MELO3C030744.jh1 (gene) Melon (Harukei-3) v1.41

Overview
NameMELO3C030744.jh1
Typegene
OrganismCucumis melo var. reticulatus cv. Harukei-3 (Melon (Harukei-3) v1.41)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Locationchr04: 11506631 .. 11567188 (+)
RNA-Seq ExpressionMELO3C030744.jh1
SyntenyMELO3C030744.jh1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonstart_codonCDSpolypeptidestop_codon
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ACGCTCAACGGATCCACCTAAACGAAAACACGAAGTTTTTAATCGATAATACTAGTAGAACTCATTTTAAATGGTCCTAAGCAACATCCGTTGACTTACCCAAGGAGACGAAAGCTATCTCCAACCAAGCCTGCCGCGGAACCCGAAAACTTGAACGCCAACTCCTTAATACCTTCAAGGGATAAAAGGTAGGACCAAATCCTATTTCAAATATTCAAACTCGAATCGGATGCAGCAACATTAGGGGATTCATCAAAACAATCCTTACCGAAAACTCACCGTGACCTGGAGTGGAGGAAGGAAGGCTTAGGTGGCTCGGCTCGGCTTGGCCTCGGCTCACAGCTCGGCTCAACTCGGCTCGGCTCGGCTTGGCCTCGGCTCAGCTCGGCTCGGCTCGGCTTAACTCGGCTTGGTTCTCGCTCGGCTCGTGGCTGGCTCGGCTCAACTCGGCTCGGCTCGACTTAATTTGGCTTGGTTCTCGGCTCGGCTCGCGGCTCGCGGCTCGGCTCAACTCGGCTCGCTCGGCTTAATTGGCTTGGTTCTCGGCTCGGCTCGCGGCTCGCGGCTAGCTCGGTTCGCGGCTCGGCTCGCGGCTTGAAACACGGGTCGGATTGATTCGGATTTTCGGGTCGGTTCGGCTTGAAAACGGGCAACCTCAACGACAACTTCGGGCGTCCGACGACGGGGTGAGTCGCGGCTGGGTGGAGTCCGACGGCTGGCTCTGTTCTCAAGCGGCGGAGGACGACGGCTTGACGGCGGACACGGTCAGACGATTTGAAGCCGAGAGGAGATCCGAAACGGACGGGGCCGCGGCGCTCGGACAATGAAGCTGGAGAGTTCGACGGTGTAGACGGCGACGGACGACCACCACGGAGACGGAGACGCGTCGGAGGAAGAGAGATGAAGGCGGCGTCGCTGTCGGATGTTGAAGAGAAGGAAGAAGAAGAAGATGACCGTCGGAAAAAAAATGAAGAAGAAAACTCGAGGGGTGTGCAAGAGAAGAGAAGCGAAATTGGATTGAGGGTGGGGGTGCGCATGGTTTTAGGGTTAAATTTAAAAAAAAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAATAATAATAATAAATAGAATATTATTATATATATATATATATATTAATTTTTAATTATTATAATTAATAATAAAAATATATAAAATATTATTATATTCATATATATATTAACTTTTAAAAATTAATTAATAATAATAATACTAATAATAATAATAATAAAAGAAAATATTAATATTAAAATATATATAAGGATAATAATAAATACTAATAATAATAATAATATAATTACTATTATATTATTATTATATAAATTTACAAATATTAATTCAGAATTTCAGAAATTAGTCCAAAATTTAACATTCCCGAAAAATTATATAAAACAAAAAGAAAAAATTTACCTCGAAAGTTCGGGGCGTTACAGTTAGCCAATTGCTAATTTCATTAATTAAGATACTGAGTTTTCCTTTTATGATTAGGGTCAAGTTAATTGGAGAATTTTTACTCTCAACTAAGGAGTACCTTGTTTGGCTAAAATCTCCAAGTAAGAGATTCTCCTACTAGACCTTCGAACTGAATTTAAGAGACTGCATGTAATTATGATTATGCATTGATGGTAGCTAAAATGCATAACTTGATGATTGATGATGATGACTGATGTTATGTTAATGACCGGTAGTATGTTGTTGATGACTGTTGATGCTGATGTTGATGCATGATATATTAATCACATGATTAAGGACGTTAAGATTAATATTCATGCCATGTTATGATGTTATGTTATGCTACATGCTATGGATAGGGTGTTCTGTTAACTTTGTCTATTAGAGTCGTACCTGCATGAGTGTCCTTCGGGATCACCACCTTTTTAGGACTGCGTAGTCCGACGGGACCGCCAGTCTGACATTGACATAGACATGATTCGAGTGATTCGACGGGATCGCTCGCAGCCCGATTGTCTTAGTGTTTCCTTCGGGTACACTATAGACCAGTTTGTCCTAGGTGTTCCTTTGGGATCACCGAAGACCAGTTATGTTCTTCCGGGATCATTGCACGTGTTCGGGAACGTGCCAGCTCTTGGGTACCTCTTTACAGAACTCTAATGGGAAGTTAACAGACACCTAGCGGGACTAGTAGTAGGTCACTTACTGAGTATATGTTTATACTAACTCTTTCTATGTTTAATATTTCAGGTAAAGGTAAAGGTAGAAAAAAGCTGGCGAGCTACAAAGAAGGATATGTGACATGCCATATGGGGACTCAATTTTGCTTCCGCGTCTATGTTTCAGTGTTTCAGCATTATGTTTTTAATGAAAATGTAGTTTCCCTCGTTTCAAAAAAGTGTCTCTTGTTATTATTTTTTTTAGTAATGACCGTAGCTTAGTATAAAGAGTTGGGTCGTTACTGATATTTTCTTAGTTTAATTTCTTTAATTATAGAAAAAAATGGAAATTAAATGTATATATATATATATATTTATATATTTAATGGTTTGTTAAGTAAAATAAAGAAAAGAAATAAAAGAAAAGATAAAAGGAAAAAAACAAATAAGAAGAAAATTTCACTTTTTCTTTTCTTCTTCTTTCCCTTCACTGCCAAACATTTTTTTTAAGAAACGTTCTCATCCATCTTCCATTCTTTTCCTTCTTCAATTTGCAGAGAACATTTAAGACAGAGTTTGGAAGAAGAAGAGGAATTTTACTAGAATTTTGAGGTTGAAGAAGAGAAGGAGAACTCAAGCAAAGTGTATCCATGGCTGAATCTTGGTTCATTCTGCACATCACTGGTTTTTAATTTGTTTTGAACACTTCAAAAGGAATTAAGAGGTGAGGTTTACATTTACTGAAAGCTAACTCATTTTCAAATAAATTTTATGAAGAAAGTTGGAGCAAATTCTGATATTCATCGGGTGCTTTTTGATGAAGAAAACAGGGCAGTTGGTTTTCACGCGAATTCAGAAGGTCTCTGGTTTTTCTTGTATTTCAGAGGGTATCGGTTGCGTTAGGATCTTTATTTAGTATGGTTGGAAAGCTTATTCAATTTACTACAACTTTCATGATGAAATCGTGAACCAAAAATGACTAAAAATAAGTTAAATTGTAGGGACAAGTTAAACGGGTCGTGTGCACGCGATTCTGGAAGTGGTTCTATTTCGAGGGTTATCTGAGTTTATTCATAGGGAATCAGATTTATATGTCTTCAGGTAAGTTTTAGAGGACCTCAAAATGAAGACTGTGATATAAAGAACACTTATTTTGGTTAAGTATTGAGAAAGGTATAGTCATTTGAAGTTTATGTTAGAAATCTGGAAATTTCAGAGAGTTGTTGAAATAGGATTTTATTTCTTAAGCTTTGTTTTCGTGACCGTCATCTTTGGTACGACATGTTAGGTATATCTTTAGAAAATCAGAATGTTTAGAGTTCTAATACTTGGTTGGATTGTTGGCACGCTGAGAAGAGTTAAACCGAGCTTATAGACCAAGGATCTAACCCAAGACTGTGAGTGACAAAACCAATTTTTAAATATTTTCCATAACTGTTATTTCTGGTTGAATGCGATGAATGTTTATTTCTGAAGCCATGAAAGGTATTTGAATTTCATATTTTCAAGTATACGTTTGGAAACTAGATTTCTTAATGAAATTTATGCTAGCACGTGGATATTAAATGTTTGGAAAGTATTTAAACCACCATGTTTTAAGCAAAGCATGAATTCGTAAGAAGTTTTGTTTTAAGAACTACAATTTTCCATGAAAGCGCCGAGTAAAGTTTGAGCTCTGTGTAAGATTTATAAGCAGACATGTTTTAATATTTTTTTAGATGATTTATGAAATTTTCATTAACTACATGATTGAGATTTGAGCCTGAGGCTAGAGATTACCGTGAGCACCCTGGTTAGATTCCGTTGTTGACGTTGAGTGTACTCCGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGACGGGCCCCACTACGACAAAGACAATGGGAGTGCTGGGTGGGTCCCACTACATCGTAGAGCTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTACCCTACACAACGTAGATTTGTCATGTTAGTTAAAATGCTTCAATATACTTGATATGCCTTGCTAGATTTCAATAACGAACATGCTGAGTATTTGAGAAAGCTATTCTTACTACTACACGTTTACATTTATGACTTGTATAAACAGATTTATATGTGTAAAATTTTTACGTGCTCTTATCTTTAAATTTATAGTTTTAAACTGAGTCACTCACTGAGCTTATTAGCTCACCCTTTTCAAAATGTTTTACCCATTTTCTAGTTAGAGATCGAGTTCCTGTGCCTGATAGACTGCCTTAGTCTACTGAAGCTCCGTTATCGATTGTCAGTACGTGTTTTGAGTTGGGCATAGAGTCTGTTGTGTTATGATGTATATACACCCTTGTATGTTATAGATACTCCACAGTTTGTATAAGCTTTAGAAGCTGCAGTGTGTAAATTTTTTTTGTTGGTTATATTTTGATTAAGGTGTCTTTAGGTTTACTCGTGAAATCAGTTAATTTCGAGGTACACTTCATGTATGTGTTTGACTAACCTAGGATCCGCTGTGTTTTATTGCATGTATAATAGTTTATATAGTAGATTTACAAGTTCGTCACATTAAAGTTTTAAGCAGAGTCGACAGATACAGGTAAAGAAAAGCGTTGTTTGTCGACTTCATGCCATCTTTCGGTCTAAGCTAGCAGGTAGTCCGGAAGGGGGTGTGATAAAAAATGATTGAAAGTAGGTTTCATTTTAAGATCAAATAGGAAGTGAGCAGAAGATGCGAATTTTCTTTACCTATGTTTCGGGAGTTTTCTGTATTAATCCGTGGGGAACCTTGTTTTTATTCCTTCTACTAAGTTATAGAGGGTTTTAAAATAAAGAGATGGATCTATAGTACATTAATTTGGATCACATATTGAGGA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mRNA sequence

