Lsi09G009650 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview


Name	Lsi09G009650
Type	gene
Organism	Lagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like
Location	chr09: 12679269 .. 12703801 (+)
RNA-Seq Expression	Lsi09G009650
Synteny	Lsi09G009650

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

ATGGCTCTTGTTAAGAATGATCCAACCTTTGACATACTTAGTTGGTGGAAACATAATGGTCATCGGTTTGAGACTCTTAGTGCAATAAGTAAAGATATTTTAGCAATCCCAGTATCGACAGTAGCATCTGAGTCCGCTTTTAGTACTAAAAGACGTATAGATGACTCATCACGTTCTTCATTGGCTCCTAGAACGGTCGAGACTCTTATATGTACTCAAAATTGGCTCAATTCTAAACCAATAGATATTGATTTTTACAAACAATTCGAGAAAGACTCAACAATTGAAGAAGAGAAGAGAACCATAATGCGAGTGGACGGAGCTAACGCCAGACACACGACGAACGAGGTTGCCGATAGAGAATGCCAATGGCGACGACGCACGAACAGCCGACTGCACACAAACGACAATGCACGAATGATCGGGTGTCGAAGAATGAGCTTACGACGAATAACGGAGATGGCTTCTAAAAAAGAGCATTACAAAGCTCAGAATGAAGCGAGAAGGGTGAGAAGGGTGAGAAGTAGCACAACTAGGTTACTGGAAGTGGTGAAAGATGGGGCAGCCGACGGCGACGGTGCCGGCGAGTCCTCACCGGACGGTCCCATGTTGTCGTGTGACGGTGTTGGAGCTGCCGTCGGGCCACTGCTGGGCGGCATTTCTGGTGCTGGTGGTGCTGCTATTGGAGGGTTAACTGCAACAAAATACGGTGTACCTGGAGCCGGAGTTGGGGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTGTGTACTTGGAGACGGTGTAGGGGCCTGTGTACTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCTTTAGTTCTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCTTTAGTTCTTGGAGCCGGCGTTGGCGGTTTAGTACTTGGAAGTGGCGTTGGCGGTTTAGTAGTTGGAACTGCAGCAGGGGCCATACCTGGGGGAAGAGGAACTGCGAAGAAGAAAGAAAGCTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGCTCTTGTTAAGAATGATCCAACCTTTGACATACTTAGTTGGTGGAAACATAATGGTCATCGGTTTGAGACTCTTAGTGCAATAAGTAAAGATATTTTAGCAATCCCAGTATCGACAGTAGCATCTGAGTCCGCTTTTAGTACTAAAAGACGTATAGATGACTCATCACGTTCTTCATTGGCTCCTAGAACGGTCGAGACTCTTATATGTACTCAAAATTGGCTCAATTCTAAACCAATAGATATTGATTTTTACAAACAATTCGAGAAAGACTCAACAATTGAAGAAGAGAAGAGAACCATAATGCGAGTGGACGGAGCTAACGCCAGACACACGACGAACGAGGTTGCCGATAGAGAATGCCAATGGCGACGACGCACGAACAGCCGACTGCACACAAACGACAATGCACGAATGATCGGGTGTCGAAGAATGAGCTTACGACGAATAACGGAGATGGCTTCTAAAAAAGAGCATTACAAAGCTCAGAATGAAGCGAGAAGGGTGAGAAGGGTGAGAAGTAGCACAACTAGGTTACTGGAAGTGGTGAAAGATGGGGCAGCCGACGGCGACGGTGCCGGCGAGTCCTCACCGGACGGTCCCATGTTGTCGTGTGACGGTGTTGGAGCTGCCGTCGGGCCACTGCTGGGCGGCATTTCTGGTGCTGGTGGTGCTGCTATTGGAGGGTTAACTGCAACAAAATACGGTGTACCTGGAGCCGGAGTTGGGGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTGTGTACTTGGAGACGGTGTAGGGGCCTGTGTACTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCTTTAGTTCTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCCTTTGTAGTTGGAGCCGGCGTTGGCGCTTTAGTTCTTGGAGCCGGCGTTGGCGGTTTAGTACTTGGAAGTGGCGTTGGCGGTTTAGTAGTTGGAACTGCAGCAGGGGCCATACCTGGGGGAAGAGGAACTGCGAAGAAGAAAGAAAGCTGA

