Lsi11G016120 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview


Name	Lsi11G016120
Type	gene
Organism	Lagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Unknown protein
Location	chr11: 24454626 .. 24460711 (+)
RNA-Seq Expression	Lsi11G016120
Synteny	Lsi11G016120

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGAAGGTAAATTAAATCTTAAACCCTAAGAGAAGAATCAAAAGTGCTTTTAAGCTCTAGAACAAAACTTCTTTCTAGATGAAATATCAACTATGGATCTTTAATTTCAATTTTTTGAAGGGAAGAAAACAAAAAAAAACTTTAGAAAAGAGATTCAAACATCTAACATTTTGATCGAGATCAATTGAATTATCCTCAAATTTAAAATATACGTTTAAAGATTAAAACTTAAACAATGAAATTAGTTAAAAAAGAATTGAAAAATGACGAGCATGATTGTCGATGTTGGAAGTGAAATACGTTGTGATTTCCATATTTTGAATTTCTTCTAAAAAAAGTGAATATTTACTTTAGAGTTCAAAATTATTTTAAAGATCACTATTAAATTCGAGCATAATTTAAAAGATAAGACACAAACTATCGTCTTAAAATGGTATATGTGTCACTACTATAAATGAAGTGAGCGTACATATATTATAAAGTAATGTTTATGTCTCAATATTAATGATATAAAAAATCAATGTGCAACTATCAAAGGGACCAATAGTTTAAATCAAAGGTTGCATCTATAAAAGAAATCAAAGTTGAAATCAAGGATATGACGAAGGTAGAAAAGTAGTTCTATGTTTTTAATATGTTTGGATATTCATTGTCACCCCAAATAAAATATGAGCCAAATACGTGTACAGCGGATTTTCCACGACATACTTAATTTTATAGTCGTTAAGGAGTTGTTTAATATAGAAAATTGAGAGAGGCAAGTAACGAGTAAAGAAATGTGACATGATACTCTTACCTCTGACTTCACGGTGGAAGAGTACAAATATTATGTCAGTTGAGCTATGCTCATTTTAATAGTTAACTAACTAATTGTTTTTAATTTGTCAAAATTAATATATAATTAATTTTTTATTACAATAATATTTATTAAAATATATACTCAATTCATATTTACCAGTAAAAGCTTATTAAAAGAATGCAATTACCTAATTACTTATTTACTTAAATGGTTAATTAATTAGTTAAAAATATGGGTTGTTTTTAAATATAGAAAAATGAGCTAAAAGATTTACAATGACGCTCAATCGATAGAATTTTATTGCGGTCTATACAGTAATTTTTTTTTTATATTTATAAATAATTTGATATATTTTTTTTGTTTATAATAATTTCTCTAAAAAAAATCTTAATTTAATTAGTTAAATTACTAAAATGTGTATATTGTTGTAATTGACGGGTGAAGAATTCATAGCCACTGGTGAAGATTATCTACATAAATGACGTTGAATATTACTACAAATTCATTTTGCAAGTAATTTAAGTTATTGGTGTCACTTATTTAGTGTTAATTAAGGTAGTAACTTTAATTAGGAGAGATGTGATAATGACTTAGGACATATTTGGGAGTGATTTTCAAATTCTTAAAATTATTCTTCTTATCTTTTAAATCACTCTAAATTGTGTTTTTAATTTTAAAAAAAAATCAATGTTGATAATATAAAAATTGTATTTAAAAATATAAAATTAAATATAAAATTAATTCCGAATGATTAAAGATGCGTTTCAAGATAATTTTAAATATGACAAAAATGATTTTAATAATTTTAAAATCACTTTTAAACATGTACTTAGAGAATGATTTTAAAGATTTCTAAAGTTAGTAGTATAGTTTGTAAGTTATGGTCGTTTATGCATTTTCCATAAATCCAGTTAATGTTTTCAATTTGAACCACTTTTCTTAGTACAATTTCTCTATTTGTTTCGTCCATACTATGTTCACTGTGTACATTAGTCTTCTCTAAATCTATATTGTATCTTATAAATAAATATCTCAAATAAAAGGCTCTAGAAATAACATGGTAAATTAGTCTTCTCCAAATTTAGCTTGTATCTTGTAAATATATATCTTAAAAAAAAAAGACTAAAAATATCGTGGTCTTTCTTGAAGCTCCAAAGAATTCTACTATCTAGATAAGGGTTAACTTCATAGAAATATCCTTTTATTTGGGCTCTAAAAATTTTGTGTATATAAATATAAGAAAAAAAAATAGTTAAAGAGAGTGAGTCACGAAGATTTAGGGTTGAGTGGGCTACAATAGTCCACTCAAAGTTTTGGGTGTGTATTTACAAAATGGGTGGTAAGAGTTATTTTAAAGAGAACTTTAAAAAATGGAAAAAGAAGGAAAACTATTTCCACAAAATAGCAAAATTTTTAGATAATTGTGATAGACGCTGATAGAAGTCTATCAGGGTCTATCAGTGATAAAAATGATAGAAGTCTATCACTGATAGATGCTGATGGAAATCTATCAATGTCTATCAATATTTTTTTTGCTATTTTTTGTAAATAGTTGACATTTTTTCTATTTGTGAAAATTTCCCTATTTTAACCCCATGTTTTGCTATAGTAACACTATTTACAACTCAATGGTTAAAATAAACAACTTTTCCTTCCCTCCAACGTTTCTAATGACCCCACCCGCCGACAACCAACTTCAACAACAACTATCGTTTGTGACTACCGCGGCCTCATTTTGACAATAATCATTGGTGATGACATGTTTTAGAGGACAATTTCGACGACAACCTTTGGTAATCAACTCTGGAGACCACCTCCGGCGACCAGCTCCAATGAACCACTTATGGAGATCAAATACAACGACCACCTCCGACACCTAAACTTCGGTGACTAGCTCCAGTAGCCAACTTCGCCGATTACCTCTGACAACCAACTTTGTCAATCATCTACAACGATTAACTCAAACAACGGACCCAACCTATTATATACTCAAAAAAAAGAAAAAATCTTGGTCAGTGAAAATATTTTTACATACAAATTTGAAATTTCATAGTGTTTAATAGTCTTCTTTTATAGTAACTTGACATTAATAGATACACTTTAAGTGTATAGCAAACCAAACAAACTTGTACATAAAAACACTTTTAAGAAAATATAATCAAGCACATGAGTAATTTTATTTCAAATAGATGTTATAAAAAATTCTAAATGAAAATCTTTTTTTTAAAAAAAGGGTTAAATTGAAAATTTAGACTCCATAGTATGAACAAAGTTAGAATTTAGTTCATATAGTTTATAATTAAAACTTAGTCCATGGTTTATAACTATTTATGAAGATTTTATCAAACCATATGGACTATTTATGAGGTTTTATCAAACTATAATAATTGAATTCCAATTTGTAAAACCATATGGAATAAATTCTAACTTTCTTCAAAGCATAGAGTCTAATTTTGTAATCGAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTAGGCAATCCAAACATACCCTAATTAAAGTTTTTTTTAAGTTAAAAGAAAATCATATAAAACAAATCTTTTTATTTCTATTTGCAAAATATGATATTTAACCTATCATTACTTATATAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAAGTAAGCTAAGATTTTGTTTTTGGTCCATGTACTTTGAAAAGTAAGCTAAGATTTTAATCAATGTACTTTCAATAAAAATTAAATTTAGTACCTCATACTTGTTTATTTTATTTATTATTTTTATAAATATTTTGTTATCTATTAATATTTTCACTATAAAATTTAAAAACATACATATTTTTTGAGAAAAAAAAATTAAAAAACATATTAACATATTAGATTTATGTGTAATAAATTTTTTATAATTATTTAACCAATTTAATAAAAAATAACTTTGAGCGACTGTATTTAAGATTTATTAAAAATGCCACGAACTAAAATTGGACATTTGATAGTAAATAAGTTAACATTGAACAAACCTCAACATAGAAGGATCAAAATACTATTTTAACCTACTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTATTATTATTATTATTATAATAGTTAAAGAAAAAGACAGTTGGATTTTCGAAATTTTTTCTGCAAATCTATTTGTTTGGAATCTATTTGTGCTTTTTCAAGTGTTTTTGTCTCTTGTATACCGAATGCTCTTAGCTCCAGTGTTTCATGGCAAAACACACAAACATTTTAAAGAGTACATAACTAAACACCAAGGTGTTCCGTTGTTTGGGAGGCTAAAATGTAATCAGAATTACTGAAAATCAGAGGAGTGTTGGAATACGTAAGGTATCGAAGGTGGAACGAAAATGAGATTGTGAAACGTGAAAACAGTAGAAAAAAAGGGTTTGGTTAAAAACTGTCGAAATAAAATAAGTTTAAGATTATAAATTGGGCCCAAAACACTCAATCCAAACATAAGTTTTAGATTACATTGTTGAGAATTATGTCTTAAATCTCGTATTATGTAAATCTTTGTAAACAAATTATTAATAAATAAAGTATTATTTATTTTCAAATAATAAGTGTTATTTATTATTTGCATAACTCAAAATCTAATGTTATTTAATGCAACTTGAACAGTATGTGGTTGACATAGAAGTAGATTATGTTTAAGTAATAAGCTAAAAGGTCTATAGTATATATACAAGGTTGGGTAGCTTATCTTAGTAACACTATGAATACGACCCATTTTGTAACTGTTACAAATGTTGTAAGTATTATAAATGATTTAATTTAGACCATTCATGTCAAGACACGTAAGTGGTAGTTAAGGAGCAATAGGCAACTATAAGAGCAAAATAGTAATTTGACACAACTATAGTTATGAACAACCTATGTAAGATTGACTTACATAAAATGGTTAAATCAATGGACACATAAATATTCTATAGTTCATAAAAGTGCAACTATGAGTTTTTAGTGGAGTGCCTCATAGTTAATGAATGTTAATTAATTTAATTAAAGAGTTTAATTAATTAATCTTGTATCGTTGAAGCTTATAATTGTAGGTCCATTAAGTCCCTCTACTAGCTCACAAACGGATCAAACAAGTAAAAGGAATTTGAAGGGTTCAAATTATTTTAAGGAAATTAATGTTAATTGTATACAATACAATTAATATAATGTATAAGATACATTATAATATAAAGTTAATTTTTACTTAGATCCAAAATTAAACTATATAATACGAGAGTATTAATATTTGATTAAGATTCAAATATTAAATTAATATGAATGAGATTCATATTAAAACTATACATTACGTGAGAGATATACATTTGAATATGATTCAAATTAAATATTGAATATTTAATTAAATCATTAATTAAATTGTTTGATTATTTATTTAATTAAATTATGATTTATTTAATTTTAATTTTAATTAAATTAAACTTAAAATCTGTGGTAGAGTGGAGAGAGGGTAGTTACCATCTCTTTCTACCTTTAAAACTGCATAGAGTCTTCAGTTATCTGGGTTAAACTTGAATTTCACGTAAAAGACAATCACTCTCCAAAACTCTCAACGCTCTTACTCTTAAAAGTCACAAAGAAAAGTTTTATGTCAAAATTTTTCTTACAAAATTGGAGTAGAGCGATCACATACTTCTACAAAAGAATTCAATTTTTTTATATATTACAATCCAAACTCATTTTATTATGGACTCTCAAACGACCCTTAAAATGACATGCTATTTCTTATTTATAGCGAAGTTACATGCTCTTTTAACCTTGTTTATTTAGTGCATAAAAACAACTTTCAACTTCAAAAGAAAGTAAACATCATGTTATTAAATTTTTGATATTTTCATATTTTCGTAAATTTGAAATCAATTCTTTTTTCCAAATAATATCTAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