ATGGACACGACTAGTGGTAAAAATGTAGAAGAGACTCAAGTATATAAAGATAACAATGAGATCTCGATAAATTATACCATGATAGGAAAAAGGTGGAATAGAATTAATGTAGTTGTGGACAACATTTTTGCGTATAATGTTGCACATAATATCATTCATGAAAATGAGTATTATGAACCTAAATTTGTTGACGAATGTCGTAATAGAAAGGATTGGCCCAAGTGGAAAGAAGTCATCCAAGCAGAACTAAACTCACTCACGAAACGTGAAGTTTTTGGACCTGTAGTTTATACACCTAAAGGTGTAAAACCTGTGGGATTTAAATGGGTATTTGTGCGTAAACGAAATGAAAATAATGAGGTCACTAGATATAAAGCACGACTTGTTGTACAAGGATTCTCTCAAAGACCAGGCATCGATTATGAGGAAACATATTCTTCTGTGGTGTCTTTAGGTTTACTCGTGAAATCAGTTAATTTCGAGAGTCGACAGATACAGGTAAAGAAAAGCGTTGTTTGTCGACTTCATGCCATCTTTCGGTCTAAGCTAGCAGAGACGCTCGGTGATGCTAGCAGCTGTTGTGATGAGTATTCCACAAAGCTGACAGGGAATGGCGAGTGCATTAGAAACTCTGTCTCGTCAATACCAAGGGCATGA

