MELO.jh018395.1 (gene) Melon (Harukei-3) v1.41

Overview


Name	MELO.jh018395.1
Type	gene
Organism	Cucumis melo var. reticulatus cv. Harukei-3 (Melon (Harukei-3) v1.41)
Description	Retrotransposon gag protein
Location	chr08: 14004542 .. 14096493 (+)
RNA-Seq Expression	MELO.jh018395.1
Synteny	MELO.jh018395.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonstart_codonCDSpolypeptide

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Homology

[Close]

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Identity = 165/184 (89.67%), Postives = 173/184 (94.02%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT  SKMDGKGKL AQP HANVSVISLRSGK+LDTPT+KEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 160 MKQQMTQLTTTTSKMDGKGKLSAQPGHANVSVISLRSGKILDTPTSKEKKVTSKPLPLNS 219

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRLTPK+KETPKE+ELLEMFRK
Sbjct: 220 KNESKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLTPKEKETPKEEELLEMFRK 279

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINLPLLDAIQQVP YAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIPEKCNDPG FS
Sbjct: 280 VQINLPLLDAIQQVPWYAKFLKELCTNKRKTKERPMVTQNVSALLKSNIPEKCNDPGSFS 339

Query: 181 LPCV 184
            P V
Sbjct: 340 QPSV 343

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr
Match: TYK06460.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 307 bits (786), Expect = 5.60e-104
Identity = 157/174 (90.23%), Postives = 165/174 (94.83%), Query Frame = 0


Query: 8   LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNSKDDSKEE 67
           LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVS ISLRSGK+LDTPTTKEKKV SKPLPLNSK++SKEE
Sbjct: 6   LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSAISLRSGKILDTPTTKEKKVTSKPLPLNSKNESKEE 65

Query: 68  KVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRKVQINLPL 127
           KVETNPSPSNSKNDKSPLNDF PYIPKPPF SRL PKKKETPK++ELLEMFRKVQINLPL
Sbjct: 66  KVETNPSPSNSKNDKSPLNDFIPYIPKPPFSSRLAPKKKETPKKEELLEMFRKVQINLPL 125

Query: 128 LDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFSL 181
           LDAIQQVPRYAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIP+KCNDPG   L
Sbjct: 126 LDAIQQVPRYAKFLKELCTNKRKTKERPMVNQNVSALLKSNIPKKCNDPGYCHL 179

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr
Match: XP_016902871.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC107991910 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 311 bits (796), Expect = 9.90e-104
Identity = 164/184 (89.13%), Postives = 170/184 (92.39%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT ISKMDGKGKL AQPDHANVSVISLRS K+LDTPTTKEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 103 MKQQMTQLTTVISKMDGKGKLLAQPDHANVSVISLRSDKILDTPTTKEKKVTSKPLPLNS 162

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEK ETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRL  KKKETP+E+ELLEMFRK
Sbjct: 163 KNESKEEKGETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLALKKKETPEEEELLEMFRK 222

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINL LLDAIQQVPRYAKF KELCTNKRKTKER MVSQNVS LLKSN P+KCN PGMFS
Sbjct: 223 VQINLSLLDAIQQVPRYAKFQKELCTNKRKTKERAMVSQNVSALLKSNNPKKCNGPGMFS 282

Query: 181 LPCV 184
           LPCV
Sbjct: 283 LPCV 286

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr
Match: TYK14267.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 312 bits (799), Expect = 7.86e-101
Identity = 161/181 (88.95%), Postives = 170/181 (93.92%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT  SKMDGKGKL AQP HANVSVISLRSGK+LDTPT+KEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 174 MKQQMTQLTTTTSKMDGKGKLSAQPGHANVSVISLRSGKILDTPTSKEKKVTSKPLPLNS 233

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRLTPK+KETPKE+ELLEMFRK
Sbjct: 234 KNESKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLTPKEKETPKEEELLEMFRK 293

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINLPLLDAIQQVP YAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIPEKCNDPG   
Sbjct: 294 VQINLPLLDAIQQVPWYAKFLKELCTNKRKTKERPMVTQNVSALLKSNIPEKCNDPGSLG 353

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0040386.1 (retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK04053.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 300 bits (768), Expect = 1.22e-100
Identity = 156/156 (100.00%), Postives = 156/156 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS
Sbjct: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK
Sbjct: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM 156
           VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM
Sbjct: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM 156

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CQF6 (uncharacterized protein LOC103503078 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503078 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 318 bits (815), Expect = 1.87e-105
Identity = 165/184 (89.67%), Postives = 173/184 (94.02%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT  SKMDGKGKL AQP HANVSVISLRSGK+LDTPT+KEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 160 MKQQMTQLTTTTSKMDGKGKLSAQPGHANVSVISLRSGKILDTPTSKEKKVTSKPLPLNS 219

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRLTPK+KETPKE+ELLEMFRK
Sbjct: 220 KNESKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLTPKEKETPKEEELLEMFRK 279

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINLPLLDAIQQVP YAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIPEKCNDPG FS
Sbjct: 280 VQINLPLLDAIQQVPWYAKFLKELCTNKRKTKERPMVTQNVSALLKSNIPEKCNDPGSFS 339

