ++M      P+V TY  ++
Sbjct: 227 DAARLMRDMVMRDIVPNVITFTAVIDVFVKEGKFSEAMKLYEEMTRRCVDPDVFTYNSLI 286

Query: 182 KFLCDDGRIGEAFEILKFMEREGCDPDLVTYNVIIRALCLHDRAYDVAELLQVIHNRGFS 241
             LC  GR+ EA ++L  M  +GC PD+VTYN +I   C   R  +  +L + +  RG  
Sbjct: 287 NGLCMHGRVDEAKQMLDLMVTKGCLPDVVTYNTLINGFCKSKRVDEGTKLFREMAQRGLV 346

Query: 242 PDAYTYSALSGGIMKVGKSQIAYELLCYVFSKNCTVDIVVYNIYFHCLCQNSRSREALSL 301
            D  TY+ +  G  + G+   A E+   + S+    +I  Y+I  + LC N R  +AL L
Sbjct: 347 GDTITYNTIIQGYFQAGRPDAAQEIFSRMDSR---PNIRTYSILLYGLCMNWRVEKALVL 406

Query: 302 LNRMTGGGIVPTIVSYNTILRGFCKYYKVEYALKLFEYFEWPKSGPDVVSFNTVLSAACK 361
              M    I   I +YN ++ G CK   VE A  LF         PDVVS+ T++S  C+
Sbjct: 407 FENMQKSEIELDITTYNIVIHGMCKIGNVEDAWDLFRSLSCKGLKPDVVSYTTMISGFCR 466

Query: 362 QGDFVLIQRVLHYMEYRGVEP 383
           +  +     +   M+  G+ P
Sbjct: 467 KRQWDKSDLLYRKMQEDGLLP 484

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of MS001268 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_022131368.1	2.7e-171	74.33	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like [Momordica charantia]	[more]
XP_038884343.1	5.6e-148	63.57	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isofor...	[more]
XP_038884341.1	5.6e-148	63.57	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isofor...	[more]
XP_023522455.1	1.4e-143	61.37	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62914, mitochondrial-like isofor...	[more]
XP_023522453.1	1.4e-143	61.37	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64583, mitochondrial-like isofor...	[more]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
Q3EDF8	7.7e-60	30.54	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900 OS=Arabidopsis thaliana OX...	[more]
Q9FLL3	3.3e-58	28.33	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g41170, mitochondrial OS=Arabidop...	[more]
Q9FMF6	5.5e-58	28.18	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial OS=Arabidop...	[more]
Q9LFF1	4.4e-55	29.21	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic OS=Arabidop...	[more]
Q9SI78	3.7e-54	31.23	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720 OS=Arabidopsis thaliana OX...	[more]

BLAST of MS001268 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1BT58	1.3e-171	74.33	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like OS=Momordica charanti...	[more]
A0A6J1KPX6	9.0e-144	61.61	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic-like isofor...	[more]
A0A6J1GI38	7.6e-143	60.88	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial is...	[more]
A0A6J1KNF9	3.2e-141	58.86	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64583, mitochondrial-like isofor...	[more]
A0A6J1GI66	2.7e-140	58.41	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like isoform X2 OS=Cucurbi...	[more]

BLAST of MS001268 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT1G09900.1	5.5e-61	30.54	Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein	[more]
AT5G41170.1	2.3e-59	28.33	Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein	[more]
AT5G64320.1	3.9e-59	28.18	Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein	[more]
AT3G53700.1	3.1e-56	29.21	Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein	[more]
AT1G62720.1	2.6e-55	31.23	Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Bitter gourd (TR) v1
Date Performed: 2021-10-25

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR011990	Tetratricopeptide-like helical domain superfamily	GENE3D	1.25.40.10	Tetratricopeptide repeat domain	coord: 271..342 e-value: 1.8E-15 score: 58.9
IPR011990	Tetratricopeptide-like helical domain superfamily	GENE3D	1.25.40.10	Tetratricopeptide repeat domain	coord: 343..410 e-value: 4.0E-12 score: 48.2 coord: 159..270 e-value: 1.7E-29 score: 105.3
IPR011990	Tetratricopeptide-like helical domain superfamily	GENE3D	1.25.40.10	Tetratricopeptide repeat domain	coord: 1..158 e-value: 1.3E-39 score: 138.4
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PFAM	PF13812	PPR_3	coord: 162..218 e-value: 1.0E-11 score: 44.7
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	TIGRFAM	TIGR00756	TIGR00756	coord: 315..338 e-value: 8.1E-4 score: 17.4 coord: 210..244 e-value: 1.3E-4 score: 19.9 coord: 70..103 e-value: 1.6E-9 score: 35.3 coord: 105..137 e-value: 2.3E-5 score: 22.2 coord: 280..313 e-value: 2.6E-6 score: 25.2 coord: 35..69 e-value: 2.2E-4 score: 19.2 coord: 350..384 e-value: 0.0018 score: 16.3 coord: 141..174 e-value: 2.8E-7 score: 28.3 coord: 1..34 e-value: 4.4E-5 score: 21.4 coord: 175..208 e-value: 9.3E-7 score: 26.6
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PFAM	PF13041	PPR_2	coord: 278..326 e-value: 3.8E-12 score: 46.2 coord: 67..115 e-value: 2.2E-16 score: 59.8 coord: 347..392 e-value: 1.1E-9 score: 38.3 coord: 1..43 e-value: 2.0E-7 score: 31.1
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 103..137 score: 10.610596
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 1..32 score: 9.876189
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 278..312 score: 10.862706
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 348..382 score: 10.665402
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 138..172 score: 9.766576
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 173..207 score: 11.849223
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 68..102 score: 13.789372
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 33..67 score: 9.788499
IPR002885	Pentatricopeptide repeat	PROSITE	PS51375	PPR	coord: 208..242 score: 9.996763
None	No IPR available	PANTHER	PTHR47932:SF43	OS04G0475800 PROTEIN	coord: 3..410
None	No IPR available	PANTHER	PTHR47932	ATPASE EXPRESSION PROTEIN 3	coord: 3..410

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
MS001268.1	MS001268.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
molecular_function	GO:0005515	protein binding