MELO3C029796 (gene) Melon (DHL92) v4

Overview
NameMELO3C029796
Typegene
OrganismCucumis melo cv. DHL92 (Melon (DHL92) v4)
DescriptionTy1-copia retrotransposon protein
Locationchr03: 1751951 .. 1761243 (-)
RNA-Seq ExpressionMELO3C029796
SyntenyMELO3C029796
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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mRNA sequence

TTTTGCGTGTTACCCTTCCTAGCCCCAAATGCCTCTTTTTCATTTTTTTCAGACTTCCACCAATTTCCCTCTTCTCACAGACTCCTCCTTCAATTTCCTTATTCTCGCAGATACCTCCCTGAACGCCGCTACCATCTAACGTCGCCACCAACTCGCTGCACTCCTTGCTCGCCGAACTAGTCATCGGTTCATCACACCAAACGGCTGCGGGTGTCTTCCTTTTCTCTATAATAGAAAATTCCTTCTCAATGCCTTTGTCCACTACTCGTACGTCGCTCGTTAGCTTGAACCGAAAGTTTCATATGAAAATCTCACCATTCATCACCATTCTTCCATCGATTTAAACTTCAAGGCGTGAAGAGCGATCTTGTCGGATCTCATTCCGTTGAATCCCTTTATGAAATTTGAAGGAAACTGGGGTGAATTGGTTATGCTTTCAATTAGATTGCCAATGAAGAAAAAGACCAAGCTAAGAGGATCCATGATATTAGCTTTTTGTGCAGATGAAGGTTGTTTGCCGTTACGCATAGGTATAAAGTATTTGGTTTTGCTTGTTAGAAATGACATGTGGGCTTTGGCCCAACTAGCACAGTTAAGAGAAATTGTCCCACATTGCTAATTCTTGAAGTGGTAAATGGGTATATACACCTAAGCAATCAAAGGGGATTTCAAACTATGTTGGTGGTGATAGTATAACCTGCTCATAGAGCATCAAAACACTTCTGCACCAATCGAGATTCCTATTCATAGAAAACTCAATTACTACACCTTGTTCTGCACTCCTTTCTCAATTTCTGGATGGCCGACCAGGTTTTCAATGGATCAACATCAAGGGATTTGAAAGAAGATAAGAAGGCTGCATTTGACATGTTTTTTTATGAGTTTTACGGGAAAATATTTGGGTCATTCATGAAAAAGCTTCATGAAATAGGGGAATGGGTAACTAATCAAACTGAAACCATATCTCAAGCTCTGGCTAGCTAAAGAAGATTACTTGGAGTTGAAACAAGAAGCAAGTGAACTGCAAGAATAATCGAATGCAAAACTAGATAGAGTTACTCGGTATCTCGGTGTTCTTGTAGAGAAGACACGTAAGCTAGGTAAGACAATGAGCACTGCAGCTTACATATTTTTCGTGTTAAGTTCCTTGTTTGTAGAGAAGACACCGTTTCAACTGGCAGAGGTTGTGGACTATATCGCCTGATTAATACAAGGACCTCATACAGTCAACTCGAGTTGGATGAACTGTGTACGAAGCTTGCTGATTTTTTGGGTGGCCACATGTGATTATGGTAATAGCTAAGTTCTTTAGGGTTAGATAGACAAGCTTTGTTGATATTGGATATAGGTGAACTAGTTTTGTTTATATTTTGTTGATAGTACTAGATATAGGTGGAAGACAACTTATATATGTGTGATTCATTGATAGATATATGTAATTTCTTTGATGGAAAGTTTGAGTTGATTTCAATTGTTCAATTAATGTGTATTTTAATGTTGTTGGACTTCAAAATAGGTGCATGATAAATTATATGGATATTTTAAAATATATAATTTTTCATTTGAAAAAAAATGCAAAGCGTGTCAAGAGTACACAAACCCCGTTATTCTTGACACCAAATTACTTGACGCATAAAAAATGTTAAAAAATCTTATATACTTACACTTTTTACCTGTTAAGTATAATTATACTTGACACTTAAAAACTGCAAAGTAAACCTGAAAACCCCTGTGCTATTATATCTAGAAGTATGCATGATCCTAAAAACTCCTAAGTTGTTATTGAAACACCTGTTTCTGAAACTGTTAATACTTCGAACGTAGAATGTGAATTAGAACTTAAGAGAAGTAAAGGAAAGAGAACAGAGAAAAGTTTTGGTCCAGATTTCTTAAGCACCTTTATAGTAGAAAGACGTGATGAAATTGATTGTAACTTCACGAATTTGTTTTTAATTGGGGAACCTACAACTTATCAAGAGGCCCTAAACTCTGTAGAGTCAAGTATGTGAAAAAAGGTTATTAAGAGTGAACTAGATTCACTGACCATGAATCAAACATGGGACTTAGTAGACCTTTTCATGGGATAAGCCAATTAAGTGTAAGTGGATATTCAAAAGAAAAACAAAATCAAATGGATCAATAGAAAGATACAAGGCTAGATTAGTGGTGGTAGGGTATACTCAAAAGCAATGTATTGACTACTTTGACACATATTCCCCTGTAATTAAGATAATCACAATTAGGACCTTGATTGCACTAGCTGCCATACATAGCCTTCTTATTTAACAGATGGACCTTAAAACTGCCTTTTTAAATGGTTATTTAGAAGAAGAAATTTATATGACACAACCAGAAGGGTTCAAAATTCCTGACCAAGAAAATAAAGTGTGTAAACTTAAAAACTCTCTCTATAGTCTTAAGTAAGCTCCTAAACAGTGGTATAAAAAAATTAATAATACTTTGATAAACAATGGATTTAAAGTAAATTTCTCAGATACATGTGTTATTCAAAGTTGTTTGGAGCTGATTGCATATTAATATGTTTATATGTTGATGACATGTTAATCTTTGGAACAAATATGGAGTTGATAAATATACCAAGTTGTTCCTTTCATCACACTTTAAATGAAAGACCTAAGAGAAACAAACATAATTCTTGGTGTTAAAATAAGAAAAAATAAAAATGGTTTGTCCTCGTGTCAATCGCACTACGTAGAGAAAATACTAAAGAAATTTGATTCCTTTGATGTTTTTTCAGTAAGAACTCCATATGATGCTAGTAAACATCTTAAGAAGAATAAAGAAGATAGTATGTCTCAACCTGAATATGCAAAGATCATAAGTAGTGTTATGTATTTAATGAACTACACTAAACCTGATATTGCATATGCTGTCGGTAGATTGAGTAGGTATACACACAATCCTGATTGAAACCATTGAGATGCTTTACGCCATCTATTGAGATATCTTAAAGGGATGATAAATTACTGTTTGAACTTTAACAAATTTCCTGCCGTATTAGAAGGATATTGTGATGTAAATTAGGTTACAGACAATGATAAAGTTAACTCTACTAGTGGGTATATATTTTTGCTCGGGGGTGGAGCAATTCTTGGAAGTATGCAAAACAAACTTGTATAGCTAGATCCACTATAGAATCTGAGTTTATAGCATTAGAGTTGGCGGGATAAGAGGCTGAGTGGATCAAAAGCCTACTAGGAGATGTACCATTGTGGGGGGAATCTGTACCTATGTCTACACACTATGATTCATAGGTTGCCATCGATATTATTAAGAACAATGTCTATAATGGCAAAAGAAGACATATACGTCTTAGGAATGCAGCTATGAAACAACTGCAAAAGGAAGTAACTATTTCCTTAGAGTTTGTTCGATTTAAGAAGAACCTGGCTGATCCTTTAACCAAAGGACTAACAAGGAAAGTGGTTCCAAATTCCTTAGTGAACATTGGCCTTAAGCCCTTTGAAGATCTATAACACTTGGTATTAGGTGGTCTATTGTGATAGACTTGATGGTCCATAGCCCCTTATTGGGTGGTGTTGCGATAGACTTGATGGTCTATAGCCCGTTGTATGGAAAATCCTTAAATGGACTTAATGGATGATACAAAAACCTTTGAGTGGTCCAAAGTTGGTATTGATAATAATGAAGTCTCCATAGCTCTTTTAGAGTGGTTTAGTTTGGCAAACTTGATGGAGCATGTAACGTGATAGTGAAGGTGGAAAGAGTTTAAATGTCCCTTTCTAGAGCTCTCACGATGACCCGAGGTTCATTCTATGTCATGAACCTAAAGGCACAAATCTATATTGCAAAAACAAAATCTAACTAGGGATAAAACGTGTCGTAAGGGTCTCAACCAGTGTTATAGGAAGTTCAAGTATACAATTCACTCTCTCTAACAAGGTTGTTGCCTTACTTCACCACGCATCAATTCAAATTTTTGGATATTGATGTCTAAGCTTAATGTCCCATCGATGCTTAGAACAAATTTAGTGAAATCTCATTCTCTTTCACTTACCTAGTAACTTTACTGGTACAGTCATTTATGGGGGATTGTTAGAAATGACATGTGGGCTTTGGCCCAACTAGCAAAGTTAAGATAAATTGTCCCACTTTGCTAATTTTTGAAGTGGTAAATGGGTATATACACCTAAGCAATCAAAGGGATTTCAAACTATCCTGGTGGTGATAGTATAACCTTGTCACCACACGCGCTATCATCGCCATCCGTCCGATCGGACGGGCGGGCTCGGGTAACCGCACTTGCTCGAAAAAGGATGTAATTTTTATTGCCTATACTTTTGGTAAATTTACCTTTTTATCCCTTTCATTCAATGCCAAGTGTGGACACGTGTAGCACTCTTACATAGTCGTTACCACTTGGTTCTATCGTTCAACGTACGTGCGTTGTCTCGATCTTATAGTTGCGATGATCACTCCCAGCCATGTTGTTTCGACGATCATTCTCGGCCTTGCTTTTCCAACGATCGCTCTCAGCCACATCCTGCCATCCTCAGTTCTCTATAAATTCGAGGCAATTCCTTTTGTTTCAACGTATAGAAATCATTCATTTCAACTCTCTTTTCTCTTCTCCTTTCTCCACTCTATATTCCCTAAAAGTTTTGAGCATTTCATATGGTTTTGCTTCCATTCCATGTTTCGACGAGTGCACATTTGAACTGGAAAGCTGTGTTAACCTTGGGGAGCAACCGACATCACTATTAGCACCACGGTCGGTGAAATTGCTTTCAGGTCTTGAGGTTTTTTTCGATCCTTGTGGGGCTTTATCAAGGATTGCTACAGTTGCAACTAGTAGGCATACATGCATTGCAGTATTGTGGTACTGATTACTACCATGCTAAAGCTTTGATGGAGGAGATGAAAAGTGTTAAGACTTACGCCCAATCACATTAGTTGGTCCATTTTGCTTGATGTATGTGGAGGATCTCATGACGTGGAAAACGCTGTACATATCTTGA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Coding sequence (CDS)

