LsiUNG000200 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGATCATGTTTCTTGCAAGCCTAGCTAAGCCCTTGGATTGAGGAGTTACATAGACACCATCAATCTAAAAGATAGTTCGAAAAAAAATTATTAAACAACTCTAAATCAATAAACTTAAAGCCACTAATTTATTTTATATGTCGAACTCAAAAGAATTAAACTTCAAAAATTACAAAAGTTACAATAATTGGTAAATGATCTTACTAAAGATACATCACATTTTTCTTCTTATGCATTATCTTTTTATTTTCTCCTCCTTTTATAAGAAGTAGAAGCAATATTCTCAGATTCGAGAACGAGAAAAAAAACTTAAGAGAAAAATTCATCAGACTATAACTTCTCCTTAATCGATTAAAATGAATTAAATAAAAACTCTGTATTAGTTTGCTAAAATTTAGTTATAATTTGGCCTCTCATCAAATTAGAAATGGCTAGACTAACTTTATCTATACGATTTTTCCACCATTCATTTATAAACACAATTCTATACATATATTTACAATTAGATATTTAATTGAAAAAATTTTAAAAATAGCAAAATAAGGAAAACTATTTACACAAAATAGTAAAATTTTTAGATAGAGTTGTGATAGACGCGGATAGATATTGATAGAAGTCTATCAATATGTATCAATATATATTTTTTTTGCTATTTTCTGTAAATAGTTTGACATTTTTTTCTATATGTAAAAATTTTCCTATTTTTTTTAATAATTAAAACAGCAAAATAATACACACAATAAATGATTAGACATGTGCTCTATAATAAAGAAATTATCATAGAAATGAACGAAGAAAAATTAAAATGCTTCCAAAATAACATGTATTTGCATGTATGAATTATAAATTCGATTAATTTTTTTTTTGAAAATTTAAGAGTGTGTTTGGTTTAACATTTCAAGTGTTTAATTTTGAAAATAAATCACTTTGGAAAAATTTGAAATGTTTGGCAACTACTCAAAATAGTTTTTGAAATACTTTCAAGGTGTGTTTTAAAAAGTTTTTATCAAAAGCGTTTAAATAAAAATGACTTTATTTGAAAAACATTTTTTCTCTAGTAAATCCAAACAGACCCTTAATTATGAGATAAATCAAAATTTGGTTGTTTAGGCCATGTAATGACTCGACTTTTCAAGATCTCTAATTGAGGCATTACTACATGCATGTAGCTTCAAAGCCAAATTTAGTTGGCCATTTAAAACTTAAAATAAGATTTTCTTTTTAAAAAAAATTCATTAACTGCCAAAATAAAGTTTAATTCAGGATCCCTAAAAAGTTTAGGGAAATTGTTGCGTATAGAAAAAAAACAAAATTAATTACGCATATAGAAAAAAGTGTACCCATGCTTTTGTATTTCCCACTTTTTTTTCTATATGTGTAATTAGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTCTATTTGTGAAAAGACCCCAAAAGTTTATTTAGAAAAAAATATTTAAATTGAAAAATATTAAACTCAATAATTGTCATTTGAACATTCAAAACATCTTAAAAACATGACTCTTAGCAGAAGCATTGTCTCTAGTCCTGATACTATCAACAAATCTCCTCGTTTAGTGCCTGATACATTCTTTTCCTTACTTGAAAAAATATTTTAAGAAAAGATTGAATATTTAAAATACTTAGTAAGTAACCTGATCGACTAAATGTGTGTATGAATGATAAGAAATGTAATAAGATTGGTCTAAGTGCAAACATACACTGTCAATAAGTAATAAAACTTGGGAGTATTCCAAGTATCACATCCCATGAGGATATAAGTATTTAGATTTTTGCTAAAACAATGCAAACAATGAAACCATTGGTAACCAAGTAAAATGAGTGATGGTTAGATTGAATGCTTTAATGAAAACAAATGACAATAGTTGATAAATAAGGATTACTAGTTTCAACCAAAAGGGTATTATGCCTTGGGCTGTGGCCACATTAGGTTGACAGTGACTCAACAAGGACATAAAACTTCTCCTATTCGATCTTGTACCAATGTCCTTTAGGAGCCTAAGTAGCTAGACCTATATCTCTATGGTAGCTGAATCTTAGATTATTTTCATGCAATTTCTTTATCCTACAGTGTACCTTATCTCTAAGCATACACGACAGTCCTATTTCTAAGCTCTTAGTCTCGTACTCCTTTGTGAAATTAGTTTTTATCTTCACCTTCTTAGCATTAAAACTCCATTAGTATGTTAAATTAAGTGGTCAATTCAACTTAACACATTATCACTAAACTCAACAAAGAAAATGTAAAAGTCAAAGTCACAAGATGCATAGCATTTGCTCAAGCCATAAGATCCTAGGGTATCCACATGACCGAGTCCCTTAGAAATTTAGCTCACAACTAAGAAACAATGAATAGATTTCATTAATTATCAAGAGTCATGATTATAATATCAACCTTCAAAGAATAAACCAAGAGGAAATGAAAAACAAAATGCAAAAGTAAAACCTTAATAGTGCTGGATAATACAAAAAACATGACTCATCTGAATCAATCTCACACTCTTTAGCACTTCCTAGATTAGATTCACCTTTCTCAAGGTCGAATCCTCTCTCTACACTCGTTCTCACAGGGTAGGGACGATCTAAACCTAGGGTTCTTCAGAGGAATTCTCGTTCTTGAAGAATTTTGAGATGGAGTAGTGAAATCTCTCCTTTTGGATTGCTAAATTTCGAGGATCCACAAAAAATGAAACCTTCACTTCTTTACATGGGCCAAGATGGTTGAAGGATGACTGAATTTCACATTTTGAACAACTCCCAAGCAATTTTGGCACTGAAGAACGACCGTGGATTAAGAAAATAGCAACCACGAACAACTGGGCACAATTTTAGAAACTTAGGATTTTTTATGCAATTGCATCACCCGGACGATGCGGGTGCATTAGGGCAAAAATCTGCAAAACAATTAAAATCAACTGTAAAAGCTCATAAATTCAGCCTAAAATAGTAAAAACACACTTTAGATGACTTAAGGACCTATACTTGACCTTTTTATGTACTTTAAGCAAATTAAAGGGGGAAATAACATGAAATTAACATTTTTCACTAAGGAAAAGTGTCAAAATATACCTTATAAACATGCATTTTAGACATTTATCATAACTCCACTATTGGAGTCAGGTTATGCAATCACATGCAATTAAATGACTATAACTAGTGGGACCTAACTAGTGCACTAAAGCTTAACATGAATGGTCATCTAAGTGGACAATTTAACCCATTCTACCGTAGGTGAGATGTACTCATACATATCATACATATCTATGGATCCAAACGCGCACAAACTAGGAGTGTTAAAAAAATCGAAGACCTAGAAAAATTGAGAAACCCAACCCAACCCACTCGGTTTGGGTTGGATTTAAAATTAAAAGGTTTGGTTTGACTTTCTTAATGAACCCCGAGAAAGTTGGTACGGTTCTCGGGTTCAAGAGACAAAAATTCAGTTTGAACAGAATCAATCCAGAAAACTAATATAGCCCAACCCATTTTACATTTTTTTAATTAGGGTTTCTTTCAAATCATGCATTTACATGTAGCTTAAAGATATTCACTATAGGGATTCATGAATCCCTTTTTTACTATTTCCTTCATGTTCACAACTGTTTATCTTCTTCACCATCTGTCACTTCACCTTCTCAATCACATCATTGACTTCACTCTTCTGTCTTTCTTCGTGTCTTTGTCTTCTTTTCCTTCACTATTGTGTTCCTTCATCGTGTCATCTTCACTTCACGTTCACATTGTAGCCTTCCTTCACAACTTATTCTTCTTCACACTCATGATGCTTCAGTTAGTCAGTCACAAAATTTCAGTCTTTATGTCGCTGCCCTCCATTGCTTTCACCGTTGTCTTCACGTCGTCACTTCATGTTTACGCCATCGTCTTCATATTGTTGTTAAAGGACTTGAAGACAAAGTTTGTAAACTTGTCAAGTCTCTTTATGGATTGAAACAAGCACCCAAACAATGACATGAAAAGTTTGATCACACTATGTTATCAATGGATTTAAGATAAATGAGTGTGATAAATGTGTCTATGTTAAAACCATAGATCAAAAGTATGTCACTGTTTGCTGGTATGTGGATGATATGTTAATAATGGGCATAAATAGAAGTATTTTCCACTAAAAGGATGTTGAAATCTAAATTTGATATGAAAGGCCTGCTGATGTTATCCTTGAAATTCGAATAACAAGAAATTCAACCAGATACATACTTTCTCAATCTCACTATATAGAGAAAGTGTTGAGAAAATTTGATCATTTTGAGAGTAAGCCAGTTGTTACTCTATTTGATCCAAATTATAAGTTGAAGAAAAACAATGATGAAGGTGTGTCTTCTCTAGAATATTCTAGAGTTATTGGTAGCTTAATGTACATAATGAATTGTACAAGACCTAATATTTCCTATTCAGTAGGAAGGTTAGCAAGATACACCAACAATCCTCAGCATGATCATTGGAATGCTTTAGTTAGAGTTCTAAGGTACTTGAAGTGGACTCTTGACTATGGATTGCATTATATGAGGTATCCATATGTACTGGAAGGATTTAGTGATGCTAATTGAATTTCTAATAGCCTGGAAACTAAATCAACCAGTGGGTATATTTTTATCTTAGGTGGAGTAGTTGTATCATGAAAATCTTCAAAATAGACGTGTATAGCACTTTATACTCTAGAATCAGAGTTTATAGCTCTTGATAAAGCAGGTGAAAAAGCTGAATGACTTCACAATTTTCTTGAAAATATTCCATTGTGGCCAAAGCCTGTAAGTGAAATATATATTTTTATTGTGACAATTTAGCGGCTTCTATGAGAGCCAAGAATAATGTCTACAATGGCAAGTCAAGACATATTAGACGTAGGTATAATTCGATAAGGCAATTGCTCTCTAATGGAATAATTTTCATTGATTATGTGAAATAAAAAGAGAATATTAATGCAGATCCTTTGACGAAAGGATTGTCAAGAGAGCAAGTCAC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BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9JI90 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Rnf14 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 208.4 bits (529), Expect = 2.9e-52 Identity = 131/440 (29.77%), Postives = 220/440 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9UBS8 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNF14 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 204.9 bits (520), Expect = 3.2e-51 Identity = 137/460 (29.78%), Postives = 227/460 (49.35%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q04638 (Translation termination inhibitor protein ITT1 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) OX=559292 GN=ITT1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 117.1 bits (292), Expect = 8.9e-25 Identity = 76/267 (28.46%), Postives = 125/267 (46.82%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9C613 (Protein SAMBA OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SAMBA PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 100.9 bits (250), Expect = 6.6e-20 Identity = 52/88 (59.09%), Postives = 71/88 (80.68%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q54CX4 (Uncharacterized protein DDB_G0292642 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=DDB_G0292642 PE=4 SV=2) HSP 1 Score: 95.9 bits (237), Expect = 2.1e-18 Identity = 56/213 (26.29%), Postives = 95/213 (44.60%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E5K0 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold455G004660 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1069.7 bits (2765), Expect = 5.7e-309 Identity = 515/601 (85.69%), Postives = 543/601 (90.35%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CQI9 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503565 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1065.8 bits (2755), Expect = 8.2e-308 Identity = 513/599 (85.64%), Postives = 541/599 (90.32%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HTS2 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111466811 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1047.7 bits (2708), Expect = 2.3e-302 Identity = 512/604 (84.77%), Postives = 540/604 (89.40%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HKI4 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111463847 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1041.6 bits (2692), Expect = 1.7e-300 Identity = 507/604 (83.94%), Postives = 538/604 (89.07%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DZW6 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025870 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 978.0 bits (2527), Expect = 2.3e-281 Identity = 484/601 (80.53%), Postives = 523/601 (87.02%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. NCBI nr
Match: XP_038889005.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1093.2 bits (2826), Expect = 0.0e+00 Identity = 532/599 (88.81%), Postives = 553/599 (92.32%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. NCBI nr
Match: KAA0038560.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK31182.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1069.7 bits (2765), Expect = 1.2e-308 Identity = 515/601 (85.69%), Postives = 543/601 (90.35%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. NCBI nr
Match: XP_008466000.1 (PREDICTED: E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1065.8 bits (2755), Expect = 1.7e-307 Identity = 513/599 (85.64%), Postives = 541/599 (90.32%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. NCBI nr
Match: XP_022967205.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1047.7 bits (2708), Expect = 4.8e-302 Identity = 512/604 (84.77%), Postives = 540/604 (89.40%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. NCBI nr
Match: XP_004136196.1 (E3 ubiquitin-protein ligase RNF14 [Cucumis sativus] >KAE8651432.1 hypothetical protein Csa_001830 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1047.3 bits (2707), Expect = 6.3e-302 Identity = 509/599 (84.97%), Postives = 533/599 (88.98%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. TAIR 10
Match: AT1G32340.1 (NDR1/HIN1-like 8 ) HSP 1 Score: 618.6 bits (1594), Expect = 6.7e-177 Identity = 318/623 (51.04%), Postives = 415/623 (66.61%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. TAIR 10
Match: AT1G32310.1 (unknown protein; Has 28 Blast hits to 28 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 100.9 bits (250), Expect = 4.7e-21 Identity = 52/88 (59.09%), Postives = 71/88 (80.68%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. TAIR 10
Match: AT3G14250.1 (RING/U-box superfamily protein ) HSP 1 Score: 99.4 bits (246), Expect = 1.4e-20 Identity = 60/212 (28.30%), Postives = 96/212 (45.28%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. TAIR 10
Match: AT3G53690.1 (RING/U-box superfamily protein ) HSP 1 Score: 84.3 bits (207), Expect = 4.5e-16 Identity = 57/221 (25.79%), Postives = 103/221 (46.61%), Query Frame = 0
BLAST of LsiUNG000200 vs. TAIR 10
Match: AT4G01020.1 (helicase domain-containing protein / IBR domain-containing protein / zinc finger protein-related ) HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 3.7e-10 Identity = 55/228 (24.12%), Postives = 91/228 (39.91%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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