mRNA sequence

ATGAAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGAAGCCAAGAGGAGAAGTGGGGGAAATGGATTGGGGGCATCTGAATGTACGGAGAAGGCGGGGAAAAAGGTGGCCATTGTTGAGGTTGAATTCTGATTTTGACAACCGCCGAGAAGGAGCGCAAGTGGATAAAAGCAGCGGCCACGGCGACCCCCTTCCGCCGCCAATCTTGAATTGTCAACGCAATCAATAA

Protein sequence

MKPRGEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ

Homology

[Close]

BLAST of Lsi11G016120 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K3J2 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G237900 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 1.7e-04
Identity = 30/60 (50.00%), Postives = 35/60 (58.33%), Query Frame = 0


Query: 5  GEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ 64
          GEV E +           K+W   RLNSD  NRR+ AQVD +S  G PLP P LNCQR+Q
Sbjct: 3  GEVAEAE---------NAKKWRFFRLNSDSYNRRQSAQVDTNS-RGHPLPSPTLNCQRHQ 52

[Close]

BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr
Match: KAE8646104.1 (hypothetical protein Csa_015620, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 3.4e-04
Identity = 30/60 (50.00%), Postives = 35/60 (58.33%), Query Frame = 0


Query: 5  GEVGEMDWGHLNVRRRRGKRWPLLRLNSDFDNRREGAQVDKSSGHGDPLPPPILNCQRNQ 64
          GEV E +           K+W   RLNSD  NRR+ AQVD +S  G PLP P LNCQR+Q
Sbjct: 3  GEVAEAE---------NAKKWRFFRLNSDSYNRRQSAQVDTNS-RGHPLPSPTLNCQRHQ 52

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lsi11G016120 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lsi11G016120 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0A0K3J2	1.7e-04	50.00	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G237900 PE=4 SV=1	[more]

BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAE8646104.1	3.4e-04	50.00	hypothetical protein Csa_015620, partial [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of Lsi11G016120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 30..64
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 30..45

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi11G016120.1	Lsi11G016120.1	mRNA