ATGTTGTTTCGACGATCATTCTCGGCCTTGCTTTTCCAACGATCGCTCTCAGCCACATCCTGCCATCCTCAGTTCTCTATAAATTCGAGGCAATTCCTTTTGTTTCAACGTATAGAAATCATTCATTTCAACTCTCTTTTCTCTTCTCCTTTCTCCACTCTATATTCCCTAAAAGTTTTGAGCATTTCATATGGTTTTGCTTCCATTCCATGTTTCGACGAGTGCACATTTGAACTGGAAAGCTGTGTTAACCTTGGGGAGCAACCGACATCACTATTAGCACCACGGTCGGTGAAATTGCTTTCAGGTCTTGAGGTTTTTTTCGATCCTTGTGGGGCTTTATCAAGGATTGCTACAGTTGCAACTAGTAGGCATACATGCATTGCAGTATTGTGGTACTGA

Protein sequence

MLFRRSFSALLFQRSLSATSCHPQFSINSRQFLLFQRIEIIHFNSLFSSPFSTLYSLKVLSISYGFASIPCFDECTFELESCVNLGEQPTSLLAPRSVKLLSGLEVFFDPCGALSRIATVATSRHTCIAVLWY
Homology
[Close]
BLAST of MELO3C029796 vs. NCBI nr
Match: KAA0035570.1 (ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK30966.1 ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 60.1 bits (144), Expect = 1.7e-05
Identity = 46/98 (46.94%), Postives = 57/98 (58.16%), Query Frame = 0 