Protein sequence

MALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSLAPRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIMRVDGANARHTTNEVADRECQWRRRTNSRLHTNDNARMIGCRRMSLRRITEMASKKEHYKAQNEARRVRRVRSSTTRLLEVVKDGAADGDGAGESSPDGPMLSCDGVGAAVGPLLGGISGAGGAAIGGLTATKYGVPGAGVGAFVVGAGVGACVLGDGVGACVLGAGVGAFVVGAGVGAFVVGAGVGAFVVGAGVGALVLGAGVGAFVVGAGVGAFVVGAGVGALVLGAGVGGLVLGSGVGGLVVGTAAGAIPGGRGTAKKKES

Homology

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P08770 (Putative AC transposase OS=Zea mays OX=4577 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 75.9 bits (185), Expect = 1.1e-12
Identity = 37/74 (50.00%), Postives = 50/74 (67.57%), Query Frame = 0


Query: 3   LVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSLA 62
           L+K+   FDILSWW+     +  L+ I++D+LAI VSTVASESAFS   R+ D  R+ L 
Sbjct: 678 LLKHSGQFDILSWWRGRVAEYPILTQIARDVLAIQVSTVASESAFSAGGRVVDPYRNRLG 737

Query: 63  PRTVETLICTQNWL 77
              VE LICT++W+
Sbjct: 738 SEIVEALICTKDWV 751

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P03010 (Putative AC9 transposase OS=Zea mays OX=4577 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 75.9 bits (185), Expect = 1.1e-12
Identity = 37/74 (50.00%), Postives = 50/74 (67.57%), Query Frame = 0


Query: 3   LVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSLA 62
           L+K+   FDILSWW+     +  L+ I++D+LAI VSTVASESAFS   R+ D  R+ L 
Sbjct: 647 LLKHSGQFDILSWWRGRVAEYPILTQIARDVLAIQVSTVASESAFSAGGRVVDPYRNRLG 706

Query: 63  PRTVETLICTQNWL 77
              VE LICT++W+
Sbjct: 707 SEIVEALICTKDWV 720

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DXX1 (Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold600G00760 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 126.3 bits (316), Expect = 2.6e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 88  ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVIDSSRCSL 147

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 148 APKTVEALICTQNWLNSNPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 189

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CXI1 (Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold21G004160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 125.9 bits (315), Expect = 3.4e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 497 ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVVDSSRCSL 556

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 557 APKTVEALICTQNWLNSDPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 598

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DAN8 (Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold237G001750 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 125.9 bits (315), Expect = 3.4e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 548 ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVVDSSRCSL 607

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 608 APKTVEALICTQNWLNSDPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 649

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DZY7 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold2406G00150 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 125.9 bits (315), Expect = 3.4e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 406 ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVVDSSRCSL 465

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 466 APKTVEALICTQNWLNSDPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 507

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DIL8 (Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold605G00350 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 125.9 bits (315), Expect = 3.4e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 430 ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVVDSSRCSL 489

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 490 APKTVEALICTQNWLNSDPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 531

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr
Match: XP_038893897.1 (uncharacterized protein LOC120082692 isoform X2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 1.4e-25
Identity = 63/98 (64.29%), Postives = 74/98 (75.51%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A VKN+  FDIL WWK N HRFE LS +++DIL IPVSTVASESAFS + R  DSSR SL
Sbjct: 58  ANVKNEGDFDILQWWKKNSHRFEVLSHMARDILVIPVSTVASESAFSIEGRAVDSSRCSL 117

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEK 100
           AP+TVE LICT+NWLNS PID++     E+ S  EEE+
Sbjct: 118 APKTVEALICTRNWLNSGPIDLEVQNDMEETSLFEEER 155

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr
Match: XP_038893896.1 (uncharacterized protein LOC120082692 isoform X1 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 1.4e-25
Identity = 63/98 (64.29%), Postives = 74/98 (75.51%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A VKN+  FDIL WWK N HRFE LS +++DIL IPVSTVASESAFS + R  DSSR SL
Sbjct: 67  ANVKNEGDFDILQWWKKNSHRFEVLSHMARDILVIPVSTVASESAFSIEGRAVDSSRCSL 126

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEK 100
           AP+TVE LICT+NWLNS PID++     E+ S  EEE+
Sbjct: 127 APKTVEALICTRNWLNSGPIDLEVQNDMEETSLFEEER 164

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr
Match: XP_038893898.1 (uncharacterized protein LOC120082692 isoform X3 [Benincasa hispida] >XP_038893899.1 uncharacterized protein LOC120082692 isoform X3 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 1.4e-25
Identity = 63/98 (64.29%), Postives = 74/98 (75.51%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A VKN+  FDIL WWK N HRFE LS +++DIL IPVSTVASESAFS + R  DSSR SL
Sbjct: 44  ANVKNEGDFDILQWWKKNSHRFEVLSHMARDILVIPVSTVASESAFSIEGRAVDSSRCSL 103

