Lsi10G008570 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi10G008570
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationchr10: 12662915 .. 12668344 (-)
RNA-Seq ExpressionLsi10G008570
SyntenyLsi10G008570
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
AGGAAGAAGCCCCAAAGCTGTAGAAGAACGAATTCTTCAGCCATGTCGGACGAGGAGCACTACTTCGAATTGAAGGCCGATGTTGGAGCCTCCAAGACCTACCCGTAACAGGTTGGAACTATCTGGAACAGCTACATCATCCATCAAGAATCGTCCGTGCAAAGGTGATTTCTTCTTCCTTTCTTCTCGTTGTTCCATTTCGCCTAATATTCATTAATGGTCTTCTTTATGTGTTGATTTTAGAGCTAAGCTTCTTTAACCTCTCTTCTTCTTCTTCCGAGTTGCAGATTGCATTCAATGCGCTACCATGGTGTCCAAGCTAATCGACTTCAACACCCAATTCATTGGTAGTCACTCTCTCTGACACTTTTCCCTTCCCCTCTACCACTCAACCTAAATTGTAGAAATAGGTCTCTTTGATGGTTGTCATGCTAGAGTTTATATTTTGCAAGTCTATGTGTGCATTTGAGTTATTCAAGTATGTTTCGGAGGTAAATCAATTATGTATTTCCTTTATTATTCGATTTACATTGATTGGAATGATTGTTGTGTTCATTCTCTTATGCATTTGAACATATATTTTCAATGTAGCATGGTTTCAAAATGCACTTACTATGATTGTTAACAAAATTTTAATTTGTACGAACATCTATTTATTATTTTAGTTCTTTATTTCAATAATTTTACTAACTTTTTATTACTTAATGACTTTTTATAGGTTAATGAAGAACTATCAATGCATGTAATGTCTTGACTTCCAACACAATTTAAGTTGGAGTTGATTGGAGTTTTGATATCAACCTTTTGTAATTTATAAAGTTTATGTTTTGTTCATCTCTAAATGTATGATACCCATTAGTAGATCTTCTTTTTGTTGACAGTATGAATCTTGTATGAACGCTATTTATATACACATTTTGATTATGAAGATTATAAATATTTTTTATTTGACTTTTAATGTGTAATAGGGTATAAAGCACAATAATACCAATATGAACATATTCAAAAAACTATAAAAGATGCAATAATAGCATTTATTAAAGCTAGAAGAAGTTTATAAAAGCTATGAAAGAATTGTTTTTTAACATTTGAAGGCTTATTATAGCTTTCATTAAATAAATAATTATAGCTGCAAATAAATGATACAATAGACAAATAATAACCTTATATTTTAGCTATAAAATTATATTTATAGCTTTTTTATAATGCTATCTTACATTTTACAAAGATCAAATGCCCTATTTAAAGTTTTCAAAATGCTATAAAAAGTCAGCATTTCATAGCCTGTAACTAAATGCTATAAAAAGATTTGAGTTTTTATAGCATTTTCAAAATGCTAAAAAAAGCCTCATACTTTTAATAGCATGGGCTGTCACGACTTTGCATAAAACGCTATAAAAGACCTATTATAGTATTTTTTTGAAGCTATCGTAAACCTTTTTTCCTATAGTGCCTACTCGATTTCCGGATAGTAGAGAGGTTGTTCCCTTAAGGGCTGATCATAGGTGTTGAACAAGGGGCCTCATCCTCTCACTGGCTCGAGAGGAATTAGATTTAGTGTTTTGAACCTAAATCGATTGTTCATTAGAGGGACAGTGGTACTCAAGGAGAAAAGATGTAACTCAGGGGTAAAATGGTTTTTGACCTAGCTAAGATTACAAACGACCTATGAAGGATCAACTTATTGATGACAATTATATCGAATGGACACAAATATATCTACAGTGAGGGGAGTGCATCTACAGGCTATAGTGGACAGTCATGTTAGTTAATGAATGTTGATTAACTAGGTTAAAGAGTTTGACCAGTTAGTCTAGGATCGTTGGAGAGCATGATCTGTAGGTCCATCAGATCTCCATGCTAGCTCATAAAGGATAAAATTAATGAACTATGTGAAGCAAGAATTTGAAGAGTTCAAATTCGGTTTTTTTAGGGAATATTCTTTTTTATATGATATATAATATATAATTTAATAATTAATTGAGAATTAATTATTTTGGAGAGTATGACTTATTTAAATTAGTTTTAAATAAGTTTAAATCACGAAAAAGGTTGTAATTTGATTAATTTGATTGATCAAGCTTAGATGTCAAAGACTAATTAATATGAGATAGTAATTTGCTAGTCTTTTAATTAAAATTTATTTTAATTAAATAGAAAATTTATTTTTCAATTTTATTTTTATATAAATCAGTTTTATAAAAGATTTTATTTAAAAATCAAGTTAGTGGAGAAATCAAAGTTGGATTTTCCCACTAACTAGTGGATTTTAAAGTGTTTCTTCAAAGCAATGACACCTTATCATATACATGCTAATGGGGTTTGAAATGGAAGGCATGCAAGGCTTGTTCTTGCATGCATTTGGTCTTTATATAGGCGATGAAGATCACTTGAAGAAGGCTAATGCTTCCTTGCATATGTGCTGTTTTTTTCCACTCAAACTTCTATAGTATTCTCCTAGCCATTAGTGAATTCCCTTAGCTTTCACTCAAAATTTGGTCCCACAACTGTGTTCATGAACCCAAGGATAGCACGGATTTGTCGTTGGTGGTCACTTTGAGATAGGAGAAGAAGTTTCAGTGGAGGTCTTCAAAGGTATAAAAATTATACTCTTTACATTCCTATTATGTTTGTTATAGCATGCTTGTTCCTTTTATTTTTACATAATTAAGTGTGTTATTTGTTTCTATTACTCTTGCTTTGCATGTCTGAGCTTCTAACACTGGCATGTCCCCTCCAAGATACAACAACCCAACTAAAACGTTGTGTAGCTCAAACCACTCTGCACTGAAAGGTTGAGCTCAAAGCTCTACAACTAAGAACACCCTTCTTTTGGCCAAATGCTCTTAAAGAGCTAATGAGAGAAAGATAAGAGAGAAAGATATAATTTTTTTGTTGTTGAAATTGTGTATCTTAAGGGAAAGATGCTACCACTATTTATACTCAAATCTAGATCTTGATTTTTAATTTTCATAATAAATAACATCTAAATTTAAGTGCGTTTAAACTTTCTATTTAAGTAAACAAATAAGGTATGTAAAACTCTCTTTTTTTAACTTAATTAAAACTTAAAAAGAAAGTTGTTAAATATTAAAAATGTAACAACATAAGACATTAAAAATGTGGATGAATCTGCATTTTCAAATTCATTAGGACTCTTCGGTGGCCTTGAAGCTTGAAAGCAACTCTTCATCATAGCTTGGAAGTAAAAATTTAATTCTTTAGCTCTTTTCAATGTCATTTATTTCCTTATCAAAATGGGTTAGGACATGCATTTAGCATGCCTTGTTCATCAAATTTAGAGGTTTGGTCTCGGCCTCATCCTTGGTCGAGGAGGTTAGTTTGATCTTTTGACCCAAACTATCTTCTTCACGAGGCTTAAATAGGTTTGTTCACACGAGATTTCGACAAAGAAAATTTAATTCGTGGAAATGAACTTGATTTTATTGATTTAAAGTATAAGTGTTACAGTCTCTAATTTGTAATCCCCTGATGCTTTTTCTCGAATGTTAACTTTGATTTGAGGGCTGATGAGCTTATTCTCAAATTAATGAAGACCAGTCTTCAATTTGTAGATGACGAAGAGATGATTGATTTGTTGAAAAAATCTTCTTGTCTTTCGAATCTTTTGGATTCTGAATGTTGAAATTCTCTAGATTCTCTGACTTCTCTCTTTTCTGAATACCCCAAATGATGGGTGGCCTCCTCTATTTATAGGGTTTTGGGAGGCCCTATATGGATTTGGGCTTGGATTTAAATTAATCCTTTTTAATAGATTTTTATTTAAATTTGACCCAATATATTTTAATAAACTCAAGATGACCTAGCTTTGGGCCCAATCGCCATATGGTATAATTTGATTGGATGAGTTCAAATGGTGGATATGCAAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAGGAACTTTTGCAAAGAAAAAAGATGCTTTGGGAGTGTGAGATACGCGGACGGGGAGTACGCAGCAGGAAATGACTGAACTGAAAATGAAACCTTTCTCCGGGCATCCATCCAATGCATTCTTTTCGAAACAGTAGGGTGTAAAAGCAACAGGAAGAATTGCTCAGATACCATCTCTGGTTCTTGGTAATGCCATCTGTCCTTTTGCGCCTCACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAAGGGTGCCGCCTCACAAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGGGCGACTGTTTAATTGACATTGCCGGTAGATCGATGTTGGGACAAGTGGCGTCATTTGATTTGCCAACTTTTACGTCTTTTAATTTAAGTTGAGGACACATGTAAATTTGCAATTGGTCTCAAATTTATCTATCACTAATTTAAATTAATAACGTGTCAATTTGTGACTGGCCGAAATGTATTAGTCAACAAATGCCCCATTTTCTAAATTTATGCACATATAGGCATGCGTGAATTTCGAAAAGAAATTATATCGACATTAATTGCCACCTTTGACATTTCTTATTTTCCAATCAAAGAATTTGCAATAGTGAGCCAAAAATCATTTTGGCCAATTTTTTAATTTTTGGATTTGACCAAAAAAAAATTTCAAATGACATAGATTTGGGGCTATATATATATATATATATTGTAAGAGACCTCCATATTTAATTGAGATAAAATATTCCTCCAATTGATGTGTAAATTTGGAGTTAAAATATTTTCCTAATAAAAAGTATAGGAAATCTTCATATTTGATTAGATTAAAATTTTCCTCCAATTGATATGTATATTTGGAGTTAGAATATTTTTCTAATAAGAATGGTAGGCAATCTGCATATTTGATTATGACAAAAATTTTCTCCAATTTTATACTTGAATTTAGAATCCAAACTTTACTCGAACGAAATTTGGAAGGCATAGTTCAAGACAATTTTTTTTTTAATTCCACTAGAATTTTGACCTTAAATGGAATTTGTTTAAGCTTTGATTTGGAATGAAATTCCAAATTGGATTTTGGTCAAATTTTGACCAATAGAATTCCTTATTTAAATAGAATCAAGATTTCCACAATAAAAAACCCATATCAAATCATCCCAAATTTGAGTATCTCGTGGATTCCATGTATAATAAATTTTATATATATATATGTTAGGCAGAACAAGAGTATTCATCACATTTTGGAGTCGACTCGTAGTTGCGGCTGCACACTCACGTTTGGTTTGAAAGACGAAGCATTCCATAGCCACTGTATTTTAGAACCTTGTTGACCTGATAATTGATTGCCGAGGGAGATTGCTGTGTGGGTCTATTTCGAGTCGATCTGTTGGCTGTTTGGGTGTTGTCGTGTCTGAAGCTGTCGCCGTTGAGTCGTTCATAGGTGATCACCCGTTCCTCGTAGTTGTCAAGAGTTCCCGACGTGATGGACTTCGAGACGCGAGCCCTCCTATCTGA

