Lsi11G016120 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi11G016120
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationchr11: 24454626 .. 24460711 (+)
RNA-Seq ExpressionLsi11G016120
SyntenyLsi11G016120
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAAGGTAAATTAAATCTTAAACCCTAAGAGAAGAATCAAAAGTGCTTTTAAGCTCTAGAACAAAACTTCTTTCTAGATGAAATATCAACTATGGATCTTTAATTTCAATTTTTTGAAGGGAAGAAAACAAAAAAAAACTTTAGAAAAGAGATTCAAACATCTAACATTTTGATCGAGATCAATTGAATTATCCTCAAATTTAAAATATACGTTTAAAGATTAAAACTTAAACAATGAAATTAGTTAAAAAAGAATTGAAAAATGACGAGCATGATTGTCGATGTTGGAAGTGAAATACGTTGTGATTTCCATATTTTGAATTTCTTCTAAAAAAAGTGAATATTTACTTTAGAGTTCAAAATTATTTTAAAGATCACTATTAAATTCGAGCATAATTTAAAAGATAAGACACAAACTATCGTCTTAAAATGGTATATGTGTCACTACTATAAATGAAGTGAGCGTACATATATTATAAAGTAATGTTTATGTCTCAATATTAATGATATAAAAAATCAATGTGCAACTATCAAAGGGACCAATAGTTTAAATCAAAGGTTGCATCTATAAAAGAAATCAAAGTTGAAATCAAGGATATGACGAAGGTAGAAAAGTAGTTCTATGTTTTTAATATGTTTGGATATTCATTGTCACCCCAAATAAAATATGAGCCAAATACGTGTACAGCGGATTTTCCACGACATACTTAATTTTATAGTCGTTAAGGAGTTGTTTAATATAGAAAATTGAGAGAGGCAAGTAACGAGTAAAGAAATGTGACATGATACTCTTACCTCTGACTTCACGGTGGAAGAGTACAAATATTATGTCAGTTGAGCTATGCTCATTTTAATAGTTAACTAACTAATTGTTTTTAATTTGTCAAAATTAATATATAATTAATTTTTTATTACAATAATATTTATTAAAATATATACTCAATTCATATTTACCAGTAAAAGCTTATTAAAAGAATGCAATTACCTAATTACTTATTTACTTAAATGGTTAATTAATTAGTTAAAAATATGGGTTGTTTTTAAATATAGAAAAATGAGCTAAAAGATTTACAATGACGCTCAATCGATAGAATTTTATTGCGGTCTATACAGTAATTTTTTTTTTATATTTATAAATAATTTGATATATTTTTTTTGTTTATAATAATTTCTCTAAAAAAAATCTTAATTTAATTAGTTAAATTACTAAAATGTGTATATTGTTGTAATTGACGGGTGAAGAATTCATAGCCACTGGTGAAGATTATCTACATAAATGACGTTGAATATTACTACAAATTCATTTTGCAAGTAATTTAAGTTATTGGTGTCACTTATTTAGTGTTAATTAAGGTAGTAACTTTAATTAGGAGAGATGTGATAATGACTTAGGACATATTTGGGAGTGATTTTCAAATTCTTAAAATTATTCTTCTTATCTTTTAAATCACTCTAAATTGTGTTTTTAATTTTAAAAAAAAATCAATGTTGATAATATAAAAATTGTATTTAAAAATATAAAATTAAATATAAAATTAATTCCGAATGATTAAAGATGCGTTTCAAGATAATTTTAAATATGACAAAAATGATTTTAATAATTTTAAAATCACTTTTAAACATGTACTTAGAGAATGATTTTAAAGATTTCTAAAGTTAGTAGTATAGTTTGTAAGTTATGGTCGTTTATGCATTTTCCATAAATCCAGTTAATGTTTTCAATTTGAACCACTTTTCTTAGTACAATTTCTCTATTTGTTTCGTCCATACTATGTTCACTGTGTACATTAGTCTTCTCTAAATCTATATTGTATCTTATAAATAAATATCTCAAATAAAAGGCTCTAGAAATAACATGGTAAATTAGTCTTCTCCAAATTTAGCTTGTATCTTGTAAATATATATCTTAAAAAAAAAAGACTAAAAATATCGTGGTCTTTCTTGAAGCTCCAAAGAATTCTACTATCTAGATAAGGGTTAACTTCATAGAAATATCCTTTTATTTGGGCTCTAAAAATTTTGTGTATATAAATATAAGAAAAAAAAATAGTTAAAGAGAGTGAGTCACGAAGATTTAGGGTTGAGTGGGCTACAATAGTCCACTCAAAGTTTTGGGTGTGTATTTACAAAATGGGTGGTAAGAGTTATTTTAAAGAGAACTTTAAAAAATGGAAAAAGAAGGAAAACTATTTCCACAAAATAGCAAAATTTTTAGATAATTGTGATAGACGCTGATAGAAGTCTATCAGGGTCTATCAGTGATAAAAATGATAGAAGTCTATCACTGATAGATGCTGATGGAAATCTATCAATGTCTATCAATATTTTTTTTGCTATTTTTTGTAAATAGTTGACATTTTTTCTATTTGTGAAAATTTCCCTATTTTAACCCCATGTTTTGCTATAGTAACACTATTTACAACTCAATGGTTAAAATAAACAACTTTTCCTTCCCTCCAACGTTTCTAATGACCCCACCCGCCGACAACCAACTTCAACAACAACTATCGTTTGTGACTACCGCGGCCTCATTTTGACAATAATCATTGGTGATGACATGTTTTAGAGGACAATTTCGACGACAACCTTTGGTAATCAACTCTGGAGACCACCTCCGGCGACCAGCTCCAATGAACCACTTATGGAGATCAAATACAACGACCACCTCCGACACCTAAACTTCGGTGACTAGCTCCAGTAGCCAACTTCGCCGATTACCTCTGACAACCAACTTTGTCAATCATCTACAACGATTAACTCAAACAACGGACCCAACCTATTATATACTCAAAAAAAAGAAAAAATCTTGGTCAGTGAAAATATTTTTACATACAAATTTGAAATTTCATAGTGTTTAATAGTCTTCTTTTATAGTAACTTGACATTAATAGATACACTTTAAGTGTATAGCAAACCAAACAAACTTGTACATAAAAACACTTTTAAGAAAATATAATCAAGCACATGAGTAATTTTATTTCAAATAGATGTTATAAAAAATTCTAAATGAAAATCTTTTTTTTAAAAAAAGGGTTAAATTGAAAATTTAGACTCCATAGTATGAACAAAGTTAGAATTTAGTTCATATAGTTTATAATTAAAACTTAGTCCATGGTTTATAACTATTTATGAAGATTTTATCAAACCATATGGACTATTTATGAGGTTTTATCAAACTATAATAATTGAATTCCAATTTGTAAAACCATATGGAATAAATTCTAACTTTCTTCAAAGCATAGAGTCTAATTTTGTAATCGAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTAGGCAATCCAAACATACCCTAATTAAAGTTTTTTTTAAGTTAAAAGAAAATCATATAAAACAAATCTTTTTATTTCTATTTGCAAAATATGATATTTAACCTATCATTACTTATATAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAAGTAAGCTAAGATTTTGTTTTTGGTCCATGTACTTTGAAAAGTAAGCTAAGATTTTAATCAATGTACTTTCAATAAAAATTAAATTTAGTACCTCATACTTGTTTATTTTATTTATTATTTTTATAAATATTTTGTTATCTATTAATATTTTCACTATAAAATTTAAAAACATACATATTTTTTGAGAAAAAAAAATTAAAAAACATATTAACATATTAGATTTATGTGTAATAAATTTTTTATAATTATTTAACCAATTTAATAAAAAATAACTTTGAGCGACTGTATTTAAGATTTATTAAAAATGCCACGAACTAAAATTGGACATTTGATAGTAAATAAGTTAACATTGAACAAACCTCAACATAGAAGGATCAAAATACTATTTTAACCTACTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTATTATTATTATTATTATAATAGTTAAAGAAAAAGACAGTTGGATTTTCGAAATTTTTTCTGCAAATCTATTTGTTTGGAATCTATTTGTGCTTTTTCAAGTGTTTTTGTCTCTTGTATACCGAATGCTCTTAGCTCCAGTGTTTCATGGCAAAACACACAAACATTTTAAAGAGTACATAACTAAACACCAAGGTGTTCCGTTGTTTGGGAGGCTAAAATGTAATCAGAATTACTGAAAATCAGAGGAGTGTTGGAATACGTAAGGTATCGAAGGTGGAACGAAAATGAGATTGTGAAACGTGAAAACAGTAGAAAAAAAGGGTTTGGTTAAAAACTGTCGAAATAAAATAAGTTTAAGATTATAAATTGGGCCCAAAACACTCAATCCAAACATAAGTTTTAGATTACATTGTTGAGAATTATGTCTTAAATCTCGTATTATGTAAATCTTTGTAAACAAATTATTAATAAATAAAGTATTATTTATTTTCAAATAATAAGTGTTATTTATTATTTGCATAACTCAAAATCTAATGTTATTTAATGCAACTTGAACAGTATGTGGTTGACATAGAAGTAGATTATGTTTAAGTAATAAGCTAAAAGGTCTATAGTATATATACAAGGTTGGGTAGCTTATCTTAGTAACACTATGAATACGACCCATTTTGTAACTGTTACAAATGTTGTAAGTATTATAAATGATTTAATTTAGACCATTCATGTCAAGACACGTAAGTGGTAGTTAAGGAGCAATAGGCAACTATAAGAGCAAAATAGTAATTTGACACAACTATAGTTATGAACAACCTATGTAAGATTGACTTACATAAAATGGTTAAATCAATGGACACATAAATATTCTATAGTTCATAAAAGTGCAACTATGAGTTTTTAGTGGAGTGCCTCATAGTTAATGAATGTTAATTAATTTAATTAAAGAGTTTAATTAATTAATCTTGTATCGTTGAAGCTTATAATTGTAGGTCCATTAAGTCCCTCTACTAGCTCACAAACGGATCAAACAAGTAAAAGGAATTTGAAGGGTTCAAATTATTTTAAGGAAATTAATGTTAATTGTATACAATACAATTAATATAATGTATAAGATACATTATAATATAAAGTTAATTTTTACTTAGATCCAAAATTAAACTATATAATACGAGAGTATTAATATTTGATTAAGATTCAAATATTAAATTAATATGAATGAGATTCATATTAAAACTATACATTACGTGAGAGATATACATTTGAATATGATTCAAATTAAATATTGAATATTTAATTAAATCATTAATTAAATTGTTTGATTATTTATTTAATTAAATTATGATTTATTTAATTTTAATTTTAATTAAATTAAACTTAAAATCTGTGGTAGAGTGGAGAGAGGGTAGTTACCATCTCTTTCTACCTTTAAAACTGCATAGAGTCTTCAGTTATCTGGGTTAAACTTGAATTTCACGTAAAAGACAATCACTCTCCAAAACTCTCAACGCTCTTACTCTTAAAAGTCACAAAGAAAAGTTTTATGTCAAAATTTTTCTTACAAAATTGGAGTAGAGCGATCACATACTTCTACAAAAGAATTCAATTTTTTTATATATTACAATCCAAACTCATTTTATTATGGACTCTCAAACGACCCTTAAAATGACATGCTATTTCTTATTTATAGCGAAGTTACATGCTCTTTTAACCTTGTTTATTTAGTGCATAAAAACAACTTTCAACTTCAAAAGAAAGTAAACATCATGTTATTAAATTTTTGATATTTTCATATTTTCGTAAATTTGAAATCAATTCTTTTTTCCAAATAATATCTAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