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEK 100
           AP+TVE LICT+NWLNS PID++     E+ S  EEE+
Sbjct: 104 APKTVEALICTRNWLNSGPIDLEVQNDMEETSLFEEER 141

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr
Match: KAA0048472.1 (transposase [Cucumis melo var. makuwa] >TYK28268.1 transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 126.3 bits (316), Expect = 5.3e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 88  ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVIDSSRCSL 147

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 148 APKTVEALICTQNWLNSNPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 189

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr
Match: KAA0040447.1 (transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 125.9 bits (315), Expect = 6.9e-25
Identity = 63/102 (61.76%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 0


Query: 2   ALVKNDPTFDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSL 61
           A V+ +  FDIL WWK N  RFE L  +++DILAIPVSTVASESAFST  R+ DSSR SL
Sbjct: 88  ANVRTEGDFDILQWWKMNSDRFEVLGQMARDILAIPVSTVASESAFSTGGRVVDSSRCSL 147

Query: 62  APRTVETLICTQNWLNSKPIDIDFYKQFEKDSTIEEEKRTIM 104
           AP+TVE LICTQNWLNS PI + F  + E+ S  EE  R +M
Sbjct: 148 APKTVEALICTQNWLNSDPIHLQFQHELEEASKFEEGFRVVM 189

[Close]

BLAST of Lsi09G009650 vs. TAIR 10
Match: AT3G42170.1 (BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain )

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 1.9e-12
Identity = 32/67 (47.76%), Postives = 44/67 (65.67%), Query Frame = 0


Query: 10  FDILSWWKHNGHRFETLSAISKDILAIPVSTVASESAFSTKRRIDDSSRSSLAPRTVETL 69
           FD+L WWK N  ++ TLS +++DIL+IPVS  A +  F  + R  D  ++SL P TVE L
Sbjct: 608 FDVLDWWKQNKLKYPTLSKMARDILSIPVSAAAFDYVFDMEPREMDEYKTSLRPETVEAL 667

Query: 70  ICTQNWL 77
           IC + WL
Sbjct: 668 ICAREWL 674

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
P08770	1.1e-12	50.00	Putative AC transposase OS=Zea mays OX=4577 PE=2 SV=2	[more]
P03010	1.1e-12	50.00	Putative AC9 transposase OS=Zea mays OX=4577 PE=4 SV=1	[more]

BLAST of Lsi09G009650 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5D3DXX1	2.6e-25	61.76	Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold600G00760 PE...	[more]
A0A5D3CXI1	3.4e-25	61.76	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like OS=Cucumis melo var...	[more]
A0A5D3DAN8	3.4e-25	61.76	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like OS=Cucumis melo var...	[more]
A0A5D3DZY7	3.4e-25	61.76	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold240...	[more]
A0A5D3DIL8	3.4e-25	61.76	Putative transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold605...	[more]

BLAST of Lsi09G009650 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_038893897.1	1.4e-25	64.29	uncharacterized protein LOC120082692 isoform X2 [Benincasa hispida]	[more]
XP_038893896.1	1.4e-25	64.29	uncharacterized protein LOC120082692 isoform X1 [Benincasa hispida]	[more]
XP_038893898.1	1.4e-25	64.29	uncharacterized protein LOC120082692 isoform X3 [Benincasa hispida] >XP_03889389...	[more]
KAA0048472.1	5.3e-25	61.76	transposase [Cucumis melo var. makuwa] >TYK28268.1 transposase [Cucumis melo var...	[more]
KAA0040447.1	6.9e-25	61.76	transposase [Cucumis melo var. makuwa]	[more]

BLAST of Lsi09G009650 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT3G42170.1	1.9e-12	47.76	BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR008906	HAT, C-terminal dimerisation domain	PFAM	PF05699	Dimer_Tnp_hAT	coord: 8..76 e-value: 2.3E-23 score: 81.8
None	No IPR available	PANTHER	PTHR23272	BED FINGER-RELATED	coord: 11..82
None	No IPR available	PANTHER	PTHR23272:SF145	ZINC FINGER BED DOMAIN-CONTAINING PROTEIN DAYSLEEPER-LIKE	coord: 11..82
IPR012337	Ribonuclease H-like superfamily	SUPERFAMILY	53098	Ribonuclease H-like	coord: 6..79

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lsi09G009650.1	Lsi09G009650.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
molecular_function	GO:0046983	protein dimerization activity