Coding sequence (CDS)

ATGGACACGACTAGTGGTAAAAATGTAGAAGAGACTCAAGTATATAAAGATAACAATGAGATCTCGATAAATTATACCATGATAGGAAAAAGGTGGAATAGAATTAATGTAGTTGTGGACAACATTTTTGCGTATAATGTTGCACATAATATCATTCATGAAAATGAGTATTATGAACCTAAATTTGTTGACGAATGTCGTAATAGAAAGGATTGGCCCAAGTGGAAAGAAGTCATCCAAGCAGAACTAAACTCACTCACGAAACGTGAAGTTTTTGGACCTGTAGTTTATACACCTAAAGGTGTAAAACCTGTGGGATTTAAATGGGTATTTGTGCGTAAACGAAATGAAAATAATGAGGTCACTAGATATAAAGCACGACTTGTTGTACAAGGATTCTCTCAAAGACCAGGCATCGATTATGAGGAAACATATTCTTCTGTGGTGTCTTTAGGTTTACTCGTGAAATCAGTTAATTTCGAGAGTCGACAGATACAGGTAAAGAAAAGCGTTGTTTGTCGACTTCATGCCATCTTTCGGTCTAAGCTAGCAGAGACGCTCGGTGATGCTAGCAGCTGTTGTGATGAGTATTCCACAAAGCTGACAGGGAATGGCGAGTGCATTAGAAACTCTGTCTCGTCAATACCAAGGGCATGA

Protein sequence

MDTTSGKNVEETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSVVSLGLLVKSVNFESRQIQVKKSVVCRLHAIFRSKLAETLGDASSCCDEYSTKLTGNGECIRNSVSSIPRA
Homology
BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. NCBI nr
Match: RVW41110.1 (Copia protein [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 206 bits (523), Expect = 5.76e-63
Identity = 98/140 (70.00%), Postives = 118/140 (84.29%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV  +N EIS++Y   G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 54  EEAQV-PENCEISVSYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVAFDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 113

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWKE IQAELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENN++ RYKARLV
Sbjct: 114 NDWPKWKEAIQAELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNDIIRYKARLV 173

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 174 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 192

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. NCBI nr
Match: RVW43290.1 (Copia protein [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 201 bits (512), Expect = 2.00e-60
Identity = 98/140 (70.00%), Postives = 116/140 (82.86%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV K N EISI+Y   G++W+R N+V++NIFA+ V  +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 131 EEAQVPK-NCEISISYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVTFDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 190

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWK+VIQ ELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRK NENNE+ RYKARLV
Sbjct: 191 NDWPKWKKVIQVELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKCNENNEIIRYKARLV 250

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 251 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 269

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. NCBI nr
Match: RVW57676.1 (Copia protein [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 207 bits (527), Expect = 4.58e-60
Identity = 100/140 (71.43%), Postives = 118/140 (84.29%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV K N EIS++Y   G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 36  EEAQVPK-NCEISVSYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVASDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 95

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWKE IQAELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENNE+ RYKARLV
Sbjct: 96  NDWPKWKEAIQAELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNEIIRYKARLV 155

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 156 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 174

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. NCBI nr
Match: KYP77193.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94, partial [Cajanus cajan])

HSP 1 Score: 207 bits (526), Expect = 1.47e-59
Identity = 113/203 (55.67%), Postives = 140/203 (68.97%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYK--DNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECR 69
           EETQV +  +N EISINY M G RWNR NV +D++FAYN+A N I++ E  EPK +++CR
Sbjct: 285 EETQVPEIIENEEISINYVMNGIRWNRNNVNIDDVFAYNIALNEINDIEDQEPKSINDCR 344