mRNA sequence

ATGAAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGAAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

Protein sequence

MKPRGEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ
Homology
[Close]
BLAST of Lsi11G016120 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K3J2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G237900 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 1.7e-04
Identity = 30/60 (50.00%), Postives = 35/60 (58.33%), Query Frame = 0 

Query: 5  GEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ 64
          GEV E +           K+W   RLNSD  NRR+ AQVD +S  G PLP P LNCQR+Q
Sbjct: 3  GEVAEAE---------NAKKWRFFRLNSDSYNRRQSAQVDTNS-RGHPLPSPTLNCQRHQ 52

[Close]
BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr
Match: KAE8646104.1 (hypothetical protein Csa_015620, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 3.4e-04
Identity = 30/60 (50.00%), Postives = 35/60 (58.33%), Query Frame = 0 

Query: 5  GEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ 64
          GEV E +           K+W   RLNSD  NRR+ AQVD +S  G PLP P LNCQR+Q
Sbjct: 3  GEVAEAE---------NAKKWRFFRLNSDSYNRRQSAQVDTNS-RGHPLPSPTLNCQRHQ 52

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi11G016120 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi11G016120 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0K3J21.7e-0450.00Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G237900 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8646104.13.4e-0450.00hypothetical protein Csa_015620, partial [Cucumis sativus][more]
BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 30..64
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 30..45

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi11G016120.1Lsi11G016120.1mRNA