mRNA sequence

AGGAAGAAGCCCCAAAGCTGTAGAAGAACGAATTCTTCAGCCATGTCGGACGAGGAGCACTACTTCGAATTGAAGGCCGATGTTGGAGCCTCCAAGACCTACCCAACAAGAGTATTCATCACATTTTGGAGTCGACTCGTAGTTGCGGCTGCACACTCACGTTTGAACCTTGTTGACCTGATAATTGATTGCCGAGGGAGATTGCTGTGTGGGTCTATTTCGAGTCGATCTGTTGGCTGTTTGGGTGTTGTCGTGTCTGAAGCTGTCGCCGTTGAGTCGTTCATAGGTGATCACCCGTTCCTCGTAGTTGTCAAGAGTTCCCGACGTGATGGACTTCGAGACGCGAGCCCTCCTATCTGA

Coding sequence (CDS)

AGGAAGAAGCCCCAAAGCTGTAGAAGAACGAATTCTTCAGCCATGTCGGACGAGGAGCACTACTTCGAATTGAAGGCCGATGTTGGAGCCTCCAAGACCTACCCAACAAGAGTATTCATCACATTTTGGAGTCGACTCGTAGTTGCGGCTGCACACTCACGTTTGAACCTTGTTGACCTGATAATTGATTGCCGAGGGAGATTGCTGTGTGGGTCTATTTCGAGTCGATCTGTTGGCTGTTTGGGTGTTGTCGTGTCTGAAGCTGTCGCCGTTGAGTCGTTCATAGGTGATCACCCGTTCCTCGTAGTTGTCAAGAGTTCCCGACGTGATGGACTTCGAGACGCGAGCCCTCCTATCTGA

Protein sequence

RKKPQSCRRTNSSAMSDEEHYFELKADVGASKTYPTRVFITFWSRLVVAAAHSRLNLVDLIIDCRGRLLCGSISSRSVGCLGVVVSEAVAVESFIGDHPFLVVVKSSRRDGLRDASPPI
Homology
[Close]
BLAST of Lsi10G008570 vs. NCBI nr
Match: KAG6591533.1 (hypothetical protein SDJN03_13879, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 58.5 bits (140), Expect = 4.4e-05
Identity = 28/35 (80.00%), Postives = 30/35 (85.71%), Query Frame = 0 

Query: 1   RKKPQSCRRTNSSAMSDEEHYFELKADVGASKTYP 36
           +KK  SCRRT SSAMSDEEH+FE KAD GASKTYP
Sbjct: 87  KKKLGSCRRTKSSAMSDEEHHFESKADAGASKTYP 121

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi10G008570 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi10G008570 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi10G008570 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6591533.14.4e-0580.00hypothetical protein SDJN03_13879, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Lsi10G008570 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi10G008570.1Lsi10G008570.1mRNA