Query: 181 LPCV 184
            P V
Sbjct: 340 QPSV 343

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C540 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold718G00180 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 307 bits (786), Expect = 2.71e-104
Identity = 157/174 (90.23%), Postives = 165/174 (94.83%), Query Frame = 0


Query: 8   LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNSKDDSKEE 67
           LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVS ISLRSGK+LDTPTTKEKKV SKPLPLNSK++SKEE
Sbjct: 6   LTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSAISLRSGKILDTPTTKEKKVTSKPLPLNSKNESKEE 65

Query: 68  KVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRKVQINLPL 127
           KVETNPSPSNSKNDKSPLNDF PYIPKPPF SRL PKKKETPK++ELLEMFRKVQINLPL
Sbjct: 66  KVETNPSPSNSKNDKSPLNDFIPYIPKPPFSSRLAPKKKETPKKEELLEMFRKVQINLPL 125

Query: 128 LDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFSL 181
           LDAIQQVPRYAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIP+KCNDPG   L
Sbjct: 126 LDAIQQVPRYAKFLKELCTNKRKTKERPMVNQNVSALLKSNIPKKCNDPGYCHL 179

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E3R2 (uncharacterized protein LOC107991910 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC107991910 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 311 bits (796), Expect = 4.80e-104
Identity = 164/184 (89.13%), Postives = 170/184 (92.39%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT ISKMDGKGKL AQPDHANVSVISLRS K+LDTPTTKEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 103 MKQQMTQLTTVISKMDGKGKLLAQPDHANVSVISLRSDKILDTPTTKEKKVTSKPLPLNS 162

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEK ETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRL  KKKETP+E+ELLEMFRK
Sbjct: 163 KNESKEEKGETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLALKKKETPEEEELLEMFRK 222

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINL LLDAIQQVPRYAKF KELCTNKRKTKER MVSQNVS LLKSN P+KCN PGMFS
Sbjct: 223 VQINLSLLDAIQQVPRYAKFQKELCTNKRKTKERAMVSQNVSALLKSNNPKKCNGPGMFS 282

Query: 181 LPCV 184
           LPCV
Sbjct: 283 LPCV 286

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CQR9 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1799G00090 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 312 bits (799), Expect = 3.81e-101
Identity = 161/181 (88.95%), Postives = 170/181 (93.92%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTT  SKMDGKGKL AQP HANVSVISLRSGK+LDTPT+KEKKV SKPLPLNS
Sbjct: 174 MKQQMTQLTTTTSKMDGKGKLSAQPGHANVSVISLRSGKILDTPTSKEKKVTSKPLPLNS 233

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           K++SKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPF SRLTPK+KETPKE+ELLEMFRK
Sbjct: 234 KNESKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFPSRLTPKEKETPKEEELLEMFRK 293

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPMVSQNVSPLLKSNIPEKCNDPGMFS 180
           VQINLPLLDAIQQVP YAKF+KELCTNKRKTKERPMV+QNVS LLKSNIPEKCNDPG   
Sbjct: 294 VQINLPLLDAIQQVPWYAKFLKELCTNKRKTKERPMVTQNVSALLKSNIPEKCNDPGSLG 353

[Close]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BWD4 (Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold460G00070 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 300 bits (768), Expect = 5.91e-101
Identity = 156/156 (100.00%), Postives = 156/156 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60
           MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS
Sbjct: 1   MKQQMTQLTTAISKMDGKGKLPAQPDHANVSVISLRSGKMLDTPTTKEKKVASKPLPLNS 60

Query: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120
           KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK
Sbjct: 61  KDDSKEEKVETNPSPSNSKNDKSPLNDFTPYIPKPPFLSRLTPKKKETPKEDELLEMFRK 120

Query: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM 156
           VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM
Sbjct: 121 VQINLPLLDAIQQVPRYAKFVKELCTNKRKTKERPM 156

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_008465471.1	3.85e-105	89.67	PREDICTED: uncharacterized protein LOC103503078, partial [Cucumis melo]	[more]
TYK06460.1	5.60e-104	90.23	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
XP_016902871.1	9.90e-104	89.13	PREDICTED: uncharacterized protein LOC107991910 [Cucumis melo]	[more]
TYK14267.1	7.86e-101	88.95	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0040386.1	1.22e-100	100.00	retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK04053.1 retrotranspos...	[more]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A1S3CQF6	1.87e-105	89.67	uncharacterized protein LOC103503078 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503078 PE=...	[more]
A0A5D3C540	2.71e-104	90.23	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaf...	[more]
A0A1S4E3R2	4.80e-104	89.13	uncharacterized protein LOC107991910 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC107991910 PE=...	[more]
A0A5D3CQR9	3.81e-101	88.95	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaf...	[more]
A0A5D3BWD4	5.91e-101	100.00	Retrotransposon gag protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaf...	[more]

BLAST of MELO.jh018395.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Melon (Harukei-3) v1.41
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 1..107
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 42..72
None	No IPR available	PANTHER	PTHR24559:SF334	SUBFAMILY NOT NAMED	coord: 80..183
None	No IPR available	PANTHER	PTHR24559	TRANSPOSON TY3-I GAG-POL POLYPROTEIN	coord: 80..183

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
MELO.jh018395.1.t1	MELO.jh018395.1.t1	mRNA