
Lsi11G000380 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAAAAAAACAAAAAAAACTCTGAATGTAGCTCTATCAGCTCATCCTAGATTAATTCTCCAAACATGTGTGCCTGAAAATGCAAAACATGTGAAAGAAACATGCCTTGGATGAAAATTGGACGGCTATTTACTTGGTTAAAAAAACAAAAAGAAAAATATGTGCTCTTTTGCACAGTGAACGCCGTACATCAGTCGTTCCTTTCGCCTTTTCTTCTCCATTTCTCACTGTCTTTCCCGCCGGAAAATTCTCGCAGGTTCTCCGCTCACAGCATGAAGCGCGTCTTCGACGAAATTTCCGACGAAGAGTGGTCGAATCACTCCTTCAAGCCCTCTCGCGTATTCAGCAAGCCACAGACTGAACCATCGATCCCTCCTCCGATAGAATCTTTCGCATACCGACCGCAGCAGCTCTATATTTCCGACGAGAGCAGTGACGATTGTGTCGTAGTCATGGAAAGTGCCAAGAATTTCGAGGAAAATTTGGAGGACGAGGATGTCGAGGTCGAGGGAGTGAAGTCCACCACGGCGGTGAGTCGTGGCCGTCGGTTTGTGATTGATGATGAAGATGAAGAAAGTGAGAGGGAATTGACCGAGGTTTGTGATGTAAAGTCGACGAGTGAGGAGGAGCAGGAGGAGGACAGGGAGGATGACGATGATGTCGTCGGTAAGGCTCTGCAGAAGTGTGCAAAATTATCTGCTGAGTTGAAGAAAGAGCTGTACGGCTCGTCCGTCTCTGCCTGCGAACGATATTCAGAAGTGGAGTCTTCTTCTGTTAGGATAGTTACCCAGGTACTTCTCAATTTATAAGTCATGAAGGTTTGTTTTTATGAATTTGCATTACTGTGTATCCTGTCTTCTTAGCAAGAGGTAGGAGACGAGATAGATTGAACAACTCCATGTGTACAAGTGGTCATCAAATCTAGGGTTAAGTTCTGTCAAACAATTAGGAATGTGGACTTGGACTTCATCCTCCTCTTGATACAATGTCTGAAGTGGATTAAAAATTATTACTTGCAGATTTAGGACTCAATCTTTTTCGTACATTTGTTGGATTATGTGTTATGCTTGTCGACATTTCTTCTTTGCGGTTTAGAACATGTCATCTTTTTCAAAATATTATGAGTGAAATATAACTTTTACACTGATTTTCTGCTGTCTTCTGTCATTAGACGATTAAGTGTTAGTGTTGGAATGTCATTAGACGCTTAAGTGATTCCGTAATATTTTCTGACATATAATAAGACAAACTACAAAGTGACAAAATAGATTGTTCAACACTATTAGCTTCGTCGAACTAATCATAAAGCATAACTCTGATTTCTGATAAGTGGATGTAATCAACATCTAACTTTTTTAAATATCTGTTATATGTGTATATTGTTTGTCTTTTTTTGTAAAAATAACCTCACGAGGAGAAATGGAGGAAAAAGAAAAAGAACAAGAACAAAGCCCGTACAATTGGGCCAATGACTTTGCAGGATAGAGCTTCGATTGTTGCCATTTTTTTGTTTGGTAAGAGATAATTAGTTTACAAAAAAGAGAAAAGCCCCTTGGAGATGATAAGAAGTTTCCAATTTGCTTAAAGTGAAGCATATCTATAAAGGAAGTTGACAATGTGCACCAGGATATAGCAAGGTAAATAACCTGATCGTAACACATCTTGAAAGTATGTTCCTTATAGACAGAGTTCTTTTATTTCTTTCCATCCAAAAGGACCCAAAAGAAAGACCTAAAAATGTGGAACCACAACAAAGTCTTATCCTTCTTAAAAGGGTGGCCGATGAAAATGGTGGAGAGAAGGGTCTTCATGTCAAGGGGGAGGGTCAAACCTATCAAAGGTCGTCAATATTTTACTCCAGATTTTCTGGTTTGAAGACTACTAGGGGTAAGTGCCAACTGTTGGGGTAATTGTGATTTGAACAAGGTGAGTAAGTGGGCTGATATGGTTGGATGTGAGGTGGGTCCTTTCCTTCATCTTGTCTTGGCCTTCCCTTAGGTCATAACTCCAAATGTCTTAACGTTTTGGGATCATGTAGGGGTAGGAGAGAAGGTTTTTGAGACCCTCCATCGATGTTAAAATAACATTTATAATTACCGATCATGAACTTCAACTACTGAATAGTCTTATTAGCAAGACTAGGTCTAACCACATGGAGCGTAAGATAGAATCTCTCTAAGGTAAATTTATCTTAGGAAAACAGTAAAAAGAAGGGGGGTTGACAGGATAAACTAAATGCAGAAAATTAAAGTGTGGAAAGTAAGATAGATAAAGAGAGAGAGAGAGTGATAACATGATATTACCTTCGCCAATTAAGAGACCGTTGGGCTATTTATGAATTAAATCATCGATTTATCATATGAATTAGGTTATTGGGTTATCTAATTATCAAGCCTAATTGACTATCCAATAGTGTTGGACAAACTCCCTTAATCGAAAATCAACTCGGACGTCAATTCTTAAATTAACTAAATAGGTGTCACACAATGCCTACTACTTAGTTAATCGCATTAAGCTCTTCGATTGATTAGGTCTTTGGATTAAACTGGCCATGTCTAACCTAATACTTTTCTATCCCTTAGGTTTCGTTATCTTTCGTTATTGGGGACCTTGGTAGTGCAGAAGTCGAACCATAACTATAACTCAACCTAGCTACTACACAAATTAAGCATGCTTTCGTGATGAATCGCAACATATATAGCATAGAACAACCTATGCTCTGAGACGACTAATATGCACATTAATCGAACATAAATTGAACATAGATTCAACACAAGGAATAACAAACATAAACAATAAGAAAAACCCATAAACATTCATCAAAATCTCACTAAACCATAAACAAGTGCCCAACAAACCTCAAAATCGACATTCGGGGTCTACCCGGTCATCGAGAGTCCCAACGCCATAATCTTCAAATACAAAGCACATACAAGGAAATCCCATGGATTTTGGCCAAAAATGGCCAAAATCGAGCCTAGAGCTCCTAAAATCGGCCTAAAACTCTCCTCTCCAAACCCTAAAATGAAAGAAAGAATATATAGGGCTCACGACGGCGATGCAGCGCCACTAATGGCGGTGCATCTTGATGGGCTGAATAGTCATAGCGCTATGTGCGACCAGATCTCCAATATTCCCGATGGCGCCATGTTGTTGCTTTGCCTCTGCTTTGCATGCTGTACTTTGGCATGCGACTCTAGACCTTGGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGATTTTGGTCTTTTTGAGTCCTTTGATGCCTTAAATGTTCGAATATGCTTCTAATAGCTCCAAATTAACCCTGAACTTCTCATAACGCTCCAGAATGCATGAAATGCTTGAGTTCCTACAAATATAGACATTTAAGCTTATTAATCATACTAAACGAGCGAGATTAAAGGCACTAAGATAACACATTTCGGGTGCTATCATGTGTTGAATAAGATTTGATAGAAGTTGGTGTCTTGGAAGAAGGCAGACTTATCCTGATCTAGTATGATCTAGTCTGTTTTGAGTTAGATTCCAACCTACTTCCTATCCCTCTTTAGGATATCGGTATTAGTTTGTAAAACTTTAGAGAAGCTCATGAGGGATTTTCTTCAGGATAGGGGTGGAGGAGAGGAAAGGAACACACTTAGTAAAGTGGGAGATTGTTTGTGATGAAACCTATTGACTTTAGGGTCTAGGGATTGGTAATGTGCGAGAGATTGACAAGGCCGTTTTGGCCAAATGGTTGTGGTGTTTCATTAGGAGTCCATTTTCTTGTGGCATAAGGTTTGAAATTTGCGCTGTCCTCTTTTGAGTGATCCTTTATCTCTCTTTCTTTTCCTAATTATAAGTGAAGTCCTTTGTGCTTTTGTTTCTCGTATCCATGAGAATGGAGTCTTTGAAGGTTTCATGTTGATGGTGGGAAAAGATAAAGTTCACGTCTCAATTTTGCAATTTGCGGATGATACACTTTTGTTTTTTGAGAAAGGAAACAGAACTTTTCATTGATATAATGAAAAGAGACTAATGCTTAAAATTACAAAGAAACAATGCAAATAATAAGTGAAAAGAAAAATGTCAATAACACCAAAACATCTAACAAGTCAATGTGACGATAAAGTTCAAAGAGAGGAGATAAAAGCTCCCCAGTTTAGACAAATATCTTGAAGGGAAAAATTCACAAAAGATTTGGATAGAGAACACCAGACGGAAGCAATGAGCCGAGCAACTTCAAACTGATCGGACCATTGAAGATGCTTTTCATGAAAAACTCTTTGATTTCTTTCAAACCATAATTCAGCAAGAATGGCTTTGACTGCATTAATCCAAAGTTGCTGAGACATCTTCTTCAAAGAAACCCCATAAAGAATCTGCTGAACATTGAGCTTGAAGGAATTGCAGAAGACCCAGTTTAACTGAAAGATGGACAGCAGCTTCTTCCAGCATGCAAAGAAATAACTGCAATCAAAGAAAAGGTGCTGGAGGTCTTCACAATGCGGATGATACACTTTTATTTTGCAAGTATGATGAAGCTATGTTGGATATTCTCATCCAAACTATTGGGTTCTTTAGATGATGCTCCGGACAAAAGGTAAATTGGGACAAATCAACCTTATGTGGTGTTAATGTTGATGATAGAATTATGCTTTCTACCTCCTCCGGGCCGAAATATAAAGCTGAAAAGCTACTGTTTTTGCATTTGGGTTTACCTCTTGGTGGATATCCGAAACAACTATCTTTTTGGTAACCAATTAAAGATAAAGTTCATAAAAAGCTAGACAAATGGGAGCGGTATAATCTATCTAGAGGAGGTCGATTAACTTTGTGTATTGCAGTCTTGGAAAATTTACCTACCTATTATATGTCAATATTCCTAATGCCCAGTTTGGTGATTTCAGAATTGGAAAGAATGATTTGCTCATTCCTCTGGGAAGGCCAAAAAGGGAGTAAATTGAATCATCTTGTGAATTGGGATTCCACTTCAAAGTCTTTGCATGATGGAGGTCTCGAC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MPWMKIGRLFTWLKKQKEKYVLFCTVNAVHQSFLSPFLLHFSLSFPPENSRRFSAHSMKRVFDEISDEEWSNHSFKPSRVFSKPQTEPSIPPPIESFAYRPQQLYISDESSDDCVVVMESAKNFEENLEDEDVEVEGVKSTTAVSRGRRFVIDDEDEESERELTEVCDVKSTSEEEQEEDREDDDDVVGKALQKCAKLSAELKKELYGSSVSACERYSEVESSSVRIVTQDDINAACKAEDSDFEPVLKPYQLVGVNFLLLLYQKGVGGGATCKQEEGTPVVLRLICKSDSCGKLLFLALCGLQRDDFFGSSASKFCLVLLVVAFVNSIGFGLLALFWRRIFGQVFRVVVQVVGGCGCFPRFALKIGVKYILRQFHALPCIDSGYFMHLSYRILDSVGQAVCPVRVVEAITYLVMLKYLNNDSGPHLIVCPASVLENWERELKRWCPSFSVLHYHGAARSAYAKELNSLAKSGLPPPFNVLLVCYSLFERHSSQQKDERKILKRWQWSCVLMDEAHALKDRNSYRWKNLMSLARNAKQRLMLTGTPLQNDLHELWSLLEFMMPNLFATEDVDLKKLLTAENNSLINHMKYILGPFILRRLKSDVMQQLVPKIQQVRFVAMEKQQEDAYKDAIEDYRNASRGRIGRNANTNSNNIYGVLPRRQISNYFVQFRKIANHPLLVRRIYKDEDVVRFAKKLHPLGAFGFECTVERVAEELKSYNDFSIHRLLLSYGITDRKGVLSDNEVLLSAKCRELAQLLPSLKQDGHRVLIFSQWTSMLDILEWTLDVIGFTYRRLDGRAGGQGLNLTGADTVVIHDMDFNPQIDRQAEDRCHRIGQTKPVTIYRLVTKGTVDENIYEIAKRKLVLDAAVLESGLEMDNEGESSEKTMGQILSAILLG Homology