Query: 70  NRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKAR 129
            R DWPKWK+ I+AEL+SL KR+VFGPV+ TPKGVKP+G+KWVFVRKRNEN E+ RYKAR
Sbjct: 345 QRNDWPKWKDAIEAELDSLAKRKVFGPVLRTPKGVKPIGYKWVFVRKRNENGEIVRYKAR 404

Query: 130 LVVQGFSQRPGIDYEETYSSVVSLGL---LVKSVNFESRQIQVKKSVVCRLH----AIFR 189
           LV QGFSQRPGID+EETYS VV       L+  V  E   + +   V   L+    A   
Sbjct: 405 LVAQGFSQRPGIDFEETYSPVVDANTFRYLISLVVHEKLNLHLMDVVTAYLYGSLDADIY 464

Query: 190 SKLAE--TLGDASSCCDEYSTKL 201
            KL E   L D +   ++YS KL
Sbjct: 465 MKLPEGFNLPDDAISREDYSIKL 487

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. NCBI nr
Match: RVW17206.1 (Copia protein [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 195 bits (495), Expect = 1.70e-59
Identity = 90/121 (74.38%), Postives = 106/121 (87.60%), Query Frame = 0

Query: 29  GKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTK 88
           G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R DWPKWKE IQAELNSLTK
Sbjct: 4   GEKWDRNNIVINNIFAFQVASDIIRNDEDPEPRNVEECRHRNDWPKWKEAIQAELNSLTK 63

Query: 89  REVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSV 148
           REVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENNE+ RYKARLV QGFSQRPGIDYEETYS V
Sbjct: 64  REVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNEIIRYKARLVAQGFSQRPGIDYEETYSPV 123

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q94HW2 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RE1 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 3.2e-12
Identity = 44/137 (32.12%), Postives = 77/137 (56.20%), Query Frame = 0

Query: 13   QVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNRKDW 72
            Q+  +NN+  +N   +G R  +  ++  N   Y++A ++  E+   EP+   +    KD 
Sbjct: 914  QIVNNNNQAPLNTHSMGTR-AKAGIIKPNP-KYSLAVSLAAES---EPRTAIQA--LKD- 973

Query: 73   PKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQG 132
             +W+  + +E+N+      +  V   P  V  VG +W+F +K N +  + RYKARLV +G
Sbjct: 974  ERWRNAMGSEINAQIGNHTWDLVPPPPSHVTIVGCRWIFTKKYNSDGSLNRYKARLVAKG 1033

Query: 133  FSQRPGIDYEETYSSVV 150
            ++QRPG+DY ET+S V+
Sbjct: 1034 YNQRPGLDYAETFSPVI 1042

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P10978 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Nicotiana tabacum OX=4097 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 73.2 bits (178), Expect = 4.2e-12
Identity = 42/116 (36.21%), Postives = 68/116 (58.62%), Query Frame = 0

Query: 59  EPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNEN 118
           EP+ + E  +  +  +  + +Q E+ SL K   +  +V  PKG +P+  KWVF  K++ +
Sbjct: 810 EPESLKEVLSHPEKNQLMKAMQEEMESLQKNGTY-KLVELPKGKRPLKCKWVFKLKKDGD 869

Query: 119 NEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSVVSLG------LLVKSVNFESRQIQVK 169
            ++ RYKARLVV+GF Q+ GID++E +S VV +        L  S++ E  Q+ VK
Sbjct: 870 CKLVRYKARLVVKGFEQKKGIDFDEIFSPVVKMTSIRTILSLAASLDLEVEQLDVK 924

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZT94 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RE2 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 7.1e-12
Identity = 30/76 (39.47%), Postives = 49/76 (64.47%), Query Frame = 0

Query: 74   KWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQGF 133
            +W++ + +E+N+      +  V   P  V  VG +W+F +K N +  + RYKARLV +G+
Sbjct: 950  RWRQAMGSEINAQIGNHTWDLVPPPPPSVTIVGCRWIFTKKFNSDGSLNRYKARLVAKGY 1009