Query: 6   SFSALLFQRSLSATSCHPQFSINSR-QFLLFQRIEIIHFNSLFSSP--FSTLYSLKVLSI 65
           S S+ LF+RSLS+T     FSIN    F  + +      +SL SS   FS+  S  + ++
Sbjct: 31  SLSSSLFRRSLSSTLYLLHFSINGGISFGFYTQKRSFDSSSLISSLIWFSSPRSGHLHTV 90

Query: 66  SYGFASIPCFDECTFELESCVNLGEQPTSLLAPRSVKL 101
              F SIPC DECT  L S VNLGEQPTS L PRS +L
Sbjct: 91  ---FVSIPCSDECTSVLGSFVNLGEQPTSRLVPRSAEL 125

[Close]
BLAST of MELO3C029796 vs. NCBI nr
Match: KAA0061644.1 (ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK05862.1 ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 54.3 bits (129), Expect = 9.3e-04
Identity = 39/88 (44.32%), Postives = 49/88 (55.68%), Query Frame = 0 

Query: 15  SLSATSCH--PQFSINSRQFLLFQRIEIIHFNSLFSSPFSTLYSLKVLSISYGFASIPCF 74
           SLS  S H   + SIN R+ +        H  ++F+S  S+L  +    +   F SI C 
Sbjct: 160 SLSFPSTHYLHRPSINWRELI----PSFTHKKNIFTSISSSLPLVFTEHLHKPFVSILCA 219

Query: 75  DECTFELESCVNLGEQPTSLLAPRSVKL 101
            ECT  L SCVNLGEQPTS LAPRS +L
Sbjct: 220 YECTLVLGSCVNLGEQPTSRLAPRSTEL 243

[Close]
BLAST of MELO3C029796 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SX23 (Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold455G001930 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.1 bits (144), Expect = 8.2e-06
Identity = 46/98 (46.94%), Postives = 57/98 (58.16%), Query Frame = 0 

Query: 6   SFSALLFQRSLSATSCHPQFSINSR-QFLLFQRIEIIHFNSLFSSP--FSTLYSLKVLSI 65
           S S+ LF+RSLS+T     FSIN    F  + +      +SL SS   FS+  S  + ++
Sbjct: 31  SLSSSLFRRSLSSTLYLLHFSINGGISFGFYTQKRSFDSSSLISSLIWFSSPRSGHLHTV 90

Query: 66  SYGFASIPCFDECTFELESCVNLGEQPTSLLAPRSVKL 101
              F SIPC DECT  L S VNLGEQPTS L PRS +L
Sbjct: 91  ---FVSIPCSDECTSVLGSFVNLGEQPTSRLVPRSAEL 125

[Close]
BLAST of MELO3C029796 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V305 (Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1465G00170 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 54.3 bits (129), Expect = 4.5e-04
Identity = 39/88 (44.32%), Postives = 49/88 (55.68%), Query Frame = 0 

Query: 15  SLSATSCH--PQFSINSRQFLLFQRIEIIHFNSLFSSPFSTLYSLKVLSISYGFASIPCF 74
           SLS  S H   + SIN R+ +        H  ++F+S  S+L  +    +   F SI C 
Sbjct: 160 SLSFPSTHYLHRPSINWRELI----PSFTHKKNIFTSISSSLPLVFTEHLHKPFVSILCA 219

Query: 75  DECTFELESCVNLGEQPTSLLAPRSVKL 101
            ECT  L SCVNLGEQPTS LAPRS +L
Sbjct: 220 YECTLVLGSCVNLGEQPTSRLAPRSTEL 243

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of MELO3C029796 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0035570.11.7e-0546.94ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK30966.1 ty1-cop... [more]
KAA0061644.19.3e-0444.32ty1-copia retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK05862.1 ty1-cop... [more]
BLAST of MELO3C029796 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of MELO3C029796 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7SX238.2e-0646.94Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E567... [more]
A0A5A7V3054.5e-0444.32Ty1-copia retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E567... [more]
BLAST of MELO3C029796 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
MELO3C029796.1MELO3C029796.1mRNA