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZUL5 (Protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=ETL1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 924.9 bits (2389), Expect = 7.1e-268 Identity = 503/888 (56.64%), Postives = 601/888 (67.68%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9VL72 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 homolog OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=Etl1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 305.4 bits (781), Expect = 2.1e-81 Identity = 196/521 (37.62%), Postives = 280/521 (53.74%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: E7F1C4 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1B OS=Danio rerio OX=7955 GN=smarcad1b PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 305.4 bits (781), Expect = 2.1e-81 Identity = 190/528 (35.98%), Postives = 294/528 (55.68%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5FWR0 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=smarcad1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 298.1 bits (762), Expect = 3.3e-79 Identity = 179/498 (35.94%), Postives = 279/498 (56.02%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9H4L7 (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SMARCAD1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 285.4 bits (729), Expect = 2.2e-75 Identity = 178/529 (33.65%), Postives = 285/529 (53.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CC04 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499098 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1272.3 bits (3291), Expect = 0.0e+00 Identity = 673/866 (77.71%), Postives = 696/866 (80.37%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FXC0 (protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111447914 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1233.0 bits (3189), Expect = 0.0e+00 Identity = 652/869 (75.03%), Postives = 688/869 (79.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JU99 (protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111487952 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1228.4 bits (3177), Expect = 0.0e+00 Identity = 650/870 (74.71%), Postives = 686/870 (78.85%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DYN8 (protein CHROMATIN REMODELING 19 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111024255 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1182.2 bits (3057), Expect = 0.0e+00 Identity = 633/873 (72.51%), Postives = 668/873 (76.52%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CC36 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499098 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1180.6 bits (3053), Expect = 0.0e+00 Identity = 625/813 (76.88%), Postives = 643/813 (79.09%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. NCBI nr