Query: 134  SQRPGIDYEETYSSVV 150
            +QRPG+DY ET+S V+
Sbjct: 1010 NQRPGLDYAETFSPVI 1025

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P04146 (Copia protein OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=GIP PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 70.1 bits (170), Expect = 3.5e-11
Identity = 56/175 (32.00%), Postives = 80/175 (45.71%), Query Frame = 0

Query: 33   NRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVF 92
            N +N VV N      AH I ++     P   DE + R D   W+E I  ELN+      +
Sbjct: 874  NSLNKVVLN------AHTIFND----VPNSFDEIQYRDDKSSWEEAINTELNAHKINNTW 933

Query: 93   GPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSVVSLG 152
              +   P+    V  +WVF  K NE     RYKARLV +GF+Q+  IDYEET++ V  + 
Sbjct: 934  -TITKRPENKNIVDSRWVFSVKYNELGNPIRYKARLVARGFTQKYQIDYEETFAPVARIS 993

Query: 153  ------LLVKSVNFESRQIQVKKSVVCRLHAIFRSKLAETLGDASSCCDEYSTKL 202
                   LV   N +  Q+ VK +    L+   + ++   L    SC  +   KL
Sbjct: 994  SFRFILSLVIQYNLKVHQMDVKTAF---LNGTLKEEIYMRLPQGISCNSDNVCKL 1034

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A438E0B4 (Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_113 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 206 bits (523), Expect = 2.79e-63
Identity = 98/140 (70.00%), Postives = 118/140 (84.29%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV  +N EIS++Y   G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 54  EEAQV-PENCEISVSYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVAFDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 113

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWKE IQAELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENN++ RYKARLV
Sbjct: 114 NDWPKWKEAIQAELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNDIIRYKARLV 173

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 174 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 192

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A438E6Q0 (Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_26 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 201 bits (512), Expect = 9.66e-61
Identity = 98/140 (70.00%), Postives = 116/140 (82.86%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV K N EISI+Y   G++W+R N+V++NIFA+ V  +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 131 EEAQVPK-NCEISISYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVTFDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 190

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWK+VIQ ELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRK NENNE+ RYKARLV
Sbjct: 191 NDWPKWKKVIQVELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKCNENNEIIRYKARLV 250

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 251 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 269

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A438FCH2 (Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_75 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 207 bits (527), Expect = 2.22e-60
Identity = 100/140 (71.43%), Postives = 118/140 (84.29%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYKDNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNR 69
           EE QV K N EIS++Y   G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R
Sbjct: 36  EEAQVPK-NCEISVSYVQTGEKWDRNNIVINNIFAFQVASDIIRNDEDPEPRNVEECRHR 95

Query: 70  KDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLV 129
            DWPKWKE IQAELNSLTKREVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENNE+ RYKARLV
Sbjct: 96  NDWPKWKEAIQAELNSLTKREVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNEIIRYKARLV 155

Query: 130 VQGFSQRPGIDYEETYSSVV 149
            QGFSQRPGIDYEETYS V+
Sbjct: 156 AQGFSQRPGIDYEETYSPVM 174

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A151UD30 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 (Fragment) OS=Cajanus cajan OX=3821 GN=KK1_021468 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 207 bits (526), Expect = 7.13e-60
Identity = 113/203 (55.67%), Postives = 140/203 (68.97%), Query Frame = 0

Query: 10  EETQVYK--DNNEISINYTMIGKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECR 69
           EETQV +  +N EISINY M G RWNR NV +D++FAYN+A N I++ E  EPK +++CR
Sbjct: 285 EETQVPEIIENEEISINYVMNGIRWNRNNVNIDDVFAYNIALNEINDIEDQEPKSINDCR 344

Query: 70  NRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKAR 129
            R DWPKWK+ I+AEL+SL KR+VFGPV+ TPKGVKP+G+KWVFVRKRNEN E+ RYKAR
Sbjct: 345 QRNDWPKWKDAIEAELDSLAKRKVFGPVLRTPKGVKPIGYKWVFVRKRNENGEIVRYKAR 404

Query: 130 LVVQGFSQRPGIDYEETYSSVVSLGL---LVKSVNFESRQIQVKKSVVCRLH----AIFR 189
           LV QGFSQRPGID+EETYS VV       L+  V  E   + +   V   L+    A   
Sbjct: 405 LVAQGFSQRPGIDFEETYSPVVDANTFRYLISLVVHEKLNLHLMDVVTAYLYGSLDADIY 464

Query: 190 SKLAE--TLGDASSCCDEYSTKL 201
            KL E   L D +   ++YS KL
Sbjct: 465 MKLPEGFNLPDDAISREDYSIKL 487

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A438C2S4 (Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_29 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 195 bits (495), Expect = 8.21e-60
Identity = 90/121 (74.38%), Postives = 106/121 (87.60%), Query Frame = 0

Query: 29  GKRWNRINVVVDNIFAYNVAHNIIHENEYYEPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTK 88
           G++W+R N+V++NIFA+ VA +II  +E  EP+ V+ECR+R DWPKWKE IQAELNSLTK
Sbjct: 4   GEKWDRNNIVINNIFAFQVASDIIRNDEDPEPRNVEECRHRNDWPKWKEAIQAELNSLTK 63

Query: 89  REVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNENNEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSV 148
           REVFGPVV TP+ VKPVG+KWVFVRKRNENNE+ RYKARLV QGFSQRPGIDYEETYS V
Sbjct: 64  REVFGPVVQTPEDVKPVGYKWVFVRKRNENNEIIRYKARLVAQGFSQRPGIDYEETYSPV 123

BLAST of MELO3C030744.jh1 vs. TAIR 10
Match: AT4G23160.1 (cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 8 )

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 8.9e-10
Identity = 37/118 (31.36%), Postives = 62/118 (52.54%), Query Frame = 0

Query: 59  EPKFVDECRNRKDWPKWKEVIQAELNSLTKREVFGPVVYTPKGVKPVGFKWVFVRKRNEN 118
           EP   +E    K++  W   +  E+ ++     +  +   P   KP+G KWV+  K N +
Sbjct: 85  EPSTYNEA---KEFLVWCGAMDDEIGAMETTHTW-EICTLPPNKKPIGCKWVYKIKYNSD 144

Query: 119 NEVTRYKARLVVQGFSQRPGIDYEETYSSV-----VSLGLLVKSV-NFESRQIQVKKS 171
             + RYKARLV +G++Q+ GID+ ET+S V     V L L + ++ NF   Q+ +  +
Sbjct: 145 GTIERYKARLVAKGYTQQEGIDFIETFSPVCKLTSVKLILAISAIYNFTLHQLDISNA 198

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
RVW41110.15.76e-6370.00Copia protein [Vitis vinifera][more]
RVW43290.12.00e-6070.00Copia protein [Vitis vinifera][more]
RVW57676.14.58e-6071.43Copia protein [Vitis vinifera][more]
KYP77193.11.47e-5955.67Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94, partial [Cajanus ca... [more]
RVW17206.11.70e-5974.38Copia protein [Vitis vinifera][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Q94HW23.2e-1232.12Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 OS=Arabidopsis thaliana O... [more]
P109784.2e-1236.21Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Nicotiana tabacum... [more]
Q9ZT947.1e-1239.47Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2 OS=Arabidopsis thaliana O... [more]
P041463.5e-1132.00Copia protein OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=GIP PE=1 SV=3[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A438E0B42.79e-6370.00Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_113 PE=4 SV=1[more]
A0A438E6Q09.66e-6170.00Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_26 PE=4 SV=1[more]
A0A438FCH22.22e-6071.43Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_75 PE=4 SV=1[more]
A0A151UD307.13e-6055.67Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 (Fragment) OS=Cajanu... [more]
A0A438C2S48.21e-6074.38Copia protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=GIP_29 PE=4 SV=1[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
AT4G23160.18.9e-1031.36cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 8 [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Melon (Harukei-3) v1.41
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR013103Reverse transcriptase, RNA-dependent DNA polymerasePFAMPF07727RVT_2coord: 95..152
e-value: 9.4E-17
score: 61.4

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
MELO3C030744.jh1.t1MELO3C030744.jh1.t1mRNA