Match: XP_038877194.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1283.9 bits (3321), Expect = 0.0e+00 Identity = 681/866 (78.64%), Postives = 703/866 (81.18%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. NCBI nr
Match: XP_004140399.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 [Cucumis sativus] >XP_031741288.1 protein CHROMATIN REMODELING 19-like [Cucumis sativus] >KAE8648070.1 hypothetical protein Csa_018841 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1281.2 bits (3314), Expect = 0.0e+00 Identity = 676/866 (78.06%), Postives = 699/866 (80.72%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. NCBI nr
Match: XP_038877196.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1278.5 bits (3307), Expect = 0.0e+00 Identity = 679/866 (78.41%), Postives = 697/866 (80.48%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. NCBI nr
Match: XP_008460215.1 (PREDICTED: protein CHROMATIN REMODELING 19 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1272.3 bits (3291), Expect = 0.0e+00 Identity = 673/866 (77.71%), Postives = 696/866 (80.37%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. NCBI nr
Match: XP_022943065.1 (protein CHROMATIN REMODELING 19 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1233.0 bits (3189), Expect = 0.0e+00 Identity = 652/869 (75.03%), Postives = 688/869 (79.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. TAIR 10
Match: AT2G02090.1 (SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein ) HSP 1 Score: 924.9 bits (2389), Expect = 5.1e-269 Identity = 503/888 (56.64%), Postives = 601/888 (67.68%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. TAIR 10
Match: AT3G12810.1 (SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein ) HSP 1 Score: 231.5 bits (589), Expect = 2.7e-60 Identity = 197/733 (26.88%), Postives = 295/733 (40.25%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. TAIR 10
Match: AT5G19310.1 (Homeotic gene regulator ) HSP 1 Score: 230.3 bits (586), Expect = 6.0e-60 Identity = 165/510 (32.35%), Postives = 241/510 (47.25%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. TAIR 10
Match: AT2G13370.1 (chromatin remodeling 5 ) HSP 1 Score: 228.4 bits (581), Expect = 2.3e-59 Identity = 174/529 (32.89%), Postives = 248/529 (46.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi11G000380 vs. TAIR 10
Match: AT3G06400.1 (chromatin-remodeling protein 11 ) HSP 1 Score: 226.9 bits (577), Expect = 6.6e-59 Identity = 158/501 (31.54%), Postives = 239/501 (47.70%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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